臭氧对矿泉水中致病菌的杀灭效果

采用悬液定量杀菌和流动杀菌的方法,对铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)、粪链球菌(Streptococcus faecium)和大肠杆菌(Escherichia coli)的臭氧消毒效果进行了研究。结果表明,悬液定量杀菌试验中,臭氧浓度0.36 mg/L,作用10 min后,铜绿假单胞菌存活率小于1.0%;臭氧浓度0.31 mg/L,作用3 min后,粪链球菌存活率小于0.1%;臭氧浓度在0.45 mg/L及以上,作用10 min后,大肠杆菌存活率在2.0%以下。流动杀菌试验中,臭氧浓度0.20~0.60 mg/L,作用3 min后,大肠杆菌、铜绿假单胞菌和粪链球菌的存活率在0.01%以下,即杀灭率在99.99%以上。     

外源微生物强化蓖麻对铅的吸收与积累研究

采用温室盆栽(土壤Pb浓度为300 mg·kg-1)试验,将3株Pb抗性菌株——蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)和铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)分别接种于蓖麻根际,研究铅抗性菌株对蓖麻吸收积累铅的影响.结果表明,蜡样芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌和铜绿假单胞菌处理的植物地上部Pb吸收量分别比对照增加40%、18%和19%(P＜0.05).这说明上述细菌对蓖麻积累Pb均有促进作用,外源微生物对强化蓖麻修复铅污染土壤具有一定的潜力.     

不同作用条件对纳米二氧化钛光催化抑菌效果的影响

研究了不同作用条件对纳米二氧化钛光催化抑菌效果的影响。结果显示:当纳米二氧化钛浓度增加时其对大肠杆菌(Escherichia coli)和铜绿假单胞菌(Pseudomonas aerginosa)的抑菌作用呈先升高后降低的趋势,最佳浓度值为0.4 g/L;光照强度越高,初始菌液浓度越低,纳米二氧化钛的光催化抑菌效果越好;在相同实验条件下,纳米二氧化钛对大肠杆菌的抑菌效果优于对铜绿假单胞菌的抑菌效果。     

不同作用条件对纳米二氧化钛光催化抑菌效果的影响

研究了不同作用条件对纳米二氧化钛光催化抑菌效果的影响。结果显示:当纳米二氧化钛浓度增加时其对大肠杆菌(Escherichia coli)和铜绿假单胞菌(Pseudomonas aerginosa)的抑菌作用呈先升高后降低的趋势,最佳浓度值为0.4 g/L;光照强度越高,初始菌液浓度越低,纳米二氧化钛的光催化抑菌效果越好;在相同实验条件下,纳米二氧化钛对大肠杆菌的抑菌效果优于对铜绿假单胞菌的抑菌效果。     

细胞电融合构建高效蒽降解重组菌株的研究

通过An815与带EGFP标记的铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa/EGFP)原生质体电融合,得到一株融合子R2,该融合子不仅具有An815菌高效降解蒽的能力,而且具有铜绿假单胞菌产生生物表面活性剂的能力,在72 h内将蒽从100 mg.L-1降解至27.9 mg.L-1,降解能力比出发菌An815提高了22%。     

富贵子内生真菌的分离及抗菌活性物质产生菌的鉴定

从药用植物富贵子植株中分离出内生真菌,以大肠杆菌(Escherichia coli)、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、蜡状芽孢杆菌(Bacillus cereus)、铜绿假单胞杆菌(Pseudomonas aeruginosa)为指示菌,采用内生真菌发酵液法进行抗菌活性筛选,并通过ITS-rRNA测序的方法进行菌株鉴定。结果表明:从富贵子中分离纯化得到的43株内生真菌中,有63%的菌株表现出不同程度的抑菌活性,其中有3株菌株对大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、枯草芽孢杆菌、蜡状芽孢杆菌、铜绿假单胞杆菌均有抗性,分别命名为FGZ5、FGZ8、FGZ13,经形态学及分子生物学鉴定,FGZ5属镰刀菌属,与NCBI数据库中尖孢镰刀菌相似性为100%,FGZ8、FGZ13属毛壳菌属,FGZ 8与NCBI数据库中金黄毛壳菌相似性为99%,FGZ13与NCBI数据库中角毛壳菌相似性为100%。其中,毛壳菌已有报道对多种植物病害有生防作用,可作为农业生防菌株进一步开发和利用。     

