茄子SSR遗传多样性及其农艺性状的关联分析

为分析茄子的遗传多样性,并挖掘与茄子农艺性状和品质性状相关的分子标记位点,选用18对高多态性SSR引物对70份国内外茄子材料进行多态性扫描、遗传多样性分析和群体结构分析。在此基础上采用Tassel2.1 GLM方法进行标记位点与农艺性状和品质性状的关联分析。结果显示,18对SSR引物共检测到130个等位变异位点,平均每个引物7.2个等位变异。各种质遗传相似系数为0.56~0.93,平均0.68。基因多样性指数和Shannon指数变幅分别为0.070 0~0.404 4和0.103 6~0.584 8。通过群体遗传结构分析将供试材料分为5个亚群。与农艺相关性状显著相关(P0.05)的位点有17个。供试材料之间存在一定的遗传差异,但遗传基础比较狭窄。     

贵州省区试小麦品系遗传多样性的SSR标记研究

采用微卫星分子标记(SSR)对贵州省2001～2003年参加省和高海拔区试的30个小麦品系的遗传多样性进行了研究。结果表明,12对引物共检测到37个等位位点,每对引物等位位点数为1～8个,平均为3．08个。聚类分析表明,品种间遗传相似系数(Gs)变异范围为0.048～0.346,平均值为0．197,SSR标记能将全部品系区分开来,30个小麦品系可分为5类。研究表明SSR分子标记在鉴别品种和品种遗传多样性方面具有重要作用。     

利用SRAP和SSR标记对汉中地区主要油菜品种的遗传多样性分析

【目的】掌握陕西省汉中地区主要推广油菜品种的遗传多样性,了解其遗传背景,明确各品种间的亲缘关系,为油菜育种提供理论依据。【方法】利用24对有多态性的SRAP标记和17对SSR标记,PCR扩增采用复性变温法,对34份陕西省汉中地区主要推广的油菜品种资源进行遗传多样性分析。【结果】2种不同的复性温度都取得了好的扩增条带,SRAP标记共检测到145个等位变异,平均每个标记检测到6个等位变异,每个SRAP位点的遗传多态性信息含量在0.19⁰.74之间,平均值为0.48。供试材料的遗传相似系数集中在0.560.74之间,平均值为0.48。供试材料的遗传相似系数集中在0.56⁰.94之间。SSR标记共检测到99个等位变异,平均每个标记检测到6个等位变异,每个SSR位点的遗传多态性信息含量在0.120.94之间。SSR标记共检测到99个等位变异,平均每个标记检测到6个等位变异,每个SSR位点的遗传多态性信息含量在0.12⁰.74之间,平均值为0.40,遗传相似系数集中在0.620.74之间,平均值为0.40,遗传相似系数集中在0.62⁰.91之间。【结论】SRAP标记的遗传多态性比SSR标记高,SRAP标记聚类更接近系谱分析。陕西省汉中地区主要推广的油菜品种遗传相似度较高,亲缘关系较近。     

50个鲜食糯玉米农艺性状和SSR标记遗传多样性分析

对50份不同来源糯玉米品种的农艺性状和产量进行了鉴定,并利用40个SSR标记对其进行遗传多样性分析。结果表明:50份糯玉米秃尖长、穗位高、毛重和净重变异较大。40个SSR标记在50份糯玉米品种上共检测到190个等位基因变异,等位基因变异范围为2—9,平均每个位点检测到4.75个等位基因。每对SSR标记的多态性信息量(PIC)变化范围在0.430—0.844,平均为0.675。利用UPGMA聚类分析方法进行聚类,共划分为3个主要类群,聚类结果与品种的来源基本一致。50份糯玉米品种遗传多样性丰富,为组配糯玉米杂交新品种和遗传改良提供基础。     

太湖地区水稻地方品种品质性状与SSR标记的关联分析

选用90个均匀分布在水稻全基因组的SSR标记对334个太湖地区水稻地方品种进行检测,研究品质性状与SSR标记的关联。结果表明:1共检测到465个等位变异,平均每个位点检测到5.166 7个等位变异,平均PIC值为0.356 6。2基于D’统计概率(P0.001)支持的不平衡成对位点占总位点组合数的41.32%,不平衡程度D’0.5的成对位点组合数占总位点组合数的41.82%。3通过关联分析,共发现46个位点与直链淀粉含量、胶稠度或RVA(7个特征值)显著关联,关联标记对这些性状或指标的累积贡献率分别达48.08%、61.49%和109.73%~175.43%。     

