合作猪夏冬季的肠道菌群结构

【目的】探究合作猪夏季和冬季肠道微生物菌群多样性和组成特征.【方法】采用16S rRNA基因测序技术分析夏季和冬季半放牧饲养的6月龄健康合作猪的粪便菌群结构特征.【结果】合作猪冬季与夏季肠道菌群α多样性指数差异不显著(P0.05),但β多样性冬季显著高于夏季(P0.05);厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和螺旋体门(Spirochaetes)为夏季合作猪和冬季合作猪粪便菌群优势菌门,unidentified_Clostridiales细菌属和Terrisporobacter为夏季合作猪和冬季合作猪粪便菌群的优势菌属.菌群组成差异分析显示,在科水平,夏季合作猪粪便菌群中链球菌科(Streptococcaceae)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)、丹毒丝菌科(Erysipelotrichaceae)、乳杆菌科(Lactobacillaceae)和消化球菌科(Peptococcaceae)的相对丰度显著高于冬季合作猪(P0.05),而冬季合作猪粪便菌群中甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)的相对丰度显著高于夏季合作猪(P0.05);在种水平,拟普雷沃菌309(Alloprevotella_sp_feline_oral_taxon_309)、梭菌属细菌ID5(Clostridium_sp_ID5)、柏林密螺旋体菌(Treponema_berlinense)和溶纸梭菌(Clostridium papyrosolvens)在夏季合作猪粪便菌群中的相对丰度均显著高于冬季合作猪(P0.05);反刍甲烷杆菌(Methanobrevibacter_ruminantium)、瘤胃菌属细菌YS3(Rumen_bacterium_YS3)以及毛螺旋菌科细菌YE64 (Bacterium YE64)在冬季合作猪粪便菌群中的相对丰度均显著高于夏季合作猪(P0.05).【结论】合作猪肠道菌群多样性和组成与其适应不同季节气候和饲草种类的变化有关.     

恩诺沙星曝露下企鹅珍珠贝肠道微生物多样性及优势菌变化规律

[目的]明确恩诺沙星曝露下企鹅珍珠贝肠道微生物群落结构尤其是优势菌的变化规律,为企鹅珍珠贝养殖过程中恩诺沙星的科学用药提供参考依据.[方法]针对3个恩诺沙星浓度(0、5和10 mg/L)共9个企鹅珍珠贝肠道样本中的细菌构建16S rRNA文库,再采用Illlumina高通量测序技术从门和属水平上比较分析各处理组间肠道微生物群落结构和多样性的差异.[结果]从9个企鹅珍珠贝肠道样本中共检测到10个菌门,其优势菌门分别是变形菌门(Pro-teobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)、螺旋体门(Spirochaetae)、蓝藻门(Cyanobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes);共检测到79个菌属,优势菌属主要包括弧菌属(Vibrio)、发光杆菌属(Photobacterium)、嗜冷菌属(Psychrilyobacter)、假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)、疏螺旋体属(Borrelia)、交替单胞菌属(Alteromonas)、微拟球藻属(Nannochioropsis-oceanica)、弓形杆菌属(Arcobacter)、Thalassotalea、Amphritea、Tenacibaculum和微小杆菌属(Exiguobacterium)等.不同恩诺沙星浓度处理下,企鹅珍珠贝肠道的优势菌门与菌属种类丰度差异明显.经恩诺沙星处理后,企鹅珍珠贝肠道变形菌门相对丰度显著升高(P<0.05,下同)、拟杆菌门相对丰度显著降低;弧菌属相对丰度显著升高,微拟球藻属、Aquibacter、BD1-7_clade及希瓦氏菌属(Shewanella)相对丰度则显著降低;此外,弓形杆菌属相对丰度经10 mg/L恩诺沙星处理后显著升高,Psychrobium相对丰度经5 mg/L恩诺沙星处理后显著升高.[结论]经恩诺沙星处理后企鹅珍珠贝肠道微生物的多样性与丰度发生明显变化,且肠道微生物中一些具有特殊功能的优势菌群结构比例也发生变化,该变化规律可为企鹅珍珠贝养殖过程中科学使用恩诺沙星提供参考依据.     

