2个番鸭群体脂联素基因的遗传变异分析

为进一步开展番鸭的遗传标记筛选提供参考。采用PCR-SSCP和直接测序技术对2个番鸭群体(天柱番鸭和白羽番鸭)脂联素基因进行了多态性检测。结果表明,引物A1检测到G167A沉默突变,位于外显子1,产生3种基因型:AA、AB和BB,但天柱番鸭群体仅检测到AA基因型;在引物A2检测到内含子T290C突变,产生3种基因型:CC、CT和TT;在引物A4检测到G711A沉默突变,位于外显子2,产生3种基因型:EE、EF和FF;在引物A3没有检测到多态。在2个番鸭群体中,A、C和E均为优势等位基因;3个SNP位点在2个番鸭群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。     

白羽番鸭脂联素基因内含子多态与肉质的关联分析

采用PCR-SSCP法对白羽番鸭脂联素基因内含子进行SNP检测,并分析SNP对肉质的遗传效应。结果表明,检测到3种基因型(CC、CT和TT)和2个等位基因(C和T),CT和C分别为优势基因型和优势等位基因。序列比对发现,在内含子内存在1个SNP位点T290C,该位点在白羽番鸭群体中表现为中度多态,处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);最小二乘法分析表明,CC基因型个体的IMF显著高于TT基因型个体(P<0.05),失水率极显著低于TT基因型个体(P<0.01);CT基因型个体的失水率显著低于TT基因型个体(P<0.05)。结果揭示,T290C位点可能对脂肪沉积有显著影响,CC基因型是白羽番鸭肉质较为优良的基因型。     

金定鸭Apo VLDL Ⅱ基因多态性及其与生产性能的关联分析

根据鸡和鸭Apo VLDL Ⅱ基因序列设计3对特异性引物,对金定鸭外显子1、2和4编码区进行扩增,利用PCR-SSCP方法检测单核苷酸多态及其对体重、体尺、屠宰性能、肉品质、总蛋白、血清三酰甘油和总胆固醇的遗传效应。结果表明:外显子1和2未检测到多态;外显子4检测到3种基因型,即AA、AB和BB,AA为优势基因型,A为优势等位基因,序列比对发现在内含子3内发生G47A和G136A突变,外显子4编码区内发生C228T突变,为无义突变;该基因座的遗传杂合度为0.28,属中等遗传杂合度,基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡;AA基因型个体的胸肌水分显著高于BB基因型,AB基因型个体的肌肉剪切力值显著高于BB基因型,而其他指标在各基因型间差异均不显著,推测该片段的多态位点可能对肉品质有一定的影响。     

宣和猪PRKAG3基因外显子5多态性及其与肉质性状的关联

【目的】揭示宣和猪PRKAG3基因外显子5多态性及其与肉质性状的关联。【方法】采用PCR产物直接测序法检测了120头宣和猪PRKAG3基因外显子5区域的SNP位点,借助最小二乘模型分析了各位点不同基因型及合并基因型对6个肉质性状的影响。【结果】宣和猪PRKAG3基因外显子5区域检出3个SNP位点,包括2个同义突变位点(T579C、T580C)和1个错义突变位点(G595A),分别以TT、TT、GA基因型和T、T、G等位基因的频率最高,且都处于Hardy-Weinberg平衡状态。T579C、T580C位点的TT和TC基因型可显著提高大理石纹(P0.05)和降低失水率(P0.01),分别呈显著的加性效应及加性—显性效应(P0.05或P0.01);G595A位点的AA基因型失水率最低(P0.05)、熟肉率最高(P0.05),呈显著的加性效应(P0.05);3个位点的合并基因型TTTTGG、TCTCGG和TTTTAA分别具有最高的大理石纹、pH1和最低的失水率(P0.05或P0.01),CCCCGG基因型的大理石纹和pH1最低、失水率最高(P0.05或P0.01)。【结论】研究结果进一步确认宣和猪PRKAG3基因外显子5多态性与肌肉大理石纹、pH值和失水率显著关联,T579C、T580C位点的CC基因型和G595A位点的GG基因型具有协同降低猪肉品质的效应。     

