芽胞杆菌属及其近缘属种名目录

本文所涉及的芽胞杆菌(Bacillus-like)是指来自芽胞杆菌属及其近缘属的能形成具有极强抗逆性的内生孢子即芽胞的一大类厚壁菌门细菌。它们广泛分布于多样化的环境中,而且已经在食品、农林业、工业、生物技术、医学、冶金、环保、军事等领域得到广泛应用,因此,芽胞杆菌的分类研究一直是非常重要的基础性工作。随着实验技术和研究方法的改进,越来越多的芽胞杆菌种类被发现,然而,有大量的新种和新属还没有中文译名;同时,有许多种类的分类地位发生了变动或被合并。这些情况常给我国相关领域的科技人员应用和处理这些物种的名称带来混乱和困惑。本文根据LPSN网站中"具有命名地位的原核生物名称的名录"截至2014年12月底为止的更新版本和《伯杰氏系统细菌学手册》第二版第3卷厚壁菌门的相关信息,结合充分的文献研究,共整理出芽胞杆菌相关的5科71属753种,并在文中列出芽胞杆菌属及其近缘属的分类地位的变动情况以及相关科、属、种的拉丁文学名和中文译名。     

青藏高原芽胞杆菌资源的收集与保存

为建立青藏高原芽胞杆菌资源名目与资源库,完善我国芽胞杆菌分类体系,2013-2016年福建省农业科学院芽胞杆菌研究团队系统开展了青藏高原芽胞杆菌资源考察,采集的土壤样品分布在海拔500~5100m,采集生境包括高原荒漠、峡谷、草甸、温带森林、亚热带雨林、热带雨林等。所建立的青藏高原芽胞杆菌资源库,截至2017年3月入库资源载体2827份,芽胞杆菌菌株8532株,其中初步鉴定菌株811株、疑似新种43个。     

云南苍山芽胞杆菌多样性研究

【目的】了解芽胞杆菌资源多样性,为芽胞杆菌功能资源挖掘和菌剂开发奠定基础。【方法】从云南苍山采集土壤10份,涂布法分离芽胞杆菌,采用16S rRNA基因同源性进行鉴定。【结果】分离获得了75株芽胞杆菌,5个属、19个种,分别属于芽胞杆菌属Bacillus的14个种、类芽胞杆菌属Paenibacillus的2个种、赖氨酸芽胞杆菌属Lysinibacillus的1个种、嗜冷芽胞杆菌属Psychrobacillus的1个种和短芽胞杆菌属Brevibacillus的1个种。根据分离频度分析得知,云南苍山土壤中的芽胞杆菌优势菌群为韦氏芽胞杆菌B.weihenstephanensis、图瓦永芽胞杆菌B.toyonensis、假蕈状芽胞杆菌B.pseudomycoides和解木糖赖氨酸芽胞杆菌Lysinibacillusxylanilyticus,其他种类分布极其不均匀。苍山路边土壤中的芽胞杆菌的Margalef、Simpson、Shannon、Pielou、Brillouin和Macintosh指数较高,可能与其不受植物影响相关。韦氏芽胞杆菌、图瓦永芽胞杆菌和解木糖赖氨酸芽胞杆菌等3个种在3个生境的土壤中均有分离到,Margalef、Simpson、Shannon、Pielou、Brillouin和Macintosh指数较高,与生境相关性小。根据数量和分离频度对芽胞杆菌种类进行聚类,19个种的芽胞杆菌种类可分为4类。【结论】苍山土壤中蕴藏着丰富芽胞杆菌种类和数量,多样性高,具有很大的开发潜力。     

基于代谢组学的芽胞杆菌属间胞外代谢物异质性研究

采用基于气相色谱质谱联用(GC/MS)的代谢组学方法研究了芽胞杆菌3个属胞外代谢物,得到代谢物共229种,并对结果做了PCA和分层聚类分析,结果表明供试不同属的芽胞杆代谢物种类和含量有所不同,而同属的菌株代谢物相似,同属的菌株能聚成一类。其中类芽胞杆菌属和芽胞杆菌属又聚为1个亚类,而短芽胞杆菌属聚为另1个亚类。从对3个属芽胞杆菌所分析的数据中初步鉴定得到3个差异性代谢物。     

