适于贵州玉米种质DNA指纹库构建的SSR核心引物筛选

为了筛选出适用于贵州玉米种质DNA指纹库构建的引物,以21份贵州普通玉米自交系和36份糯玉米品种为材料,综合比较PIC值大小、扩增带型清晰度及引物的重复性高低,对87对SSR引物进行筛选,以确定贵州玉米种质DNA指纹库构建的核心SSR引物。结果表明:筛选出的23对和15对SSR引物可分别作为构建贵州普通玉米和贵州糯玉种质DNA指纹库的核心引物。     

中国玉米审定品种标准SSR指纹库的构建

【目的】对数量庞大的已知玉米品种构建可共享的作物品种标准DNA指纹库。【方法】基于荧光毛细管电泳检测平台和植物品种DNA指纹库管理系统,利用筛选的40对SSR核心引物对3 998份中国玉米审定品种标准样品进行建库,通过多实验室、多检测平台进行建库数据的质量评估。【结果】绘制了40个玉米建库引物的等位基因频率分布图作为每个引物的特征图谱,在建库试验中发挥了相当于参照样品的作用。形成了一套十重荧光毛细管电泳组合,并在SSR指纹分析器中建立了一套系统默认PANEL作为不同实验室建库时的标准PANEL。统计玉米审定品种指纹库构建的试验情况,每份样品具有2—5套原始试验数据及对应的指纹图谱,其中61%的样品做了2组独立试验,33%的样品做了3组独立试验,最终建成的标准指纹库累计缺失和差异位点仅占0.2%,数据完整性达到99.8%。在不同实验室、不同电泳检测平台的评估结果表明,同一荧光电泳检测平台上获得SSR指纹数据一致性高,而不同的电泳检测平台获得的数据存在一定偏差,为实现不同实验室的SSR指纹数据共享,需要统一荧光引物、分析软件及电泳检测平台。对所有审定品种指纹数据进行整体两两比较,表明中国玉米审定品种之间差异比较大,品种间差异位点百分比集中在80%—95%(占78.28%),品种间差异位点百分比在50%以上的已达到99.21%,而低于20%的只有0.09%;对玉米审定品种杂合率水平进行分析,平均品种杂合率达到64%,主要集中在50%—80%(占89%)。通过玉米品种标准指纹比对服务平台(网址:http://www.maizedna.org/)实现了指纹库的共享。【结论】形成了构建作物品种SSR指纹库的标准化程序,构建了3 998份玉米审定品种的SSR指纹库,通过多实验室联合比较试验,保证建库数据的准确性和数据库的可共享性;建立了玉米品种标准指纹比对服务平台网站,实现玉米审定品种指纹库在全国种子检验系统的共享。     

中国玉米品种标准DNA指纹库构建研究进展

本文概述了北京市农林科学院玉米研究中心在"中国玉米品种DNA指纹库构建研究"方面的工作进展.该项目通过长期深入系统的研究,确定了建库材料的选择标准;并通过各种标记方法比较,确定SSR标记作为建库标记;进而优化SSR技术体系,确定一套核心引物;还在多重PCR反应及DNA指纹检测试剂盒开发、利用杂交种F1代种子果皮组织鉴定亲本自交系、依赖性派生品种鉴定等方面进行了探索性研究.在上述研究基础上,该项目在纯度及真伪检测、国家区试品种一致性及真实性监控及新品种DUS测试等领域已开始了系统的应用.     

20个鲜食玉米杂交种DNA指纹库的构建

利用SSR(简单重复序列)分子标记技术,选取均匀分布于玉米10条染色组的10个标记对20个玉米品种构建DNA指纹库,并研究最佳DNA提取方法和核心引物。结果表明:玉米籽粒快速碱煮法制备的DNA能够满足大批量鲜食玉米杂交种的一致性检测;等位基因数多、PI(多态性信息含量)和MI(标记索引)高且具双亲互补带型的引物被列为指纹库构建的核心引物。一致性检测结果显示:20个品种中的大部分品种R值达50%以上。     

五个鲜食玉米新品种的DNA指纹图谱研究与应用

利用SSR标记技术,对5个鲜食玉米新品种及其亲本的DNA指纹图谱进行了研究。从88对SSR引物中,筛选出37对在鲜食玉米中表现多态性丰富、带型清晰明显且稳定的引物,分析了鲜食玉米自交系的遗传多样性,建立了各品种的特征DNA指纹图谱及数字指纹,可以有效用于种子质量检测。     

我国建成世界最大玉米标准DNA指纹库

最近,北京市农林科学院玉米研究中心表示,该中心的玉米标准DNA指纹库,包括14000多个玉米品种,已成为世界上最大的玉米标准DNA指纹库。据玉米研究中心主任赵久然介绍,目前,玉米标准DNA指纹库已得到多方面的认可,制定多项部颁标准,并参与国际标准制定。依托该项技术和标准,玉米研究中心获得了农业部首批农作     

SSR标记及其在玉米研究中的应用

概述了SSR反应的原理、特点,总结了其在玉米亲缘关系和遗传多样性研究、DNA指纹库建立、遗传图谱构建和基因定位及分子标记辅助育种等方面的应用,并对SSR在植物遗传领域的应用前景进行了探讨.     