马Mu阿片受体基因第一外显子的PCRSSCP分析

[目的]采用PCR．SSCP方法对马Mu阿片受体基因第一外显子压域进行分析,以求发现SNP位点。[方法]以纯血马、三河马、乌珠穆沁马、锡尼河马、巴尔虎马和乌审马6个类型马共计297个个体的血样为研究材料,对马Mu阿片受体基因的第一外显子进行PCR扩增和PCR—SSCP分析,并比较不同品种的基因型频率。[结果]通过PCR-SSCP分析确定不同品种马MOR基因第一外显子区域存在多态性,共发现了AA、AB和BB3种基因型,且AA型为优势基因型,等位基因A较B为优势等位基因.除纯血马外,其他各群体中3种基因型均有分布。对AA和BB2种基因型个体PCR产物进行的竞隆测序发现,AA型在第167位发生了A—G的转换。[结论]该研究为丰富马品种的种质特性资料库和分子育种提供理论依据。     

Lpin1基因多态性与黄牛经济性状的关联研究

以6个黄牛品种502个个体为材料,利用PCR-SSCP和DNA测序相结合的方法检测脂素1(Lpin1)基因的多态性,并分析该基因多态性与秦川牛经济性状的相关性。结果发现,黄牛Lpin1基因存在3个SNPs:31735A>G、46137A>C和65969G>A,分别位于内含子1、外显子6和内含子15,其中位于外显子6的突变导致脂素蛋白质第82位的组氨酸变为脯氨酸,为错义突变。3个SNP多态位点与秦川牛的体尺和肉质性状的关联分析表明,31735A>G位点GG基因型个体的胸深、胸围、背膘厚显著高于AA和AG基因型个体(P<0.05);46137A>C位点AC和CC基因型个体的背膘厚显著高于AA基因型个体(P<0.05),CC基因型个体的眼肌面积和大理石花纹评分等级显著高于AA基因型个体(P<0.05);65969G>A位点AA基因型个体的胸深、胸围、眼肌面积和背膘厚显著高于BB基因型个体(P<0.05),BB基因型个体的大理石花纹评分等级显著高于AA和AB基因型个体(P<0.05)。可见,Lpin1基因可能是影响秦川牛眼肌面积、大理石评分和背膘厚性状的主效QTL或者是与之紧密连锁,可作为秦川牛品质改良的辅助选择标记。     

神经肽(NPY)基因多态性与邵伯鸡母系繁殖性状的关联性分析

以神经肽(NPY)基因为候选基因,利用PCR-SSCP技术检测该基因的SNPs,并分析基因多态性与邵伯鸡母系母鸡的开产日龄、开产蛋重、开产体重以及300日龄总产蛋数之间的关联性。结果显示,在NPY基因上发现1个SNP位点,带有1对等位基因A和B,基因频率分别为0.35和0.65;不同基因型仅与开产体重性状间有显著相关,表现为基因型AA个体的平均开产体重比基因型AB个体的平均开产体重重119.03 g,且差异显著(P<0.05),基因型AA个体的平均开产体重比基因型BB个体的平均开产体重重47.6 g,但差异不显著(P>0.05);基因型BB个体的平均开产体重比基因型AB个体的平均开产体重重71.43 g,差异显著(P<0.05)。     

多浪羊NCOA1基因多态性与产羔数的相关分析

分析研究了新疆多浪羊核受体辅激活蛋白基因(Nuclear receptor coactivator1 gene, NCOA1)的多态性及其与产羔数的相关性。结果表明:NCOA1基因存在两个多态位点,分别为内含子12的g.166 397 A>C突变位点和外显子17的g.187 501 G>A突变位点; g.166 397 A>C突变位点的优势基因为A等位基因,基因频率为0.968; g.187 501 G>A突变位点的优势基因为B等位基因,基因频率为0.643,且在该突变位点发生了错义突变,由原编码的丝氨酸(Ser)改变为谷酰胺酸(Gln);在多浪羊NCOA1基因的g.166 397 A>C突变位点,AA基因型个体的产羔数显著高于BB基因型个体的(P<0.05);在多浪羊NCOA1基因的g.187 501 G>A突变位点,BB基因型个体的产羔数显著高于AA和AB基因型个体的(P<0.05)。由此推断NCOA1基因可以作为多浪羊多羔性状的候选基因。     