黄淮南片麦区区试小麦品种(系)的遗传多样性及Pm21和1BL/1RS分子检测

为了解当前黄淮麦区区试品种(系)的遗传特征,利用分布于小麦基因组的96对SSR标记分析2016年参加黄淮南片麦区品种试验的78个小麦品种(系)的遗传多样性,同时,对Pm21基因和1BL/1RS易位系进行分子检测。结果表明,96对SSR引物中有80对(83.3%)在所有材料表现多态,共检测到307个等位变异,变幅为1~8,平均每个引物扩增3.84个等位变异;位点多态性信息含量(PIC)变幅为0.10~0.83,平均0.62;供试材料的遗传距离变幅为0.14~0.16,平均0.58。78个材料均不含有Pm21基因,69个(88.5%)材料属于1BL/1RS易位系。     

云南省小麦育成品种(系)遗传多样性分析

[目的]进一步挖掘云南省小麦育成品种(系)中的优异资源,进而为云南省的小麦育种实践提供一定的理论依据。[方法]采用91对SSR标记对云南省20世纪50年代以来育成的159个小麦品种(系)进行遗传多样性分析。[结果]①91对SSR引物扫描159个云南省小麦育成品种(系),共有360个等位变异被检测到,单个SSR标记检测到1～9个等位变异,平均每个SSR标记检测到3.96个等位变异;各位点的多态性信息指数最低为0,最高为0.8408,所有位点多态性信息指数平均值为0.4677;云南省80年代小麦育成品种(系)的多态性信息指数最高(0.461)。②基于Nei's遗传距离的UPGMA聚类可将云南省小麦品种(系)划分为14个类群,类群分类主要与选育年代、栽培类型及种植区域有关。③云南省小麦育成品种(系)的穗粒数和千粒重连锁标记的优异等位变异的频率随着其育成年代的推移而逐渐增长,但穗粒数性状相比千粒重性状改良效果更强。[结论]云南省小麦育成品种(系)遗传多样性较好,特别是20世纪80年代育成品种(系),且不同年代小麦育成品种(系)的穗粒数和千粒重的遗传背景具有不同程度的改良。     

利用SSR荧光标记分析山西糯玉米农家种的遗传多样性

采取混合取样策略,利用荧光SSR技术对来源于山西省的45份糯玉米地方品种和40个位点进行了分析。结果表明,在45个糯玉米地方品种中,共检测出等位变异241个,每个位点检测出3~11个等位变异,平均每个位点6个;多态性信息量(PIC)变化范围在0.27~0.87,平均每个位点0.71;标记索引指数(MI)变化范围在1.35~9.53,平均每个位点4.42;聚类分析可将45份糯玉米地方品种划分为4个类群。结果显示,部分品种有许多特有的等位变异,应引起特别的注意,需作进一步的分析与研究。     

小麦新品种川农16与新材料H461贮藏蛋白及SSR差异分析

应用酸性聚丙烯酰胺凝胶电泳(A-PAGE)、十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)和简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)标记,对穗数型多分蘖小麦品种川农16与大穗型寡分蘖小麦品系H461生化及分子水平上的遗传差异进行了检测.结果表明,川农16与H461间至少有10条醇溶蛋白差异带,其高分子量谷蛋白亚基组成分别为(1,20,5 10)和(2*,7 8,2 12).在小麦21条染色体上的72个SSR位点上共检测到95个等位变异,每一个位点所检测到的等位变异数目为1至2个,平均1.3个;其中,23对SSR引物(31.9%)能够揭示川农16与H461间的差异.     

