鹌鹑ESR1基因外显子1多态性与早期生长性能的关联分析

为了探讨雌激素受体基因1(ESR1)的多态性对鹌鹑早期生长性能的影响,采用PCR-RFLP法,对3个鹌鹑群体(中国黄羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑、北京白羽鹌鹑)的ESR1基因外显子1进行多态性检测,并与鹌鹑早期生长性能进行关联分析。结果表明,ESR1基因外显子1在3个鹌鹑群体中均检测到3种基因型,分别为TT、CC、CT基因型,ESR1基因外显子1在中国黄羽鹌鹑、北京白羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑中的CC基因型频率分别为0.515、0.600、0.723,TT基因型频率分别为0.088、0.014、0.015,CT基因型频率分别为0.397、0.386、0.262。关联分析表明,ESR1基因外显子1与朝鲜鹌鹑的胫长、胸骨长、体长、胫围有相关性(P0.05),与中国黄羽鹌鹑的体质量、胫长、胸深、体长、胸骨长有相关性(P0.05),与北京白羽鹌鹑的体质量有相关性(P0.05)。以上结果提示,ESR1基因外显子1可作为候选基因应用于蛋用鹌鹑早期生长性能的分子标记辅助选择。     

鹌鹑MyoG基因多态性与早期生长性能的关联分析

为了寻找蛋用鹌鹑早期生长性能的分子标记,利用PCR-SSCP检测肌细胞生成素(MyoG)基因5′调控区A和B位点在中国黄羽鹌鹑、北京白羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑群体中的多态性,并对MyoG基因5′调控区与鹌鹑的早期生长性能进行了关联性分析。结果表明,MyoG基因5′调控区A位点在蛋用鹌鹑中检测到AA、BB、CC、AB、AC、BC等6种基因型。MyoG基因5′调控区A位点的不同基因型与蛋用鹌鹑的体质量、胫长、胸宽、胸深、胸骨长、体长存在关联性(P0.05)。MyoG基因5′调控区B位点在蛋用鹌鹑中检测到AA、BB、CC、DD、EE、AB、AC、AD、AE等9种基因型,不同基因型与蛋用鹌鹑的体质量、胫长、胸宽、胸深、胸骨长、体长存在关联性(P0.05)。综上,MyoG基因5′调控区A、B位点对蛋用鹌鹑的早期生长性能有一定影响,可以作为蛋用鹌鹑早期生长性能的分子标记。     

蛋用鹌鹑IGF-1R基因的多态性与体尺性状相关性分析

类胰岛素生长因子1型受体(IGF-1R)基因是类胰岛素生长因子(IGFs)在生物体内发挥作用的主要效应器,对机体生长发育进程中有重要影响。为探讨IGF-1R基因多态性与蛋用鹌鹑体尺性状的相关性,采用PCR产物直接测序方法对中国黄羽鹌鹑、北京白羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑3种蛋用鹌鹑的IGF-1R基因进行多态性分析,并对IGF-1R基因的多态性与鹌鹑体尺性状进行相关性分析。结果表明,在3个蛋用鹌鹑群体中检测到IGF-1R基因A57G和A72T两个突变位点,A57G位点发生了A/G碱基突变,有AA、AG和GG三种基因型;A72T位点发生了A/T碱基突变,有AA、AT和TT三种基因型。中国黄羽鹌鹑的A57G位点对胫长、胸骨长和胫围有显著影响(P<0.05),A72T位点对体质量和胸骨长有显著影响(P<0.05),组合基因型AGAA对体质量有显著影响(P<0.05),组合基因型AAAA对胫长、胸骨长、胫围有明显影响(P<0.05)。北京白羽鹌鹑的A57G位点对体质量、胫长、体长、胫围有显著影响(P<0.05),A72T位点对胸骨长有显著影响(P<0.05),组合基因型AAAA对体质量和胸骨长有显著影响(P<0.05),组合基因型AAAT、GGAA、GGAT对胫长有显著影响(P<0.05),组合基因型GGAA对胸深有显著影响(P<0.05)。朝鲜鹌鹑的A57G位点对体质量有显著影响(P<0.05),A72T位点对胸骨长和胫围有显著影响(P<0.05),组合基因型AGAA对体质量有显著影响(P<0.05),组合基因型AGAT对胫长和胸宽有显著影响(P<0.05)。因此,IGF-1R基因可以作为候选基因应用于蛋用鹌鹑体尺性状的分子标记辅助选择。     

