基于微卫星位点研究7个广西地方猪种的遗传关系

为了解广西7个地方猪种的遗传多样性、遗传关系和群体的遗传结构,利用4对微卫星引物(SW2415、SW2623、SW742、SW1118)对7个广西地方猪种群体的等位基因频率、群体多态信息含量、有效等位基因数、杂合度和遗传距离进行了检测研究。4个微卫星位点在广西7个地方猪群中共检测出49个等位基因,每个位点平均等位基因数12.25个,观测杂合度范围为0.5473~0.7039,预期杂合度范围为0.6294~0.7754,群体内近交系数Fis0,这表明种群处于杂合度缺失状态。F统计量的3个固定指数Fis为0.1142,Fit为0.2042,Fst为0.1016,总群体属中度分化,总群体近交系数平均值为20.42%,10.16%的遗传变异是由群体间的遗传变异引起,而89.84%的遗传变异是由于种群内个体间的差异引起。基于Nei氏标准遗传距离构建了UPGMA和NJ系统发生树,将7个广西地方猪种群体分为两大类,第Ⅰ大类是陆川猪、隆林猪和东山猪聚为一小类,再与桂中花猪和徳保猪聚成一个大类,第Ⅱ类是环江香猪和巴马香猪聚为一大类。Structure分析进一步验证了系统发生树的构建结果。     

西双版纳野猪微卫星多态性研究*

 采用联合国粮农组织（FAO）和国际动物遗传学会（ISAG）联合推荐的27对微卫星DNA引物,对云南西双版纳野猪78个个体的遗传多样性进行了分析和研究,旨在为野猪遗传资源的合理利用及保护提供科学依据。结果表明：（1）78个个体在27个微卫星座位上共检出213个等位基因,各座位上等位基因数的范围在4～13之间,平均每个位点检测到789个等位基因,表明在3个野猪群体中多态性较丰富。（2）计算了等位基因频率,并以其为基础获得了野猪群体的平均杂合度、多态信息含量和有效等位基因数,分别为H均值0.81,PIC均值0.79;有效等位基因数共155.77个,有效等位基因数在2.65～10.10之间,平均数为5.77个,等位基因频率在0.0128～0.4808之间,其中位点SW72的102/等位基因频率最高,表明群体内的遗传变异较丰富。（3）计算了Nei氏标准遗传距离,结果表明景洪野猪与勐海野猪遗传距离最近,和勐腊野猪的遗传距离较远,种间内的遗传变异丰富,表明西双版纳野猪群体在核基因水平具有丰富的遗传多样性。     

福建黄牛的遗传多态性及分类

用8个微卫星标记对福建黄牛的等位基因频率、多态信息含量（PIC）、遗传杂合度（日）和有效等位基因数（E）等指标进行统计分析，并在此基础上对其进行聚类分析和分类研究、结果表明：（1）8个微卫星标记在所检测的福建黄牛群体中都表现出较丰富的多态性，4个群体8个微卫星座位共有58个等位基因，每个微卫星标记平均检测到7、2个等位基因（3—11）；8个微卫星标记的PIC平均为0.6471（0.3942—0．8062），各群体的PIC差异不显著；全部群体的日为0.2930：各群体的E平均为3．37（3.03—3.84）、这显示黄牛群体的等位基因频率、PIC、H和E等指标有较好的一致性，说明福建黄牛品种内在微卫星位点上均具有丰富的遗传多样性．（2）根据Nei氏标准遗传距离进行UPGMA聚类分析的结果显示，4个群体间的遗传变异不大．福建黄牛地方品种在微卫星位点上具有丰富的遗传多样性；遗传距离及聚类分析结果表明，这些群体黄牛属于同一个地方品种．     

奥尼罗非鱼及其亲本的微卫星分析

运用SSR技术对奥利亚罗非鱼（Oreochromis aureus♂）、尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus♀）及其杂交子代（O．aureus♂×O．niloticus♀）的遗传多样性进行了研究。从12对微卫星引物中筛选出8个微卫星特异性位点,其中奥利亚罗非鱼（♂）特异位点7个;尼罗罗非鱼（♀）5个;杂交子代6个。利用这8个位点检测3个群体的遗传结构,共检测到63个等住基因,平均等位基因2．4394个,奥利亚罗非鱼（♂）、尼罗罗非鱼（♀）和杂交子代的平均观测杂合度分别为O．7083、0．9015和0．9787;平均期望杂合度分别为0．5341、0．5761和0．6435,平均多态信息含量（PIC）分别为0．4133、0．4693和0．5584。结果表明,3个群体的遗传多样性水平都较高,其中杂交子代群体的遗传多样性水平最高,奥利亚罗非鱼群体遗传多样性最低;基于Nei＇s遗传距离的聚类分析显示尼罗罗非鱼（♀）和杂交子代的遗传距离较近。     

