E42-6×里扎马特葡萄杂交F2代的SSR分子鉴定及果实形状遗传倾向

【目的】利用SSR-PCR荧光标记检测技术对葡萄杂种后代进行真伪性鉴定,并对葡萄果形的遗传变异规律进行分析。【方法】以圆形果粒葡萄品系E42-6(红地球的实生后代)、长圆形果粒葡萄品种里扎马特及其杂交F1新雅和F2群体为研究材料,利用SSR分子标记结合毛细管电泳-PCR方法鉴定真杂种。通过调查后代群体果实横径、纵径、果形指数等指标,进行葡萄果形遗传倾向分析。【结果】在亲本E42-6和里扎马特中筛选出34对多态性标记,其中18对SSR标记在亲本间具有特异性互补位点,证实新雅为E42-6和里扎马特杂交F1代;随机选取5对多态性标记,从528株F2代群体中鉴定出520株为新雅自交后代,鉴定率为98.5%。后代果形偏向椭圆形和长椭圆形,占比64.6%;果粒横径、纵径、果形指数均呈连续正态分布,表现数量性状遗传特点;果形指数均值大于亲中值,组合遗传传递力为104.07%,加性效应占优势,能够稳定遗传给后代;群体中也有一定比例(7.88%)的超高亲后代。【结论】利用SSR荧光标记结合毛细管电泳-PCR检测方法对葡萄杂交F2群体进行真伪性鉴定是可行的。F2群体果形变异类型丰富,以椭圆形和长椭圆形为主,具有获得父本里扎马特长形果粒性状的遗传优势,果形指数呈正向增强趋势遗传,其遗传变异主要来自遗传效应,遗传潜能大。     

‘荸荠’ב东魁’杨梅杂交群体构建与SSR杂种鉴定

【目的】杨梅一般为雌雄异株,风媒传粉。现有栽培品种都来源于优良雌株的无性系。为探索杨梅栽培品种间杂交育种的技术途径。【方法】以著名的杨梅品种‘荸荠’为母本,‘东魁’雌株上偶尔出现的雄花为父本,这2个品种在遗传和果实表型上差异较大,通过人工套袋授粉获得杂交实生苗。然后用8个在父母本上表现多态性的SSR标记进行杂种鉴定。【结果】成功获得杂交实生苗117株,经过SSR分子鉴定,其中83个同时拥有父母本来源的特征片段,为真杂种,其余34株的母本为‘荸荠’,父本混杂。根据共显性SSR标记在F1代中的分离类型,对8个标记同一位点上不同等位基因的分离比例进行χ2检验,发现6个SSR位点符合孟德尔分离定律,2个出现偏分离现象。双亲和83个真正杂种后代的遗传聚类分析可分为2组:一组包含39个后代,与‘东魁’聚在一起;另一组包含44个后代,与‘荸荠’聚到一起。【结论】应用杨梅雌性栽培品种偶尔出现的雄花粉可以实现栽培品种间的杂交育种,SSR标记可以有效鉴别真杂种。获得的杂交群体可用于构建杨梅连锁图谱,对现代杨梅分子遗传学研究和杂交育种具有重要意义。     

利用ISSR分子标记构建南疆杏种质资源核心种质

【目的】探讨分子水平构建南疆杏核心种质的方法,建立最适核心种质。【方法】以138份南疆杏种质资源为材料,根据SM、Jaccard和NeiLi遗传距离,采用UPGMA聚类法进行多次聚类,以随机取样策略为对照,利用位点优先取样策略研究核心种质构建的方法;采用丢失的等位基因数以及遗传多样性各指标进行t检验来确定最适构建方法;分别将核心种质与原种质和保留种质进行t检验和遗传多样性比较,以此来评价核心种质的代表性;并用主坐标轴分析法和表型性状对核心种质进行确认。【结果】位点优先取样策略优于随机取样策略;通过Jaccard遗传距离构建的核心种质要优于SM和NeiLi遗传距离;采用主坐标轴分析法和表型数据分析显示,利用位点优先取样策略和Jaccard遗传距离构建的核心种质能够较全面的代表原种质的遗传多样性;31份核心种质资源,保留了原种质22.46%的样品,多态性位点数、多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性指数和Shannon信息指数的保留率分别达到92.37%、97.62%、98.82%、102.52%、107.17%和106.36%。【结论】采用位点优先取样策略和Jaccard遗传距离进行多次聚类,是较适宜的构建南疆杏种质资源核心种质的方法,构建的31份核心种质能全面代表原种质的遗传多样性。     

