基于代理程序快速开发生物信息二次数据库

以构建鸡基因组全序列二次数据库为例,探讨Windows操作系统下,编译Web代理程序,快速开发生物信息二次数据库的一般过程。研究通用代理程序开发本地化生物信息二次数据库的具体步骤,所涉及的关键技术以及常见问题解决。解决了海量生物信息自动下载与处理问题,经反复调试实现了示例程序鸡基因组全序列二级数据库系统的快速构建。     

中国科学家公布日本血吸虫“基因天书”——首次通过国内生物信息平台向全世界发布大规模基因组序列数据

我国自主测序的日本血吸虫基因组工作框架图，共计300多万条DNA序列（reads），供全球开展血吸虫病及其他寄生虫病相关研究的机构和科学家共享．这不仅是我国首次对人体寄生虫展开全基因组测序，也是我国生命科学研究机构首次通过国内生物信息平台向全世界发布大规模基因组序列数据．这不仅表明我国的基因组学和生物信息学研究和技术支撑体系已经在国际上占有重要地位，而且也第一次向世界显示我国科学数据共享技术平台已经具有汇交、集成和发布大规模基因组数据的能力和权威，     

南京农业大学环境与地质微生物学团队

团队简介团队长期致力于农业微生物资源、农业生态环境保护、元素生物地球化学循环等研究。围绕土地整治中的关键问题,以修复和治理重金属污染土地为主要目标,以微生物学为特色,重点挖掘特殊生境微生物资源,探究微生物-植物-金属元素之间的相互作用,开展根际和内生有益菌修复重金属污染土壤的关键共性原理研究、耕地安全利用的生物治理产品和技术研发、微生物资源库构建和应用研发。     

农业生物类SCI源刊投稿导航系统的设计与开发

采用PHP+Apache+MySQL技术构建了农业生物类SCI源刊投稿导航系统。该系统分期刊名或ISSN号、SCI分类、适投学科及影响因子4种检索入口为用户提供农业生物类SCI源刊检索,提供较为详尽的与投稿相关的期刊信息。同时该系统还提供了用户间相互交流的投稿经验分享平台。另外,系统的管理平台对数据实行分级管理,责任到人,保证质量。     

大豆D.N.A.测序为生物燃料带来希望

大豆是目前第一个公布了有完整的基因组序列种的豆科植物,这成就提高了其作为生物燃料原料潜力。一个由18个机构组成的研究小组,其中包括美国能源部联合基因组研究所,农业部农业研究服务,普度大学和北卡罗莱纳大学,于夏     

生物信息学数据库及查询

随着生物分子数据的指数增长,生物信息学相关数据库也有了空前的发展.介绍了生物信息学数据库的最新研究进展,并分别对核酸和蛋白质序列数据库、生物大分子结构数据库及基因组数据库的主要站点资源进行了评价,以大的生物信息中心NCBI开发的Entrcz系统和EBI开发的SRS系统为例,介绍了数据库查询的基本方法.     

家蚕基因组中SnoRNA（Box C/D）的生物信息学分析与研究

【目的】探索生物信息方法在家蚕基因组 snoRNA 预测中的应用，了解snoRNA在家蚕基因组的分布和结构特征。【方法】利用已有和自行设计的生物信息工具对家蚕基因组中Box C/D snoRNA 进行预测和手工校正。【结果】获到家蚕基因组中的 70 个 snoRNA 和 56 个推测的甲基化位点。结构分析发现 D′box 和末端茎环结构的不保守性；分析 snoRNA 在基因组上的分布，未发现普遍的成簇分布的现象，且内含子和基因间隔区的 snoRNA 数目接近；预测得到的家蚕 Box C/D snoRNA 与已报道果蝇 Box C/D snoRNA进行相似性分析，表明两个物种的 Box C/D snoRNAs 在一级结构上存在较大的差异。【结论】基于结构特征预测的方法有利于逐步揭示家蚕基因组中存在的 snoRNA 信息；但与家蚕同源关系较近的物种，其 snoRNA 在序列上可能有较大变化，故可能不适合以序列同源来对其进行预测。     

猫尾草叶绿体基因组结构及其解析

【目的】阐明岭南药食两用植物猫尾草的叶绿体基因组结构特征，为猫尾草资源的保护、利用和开发提供理论依据。【方法】采用高通量测序技术开展猫尾草叶绿体基因组测序，并通过生物信息方法进行拼接、注释、解析以及系统进化分析。【结果】猫尾草叶绿体基因组是149 774 bp的环状双链四段式分子，包含128个基因，GC含量为38.2%。猫尾草叶绿体基因组含有26 015个密码子，偏好以A或T结尾；存在110个简单重复序列，以A或T单核苷酸重复居多。序列比对和进化分析显示猫尾草与同属狸尾豆的亲缘关系最近。【结论】首次报道猫尾草叶绿体基因组的全序列，并明确其结构特点，为猫尾草的栽培育种、遗传多样性和资源利用等奠定基础。     

耐辐射异常球菌的微生物资源及其应用

异常球菌属菌株作为耐辐射微生物代表的具有对辐射、氧化、干燥等胁迫的极端抗性。随着耐辐射微生物的不断分离和鉴定,以及4株异常球菌属菌株全基因组序列的测定,耐辐射微生物及其基因资源的应用受到了极大的关注。综述了异常球菌属及其基因资源的研究与利用,并分析和展望了该属微生物及其基因资源在环境保护和生物修复、人类健康、生物技术和农业产业等方面的潜在应用前景。     

中华蜜蜂防御素基因克隆及生物信息学分析

防御素是昆虫体内抵抗外界微生物的重要物质,中华蜜蜂对病原微生物具有较强的抵抗力。本研究利用PCR技术克隆了中华蜜蜂防御素基因,对得到的基因组序列进行了详细的生物信息学分析,发现中华蜜蜂与意大利蜜蜂防御素蛋白氨基酸序列的相似性达到92%,与其它物种也具有比较高的同源性,防御素蛋白存在比较明显的信号肽序列和跨膜区结构,这与其它昆虫的防御素蛋白的结构和功能相似,从而为进一步研究中华蜜蜂防御素的生物功能提供良好的铺垫。