荷叶乙醇提取物对肉类致腐菌的抑制作用

采用牛津杯法测定了荷叶乙醇提取物对大肠埃希氏菌(Escherichia coli)、荧光假单胞菌(Pseudomonas fluorescens)、铜绿假单胞菌(P.aeruginosa)、蜡叶芽枝霉(Cladosporium herbarum)、酵母菌(Saccharomycete sp.)等肉类致腐菌的抑菌活性.结果表明,荷叶乙醇提取物对大肠埃希氏菌、荧光假单孢菌、铜绿假单孢菌和酵母菌有一定的抑菌作用,且其抑制作用随荷叶提取物中黄酮浓度的增加而增大,但对枝霉无抑菌性.该提取物中黄酮对大肠埃希氏菌、荧光     

细胞电融合构建高效蒽降解重组菌株的研究

通过An815与带EGFP标记的铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa/EGFP)原生质体电融合,得到一株融合子R2,该融合子不仅具有An815菌高效降解蒽的能力,而且具有铜绿假单胞菌产生生物表面活性剂的能力,在72 h内将蒽从100 mg.L-1降解至27.9 mg.L-1,降解能力比出发菌An815提高了22%。     

油污土壤降解细菌的分离鉴定及其生物强化研究

从大庆油田长期石油污染的土壤中分离出高效降解石油烃的菌株5种,通过生理生化分析和16Sr D-NA全序列分析,初步确定为Pseudomonas sp.(假单胞菌属)、Pseudomonas aeruginosa(铜绿假单胞菌属)、Aci-netobacter junii(琼氏不动杆菌属)、Microbacterium oxydans(微杆菌属)、Pseudomonas aeruginosa(铜绿假单胞菌属)。在摇瓶培养和土壤固体培养条件下的石油烃降解率都远远高出了对照组。同时通过改变初始盐浓度、N源和P源,初步探测了各菌株的最适生长和降解条件,为本土微生物强化的生物修复方法提供了新的菌种资源和信息,对进一步有效实现本土微生物强化具有重要意义。     

七彩山鸡养殖场铜绿假单胞菌的耐药性、多位点序列分型及遗传进化分析

【目的】探究广东省七彩山鸡养殖场中铜绿假单胞菌Pseudomonas aeruginosa的流行特点、耐药性、多位点序列分型(Multi-locus sequence typing,MLST)及遗传进化背景,为临床合理用药提供参考。【方法】从广东省3个规模化七彩山鸡养殖场收集孵化死胚及周围环境样本进行铜绿假单胞菌的分离鉴定,采用K-B纸片扩散法测试其对22种抗菌药物的敏感性,利用MLST分析铜绿假单胞菌分离株的分子流行特点。将各ST型的7个管家基因序列按顺序拼接,用MEGA7软件对拼接好的序列进行遗传进化分析。【结果】在采集的514份样本(死胚样本405份、环境样本109份)中共分离到铜绿假单胞菌145株(分离率28.2%),其中,24株来源于环境样本(分离率22.0%,24/109),121株来源于死胚样本(分离率29.9%,121/405)。145株铜绿假单胞菌除对氨苄西林、卡那霉素和萘啶酸天然耐药外,对复方新诺明、氯霉素和四环素的耐药性较强,耐药率分别为100%、80.0%和77.2%,其次为头孢噻肟(耐药率23.4%)。除天然耐药外,多重耐药的铜绿假单胞菌占比达73.1%(10...     

6种模式生物热休克蛋白70家族的进化分析

[目的]研究柄海鞘和其他5个物种的热休克蛋白70家族的系统发育关系。[方法]通过在Ensembl中下载与筛选,获得柄海鞘和其他5种生物的热休克蛋白70家族的氨基酸序列,对其进行系统发育树和基因结构分析,并阐明其系统发育关系。[结果]经过筛选,共获得了来自线虫、果蝇、柄海鞘、斑马鱼、家鸡和人类6种生物的热休克蛋白70家族的33个氨基酸序列,其中25个具有明确的基因结构。系统发育分析表明,系统发育树并未完全按照来源物种聚类;6种生物热休克蛋白70的氨基酸序列相当保守,但其内含子插入位点并不整齐,表明热休克蛋白70家族是一个多基因、多结构的家族。[结论]这6个物种均发生了基因复制事件,新产生的基因仅仅是冗余的存在,还是具有新的功能,仍需作进一步的研究。     

