我国荷斯坦种公牛个体识别和亲子鉴定DNA数据库的建立

为了构建我国荷斯坦种公牛个体及亲子鉴定DNA数据库,本研究从联合国粮农组织(FAO)和国际动物遗传学会(ISAG)推荐的具有高度多态性的微卫星标记中选取11个常染色体微卫星标记(BM1824、BM2113、ETH、ETH10、ETH225、INRA023、SPS115、TGLA53、TGLA122、TGLA 126和TGLA227)以及4个自逸的Y染色体微卫星标记(MAF45、MCM158、UNM0108和UMN0929),采用荧光引物PCR和ABI3130遗传分析仪,对2 150头荷斯坦种公牛(Bos taurus)个体基因型进行了检测,并探讨其用于牛个体识别和亲子鉴定的可行性.研究结果表明:15个微卫星标记平均杂合度为0.766,平均多态信息含量为0.738,其中MCM158标记平均多态信息含量最高为0.866,SPS115标记最低为0.588,均属于高多态性标记.15个标记累积个体识别能力为99.99％,累积非父排除率达到99.99％,随机个体一致性概率为1.62×10-17.研究结果表明上述15个微卫星标记进行个体识别和亲子鉴定的效力与可靠性均很高,同时初步建立了荷斯坦种公牛DNA数据库.从而使个体识别和亲子鉴定程序标准化、统一化和简便化.     

甘肃境内6个牦牛群体微卫星标记遗传多样性及遗传结构分析

为了研究甘肃境内牦牛(Bos grunniens)群体的遗传多样性和遗传结构,促进甘肃境内牦牛群体遗传资源的合理利用和保护,研究采用微卫星标记技术检测了甘肃境内6个牦牛群体(240头个体)15个微卫星座位的等位基因。结果共检测到了146个等位基因,其中在玛曲牦牛群体检测到的等位基因数最多(106个),天祝白牦牛群体最少(74个)。期望杂合度(He)、观察杂合度(Ho)和多态信息含量(PIC)的分析结果表明,6个牦牛群体中来自于合作市的3个牦牛群体的遗传多样性较丰富,而天祝白牦牛、肃南牦牛和天祝牦牛群体的遗传多样性相对较低。DA遗传距离和Nei氏标准遗传距离(DS)的分析结果以及DA和DS遗传距离构建的NJ系统树的分析结构均表明,玛曲牦牛、碌曲牦牛和夏河牦牛群体具有较近的亲缘关系,说明这3个群体可能具有相同的原始祖先。天祝白牦牛、肃南牦牛和天祝牦牛群体的遗传距离较近,另为一类,可能来源于相同的原始祖先。主成分分析和遗传结构推导分析的结果与系统树的分类结果一致,研究将甘肃境内的6个牦牛群体分为两个类群,分类结果与其地理分布具有一致性。     

五指山猪近交家系Ⅰ系F19～F21群体微卫星位点等位基因遗传变化

探索五指山猪近交系Ⅰ系F19～F21等位基因的遗传学规律。本研究以五指山小型猪(Susscrofa)近交系Ⅰ系53个个体为研究对象,利用14对多态性微卫星位点,通过估算其基因杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和等位基因数(N)等参数,检测近交系Ⅰ系微卫星纯合度及等位基因遗传变化。具有多态性的14个微卫星基因座上共检测到28个等位基因,其中F19、F20和F21群体检测分别到28、26和24个等位基因,平均每个位点分别仅有2.00、1.86和1.70个等位基因;3个世代总群体平均PIC为0.24,H为0.31,均低于F18代;其中有5个基因座在第19代已经达到完全纯合。Sw1377在第21代也全部纯合。但少数基因一直表现出高度杂合状态,如Sw902、S0036和Sw874。推测这些基因可能与五指山小型猪维持其某种性状相关。本研究结果为大型动物近交系培育提供了依据。     