宗地花猪BMPR-IB基因多态性与繁殖性状的关联性

为验证BMPR-IB基因单核苷酸多态性(SNP)位点与宗地花猪繁殖性状的关联性,从而提高宗地花猪繁殖性能,提供有价值的分子辅助标记,推进宗地花猪的选育进程,以贵州宗地花猪经产母猪为试验材料,利用DNA池和DNA直接测序方法检测BMPR-IB基因的多态性,对各突变位点不同基因型个体与总产仔数、产活仔数、仔猪平均初生质量和母猪泌乳力性状进行关联性分析。在受试群体中发现,基因BMPR-IB有2个突变位点,G595C、C643T均位于第6外显子,经产母猪总产仔数、产活仔数各基因型均表现为AAAGGG、BBBTTT,产活仔数为7头的母猪泌乳力表现为AA基因型个体与AG、GG基因型个体间差异极显著(P0.01);各基因型仔猪平均初生质量表现为TTBBBT,但差异不显著;母猪AA基因型总产仔数多于AG与GG基因型,AA基因型为优势基因型,A为优势等位基因;BB基因型在总产仔数、产活仔数的繁殖性状中多于BT、TT基因型,BB为优势基因型,B为优势等位基因。推测等位基因A和等位基因B可能为宗地花猪总产仔数、产活仔数的有利等位基因,且AA基因型和BB基因型为有利基因型。     

皖东牛CAPN1、CAST基因多态性与肉质性状相关性

选用135头体重(493±33)kg,年龄相近皖东育肥牛,颈静脉采血,利用DNA直接测序法测定CAPN1、CAST基因多态性;试验结束屠宰试验育肥牛,取肉样分析皖东牛肉质性状,分析肉质性状与基因多态性相关性。结果表明,皖东牛CAPN1基因存在AA型和BB型2种基因型,4个单核苷酸多态性位点(SNPs),其中内含子8的C429G和G437A位置各1个突变位点,内含子9的C572T位置1个突变位点,外显子9的G458C位置1个突变位点;CAPN1基因中度多态且极显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.01)。皖东牛CAST基因有CT基因型和CC基因型,5个SNPs位点,其中内含子8的A220G、A223G和G239A位置各1个突变位点,外显子9的C369T和G375A位置各1个突变位点;CAST基因中度多态并处于Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。BB基因型皖东牛肌肉剪切力肉质性状显著高于AA基因型(P<0.05),CT基因型皖东牛肌肉剪切力肉质性状显著高于CC基因型(P<0.05),基因型对其他肉质性状影响差异不显著(P>0.05)。CAPN1和CAST基因多态位点与肌肉嫩度密切相关,可作为皖东牛肉质性状提升候选基因。     

圩猪OB基因SNPs检测及其与产仔性能的关系

为探讨圩猪OB基因的单链核苷酸多态性及其与产仔性状之间的关系,本试验采用PCR-SSCP方法检测了70头圩猪OB基因第2、3外显子的遗传多态性.结果表明:1)圩猪群体OB基因外显子2上没有检测到突变,而外显子3所扩增的片段中存在3个突变位点(C3619G、G3620C和G3714T);2)在G3714T突变位点上检测出AA、AB和BB 3种基因型,其频率分别为0.7000、0.2286和0.0714;群体中A的基因频率为0.8143,B的基因频率为0.1857;3)x2检验表明,本研究群体OB基因外显子3的多态位点处于Hardy-Weinberg平衡状态;4)最小二乘分析表明,G3714T位点3种基因型在初产总产仔数、初产产活仔数及经产总产仔数、经产产活仔数性状上差异不显著(P>0.05),但呈现出BB>AB>AA的趋势.     

娟姗牛催乳素基因型与产奶量的关联性分析

[目的]研究娟姗牛催乳素（PRL）基因多态性与产奶量之间的关联性,为选育高产奶量娟姗牛新品系奠定基础.[方法]利用PCR-RFLP分析44头娟姗牛PRL基因外显子2和外显子4的多态性,统计不同基因型娟姗牛305 d的平均产奶量,然后分析娟姗牛PRL基因型与产奶量的关联性.[结果]娟姗牛PR基因外显子2和外显子4存在RsaI酶切多态性,外显子2有AA和AG两种基因型,外显子4有AA、AG和GG 3种基因型;外显子2和外显子4的AG型频率分别是0.7272和0.5454,为优势基因型.PRL基因两个外显子AA型个体的305 d平均产奶量均高于AG型和GG型（P＞0.05）;基因型组合效应分析发现,A2A2A4G4为优势组合基因型,但在305 d平均产奶量方面是A2G2A4A4组合基因型的产奶量显著高于A2A2A4A4、A2A2A4G4和A2A2G4G4组合基因型（P＜0.05）.[结论]娟姗牛PRL基因外显子2和外显子4的碱基突变与产奶量之间存在关联性,其中第8398位碱基A是娟珊牛高产奶量的有利等位基因.     

