宜春温泉中嗜热菌的分子鉴定及系统发育分析

分离纯化宜春温泉泉水中的嗜热菌并鉴定分析其系统发育多样性。将宜春温泉水在嗜热菌分离培养基上进行多次分离纯化,液体扩大培养,提取DNA、16S rRNA进行PCR扩增,将其序列送往公司检测,经Blast分析和比对,对检测结果进行系统发育分析。结果表明,宜春温泉泉水中分离并鉴定42株中度嗜热细菌。宜春温泉菌群系统发育中,以芽孢杆菌类群为主;其中,解硫胺素芽孢杆菌属(Aneurinibacillus)和土样芽孢杆菌属(Geobacillus)占主导,其次是短芽孢杆菌属(Brevibacillus)、无氧芽孢杆菌属(Anoxybacillus)、芽孢杆菌属(Bacillus)。     

极端嗜热功能菌筛选及其促进堆肥腐熟效果研究

本研究采用富集培养方法从不同高温堆肥环境中分离筛选到9株极端嗜热菌,通过16S rDNA序列比对分析确定其分类地位,通过生长特性研究和酶活测定,优选出6株菌株复配成极端嗜热菌剂,采用模拟堆肥方法研究极端嗜热菌剂促进堆肥腐熟效果。结果表明:本研究分离得到的9株菌分别属于土芽孢杆菌属(Geobacillus sp.)、栖热菌属(Thermus sp.)、副土芽孢杆菌属(Parageobacillus sp.)和红嗜热菌属(Rhodothermus sp.)。所分离菌株最适生长温度均在65～70℃;菌株NY-44、D和E的最适生长pH为9.5,属于嗜碱菌;菌株NY-44最适生长盐浓度为20 g·L~(-1),属于嗜盐菌。土芽孢杆菌和副土芽孢杆菌所产蛋白酶活性相对其他菌株较高,且最适反应温度均不低于80℃。在堆肥30 d时,接种极端嗜热菌剂的处理与未接种相比,种子发芽指数(GI)和胡富比(HA/FA)分别提高了35.9%和21.3%。研究结果表明,接种极端嗜热菌剂能加快堆肥腐熟进程,提高堆肥品质。     

思茅松毛虫3龄幼虫肠道可培养细菌的多样性

采用纯培养法对采集自云南地区的思茅松毛虫(Dendrolimu kikuchii)3龄幼虫进行肠道细菌多样性的研究,这些研究资料与菌种数据为后研究思茅松毛虫发育奠定基础.对采自安宁市的150头思茅松毛虫3龄幼虫的肠道细菌进行分离与纯化,并且对所培养菌株的进行形态特征观察及生理生化指标测定,通过这种方法对菌株进行初步的鉴定,再结合16S rDNA分子鉴定技术进行分析,判定细菌多样性.结果显示,从3龄幼虫肠道中共分离到152株细菌,初步鉴定隶属于6个属9个类群,分别为62株芽孢杆菌属(Bacillus sp.)(3个类群)、35株微球菌属(Micrococcus sp.)(2个类群)、23株葡萄球菌属(Staphylococcus sp.)(1个类群)、11株链霉菌属(Streptomyces sp.)(1个类群)、12株不动杆菌属(Acinetobacter sp.)(1个类群)、9株泛菌属(Pantoea sp.)(1个类群).其中,芽孢杆菌属具有最高的相对分离率为40.78％,为优势菌群.思茅松毛虫3龄幼虫肠道细菌的多样性丰富,通过分析细菌种类及各水平之间的相关性,为更深入研究细菌与思茅松毛虫的关系和为思茅松毛虫的防治奠定基础.     