小尾寒羊微卫星座位LSCV043与FecB基因的连锁分析

分析与FecB(Fec=fecundity,B=Booroola)基因紧密连锁的微卫星座位LSCV043在高繁殖力绵羊(OviS aries)品种(小尾寒羊)和低繁殖力绵羊品种(特克塞尔和多赛特)中的遗传多态性,同时分析了该微卫星座位与小尾寒羊FecB基因的连锁不平衡关系.高繁殖力的小尾寒羊在骨形态发生蛋白受体IB(bone morphogenetic protein receptor IB,BMPR-IB)基因编码序列第746位碱基处发生了与Booroola Merino绵羊相同的FecB突变(A746G),而低繁殖力的特克塞尔和多赛特绵羊则没有发生这种突变;小尾寒羊BB、B+和++基因型频率分别为0.487、0.398和0.115.微卫星座位LSCV043在3个绵羊品种365个个体中共检测到6个等位基因和13种基因型,最小等位基因为98 bp.最大等位基因为132bp;小尾寒羊(n=269)、特克塞尔(n=48)、多赛特(n=48)和BB基因型(n=131)、B+基因型(n=107)、++基因型(n=31)小尾寒羊中频率最大的等位基因分别是132、112、110、110、132和110 bp或112 bp,多态信息含量分别是0.750、0.769、0.757、0.712、0.762和0.774.连锁不平衡分析显示,小尾寒羊FecB基因B等位基因与LSCV043微卫星座位98 bp等位基因之间存在一定的连锁不平衡(D'=0.464),+等位基因与LSCV043微卫星座位104bp等位基因存在较强的连锁不平衡(D'=0.636).研究结果初步表明,LSCV043微卫星座位98bp等位基因与小尾寒羊FecB基因B等位基因之间存在一定的连锁不平衡关系,是与小尾寒羊多羔主效基因紧密连锁的一个遗传标记.     

藏绵羊MHC-DRB1基因第3外显子的PCR-SSCP检测及其序列分析

为了研究藏绵羊DRB1基因第3外显子多态性,确定其等位基因数、核苷酸多态位点、变异类型和各等位基因间的遗传关系,本研究采用PCR-SSCP方法,分析了500只藏绵羊(Ovis aries)DRB1基因第3外显子多态性,并对不同等位基因进行克隆和测序。结果表明,藏绵羊DRB1基因第3外显子表现了8个等位基因,8个单倍型序列分析发现了15个核苷酸多态位点,与GenBank序列对比分析,有7个DRB1的等位基因是首次发现。8个DRB1第3外显子的单倍型序列NJ系统发育树呈2支分化趋势。3个种群藏绵羊中B均为优势等位基因,该位点PIC>0.5,为高度多态且显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态。研究认为,藏绵羊DRB1基因第3外显子具有丰富的多态性;藏绵羊DRB1基因最初是由2个等位基因突变分化成两大类等位基因。     

甘肃高山细毛羊瘦素基因Leptin第3外显子多态性与生长速度相关性分析

瘦素(Leptin)是由肥胖基因(obese)编码,由脂肪细胞分泌的一种多肽激素,是研究牛、羊生长发育和肉质等性状的重要候选基因。为探讨Leptin基因与绵羊生长速度的相关性,本研究利用单链构象多态性(single strand conformation polymorphism,SSCP)分析技术对甘肃高山细毛羊(Ovis aries)Leptin基因第3外显子进行遗传多样性检测,并对不同基因型及等位基因与生长速度的相关性进行分析。结果表明,在甘肃高山细毛羊Leptin基因第3外显子上共检测到4个(A~D)等位基因和2个SNPs(G271A和G433A),构成4个基因型(AA、AB、AC和AD),其中2个(B和D)等位基因和1个SNPs(G433A)为首次发现,等位基因A和基因型AC频率分别为0.6586和0.4095,为优势等位基因和基因型;与生长速度相关性分析发现,基因型AC对1月龄、2月龄和4月龄个体体重影响显著(P0.05)高于同等阶段其他基因型个体,等位基因C与1月龄、2月龄、4月龄体重和平均日增重关联性均显著(P0.05)。本研究显示,甘肃高山细毛羊Leptin基因第3外显子遗传多样性丰富,可以通过选留携带等位基因C和基因型AC的个体提高甘肃高山细毛羊的生长速度,研究结果也为绵羊Leptin基因的遗传特征研究提供基础数据。     

微卫星标记分析广西水牛遗传多样性

为研究广西沼泽型水牛(Bubalus bubalis)核基因组的多态性,采用23对荧光标记微卫星引物,对随机抽取的60个广西本地水牛样本进行了PCR检测。结果表明,23对引物中,有19对可以获得特异性产物且存在多态,平均有效等位基因数为4.0189,基因座ILSTS086含有13个等位基因;各微卫星基因座的平均杂合度变化范围为0.1852~0.4722,ILSTS019基因座平均杂合度最高(0.4722),而ILSTS017平均杂合度最低(0.1852);群体基因平均多态信息含量(PIC)为0.6639,19个标记中有18个PIC大于0.5,属高度多态位点。     

筛选杂交鲤亲子鉴定的微卫星标记(英文)

