一株芽孢杆菌16S rRNA的基因序列测定和系统进化分析

从河南黄河稻区土壤中分离出一株具有较强稻瘟病菌拮抗活性的芽孢杆菌菌株BS501,经过形态观察、生理生化特性检测和电镜技术,确定其为芽孢杆菌属细菌,为进一步确定其分类学地位,扩增了 BS501基因组的16S rDNA.并将测序结果提交GenBank数据库(登录号:FJ755787).利用BLAST软件将该序列与枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌等芽孢菌属细曲及大肠杆菌16S rDNA序列进行同源性比对.系统进化树表明,BS501与芽孢菌属细菌存进化关系上组成一个大的分支,与枯草芽孢杆菌最为接近,与大肠杆菌较远.同源性分析表明该序列与枯草芽孢杆菌PRE23同源性达99%,证实该菌株的分类学地位为枯草芽孢杆菌.     

豆制品(茶干)中致腐菌的分离鉴定

以未灭菌真空包装的新鲜茶干为试验材料,培养使其腐败并分离纯化得到4株主要致腐菌。对其形态和菌落特征、生理生化特性进行了系统的研究,并进行了分类鉴定。初步判断曲为芽孢杆菌科芽孢杆菌属,df2为微球菌科葡萄球菌属,df3为链球菌科链球菌属,硝为瘤胃球菌科瘤胃球菌属。对主要致腐菌df1的16SrDNA与已知序列进行同源性比较,鉴定（1n为芽孢杆菌属苏云金芽孢杆菌,并命名为苏云金芽孢杆菌zhou-1。     

巨龙竹组培苗污染优势内生菌的分离与鉴定

【目的】对引起巨龙竹组培苗污染的优势内生菌进行分离与鉴定,为后期巨龙竹组织培养基的优化及预防巨龙竹组织培养过程中内生菌污染提供科学依据。【方法】采用NA培养基分离纯化菌株, 然后通过菌体的形态结构观察、生理生化试验及16S rDNA序列同源性分析,对引起巨龙竹组培苗污染的优势内生菌进行鉴定。【结果】引起巨龙竹组培苗污染的优势内生菌为SWFU03菌株,其形态特征及生理生化试验结果与芽孢杆菌属（Bacillus）坚强芽孢杆菌（Bacillus firmus）的生理生化特征基本相同;16S rDNA序列分析结果表明,菌株SWFU03与坚强芽孢杆菌（GQ903389.1）在同一系统发育分支,其同源性为99.11%。【结论】引起巨龙竹组培苗污染的优势内生菌菌株SWFU03为坚强芽孢杆菌。     

巨龙竹组培苗污染优势内生菌的分离与鉴定

【目的】对引起巨龙竹组培苗污染的优势内生菌进行分离与鉴定,为后期巨龙竹组织培养基的优化及预防巨龙竹组织培养过程中内生菌污染提供科学依据。【方法】采用NA培养基分离纯化菌株, 然后通过菌体的形态结构观察、生理生化试验及16S　rDNA序列同源性分析,对引起巨龙竹组培苗污染的优势内生菌进行鉴定。【结果】引起巨龙竹组培苗污染的优势内生菌为SWFU03菌株,其形态特征及生理生化试验结果与芽孢杆菌属（Bacillus）坚强芽孢杆菌（Bacillus firmus）的生理生化特征基本相同;16S　rDNA序列分析结果表明,菌株SWFU03与坚强芽孢杆菌（GQ903389.1）在同一系统发育分支,其同源性为99.11%。【结论】引起巨龙竹组培苗污染的优势内生菌菌株SWFU03为坚强芽孢杆菌。     