广西北部湾近海产胞外多糖细菌多样性及其抗氧化活性分析

[目的]鉴定广西北部湾近海产胞外多糖(EPS)的海洋细菌种类多样性,并测定其EPS生物学活性,为后续研究EPS活性及其开发利用打下基础.[方法]采用黏液比色法、乙醇沉法和苯酚硫酸法初筛产EPS细菌,通过16S rD-NA序列鉴定细菌种属并进行遗传进化分析,以1,1-二苯基-2-三硝基苯肼(DPPH)测定EPS的抗氧化活性.[结果]从广西北部湾近海海水、沙粒和红树林泥土中共分离出205株产EPS细菌,结合分离株的菌落特征和形态观察结果可将所分离获得的细菌归为28种细菌.对28株代表细菌株进行鉴定,结果显示分属于2个纲(芽孢杆菌纲和γ-变形菌纲)、4个目(芽孢杆菌目、假单胞菌目、弧菌目和肠杆菌目)、4个科(芽孢杆菌科、莫拉菌科、弧菌科和肠杆菌科)、6个属(芽孢杆菌属、葡萄球菌属、弧菌属、发光杆菌属、变形杆菌属和不动杆菌属)、15个种;优势菌属为芽孢杆菌属,占所鉴定菌株的71.43%,其次为葡萄球菌属、弧菌属、发光杆菌属、变形杆菌属和不动杆菌属.EPS活性检测结果显示,不同种属细菌所产EPS均具有一定的DPPH清除作用,但不同菌株间差异明显,清除率为9.43%~71.10%.[结论]从广西北部湾近海地区共分离鉴定出2纲4目4科6属15种产EPS的海洋细菌,以芽孢杆菌属为主,存在种类多样性,且各类细菌分泌产生的EPS均具有一定抗氧化活性.     

文山石漠化地区豆科植物根瘤内生细菌多样性分析

[目的]开展石漠化地区豆科植物根瘤内生细菌多样性研究,为豆科植物在石漠化地区生态恢复与重建中的应用提供理论依据.[方法]采用YMA培养基、NA培养基对采集自文山石漠化地区6种豆科植物根瘤的内生细菌进行分离纯化,再对分离获得的内生细菌进行酶切去除冗余、ARDRA分析、16S rDNA序列同源性分析及生物学表型特征分析.[结果]从6种豆科植物根瘤中共分离获得135株根瘤内生细菌,分别隶属于7个属24个种,其中49株为假单胞菌属(6个种)、17株泛菌属(3个种)、25株肠杆菌属(6个种)、17株芽孢杆菌属(5个种)、14株类芽孢杆菌属(1个种)、10株根瘤菌属(2个种)、3株农杆菌属(1个种).生物学表型特征分析显示,SWFU-W032菌株能在盐浓度为5％的培养基中生长;13株内生细可以在pH 12.0的培养基上生长;SWFU-W024、SWFU-W009菌株可以水解淀粉;SWFU-W011、SWFU-W015和SWFU-W020菌株具有抗生素合成能力;除SWFU-W060外的供试菌株均具有产IAA能力;SWFU-W045、SWFU-W046和SWFU-W070菌株具有产蛋白酶能力.[结论]文山石漠化地区豆科植物根瘤内生细菌具有丰富的多样性,其中存在一些具有较高抗性、较强耐受性和多种可促进植物生长的特异菌株,这些菌株可作为石漠化地区土壤改良和生态恢复等的资源应用.     

啤酒废水的单株降解与菌株鉴定研究

分别测定了从啤酒废水分离的15株细菌降解啤酒废水的能力,通过方差分析和多重比较发现,COD去除率50%以上的优势菌株有A1、A5、A9、A13、A14和A156种。根据其形态特征及生理生化特征鉴定,它们分别属于芽孢杆菌属、芽孢杆菌属、微球菌属、微杆菌属、棒状杆菌属和微杆菌属。该6种菌株可进一步优化组合进行啤酒废水降解研究。     