NCOA1基因多态性与邵伯鸡父系公鸡精液品质相关性分析

采用PCR-SSCP技术检测优邵伯鸡父系公鸡NCOA1基因的SNPs,并分析其与精液品质的关联性.结果表明,第3外显子区域10155007位点发生了T→A突变,检测到AA、AB、BB 3种基因型;第10外显子区域108273257位点发生了T→C突变,检测到SS、ST、TT 3种基因型; 第12外显子区域108273423位点发生了C→T突变,检测到CC、CD、DD 3种基因型.AA型个体的精液量显著高于BB型个体(P<0.05),精子密度显著高于AB型个体(P<0.05),但AA型个体与BB型个体间精子密度无显著差异(P>0.05).CC、CD、DD型个体间精液量差异均不显著(P>0.05),但CC型个体的精子密度显著高于DD型个体(P<0.05).SS、ST、TT基因型个体间的精液量及精子密度均无显著差异(P<0.05).上述所有基因型个体间的精子畸形率及精子活力差异均不显著(P>0.05).AACC基因组合型个体的精液品质最好,其在精液量、精子密度方面均显著地优于BBDD基因组合型个体(P<0.05).研究结果显示,NCOA1基因可能是影响公鸡精液品质性状的主效基因或与控制该性状的主效基因连锁,能够作为候选基因用于精液品质的分子标记辅助选择.     

湖羊高繁殖力候选基因ESR的研究

利用 PCR-SSCP技术对高繁殖力绵羊品种湖羊雌激素受体（estrogen receptor,ESR）基因第一外显子的部分序列进行单核苷酸多态性研究。结果表明,湖羊ESR基因中存在 3 种基因型 AA,BB,AB,且A等位基因频率为0.554,B 等位基因频率为0.446。经测序,BB型与AA型相比在外显子 1 第 363 位发生 1 处C→G的碱基突变。据产羔数统计,AB 基因型和 BB 基因型的湖羊产羔数分别比 AA 基因型多0.98只（P<0.01）、1.47只（P<0.01）。说明ESR基因可能是控制湖羊多羔性能的一个主效基因或与之存在紧密遗传连锁的一个标记。     

牛SLC27A1基因SNPs筛选及其与中国荷斯坦奶牛产奶性状的关联分析

[目的]对牛SLC27A1基因进行SNPs筛选并与中国荷斯坦奶牛的产奶性状进行关联分析,以期发现对中国荷斯坦奶牛产奶性状有显著影响的SNP位点。[方法]根据性能测定记录选取48头中国荷斯坦奶牛,提取血样DNA,组成2个DNA池,用于SNPs筛选,采用PCR-SSCP和克隆测序方法对DNA池进行SLC27A1基因SNPs筛选。针对发现的SNP位点,采用PCR-RFLP方法对另外231头中国荷斯坦奶牛进行群体基因型检测,采用SAS（8.02）GLM过程对各基因型与产奶性状进行关联分析。[结果]在exon3发现T112C位点,在3‘UTR发现G64A位点,T112C为同义突变;经PCR-RFLP检测,发现在T112C位点存在TT、TC、CC3种基因型,G64A位点存在GG、GA、AA3种基因型。2个位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。T112C位点的CC型个体的产奶量极显著高于TC型个体（P〈0.01）,3种基因型对乳蛋白率和乳脂率影响均不显著（P〉0.05）,乳蛋白率呈现CC〉TC〉TT的趋势,乳脂率呈现TT〉TC〉CC的趋势;G64A位点3种基因型对产奶量、乳蛋白率、乳脂率的影响均不显著（P〉0.05）,但产奶量呈现GA〉GG〉AA的趋势,乳蛋白率和乳脂率呈现AA〉GG〉GA的趋势。[结论]该基因T112C位点与产奶量性状有一定的关联性,通过提高CC基因型频率有望提高中国荷斯坦奶牛的产奶量,SLC27A1基因可作为调控中国荷斯坦奶牛产奶量的候选基因,同时为该基因的标记辅助育种和进一步研究奠定了良好基础。     

湖羊GnRH受体基因的单核苷酸多态性研究

对高繁殖力绵羊品种(湖羊)和低繁殖力绵羊品种(陶赛特、特克赛尔和哈萨克)促性腺激素释放激素受体(GnRH-R)基因的5′非翻译区、外显子1和外显子2部分序列进行了PCR-SSCP分析,结果发现在5′非翻译区发生3处碱基突变(552T→G、653C→G、654G→A);在第二外显子区发生1处碱基突变(230G→C),该突变导致了第66位氨基酸的改变(精氨酸→丝氨酸)。并对这4个位点在4个绵羊品种间的基因频率进行了初步分析:对于引物1,4个绵羊群体均检测到AA基因型,AB基因型只出现在湖羊、陶赛特羊和特克塞尔羊中,仅在哈萨克羊中检测到CC基因型。对于引物2,4个绵羊群体均检测到DD基因型;DE基因型只出现在湖羊和哈萨克羊中;仅在湖羊中检测到EE基因型。     

