四种副溶血弧菌总RNA提取方法的比较

副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)是一种革兰氏阴性嗜盐菌。提取高质量的RNA是研究副溶血弧毒力基因表达与其致病性和环境适应性的基础。本研究分别用SDS法、Trizol法,PureLinkTM RNA Mini Kit和Uniq-10柱式Trizol总RNA抽提试剂盒提取六株副溶血弧菌的总RNA,用普通琼脂糖凝胶电泳和核酸测定仪检测RNA的质量,并用RT-PCR法对四种提取方法进行比较。研究结果表明,Trizol法和Pure-LinkTM RNA Mini Kit简单快捷,提取的总RNA完整性好,纯度高,可用于后续实验的分子生物学研究;而Trizol法更适用于普通实验室细菌RNA的提取。     

四种类型竹种竹叶总RNA提取方法的比较研究

为探索适合不同类型竹种竹叶总RNA的提取方法,本研究选取合轴丛生型竹种勃氏甜龙竹、合轴散生型竹种云南箭竹、单轴散生型竹种毛竹、复轴混生型竹种巴山木竹为代表,提取其心叶的总RNA,通过琼脂糖凝胶电泳检测RNA的完整性,利用超微量紫外分光系统检测RNA的纯度和浓度,比较自配TRIzol试剂法、商品化TRIzon试剂法、RNA提取试剂盒法、改良十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）法四种方法提取的竹叶总RNA的质量、纯度和提取成本的差异。结果表明,自配TRIzol试剂法可以提取出质量好、浓度高的竹叶总RNA,且提取成本较低;商品化TRIzon试剂法提取的总RNA质量及浓度仅次于自配TRIzol试剂法,提取成本稍高;而RNA提取试剂盒法和改良CTAB法无法提取出高浓度的竹叶总RNA。本研究结果为竹类植物更深入的分子生物学研究提供了一定的基础,并为其他竹类植物总RNA的提取提供了参考依据。     

改良Trizol试剂法提取番茄成熟叶总RNA探究

Trizol法是一种简单有效的总RNA提取方法,但在抽提总RNA的过程中,RNA又会受RNase的影响而降解。基于此,以番茄成熟叶为材料,对传统的Trizol试剂法进行了改良,利用nanodrop微量分光光度计及普通琼脂糖凝胶电泳技术对总RNA的浓度和完整性进行了检测。结果表明改良Trizol试剂法提取的总RNA经微量分光光度计测定A260/A280值为1.9;电泳显示28S、18S和5S RNA三条带清晰可见。这些结果说明经改良Trizol试剂法提取的番茄成熟叶总RNA,纯度及质量均达到理想状态,能用于后续分子生物学实验。     

菜心BrcuFCA基因的克隆与表达分析

本文以菜心（Brassica campestris L.ssp.chinensis（L.）Makino var.utilis）为实验材料,比较了Trizol法、改进Trizol法及改良SDS法提取菜心总RNA的效果。结果表明改进Trizol法集中了操作简单、耗时短、所需试剂种类少,且完整性好,产量和纯度均高等多重优点,成为提取菜心总RNA首选方案。同时文章以甘蓝型油菜及其它物种的FCA保守区设计引物,将质量高的菜心总RNA反转录合成cDNA,通过RT-PCR从菜心的早、晚熟品种中均克隆得到与开花有关的基因片段,将之命名为BrcuFCA,片段长1001bp,GenBank登录号为EU700363,与甘蓝型油菜及拟南芥FCA氨基酸同源性分别达到了98%和82%。另一方面,本研究还利用半定量RT-PCR研究了BrcuFCA不同时空表达特性,并结合已发表的开花调控遗传途径中两个关键基因BrcuFLC和BrcuFRI时空表达特性研究结果,推测菜心主要的抽薹开花途径不是春化和FRI-依赖途径,而很可能是自主开花途径。本研究为菜心抽薹开花分子机理的研究提供理论依据。     