微卫星的亲子鉴定技术既能减少分池饲养带来的遗传性状的差异又能减少其所占用饲养池的数量和管理强度,在水产养殖和品种选育中得到了广泛的应用。本研究应用21对微卫星标记对鲤(Cyprinus carpio)杂交家系(49-同胞家系:德国镜鲤(C.carpio var.mirror)♀×荷包红鲤(C.carpio var.wuynanensis)♂;24-同胞家系:荷包红鲤♀×德国镜鲤♂)进行遗传多样性及遗传特性的评价,并检测影响微卫星标记鉴定准确性的几个特性。研究结果标明,(1)筛选出的13对标记:在49-同胞家系中,平均有效等位基因数(K)、期望杂合度(He)、观测杂合度(Ho)和多态信息含量(PIC)分别为0.505、0.648、0.791和0.5889;在24-同胞家系中,K、He、Ho和PIC分别为0.548、0.670、0.819和0.6138。(2)筛选出的13对标记:在49-同胞家系和24-同胞家系中的联合排除率(CPE)分别达到0.999997978和0.999999583。(3)在两个杂交家系中,4个核心位点(MFW29,HLJ392,HLJ044,HLJ855)的联合排除率均高于99%。(4)三种情况下(一个亲本已知,NE-1P;另一个亲本已知,NE-2P;双亲都已知,NE-PP;)的联合非父排除率在49全胞家系中分别为1.34E-02、3.91E-04和2.02E-06;在24全胞家系中分别为1.34E-02、3.91E-04和2.02E-06。(5)模拟分析显示(置信度为99%),当使用11个或更多标记时,在49全胞家系中亲本与子代的配对率为100%;当使用9个或更多标记时,在24全胞家系中亲本与子代的配对率大于98%。(6)UPGMA聚类图表明:在混养条件下,筛选出的13对标记可以明显地将子代与无亲缘关系的家系区分开。本研究筛选出13对微卫星标记完全适用于荷包红鲤与德国镜鲤杂交家系的鉴定,为品种选育提供有效的鉴定工具。     

藏绵羊DRB3基因第2外显子多态性分析

为了研究藏绵羊(Ovis aries)DRB3基因的多态性,确定其等位基因数、等位基因间的核苷酸多态位点、变异类型,以及分析各等位基因间的遗传关系和进化意义,研究采用PCR-SSCP方法检测了500只藏绵羊DRB3基因第2外显子的多态性,并克隆、测序群体内变异产生的各等位基因.结果表明藏绵羊DRB3基因第2外显子表现了37个等位基因,37个单倍型序列分析发现82个核苷酸多态位点;37个单倍型序列与GenBank下载序列对比分析,结果表明35个DRB3的等位基因是本研究旨次发现;37个DRB3基因外显子2的单倍型序列NJ系统发育树呈2支分化趋势.研究认为藏绵羊DRB3基因第2外显子具有丰富的遗传多态性;藏绵羊DRB3基因最初是由2个等位基因突变分化成两大类等位基因的.     

甘肃高山细毛羊β3-肾上腺素能受体基因(ADRB3)多态性与生长速度相关性分析

β3-肾上腺素能受体基因(β3-adrenergic receptor,ADRB3)的突变影响动物机体的产热机能。为了探讨绵羊ADRB3基因多态性与生产性能的相关性,本研究以甘肃高山细毛羊(Ovis aries)为研究对象,采用PCR-SSCP方法,检测ADRB3基因部分内含子序列的遗传多态性,分析不同等位基因及基因型与其生长速度的相关性。结果表明,甘肃高山细毛羊群体中检测到5种等位基因(A、B、C、D和E),构成7种基因型(AA、AD、BD、BE、CC、CD和DD),存在6个突变位点(T/C、C/T、A/G/C、T/C、A/C和T/C),其中等位基因D和基因型CD频率分别为0.4159和0.2540,为优势等位基因和基因型;与生长速度相关性分析发现,不同基因型对生长速度影响不同,其中基因型差异与二月龄体重显著相关(P0.05),与其他阶段生长速度相关性不显著(P0.05);含有等位基因A和D或基因型AD和BD的群体平均体重优于其他群体,BE基因型个体生长速度最低。本研究发现,甘肃高山细毛羊ADRB3基因内含子区具有丰富的多态性;等位基因A和D可作为甘肃高山细毛羊群体生产性能选育的有效分子标记,基因型AD和BD可作为肉用杂交改良中的有效标记,可用于指导绵羊肉用性能改良。