白斑综合征病毒感染对克氏原螯虾肠道菌群的影响

为揭示白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)感染克氏原螯虾(Procambarus clarkii)后对其肠道菌群的影响,运用16SrDNA基因的高通量测序技术分析健康与人工感染WSSV的克氏原螯虾的肠道菌群的组成及多样性。结果显示,感染组与对照组在肠道丰度及多样性无显著差异,但其优势菌群组成发生变化。对照组优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)和软壁菌门(Tenericute),分别占75.42%和19.17%;感染组肠道优势菌门为变形菌门和拟杆菌门(Bacteroidetes),分别占78.14%和17.38%。利用LEfSe分析差异菌属发现,感染组与对照组相比,Candidatus bacilloplasma丰度显著减少(P0.05),拟杆菌科(Bacteroidaceae)和黄杆菌科(Flavobacteria)的丰度显著上升(P0.05)。此外,部分潜在病原菌如黄杆菌属(Flavobacterium)、气单胞菌属(Aeromonas)的丰度在感染后显著升高(P0.05)。以上结果说明WSSV感染导致克氏原螯虾肠道菌群发生变化,提示WSSV或可通过干扰肠道稳态致病。     

利用Illumina Miseq测序技术研究鲍内脏多肽对小鼠肠道微生物的影响

[目的]研究鲍内脏活性物质对小鼠肠道微生物的影响。[方法]从鲍内脏中制备多肽并灌胃小鼠,利用Illumina Miseq测序技术分析小鼠肠道微生物的群落结构及动态变化。[结果]门水平上,小鼠肠道微生物最优势菌群为拟杆菌门(Bacteroidetes),占总序列的69.10%;其次为厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),分别占总序列的23.50%和5.00%,变形菌门又以δ-变形菌纲居多。属水平上,最优势类群为拟杆菌目(Bacteroidales)的一个未知分类属,占30.33%;其次为拟普雷沃菌属(Alloprevotella)和拟杆菌属(Bacteroides),分别占12.47%和9.80%。灌胃鲍内脏多肽后,小鼠肠道中丰度前30位的菌属中有4个属的丰度上调,其中副拟杆菌属(Parabacteroides)的丰度显著上调。丰度下调的属有7个,其中毛螺菌科(Lachnospiraceae)一个未分类属和厌氧支原体属(Anaeroplasma)丰度显著下调。[结论]灌胃鲍内脏多肽后小鼠肠道微生物多样性呈增加的趋势,且在小鼠肠道中检测到一些与宿主健康相关的差异细菌类群。     

应用Illumina高通量测序技术分析中华真地鳖肠道微生物多样性

为了调查中华真地鳖肠道微生物多样性,应用Illumina高通量测序技术测定3个中华真地鳖肠道样本中微生物的16S r DNA-V4变异区序列,采用UPARSE等软件分析和统计样品中的操作分类单元(OTU)数量,并进行聚类分析,计算肠道微生物物种丰度。物种多样性分析显示,OTU数量为1 602~1 852个。3个样本中共检测到31个菌门,其中优势菌门是拟杆菌门、厚壁菌门和变形菌门;共检测到309个菌属,优势菌属是Parabacteroides、Alistipes、沙雷氏菌属、Christensenellaceae R-7 group、乳酸杆菌属、Candidatus Symbiothrix、Clostridium sensu stricto 1。     