不同培养基凝固剂对水体沉积物中可培养细菌多样性的影响

[目的]研究琼脂和结冷胶两种培养基凝固剂对水体沉积物中可培养细菌多样性的影响,为挖掘环境微生物资源提供科学依据.[方法]以LB为基础培养基,分别以琼脂和结冷胶为凝固剂,利用纯培养法对江苏省太湖水体沉积物中的细菌进行分离培养,结合16S rRNA序列分析法对分离细菌进行多样性分析.[结果]以琼脂和结冷胶为凝固剂,分离获得的细菌总量分别为2.4×105和2.1×105 CFU/g沉积物;16S rRNA序列分析剔除重复菌株后,对应得到20和21株细菌,分别隶属于11和17个细菌属,均归属于厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)和变形菌门(Proteobacteria)三大类群.两种不同凝固剂培养基分离获得的细菌属组成差异明显,在LB琼脂培养基分离获得的20株细菌属为芽孢杆菌属(Bacillus,9株)、动性杆菌属(Planomicrobium,2株)、房间芽孢杆菌属(Domibacillus,1株)、类芽孢八叠球菌属(Paenisporosarcina,1株)、土壤芽孢杆菌属(Solibacillus,1株)、红球菌属(Rhodococcus,1株)、棒状杆菌属(Corynebacterium,1株)、微杆菌属(Microbacterium,1株)、无色杆菌属(Leucobacter,1株)、柠檬球菌属(Citri-coccus,1株)和不动杆菌属(Acinetobacter,1株);在LB结冷胶培养基上分离获得的21株细菌属为芽孢杆菌属(4株)、赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus,2株)、微小杆菌属(Exiguobacterium,1株)、鸟氨酸芽孢杆菌属(Ornithinibacillus,1株)、葡萄球菌属(Staphylococcus,1株)、虚构芽孢杆菌属(Fictibacillus,1株)、红球菌属(1株)、迪茨氏菌属(Dietzia,1株)、微杆菌属(1株)、考克氏菌属(Kocuria,1株)、四球菌属(Tessaracoccus,1株)、短杆菌属(Brevibacterium,1株)、两面神菌属(Janibacter,1株)、肠杆菌属(Enterobacter,1株)、依格纳季氏菌属(Ignatzschineria,1株)、副球菌属(Paracoc-cus,1株)和普罗维登斯菌属(Providencia,1株).[结论]结冷胶作为凝固剂在一定程度上提高了可培养细菌的种类数,结冷胶和琼脂两种凝固剂联合使用可获得更多的细菌种类.     

豆天蛾幼虫肠道细菌分离及初步鉴定研究

豆天蛾是豆类作物生产过程中的一种重要害虫,也是一种重要的食用昆虫资源,在山东省、江苏省的部分地区已形成特色菜肴。本文从人工饲养种群的老熟幼虫肠道环境中分离、纯化、培养,获得细菌8个菌株,对其菌体形态、染色反应、培养性状、生理生化反应进行厂系统研究。鉴定结果表明：1号细菌菌株属于纤维单胞菌属(Cellulomonas)；2、3号菌株暂小能确定所属地位,分别记为Clanis bilntata(L_2)、Clanis bilineata(L_3)；4～7号细菌菌株分别属于地杆菌属(Terrabactcr)、短状杆菌属(Brachybactefium)、李斯特氏菌属(Listefia)、丙酸杆菌属(Propi- onibactefium)；8号菌株为枯草芽孢杆菌(Baciplus subtilis)。不同细菌属之间在豆天蛾幼虫肠道环境中存在数量方面的明显差异。     

苹果煤污病菌分离中污染细菌的鉴定及抑菌抗生素的筛选

为明确煤污菌分离中污染细菌的组成,筛选可抑制污染菌的抗生素,对煤污病菌分离中伴随的污染细菌进行纯化,通过16S rDNA序列分析对代表性纯菌株进行鉴定,并采用滤纸片法测定9种抗生素对供试细菌菌株的抑菌效果。结果表明,煤污病菌分离中污染细菌的组成复杂多样,至少包括9个属,分别是微杆菌属Microbacterium、短小杆菌属Curtobacterium、考克氏菌属Kocuria、葡萄球菌属Staphylococcus、芽孢杆菌属Bacillus、鞘氨醇单胞菌属Sphingomonas、Aureimonasi及2个未确定属,这2个属分别与草药菌属Herbiconiux和甲基杆菌属Methylobacterium相近。不同抗生素对供试细菌菌株的抑菌效果差异很大,庆大霉素和卡那霉素对所有供试细菌菌株都有抑制作用,链霉素、新霉素和金霉素分别能够抑制98.08%、96.15%和90.38%的细菌菌株;四环素、萘啶酮酸和青霉素分别只能抑制42.31%、9.62%和9.62%的细菌菌株,氯霉素对所有的细菌菌株都无抑制作用。因此,在煤污病菌的分离培养中可使用庆大霉素、卡那霉素、链霉素、新霉素和金霉素抑制细菌污染。     