水稻dirigent基因家族生物信息学分析

摘　要：利用现有的水稻生物信息资源,共鉴定出了53个水稻dirigent (OsDIR)基因,它们分布在8条水稻染色体上;基因结构分析显示,有32个OsDIR基因不含内含子,占总数的60.4%;保守功能区域预测表明,OsDIR基因至少含有1个保守的DIR功能域;模块预测显示,水稻DIR蛋白拥有至少10个大小不同的保守模块,且不同模块在基因家族成员中出现的频率有较大的差异;蛋白序列比对表明,该基因家族蛋白保守序列均位于DIR功能域内;蛋白功能预测表明,大多数OsDIR蛋白为稳定的疏水性蛋白,表达于大多数细胞器中,且在细胞壁中表达最为丰富;同源基因分子遗传进化分析表明,OsDIR基因可分为5个亚类,功能域片段与基因的复制特征表明,OsDIR基因可能起源于共同的祖先(基因)。     

基于频繁模式的蛋白质序列分类

蛋白质序列的分类是预测新蛋白质序列的结构和功能的重要方法,已有的方法主要基于序列比对或概率后缀树。文章设计一种基于频繁模式的蛋白质序列分类算法CFS,使用每类数据独有的频繁模式代表该类,然后应用各类的频繁模式对测试数据进行分类。试验结果表明,CFS方法可以获得较好的分类精确度,使用频繁模式作为类代表,使得分类更直观,易于理解,而且更具有生物信息学意义。     

The protein kinase family: conserved features and deduced phylogeny of the catalytic domains

In recent years, members of the protein kinase family have been discovered at an accelerated pace. Most were first described, not through the traditional biochemical approach of protein purification and enzyme assay, but as putative protein kinase amino acid sequences deduced from the nucleotide sequences of molecularly cloned genes or complementary DNAs. Phylogenetic mapping of the conserved protein kinase catalytic domains can serve as a useful first step in the functional characterization of these newly identified family members.     

苹果SBP基因家族生物信息学分析

首先利用生物信息学方法对苹果42条SBP蛋白序列的系统发生和SBP基因组定位进行分析,然后对其氨基酸组成成分、理化性质以及二级和三级结构进行预测和分析,同时还分析了苹果与拟南芥的SBP基因家族之间的联系。结果显示着42条蛋白序列与拟南芥16条SBP蛋白序列一起被分成了7个亚族,拟南芥与苹果SBP基因间具有较高的保守性。基因组定位结果显示42条SBP基因分布在12条染色体上。研究还发现不同亚族间氨基酸数目、氨基酸序列疏水性存在一定的差异;二级结构预测分析发现,42条氨基酸序列以随机卷曲和α-螺旋为主要组成部分,而且42条氨基酸序列三维结构相似。     

葡萄GRAS基因家族生物信息学分析

为研究葡萄中GRAS基因家族的特征,本文首先利用生物信息学方法对葡萄91条GRAS蛋白序列的系统发生和GRAS基因组定位进行分析,然后对其氨基酸组成成分、理化性质以及二级和三级结构进行预测和分析,同时还分析了葡萄与拟南芥的GRAS基因家族之间的联系。结果显示这91条蛋白序列与拟南芥35个GRAS基因蛋白序列一起分成了8个亚族,说明拟南芥与葡萄GRAS基因间具有较高的保守性。基因组定位结果发现91条GRAS基因分布在17条染色体上。研究还发现不同亚族间氨基酸数目、氨基酸序列间的疏水性存在一定的差异;而二级结构预测结果发现,91条氨基酸序列以α-螺旋和随机卷曲为主要组成部分,且91条氨基酸序列三维结构相似。     