高通量测序法检测奶牛乳房炎关联微生物群落结构及多样性

为对引起奶牛乳房炎的病原菌进行溯源,对乳房炎奶牛和正常奶牛的乳头擦拭子和牛奶中细菌的16S rRNA基因的V4-V5高变区进行扩增和高通量测序,使用生物统计学方法分析微生物多样性。结果显示,乳房炎奶牛乳头和牛奶中微生物组成呈现明显差异:在门的水平上,乳头丰度最高的是厚壁菌门(Firmicutes),牛奶则是变形菌门(Proteobacteria),乳头样品均含有拟杆菌门(Bacteroidetes)细菌,而牛奶中几乎没有,梭杆菌门(Fusobacteria)细菌仅存在于乳头中;在属的水平上,梭杆菌属(Fusobacterium)仅在乳头上检测到,牛奶中丰度最高的为假单胞菌属(Pseudomonas)细菌,其仅存在于2个乳头样品中,不动杆菌属(Acinetobacter)细菌在两类样品中都有,但乳头的含量高于牛奶。奶牛患乳房炎后乳头和牛奶的微生物群落与正常奶牛也有差异:梭杆菌门(Fusobacteria)仅在乳房炎奶牛乳头中检测到,正常奶牛没有,乳房炎奶牛乳头金黄色酿脓葡萄球菌属(Staphylococcus)丰度高于正常奶牛,肠球菌属(Enterococcus)仅在乳房炎奶牛牛奶中检测到,正常奶牛没有。奶牛乳头与牛奶中的微生物群落差异极大,奶牛患乳房炎后乳房外和乳房内微生物组成都会发生变化,外源病原菌和内源病原菌都可能引起乳房炎。     

稻田环境对鲤血清生化指标、肠道组织形态及细菌群落结构的影响

稻鱼共生(Rice-fish co-culture)作为“全球重要的农业遗产系统”，已成为我国发展可持续农业的重要模式。为研究稻田环境条件下，鲤血清生化特性、肠道显微结构及肠道微生物菌群多样性、物种丰度的影响。于2019年6月在连南瑶族自治县，分别选取稻田和池塘，放养规格大小一致的鲤幼鱼进行3个月的不投喂养殖。试验结束后统一进行采样与检测。结果表明：稻田环境显著提高了鲤的体长和体质量，显著降低了鲤血清谷丙转氨酶(ALT)活性和肠道微绒毛高度(P＜0.05)，血清补体C3和C4的含量有上升趋势，但差异不显著(P＞0.05)；在肠道微生物方面，稻田环境显著提高了鲤肠道内菌群多样性，并在门水平显著提高了疣微菌门(Verrucomicrobia)和变形菌门(Proteobacteria)的丰度(P＜0.05)，显著降低了梭杆菌门(Fusobacteria)的丰度(P＜0.05)；在纲水平，显著提高了α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)和放线菌纲(Actinobacteria)的丰度；在属水平，显著降低鲸杆菌属(Cetobacterium)、邻单胞菌属(Plesiomonas)、拟杆菌属(Bacteroides)以及气单胞菌属(Aeromonas)的丰度(P＜0.05)。实验结果证实，稻田环境改变了肠道微生物多样性及与代谢能力有关的功能基因丰度，降低了部分条件致病菌的丰度，减少了疾病爆发的几率，同时有利于维持肝功能稳定。对于保持养殖鱼类健康生长有积极作用。     

脾虚泄泻大鼠肠道菌群的组成和多样性

为考察脾虚泄泻大鼠肠道菌群的结构特征和多样性,将24只健康大鼠随机分为对照组和模型组,模型组采用饮食失节加苦寒泻下法进行人工复制脾虚泄泻模型,对照组正常饲喂;试验结束时,采集大鼠肠道内容物,提取微生物总DNA,采用通用引物对细菌16S rDNA基因的高可变V3–V4区进行PCR扩增,运用Hiseq2500平台进行高通量测序,并对测序序列进行生物信息学分析。结果表明：α多样性指数表明脾虚泄泻大鼠与正常大鼠之间肠道微生物的多样性存在差异,但差异均无统计学意义;在门水平上,2组的优势菌门均为厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形菌门,模型组较对照组厚壁菌门、放线菌门、变形菌门及螺旋体门的平均相对丰度均增加,而拟杆菌门的平均相对丰度显著降低(P＜0.05);在属水平上,2组的核心菌群均为产粪甾醇真细菌属,模型组较对照组产粪甾醇真细菌属、Jeotgalicoccus的平均相对丰度升高,其中Jeotgalicoccus的显著升高(P<0.05),而罗姆布茨菌属、拟杆菌属、Odoribacter的平均相对丰度降低,其中Odoribacter的显著降低(P<0.05);PICRUSt基因功能预测表明,大鼠肠道微生物以代谢功能为主,主要包括糖代谢、氨基酸代谢、能量代谢及辅酶和维生素代谢等,2组间各类代谢功能存在差异,但差异均无统计学意义。可见,脾虚泻泄能引起大鼠肠道内菌群的多样性变化,并显著降低肠道内拟杆菌门的平均相对丰度。     