梅花鹿瘤胃液中芽孢杆菌的分离鉴定与系统发育树构建

梅花鹿瘤胃液85℃水浴20 min,接种于普通营养琼脂培养基,挑取菌落,经纯化培养后观察其个体和菌落形态特征,对分离菌株进行生理生化性状鉴定,最后通过对细菌16S r RNA测序,建立系统发育树。结果表明,7株分离菌中2株与枯草芽孢杆菌的序列相似度在99.93%以上,1株与地衣芽胞杆菌的序列同源性达99.76%,3株与赖氨酸芽孢杆菌的序列相似度在99.58%,1株与解木糖赖氨酸芽孢杆菌的序列相似度达99.37%。结合生理生化性状鉴定结果,可确定7株分离菌中3株为芽孢杆菌科芽孢杆菌属成员,4株为芽孢杆菌科赖氨酸芽孢杆菌属成员。     

萘降解菌NAP2-2的16S rRNA基因克隆和系统发育分析

筛选到1株萘降解菌NAP2-2,对其进行了表观及16S rRNA基因的系统发育研究。结果表明,NAP2-2能以萘作为唯一碳源和能源生长。16S rRNA基因同源性分析显示,该菌株为短芽孢杆菌属(Brevibacillus)的一个成员。对萘降解菌16S rRNA基因序列的系统发育学分析表明,降解菌主要分布在变形菌门和厚壁菌门。因此对NAP2-2菌株的分析揭示了短芽孢杆菌属新的生物学特性,为以后利用此类细菌处理多环芳烃污染提供了重要依据。     

药用植物细叶石仙桃内生细菌的分离和分子鉴定

以采自雁荡山、白岩山和划岩山3个样地的细叶石仙桃为材料,在分离和培养内生细菌的基础上,利用分子生物学手段对其进行鉴定。研究结果表明,共分离到13种内生细菌,它们来自果胶杆菌属、克雷伯氏菌属、泛菌属、科泽氏菌属、藤黄色杆菌属、肠杆菌属、假单胞菌属、类芽孢杆菌属和芽孢杆菌属等9个属;栖稻假单胞菌和胶质类芽孢杆菌为雁荡山细叶石仙桃特有,韦氏芽孢杆菌为划岩山细叶石仙桃特有。     

1株耐高温纤维素酶产生菌的分离与鉴定

从环境样品中筛选得到1株耐高温纤维素酶产生菌A13。形态及生理生化特征测定结果表明,A13菌株与芽孢杆菌属(Bacillus)中地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis)的特征基本一致。测定了该菌株的16S rDNA序列并根据16S rDNA构建了系统发育树,在系统发育树中,A13菌株与地衣芽孢杆菌形成一个类群,序列同源性为90%。最终确定该菌株为地衣芽孢杆菌。     

黄鳝肠道益生菌HY-136的鉴定与系统发育分析

对分离自健康黄鳝肠道118株菌进行点种法病原菌拮抗试验,结合产酶能力分析试验结果,得到了对病原菌拮抗作用显著和产酶能力较强的拟选菌株HY-136.通过对该菌株进行形态观察,常规生理生化鉴定和应用API 50 CHB鉴定盒鉴定,结果表明该菌与枯草芽孢杆菌属的形态及生理生化特征相似;进一步利用PCR技术对该菌株16S rRNA序列作测定与分析,序列结果在GenBank中进行Blast同源序列检索,并用Mage4.0软件与芽孢杆菌属的其它菌种进行序列分析比对,结果表明其与已报道的枯草芽孢杆菌序列(登录号为EU346662)具有99.8%的同源性,且二者在所构建的系统发育树上处于同一个分支.确定菌株HY-136为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis).     

藏灵菇发酵乳中醋酸菌的分离纯化与鉴定

从藏灵菇中分离出醋酸菌株FJAT-13797,利用形态学观察、生理生化和16SrDNA方法对其进行细菌学鉴定,菌体形态为圆端直杆,单个或成对,无芽孢,其生理生化特征与醋杆菌属(Acetobacter)基本一致。经16SrDNA基因序列同源性比较和系统发育分析,菌株FJAT-13797鉴定为东方醋酸菌(Acetobacter orientalis)。