地方鸡品种遗传多样性的微卫星标记研究

采用微卫星标记技术检测了山东省3种地方鸡种：汶上芦花鸡、济宁百日鸡和日照鸡的遗传多样性,在40种微卫星引物中筛选出多态性丰富且扩增条带清晰稳定的6个引物。统计分析了各群体的等位基因数（NA）、多态信息含量（PIC）、平均杂合度（H）、群体间的遗传距离（DS）和相似系数（I）。采用UPGMA法构建系统发生树。结果表明：3个地方鸡种在6个微卫星位点上共发现了15个等位基因,每个位点的等位基因数为2—3个;每个群体的平均等位基因数分别为2．5、2．2和2;大小在110～300bp之间,期望杂合度与观测杂合度比较接近。芦花鸡（W）多态信息含量最大,为0．3075;日照鸡（R）中最小,为0．2915。以Nei氏遗传距离进行UPGMA聚类分析,结果表明：百日鸡（J）与日照鸡（R）间的遗传相似系数最大,为0．9832;遗传距离最小,为0．0170。3个品种鸡可聚为2类,百日鸡（J）与日照鸡（R）聚为一类,芦花鸡（W）独立聚为一类。     

贵州地方猪品种雌激素受体基因内含子1多态性

为了探索雌激素受体(estrogen receptor,ESR)基因与贵州地方猪品种繁殖性状之间的关系,采用SSCP和RFLP方法,以大约克、外三元杂交猪和梅山猪为对照,对贵州地方猪品种香猪、糯谷猪和柯乐猪ESRα基因进行了多态性分析,共检测到AA、AB和BB 3种基因型,测序结果证实,B等位基因产生的原因是:121 bp扩增片段中第54和57位碱基均突变为C,获得了1个Pvu Ⅱ酶切位点,使AA基因型多出一条带;A等位基因在国外猪品种中占优势,国内猪品种以B等位基因为主,香猪的BB基因型频率最高(79.4%),糯谷猪和柯乐猪均较低(30%、29.8%).说明贵州地方猪品种的杂合度较高,应加强选育,B等位基因可能与低繁殖率相关.     

利用微卫星标记分析北京油鸡的遗传多样性

[目的]探讨北京油鸡的遗传多样性。[方法]采用29对微卫星标记对北京油鸡保种群的192个个体进行遗传多样性检测,并通过计算等位基因数、等位基因频率、期望杂合度（He）和多态信息含量（PIC）分析群体内的遗传变异情况。[结果]在29个微卫星标记中共检测到171个等位基因,每个微卫星座位的等位基因数在2～14个,平均等位基因数为5．90个;多态信息含量和期望杂合度的平均值分别为0．53和0．59,均大于0．5,表现为高度多态性;除5个位．羔（MCW0069、ADI_0112、MCW0183、LE10234和MCW0016）外,其余24个微卫星位点都处于基因平衡状态。[结论]北京油鸡保种群具有丰富的遗传多样性。北京油鸡在北京市农林科学院榆垡种鸡场得到了较为妥善的保存。     

黑龙江流域黑斑狗鱼遗传多样性的Cytb基因初探

[目的]了解黑龙江流域黑宽狗鱼不同地理群体的遗传多样性,为其种质资源的保护和开发提供分子的依据。[方法]从4尾来自黑龙江、17尾来自乌苏里江和5尾来自牡丹江的黑斑狗鱼中提取DNA,测定其线粒体DNA细胞色素b基因序列,采用Kirmra2-parameter模型计算各群体间和单倍型间的遗传距离;以白斑狗鱼为外类群,用邻接法构建系统发育树,构建单倍型的简约性网络图;根据单倍型多样性和核苷酸多态性等信息评估种群的遗传多样性。[结果]获得黑斑狗鱼细胞色素b（Cytb）基因1053bp序列,其中G含量最低,仅14．2％,A＋T含量（57．7％）高于G＋C含量（42．3％）;变异位点有8个,总变异率为0．76％,其中简约信息住点有3个;序列中无插入和缺失,转射颠换为7／1,26尾黑癍狗鱼中共有7个单倍型,单倍型多样性（H）较高（0．76308±0．00315）,但核苷酸多态性（π）极低（0．00126）;3个地理群体黑斑狗鱼群体间遗传距离小（0．067％～0．143％）。[结论]黑龙江流域3个群体的26尾黑斑狗鱼属于同一个种群,其遗传多样性极为贫乏,种质资源亟需得到有效保护。     

