黑龙江省审定水稻品种分子ID的构建

本研究以黑龙江省审定的214份水稻品种作为试验材料,构建黑龙江省审定水稻品种的分子ID,为北方粳稻的品种资源保护和利用提供理论依据。选择分布于水稻12个连锁群的131对引物,对参试材料进行聚丙烯酰氨凝胶电泳检测,根据品种之间扩增出条带的分子量大小的差异赋值。筛选出多态性好的24对引物对材料进行检测,共检测出等位变异124个,每个引物所检测到的等位变异范围在4~8个,平均为5.17个。引物的多样性指数在0.486~0.817之间,平均多样性指数为0.697,最高的引物是RM206。品种特异性指数在70.451~553.727之间,平均值为141.000,最高的品种是东农428。将电泳所检测出的等位基因变异数字化,采用ID Analysis 4.0进行数据分析,结果表明,仅需要13对引物(RM206,RM453,RM430,RM9,RM249,RM481,RM21,RM241,RM486,RM26051,RM44,RM561,RM154)就可以将214份水稻参试品种完全区分开,从而可以快速有效地构建出一套黑龙江省审定水稻品种分子ID。     

太湖地区10份抗褐飞虱粳稻SSR指纹图谱的构建及遗传相似性分析

本研究利用分布于水稻12条染色体上的12个SSR标记构建了太湖稻区10份抗褐飞虱粳稻的DNA指纹图谱,并对粳稻品种之间的遗传相似性进行了分析,旨在为水稻抗性育种、种子纯度鉴定和新品种知识产权保护方面提供支持。研究结果显示:12对引物共检测到35个等位基因,每对SSR引物检测到等位基因为1~6个,平均为2.8个;筛选出3对核心引物(RM336,RM5414,RM190)并建立了10份抗褐飞虱粳稻的SSR指纹图谱;10份粳稻品种之间的相似系数变幅为0.20~0.91,平均为0.63,遗传相似系数在0.50以上的材料占全部的82.22%。UPGMA聚类结果显示:在遗传相似系数0.55处,10份粳稻材料可以分为2个类群。研究结果表明,太湖地区绝大多数抗褐飞虱粳稻品种遗传相似性高,遗传多样性不够丰富。     

贵州地方红米品种的遗传多样性分析

利用分布于水稻12条染色体的56对SSR标记对来自贵州省内的147份地方红米水稻种质进行遗传相似性和遗传多样性研究。共检测到147个等位基因,品种间不同位点的等位基因数(Na)变幅为2～5个,平均2.642 9个;有效等位基因数(Ne)变幅为1.034 6～3.978 8个,平均1.758 5个,有效等位基因所占比例为66.5%;Nei’s基因多样性指数(He)变幅为0.033 4～0.748 7,平均为0.354 9;Shannon信息指数(I)平均为0.604 6,变幅为0.086 1～1.471 4;多态性信息含量(PIC)平均为0.369 4,变幅为0.040 0～0.748 7。UPGMA聚类分析结果显示,在遗传相似系数为0.55的水平上,可将供试材料聚为两大类,其中第Ⅰ类涵盖的品种有140个,占供试材料总数的95.24%,但在所检测的位点中没有基因型完全相同的品种。结果表明,贵州地方红米品种的遗传多样性水平较低,遗传基础较狭窄,应加强种质交流,拓宽贵州地方红米种质遗传基础。     

四川省2005-2006年区试小麦品种(系)的SSR遗传多样性

为明确四川近年来普通小麦的遗传差异情况,本研究采用微卫星分子标记(SSR)对四川省2005～2006年参加区试的66个小麦品系进行了遗传多样性研究,用18对扩增谱带稳定的SSR引物,共检测到106个等位位点,每对引物等位位点数为2～13个,平均5.89个.SSR引物的PIC介于0.22～0.91之间,平均多态性信息0.498.聚类分析表明,品种间遗传相似系数(GS)变异范围为0.390～0.834,平均值为0.608,品种间遗传相似性变幅较大,表明这次小麦区试品种(系)间存在着不同程度的遗传多样性差异.根据品种间遗传相似系数聚类,66份材料被聚成五类.     