柑橘栽培品种（系）DNA指纹图谱库的构建

 【目的】构建柑橘栽培品种（系）的DNA指纹图谱数据库,为建立柑橘种苗纯度及真实性鉴定技术体系和技术规范奠定基础。【方法】利用SSR标记和ISSR标记对102个柑橘栽培品种（系）进行DNA指纹分析,筛选适合的特征引物,构建柑橘栽培品种（系）的指纹图谱数据库。【结果】从200对SSR引物中筛选到重复性好、多态性丰富的12对引物作为柑橘品种（系）鉴定的特征引物,12对SSR特征引物组合可鉴别42个品种（系）;在此基础上,对未出现SSR特征指纹的60个品种（系）进行ISSR指纹分析,从40个ISSR引物中筛选到2个可用于品种鉴定的特征引物,结合SSR标记,可快速、准确地鉴别70个柑橘的品种（系）。并利用这12对SSR特征引物和2个ISSR特征引物构建了70个柑橘栽培品种（系）的DNA特征指纹图谱数据库。【结论】SSR和ISSR标记适于构建柑橘栽培品种DNA指纹图谱库;指纹图谱库的建立为柑橘种苗纯度及真实性鉴定奠定了基础。     

基于SSR标记的甜瓜品种（系）DNA指纹图谱库的构建

【目的】建立甜瓜品种的DNA指纹图谱数据库,实现对甜瓜品种进行快速、准确的鉴定。【方法】应用SSR分子标记技术,首先利用20份具有代表性的甜瓜品种（系）筛选SSR引物,然后对105份不同甜瓜品种（系）进行指纹图谱的构建。【结果】从1 219对SSR引物中筛选出18对引物为105份材料形成了多态性的指纹图谱,其中每对引物可以检测到4-14条数目不等的多态性条带,平均为9条;多态性信息含量（PIC）平均为0.68,变化范围为0.55-0.82。105份材料间的相似系数为0.70-0.99。利用这18对SSR核心引物构建的指纹图谱库能够有效区分所有供试材料,并且为每份材料建立了一份独特的指纹图谱。【结论】SSR标记适于构建甜瓜品种  （系）的DNA指纹图谱库,可为甜瓜品种鉴定提供依据。     

温室节能技术研究取得重大突破

北京市农林科学院玉米研究中心主任赵久然，致力于打造玉米科技创新体系，加强优势学科建设，主持完成多项国家及省部级重大项目。经过赵久然近10年深入系统研究，使玉米品种DNA指纹鉴定技术经济、简便、快速、准确，并建立了已有5000多个玉米品种的标准DNA指纹库，实现了理论技术化，技术标准化。成为农业部品种审定、品种权保护、品种真伪司法鉴定的重要参考依据。并形成部颁标准“玉米品种鉴定DNA指纹方法”和“国家区试玉米品种一致性及真实性DNA指纹检测技术”。     

20个骨干玉米自交系的SSR指纹图谱构建

本实验利用80对SSR引物对20个玉米自交系进行扩增,综合考虑扩增带的清晰度及多态性、条带多少、引物重复性高低,筛选出Phi080,Phi123,Umc1061,Phi126,Phi065,Dupssr13,Phi102228,bnlg240,Phi083等9对引物,构建了20个玉米自交系的指纹图谱。其中有7个材料各用1对引物就可确定其特征性谱带,有3个材料各需用2对引物组合就能区分,有2个材料需4对引物组合方能予以有效区分,其余材料则需8对引物组合才可区分。本实验还对这9对引物的重复性作了验证,再次证明利用SSR标记构建玉米自交系指纹图谱是可行的,也是可靠的。     

DNA指纹图谱在玉米杂交种真伪及纯度鉴定中的应用

讨论了玉米DNA指纹图谱的不一致性和外部性状表现之间的对等性或等价性,并对DNA分子标记技术信息的稳定性与真实性进行了分析。认为大多数玉米SSR标记并非基因内标记,同时玉米的基因组序列极其庞大,因此,个别SSR引物多态性并不能辨别被测自交系或单交种;目前,生产上改良品种较多,改良品种与被改良品种之间极为相近,这就难以利用SSR标记将其区分。提出在构建玉米杂交种与亲本的DNA指纹图谱、筛选SSR引物时,尽量选择重要农艺性状的基因内标记或与其紧密连锁的标记,从而增加杂交种纯度及真伪辨别的准确性和有效性,经多次反复摸索建立了最佳技术体系。     

SSR指纹图谱技术在玉米种子鉴定中的应用

随着各种新型DNA分子标记的出现,带动了SSR指纹图谱技术的快速发展.长期以来,玉米种子质量问题成为玉米产业发展的限制因素,随着生物技术的发展,SSK指纹图谱在玉米种子鉴定中的作用成为研究热点.本文着重介绍了指纹图谱的概念、分析方法和作用等几个方面的内容.     