鹌鹑MyoD基因多态性与生长性状的相关性分析

[目的]研究MyoD基因与鹌鹑生长性状的相关性。[方法]以朝鲜鹌鹑为研究对象,应用HRM技术检测群体中MyoD基因的多态性,测定其生长性状,并进行关联分析;qPCR检测3种基因型胚胎肌肉组织中MyoD基因的表达量。[结果]MyoD基因在群体中存在AA、Aa和aa 3种基因型,AA和Aa基因型个体的胸围显著高于aa基因型(P<0.05)。胚胎发育的7～15 d均能检测到MyoD基因表达,MyoD基因的表达量从11 d开始升高,15 d达到峰值。AA和Aa基因型MyoD基因表达量提高速度高于aa基因型。[结论]MyoD基因A等位基因为朝鲜鹌鹑胚胎生长发育的优势基因,可用于生长发育快的个体基因型育种选择。     

黑番鸭VIPR-1基因的克隆与多态性分析

VIPR-1基因是研究家禽就巢性状的重要候选基因,VIPR-1基因的克隆和测序能为进一步研究黑番鸭就巢性状的单核苷酸多态性奠定理论基础,为鸭分子遗传育种提供基因素材.本研究以黑番鸭基因组为模板进行PCR扩增,获取黑番鸭VIPR-1基因序列[1 864 bp(序列1)和1 673 bp(序列2)的基因片段],并进行目的基因片段克隆和测序.结果分析表明,序列1包含第5外显子(101 bp)、第5内含子(1 630 bp)及第6外显子(133 bp)的完整序列;序列2包含第12外显子(42 bp)、第12内含子(1 455 bp)的完整序列和第13外显子(176 bp)的部分序列.根据基因序列特征,对获取的2段黑番鸭VIPR-1基因序列分别设计4对引物,进行扩增序列测序比对.结果发现:在序列1第318处、454处存在C/T突变,第547处存在A/G突变,第923处存在A/T突变;序列2第89处、944处存在C/T突变,第662处存在G/A突变,第1 031处存在A/G突变,第1 334处存在A/C突变.黑番鸭VIPR-1基因序列的克隆与单核苷酸多态性SNP突变位点的发现为进一步开展VIPR-1基因的多态性与黑番鸭就巢性状相关研究奠定了基础.     

家兔PPARγ基因编码区多态性及其与生长性状的关联分析

【目的】探究PPARγ基因编码区多态性与家兔生长性状的关联性。【方法】采用直接测序检测PPARγ基因编码区变异位点,利用PCR-RFLP技术对352只家兔(新西兰271只,艾格81只)PPARγ基因的候选SNP进行基因分型。【结果】在家兔PPARγ基因编码区只检测到一个同义突变位点c.207AC,CC基因型个体70日龄体重显著高于AC基因型个体(P0.05)。且CC基因型个体35到70日龄的平均日增重极显著高于AC、AA基因型个体(P0.01)。【结论】PPARγ可作为影响家兔生长性状的候选基因。     

