基于cpSSR标记的甘薯品种亲缘关系及遗传多样性分析

在甘薯遗传多样性研究中,目前主要采用细胞核基因组的遗传信息。而放任授粉(集团杂交)是甘薯育种的重要手段,但基于叶绿体微卫星(chloroplast simple sequence repeat,cpSSR)标记技术的甘薯的遗传多样性分析和指纹图谱构建的研究报道较少。本研究基于cpSSR标记技术,对16份甘薯品种进行分子鉴别,并建立相对应的指纹图谱。利用在19对cpSSR引物中筛选出的11对特异性引物进行cpSSR扩增,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,结果显示,共扩增出43个条带,其中多态性条带33条,平均每对引物扩增出3个多态性条带,多态性百分率为76.74%。16份甘薯品种的遗传距离变异范围为0.0912-0.5067,平均遗传距离是0.2301。聚类分析表明,cpSSR标记能大致反映出不同品种之间的亲缘关系。该指纹图谱的建立,可为中国甘薯品种数据库的完善、近缘甘薯品种的鉴定、育种亲本的选择和品种保护提供参考依据。     

谷子品种遗传差异的RAPD标记分析

利用RAPD标记对来自春、夏谷区不同育种单位的23份谷子品种进行了多态性和聚类分析。结果表明,23份品种的RAPD标记的多态性较低,13个引物共扩增出56条多态性带,平均每个引物扩增多态性带为4.31条,引物S30和S45都有7条多态性带,能够鉴别的品种最多为13个。聚类分析表明,当遗传相似性系数为0.75时,23个品种可分为4类,不同生态区的品种可以归为一类,而同一生态区的品种也可以归为不同的类,基于RAPD的遗传相似性和品种来源地没有必然的一致性。     

甬甜4号和甬甜5号甜瓜指纹图谱构建

分别以相同类型甜瓜品种东方蜜1号、雪里红和翠蜜为对照,对甬甜4号和甬甜5号甜瓜进行RAPD指纹图谱构建.在筛选的30个RAPD引物中,4个引物S304、S307、S327和S334稳定扩增出5个多态性位点,以操作简单的RAPD分子标记构建的指纹图谱,图谱出现概率为1/15120,能够有效区分5份材料,起到品种鉴定与保护...     

甘薯抗茎线虫病基因的遗传分析及SCAR标记

以甘薯抗茎线虫病品种徐781和感茎线虫病品种徐薯18的杂交F1分离群体的174株单株为材料,对甘薯抗茎线虫病基因的遗传进行了分析。结果表明,徐781的抗茎线虫病为单基因控制,推测其基因型为Rrrrrr,徐薯18的基因型为rrrrrr。采用BSA-RAPD相结合的方法,筛选940条随机引物,发现10条引物在抗、感池间表现多态性。用这10条引物检测两亲本及建池单株,发现只有引物OPP03在8株抗池单株中扩增出一条在8株感池单株中所没有的特异条带,认为该标记与甘薯抗茎线虫病基因连锁。根据该标记对F1代174个单株的扩增结果,利用Mapmaker3.0软件计算遗传距离,表明该标记与抗茎线虫病基因间的遗传距离为14.2cM。将该片断回收、克隆、测序,表明其长度为878bp,该标记命名为OPP03878。根据测序结果,设计1对特异引物,进行特异性扩增,成功地将OPP03878标记转化为SCAR标记,用亲本及分离群体验证表明该分子标记稳定性好。     

甘蔗（Saccharum officinarum L.）品种遗传差异的AFLP分子标记分析

采用AFLP技术,从64对引物中筛选出5对带型分布均匀、多态性丰富且分辨能力强的引物,对两个在生产上广泛推广应用的甘蔗品种的AFLP指纹图谱进行分析,计算了两品种间的遗传相似性和遗传距离。结果表明,5对引物在2个甘蔗品种间均存在显著的差异,其中多态性位点占总扩增位点的10.2%,区分率达100%。这对应用AFLP技术鉴定甘蔗     

