3种楠木DNA提取及其ISSR标记鉴别

【目的】采用ISSR分子标记鉴别楠属3个树种。【方法】以紫楠、浙江楠和桢楠木材为对象,比对改良CTABSDS法、CTAB法和试剂盒法3种方法提取的木材基因组DNA质量,采用ISSR-PCR技术对3个树种24个样本基因组DNA进行扩增。【结果】改良CTAB-SDS法和CTAB法较适合这3种木材的DNA提取。序列扩增筛选出7条稳定、条带清晰且多态性好的引物,确定其最佳退火温度。7条引物共扩增出67条大小为100~2 000 bp的条带,其中多态性条带43条,多态率64.2%。【结论】这7条引物扩增的多态性条带都可用于鉴别与区分这3种楠木。     

半夏及其易混品的DNA分子鉴定

基于ITS、matK、trnL-trnF、rpl32-trnL和rps16序列对栽培半夏及其易混品开展DNA条形码鉴别研究,结果表明:ITS、rps16序列可作为DNA条形码用于半夏及其易混品的鉴别研究中,matK、trnL-trnF序列可作为天南星科不同属间DNA条形码或条形码组合候选序列鉴别半夏及其邻近属植物,rpl32-trnL序列可作为鉴别半夏及其易混品的DNA条形码候选序列。     

进口黄檀属木材DNA提取与分子鉴定方法初步研究

由于黄檀属Dalbergia种类较多,很多种类通过形态学方法难以区分,给中国进口木材检验鉴定工作带来了很大困难。为了研究黄檀属木材的分子鉴定方法,选取进口木材中常见的7种黄檀属木材,通过比较不同的木材DNA提取和纯化方法,摸索出了适合于黄檀属木材的十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）十二烷基硫酸钠（SDS）磁珠相结合的DNA提取和纯化体系,利用巢式聚合酶链式反应（PCR）扩增出433 bp的matK基因片段,共发现12个碱基位点差异,可以将7种进口黄檀属木材及我国的降香黄檀Dalbergia odorifera逐一区分开,为黄檀属木材分子识别鉴定研究工作奠定了良好的基础。图2表1参23     

3种木材DNA提取方法比较研究

以微凹黄檀木材标本为研究对象,分别采用BATB法、PTB法和SDS法对微凹黄檀不同部位木材进行DNA提取试验,并扩增DNA条形码序列ITS2、trnH-psbA和matK,分析不同DNA提取方法对微凹黄檀木材DNA提取和DNA条形码序列扩增的影响.结果表明:采用BATB法从微凹黄檀木材心、边材组织中提取的DNA浓度以及DNA条形码扩增效率均要高于其他2种方法,说明BATB法更适合从长期存储木材中提取DNA.     

基于柑橘及其近缘属植物DNA条形码的叶绿体编码序列筛选

 【目的】通过对柑橘及其近缘属植物叶绿体4种编码序列的测定分析,获得能进行DNA条形编码的特征序列,为进一步研究叶绿体非编码区序列奠定基础。【方法】对柑橘及其近缘属植物59份样品进行matK、rpoB、rpoC1、rbcL测序,序列比对与人工校正,计算属间、种间、种内的遗传距离,比较序列间的差异,建立系统发育树。【结果】4种序列中,matK序列在属间、种间差异最大,与其它序列相比具有显著性差异,rbcL序列次之,而rpoB、rpoC1序列两者间没有显著性差异。【结论】matK序列是柑橘及其近缘属植物DNA条形码的未来研究中一个重要的候选片段。     

基于ITS条形码序列的枸杞属植物鉴定

采用改进CTAB法提取枸杞(Lycium Chinense Mill.)叶片DNA,利用合成的特异引物对其DNA中nr DNA ITS区进行扩增,利用ITS条形码序列,对枸杞属种质资源进行鉴定,分析其亲缘关系。结果表明,测序得到了17份枸杞属近缘种的ITS条形码序列,整个ITS序列长度变异范围为603~632 bp,平均为624 bp,整个转录间隔区(ITS1+ITS2)对位排列后总长度为480 bp,有194个变异位点,占40%;保守位点288个,占60%。聚类分析结果表明,17份种质资源可分为5个大类群。基于ITS条形码序列分析在鉴定枸杞属种质遗传多样性及其亲缘关系具有一定的优越性。     