干制羊肉基因组DNA不同提取方法的比较

为了研究干制加工羊肉基因组DNA的最佳提取方法,本试验采用传统酚-氯仿法、磁珠法、改良CTAB法、离心柱法分别提取干制处理后的羊肉基因组DNA,并对4种方法提取的羊肉基因组DNA浓度、纯度、完整性以及提取所需时间、PCR扩增效果等进行比较。结果表明,采用磁珠法提取DNA的效果更好,DNA浓度为118.87 ng·μL^-1,A₂₆₀/A₂₈₀值为1.89,而且此方法具有提取时间短、效率高、污染小等特点。本研究结果为干制加工羊肉基因组DNA的大批量提取和检测提供了参考依据。     

山药组织总RNA提取方法的比较与分析

采用异硫氰酸胍一巯基乙醇联合变性法、Trizol法和CTAB—LiCl法等3种方法,分别对山药叶片和块茎进行总RNA提取效果进行了比较。结果表明,Trizol法难以提取RNA,异硫氰酸胍-巯基乙醇联合变性法提取RNA效果不理想,存在DNA污染,这2种方法不适合于富含多糖类物质的山药组织总RNA的提取;CTAB-LiCl法提取叶片和块茎组织总RNA质量高、完整性好、成功率高,可作为山药类植物总RNA提取的首选方法。     

大青杨基因组DNA提取方法的比较

本研究采用改良SDS法、常规CTAB法和改良CTAB法(1.5×CTAB,2×CTAB,3×CTAB)提取大青杨基因组DNA,并用紫外光普分析、凝胶电泳、限制性内切酶消化和RAPD方法进行鉴定。结果表明:5种方法中,改良SDS法DNA提取率最高,但CTAB法比改良SDS法提取获得的DNA纯度高,OD260/OD280为1.73～1.81。与常规CTAB法比较,改良SDS法和改良CTAB法能有效去除蛋白、多糖、酚类及次生代谢物质。综合分析确定改良2×CTAB法为大青杨基因组DNA的最佳提取方法。     

甘蔗茎RNA提取方法的比较

以甘蔗茎为材料,分别用异硫氰酸胍法与Trizol提取法,比较从蔗汁、蔗渣和汁渣混合物匀浆中提取甘蔗茎总RNA的效果。结果表明,从蔗汁和汁渣混合物匀浆中提取到28S rRNA、18S rRNA和5S rRNA,而蔗渣中仅提取到5S RNA;蔗汁中提取的mRNA,其转录水平可代表甘蔗茎mRNA的转录水平;异硫氰酸胍法提取的蔗汁总RNA纯度和产量均优于Trizol提取法的。     

一种适用于提取香蕉果肉RNA的方法

介绍一种适用于提取富含多糖和酚类物质的香蕉果肉总RNA的方法。此方法可用于从不同成熟度的果肉中提取总RNA。经紫外分光光度法检测和1％琼脂糖变性凝胶电泳分析，结果表明，所得样品RNA具有较好的完整性，较高的纯度和产率，可满足RT—PCR研究要求。     

不同保存方法和提取方法对扁桃基因组DNA质量的影响

以扁桃（Amygdalus conmmuis L.）幼叶为试材,通过7种保存方法并采用改良2×CTAB法、3×CTAB法和SDS法对其DNA进行提取,用琼脂糖凝胶电泳检测其DNA完整性,分光光度计测其产量和纯度,以探讨不同保存方法和不同提取方法对扁桃DNA提取质量的影响。结果表明,扁桃新鲜幼叶、压干幼叶后在-75℃保存、45℃烘干幼叶后在-75℃保存以及硅胶干燥幼叶后在-75℃保存三个月均可以用三种提取方法可获得完整的DNA,纯度和产量均高,其保存和提取方法简便易行且获得高质量DNA。扁桃鲜叶直接放在-20℃保存比-75℃保存更易获得DNA,而压干后的扁桃叶片-20℃保存三个月并采用SDS法提取,获得高产量、高纯度的DNA,不影响提取效果。SDS法和改良3×CTAB法均可获得扁桃DNA,但SDS法优于3×CTAB法,其操作简单、耗时少;改良2×CTAB法提取扁桃成功率较低,不稳定,产量比其它两种方法低。     