飞蝗表皮蛋白Obstructor家族基因的分子特性及基于RNAi的功能分析

 【目的】获得飞蝗（Locusta migratoria）表皮蛋白Obstructor（Obst）家族基因的cDNA序列,并研究其序列特征和mRNA表达特性,探讨其生物学功能,为害虫防治提供新的分子靶标。【方法】采用生物信息学方法搜索飞蝗转录组数据库获得Obst家族基因cDNA片段,并进行BLAST分析得到Obst家族基因的cDNA序列;采用RACE技术扩增该家族基因的3′cDNA序列,拼接后获得全长;SignalP在线软件分析蛋白的信号肽,SMART网站预测其功能域,并使用Mega 5.10软件中Neighbor-Joining方法,与黑腹果蝇（Drosophila melanogasterObst家族基因和赤拟谷盗（Tribolium castaneumCPAP3家族基因（Obst家族基因的同源基因）氨基酸序列进行聚类分析;采用real-time quantitative PCR（qPCR）方法检测LmObst家族基因在5龄若虫不同组织部位和不同龄期体壁的表达情况,绘制表达图谱））;采用RNA干扰（RNAi）技术探讨LmObsts对飞蝗发育的影响。【结果】在飞蝗转录组数据库中搜索得到8个Obst家族基因的cDNA片段,通过NCBI进行BLAST分析显示与赤拟谷盗CPAP3、黑腹果蝇Obst高度同源,属于LmObst家族基因片段,其中5个是全长序列,3个序列缺失3′端;采用RACE技术获得3′末端cDNA序列;将得到的8个LmObst家族基因全长序列进行功能域分析,发现具有Obst家族表皮蛋白的特点,即有1个信号肽与3个几丁质结合域ChtBD2;并与黑腹果蝇、赤拟谷盗同源基因进行进化树的构建,根据进化树分析结果,分别命名为LmObst-A1、LmObst-A2、LmObst-B、LmObst-C、LmObst-D1、LmObst-D2、LmObst-E1和LmObst-E2。qPCR结果显示LmObst-E1和LmObst-E2在前肠和后肠高特异性表达,LmObst-D1在体壁和前肠高表达,其他LmObsts在体壁或外胚层内陷形成的前肠和后肠高表达,在胃盲囊、中肠、马氏管和脂肪体中低表达;LmObst家族基因在5龄若虫不同天数体壁的表达趋势比较接近,在5龄前期高表达,中期降到最低,蜕皮前又上升到高水平。采用RNAi技术研究基因的生物学功能,5龄若虫第5天分别注射dsLmObst,对照组注射等量dsGFP,48 h后检测沉默效率,发现目的基因表达量显著降低;进一步观察发现,注射dsLmObst-E1的5龄若虫80%无蜕皮迹象,在5龄若虫状态下死亡,剩余20% 若虫蜕皮延迟1-2 d,并且蜕至成虫后,16 h内全部死亡;其余注射双链的试虫普遍发生蜕皮延迟1-3 d的现象,但未发现其他可见的异常表型。【结论】获得8个飞蝗LmObst家族基因,所有Obst家族蛋白功能域保守,均有1个信号肽与3个几丁质结合域ChtBD2;LmObsts主要参与飞蝗体壁和前、后肠等外胚层发育来源组织器官的形成。LmObst-E1是飞蝗发育所必需的,该基因沉默可导致飞蝗死亡,其他7个LmObsts的沉默导致飞蝗发育延迟1-3 d,但无致死效应。     

两个尼罗罗非鱼品系Hsp70基因序列比对分析

采用RT-PCR技术,对从美国和埃及引进的两个尼罗罗非鱼Oreochromis niloticus品系(以下分别简称为美国尼罗和埃及尼罗)热休克蛋白70(Heat shock proteins 70,Hsp70)基因进行扩增并克隆测序。获得两个品系罗非鱼Hsp70基因完整编码区(code sequences,CDS)cDNA序列,全长为1 923 bp,编码为640个氨基酸,含有Hsp70家族3个签名序列DLGTTYS、IFDLGGGTFD和VVLVGGSTRIPKIQK,以及C末端保守序列EEVD,核定位信号标签KRKHKKDISQNKRALRR;Dank特征基序DLGTT-S-V;胞质Hsp70特征基序EEVD;靠近C端的GGMP4肽序列;2个糖基化位点NKSI和NVSA。结合BLAST分析结果,可以确认,获得的cDNA序列为美国尼罗和埃及尼罗两个品系罗非鱼的完整编码序列。序列同源性分析表明,美国尼罗和埃及尼罗有3个氨基酸位点和12个核苷酸位点不同,美国尼罗Hsp70基因氨基酸序列与莫桑比克罗非鱼同源性最高为99.7%,而与家鼠同源性最低为83.6%。