肉用鹌鹑血管活性肠肽Ⅰ型受体基因的多态性与胴体性状的关联分析

为了探讨血管活性肠肽Ⅰ型受体基因(VIPR-1)的多态性与肉用鹌鹑胴体性状的关系,采用PCR-RFLP方法对法国巨型肉用鹌鹑和莎维麦脱肉用鹌鹑2个群体的VIPR-1基因与肉用鹌鹑胴体性状进行关联分析。结果表明,VIPR-1基因外显子4-5的BsrDⅠ位点在法国巨型肉用鹌鹑和莎维麦脱肉用鹌鹑中检测到3种基因型,即GG、GT、TT基因型,基因型频率分别为：0.408、0.490、0.102;0.222、0.444、0.334。VIPR-1基因外显子6-7的HpyCH4Ⅳ位点在法国巨型肉用鹌鹑和莎维麦脱肉用鹌鹑中检测到AA、AG、GG这3种基因型,基因型频率分别为：0.020、0.020、0.960;0.056、0.111、0.833。关联分析表明,VIPR-1基因外显子4-5的BsrDⅠ位点与法国巨型肉用鹌鹑的肝重有显著关联性(P<0.05);VIPR-1基因外显子6-7的HpyCH4Ⅳ位点与法国巨型肉用鹌鹑的体重、屠宰重、肝重有显著关联性(P<0.05),与莎维麦脱肉用鹌鹑的体重、屠宰重、全净膛重、心重、胸肌重、腿肌重、肝率、胸肌率有显著关联性(P<0.05)。VIPR...     

无角牦牛Hesx1基因多态性及其与生长性状的关联分析

为了研究Hesx1(Homeobox expressed in ES cells)基因单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms,SNP)对无角牦牛各时期生长性状的影响,采用PCR-SSCP(Polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism)和DNA测序技术,对364头无角牦牛Hesx1基因hⅠ与hⅡ基因座的遗传多态性进行研究,并进一步分析Hesx1基因多态性对无角牦牛生长性状的遗传效应。结果表明,在hⅠ基因座(5′UTR)第-618位发生单个碱基突变(G→C),出现GG与GC共2种基因型;在hⅡ基因座(Intron1)第+226位发生单个碱基突变(T→C),出现TT与TC共2种基因型。通过与6、12、18月龄无角牦牛的生长性状(体质量、体高、体斜长、胸围)进行关联分析发现,hⅠ基因座对6月龄无角牦牛的体质量、体高、胸围均有极显著影响(P0.01),但对体斜长影响不显著(P0.05);对12月龄无角牦牛的体质量有显著影响(P0.05),对体斜长、胸围均有极显著影响(P0.01),但对体高影响不显著(P0.05);对18月龄无角牦牛的体质量有显著影响(P0.05),对体高、体斜长、胸围均无显著影响(P0.05)。hⅡ基因座对6月龄无角牦牛的体质量、体高、体斜长、胸围均无显著影响(P0.05);对12月龄无角牦牛的体质量有极显著影响(P0.01),对体高、胸围均有显著影响(P0.05),对体斜长无显著影响(P0.05);对18月龄无角牦牛的体质量、体高、体斜长、胸围均无显著影响(P0.05)。与此同时,hⅠ与hⅡ基因座的突变杂合型GC与TC是无角牦牛生长的优势基因型。卡方适合性检验表明,牦牛群体显著偏离哈代-温伯格平衡(P0.05)。综上,可初步判定hⅠ与hⅡ多态基因座可以作为牦牛辅助育种的分子标记。     

新扬州鸡IGF-1基因5′调控区Hinf Ⅰ位点多态性与产蛋性状关系的研究

采用PCR-RFLP技术,对250只新扬州鸡的胰岛素样生长因子-1基因(IGF-1)的5′端调控区进行遗传多态性研究,发现该调控区的PCR扩增产物经酶切后出现CC、CD和DD 3种基因型。经χ~2检验,新扬州鸡在Hinf I位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。分析基因型与产蛋性状的关系时发现,CC型50周产蛋数显著高于CD型(P<0.05),且3种基因型在30、40、50、60周产蛋数上呈CC>DD>CD的趋势。     