基于支持向量机的多光谱成像稻谷品种鉴别

为解决稻谷品种的快速无损鉴别问题,应用多光谱图像采集设备(VideometerLab)获取了5个品种稻谷共250个试验样本在405~970 nm波长范围内的多光谱图像,提取各品种稻谷在不同波长下的光谱反射率和图像特征(面积,宽长比,色差等)作为稻谷品种鉴别的特征变量,基于最小二乘支持向量机(least-square-support vector machine,LS-SVM)建立鉴别模型,通过粒子群寻优(particle swarm optimization,PSO)算法搜索支持向量机的最优参数。将250个稻谷分为建模集(200个样本)和测试集(50个样本)分别进行试验,结果表明,采用该文的建模方法结合稻谷光谱特征和图像特征对预测集稻谷品种鉴别的正确率均在90%以上,高于对比的其他方法,该研究成果为稻谷品种的快速无损鉴别提供了一种方法。     

品种及含水率对谷子籽粒力学性质的影响

谷子籽粒群是具有黏弹性性质的生物材料,谷子加工储藏和机械收获等作业环节需考虑其黏弹性,该文研究了不同品种、不同含水率对谷子籽粒群黏弹性力学指标的影响。该试验以不同品种、不同含水率为试验因素,以谷子籽粒群的瞬时弹性模量、迟滞弹性模量、松弛时间和黏度系数为试验指标进行蠕变试验,并对试验结果进行方差分析。结果表明:谷子籽粒群的蠕变特性可由四元件Burgers模型描述,不同含水率、不同品种谷子籽粒群的蠕变参数各异。品种对谷子籽粒群的迟滞弹性模量影响显著,晋谷21号谷子籽粒群的迟滞弹性模量均值为0.609 3 MPa,显著高于张杂10号的0.522 2 MPa。含水率对谷子籽粒群的瞬时弹性模量、迟滞弹性模量和黏度系数影响均显著,均呈随含水率升高而降低的趋势,含水率为12.10%的谷子籽粒群的瞬时弹性模量0.752 6 MPa显著高于含水率为16.05%的0.613 6 MPa和20.00%的0.569 7 MPa,含水率为12.10%、16.05%、20.00%的谷子籽粒群的迟滞弹性模量分别为0.706 4、0.583 5、0.407 5 MPa,含水率为12.10%的谷子籽粒群的黏度系数1 234.7 MPa·s显著高于20.00%的796.8 MPa·s,含水率对谷子籽粒群的松弛时间影响不显著。该文通过试验研究了不同品种和不同含水率的谷子籽粒群的蠕变特性,为谷子低损收获、加工储藏及参数优化提供了理论支持。     

基于图像熵信息的玉米种子纯度高光谱图像识别

种子纯度是种子质量的一个重要标志,为寻求快速有效的种子纯度识别方法,该文利用高光谱图像技术研究了玉米种子的分类识别问题。首先对17类玉米品种共1632粒种子的高光谱图像提取400～1000nm波长范围内233个波段的熵信息作为分类特征;然后利用偏最小二乘(PLS)投影算法对玉米高光谱图像进行最优波段选择,共获得65个最优波段特征;最后结合偏最小二乘判别分析法(PLSDA)实现了玉米种子的准确识别分类。分类结果表明,在最优波段数仅为全波段27.90%的情况下,其训练精度可以达到99.19%、测试精度为98.90%,可实现多类别样本条件下的玉米种子纯度识别。     

胡枝子高质量RNA的提取及ALMT基因片段的克隆和表达分析

针对木本植物胡枝子组织中多糖、多酚等次生物质含量高的特点,采用改良的CTAB法,成功地从胡枝子组织中提取了总RNA。所提取的胡枝子总RNA OD260/OD280值介于1.9~2.1之间,产率介于100~250μg/g之间。采用该方法提取的胡枝子总RNA,经过RT-PCR成功地克隆到了胡枝子ALMT基因片段,克隆得到的胡枝子ALMT基因片段序列与已知ALMT基因序列之间具有较高同源性,经半定量RT-PCR和实时荧光定量PCR表达分析,证明该基因在根中表达且受铝诱导。试验结果表明利用改良的CTAB法提取的胡枝子总RNA样品质量较高,能够用于基因的半定量和定量表达分析。     

