林麝(Moschus moschiferus)FSHR基因的克隆及进化分析

【目的】克隆林麝FSHR基因有助于了解其结构、功能及进化。【方法】运用PCR产物克隆测序的方法获得了FSHR基因的DNA序列序列,并运用Chmmosoma 1.62、DNAStar 7.2等生物信息学软件分析了基因的进化和相关蛋白质性质。【结果】获得一段全长为2 088 bp的林麝FSHR基因DNA序列,含有一个CDS区(1 971 bp)和5’UTR区(117 bp),共编码656个氨基酸残基(GeneBank登记号为:MG787948);蛋白为疏水性蛋白。碱基序列的同源性分析发现在偶蹄目中具有很高的同源性,林麝与家牛(Bos taurus)的相似性最高(96.1%),与原鸡(Gallus gallus)最低(71.2%)。基因进化分析显示用13个物种FSHR基因CDS序列构建的NJ树与ME树结构一致,表明FSHR基因适合用于构建不同物种间的系统进化树。【结论】林麝FSHR基因的克隆和进化分析为今后深入研究促卵泡激素受体基因功能以及开展林麝相关功能基因的表达机制研究提供了理论依据。     

绒山羊Y染色体Amelogenin基因BAC筛选与鉴定

Amelogenin基因是控制牙釉蛋白的表达基因.它不仅在动物牙齿发育过程中起重要的调控作用,而且可用于动物性别鉴定.为了获得绒山羊Amelogenin基因全序列、研究绒山羊牙齿的进化过程、实施牙齿保护,本研究根据GenBank收录的绵羊Y染色体基因Amelogenin-intron4序列设计引物,以绒山羊基因组DNA为模板,通过PCR技术,进行绒山羊BAC文库Amelogenin筛选与克隆.测序后得到259bp的目的序列.此片段与其他物种进行核苷酸序列比对,结果显示,与绵羊、牛同源性分别达98％和96％,而与人、黑猩猩、老鼠无同源性.属于GT-AG型内含子,具有增强Amelogenin基因转录的作用,并且通过实验筛选出该片段所在的BAC为山羊Y染色体的BAC.     

河西绒山羊DQB1基因核苷酸序列变异和跨种进化

DQB1基因在抗原呈递和免疫系统中发挥重要的作用。为了研究河西绒山羊DQB1基因的核苷酸序列变异和跨种进化,采用PCR-SSCP和测序技术,检测899只河西绒山羊DQB1基因的多态性,并用来自山羊、绵羊和黄牛DQB1基因的33条核苷酸序列构建NJ树。结果表明,河西绒山羊DQB1基因存在6个等位基因和34个核苷酸变异位点,变异位点数目占分析位点数目的15.53%。经与GenBank中山羊DQB1基因的核苷酸序列比对后发现,5个等位基因为首次发现。系统进化研究表明,山羊DQB1基因的所有核苷酸序列均聚在第1支中,部分核苷酸序列与绵羊、牛的序列相似性高于山羊之间的序列相似性。因此,河西绒山羊DQB1基因多态性丰富,在山羊、绵羊和牛中存在跨种多态性。     

乌苏里貉MC4R基因的克隆及分子进化分析

对乌苏里貉MC4R基因进行克隆测序,并与GenBank中其他物种的相应基因编码区核苷酸序列进行比较分析,采用邻接法构建貉与其他物种间分子系统进化树.结果表明,乌苏里貉MC4R基因与貉、犬、赤狐、北极狐、人、黑猩猩、牛、非洲象、猪、大鼠、小鼠在该编码区核苷酸序列上的同源性大小分别为99.7%、98.7%、98.7%、98.8%、88.9%、88.7%、88.1%、89.5%、87.4%、87.4%、86.2%,不同物种间在该基因核苷酸序列上有较高的保守性.利用MEGA生物学软件基于Mc4R核苷酸序列对20种脊椎动物进行的聚类分析结果显示,犬科动物与哺乳动物为一紧密类群,鸡与斑马鱼为一松散类群,该聚类结果与公认的动物分类及进化关系拟合.     

藏绵羊生长激素(GH)基因的克隆及序列分析

【目的】对藏绵羊生长激素(GH)基因进行了克隆和序列分析,以期为进一步开展藏绵羊GH基因与其生长发育性状的相关分析以及基因定位、表达调控等研究提供理论基础。【方法】用特定引物对藏绵羊GH基因进行PCR扩增、克隆和测序,使用DNAMAN4.0、BioEdit 7.0.0、DnaSP 4.10.1等生物信息学软件进行序列分析和比较基因组学研究。【结果】藏绵羊GH基因(GenBank登录号EF077162)由5个外显子和4个内含子组成,完整编码序列(Complete coding sequence,CDS)全长为654 bp。5个外显子大小分别为13,161,117,162和201 bp;4个内含子大小分别为246,227,229和275 bp;内含子与外显子的连接区序列遵循基因组成规则。信号肽由26个氨基酸组成,成熟肽由191个氨基酸组成。藏绵羊与已报道的其他绵羊GH基因编码区核苷酸序列及推导的氨基酸序列同源性均为99.0%~100%;而与山羊、普通牛、瘤牛、大额牛、牦牛、水牛各物种在GH基因编码区核苷酸序列上同源性分别为98.4%,98.0%,97.7%,97.5%,97.5%,98.1%;相应的氨基酸序列间同源性分别为100%,99.0%,99.0%,98.1%,98.6%,98.1%。【结论】成功地克隆了藏绵羊GH基因;牛科物种内,藏绵羊与已报道的其他绵羊以及与山羊、普通牛、瘤牛、大额牛、牦牛、水牛等物种在GH基因编码区核苷酸序列和推导的氨基酸序列上均具有较高的保守性。     