稻虾共养病虾肠道细菌群落变化与病原细菌分离及药物敏感性

病害是影响稻虾共养农民经济收入的重要因素。为明确稻虾共养发病塘口中致病菌的种类及其防治方法,以健康虾和病虾为研究材料,运用Illumina MiSeq全基因组测序技术,对健康虾和病虾肠道内细菌的群落组成进行测定和分析,预估出病原菌的种类。在此基础上,使用选择性培养基对病虾肠道内疑似病原菌进行分离。将分离所获疑似病原菌注射至健康虾体肠道内,并观察虾体死亡情况,最终确定所选病原菌菌株。通过显微观察、16S rDNA序列分析,最终确定该病原菌的分类地位。最后利用药敏性试验,筛选出对该病原菌有抑制效果的抗生素和中草药种类。试验结果表明,健康虾与病原虾肠道内的细菌群落结构具有显著性差异。在门水平上,健康虾肠道内细菌主要是柔壁菌门,其相对丰度为74.23%;而病虾肠道内细菌主要是变形菌门,其相对丰度为67.39%;在属水平上,健康虾肠道内主要是柔膜菌属,其相对丰度为48.30%;病虾肠道内主要是非保密气单胞菌属,其相对丰度为13.50%。分离结果显示,所获8株细菌均为革兰氏阴性菌,在选择性培养基上均呈黄色。病原菌回接感染结果表明,1.5×10⁸ CFU/mL注射后1 d内,致...     

长江口中华绒螯蟹雌蟹洄游期的肠道菌群多样性

采集长江口生殖洄游期中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)雌蟹样品,利用16S V4区高通量测序技术研究其抱卵前后肠道菌群的多样性特征,探讨肠道菌群结构组成及与其食性特征的相关性.结果表明,雌蟹抱卵前和抱卵后的肠道样品中共检测出313个和376个OUT,特有OUT分别为112个和175个,占比分别为35.78％和46.54％.就门水平而言,柔膜菌门(Tenericutes)、变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)是其肠道的主要菌群;雌蟹抱卵前和抱卵后的肠道菌群具有显著性差异,变形菌门和厚壁菌门的丰度抱卵后小于抱卵前,而柔膜菌门丰度抱卵后大于抱卵前.就属水平而言,Candidatus_Bacilloplasma和Candidatus_Hepatoplasma是其肠道的主要菌群属,抱卵前占比分别为26.54％和25.81％;抱卵后占比分别为30.29％和29.05％,2个属的丰度在抱卵前后无显著差异.与抱卵前相比较而言,抱卵后雌蟹肠道菌群Chao指数和ACE指数升高,丰度增加,而辛普森指数和香农指数保持稳定,抱卵前后雌蟹肠道菌群的多样性无显著性变化.本研究揭示由于长江口中华绒螯蟹雌蟹的摄食习性和饵料组成在抱卵前后产生了变化,会对其肠道微生物多样性产生一定的影响.     