低氮胁迫对谷子苗期性状的影响和耐低氮品种的筛选

筛选和培育耐低氮能力强的作物品种,是提高作物氮素利用效率,减少氮肥施用量,降低环境污染的有效措施。本研究以45份谷子品种为试材,采用水培的方法,在低氮(0.1mmol·L~(-1))和正常氮(5mmol·L~(-1))条件下,测定苗高、根长和根数等22个氮效率相关指标,采用综合耐低氮系数法以及基于主成分分析的隶属函数法评价参试谷子品种的耐低氮性。结果表明,与正常氮条件相比,低氮胁迫下,谷子苗期根长、根冠比、地上部氮素生理效率、地下部氮素生理效率、单株氮素生理效率有不同程度提高,其余17个指标都有不同程度降低。两种评价方法均根据45个谷子品种的耐低氮能力将其划分为强耐低氮型、耐低氮型、中间型、较敏感型和敏感型5类。筛选出耐低氮性较强的品种5份,编号分别为11、14、17、35和39。利用GGE双标图对品种-耐低氮相关指标的分析表明,编号39和14的耐低氮品种主要耐低氮性状为地下部干重、地下部鲜重、根长;编号为11、35和17的耐低氮品种主要耐低氮性状为地上部鲜重、叶片数、叶宽、叶长、单株氮累积量、地上部氮累积量、单株干质量、地上部干重、地下部氮累积量、根数、苗高和SPAD。可见不同谷子品种的耐低氮机制存在一定差异,研究结果可为谷子耐低氮品种的选育提供材料基础。     

谷子SiPSY1基因与米色形成相关性分析

为明确谷子八氢番茄红素合成酶基因与谷子米色形成的相关性,本研究从黄色和白色2种不同米色谷子中克隆出SiPSY1基因的cDNA全长序列,并进行生物信息学分析,同时,利用实时荧光定量PCR方法检测该基因在谷子米色形成过程中的表达模式。结果表明,SiPSY1基因编码序列(CDS)全长为1 248 bp,共编码415个氨基酸。SiPSY1蛋白的理论分子量为46.866 kDa,等电点为8.97,为不稳定亲水性蛋白。该蛋白的二级结构由α螺旋(57.35%)、不规则卷曲(29.64%)、延伸链结构(9.88%)和β转角(3.13%)四种结构组成。SiPSY1蛋白与玉米ZmPSY1的同源性较高,二者的亲缘关系较近。在谷子米色形成的初期和中期,黄色米色品种籽粒中SiPSY1基因的表达水平显著高于白色米色品种,而在米色形成后期,该基因在白色米色品种中的表达水平显著提高,并高于在黄色米色品种中的表达水平。随着籽粒成熟米色的形成,SiPSY1基因在黄色米色品种七月黄中的表达量呈先上升后显著下降的趋势,在白色米色品种中呈逐渐上升的趋势。通过对SiPSY1基因结构和表达特性的分析,初步推测谷子米色差异及形成与SiPSY1基因结构无关,而与基因的表达特性有一定的相关性。本研究结果为进一步阐明SiPSY1基因的功能以及谷子米色形成的分子机制奠定了基础。     

蔺草基因组DNA提取方法的比较研究

以16个蔺草品种实生苗和4个蔺草品种组培苗为材料,探讨了CTAB改良法与DNA试剂盒法对蔺草基因组DNA提取质量的影响。结果发现,对于同一品种而言,CTAB改良法提取获得的DNA A260nm和OD值远低于试剂盒提取法,前者的DNA浓度仅为0.65~4.90μg/ml,而后者则为5.10~32.80μg/ml,后者为前者的1.6~21.2倍。这表明试剂盒提取法更适合于蔺草基因组DNA的提取。试验还发现提取材料对基因组DNA的质量有显著影响,蔺草组培苗优于实生苗。