兴义矮脚鸡群体内遗传变异分析

[目的]从分子水平上分析兴义矮脚鸡的选育效果,为矮小型鸡的品种资源保护和开发利用提供理论依据。[方法]采用10个微卫星座位对3个品系贵州兴义矮脚鸡（100日龄）,即黄羽（xy）、麻羽（xs）和黑羽（xb）（各50只）的遗传多样性进行研究。[结果]3品系矮脚鸡在10个微卫星座位上共检测到68个等位基因,各座位上等位基因数为5～10个,平均为6.800个,平均有效等位基因数4.3002。10个微卫星座位的期望杂合度在0.5238～0.8816,平均为0.7326。多态信息含量（PIC）的范围在0.4981～0.8656,平均为0.6973。3品系间的遗传分化系数（Fst）为0.0129～0.0664,平均值为0.0289。各座位的基因流都大于1,平均Nm值为8.4109。3品系矮脚鸡两两之间的遗传距离在0.0464～0.1474之间,xy和xs品系间的遗传距离最小,但两者与xb品系之间的遗传距离均较远。[结论]兴义矮脚鸡各品系间遗传分化较小,均有丰富的遗传多样性,仍有较大的选育空间。     

大银鱼全基因组简单重复序列标记开发及在不同生态型群体中的检验

利用Krait软件对2020年公布的拼接程度更高的大银鱼全基因组中完美型微卫星的分布特征进行分析，并据此开发具有多态性的微卫星DNA（又称简单重复序列）标记。结果显示：在大银鱼全基因组内共获得587 554个完美型微卫星位点，序列总长度为11 803 017 bp，占全基因组长度的2.53%；在6种重复类型的微卫星中，二核苷酸数量最多（401 585个，占比68.35%）。针对微卫星位点设计的99对引物中，有39对具有多态性，选择其中多态性较好的14个微卫星标记分别对大银鱼洄游型群体、陆封型群体及移植型群体中选择的1个具有代表性的群体进行检验，结果表明，多态性较好的14个微卫星标记在3个具有代表性的群体中均能进行有效扩增。对3个群体的遗传多样性和遗传结构进行分析发现，洄游型群体（崇明岛群体）遗传变异丰富（平均期望杂合度为0.614、平均多态信息含量为0.576），与淡水群体[太湖群体（陆封型）和连环湖群体（移植型）]分属于2个不同的遗传群组，两者间具有较大的遗传距离和极高的遗传分化水平（遗传分化指数高于0.25,P<0.05）；淡水群体（太湖和连环湖群体）的遗传变异相对匮乏，2个...     

利用微卫星DNA标记分析贵州3个地方猪种的遗传多样性

1材料与方法 1．1材料 采集3个地方猪种血液样品,共90份（表1）。采集个体品种特征明显,公母各半。     

利用微卫星DNA标记分析贵州3个地方猪种的遗传多样性(英文)

[Objective] The research aimed to provide the genetic basis for the protection, development and utilization of Guizhou local pig breeds. [Method] From 27 pairs of porcine microsatellite primers recommended by Food and Agriculture Organization of the United Nations (FAO) and International Society for Animal Genetics (ISAG), six pairs (S0155, SW240, IGF1, SW951, SW857, SW24) were selected for microsatellite DNA detection of three Guizhou local pig breeds, including Nuogu Pig, Kele Pig and Guanling Pig. Subsequently, their genetic diversities were analyzed. [Result] The three pig breeds were high polymorphic at the six microsatellite loci (PIC>0.5). The Nei's standard genetic distance of them was 0.206 3-0.481 5. The genetic distance between Nuogu Pig and Kele Pig was the closest, and that between Nuogu Pig and Guanling Pig was the furthest. [Conclusion] The three Guizhou local pig breeds are in high genetic diversities. Nuogu Pig is a special type of Kele Pig, an excellent Chinese local pig breed.     

猪10号染色体上影响血常规指标的数量性状基因座(QTL)定位

 【目的】检测定位猪10号染色体上影响血常规指标的数量性状位点。【方法】以3个品种(大白猪、长白猪、松辽黑猪)16个公猪家系共计368头试验猪组成资源群体,在猪10号染色体上共选取13个微卫星标记,采用基于线性混合模型方法,对影响与猪白细胞、红细胞和血小板相关的共计18项血常规指标的数量性状基因座(quantitative trait loci,QTL)进行了检测。通过似然比检验,利用置换法确定显著性阈值。【结果】()13个标记在群体中绝大多数的微卫星属于中度多态的遗传标记,所有微卫星标记在3个品种中的平均等位基因数为3.1754,平均杂合度为0.5215,平均多态信息含量为0.5999,平均香浓指数为1.3222。(2)达到了染色体极显著水平的3个QTL(P＜0.01),分别是影响着红细胞压积(HCT)、血红蛋白含量(HGB)和平均红细胞体积(MCV),影响血小板总数(PLT)的QTL也达到染色体显著水平(P＜0.05)。【结论】定位的4个影响猪血常规的QTL集中在10号染色体81—136cM区域,临近的标记分别为SW249、SWR136、S0070和SW1894。     