猪GHR基因两个SNPs位点多态性与生长性状的关联分析

[目的]探讨猪GHR基因两个SNPs位点多态性与其生长性状的相关性,为保护广西巴马小型猪的遗传资源及推进猪分子标记辅助育种技术的发展奠定基础.[方法]采用PCR-RFLP和错配PCR-RFLP(CRS-PCR-RFLP)检测巴马小型猪×长白猪杂交F2代(简称巴×长F2代)资源家系中猪GHR基因G1248A和A1801G两个SNPs位点的多态性,并对其相关生长性状进行关联分析.[结果]猪GHR基因G1248A和A1801G两个SNPs位点在巴×长F2代资源家系中均表现出AA、AG和GG 3种基因型.G1248A位点对巴×长F2代生长性状的影响表现为:除2月龄GG基因型个体的胸围尺寸显著大于AA、AG基因型个体(P<0.05,下同),4月龄GG基因型个体的体重显著高于AA、AG基因型个体外,其他月龄的相关生长性状在不同基因型个体间差异均不显著(P>0.05,下同).A1801G位点对巴×长F2代生长性状的影响表现为:除1和6月龄GG基因型个体的体高显著低于AA、AG基因型个体,3和6月龄GG基因型个体的胸围尺寸显著大于AA、AG基因型个体外,其他月龄的相关生长性状在不同基因型个体间差异也不显著.[结论]猪GHR基因G1248A位点的G等位基因对个体体重、胸围有正选择作用,而A1801G位点的G等位基因对个体体高有负选择作用,对个体胸围有正选择作用,均可作为猪分子标记辅助育种的遗传选择标记.     

鹌鹑ESR1基因的多态性与蛋品质的关联分析

为了探讨雌激素受体(ESR1)基因的多态性及其与鹌鹑蛋品质的关系,采用PCR-RFLP和直接测序法对中国黄羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑、北京白羽鹌鹑3个群体的ESR1基因与鹌鹑蛋品质性状进行关联分析。结果表明:鹌鹑ESR1基因外显子1、外显子4、外显子8在北京白羽鹌鹑、中国黄羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑3个群体中都检测到了CC、CT、TT三种基因型。外显子1在3个鹌鹑群体中均表现为CC基因型频率最高;外显子8在3个鹌鹑群体中均表现为TT基因型频率最高;外显子4在中国黄羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑中TT基因型频率最高,分别为0.409、0.617,而北京白羽鹌鹑以CC基因型频率最高(0.667)。相关性分析结果显示,在3个检测群体中,外显子4的CC基因型和CT基因型的蛋黄高度和蛋黄指数显著高于TT基因型(P<0.05),TT基因型的蛋黄宽度显著高于CC基因型和CT基因型(P<0.05),CT基因型和TT基因型的蛋壳厚度显著高于CC基因型(P<0.05)。外显子8在蛋黄指数上,CC基因型显著高于CT基因型和TT基因型(P<0.05);CT基因型和TT基因型的蛋黄宽度显著高于CC基因型(P<0.05)。ESR1基因可以作为有价值的候选基因应用于蛋用鹌鹑的分子标记辅助选择。     

POU1F1基因多态性与藏羊生长性状的关联性分析

【目的】探讨POU1F1基因的多态性与藏羊生长性状之间的关联性,寻找与藏羊生长性状相关的分子标记。【方法】利用DNA测序方法检测藏羊POU1F1基因的多态位点并对其进行基因分型,分析单一多态位点不同基因型及双倍型与藏羊生长性状的关联性。【结果】在POU1F1基因第4内含子上检测出1个多态位点g.14205GA,在第5内含子上检测出2个多态位点g.15223GA和g.15286AG。关联性分析表明,g.14205GA位点上AA基因型的体质量和体长分别极显著(P0.01)和显著(P0.05)高于GG和AG基因型;g.15223GA位点上GG基因型的体质量显著高于GA基因型(P0.05),极显著高于AA基因型(P0.01);g.15286AG位点AA基因型体质量极显著高于GG基因型(P0.01),体高显著高于GG基因型(P0.05)。单倍型Hap7(-GGA-)的发生频率最高,达到42.40%,其次为单倍型Hap5(-GAA-)和单倍型Hap3(-AGA-),发生频率分别为21.50%和14.70%。此外,POU1F1的r2值均小于0.33,说明这3个多态位点之间不存在强的连锁性。通过合并基因型发现,双倍型H7H7(GGA-GGA)的各个生长性状表现最优。【结论】POU1F1基因的3个SNP位点可用于藏羊生长性状的选育。     