乌鲁木齐10号冷泉水中可培养细菌群落结构组成

[目的]了解乌鲁木齐10号冷泉水中可培养细菌群落结构组成,以及嗜盐微生物的分离鉴定.[方法]梯度稀释乌鲁木齐10号冷泉水,采用TSA、2A、0.1 ×LB、HM等4种培养基进行分离纯化.其中采用0.1;、0.5;、1;、2;、5;和10; NaCl的HM培养基分离嗜盐微生物.CTAB法提取所得菌株DNA,用细菌通用引物27F/1492R扩增16SrRNA基因,构建系统发育树.[结果]分离得到33株不同基因型细菌,16SrRNA测序、BLAST比对及系统发育分析将其归为假单胞菌属、金黄杆菌属、红杆菌属、芽孢杆菌属等,其中假单胞菌属占优势.R2A培养基分离效果较好,HM培养基在NaCl 5;～20;区间分离到的菌株数较多.[结论]乌鲁木齐10号冷泉水可培养细菌多样性较低,而中度嗜盐菌数量较丰富.     

不同营养因子对土壤细菌可培养物种多样性的影响

通过在改良的VL55培养基中添加6种不同的营养因子,利用大量稀释法对采自河北、青海和云南的3份土壤样品进行细菌分离,并对所分离菌株进行16S r RNA基因序列系统发育分析,比较利用不同营养因子分离的可培养细菌物种多样性。结果表明,添加营养因子分离得到的细菌物种多样性明显高于对照;土样1对照分离得到5个属,添加6种营养因子的处理共分离得到22个属;土样2对照分离得到2个属,添加6种营养因子的处理共分离得到17个属;土样3对照分离得到6个属,添加6种营养因子的处理分离得到15个属。添加不同营养因子的培养基组合分离得到各自独特的细菌类群。其中,从青海土样中分离得到的菌株HBUM200206与运动东菌(Dongia mobilis)LM22T的亲缘关系最近,序列相似性为94.58%,可能是红螺菌科(Rhodospirillaceae)的一个潜在新属。此外,有12株菌与亲缘关系最近的模式菌株的16S r RNA基因序列相似性均小于98.65%,可能为潜在的新种。     

宁夏黄土高原马铃薯连作栽培对土壤可培养细菌遗传多样性的影响

采用平板培养、BOXAIR-PCR和16SrDNA RFLP技术对宁夏黄土高原马铃薯连作栽培土壤可培养细菌遗传多样性进行研究。结果表明,4个连作年限2个生育期8份土样共分离到91株细菌菌株,BOXAIRPCR分析发现,91株细菌菌株的遗传相似系数为0.531~0.939,相同连作年限不同生育期根际土细菌菌群分布不同,不同连作年限同一生育期根际土细菌菌群的分布也不同,随着连作年限增加,可培养细菌遗传多样性呈现下降趋势;结合16SrDNA的序列分析,从91株菌株中筛选出的41个代表菌株可分为23个物种,分属于细菌域的12个属,其中,芽孢杆菌属(Bacillus)占同一连作年限菌株数的53.6%。连作导致土壤细菌菌群结构发生变化,出现各自特有的菌属。系统发育分析表明,23个细菌物种分布于6个系统发育群。     

塔里木盆地一处柽柳林土壤细菌多样性分析

[目的]对塔里木盆地一处柽柳林土壤细菌多样性进行初步探索,为下一步对塔里木盆地其它地区柽柳林土壤微生物多样性分析及极端环境微生物的筛选奠定基础.[方法]采集塔里木盆地一处柽柳林土壤样品,采用纯培养方法进行细菌的分离纯化.提取各菌株基因组DNA,进行16S rRNA扩增、测序及系统进化树的绘制,分析其多样性.[结果]共分离得到21株菌,其中Firmicutes(厚壁菌门)11株,Actinobacteria (放线菌门)7株,Proteobacteria(变形菌门)和Bacteroidetes (拟杆菌门)各1株.革兰氏染色结果表明,3株菌为革兰氏阴性,其余为革兰氏阳性.Blast比对结果表明菌株CL4与标准菌株Pontibacter korlensis (DQ888330,普拉特链霉菌)的同源性为91;,可能为潜在的新种.[结论]塔里木盆地柽柳林土壤中存在较丰富的细菌资源,并可能存在微生物新物种,具有进一步研究开发的价值.     