四川省四大地方品种猪的随机扩增多态DNA分析

使用２１种随机引物，对四川省四个地方猪品种共１８个个体进行了随机扩增多态ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）分析。结果表明：ＲＡＰＤ标记具有个体特异性，其多态总频率为７８．４％；品种内遗传变异的大小顺序依次为荣昌猪、内江猪、雅南猪和成华猪；内江猪、雅南猪和成华猪间的亲缘关系较近，而荣昌猪与这三个品种的亲缘关系却较远。研究结果与这四个品种的地理分布状况和品种形成历史间存在一致性     

贵州白香猪γ干扰素基因的克隆与序列分析

为获得贵州白香猪γ干扰素基因,以提取的经刀豆蛋白A诱导培养的贵州白香猪外周血淋巴细胞总RNA为模板,扩增全长猪γ干扰素基因,并克隆至pMD18-T Simple载体后测序分析。结果表明,pIFN-γ基因全长501bp,可编码166个氨基酸,其中前23位氨基酸为信号肽序列;pIFN-γ含有2个潜在N-糖基化位点;贵州白香猪与国内地方猪种之间pIFN-γ基因差异不大,具有很近的亲缘关系,其中与藏猪、成华猪、枫径猪、梅山猪的同源性达100%,而与内江猪的亲缘关系相对较远,与荣昌猪(DQ902588)亲缘最远。     

猪的垂体特异性转录因子基因多态性研究

研究采用PCR和DNA测序方法,对小型猪种(香猪、巴马猪)及对照猪种(上海白猪、大约克夏猪)的垂体特异性转录因子(PIT-1)基因1293位至2230位进行了单核苷酸多态性(SNP)分析。结果显示:在第5内含子中有多处发生突变,其中在1429位,香猪、巴马猪的所有个体均发生了G→A突变,而上海白猪、大约克夏猪则未发生突变;在第6外显子中未见任何突变。结论:PIT-1基因1429位可作为小型猪基因标记的候选位点。     

中国大、中型驴种遗传多样性的微卫星分析

[目的]为分析我国大、中型驴品种遗传多样性。[方法]利用24个微卫星标记,对我国8个大、中型驴品种遗传多样性进行了检测。[结果]24个微卫星位点在8个驴品种中的多态信息含量除NVHEQ18为中度多态外,其余23个微卫星均为高度多态,8个驴种的平均PIC（0.6940）、H（0.7119）和E（3.94）,表明基因多态性和遗传多样性相对较高。[结论]这24个微卫星可作为有效的遗传标记用于各驴品种的遗传多样性和系统发生关系的分析。我国大、中型驴品种的分子系统发生关系与其育成史和地理分布基本一致。     

利用微卫星DNA多态性预测引进肉用绵羊品种杂种优势

【目的】利用微卫星DNA在不同绵羊群体中的多态性预测引进肉用绵羊品种与小尾寒羊的杂种优势。【方法】利用5个微卫星基因座对4个国外引进肉羊品种及小尾寒羊5个群体的等位基因频率、群体多态信息含量、有效等位基因数、杂合度和遗传距离进行了遗传检测，并测定4个引进肉羊与小尾寒的杂交效果。【结果】5个微卫星基因座在白头萨福克、黑头萨福克、道赛特、得克赛儿及小尾寒羊5个群体中存在多态性，可以用于绵羊遗传多样性的评估；从不同品种看，道赛特羊的遗传变异程度最大，而小尾寒羊的遗传变异程度相对较小；经遗传关系分析，在引进的4个肉羊品种中，与小尾寒羊杂交优势由大到小依次为白头萨福克、黑头萨福克、道赛特、得克赛儿，与实际杂种优势测定结果相符。【结论】利用微卫星DNA多态性预测引进肉用绵羊品种与小尾寒羊的杂种优势是可行的，将对今后绵羊育种具有重要的应用价值。     

贵州省纳雍县糯谷猪屠宰性能测定

[目的]为糯谷猪的育种提供科学依据。[方法]从贵州省纳雍县随机选取20头糯谷猪进行屠宰性能的测定,将其与其他国内外猪种进行比较。[结果]纳雍糯谷猪的屠宰率较高(达74.46%),瘦肉率适中(45.30%)。糯谷猪的平均背膘厚为3.49 cm,在我国地方猪种中处于中等水平。糯谷猪的眼肌面积和瘦肉率均远低于国外猪种,脂肪含量适中,皮较厚,富含胶原蛋白。由于糯谷猪主要饲喂天然草料,皮和肉均可安全食用,带有香糯的风味,符合目前人们对猪肉品质的要求,具有较好的市场前景。[结论]为更好地保护糯谷猪这个优良猪种,应尽快建立保护区。