人工合成六倍体小麦的ISSR位点遗传多样性分析

为了解人工合成六倍体小麦品种的遗传多样性,选用了100条ISSR引物对11份人工合成小麦和3个普通小麦材料(TP、HTS-1、CS)进行了遗传多样性分析。筛选出了42条引物可用于遗传多样性分析,其中有24条引物对供试材料具有较强的鉴别能力。42条引物共扩增出了273个条带,每条引物扩增出的条带数是3~12,平均每条为6.5,同时检测到在14份小麦试材中有170(占62.3%)个等位变异位点,引物等位变异数为1~11,平均每个位点出现4.5个等位变异。42条引物扩增产物的多态性信息量(PIC)为0.499~0.879,平均为0.767,多数引物扩增的多态性信息量在0.800左右。14份材料间的遗传相似系数为0.663~0.934,平均为0.790。根据材料间的遗传相似系数聚类,14个材料被聚为3类,其中聚为第2类的试材最多。本研究表明,14份小麦材料遗传相似性较大,亲缘关系较近,但参试材料总体遗传多样性水平较高。聚类分析结果与试材系谱及亲本来源相吻合。结果表明ISSR标记技术可应用于物种的鉴别、遗传多样性研究和遗传图谱构建。     

矮孟牛及其后代育成品种的多态性分析与指纹鉴定

为深入了解矮孟牛及其衍生品种(系)的遗传特性,为育种工作中合理利用小麦育种骨干亲本提供理论依据,本研究利用22对SSR引物分析了矮孟牛及其衍生品种(系)共25份材料的遗传多样性.在25份材料中共检测到128个等位变异,等位变异数目为3～9个,每个位点上平均等位变异数为5.82个.25份材料间的遗传相似性系数(GS)在0.43～0.90,平均为0.63,表明品种间遗传差异较小.用非加权配对算术平均法UPGMA将25份材料分为五类,聚类结果较好地反映了品种(系)间的亲缘关系.利用其中3对多态性较好的引物可以对供试材料的DNA指纹进行鉴定,为我国小麦品种的指纹图谱构建及品种权保护提供参考.     

利用SSR标记进行优质冬小麦品种(系)的遗传多样性研究

遗传多样性研究对于作物育种具有重要意义. 选择分布于21条小麦染色体上的59对SSR引物对48个优质冬小麦新品种(系)进行了遗传多样性分析. 共检测出209个等位位点, 每对引物等位位点数在2～9之间, 平均为3.5个. 位点多态性信息含量PIC变幅为0.16～0.87, 平均0.56. 8个引物组合在一起可将全部品种区分开来, 48个品种可分为五类,     

云南哈尼梯田红米地方品种遗传多样性分析

云南元阳哈尼梯田有丰富的水稻品种,特别是红米资源。本研究利用均匀分布于水稻基因组的100对简单序列重复（SSR）标记分析元阳哈尼梯田60份红米地方品种遗传多样性。100对SSR引物共扩增条带477个,平均每对引物扩增4.770个条带;有效等位基因数（Ne）从1.035~6.000,平均为2.518;香农多样性指数（I）为0.086~1.912,平均为1.016;多态性信息含量（PIC）范围为0.064~0.838,平均为0.519;基因杂合度（H）从0到0.950,平均为0.167;聚类分析可将60个红米品种分为两大类,第一类为籼稻亚种,包括57个水稻品种,第二类只有3个品种,为粳稻亚种。研究表明云南哈尼梯田水稻红米品种具有丰富的遗传多样性。     

贵州省2007～2009年度区试小麦品系的SSR分析

采用微卫星分子标记(SSR)对贵州省2007～2009年参加区域试验的20个小麦品种(系)的遗传多样性进行了研究.结果表明,12对引物共检测到46个等位位点,每对引物等住位点数在2～7之间,平均为3.83个.聚类分析表明,品种间遗传距离(D)变异范围为0.116～0.526,平均值为0.321,SSR标记能将全部材料区分开来,20个小麦品系可分为5类.本研究表明,采用核心引物进行不同小麦新品种的遗传多样性分析,对小麦新品种的特异性检测和品种保护是一种有效的手段.     

基于SSR标记的小豆品种鉴定体系建立及应用

小豆是中国重要的食用豆类作物,建立小豆品种鉴定体系有助于品种测试、种子市场监管等工作。本研究选择不同地理来源、表型性状差异较大的12个小豆品种为实验材料,筛选出59对扩增稳定、多态性较高的初选核心引物,在5’端进行荧光标记后,另选择96份小豆品种进行复筛,进一步决选出28对核心引物,构建了182个小豆品种的DNA指纹库。这些引物共检测到245个等位变异,等位变异数范围为2～20个,平均每对引物检测到8.75个等位变异;Nei’s基因多样性指数变化范围为0.27～0.89,平均为0.62;PIC值在0.246～0.877之间,平均为0.583。对核心引物未能区分开的品种进行1个生长周期田间种植对比鉴定,表明分子指纹聚类结果与基于表型的分类结果相同。本研究建立的基于毛细管电泳平台的小豆SSR分子标记品种鉴定体系,可用于小豆种质资源鉴定和遗传多样性分析、DUS测试辅助筛选近似品种、品种真实性鉴定等工作。     

棕色棉与绿色棉遗传多样性比较研究

基于简单重复序列(SSRs)分子标记技术对40份棕色棉和21份绿色棉材料进行遗传多样性比较研究,结果表明:66对多态性SSR引物在棕色棉和绿色棉材料上分别扩增出268条和240条多态性等位变异,棕色棉和绿色棉多样性指数(H)分别为1.408和1.350,平均位点多样性(D)值分别为0.729和0.713,遗传相似系数(J)平均值分别为0.643和0.677;采用类平均法进行聚类分析,棕色棉被划分为8个类群,绿色棉被划分为4个类群,从中国农业科学院棉花研究所选育的品系来看,类型划分与系谱比较一致.综合分析表明,棕色棉遗传多样性显著高于绿色棉.     