欧拉型藏羊Callipyge基因多态性与生长性状相关性研究

利用PCR-SSCP方法,对215只欧拉型藏羊Callipyge基因序列的多态性进行了检测,并分析了AA和AB基因型与生长性状的相关性.结果表明:Callipyge基因存在AA、BB和AB 3种基因型,其基因型频率分别为0.823 3、0.009 3和0.167 4;测序结果显示:基因多态的产生是在扩增序列的第176bp处发生了C→T的突变;χ2检验表明,该群体在这一位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05),遗传杂合度和多态信息含量分别为0.168 7和0.154 5.对生长性状(体重、胸围和胸深)的相关性分析表明:AA和AB 2个基因型个体之间生长性状的差异不显著,但AB型有大于AA型的趋势.     

杜洛克猪PHKG1基因多态性及其与生产性状的关联性分析

PHKG1基因g.8283 C>A位点是影响猪肉糖原酵解潜能及系水力的因果突变位点。为评估该位点是否对其他生产性状有影响,采用RFLP技术检测该基因位点在153头杜洛克猪群体中的多态性,并分析不同基因型对体质量、日增重、背膘厚、眼肌面积及瘦肉率的影响。结果表明：PHKG1 g.8283 C>A位点CC、AC、AA 3种基因型频率分布分别为0.320、0.536、0.144,优势等位基因C的频率为0.588,劣势等位基因A的频率为0.412;PHKG1不同基因型对体质量、日增重、背膘厚、眼肌面积、瘦肉率均无显著影响（P>0.05）。据此,为提高肉质性状,在兼顾体型外貌及性能测定的前提下,可尽快提高优势等位基因C的频率。     

鹌鹑VIPR-1的克隆、序列特征和组织表达分析

【目的】对鹌鹑血管活性肠肽1型受体（vasoacitve intestinal peptide type 1 receptor,VIPR-1）cDNA全长基因进行克隆及分析,为鹌鹑的分子育种提供基础资料。【方法】通过比较基因组学,采用RT-PCR和RACE技术,获得鹌鹑了VIPR-1 cDNA全长序列;通过生物学软件对其核苷酸序列和氨基酸序列进行了比对;采用实时定量PCR方法检测了VIPR-1在8个组织中的表达。【结果】鹌鹑VIPR-1的cDNA全长2 427 bp,包含了1 341 bp的开放性阅读框,编码446个氨基酸;序列分析显示,克隆获得的鹌鹑VIPR-1编码区序列与鸡该编码区序列存在41个碱基的差异,造成4个氨基酸残基的不同;VIPR-1氨基酸序列与鸡、火鸡、斑胸草雀的氨基酸的一致性分别为99.1%、92.2%、88%,与其它物种的一致性在60%-78%;各物种VIPR-1蛋白进化树符合物种进化规律;VIPR-1理化性质表明该蛋白为一偏碱性蛋白,蛋白二级结构主要由α-螺旋、β-折叠和β-转角构成;在N-端存在一个由22个氨基酸残基（MKSARLRVLLPLLGCLLSAASS）组成的信号肽,7个α-螺旋构成的跨膜域和C-端结构域,在跨膜域有胆固醇结合位点;在所检测的8个组织中VIPR-1 mRNA均有表达,在小肠中表达量最高。【结论】成功地克隆了鹌鹑VIPR-1 cDNA全长序列,该基因在小肠组织的表达高于其它组织,在跨膜域存在胆固醇结合位点。     