新疆巴什拜羊BPI基因cDNA全长的克隆及序列分析

【目的】克隆巴什拜羊杀菌/通透性增强蛋白(BPI)的cDNA序列,为研究该蛋白的结构和功能奠定基础。【方法】采集巴什拜羊外周血液,从中分离得到中性粒细胞后提取RNA。根据GenBank中牛BPI基因的cDNA序列设计兼并引物,用RT-PCR方法扩增巴什拜羊BPI基因部分序列,再根据已知的巴什拜羊BPI基因部分序列设计RACE引物,分别扩增出5′和3′端目的片段,分别回收克隆的目的基因片段,再与pMD18-T载体连接,分别转化到大肠杆菌DH5α中,筛选阳性克隆,将重组菌测序后进行拼接,获得巴什拜羊BPI基因全长cDNA序列,并对序列进行分析。【结果】克隆的巴什拜羊BPI基因cDNA序列全长1 922bp,其中开放阅读框为1 452bp,共编码483个氨基酸;BLAST分析表明,巴什拜羊BPI基因的核苷酸序列与绵羊、牛、虎鲸、野猪、猕猴、人、家兔、小鼠、非洲爪蟾核苷酸的一致性分别为99%,91%,78%,74%,64%,61%,58%,53%和50%;氨基酸进化分析显示,巴什拜羊首先与绵羊聚为一类,其次与牛聚为一类,该聚类分析结果与生物学分类结果表现一致。【结论】通过RACE方法成功地克隆了1 922bp的巴什拜羊BPI基因cDNA全长序列,且基因进化树聚类结果与生物学分类结果相一致。     

川中黑山羊OPN基因cDNA克隆及生物信息学分析

以川中黑山羊为研究对象,对OPN基因CDS区进行克隆测序及生物信息学分析,并与GenBank其他物种该基因进行序列比对,结果表明,川中黑山OPN基因全长952 bp,包含1个834 bp的完整的CDS编码区,编码278个氨基酸;OPN的CDS编码区核苷酸序列与绵羊、牛、猪、人、马、小鼠、鸡相应序列的同源性分别为98%、95%、79%、79%、70%、47%。     

内蒙古绒山羊MTNRla基因外显子2克隆及序列分析

依据已发表的绵羊MTNRla基因外显子2扩增引物序列,以内蒙古绒山羊基因组DNA为模板进行PCR扩增,得到824bp的基因序列,将扩增产物进行克隆测序后与GenBank数据库进行序列同源性比较分析,结果表明,绒山羊MTNRla外显子2扩增序列与已发表的山羊同源性为99.2%,与绵羊、牛、人、鼠同源性分别为98.5%、96.8%、82.O%和78.4%,内蒙古绒山羊MNTRla基因第2外显子氨基酸序列与已发表的山羊氨基酸序列的同源性为97.7%,与已发表的绵羊、牛、人和鼠的氨基酸同源性分别为94.1%、91.8%、82.2%、83.1%.     

内蒙古白绒山羊蛋白激酶B/AKT基因的克隆及表达模式分析

 【目的】克隆内蒙古白绒山羊AKT基因cDNA并分析其基本表达模式。【方法】RT-PCR克隆AKT基因 cDNA。通过在线软件BLAST进行核酸序列分析,用SMART与Psite进行氨基酸序列分析。半定量RT-PCR检测AKT基因在绒山羊组织中的表达特异性。Western blotting检测绒山羊胎儿成纤维细胞中AKT表达。【结果】克隆到的内蒙古白绒山羊AKT基因cDNA片段长 1 443 bp,包含了编码480个氨基酸残基的全长ORF,氨基酸序列与绵羊（NM_001161857.1）同源性为97%。SMART分析表明,ORF编码的蛋白包含了可与3-磷酸肌醇结合的PH结构域及具有丝氨酸/苏氨酸激酶催化活性的S_TKc结构域。Psite分析表明,含有1个cAMP-/cGMP-依赖性蛋白激酶磷酸化位点、6个蛋白激酶C磷酸化位点、10个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点、2个蛋白激酶ATP结合区信号和1个丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶活性区域。PSORT程序预测其定位于细胞质中。AKT基因mRNA丰度在睾丸、脑和肾中较高,在脾、肝、肺及乳腺组织中相对低。绒山羊胎儿成纤维细胞中抑制mTOR活性,AKT表达量降低。【结论】内蒙古白绒山羊AKT基因cDNA全长ORF的核苷酸序列与绵羊的AKT基因具有很高的同源性,AKT基因在脾、睾丸、脑、肝、肺、乳腺及肾组织中均有表达,其AKT的表达受mTOR信号通路的调控。     

牦牛Cygb基因的克隆及序列分析

【目的】对牦牛Cygb基因进行克隆与序列分析,为进一步深入研究Cygb基因在牦牛对低氧环境适应性中的作用提供理论基础。【方法】参照GenBank中牛的Cygb基因序列设计引物,提取牦牛肝组织RNA,以反转录合成的cDNA为模版,克隆牦牛Cygb基因并进行测序,运用生物信息学软件对所得序列进行分析。【结果】牦牛Cygb基因编码区全长573bp,编码190个氨基酸,编码产物分子质量21.5ku,理论等电点为6.61。蛋白预测表明,Cygb编码蛋白整体表现为亲水性,蛋白质的二级结构主要由α螺旋及延伸链构成。同源性分析表明,11条序列当中牦牛与牛、绵羊等物种具有较高的同源性,在系统发育树中距离最近,其中牦牛与牛的同源性最高,达到99.0%。【结论】克隆到573bp的牦牛Cygb基因编码区全长序列,该序列在哺乳动物中具有很高的保守性。