饲料中添加壳寡糖对刺参肠壁菌群的影响

为研究饲料中添加壳寡糖对刺参Apostichopus japonicus肠壁菌群的影响,在刺参基础饲料中分别添加0.25%(G1)、0.50%(G2)、0.75%(G3)和1.00%(G4)的壳寡糖,另设对照组(G0),养殖50 d后采集各组刺参幼参(5.03 g±0.03 g)肠壁样品,并采用高通量测序技术分析刺参肠壁菌群结构特征。结果表明:壳寡糖添加组刺参肠壁的细菌多样性和丰度均高于对照组;各组样品肠壁优势菌门均为变形菌门和厚壁菌门;壳寡糖对刺参肠壁菌群组成产生了明显影响,对照组优势菌属为希瓦氏菌属Shewanella,而壳寡糖添加组希瓦氏菌属的相对比例均下降,对照组芽孢杆菌属Bacillus的相对比例较低,而壳寡糖添加组芽孢杆菌属的相对比例均较高或成为优势菌属;1.00%壳寡糖组各类菌属相对比例均较低,高浓度壳寡糖出现抑制现象。研究表明,饲料中添加壳寡糖可提高刺参肠壁细菌多样性和丰度,明显改善刺参肠壁菌群结构。     

耐硼赖氨酸芽孢杆菌的保护剂筛选及其对罗非鱼肠道微生物群落的影响

本研究目的是为了探究耐硼赖氨酸芽孢杆菌（Lysinibacillus boronitolerans,YS11）的保存条件及其对罗非鱼肠道微生物多样性和丰度的影响,为微生物饲料添加剂的研发提供科学依据。选择海藻糖、乳糖、蔗糖和脱脂奶粉4种保护剂,并通过浓度梯度优化筛选最佳保护剂,结果表明,YS11在10%海藻糖中,干燥后保持较高的存活率。罗非鱼幼苗饲喂菌体发酵液,喂养70 d后,通过高通量测序观察YS11对罗非鱼肠道微生物群落的影响,结果表明,添加YS11的处理改变了罗非鱼肠道微生物群及其多样性,提高罗非鱼肠道中有益菌的丰度,降低某些潜在致病菌的丰度。本研究结果证实,10%海藻糖为最佳冷冻干燥保护剂;耐硼赖氨酸芽孢杆菌能够调节肠道微生物群,促进益生菌生长,抑制病原菌生长。     

土池和高位铺膜池养殖杂交鳢肠道菌群结构的比较分析

为研究土池和高位铺膜池两种养殖模式下杂交鳢Channa maculata♀×Channa maculata argus♂肠道菌群结构的差异,采用高通量测序方法分别对土池养殖的健康杂交鳢(体质量为1140.67 g±45.88 g)和高位铺膜池养殖的健康杂交鳢(体质量为1130.00 g±96.27 g)肠道菌群结构进行了对比分析,其中,土池设置3个重复组,分别记为abce123、abce124和abce125,高位铺膜池设置3个重复组,分别记为abce126、abce127和abce128。结果表明:高位铺膜池的水温、pH与土池无显著性差异,但总氨氮、亚硝酸氮和总碱度等明显低于土池;不同养殖模式下杂交鳢肠道菌群结构存在明显差异,且土池养殖杂交鳢肠道中细菌多样性远高于高位铺膜池;在门水平上,土池杂交鳢肠道样品abce123中变形菌门所占比例明显高于其他门类,样品abce124、abce125中分别以变形菌门Proteobacteria和拟杆菌门Bacteroidetes所占比例最高,而高位铺膜池3个肠道样品中均以梭杆菌门Fusobacteria所占比例最高;在属水平上,土池abce123肠道样品中优势细菌属类均为未知细菌属类,abce124肠道样品中优势细菌属类按丰度依次为金黄杆菌属Chryseobacterium、支原体属Mycoplasma、食酸菌属Acidovorax、不动杆菌属Acinetobacter和鲸杆菌属Cetobacterium,abce125肠道样品中优势细菌属类按丰度依次为金黄杆菌属、不动杆菌属、食酸菌属、支原体属和鲸杆菌属,而高位铺膜池3个样品中均以鲸杆菌属为主,占95%以上。研究表明,土池和高位铺膜池两种不同养殖模式下杂交鳢肠道微生物组成及多样性差异较大,其结果可为今后杂交鳢的养殖模式选择和微生态学研究提供数据参考。     