如何加强刨花润楠栽培的管理

刨花润楠为樟科润楠属乔木,外形高大,具有生长速度快、适应能力强及木质好并用途广泛等诸多优点.随着近年来社会发展的快速进步,对于刨花润楠这种木材的需求量也随之增大,所以应充分重视刨花润楠的栽培管理工作.本文将通过对刨花润楠的生长特性及形态特征等方面进行有效的概述,分析并总结出切实的加强刨花润楠栽培的管理措施.     

3种黄檀属木材DNA条形码识别研究

以降香黄檀、交趾黄檀和微凹黄檀木材为研究对象,提取木材DNA并扩增trnL和trnS-trnG序列,比较黄檀属候选DNA条形码序列的扩增和测序成功率,构建系统发育树并评价不同DNA条形码序列的鉴定能力。结果表明：3种黄檀属木材叶绿体编码基因片段trnL和叶绿体基因间隔区trnS-trnG序列的PCR扩增成功率分别为82%和59%,PCR产物克隆测序成功率均为100%。候选DNA条形码序列种间的碱基变异和插入缺失数量均高于种内。基于叶绿体编码基因序列trnL构建的系统进化树能够成功区分3种黄檀属木材。     

基于matK条形码序列鉴定枸杞属种质资源

【目的】本研究旨在通过DNA条形码技术,以matK基因为条形码编码序列对枸杞属种质资源10份试验材料进行鉴定分析,从而在分子水平上获得鉴定枸杞属植物的理论依据。【方法】首先利用ClustalX软件比对序列,然后用Mega7.0获得序列信息并比较序列间的差异,最后基于K2P模型构建系统发育树。【结果】matK序列总长为936 bp,保守位点933个,变异位点3个,GC含量均值为33.3%,碱基转换颠换值为1.8,其系统发育树分成了两大支,黑果、黄果变和昌吉枸杞聚为一大支,其余品种聚为一大支,各分支内部均具有较高的自展支持率。【结论】因此,matK序列可以作为初步鉴定枸杞属植物的DNA条形码。     

湖北省兴山县野生楠木资源调查

【目的】为了解湖北省兴山县的野生楠木资源分布状况、种群结构及其群落特征。【方法】采用样方法分别在兴山县的南阳镇、古夫镇和峡口镇对楠木资源分布集中地段进行野外实地调查,并记录其生境条件和群落特征。【结果】调查区内发现野生楠木类植物9种,共计274株。包括楠属植物4种,润楠属植物5种,其中多脉润楠(Machilus multinervia)、刨花润楠(M. pauhoi)初步确定为兴山县新分布记录种。其楠木总体分布较零散,仅在龙门河村有集中分布。它们较多分布在阴坡,坡度为36°~40°,海拔在680 m左右的生境条件下。其楠木类植物群落的维管束植物共有68种,隶属于34科58属,以樟科植物为最多。【结论】调查区内楠属植物的种群年龄结构相比润楠属更合理,呈稳定型,而润楠属植物种群年龄结构为衰退型。     

matK序列作为DNA条形码在中药鸡骨草中的应用

采用改良的CTAB法提取来自不同地区的9种中药鸡骨草的总DNA,利用豆科植物通用引物对matK序列进行PCR扩增,将扩增得到的序列提交到GeneBank中获得登录号.最后将所有序列进行聚类分析,计算种间及种内遗传距离,建立系统发育邻接树.结果表明,matK序列的全长为889～895 bp;不同植物之间的遗传距离较大,同种植物之间的遗传距离较小,且最大的种内遗传距离小于最小的种间遗传距离.因此,matK序列可以作为豆科植物的DNA条形码.     