中国与东南亚三国（越、老、柬）普通野生稻遗传多样性的比较研究

利用24对SSR引物,对来自中国10个代表性居群和越南、老挝、柬埔寨的5个居群共计282份普通野生稻材料进行遗传多样性比较研究。结果表明,(1)24个微卫星位点共检测到等位基因289个,平均等位基因数(A)为12,有效等位基因数(Ae)为7;期望杂合度(He)平均为0.812,观察杂合度(Ho)平均为0.543,香农指数(I)平均为1.99;(2)4个国家中,中国普通野生稻的遗传多样性最丰富,老挝次之,越南和柬埔寨最低,香农指数(I)分别为1.92、1.69、1.47和1.45;(3)采用UPGMA方法对供试15个居群进行聚类分析。老挝和柬埔寨2个居群的亲缘关系最近,二者与越南居群有着较近的亲缘关系;(4)在中国所有参试居群中,广西武宣和贺州居群与东南亚3国亲缘关系最近。     

豇豆种质资源SSR标记遗传多样性分析

从46对备选的豇豆SSR引物中鉴定筛选出扩增带单一、稳定清晰且多态性强的13对引物。用这13对引物,对来自中国、非洲和亚洲其他国家的共316份栽培豇豆[Vigna unguiculata (Linn) Walp.]资源的DNA进行SSR扩增,以研究其遗传多样性。结果共检测到47个等位位点,平均每对引物扩增出3.692个等位位点,有效等位基因平均2.003个;5对SSR引物VM16、VM26、VM20、VM25和VM23,对于检测豇豆遗传变异最为有效。UPGMA聚类图显示,13对SSR引物即能将其中的260份参试资源区分开,其中国内、外资源差异明显,被划为2大类群;国内资源类群又可分为与地理来源的气候生态区明显关联的2个北方组群、4个南方组群和2个混合组群,8个组群间相对独立又相互渗透;国内育种高代材料的遗传多样性狭窄。     

黑稻资源遗传多样性的SSR分析

利用24对SSR引物比较了来自中国6个省市的29个黑稻品种的遗传多样性。结果表明,24对引物在上述品种中共检测到76个多态位点;多态位点的等位基因丰度、遗传多样性指数和平均香农指数分别为3.17、0.5287和0.9058,品种间遗传相似系数变异在0.0833-0.9583之间,说明黑稻中存在丰富的遗传多样性。利用品种间的遗传相似系数进行聚类分析,可将29份材料分为3个类群,其SSR分子标记分析表现出一定的地域相关性。     

不同地理来源旱稻种质资源的遗传多样性分析

用38对SSR引物对144份不同地理来源的旱稻种质资源进行遗传多样性分析。结果表明,共检测到137个等位变异,平均每对引物检测到3.6个,等位变异范围2~9。Nei基因多样性指数（He）在0.440（RM162）~0.854（RM335）之间,平均0.598。旱稻种质资源亚种间SSR多样性差异明显,籼稻的等位基因数目和Nei基因多样性指数（Na = 3.5,He = 0.558）明显高于粳稻（Na = 3.2,He = 0.415）。Nei基因多样性指数以亚洲最高,非洲最低,亚洲其他（He = 0.594）>中国（He = 0.593）>南美（He = 0.545）>非洲（He = 0.512）。AMOVA分析表明,旱稻种质资源的遗传变异主要来自亚种内（占总变异的76.3％）,亚种间遗传分化极显著。系统聚类能较好地区分籼粳亚种,但不能区分地理组。旱稻种质资源丰富的遗传多样性为水稻节水抗旱品种的选育提供了条件。     