广西北部湾近海产胞外多糖细菌多样性及其抗氧化活性分析

[目的]鉴定广西北部湾近海产胞外多糖(EPS)的海洋细菌种类多样性,并测定其EPS生物学活性,为后续研究EPS活性及其开发利用打下基础.[方法]采用黏液比色法、乙醇沉法和苯酚硫酸法初筛产EPS细菌,通过16S rD-NA序列鉴定细菌种属并进行遗传进化分析,以1,1-二苯基-2-三硝基苯肼(DPPH)测定EPS的抗氧化活性.[结果]从广西北部湾近海海水、沙粒和红树林泥土中共分离出205株产EPS细菌,结合分离株的菌落特征和形态观察结果可将所分离获得的细菌归为28种细菌.对28株代表细菌株进行鉴定,结果显示分属于2个纲(芽孢杆菌纲和γ-变形菌纲)、4个目(芽孢杆菌目、假单胞菌目、弧菌目和肠杆菌目)、4个科(芽孢杆菌科、莫拉菌科、弧菌科和肠杆菌科)、6个属(芽孢杆菌属、葡萄球菌属、弧菌属、发光杆菌属、变形杆菌属和不动杆菌属)、15个种;优势菌属为芽孢杆菌属,占所鉴定菌株的71.43%,其次为葡萄球菌属、弧菌属、发光杆菌属、变形杆菌属和不动杆菌属.EPS活性检测结果显示,不同种属细菌所产EPS均具有一定的DPPH清除作用,但不同菌株间差异明显,清除率为9.43%~71.10%.[结论]从广西北部湾近海地区共分离鉴定出2纲4目4科6属15种产EPS的海洋细菌,以芽孢杆菌属为主,存在种类多样性,且各类细菌分泌产生的EPS均具有一定抗氧化活性.     

中国陆地-淡水缓步动物分类组成研究

简要介绍了缓步动物门的系统分类研究进展,初步分析了中国陆地-淡水缓步动物分类组成。全世界已描述发表的缓步动物种类约1 000种,隶属3纲、5目、13科、70余属。中国的缓步动物共计161种,隶属2纲、3目、5科、20属。     

秦始皇兵马俑1号坑芽胞杆菌的采集与鉴定

芽胞杆菌分布广泛,世界各地到处都有芽胞杆菌的踪迹。【目的】了解秦始皇兵马俑坑中土芽胞杆菌的多样性,丰富特殊环境下芽胞杆菌的地理分布。【方法】从秦始皇兵马俑1号坑中采集土壤样品,采用温度筛选法和稀释梯度涂布法分离到了10株芽胞杆菌,通过16SrRNA作为鉴定手段对这10株芽胞杆菌进行鉴定。【结果】通过16SrRNA将10株芽胞杆菌鉴定为4种芽胞杆菌,巨大芽胞杆菌1株、地衣芽胞杆菌1株、梭状芽胞杆菌1株、枯草芽胞杆菌5株,另外2株为芽胞杆菌疑似新种。【结论】研究结果表明秦始皇兵马俑1号坑土中存在着丰富的芽胞杆菌种类,丰富了我国极端环境下芽胞杆菌资源地理分布。     

夏枯草内生菌及根际芽胞杆菌种群结构的研究

芽胞杆菌分布广泛,主要分布于土壤、动植物体表。为了解采自武夷山的夏枯草Prunella vulgaris植株及其根际土壤芽胞杆菌的多样性,以及药用植物内生芽胞杆菌的生物多样性,采用稀释涂布平板法从夏枯草植株及其根际土壤样品中分离到芽胞杆菌菌株27株,并采用16SrDNA序列测定法对27株芽胞杆菌进行鉴定。通过菌落形态特征观察及16SrDNA序列测定,将27株芽胞杆菌归入14个种,其中阿氏芽胞杆菌5株、蜡状芽胞杆菌4株、炭疽芽胞杆菌4株、苏云金芽胞杆菌2株、甲基营养型芽胞杆菌2株、嗜气芽胞杆菌1株、地衣芽胞杆菌1株、假蕈状芽胞杆菌1株、简单芽胞杆菌1株、短短芽胞杆菌1株、球形赖氨酸芽胞杆菌1株、解木糖赖氨酸芽胞杆菌1株、嗜几丁质类芽胞杆菌1株,另外2株为芽胞杆菌疑似新种。研究表明,夏枯草植株及其根际土壤中存在着丰富的芽胞杆菌种类,丰富了药用植物内生芽胞杆菌资源的研究。     

