大豆疫霉基因组SSR标记开发

 【目的】开发大豆疫霉基因组SSR标记,为从分子水平深入研究大豆疫霉及其近缘种提供一种理想的分子标记。【方法】用FPCR软件从大豆疫霉全基因组序列中查询SSRs,选择合适的SSR序列用Primer5.0软件设计引物。【结果】从发现的1 234个含有2～4个碱基重复单元的完全SSRs中选出260段设计引物,经10个大豆疫霉分离物基因组DNA检测,有213对(81.9%)扩增出SSR特征条带,其中114(53.5%)对引物扩增出多态性。通用性检测表明,14.6%～28.6%引物分别在选择的8个疫霉种中有效扩增。基于10个SSR标记数据进行聚类分析,结果表明表明这些标记可以完全区分大豆疫霉及其它疫霉。【结论】大豆疫霉基因组SSR标记具有高多态性,是大豆疫霉遗传变异、遗传多样性、及遗传图谱构建等研究理想工具。部分大豆疫霉基因组SSR标记在其近缘种中具有通用性,可以用于疫霉菌的系统进化、鉴定、区分及开发近源种的SSR标记。特别开发的SSR标记,在大豆疫霉基因组中具有准确的位置,将极大地方便大豆疫霉菌功能基因的定位和克隆,以及进行疫霉菌的比较基因组的研究。     

SSR标记在玉米育种中的应用

SSR标记是分子育种中普遍使用的一种分子标记方法，在玉米育种中也发挥着非常重要的作用．本文概述了SSR标记在玉米育种中的几种应用方法。     

一种简便快速制备水稻PCR模板的方法及其应用

目前在水稻分子生物学实验中DNA提取的常用方法有CTAB提取法和SDS提取法。CTAB提取法提取的DNA质量高而且量大，主要用于RFLP、Southem杂交等实验；SDS方法提取的DNA杂质略多，也可以大量提取，适合用于基于PCR的分子标记实验。但这两种DNA提取方法所需成本较高，技术性强，叶片用量大，难以满足水稻育种实践的需要，实用性不强。因此，在水稻分子育种实践中，急需一种叶片用量小、提取程序简单快捷的方法提取DNA，以满足开展分子标记辅助选择育种、分子标记快速检测种子纯度等应用研究的需要。许多分子标记都基于PCR技术，如AFLP、SSR、RAPD、SNP、EST等。目前已开发出大量的水稻SSR标记。由于水稻基因组中存在着丰富的SSR标记而且多态性较好，在水稻群体分子标记连锁图谱构建、基因定位、QTL分析等研究中广泛应用，在水稻种子纯度鉴定和分子标记辅助选择育种方面已有研究报道。本文报道了一种简便的DNA提取方法，既能快速提取DNA。又只需要少量叶片，同时利用SSR标记鉴定了“两优培九”种子的纯度。     

SSR分子标记研究进展

SSR标记广泛分布于基因组中,呈孟德尔遗传,多态性丰富,信息量大,已被作为一种理想的分子标记之一而广泛应用。文中重点介绍了SSR标记的开发和SSR技术试验体系的研究进展,旨在为SSR分子标记的研究与应用提供参考信息。     

SSR标记开发软件SSR MINING 1.0的编制

【目的】研制利用生物信息学方法通过分析数量迅速增加的EST序列开发SSR标记的有力工具。【方法】通过对SSR标记本身的特点以及排列组合原理的分析,提出快速有效的SSR标记开发算法,并应用Visual Basic6.0程序设计语言进行相关软件的开发。对2004年8月2日至2005年6月12日之间公布在NCBI上的22 161条大豆EST序列,进行了SSR标记的检索。【结果】通过对现存SSR标记开发软件中所存在的问题的总结与分析,编制完成SSR标记开发软件SSR MINING 1.0。经过检索共发现2 068个SSR标记,应用DNAMAN对其中30个标记进行了引物设计,并合成进行试验验证,最终获得了14个具有多态性的SSR标记。【结论】SSR MINING 1.0是一个高效、灵活、界面友好、使用简便的SSR标记开发软件。     

SSR分子标记在梨研究中的应用

SSR（simple sequence repeat）标记,又称微卫星标记,是建立在PCR基础上的1种新型DNA分子标记,其具有多态性高、重复性好、共显性、检测简单等优点,在果树树种的品种和亲缘关系鉴定等方面得到了广泛应用。目前,多利用已开发的苹果SSR标记引物来进行梨属植物研究。SSR简单易行,是1种高效的鉴定方法。就近年来SSR分子标记在梨的遗传图谱构建、遗传多样性、品种鉴定以及分子辅助育种中的应用进行了概述,旨为相关研究工作提供参考。     

SSR分子标记在棉花研究中的应用

[目的]分析SSR分子标记在棉花研究中的应用,展望基于SSR的多色荧光标记检测技术的前景。[方法]通过概述SSR标记的原理、特点及其在棉花研究中的应用,展望了SSR的应用前景。[结果]SSR信息量丰富、揭示多态性高、重复性好、结果可靠,是一种快捷简便的分子标记,在棉花研究中已取得广泛应用。随着科技发展,基于SSR的多色荧光标记检测技术也将得到普遍应用。[结论]更好地了解了SSR标记的特点及其在棉花研究中的应用,为棉花育种等相关研究提供了理论依据和技术指导。     

SSR标记在水稻遗传育种中的应用

SSR(simple sequence repeat)是一种基于PCR(polymerase chain reaction)的DNA分子遗传标记,广泛分布于整个植物基因组。笔者对SSR标记在构建水稻分子遗传图谱、基因定位和克隆、QTL(quantitative trait loci)分析、品种鉴定、分子标记辅助选择育种等方面的研究进展进行了综述。     

植物SSR分子标记技术的应用

目前,植物基因组学研究中SSR标记的应用较为活跃。该种标记具有近于均匀覆盖基因组、多态性高等优点,在植物高密度遗传图谱绘制、DNA指纹图谱构建、种系纯度与亲缘关系鉴定以及植物遗传进化方面具有公认的优越性。不足之处在于位点特异性SSR标记的建立先要根据微卫星侧翼序列进行引物设计,所以引物的高开发成本一直是非商业化物种SSR标记遗传研究的主要障碍,而且很多根据检索得到的引物的多态性效果不佳,因此寻找一种快速廉价的引物筛选方法已成为SSR应用的热点问题。这几年开发出了多种基于SSR标记的方法,如ISSR、SAMPL等。     

EST-SSR标记的发展和在植物遗传研究中的应用

SSR标记已经成为植物遗传育种中应用的主要的分子标记之一,然而,SSR引物的开发源于基因组文库,即花费大又效率低。随着大量表达序列标签(ESTs)的出现,对于许多植物而言,利用ESTs数据库开发SSR引物是一项高效、低花费的选择。目前,EST-SSR标记在一些植物中的利用已有报道,笔者就EST-SSR标记的发展和在植物遗传中应用的研究进展进行回顾和评述。