濒危龙树科植物DN A条形码鉴定方法

为了建立濒危龙树科植物DNA条形码鉴定方法,本研究选取rbcL、matK、ycf1b等3对引物对9种21份龙树科植物进行DNA提取、序列扩增及产物测序,比较序列扩增效率和测序成功率;应用DNASTAR Lasergene软件对测得的双向序列进行拼接;使用ME GA-X软件进行序列比对,分析种内和种间变异;使用邻接法构建系统聚类树.结果表明,ycf1 b序列可以区分龙树科4个属的植物,聚类效果好,种间存在可靠序列差异,可作为龙树科植物DNA条形码鉴定的有效序列片段.     

凉粉草DNA条形码通用序列的筛选及其混伪品分子鉴定

提取凉粉草基因组总DNA,使用通用引物扩增核基因ITS1、ITS2序列和叶绿体psbA-trnH、rbcL、matK序列并进行测序,使用CodonCode Aligner软件对完整序列进行拼接并对其进行比对,使用MEGA 7.0邻接法(neighborjoining,NJ)法构建系统聚类树。结果表明,matK序列扩增成功率低;ITS1序列存在单一变异位点且测序成功率低;ITS2、rbcL和psbA-trnH等3个序列无变异位点,序列扩增成功率、测序成功率高,序列长度在233~671 bp,从系统聚类树上得出ITS2序列可以将凉粉草与其他3种混伪品区分开,而rbcL和psbA-trnH序列在区分时存在一定的混淆。ITS2序列可以考虑作为鉴别凉粉草的优选序列。     

基于GenBank数据探讨兜兰属植物DNA条形码

为筛选出适合兜兰属植物的DNA条形码序列。本研究基于GenBank中下载的29种兜兰属植物的253条序列,利用遗传距离法及分子系统学方法分析兜兰属植物候选条形码。结果表明,在选取的3个候选序列片段中对兜兰属植物鉴定的成功率最高的是核糖体ITS(nrITS)序列,分辨率为62.96%,其次是叶绿体matK序列,分辨率为50%,最后是叶绿体rbcL序列,分辨率仅为21.43%,因此,本研究推荐nrITS序列作为兜兰属植物的DNA条形码候选序列,叶绿体matK序列作为补充序列。     

刺猬紫檀木材DNA条形码鉴定研究

该文以采自不同产地的刺猬紫檀木材为研究对象,提取并扩增核ITS2、叶绿体mat K基因及叶绿体基因间隔序列ndhF-rpl32,采用BLAST和NJ树法评价不同DNA条形码候选序列的鉴定能力。结果表明,ITS2序列具有最高的扩增和测序效率,ITS2序列的平均种间遗传距离也明显高于种内遗传距离。ITS2序列可以将刺猬紫檀木材与其他同属近缘紫檀属树种木材区分开来。     

湖北省远安县野生楠木群落特征

  目的  探索湖省北远安县野生楠木群落的物种组成、结构和特征，完善宜昌地区野生楠木资源分布记录。  方法  采用样方法对湖北省远安县的鸣凤镇、花林寺镇、嫘祖镇的野生楠木群落进行实地考察，记录野生楠木的种类分布和生境条件，并运用群落生态学的方法进行统计分析。  结果  ①调查区内野生楠木类植物有5种，包括楠属Phoebe植物2种，分别为白楠 Ph. neurantha和竹叶楠 Ph. faberi；润楠属Machilus 植物3种，分别是宜昌润楠 M. ichangensis、刨花润楠 M. pauhoi和多脉润楠 M. multinervia，其中多脉润楠和刨花润楠被初步确定为远安县新分布记录种。②调查区楠木类植物群落的维管束植物共有73种，隶属于35科61属，其中21科为单属单种。群落中的高位芽植物分布最多，地下芽和地面芽植物较少；物种胸径级主要为Ⅲ级(5.0 cm ≤ D_BH＜7.5 cm)或Ⅳ级(7.5 cm ≤ D_BH＜22.5 cm)，有少量Ⅴ级（D_BH≥22.5 cm)树种。Shannon-Wiener指数(H′)、Simpson优势度指数(D_s)和均匀度指数(J_sw)在3个乡镇之间均无显著性差异(P＞0.05)，只有Margalef丰富度指数(R)存在显著差异(P＜0.05)。  结论  湖北省远安县野生楠木资源丰富，物种多样性指数高，群落结构合理，区域内野生楠木资源现状较好，但应进一步加强保护。图3表3参28     