穗数型小麦新品种川农16与大穗型寡分蘖品系H461遗传差异研究初报

采用微卫星分子标记(SSR)对穗数型小麦新品种川农16与大穗型寡分蘖品系H461在DNA分子水平上的遗传差异进行了检测。结果发现在小麦21条染色体上的23个SSR标记位点共检测到35个等位变异,每一个位点检测到的等位变异数目为1至2个,平均1 5个,其中12个SSR位点(52 2%)能够揭示川农16与H461间不同基因型的差异,可根据这些差异对川农16和H461杂种后代进行分子标记选择。并对有效穗数、穗粒数、小穗数、千粒重和穗粒重等5个性状进行了考察分析,除了有效穗数H461极显著低于川农16,其余4个考察性状均极显著高于川农16。分期播种试验表明,迟播对川农16有效穗数的影响很大,而对H461影响不明显。本文讨论了在小麦育种中穗数型和大穗型品种的协调利用以及适期播种对于提高小麦产量潜力的重要性。     

黄淮麦区近年大面积推广小麦品种的遗传多样性分析

采用31对SSR引物对黄淮麦区近年大面积推广的25份小麦品种进行微卫星标记位点扫描及遗传多样性分析,共检测到148个等位基因变异,变化范围为2~15个,平均每个位点检测到的等位基因数为4.77个。位点多态性信息指数(PIC)变幅为0.253~0.889,平均0.552。3个基因组的平均等位变异丰富度为D>B>A,遗传多样性指数为D>A>B。7个部分同源群的平均等位变异丰富度为1>7>2>5>3=4>6,平均遗传多样性指数为5>3>6>4>2>1>7。聚类分析表明,品种间的遗传相似系数(GS)变幅0.34~0.85,平均为0.61,SSR标记能将25份小麦品种相互区分开,在遗传相似系数(GS)0.59处,可将供试品种聚为5大类,其中80%的品种被聚在第Ⅰ类,同一地区或育种单位的品种大致聚在一个类群里。表明黄淮麦区近年大面积推广的小麦品种间遗传差异较小,遗传基础狭窄。     

利用SSR标记探讨骨干亲本欧柔在衍生品种的遗传

 【目的】研究骨干亲本欧柔染色体片段在衍生后代的分布及所关联的性状,旨在揭示骨干亲本对后代品种的遗传贡献。【方法】对小麦骨干亲本欧柔及其衍生的23份在中国生产和育种中发挥重要作用的后代品种进行农艺性状调查和SSR扫描。【结果】在43个SSR位点欧柔特异等位变异在一代品种的传递频率高于理论比例0.38; 在41个位点欧柔特异等位变异在二代品种的传递频率高于理论比例0.18;在21个位点欧柔特异等位变异被持续选择（在2个子代的分布频率分别大于0.38和0.18）。SSR标记与农艺性状关联分析表明,在Xwmc710、Xbarc235和Xbarc252位点,欧柔等位变异类型在后代具有高的分布频率且与较高的穗粒数、产量相关。【结论】推测本研究发现的重要染色体区域及相关的优异性状在中国小麦品种改良中发挥了重要作用,是进一步研究的重点。     

紫斑牡丹表型性状与SSR分子标记的关联分析

利用筛选出的11对多态性简单重复序列(SSR) 标记对99份紫斑牡丹材料进行多态性扫描,在分析其遗传多样性和群体结构的基础上,采用TASSEL2.1软件的一般线性模型(GLM)进行标记与32个观赏性状的关联分析。结果表明:11个多态性SSR标记共检测到94个等位变异,平均每个位点检测到等位变异8.5个;引物的多态性信息含量(PIC)变幅为0.146~0.850,平均值为0.593;遗传多样性变幅为0.152~0.862,平均为0.630。群体结构分析将供试材料划分为3个亚群;通过关联分析,发现5个标记位点与6个性状显著关联(P＜0.01),各标记位点对表型变异的解释率为30.4%~55.8%,其中FJ024285和FJ024294标记与株高相关联,FE528073与顶小叶长、柱头颜色和房衣颜色相关联,FJ024287与柄叶比相关联,EU678295与色斑大小相关联。研究表明:所选紫斑牡丹种质资源群体的群体结构简单、遗传变异较为丰富,适用于紫斑牡丹目标性状的关联分析。关联分析能够有效地找到与紫斑牡丹表型性状紧密连锁的SSR标记,用于分子标记辅助育种。      