饲粮中添加复合益生菌对猪生长、粪便菌群及代谢产物的影响

研究添加来源于迪庆藏猪消化道的6种益生菌组合的复合益生菌对猪生长性能、粪便菌群微生物多样性及其代谢产物影响。采集不同处理的12头(每组6头,对照组,试验组)猪的粪便,利用高通量测序技术对粪便菌群多样性进行分析,利用非靶向代谢组学技术对粪便的差异代谢产物进行分析。结果表明:1)添加复合益生菌对猪的生长性能无显著影响;2)试验组粪便菌群的α多样性指数中ACE指数和Chao1指数显著提高(P0.05)。3)优势菌群分析发现:门水平上,拟杆菌门(Bacteroidetes)的相对丰度极显著上升(P0.01)。属水平上,理研菌科_RC9肠群(Rikenellaceae_RC9_gut-group)的相对丰度极显著提高(P0.01)。4)多级物种差异判别分析(LDA Effect Size,LEfSe)发现:两组粪便菌群的相对丰度差异显著(P0.05),LDA值大于2.0时,获得16个生物标记物,其中试验组获得6个生物标记物,对照组获得10个生物标记物。对照组和试验组LDA值最大的分别是毛螺菌科AC2044群(Lachnospiraceae_AC2044_group)和瘤胃球菌科_UCG_014(Ruminococcaceae_UCG_014)。5)偏最小二乘法判别分析(Partial least squares discrimination analysis,PLS-DA)发现,两组代谢物质差异显著(P0.05),添加复合益生菌后雌马酚(P0.05)和香豆素K(P0.01)的含量上调。综上,添加复合益生菌后,丰富了肠道菌群的物种丰度,提高了抗病菌(瘤胃球菌科_UCG_014和理研菌科_RC9肠群)的相对丰度,提高了与抗病(雌马酚)和抗真菌(香豆素K)相关代谢产物的相对含量,具有潜在的益生功能。     

思茅松毛虫关键龄期幼虫肠道可培养细菌多样性分析

【目的】对思茅松毛虫（Dendrolimu kikuchii）关键龄期幼虫肠道可培养细菌多样性进行研究,探索其肠道细菌资源及多样性,为深入研究昆虫肠道微生物功能及思茅松毛虫的种群管理打下基础。【方法】采用传统微生物分离培养法对采集自云南省安宁市草铺镇林区的思茅松毛虫1、4和7龄幼虫进行肠道细菌分离纯化,对分离获得的细菌进行16S rDNA序列同源性分析,初步判定其分类学地位并进行多样性分析。【结果】从思茅松毛虫幼虫肠道中共分离得到291株细菌,隶属于15属31种,其中1龄幼虫肠道98株细菌隶属于9属13种,4龄幼虫肠道102株细菌隶属于6属12种,7龄幼虫肠道91株细菌隶属于6属9种。在31个细菌种中,芽孢杆菌属（Bacillus）最多,共有9个种,占总种数的29.03%,其次是肠杆菌属（Enterobacter）和葡萄球菌属（Staphylococcus）各有4个种,分别占总种数的12.90%。13个1龄幼虫肠道细菌种中,葡萄球菌属、肠杆菌属和芽孢杆菌属的相对分离率分别为27.54%、21.43%和21.43%,高于其他菌属的平均分离率（5.31%）;12个4龄幼虫肠道细菌种中,芽孢杆菌属的相对分离率为72.53%,高于其他菌属的平均分离率（5.49%）;9个7龄幼虫肠道细菌种中,克雷伯氏菌属（Klebsiella）和肠杆菌属的相对分离率分别为43.96%和18.68%,高于其他菌属的平均分离率（9.34%）。思茅松毛虫1龄幼虫肠道细菌的优势度指数、丰富度指数和Shannon-Weiner指数均最大,分别为0.9032、2.6172和2.4310,7龄幼虫肠道细菌的均匀度指数最大,为0.9634。【结论】思茅松毛虫1、4和7龄幼虫肠道可培养细菌群落组成和结构丰富,具有丰富的细菌资源。     