新疆库米什金矿土壤可培养细菌的多样性分析

[目的]了解新疆库米什一处金矿土壤可培养细菌的多样性及建立菌种资源库.[方法]采集库米什金矿土壤样品,采用两种不同培养基(LB,TSB)分离纯化细菌,对其进行形态观察(菌落及细胞)、生理测定、16SrDNA测序和系统进化分析.[结果]从两种培养基上总共得到50株细菌,根据基于16S rDNA的系统进化分析表明,50株菌分别属于3个大类群:厚壁菌门(Firmicutes ),放线菌门(Actinobacteria),γ-变形菌纲(γ-Proteobaeteria),12个属,30个分类单元.其中芽抱杆菌属(Bacillus)为优势细菌种群,占已测种群的63.3;.菌株L10-5与Bacillus foraminis (AJ717382)有96.463;的相似率,可能为潜在新种.[结论]库米什金矿土壤可培养细菌具有较高的多样性,存在潜在新菌种资源,值得进一步研究.     

长期有机污水灌溉对土壤固氮细菌种群的影响

固氮细菌是土壤生态系统中十分重要的功能群之一，在土壤氮素循环中发挥着不可替代的作用。本文通过传统培养方法和固氮基因（nifH）PCR—DGGE指纹图谱分析方法，从微生物功能群角度，研究了长期有机污水灌溉对土壤表层和亚表层固氮细菌种群数量和多样性的影响。结果表明，土壤表层固氮细菌数量随土壤污染的增高而不同程度减少，亚表层自生固氮菌数量无明显变化。从DGGE指纹图谱结果来看，对照清洁土壤的固氮细菌种群多样性较丰富，其Shannon指数在表层为2．4674，在亚表层为2．8210，分别高于受有机污水灌溉不同年限的土壤固氮细菌种群shannon指数，且种群的相似程度有所差异。说明种群结构发生了一定的变化。改清灌3a和改清灌30a土壤固氮细菌种群shannon指数分别略有增加，但种群结构并没有得到完全恢复。污水灌溉对土壤固氮细菌种群的影响具有长期的生态效应，是导致土壤生态与结构功能改变的重要因素之一。     

盐碱土中可培养中度嗜盐菌的研究

为了调查大庆盐碱地的中度嗜盐菌资源,采集重度盐碱化的土壤样本进行嗜盐微生物的分离纯化,获得45株中度嗜盐细菌。形态学特征显示,40%菌落呈黄色,其余为乳白色;细胞为直线或弯曲的杆状,G+和G-细菌比例为19:26。进一步的生理生化特征分析筛选出8株进行16S rDNA基因序列的测定及系统发育分析。结果表明,它们分别属于Bacillus(3株),Halomonas(2株)和Alkalibacillus(3株)属的菌株。菌株15-2应为现有种Bacillus agaradhaerens,X10-1(或X10-7)可能为Bacillus属潜在的新种,15-7(或X10-2)可能为Halomonas潜在的新种,有待于进一步的验证。研究虽然仅获得了有限的中度嗜盐菌资源,但却丰富了我们对大庆盐碱土中可培养中度嗜盐菌多样性的认识,为今后合理开发和利用大庆地区的嗜盐微生物资源提供了素材和参考。     