基于荧光检测技术的小麦品种SSR鉴定体系的建立

【目的】建立基于SSR荧光标记的小麦品种DNA指纹鉴定体系,为中国小麦育成品种鉴定提供高通量技术手段。【方法】收集已定位到小麦21条染色体上的SSR标记引物,通过PCR扩增和变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测技术,筛选在中国小麦育成品种中多态性高的标记,对筛选出的引物5′末端利用6-FAM、HEX、ROX和TAMRA 4种荧光染料之一进行标记,利用DNA分析仪对扩增产物的峰型进行评价并检测不同等位变异的扩增片段大小,选择峰型简单易读、多态性高、较均匀分布到21条染色体上的标记,确定不同位点等位变异的大小及相应的参照品种,建立基于荧光SSR标记的高通量小麦品种鉴定体系。【结果】利用2 438对SSR标记对8份植物学性状差异大的小麦育成品种进行初步筛选,共筛选出260对多态性较高、扩增稳定的SSR引物。利用上述260对引物对48份小麦品种继续进行复筛,选出130对扩增稳定、多态性高、带型好的SSR引物。对这些引物的正向5′末端分别标记6-FAM、HEX、ROX和TAMRA荧光后,利用DNA分析仪进行检测评价,最终选择了42个PCR扩增稳定、峰图简单、多态性高、连锁群分布均匀的SSR荧光标记。根据DNA分析仪检测到的每个标记的不同等位变异大小,为相应位点的不同等位变异进行了命名,并为每个等位变异选取了相应参照品种。根据每个引物标记的荧光和扩增的片段大小范围对42对引物进行合理搭配,在同一毛细管内对多个荧光标记进行检测,提高了DNA指纹数据采集效率,降低了检测成本。利用该体系对1 625份小麦育成品种进行DNA指纹数据采集,在42个位点中共检测到434个等位变异,每个位点的等位变异个数在3-23,平均10.3个;每个位点的PIC值范围为0.240-0.829,平均0.610。利用1 625份小麦育成品种DNA指纹数据,构建了中国小麦育成品种的DNA指纹数据库。【结论】筛选出42对SSR标记引物,建立了基于荧光SSR标记的小麦品种鉴定体系,可用于高通量小麦品种DNA指纹鉴定。     

枸杞品种SSR荧光指纹图谱构建及遗传关系分析

以12个枸杞栽培品种为材料,利用SSR荧光标记进行DNA指纹图谱的构建和遗传关系分析。11对SSR引物在12品种共检测到34个等位变异,平均每个位点为3.1个,位点平均有效等位变异数(Ne)、观测杂合度(Ho)、Shannon’s信息指数(I)和多态信息含量(PIC)分别为2.025、0.439、0.776和0.391。其中4对引物SF1、SF30、SF63和SF92可区分所有供试品种,为品种鉴别提供依据。NTSYS-pc2.10软件聚类表明,12个枸杞品种遗传相似系数变化范围是0.57~0.91,平均为0.68,表明枸杞品种间存在着丰富的遗传多样性。SSR荧光标记技术可以有效地用于枸杞品种资源指纹图谱构建及遗传关系研究。     

武陵山区玉米地方品种核心种质的遗传多样性与评价

田间试验结合微卫星(SSR)标记技术,从表型和DNA分子水平分析评价了武陵山区玉米(Zea mays L.)地方品种核心种质的遗传多样性。结果表明,核心种质在14个农艺、经济性状上存在极显著差异;基于SSR标记的UPGMA聚类能有效区分玉米地方品种核心种质,50对SSR引物在核心种质中共检测到275个多态性位点,各引物检测到的等位位点数3~15个,平均为6.0个;Shannon多态信息量为0.29~0.83,平均为0.75。核心种质代表性评价结果表明核心种质较好地保持了原种质库的遗传变异。     

山西省主推玉米品种自交系的SSR遗传多样性分析

利用SSR标记研究了山西省主推玉米品种亲本自交系的遗传多样性。从96对SSR引物中筛选出42对扩增产物具有稳定多态性的引物。42对引物在35份供试材料中共检测出185个等位变异,每对引物检测等位变异3～8个,平均4.4个;每个位点的多态性信息量(PIC)变化为0.307～0.881,平均0.634。UPGMA聚类分析结果表明,35份供试自交系划分为4个类群,生产上主要推广杂交种的亲本大多来自不同的类群。研究结果为山西省玉米进一步育种提供参考。     