养殖密度对墨吉明对虾肠道和生物絮团菌群的影响

运用Miseq高通量测序技术，分析高、中、低3种养殖密度(700、300、100尾/m3)下墨吉明对虾肠道和其养殖系统中生物絮团的菌群结构。结果显示：对虾肠道菌群中，高密度组的丰富度和多样性均最高，丰富度随放养密度的增大而增加，而在生物絮团菌群中，高密度组的丰富度最低；在门水平上，肠道和絮团样本菌群均以变形菌门(相对丰度49.25%~80.33%)、放线菌门、拟杆菌门、绿弯菌门为主，但丰度差异较大；在属水平上，优势菌属的组成和所占比例明显不同，梭菌属、Spongiibacter、Faecalibacterium、Rhodovulum、Blautia仅在肠道样本中存在，Coccinimonas仅在絮团样本中存在；肠道样本中，中密度组弧菌属的相对丰度最小，为5.23%，高密度组弧菌属的相对丰度最大，为23.39%，絮团样本中，低密度组弧菌属的相对丰度最大，为16.15%，中、高密度弧菌属的相对丰度均较小，分别为5.51%和4.20%；随养殖密度增大，肠道样本中拟杆菌属的相对丰度减小，分别为1.36%、0.41%、0.02%，而不同密度絮团样本拟杆菌属的相对丰度差异不明显。可见，生物絮团养殖模式下，养殖密度对墨吉明对虾的肠道和絮团菌群的影响较大。     

珠江口优势种鱼类肠道与水体中的微生物组成关系

为探讨河口鱼类肠道微生物与水环境中微生物的相互影响关系,选取了2019年冬季珠江口4种鱼类优势种凤鲚（Coilia mystus）、棘头梅童鱼（Collichthys lucidus）、鳓（Ilisha elongata）和短吻鲾（Leiognathus brevirostris）为研究对象,利用16S rRNA基因的高通量测序技术分析了鱼类肠道和水环境中的微生物群落。结果表明：鱼类肠道和水环境之间微生物组成差异明显,而4种鱼类肠道微生物组成无显著差异。鱼类肠道微生物均以变形菌门（Proteobacteria）和厚壁菌门（Firmicutes）为优势类群,而水体微生物以变形菌门和放线菌门（Actinobacteria）为主;鱼类肠道中优势微生物属为Bacteroides、Romboutsia和Faecalibacterium等（相对丰度≥2%）,而水环境中的微生物优势属为Candidatus＿Actinomarina（相对丰度21.2%）。四种鱼类物种的肠道微生物分别与水环境微生物之间的共有OTUs组成存在差异,共有的OTUs数量占棘头梅童鱼肠道总OTUs数量的比例最高（18.8%）,...     

自然生草改变苹果园土壤根际细菌群落的组成与结构

【目的】为了研究自然生草对果园土壤微生物群落的组成、结构及时空变化特征的影响,进而对增强果园土壤肥力、改善理化性状、促进果树生长发育方面产生的积极作用。【方法】利用Miseq高通量测序技术对自然生草(TR)与清耕(CK)条件下,根际土壤细菌群落进行测定与分析。【结果】结果表明,与清耕相比,自然生草明显提高果实膨大期土壤0~20cm、20~40cm的土层的有机质、全氮、碱解氮、速效磷及速效钾含量;降低土壤pH值。自然生草比清耕明显提高土壤细菌群落的丰度、种类丰富度和多样性指数(Shannon Index)。在门级水平上,宏基因组检测样本中共有37个门,变形菌门是比较明显的优势菌群,其次为酸杆菌门、浮霉菌门、放线菌门;在属分类级别上,宏基因组检测样本中共有470类菌属,芽单胞菌属(Gemmatimonas)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、类似牙球菌属Blastocatella是优势菌属。自然生草明显提高Ohtaekwangia、Chryseolinea的比例,降低Gaiella、化螺菌属(Nitrospira)比例;韦恩图显示细菌群落自然生草与清耕共有470类菌属,自然生草有63类独特的菌属,清耕有72类独特的菌属。【结论】自然生草提高苹果园土壤细菌群落的多样性,改良群落的结构和组成,明显提升土壤的养分状况。     