利用RAPD分子标记分析玉米种质遗传多样性

以RAPD分子标记技术对玉米的10个品种的全基因组DNA进行PCR扩增,再用Popgene32软件和SPSS 13.0软件分析扩增结果,研究10个玉米的种质资源遗传关系。结果表明：（1）所选20个引物可扩增出214条RAPD条带;（2）所选引物扩增条带的多态性比率为86.4%,RAPD分子标记扩增10个玉米品种间的相似性系数分别在0.316-0.654之间;（3）用RAPD-PCR扩增条带的分析结果建立了遗传相关系数矩阵、构建了分子树状图、可将10个玉米品种分为3个类群;（4）RAPD分子标记适合于构建玉米的DNA指纹图谱,进行品种鉴定和遗传分析。     

25个猕猴桃材料遗传多样性分析及DNA指纹图谱的建立

利用ISSR分子标记对25个猕猴桃品种和种质资源材料进行遗传多样性分析,并构建其ISSR指纹图谱,旨在阐明其亲缘关系,为遗传、育种和利用提供理论依据。结果显示,从100条引物中筛选出10条引物,在25个供试材料中共扩增出172条带,每条引物平均扩增条带数为17.2条,多态性条带169条,每条引物平均扩增多态性条带数为16.9条,多态性比例为98.26%;遗传相似系数值在0.51~0.87之间;在相似系数水平为0.604时,可将所有供试材料聚为三类。本研究构建的指纹图谱可用于猕猴桃种质的分类与鉴定,为种质资源的鉴定、分类、利用和杂交育种亲本的选配等方面提供理论依据。     

克新系列马铃薯遗传多样性的RAPD分析

利用RAPD标记技术对19份克新系列马铃薯品种进行了遗传多样性分析,分别提取19份马铃薯品种的DNA,进行随机引物多态性扩增,从1000条随机引物中初步筛选出7条有多态性的引物进行详细研究,每条RAPD引物扩增出4~9条带,共获得52条带,其中多态性条带为43条;19份马铃薯品种的遗传距离介于0.17~0.72之间,平均值为0.39,平均遗传距离介于0.31~0.51之间;聚类分析结果在GS=0.53处可将克新系列马铃薯品种划分为三类,聚类结果与系谱分析基本相符,同时也说明克新系列马铃薯的遗传基础有所拓宽。研究表明：RAPD标记简便、快速、成本低,适用于分析马铃薯遗传多样性,指导马铃薯育种实践中的亲本组配。     

蛇龙珠葡萄品种亲缘关系的RAPD分析

利用随机扩增多态性DNA（RAPD）技术对4个酿酒葡萄品种和11个鲜食葡萄品种的亲缘关系进行了研究。从30个随机引物中筛选出16个扩多态性引物，用于15个样品的正式扩增。共扩增出134条DNA带，其中多态性扩增带99条，占73.9％。根据DNA扩增结果计算出品种的遗传距离，并构建聚类树状图。分析结果表明，红地球、瑞必尔与其它13个品种的遗传距离最远，巨峰系列的葡萄品种间遗传距离值较小，蛇龙珠品种与其它3个酿酒葡萄品种在遗传基因上存在差异，与品丽珠的亲缘关系最近。     