‘满天红’ב红香酥’杂种鉴定及遗传变异Genic-SSR分析

【目的】对授粉时未做去雄处理的‘满天红’ב红香酥’组合进行杂种鉴定和遗传变异分析,排除非双亲杂种单株,为利用该组合进行连锁分析奠定基础。【方法】用9对从转录组数据开发的在双亲间表现多态性的genic-SSR引物和1对自交不亲和基因检测引物对‘满天红’ב红香酥’组合所有单株进行杂种鉴定、标记偏分离分析和群体聚类分析。【结果】348个杂交单株中,有339株同时拥有母本和父本来源的特征片段,真正为‘满天红’和‘红香酥’的杂种,其余9株在部分位点未见父本条带,排除为双亲杂种的可能。卡方检验发现6个位点符合孟德尔分离定律,4个出现偏分离现象。双亲和339个真正杂种后代经遗传聚类分析分为3组:一组包含77个后代,与‘满天红’聚在一起;另一组包含183个后代,与‘红香酥’聚到一起。另有79个后代,单独聚在一起。【结论】利用Genic-SSR分析成功地对‘满天红’ב红香酥’组合梨杂种后代进行了鉴定,表明外来花粉污染是造成杂交群体中非双亲杂种污染的主要原因,产生自交后代污染的概率较低,聚类分析表明S-RNAse和部分SSR位点在该杂交群体中发生偏分离,半数以上的单株与父本‘红香酥’聚为一类。     

栗杂交F_1代SSR标记遗传多样性分析

为深入了解栗属植物种内、种间杂交F_1代群体遗传多样性和变异规律,以及不同亲本遗传效应和配置方式对杂交F_1代的影响,以锥栗种内、锥栗和板栗种间9个杂交组合235份F_1代单株及其亲本为材料,利用32对高多态性栗属SSR标记对其基因组DNA进行PCR扩增和毛细管电泳,统计数据并进行遗传参数、分子方差、UPGMA聚类和PCA分析。结果表明:32对SSR引物在235个子代中共扩增出278个多态性位点,平均观测等位基因数8.69个,Shannon’s多样性指数(I)、基因遗传多样性(H_s)和基因流(N_m)平均值分别为1.3707、0.6574和1.5951,遗传分化系数(F_(st))显示杂交F_1代85.18%的变异存在于组合内;不同组合Shannon’s多样性指数范围为0.8816～1.1317,显示其子代均存在丰富的遗传多样性,且子代遗传多样性水平受不同父、母本遗传效应以及亲本配置影响;分子方差分析表明栗杂交F_1代群体遗传变异主要来源于组合内(78.06%),与遗传分化系数结果较为一致;不同杂交组合遗传距离和UPGMA聚类显示,具有相同亲本的正反交组合C3和C5遗传距离最近,最先聚到一起,其次是具有相同母本或相同父本的组合,分别聚到一起;杂交子代PCA散点图进一步验证了杂交组合聚类分析结果,同一组合内或遗传距离较近的组合多数子代能聚到一起,同时,不同组合子代又存在交叉重叠现象,说明存在较为广泛的基因交流,且子代分离现象明显。     