蛋用鹌鹑的VIPR-1基因的多态性与早期生长性状的关联分析

为分析VIPR-1基因是否能作为鹌鹑早期生长性状的相关分子标记或者候选基因,以中国黄羽鹌鹑、中国白羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑3个蛋用鹌鹑品种作为实验对象,采用PCR-RFLP技术和测序技术检测VIPR-1基因的外显子6-7的多态性,并分析该基因多态性与蛋用鹌鹑早期生长性状的关联程度。结果表明,在3个蛋用鹌鹑品种中的VIPR-1基因外显子6-7区域共检测出15个SNP位点,分别为A94G、G97T、C201T、A204G、A233G、C260G、A299T、C354T、A355G、C378T、C407G、A425C、A543G、G585T、A586G。对HpyCH4IV位点(A355G)进行酶切分析,可以检测到3种基因型即AA(285 bp/811 bp)、AG(285 bp/811 bp/1 096 bp)和GG(1 096 bp)。中国黄羽鹌鹑和中国白羽鹌鹑的AA、AG、GG基因型频率分别为0.227、0.636、0.136和0.087、0.609、0.304。朝鲜鹌鹑AG和GG基因型频率分别为0.235和0.765。1~4周龄时,VIPR-1基因的HpyCH4IV位点与中国黄羽鹌鹑的日增重、体重、胫长、胸宽、胸深、胸骨长、胫围有显著关联性(P<0.05)。HpyCH4IV位点与中国白羽鹌鹑的胫围有显著关联性(P<0.05)。HpyCH4IV位点与朝鲜鹌鹑的体重、胸宽、胸深有显著关联性(P<0.05)。5~7周龄时,VIPR-1基因的HpyCH4IV位点与中国黄羽鹌鹑的体重、胸骨长、胫长、体长、胸宽、胸深、胫围、日增重和相对生长率均有显著的关联性(P<0.05)。HpyCH4IV位点与中国白羽鹌鹑的日增重和相对生长均有显著的关联性(P<0.05)。HpyCH4IV位点与朝鲜鹌鹑的体重有显著的关联性(P<0.05)。综上研究表明,VIPR-1基因外显子6-7的HpyCH4IV位点(A355G)对蛋用鹌鹑的早期生长性状具有一定影响。     

牦牛CAPN1基因部分序列的SNPs研究

本研究采用PCR-SSCP技术,设计了2对引物分别对牦牛钙激活蛋白酶基因内含子8、外显子9、内含子9和外显子10部分序列以及第12内含子和13外显子部分序列进行单核苷酸多态性分析.结果表明:与牛基因序列(AF252504S2)相比,牦牛基因在10 581bp处发生了G→A转换,位于第12内含子,表现出3种基因型,其中A、B基因频率分别为0.698 9和0.301 1,AA、AB和BB基因型频率分别为0.475 1、0.447 5和0.077 3,遗传杂合度(He)和多态信息含量(PIC)分别为0.420 9和0.332 3;在5 837bp处发生G→T的转换,位于第9内含子,表现出3种基因型,A、B基因频率分别为0.908 8和0.091 2,AA、AB和BB基因型频率分别为0.828 7、0.160 2和0.011 1,遗传杂合度(He)多态信息含量(PIC)分别为0.165 7和0.152 0;牦牛在这2个位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态.     

白鹅脂联素基因内含子多态性检测及群体遗传分析

以扬州鹅、四川白鹅、皖西白鹅、豁眼鹅和浙东白鹅5个鹅品种为试验材料,每个品种各60只,公母各半,根据鹅脂联素基因序列设计了1对引物扩增部分内含子,用PCR-SSCP方法进行单核苷酸多态性分析,并对不同品种进行群体遗传学分析。结果表明,在鹅脂联素基因内含子上发现2个单碱基突变位点,分别为第16、26位点的A-G、T-C。鹅群中表现出3种基因型(AA、AB、BB);除豁眼鹅与皖西白鹅、浙东白鹅外,3种基因型在鹅品种两两之间分布无显著差异(P0.05)。群体遗传分析表明,豁眼鹅杂合度和多态信息含量最高,皖西白鹅最低,所有品种均表现为中度多态性。本研究表明鹅脂联素基因在不同品种中具有丰富的单核苷酸多态性,可以进一步作为候选基因来分析其与脂肪性状的关联性。