黔邵花猪CETP基因多态特征及其与生长性能的相关性

应用PCR-RFLP技术对湖南黔邵花猪280头个体的血浆胆固醇脂转移蛋白(CETP)基因436 bp进行扩增,用限制性内切酶AvaⅡ对其酶切可得到3种基因型.应用最小二乘单因素模型分析不同基因型对初生重、45日龄重、6月龄日重、体高、体长、膘厚的影响.结果显示:CETP基因AvaⅡ酶切位点的各基因型对各生长性状的影响差异显著(P<0.05),对膘厚的影响差异极显著(P<0.01),Aa基因型对初生重、45日龄重、6月龄重、体高、体长等性状的影响较大,AA基因型相对较低.由此可知,CETP基因是影响生长性状的一个重要基因.     

IGF2基因多态性检测与生长性状相关性分析

采集395头核心群的种猪耳样,采用PCR-SNaPshot方法检测长白猪和大白猪胰岛素样生长因子2(IGF2)基因内含子3的位点多态性,并分析各基因型与生长性状的相关性.结果表明,长白和大白猪中均存在3种基因型,大白猪3种基因型分布为:AA＞GA＞GG,长白猪3种基因型分布为:GA ＞AA＞GG.大白和长白猪的A等位基...     

湘西黄牛LPL基因exon5的多态性与生长性状的相关性

脂蛋白脂酶(LPL)是机体脂质和脂蛋白代谢的关键酶,在脂质代谢、转运和能量代谢方面发挥着重要作用,影响着动物的生长发育。为探讨湘西黄牛LPL基因的分子遗传特征和寻找与生长性状相关的分子标记,采用PCR产物测序的方法检测了湘西黄牛LPL基因的SNP位点,并进行了LPL基因exon 5的g.365458G>A位点进行了群体遗传多态与生长性状的关联分析。SNP检测结果表明,LPL基因在Intron 4上新发现了3个SNP(g.365186A>C、g.365248C>T和g.365249C>T),在exon5的182 bp处检测到了1个SNP(g.365458G>A)。g.365458G>A位点的多态性检测结果表明,g.365458G>A位点存在AA、AG和GG 3种基因型,呈中度多态,且达到了Hardy-Weinberg平衡状态。多态性与生产性状的相关性分析结果表明,湘西黄牛AA基因型个体的体高和胸围显著大于GG基因型个体(P<0.05),AA基因型个体的体长和体重极显著大于GG基因型个体(P<0.01)。A等位基因对湘西黄牛的体高、体长、胸围和体重都为正效应,而G等位基因都为负效应。推测LPL基因exon5的g.365458G>A位点有可能作为湘西黄牛生长性状的分子遗传标记位点。     

清远麻鸡VIPR-1基因C1704887T、C1715301T位点与繁殖性状的关联性分析

家禽繁殖内分泌调控机制和血管活性肠肽I型受体(vasoactive intestinal peptide receptor-1,VIPR-1)基因的体内体外表达实验证明,VIPR-1基因参与了繁殖行为的调控。研究以鸡VIPR-1基因的C1704887T与C1715301T位点作为繁殖性状的候选标记,对512只清远麻鸡进行基因型检测并分析其与繁殖性状的相关性。研究表明:位于内含子6的位点C1704887T与40周龄、43周龄以及54周龄的总产蛋数和总正常蛋数显著相关(P<0.05),等位基因C有利于产蛋;位于内含子8的位点C1715301T与30周总畸形蛋数显著相关(P<0.05);这2个位点组成的二倍型与开产日龄呈显著的相关性(P<0.05),但这2个位点与开产性状无显著相关。研究结果提示:位点C1704887T可作为产蛋量的标记辅助选择的潜在分子标记。