利用SCoT分子标记分析85个猕猴桃品种（系）及野生近缘种的遗传结构

【目的】中国是猕猴桃属植物资源的原生地,秦巴地区是中华猕猴桃原变种和美味猕猴桃变种复合体的主要分布地区,对其主要种质资源群体结构进行分析,为该地区猕猴桃资源的保护及开发利用提供理论支撑。【方法】利用筛选的20个多态性丰富的SCoT分子标记,采用Beiyes算法、UPGMA法和PC方法对秦巴地区85份主要猕猴桃种质资源进行群体遗传基础分析。【结果】20个多态性SCoT标记共扩增产生108个等位位点,92个多态性位点。平均每个SCoT标记检测出5.4个位点和4.6个多态性位点,每个SCoT位点的遗传多态性信息含量在0.46～0.96,平均值为0.70。从6个猕猴桃材料中筛选到了特异SCoT引物。Beiyes和UPGMA聚类结果不同,三元主成分分析不能将85个材料明确分组。85份猕猴桃品种(系)及野生近缘种的遗传相似系数为0.54～0.94,平均为0.74。生产中栽培的36份猕猴桃品种(系)的遗传相似系数为0.63～0.90,平均为0.74。46份雌性资源的遗传相似系数为0.57～0.90,平均为0.74。36份雄性资源材料的遗传相似系数为0.60～0.94,平均为0.77。20份野生近缘种的遗传相似系数为0.56～0.91,平均为0.73。【结论】Beiyes算法分析的群体遗传结构比UPGMA和PC分析与实际更接近。秦巴地区中华猕猴桃复合体内遗传资源较丰富。野生近缘种间遗传差异较大,雌性资源的遗传差异较雄性资源大。     

榧树转录组SSR信息分析及其分子标记开发北大核心CSCD

【目的】基于‘细榧’(Torreya grandis‘Xifei’)和‘圆榧’(T.grandis‘Dielsii’)种子转录组数据,开发SSR分子标记,为榧属植物遗传多样性研究奠定基础。【方法】利用MISA软件对筛选得到的1 kb以上的Unigene做SSR分析,利用Primer 3.0设计引物,随机选择49对引物进行多态性扩增。【结果】在22 976条评估数目中,包含SSR位点5 458个,共鉴定出6种类型的SSR。单核苷酸重复、三核苷酸重复和二核苷酸重复分别占SSR总数的64.9%、18.56%和14.77%。对5 458个SSR位点设计出4 633对SSR引物,随机选择49对在10份榧属植物中进行多态性扩增,其中16对引物表现出多态性,各个位点的等位基因数为2~6个,平均等位基因数3个,多态信息含量PIC、观测杂合度Ho、期望杂合度He的平均值分别是0.464 4、0.283 7和0.500 6。【结论】榧树转录组测序数据能够提供丰富的SSR位点,用于快速高效地开发SSR引物。所开发的引物能为榧树遗传多样性研究、品种指纹图谱构建和分子标记辅助选择育种提供标记选择。     

广西梨种质资源遗传多样性和群体结构分析

【目的】阐明广西地方梨种质的遗传多样性、亲缘关系及群体结构,加快梨种质的鉴定、评价和保护,促进地方优质梨种质资源的合理有效利用,助推品种改良和种质创新。【方法】利用筛选获得的15个SSR分子标记对71份广西地方梨种质和48份外地梨种质进行遗传多样性和群体结构分析。【结果】共检测出190个等位基因（Na）,平均等位基因数（Na）为12.667,平均有效等位基因数（Ne）为5.454,位点多态性信息指数（PIC）平均值为0.762,较好地揭示了梨的遗传多样性;观测杂合度（Ho）和期望杂合度（He）平均值分别为0.682和0.788,说明梨群体内存在近缘交配;香农指数（I）平均值为1.876,反映梨群体的遗传多样性丰富。广西地方种质的平均等位基因数为11.53,平均有效等位基因数为5.606,香农指数（I）为1.894,均高于外地种质,说明广西地方种质的遗传多样性更丰富。聚类分析显示大部分广西地方种质与外地种质的亲缘关系较远,隶属两个不同类群,但二者存在少量的相互交叉,少数的广西梨和外地梨聚为一类,有较近的亲缘关系。群体遗传结构分析也表明大部分广西梨和外地梨的遗传结构差异较大,并且2个居群的...     