Bt蛋白对拟环纹豹蛛肠道细菌多样性的影响

采用16S r DNA分子生物学分析方法,分别对试验组(喂食含Cry1Ab蛋白培养基上饲养的果蝇)和对照组(喂食普通培养基上饲养的果蝇)的拟环纹豹雌、雄蛛肠道细菌进行分析。发现,拟环纹豹蛛肠道细菌丰富,雌蛛肠道细菌丰富度大于雄蛛肠道细菌丰富度;优势菌属分别是短杆菌属(Brevibacterium)、短波单胞菌属(Brevundimonas)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、乳杆菌属(Lactobacillus)、丛毛单胞菌属(Comamonas)、德沃斯氏菌属(Devosia)、希瓦氏菌属(Shewanella)、Leucobacter、杆菌属(Brachybacterium)、梭菌属(Clostridium);Bt蛋白对拟环纹豹蛛肠道细菌多样性有一定的影响,对放线菌属(Actinomycetes)的影响最小,对乳杆菌属(Lactobacillus)和梭菌属(Clostridium)的影响较大。     

基于微生物16SrRNA测序技术对ICR小鼠传代后肠道菌群变化的分析

为探讨不同代次雄性ICR小鼠生长发育与其肠道微生物的关系，本研究通过对16SrRNA基因V3~V4区测序，分析F0到F3代雄性ICR小鼠肠道菌群多样性和菌种组成。结果显示:1)从F0到F3代，组间微生物的Alpha多样性中的Chao1指数，Observed-species指数和香侬指数(Shannon)指数随代次积累显著降低(P<0.05)，Simpson指数无显著差异(P>0.05)。2)从F0到F3代的优势菌门均为厚壁菌门(Firmicutes)(F0、F1、F2和F3丰度分别为83.3%、79.0%、81.8%和90.3%)和拟杆菌门(Bacteroides)(F0、F1、F2和F3丰度分别为6.0%、5.1%、4.0%和3.2%)。3)F0，F1和F2代三组的优势菌属均为乳酸菌属(Lactobacillus)(F0、F1和F2丰度分别为83.1%、62.8%和38.2%)，但F3代的一些未确认分类的菌属占比较高，丰度约为45.3%；从F0到F3代在属水平上微生物组成上存在显著差异(P<0.05)，各组的乳酸菌属丰度随代次的积累显著降低(P<0.05)。4)对差异菌属进行了KEGG差异代谢通路预测，发现乙醛酸盐代谢、胰岛素信号通路、苯丙氨酸，色氨酸和酪氨酸生物合成途径，萜类化合物生物合成途径，肽聚糖生物合成和糖酵解糖异生作用在F3代中显著降低，表明F3代氨基酸合成、糖类代谢等多条基础代谢通路受损。综上，本研究基于微生物16SrRNA测序技术对ICR小鼠传代后肠道菌群变化进行了一系列分析和功能预测，发现微生物多样性发生改变，F0至F2代优势菌门未发生明显变化，但在F3代出现了较多的为确认分类菌属，并且在属水平上各组的乳酸菌属丰度随代次的积累显著降低，F3代氨基酸合成、糖类代谢等多条基础代谢通路受到影响。本研究有助于从肠道微生物与宿主间的相互作用角度解释ICR雄性小鼠传代后出现的体重偏低等现象产生的原因。