应用RAPD分析四川马铃薯地方品种与部分栽培品种间遗传关系

为探讨四川省马铃薯地方品种与栽培品种间遗传关系,评价其在遗传研究与育种利用价值,指导杂交亲本选配,对21份地方品种和10个栽培品种进行了RAPD分析。选取8份差异较大的材料对170条RAPD引物进行筛选,获得20条多态性高、条带清晰、稳定的RAPD引物。20条RAPD引物共扩增出191个位点,其中多态性位点172个;平均多态性位点比率90.1%,平均多态性信息量(PIC)为0.822;栽培品种、地方品种平均PIC分别为0.823和0.814。遗传距离与聚类分析表明：31份材料间平均遗传距离0.4274,变幅为0.1481~0.5852,地方品种间平均遗传距离和变幅均高于栽培品种间,地方品种与栽培品种间平均遗传距离为0.4496;表明地方品种中可能存在更广泛的遗传变异,具有较高的育种利用价值。大部分地方品种出乎意料与栽培品种聚在不同的类中,与供试栽培品种间亲缘关系较远,可能具有较高的杂交组配潜力;而N5-33、N5-38和N6-22可能分别源自于大西洋、疫不加与南湖塔(或米拉),值得深入对比研究。     

柱花草RAPD品种鉴定方法

针对柱花草不易从种子表型进行品种区分、品种真实性缺乏有效的早期鉴定技术,尝试建立柱花草种子RAPD品种鉴别方法.选取11个柱花草品种,采用改良的CTAB法从种子中提取总DNA.在优化的RAPD反应条件下,从100条随机引物中筛选出4条构建指纹图谱.4条引物总扩增带45条,其中多态性带42条,多态带比率达93.3%.通过聚类分析,对指纹图谱进行可靠性评估.11个品种的聚类情况与其亲缘关系相符合,表明依据图谱上的DNA带进行品种鉴定是可信的.本研究首次为柱花草种子的品种鉴定提供了完整的分子标记检测方法.     

引进国外马铃薯种质资源的遗传多样性分析

应用RAPD标记技术研究国外马铃薯品种的遗传多样性,以期明确这些品种的亲缘关系,为马铃薯优良品种的选育提供理论依据。利用筛选的29条RAPD引物,对24份国外马铃薯品种进行遗传多样性分析。结果显示,29条RAPD引物共扩增出165个条带,其中116条为多态性条带,多态性比例为70.3%;试供的24个国外马铃薯品种间的遗传相似系数在0.514~0.816之间,平均为0.677;相似系数小于0.6的品种对仅为7.25%;24个马铃薯品种可聚为2大类6亚类。结果表明,试供的24个国外马铃薯品种间的遗传相似性高,遗传基础比较狭窄。     

水稻显性半矮秆突变基因的分子鉴定

粳型水稻Y98149是从离子束诱变后代中获得的显性半矮秆突变体。本研究用RAPD技术对突变体和野生型进行了DNA指纹分析,经506个10bp的随机引物的扩增,获得4个多态性差异片段,可用作显性半矮秆基因的分子标记。RAPD的结果也表明半矮秆突变体与野生型之间基因组差异十分微小,为突变基因的鉴定提供了分子生物学证据。     

Analysis of molecular variance and population structure in southern Indian finger millet genotypes using three different molecular markers

The genetic relationship among 42 genotypes of finger millet collected from different geographical regions of southern India was investigated using random amplified polymorphic DNA (RAPD), inter simple sequence repeats (ISSR), and simple sequence repeats (SSR) markers. Ten RAPD primers produced 111 polymorphic bands. Five ISSR primers produced a total of 61 bands. Of these, 23 bands were polymorphic. The RAPD and ISSR fingerprints revealed 71.3 and 37.4% polymorphic banding patterns, respectively. Thirty-six SSR primers yielded 83 scorable alleles in which 62 were found to be polymorphic. Out of 36 SSR primers used, 14 primers (46.6%) produced polymorphic bands. The SSR primer UGEP7 produced a maximum number of six alleles. Mean polymorphic information content (PIC) of RAPD, ISSR and SSR were 0.44, 0.28, and 0.14, respectively. Molecular variances among the population were 2, 11, and 1% for RAPD, ISSR, and SSR markers, respectively. SSR produced 99% molecular variance within individuals. RAPD and ISSR markers produced a low level of molecular variance within individuals. The STRUCTURE (model-based program) analysis revealed that the 42 finger millet genotypes could be divided into a maximum of four subpopulations. Based on the Bayesian statistics, each RAPD and SSR marker produced three subpopulations (K=3), while ISSR marker showed four subpopulations (K=4). This study revealed that RAPD and SSR markers could narrow down the analysis of population structure and it may form the basis for finger millet breeding and improvement programs in the future.     