野生稻与亚洲栽培稻的遗传多样性

为评价野生稻与亚洲栽培稻的遗传多样性及其变异关系,56对SSR引物被用于研究广泛地理分布的55份普通野生稻(其中32份O. rufipogon和23份O. nivara)和25份亚洲栽培稻(14份indica和11份japonica)样本。298个多态性位点被检出,占总扩增等位点的98.68%。野生稻多态性位点的百分比(平均达91%)及Nei’s遗传多样性值(h)明显高于亚洲栽培稻,表明普通野生稻比亚洲栽培稻具更丰富的遗传多样性。UPGMA聚类分析显示野生稻的两个类群(O. rufipogon和O. nivara)关系密切,但在遗传上存在明显的分化,支持其作为两个独立物种的分类观点。许多普通野生稻中籼粳分化尽管不很明显,然而亚洲栽培稻的籼粳亚种分化是明显的。亚洲栽培稻与多年生普通野生稻(O. rufipogon)关系更为密切,符合异源起源的遗传分化模式。     

亚洲棉种质资源的SSR遗传多样性分析

 对我国棉花中期库保存的200份不同地理来源的亚洲棉代表性样本进行了SSR遗传多样性分析,结果表明：亚洲棉分子水平的遗传多样性较高。83个多态性位点共检测到368个等位基因变异,其中多态性的等位基因数为329个,平均每个SSR位点3.964个。位点多态性信息量（PIC）变幅为0.010～0.882,平均0.578,PIC值大于0.7的标记有33个（占39.8%）。基因多样性（H′）变幅为0.031～2.163,有效等位基因数（Ne）变幅为1.010～8.496。华南棉区基因遗传多样性最高,其次为长江流域棉区、黄河流域棉区,从理论上支持被广泛接受的亚洲棉在我国的传播路线是由南到北,华南棉区是中棉种系的遗传多样性富集中心。利用软件NYSTS-pc2.20,采用类平均法(UPGMA)进行聚类分析,种质间SSR相似系数变幅为0.58～0.997,平均0.745,在阈值0.73处200份亚洲棉聚为8个类群,贵池小子棉白子单独聚为一群,与其他种质遗传距离较远。遗传距离和地理距离没有必然联系,但种质间亲缘关系处于极端远或极端近时,则地理距离一般也趋于较远或较近。     

用于中国小豆种质资源遗传多样性分析SSR分子标记筛选及应用

以375份小豆核心种质为试验材料, 利用从小豆及其近缘种SSR引物中筛选出的13对引物进行遗传多样性分析。检测结果显示, 小豆种质资源具有丰富的遗传多样性, 共检测到133个等位变异, 每对SSR引物检测到等位变异4~19个, 平均10.23个, 国内各省多态信息含量(PIC)平均为0.561, 多态位点比例(P)平均为93.523%。聚类结果表明, 小豆资源遗传关系与生态分区间有明显的联系, 且东北地区资源与中南部资源遗传关系较近。湖北、安徽、陕西3省资源的PIC较高, 且基本位于主坐标三维图的中心区域, 推断湖北、安徽、陕西是中国栽培小豆的起源地或多样性中心。该结果有助于更好地对小豆种质资源进行收集、保护和利用。     

不同类型江苏粳稻主推品种的遗传多样性分析

利用48对SSR分子标记对2007—2013年江苏省审定的65份不同类型常规粳稻品种和7份对照品种进行遗传多样性分析。结果表明：42对分子标记在供试材料间存在多态性,42对SSR标记共检测到101个等位基因,变化范围为2~4个,平均每个位点2.40个。基因多样性指数变异范围为0.03~0.64,平均0.21。多态信息含量(PIC)变异范围为0.03~0.58,平均0.18。65份江苏省常规粳稻品种间的遗传相似系数变异范围在0.78~0.97之间,平均0.91,95.4%的供试品种其遗传相似系数在0.87~0.97之间。3个不同类型的粳稻品种群体内,迟熟中粳检测出的等位基因数量最高,迟熟中粳的平均位点PIC值和基因多样性指数均高于晚粳品种和中熟中粳。UPGMA聚类结果表明,以遗传相似系数0.87为界,可将除‘通鉴981’、‘扬农稻1号’和‘盐稻10号’以外的62份江苏省常规粳稻品种分为2类;江苏省大面积生产主推粳稻品种的遗传多样性不够丰富,品种间的遗传距离较小,同一育种单位选育的品种间遗传距离更小。     

黑龙江省部分审定玉米品种亲本自交系的遗传多样性分析

黑龙江省气候条件特殊,血缘关系有些混杂,系谱关系已不太清楚,种质资源匮乏问题尤为突出。利用SSR分子标记技术,分析黑龙江省近年来审定玉米品种亲本自交系的遗传多样性,从79对SSR核心引物目录中,选出43对引物对18份玉米自交系和5个标准测验种进行遗传多样性研究,共检测到174个等位基因位点,每对引物检测到2～8个等位基因,平均每个位点的等位基因变异数4.35个,平均多态性信息量为0.586。UPGMA聚类分析结果表明,23份自交系划分为4个类群。结果表明黑龙江省玉米生产上推广品种的亲本自交系仍然集中在兰卡斯特群和瑞德群两大杂种优势群。