榧树转录组SSR信息分析及其分子标记开发

【目的】基于‘细榧’(Torreya grandis‘Xifei’)和‘圆榧’(T.grandis‘Dielsii’)种子转录组数据,开发SSR分子标记,为榧属植物遗传多样性研究奠定基础。【方法】利用MISA软件对筛选得到的1 kb以上的Unigene做SSR分析,利用Primer 3.0设计引物,随机选择49对引物进行多态性扩增。【结果】在22 976条评估数目中,包含SSR位点5 458个,共鉴定出6种类型的SSR。单核苷酸重复、三核苷酸重复和二核苷酸重复分别占SSR总数的64.9%、18.56%和14.77%。对5 458个SSR位点设计出4 633对SSR引物,随机选择49对在10份榧属植物中进行多态性扩增,其中16对引物表现出多态性,各个位点的等位基因数为2~6个,平均等位基因数3个,多态信息含量PIC、观测杂合度Ho、期望杂合度He的平均值分别是0.464 4、0.283 7和0.500 6。【结论】榧树转录组测序数据能够提供丰富的SSR位点,用于快速高效地开发SSR引物。所开发的引物能为榧树遗传多样性研究、品种指纹图谱构建和分子标记辅助选择育种提供标记选择。     

基于SSR标记的100份葡萄资源亲缘关系和群体遗传结构分析

【目的】通过表型性状鉴定分析,从山西太谷国家葡萄种质资源圃内保存的资源中,筛选出不同葡萄种质资源进行SSR分析,揭示这些不同来源的葡萄种质资源之间的亲缘关系和群体遗传结构,为葡萄种质资源的科学管理和分子标记辅助育种提供参考。【方法】以100份葡萄种质为材料,依据基因组DNA测序挖掘出的SSR引物数据,筛选出33对多态性核心引物,根据标准分子质量记录扩增DNA多态性条带,获得数据矩阵。利用每对SSR引物在100份葡萄种质资源中的等位基因组成,计算33对SSR引物的位点多态性信息含量(PIC)、100份葡萄种质资源个体间的Nei’s遗传距离,并利用MEGA 7.0软件构建NJ邻接聚类树,推断葡萄原始集合与核心集合的遗传结构。【结果】100个样本中的33对SSR标记共检测到423个等位基因,每对引物扩增条带数4～26条,平均扩增条带数为12.82条。葡萄种质资源之间的Nei’s遗传距离为0.4～0.8,占资源总量的97.80%。通过遗传结构分析并预测其最佳分组数K为2,即葡萄核心集合主要分为2个亚群,分别为欧亚种群的鲜食葡萄和杂种群,其中杂种群涵盖了欧美杂种、美洲种、中国野生种及欧亚种的酿酒品种。来自国外的美洲种的砧木和来自山西的野葡萄聚在一起,同时与欧美杂种和酿酒品种也聚为一类。可能是由于人为选种和选用目的的不同造成各品种之间遗传背景的混杂。这一结论还需进一步研究证明。【结论】33对引物将100份葡萄分为两个集群,第一集群主要为葡萄亚种鲜食葡萄品种,第二集群主要包含了欧亚种酿酒品种、欧美杂种、美洲种、中国野生种4个亚种群。     

菊花脑×甘菊种间F_1杂种的鉴定和遗传多样性分析

利用SSR和SRAP标记及表型性状研究了二倍体菊花近缘种菊花脑(Chrysanthemum nankingense)与甘菊(Chrysanthemum lavandulifolium)种间杂种的真实性和遗传多样性。结果表明,131个杂交F_1代单株中,122个为真杂种,真杂种率为93.13%。42对SSR引物组合在菊花脑、甘菊及其122个F_1杂种中扩增得到123个多态性条带,平均每对引物扩增出3条多态性条带;18对SRAP引物组合扩增得到55个多态性条带,平均每对引物扩增出3条多态性条带。菊花脑×甘菊种间F_1杂种之间的遗传相似系数介于0.44～0.90,表型变异系数在10.16%～16.67%之间,且存在超亲个体,说明种间杂种的遗传变异丰富;杂种的叶片表型偏向于母本。基于表型性状和SSR、SRAP分子标记的UPGMA聚类分析将亲本和122个杂交后代都分为7类,绝大多数杂种后代与母本菊花脑聚在一起,而父本甘菊和少部分杂种株系分别单独聚在一起,表明F_1代与母本更为相似。母本与种间杂种的平均遗传相似性系数(0.62)高于父本(0.54),说明该杂种群体在遗传上更接近母本,与表型观察结果相吻合。     