白菜类蔬菜种质资源亲缘关系的RAPD分析

利用200个随机引物对21份白菜类蔬菜种质资源材料的基因组DNA进行了扩增,研究了它们的亲缘关系。结果表明,有22个随机引物可得到稳定的RAPD谱带,扩增带总数为135条,其中多态性带为125条,多态性比例为92.6%。系统聚类分析结果显示,在遗传距离(D)=0.25处,可将供试材料分为2类10组,其中第1类包括5个甘蓝品种,另外还包括芜菁;而第2类包括白菜和芥菜2个亚类。这表明芜菁和白菜的亲缘关系较远。芜菁和散白菜的杂交后代与芜菁和其他白菜的杂交后代形态相似,不能从形态学上为李家文的杂交起源假说提供佐证。推测白菜可能起源于野生小白菜的原始类型,在向北方传播的过程中相互杂交,经过长期的自然环境选择,优胜劣汰逐渐演化才终于出现了结球结实的大白菜。     

用RAPD、ISSR和AFLP标记分析系谱关系明确的甘薯品种的亲缘关系

用RAPD、ISSR和AFLP标记对系谱关系明确的7个甘薯品种进行了亲缘关系分析。24个RAPD引物、14个ISSR引物和9对AFLP引物分别扩增出173、174和168条多态性带。3种分子标记在检测甘薯品种间遗传差异上相关程度高，其中RAPD与ISSR之间的相关系数最大为0.9328。用ISSR标记估计的品种间遗传距离为0.1286~1.0932，平均0.4883，大于其余2个标记的估计值。3种分子标记皆可揭示甘薯品种的亲缘关系，其中ISSR标记产生的聚类图与系谱图最吻合，认为ISSR标记更适于分析甘薯品种的亲缘关系。     

49份旱稻种质RAPD标记遗传多样性分析

旱稻具有耐旱、耐贫瘠、适应性广等特点,是稻作育种中的一种特殊的遗传资源。为了更好地利用旱稻种质资源指导稻作育种,采用RAPD分子标记技术对49份旱稻种质（24份海南山栏稻,4份热大系列,21份其他地区旱稻）的遗传基础进行分析。结果表明,利用筛选出的22条多态性较强的引物,构建了49份旱稻种质的RAPD指纹图谱,这22条引物共扩增出375个条带,多态性条带为306条,其多态性为81.60%。参试的49份旱稻种质的遗传相似系数变化范围在0.546~0.952,平均为0.828。聚类分析表明,随着相似系数品种结合线的不同,可将参试的旱稻种质中海南山栏稻与其他地区的种质、大部分旱稻与水旱杂交稻、中国旱稻种质与国外旱稻种质区分开来,第C类海南山栏稻与第D类其他地区种亲缘关系最近,而与第Ⅰ大类亲缘关系较远。多数的品种的RAPD聚类结果与系谱基本吻合。该研究可为稻作种质鉴定及新品种选育等方面提供一定的分子生物学依据。     

枣树不同品种遗传多样性的RAPD分析

为了验证现有枣树材料的亲缘关系,本研究利用RAPD标记对21种枣树品种的遗传多样性进行了分析。结果表明：从36个RAPD引物中,筛选出20个可扩增出清晰且多态性高的条带的引物用于RAPD-PCR扩增,共获得185条DNA片段,其中173条具有多态性,多态率达93.51%,平均每个引物可以扩增出9.25条。利用DPS软件建立了21种枣树品种的聚类分析树状图,聚类分析结果显示：在相似系数82.48处所有枣树品种被聚为一类,在65.98处21种枣树品种被分为两大类群。     

一串红品种（系）遗传多样性RADP分析

(农业应用新技术北京市重点实验室/北京农学院园林系,北京102206)