新疆土壤芽胞杆菌采集鉴定及其分布多样性

为了解新疆芽胞杆菌的种类及其多样性情况,将采集于新疆4个地点的14份土样用稀释平板计数法进行芽胞杆菌分离,用MIDI鉴定系统和16SrDNA测序法进行种类鉴定。结果发现,从新疆土样中共分离到53株,13种芽胞杆菌,分别为巨大芽胞杆菌、蜡状芽胞杆菌、枯草芽胞杆菌、嗜碱芽胞杆菌、粘性芽胞杆菌、地衣芽胞杆菌和萎缩芽胞杆菌。通过16SrDNA序列的系统发育树分析发现,分离的菌多数和模式菌株亲缘关系较近,也有少数几株菌与模式菌株亲缘关系较远,可能是由于芽胞杆菌属中各个种之间具有较近的亲缘关系,在种的系统发育上也存在一定的交叉,各菌株间序列差异较小。根据土壤中芽胞杆菌多样性研究发现,不同土壤标本内的芽胞杆菌含量差异显著表现为阿拉尔市>新疆喀什>阿克苏>塔克拉玛干沙漠。而每个地点中同种芽胞杆菌的含量差异也较显著,如:蜡样芽胞杆菌在阿克苏的含量为5.230×105 cfu.g-1,而在塔克拉玛干沙漠的含量仅仅为0.7×103cfu.g-1。新疆芽胞杆菌较丰富,不同地点芽胞杆菌在种类和数量上都有很大差异,每个地点都含有独特的芽胞杆菌。     

蜡状芽胞杆菌群16S rDNA分析

蜡状芽胞杆菌群主要包括炭疽芽胞杆菌(Bacillus anthracis)、蜡状芽胞杆菌(Bacillus cereus)、苏云金芽胞杆菌(Bacillus thuringiensis).GenBank已有这个群的8个菌株完成了全基因组序列测定.对这8株蜡状芽胞杆菌群菌株中98条16S rDNA的序列进行相互BLAST比较,发现在同一基因组内各个16S rDNA拷贝全局相似度最低为96.47%,在不同基因组间16S rDNA局部片段比对最小相似度达到99.72%,对应片段长度也有1417 bp.这点充分说明,该群的细菌完全共用同一种16S rDNA,根据16S rDNA给细菌分类的特点,它们应该属于同一个种.在亲缘关系上,枯草芽胞杆菌离蜡状芽胞杆菌群最近.     

塞罕坝植物物种丰富度海拔分布格局

物种多样性一直是生态学研究的热点,而物种丰富度的海拔分布格局是物种多样性研究的一个重要内容。以塞罕坝机械林场的天然植被为研究对象,探讨塞罕坝地区植物的物种组成以及物种丰富度的海拔分布格局。结果表明:(1)在研究区调查的184块样地中,共有维管植物53科、197属、365种,分别占该地区总数的65.4%、63.1%和59.1%。其中乔木8科、12属、16种;灌木11科、23属、43种;藤本1科、1属、2种;草本41科、108属、304种。该区优势科、属明显,优势科主要有菊科、禾本科、蔷薇科、豆科、唇形科。大部分的科内,属、种缺少,区域单属科以及单种科比例高,体现出该区地理环境复杂的特点。(2)物种丰富度为草本层灌木层乔木层;随着海拔的升高,科、属、种以及乔木的变化不显著;灌木丰富度随海拔的变化出现先升高后降低的单峰格局,即中度海拔物种丰富度最高。草本层丰富度总体趋势是随海拔升高而升高。     

江西吉安退化湿地松群落植物区系特征分析

对江西吉安退化湿地松群落植物区系特征分析,结果表明:样地中有维管束植物共计98种,隶属47科88属;热带性质的科占总科数的75%,热带分布属占总属数的53.52%。其中,以泛热带分布的科、属最多,分别占科、属总数的67.86%,28.17%;温带性质的科占25%,温带分布属占45.07%;科、属、种的配比特征为:较多的科、属含较少的种,较少的科、属含较多的种。     