SSR标记技术在番茄遗传育种上的应用

综述了SSR标记技术的原理和特点及其在番茄遗传育种中品种鉴定、亲缘关系和遗传多样性研究、遗传图谱的建立、DNA指纹库的建立以及分子标记辅助育种等方面的应用及发展前景。     

柑橘品种鉴定的SSR标记开发和指纹图谱库构建

【目的】筛选出一套SSR核心引物,用于构建柑橘品种的DNA指纹图谱库,为柑橘种苗认证、品种登记和植物新品种保护提供技术支撑。【方法】以柑橘属8个主要栽培种类为试材进行PCR扩增,扩增产物经琼脂糖凝胶电泳检测,筛选出多态性丰富、扩增条带稳定的引物对部分参试品种进行PCR扩增,扩增产物通过变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行进一步的引物筛选;筛选得到的引物进行荧光标记,并选用部分柑橘品种进行PCR扩增,扩增产物利用基因分析仪检测,分别计算各引物的PIC值、等位基因数目,选取一套多态性丰富的适合进行荧光毛细管电泳检测的SSR引物组合,进而对所有参试品种进行分析,构建柑橘品种的DNA指纹图谱库,同时利用筛选的SSR标记对参试品种进行鉴定。【结果】初期以柑橘属8个种的代表品种(太田椪柑、沙田柚、沅江酸橙、大红甜橙、邓肯葡萄柚、枸橼、费米耐劳柠檬和墨西哥来檬)为材料,用362对SSR引物进行PCR扩增,扩增产物经4%琼脂糖凝胶电泳检测,初步筛选出80对种间多态性高、扩增稳定的SSR引物;进一步从8个种类里选择不同类型的64个柑橘品种,用上述筛选出的80对SSR引物进行PCR扩增,扩增产物经6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,再筛选出60对品种类型间多态性高、扩增稳定、条带清晰的SSR引物,并分别进行荧光标记;另以168份柑橘品种为材料对上述60对SSR引物进行PCR扩增,经荧光毛细管电泳检测,依据各引物的PIC值、等位基因数目、峰图读取难易程度、扩增稳定性及染色体位置等,最终筛选出21对SSR引物作为指纹图谱库构建的核心引物。为消除不同仪器、不同试验批次等引起的误差,为21对SSR引物各主要等位变异选择相应的参照品种。根据各引物标记的荧光颜色及扩增片段大小进行合理组合,21对SSR引物可分成5组进行多重电泳,共采集500份柑橘品种的DNA指纹。利用SSR标记,有111份品种仅用1对引物即可鉴别,86份品种用2对引物组合即可鉴别,24份品种用3对引物组合即可鉴别,另外279份品种虽无法单独一一鉴别,但可分为87个小组,组内品种无法区分,组间品种易鉴别。【结论】利用筛选出的21对SSR核心引物,构建了包含500份柑橘品种的DNA指纹图谱库,筛选出部分品种的特异标记,可以鉴别221份柑橘品种和87个品种组合,构建了基于毛细管电泳平台的柑橘SSR分子标记品种鉴定体系。     

玉米SSR分子标记技术操作规程的优化

[目的]建立玉米SSR标记技术操作规程,为其在生产中应用提供参考。[方法]以2个玉米杂交种(黔单16号、西山99)和4个玉米自交系(苏37、交51、黄C、4011)为试材,从玉米中提取基因组DNA,分别对不同DNA提取方法、SSR反应体系、PCR扩增程序和银染方法进行比较。[结果]采用SDS法、CTAB法提取DNA的扩增效果较好。玉米的最佳SSR反应体系为:1U Taq酶,1×Bufer,60ng模板DNA,2.0 mmol/LMg2+,0.15 mmol/LdNTPs,0.3μmol/L引物。最佳SSR扩增程序为:93℃,1 min;93℃,1 min;60℃,2 min;72℃,2 min,30个循环;72℃,5 min。用8%非变性聚丙烯酰胺凝胶或6%变性聚丙烯酰胺凝胶来检测玉米SSR标记较好。[结论]采用优化的SSR标记检测体系,对贵州51份玉米杂交种进行遗传多样性分析,大多数引物扩出清晰条带。     

SSR和ISSR分子标记及其在植物遗传育种研究中的应用

SSR（Simple Sequence Repeat）和ISSR（Inter-Simple Sequence Repeat）技术是在PCR基础上发展起来的两种DNA多态性检测技术，已开始应用于基因组研究的各个领域。概述了SSR、ISSR反应的原理、特点，总结了其在植物亲缘关系和遗传多态性研究、DNA指纹库的建立、遗传图谱的构建和基因定位及分子标记辅助育种等方面的应用，并肯定了SSR、ISSR在植物遗传育种领域的广阔应用前景。