四川小麦地方品种和主栽品种SSR多态性比较研究

利用 2 4个SSR标记对 8份四川小麦地方品种和 8份主栽品种的遗传多样性进行比较研究。结果表明 ,在 2 4个SSR标记位点上共检测到 75个等位变异 ,每一位点检测到的等位变异数目为 1到 6个 ,平均 3 1个 ;其中 2 1个SSR位点 (87 5 % )能够揭示材料间的多态性。根据SSR标记数据计算四川小麦品种间的遗传相似系数 ,其变化范围为 0 5 44到 0 892 ,平均值为 0 6 99。从群体间的遗传相似系数来看 ,四川小麦地方品种群体内的遗传多样性较低 ,而主栽小麦品种群体内的遗传多样性相对较高。从UPGMA聚类关系来看 ,四川小麦地方品种间的亲缘关系较近 ,首先聚在一起 ;其中“中国春”与“成都光头”间的亲缘关系最近 ,进一步证实“中国春”是“成都光头”的一个选系     

用SSR标记研究谷子品种的遗传多样性

用37对SSR标记对40个谷子品种(来自我国的37个谷子品种及从印度、俄罗斯引进的3个谷子品种)进行遗传多样性研究,37对引物共检测出228个等位变异,引物检测出的等位变异数在3～12之间,平均每个位点检测出的等位变异数为6.16,37个位点的平均多态信息量(PIC)为0.697.研究这37个SSR标记重复单元出现次数与多态信息量及等位变异数之间的相关性,发现多态信息量与等位变异数呈极显著相关,相关系数达到0.802(P<0.01),而多态信息量与重复单元出现次数之间相关性也达到显著水平.相关系数达到0.429(P<0.01).对40个谷子品种进行聚类,在遗传相似系数为0.79时聚为5组,聚类结果表明除山西外几乎所有来自我国不同地区的谷子育成品种都被聚成1组,多数农家品种聚类群与生态类型存在一定的一致性.     

陆地棉叶片叶绿素含量与SSR标记的关联分析及优异等位变异的挖掘

【目的】筛选与陆地棉叶片叶绿素含量性状相关联的分子标记,挖掘其优异等位变异及典型材料,为陆地棉分子标记辅助育种提供技术支持。【方法】在3年6个环境中,对185份陆地棉品种(系)组成的自然群体进行倒4叶叶绿素相对含量(soil and plant analyzer development,SPAD)的测定,每年分3个时期(打顶后0、10和20 d)。采用Power Marker 3.25软件计算各位点的多态性信息含量,以分析群体的遗传多样性。利用STRUCTURE 2.3.4软件计算群体结构矩阵(Q),利用TASSEL 3.0软件计算亲属关系矩阵(K),通过GLM(general linear model,Q)和MLM(mixed linear model,Q+K)2种方法,同时对SPAD与SSR标记进行关联分析。依据计算的等位位点表型效应值,挖掘优异的等位变异及典型材料。【结果】137对SSR多态性引物共扩增出355个等位变异,平均每对引物扩增到2.6个多态性位点,PIC平均值为0.67,变化范围为0.01—0.95,高度多态性引物(PIC0.5)占85%,其中PIC最高的标记为HAU2146(PIC=0.95)和NAU2083(PIC=0.93)。当(35)K取得最大值时,K=2,因此,将185份陆地棉材料划分为2个亚群。通过GLM方法共检测到22个显著性位点(P0.001),表型变异解释率为5.28%—10.85%,平均为7.24%,贡献率最高的等位变异位点是SWU0529a(R2=10.85%)和NAU998c(R2=10.48%);通过MLM方法共检测到17个显著性位点(P0.01),表型变异解释率为3.72%—8.58%,平均为4.72%,贡献率最高的等位变异位点是SWU0923b(R2=8.06%)和SWU0662d(R2=6.74%);2种方法共同检测到的显著性位点有12个,等位变异NAU998c在3个时期2种方法能同时被检测到。通过等位变异的表型效应分析,找到2个增效效应最大的等位变异(HAU3318b和SWU0987b),利用找到的等位变异对材料进行筛选,获得携带2个增效效应等位变异的材料53份,2个增效效应位点都未检测到的材料有46份,统计结果显示,在打顶后10和20 d 2个时期,53份材料的SPAD均值显著高于46份材料的SAPD均值。【结论】检测到12个与SPAD值相关的显著性位点,并挖掘到2个增效效应优异等位变异,获得携带优异等位变异的载体材料53份,获得携带2个优异等位变异的典型材料1份。