茅尾海无瓣海桑根际土壤细菌多样性及抑菌活性分析

[目的]研究茅尾海无瓣海桑根际土壤细菌多样性及抑菌活性,挖掘更多潜在新物种和高效活性物质,为进一步研究红树植物根际土壤中细菌的次生代谢产物及研发新型高效生物农药提供参考依据.[方法]从广西钦州茅尾海红树林保护区采集无瓣海桑根际土壤,采用6种分离培养基分离可培养细菌;通过16S rRNA基因序列的系统发育学分析其物种多样性,并采用牛津杯法考察根际细菌对甘蔗鞭黑粉菌的抑制活性.[结果]从无瓣海桑根际中分离得到可培养细菌97株,通过16S rRNA序列比对排重后,从中获得57株不同细菌,可归为4门5纲9目15科21属,有1株Cell-vibrio sp.的潜在新种.其中29株细菌能够抑制甘蔗鞭黑粉菌活性,分别有12、14和14株细菌对甘蔗鞭黑粉菌菌丝生长、"+"担孢子增殖和"-"担孢子增殖表现出抑制活性,抑菌圈直径范围为7.54~21.81 mm,其中有9株细菌能够抑制2~3种甘蔗鞭黑粉菌的形态.[结论]广西茅尾海红树林保护区中无瓣海桑根际细菌具有较高的物种多样性,蕴藏着潜在新物种资源,且富含抑菌活性菌株.     

酿酒葡萄根区微生物特性研究

同一栽培条件下,以定植不同品种酿酒葡萄的土壤样品为分析材料,在开花期对葡萄根区细菌、放线菌、真菌分别进行分离培养和记数,并对根区细菌生理群的数量和微生物种群多样性进行分析.结果表明3个品种葡萄根区微生物的数量分布均以细菌占绝对优势,其次为放线菌、真菌.自生固氮菌、氨化细菌的数量规律为品丽珠（CF）＞黑比诺（PN）＞赤霞珠（CS）;无机磷细菌的数量规律为CF＞PN＞CS,且无机磷细菌的数量均明显大于有机磷细菌的数量.3个品种葡萄根区微生物在种群多样性方面也有差异,表现为PN、CS根区微生物种群多样性指数在数值上很接近,其中,CF根区细菌的种群多样性指数高于PN、CS的.     

基于生物反应器探究制药废水中活的但非可培养状态细菌的组成

[目的]探究制药废水中活的但非可培养(viable but non-culturable,VBNC)状态细菌的组成与系统关系。[方法]利用土质滤材构建生物反应器,基于复苏促进因子(resuscitation promoting factor,Rpf)对VBNC细菌的复苏刺激生长作用,采用MPN(most probable number)法,稀释平板法分离其中复苏可培养化的VBNC菌株并解析其16S rRNA基因系统关系。[结果]在MPN培养系中,Rpf对部分细菌有生长刺激作用。制药废水中存在对Rpf敏感、复苏可培养化的VBNC优势菌群;制药废水中对Rpf敏感的VBNC优势细菌主要有革兰氏阳性放线菌Microbacterium、Gordonia和Leucobacter属近缘菌,革兰氏阴性菌Candidimonas、Xanthobacter和Aminobacter属近缘菌,其中菌株ZYM1、ZYM3、ZYZR4和ZYXR1可能属于新种。[结论]研究结果揭示了制药废水中存在VBNC状态细菌,为研究其形成机理、复苏活性化机制以及制药废水的深度处理等提供重要的思路与方法。     

沙棘根瘤内生菌株库构建与微生物多样性分析

  目的  沙棘Hippophae rhamnoides根瘤中拥有丰富的微生物资源，探究根瘤内生菌微生物多样性，比较高通量测序与纯培养方法的优劣。  方法  运用16S rRNA高通量测序技术探究沙棘根瘤内生菌相对丰度和多样性差异，并对根瘤内生菌进行分离纯培养，以完成内生菌株库初步构建。  结果  ①传统分离方法得到纯培养菌株96株，共4门8纲8目13科19属。在门分类水平上，相对丰度较高的主要为变形菌门Proteobacteria和厚壁菌门Firmicutes。②高通量测序分析6组样品(M1~M6)中共有14门34纲89目148科314属。在门分类水平上，相对丰度较高的主要为放线菌门Actinobacteria和变形菌门，两者相对丰度之和为87.50%~97.10%。在属的分类水平上，弗兰克氏菌属Frankia占绝对优势，相对丰度为20.12%~74.81%，平均相对丰度为51.49%。③高通量测序与纯培养方法的结果有明显差异，在科和属的分类单元上差异较大。  结论  2种方法都体现沙棘根瘤内生菌的多样性，但纯培养方法仅能够分离到部分内生菌，难以评估物种组成及相对丰度。高通量测序分析能够更为全面地反映多样性信息，且为优化纯培养条件而分离特定物种奠定基础。图3表3参41