枇杷核基因组DNA提取方法的改良及其SSR分析

[目的]获得高质量基因组DNA,探讨并改进快速提取枇杷基因组DNA的方法。[方法]比较了3种传统的基因组DNA提取方法并对CTAB法进行改良,同时以27对适用苹果属扩增的SSR特异引物,对15种枇杷品种和2个组合的杂交后代进行PCR扩增,分析品种扩增片断多态性构建聚类关系树,统计了杂种后代等位性位点。[结果]改良CTAB法所提取的DNA具有良好的质量;27对引物15个品种中扩增出33个多态性片段,用NTYST软件进行分析聚为6类;一个杂种杂交后代扩增出32条片段,确定22个等位位点。[结论]改良CTAB适合于快速提取枇杷基因组DNA,SSR在枇杷基因组中具有多态性。     

基于SRAP分子标记的刨花润楠遗传多样性分析

采用相关序列扩增多态性分子标记方法,对7个省份23个种源的刨花润楠进行遗传多样性分析。结果表明:1)12对引物组合共扩增出157条带,其中115条为多态性条带,占总条带数的73.24%;2)12对引物的多态性指数介于0.406～0.502,平均值为0.476;3)通过分子方差分析发现,刨花润楠种源内差异占总差异的72.19%,种源间差异占总差异的27.81%,种源内差异为刨花润楠差异的主要来源;4)基于遗传距离的聚类分析显示,23个种源的刨花润楠可分为4类:第1类为湖南、广东、广西的所有参试种源和江西多数种源,第2类为浙江参试的3个种源,第3类为江西婺源和安徽黄山2个种源,第4类为福建参试的4个种源,分类结果表现出明显的地理趋势。本研究结果为刨花润楠种质资源的保存及良种选育提供了一定理论基础。      

中国兰中几种常见DNA条形码标准序列的PCR扩增方法

[目的]DNA条形码技术是分子鉴定的最新进展之一,为了研究中国兰的DNA条形码技术,实现中国兰的快速鉴定。[方法]该文通过电泳成像技术、BLASTN核苷酸相似序列检验等分析方法,对一种中国兰ITS、ITS2、psbA-trnH、rbcL、matK等常用DNA条形码标准序列PCR扩增的方法进行了可行性检验。[结果]该方法可以在中国兰中有效扩增ITS2、psbA-trnH、rbcL、matK等条形码序列,并通过双向测序获得序列信息,ITS标准序列由于引物存在非特异性扩增,需要重新设计合适的引物。[结论]利用该方法,可以有效获得中国兰中ITS2、psbA-trnH、rbcL、matK等几种常见DNA条形标准序列,并大大简化了PCR反应操作步骤,为进一步研究中国兰的DNA条形码技术提供了参考和借鉴。     

桃小食心虫基因组DNA提取方法比较研究

以桃小食心虫(Carposina niponensis Walsingham)为材料,分别采用CTAB法,冰KAc法,SDS-PK法和试剂盒法提取桃小食心虫的基因组DNA.通过电泳、紫外光谱分析和ISSR-PCR扩增等检测手段,比较分析了DNA纯度.结果表明:CTAB法和SDS-PK法提取的DNA质量明显优于冰KAc法和试剂盒法,适用于PCR扩增.与其他方法比较,SDS-PK法提取的DNA经过PCR扩增后得到的多态性位点最多.因此,SDS-PK法是实验室提取桃小食心虫基因组有效、经济实用的方法.