新乡市区园林植物区系特征分析

在野外调查及查阅资料的基础上,对新乡市主城区园林植物资源进行区系分析,结果表明,研究区共有园林植物74科161属311种(含变种),木本植物为主体。5种以上的科有17个,含81属205种; 区域少种科和区域单种科共57科,含80属106种。科、属、种的配比特征为:较多的科、属含较少的种,较少的科、属含较多的种。热带性质的科29科,温带性质的科有23 科,中国特有分布 2科,分别占本植物区系非世界分布总科数的53.70%、42.59%和3.70%,温带性质科与热带性质科在数量上无明显优势,但含物种较多的优势科大都属于温带分布和世界分布型。热带分布属42属,以泛热带分布属最多; 温带分布属100属,北温带分布属居首位; 中国特有分布7属。新乡市园林植物的规划方向应以观赏性较好的乡土树种为主,对外来树种应加强入侵生态风险评估。     

浙江省长兴县湿地维管植物多样性及区系

  目的  湿地是珍贵的自然资源，也是重要的生态系统，具有不可替代的综合功能。长兴县湿地在浙江省具有重要地位，开展全域湿地维管植物多样性调查，为长兴县湿地生态系统的恢复和保护提供科学依据。  方法  通过线路调查法和样方调查法，对长兴县湿地维管植物多样性进行研究，并对植物区系进行了分析。  结果  ①长兴县共有野生湿地维管植物95科277属464种，其中:蕨类植物7科7属7种、裸子植物2科3属4种、被子植物86科267属453种；被子植物中包含双子叶植物68科222属393种和单子叶植物18 科45 属60种。②植物科组成以分布2~9种的科和仅分布1种的科占优势，两者共占88.42%；属组成以分布2~5种的属和仅分布1种的属占绝对优势，两者共占97.11%。③湿生植物占湿地植物总种数的82.54%；草本植物占湿地植物总种数的85.56%。④科的分布区类型包括11个，除世界广布科外，以泛热带分布型科和北温带分布型科为主；属的分布区类型包括12个，以北温带分布型属为主，热带性质属与温带性质属的数量比为0.77。  结论  长兴湿地维管植物资源丰富，植物区系具有典型的温带性质并有一定的过渡性。表7参25     

甘肃天祝地区蝶类多样性调查研究

2008～2010年每年7～9月,用野外观察、标本采集、制作和鉴定的方法,研究了甘肃省天祝地区的蝶类物种多样性。结果表明,鉴定到的蝶类共有8科54属78种,并且在该地区发现甘肃蝶类1个新记录属和10个新记录种。其中粉蝶科9属22种、蛱蝶科17属17种、眼蝶科13属14种、绢蝶科1属9种、灰蝶科9属9种、弄蝶科3属3种、凤蝶科1属2种、蚬蝶科1属2种,粉蝶科种数占总种数的28%,为优势种。     

甘肃省太子山次生林区维管植物多样性调查研究

太子山林区处于青藏高原与黄土高原的过渡地带,由于特殊的地理位置,蕴育了较为丰富的植物资源。通过实地调查和区系统计分析表明:1)该区分布有维管植物 89 科 306 属 847 种 12 变种 2 变型;其中蕨类植物 9 科16 属 29 种,占总种数的 3.42 %;种子植物 80 科 290 属 818 种,占总种数的 96.56 %;2)温带分布属占本区属数的75.1 %,占本区总种数的 81.4 %,热带分布属占本区总属数的 8.53 %,表现出明显的温带性质和一定的区系过渡性;3)高位芽植物和地面芽植物占本区总种数的 87.9 %,具有绝对优势;4)植物区系组成与马衔山林区相似性最高,其次是莲花山、洮河流域,较远是孟达保护区;5.本区应划归横断山脉植物地区、川西北甘西南青东南小区,并作为横断山脉植物地区与华北植物地区、黄土高原亚地区的分区界线。     

云南铜壁关自然保护区种子植物区系初步研究

通过对铜壁关自然保护区的初步调查,统计出该区共有种子植物201科,1 202属,3 517种,其中包括911个中国特有种。在科的分布区类型构成上,热带分布科占总科数的74.67%,温带分布科占25.33%。从属一级分布区类型的统计分析来看,热带分布属占总属数的74.21%,而温带分布属只占25.79%;热带分布属中以亚洲热带分布属最多,占总属数的28.17%。分布区类型分析表明,该地区的植物区系具有热带亚洲区系的特点,属于古热带植物区和马来西亚亚区中的滇、缅、泰地区,进一步分析表明,此区系具热带北缘的性质。     

百花山蕨类植物研究

百花山蕨类植物区系共有15科、26属、60种（含变种）,在北京植物区系中占重要地位。其中1属、5种、1变种为《北京植物志》增补种类,1变种（百花山瓦韦）为新分类群。百花山蕨类植物的分类群结构与北京市基本一致,具有明显的温带分布区的特点,与热带分布有密切的联系。笔者对百花山新记录的蕨类植物作了编目,并编制了分科、属、种的检索表。     

翠华山苔藓植物分布调查

在野外考察和参考有关文献的基础上,分析了翠华山苔藓植物分布类型。现知翠华山共有苔藓植物46科102属212种(包括5变种、1变型),其中,苔类有19科25属31种;藓类有27科77属181种。优势科为丛藓科、青藓科、真藓科、提灯藓科、柳叶藓科、灰藓科、紫萼藓科、绢藓科、羽藓科;优势属为提灯藓属、真藓属、青藓属、紫萼藓属、绢藓属、扭口藓属、灰藓属、凤尾藓属、墙藓属、耳叶苔属、水灰藓属。有大量科中仅1属和属中仅1种的类群。     

广西涠洲岛3种海参共附生细菌多样性及其延缓衰老活性分析

【目的】明确广西涠洲岛海参共附生细菌多样性，筛选出具有延缓衰老活性的菌株，为挖掘延缓衰老活性的新化合物提供菌种资源。【方法】选用9种选择性培养基对来源于广西涠洲岛的3种海参［异色哈威参（Havelockia versicolor）、玉足海参（Holothuria leucospilota）和方柱翼手参（Colochirus quadrangularis）］共10份样品进行共附生细菌分离纯化，基于16S rRNA测序分析其多样性，并以秀丽隐杆线虫（Caenorhabditis elegans）为模型评价共附生细菌发酵粗提物的延缓衰老活性。【结果】从广西涠洲岛3种海参中共分离获得63株共附生菌株，隶属于3门4纲14目25科35属，以放线菌纲（Actinobacteria）为优势菌群，共有31株（占49.21%）；放线菌GXIMD LM0085和GXIMD LM0159有可能为潜在新种，与对应有效发表菌株Kocuria assamensis、K.salsicia的相似性分别为97.38%和97.00%。不同培养基分离获得的海参共附生细菌在属类水平上存在明显的数量差异，以M9培养基分离获得的菌属数量最多（19属28株），P7培养基分离获得的最少（仅6属6株）；在筛选确定的35属细菌中，仅Cobetia和嗜盐单胞菌属（Halomonas）在9种培养基均有生长分布，多达13个属仅在单一的培养基中生长。不同海参分离获得的共附生细菌数量排序为1#异色哈威参>方柱翼手参>2#异色哈威参>玉足海参，除了玉足海参外，其他3只海参体内的共附生放线菌相对丰度明显高于体表共附生放线菌相对丰度。线虫寿命试验发现，有6株共附生细菌的发酵粗提物能显著延长秀丽隐杆线虫寿命（P<0.05），分别是GXIMD LM0037（寡养单胞菌属）、GXIMD LM0005（链霉菌属）、GXIMD LM0071（副球菌属）、GXIMD LM0114（寡养单胞菌属）、GXIMD LM0099（原小单孢菌属）和GXIMD LM0032（短状杆菌属）。【结论】广西涠洲岛海域海参蕴含着多样性丰富的共附生细菌资源，具有潜在的新物种，且部分菌株具有延缓衰老活性，在延缓衰老活性物质挖掘及新型抗衰老药物研发方面具有巨大潜力。