基于SSR的辽宁铁岭地区平榛遗传多样性与居群遗传结构分析

【目的】研究我国铁岭地区平榛的遗传多样性,指导平榛优良品种选育工作。【方法】采用SSR分子标记的方法,对铁岭市3个平榛主产区共124株平榛材料进行遗传多样性和居群遗传结构分析。【结果】利用12株表型差异大的平榛植株,从56对SSR引物中筛选出12对条带清晰、多态性强的引物。12对引物在124株平榛材料中共扩增出75个基因位点,平均等位基因数为6.25个,观测杂合度(Ho)平均值为0.535 6,预期杂合度(He)的平均值为0.615 7。Shannon’s信息指数(I=1.274 2)和Nei’s多样性指数(H=0.613 2)较高,遗传分化系数(Fst=0.061 6)较低,基因流(Nm=7.599 3)较高,居群间遗传距离(GD0.214 5)较小,遗传一致度(GI0.806 9)较大。【结论】研究结果表明我国铁岭地区平榛的遗传多样性较高,居群间的遗传分化水平较低,且在大部分位点均表现偏离Hardy-Weinberg平衡,杂合度不足,居群间有较高的基因流。     

新疆野苹果分离群体的构建和评价

【目的】为了建立合适的用于构建新疆野苹果遗传连锁图镨的分离群体,【方法】以新疆红肉苹果和‘红富士’为材料,利用人工授粉方法构建了分离群体,采用SSR分子标记技术对作图亲本多态性、杂种纯度和群体内部的遗传结构进行了检测。【结果】结果表明,新疆红肉苹果和‘红富士’的遗传差异较大;排除了15株不确定的个体,确定110株作为新疆野苹果遗传图谱构建的作图群体;株系间无重复现象;64对SSR引物组合在作图亲本间共检测到232个多态性位点,其中有191个位点在P<0.01水平上符合孟德尔期望分离比,占多态性位点总数的82.30%。【结论】选取该群体作为构建新疆野苹果遗传连锁图镨的分离群体是合适的。     

凤梨草莓与绿色草莓种间杂种一代的形态学观察及SSR分析

【目的】利用形态学特征与分子标记分析相结合的方法,有效地对绿色草莓与凤梨草莓杂交后代进行种间杂种真实性鉴定和遗传多样性分析。【方法】以八倍体栽培草莓品种‘宁玉’为母本、二倍体野生绿色草莓为父本进行种间杂交,获得了30个F1代株系,从40对SSR标记引物中筛选出父母本有差异条带的引物进行后代杂种真实性鉴定。采用UPGAM聚类法进行亲本与子代的聚类分析,结合形态学特征比较,评价子代遗传特征。【结果】对父母本、F1代主要形态学特征的调查分析结果表明,F1代所有植株的长势强于父本,偏母本;对数量性状中亲优势值的数据统计结果表明,后代具有一定的杂种优势。用筛选出的20对引物鉴别父母本,二者有差异,利用其进行后代分析,其中12对引物鉴定出30个后代均具有父本扩增片段,结果表明,30个杂交后代均为绿色草莓与栽培草莓的真杂种。同时,从杂种扩增的谱带来看,某些后代出现了变异,主要表现为新谱带的出现或某些谱带的消失。进一步对亲本与子代之间遗传关系进行分析,结合形态学特征与UPGMA聚类分析结果,可将子代分为3个大类。【结论】通过形态学与SSR标记技术鉴定出所有杂交后代均为种间真杂种,聚类分析表明了后代具有遗传多样性,筛选出的12对SSR引物为二倍体野生绿色草莓资源杂交后代鉴定与遗传多样性分析提供了丰富的筛选标记。     

利用分子标记技术选择柚类核心种质资源

根据678个SSR和AFLP分子标记聚类结果,对110份柚类资源采用逐级压缩法选择核心种质,比较了样本数不同的8个核心样本群的多态性位点数、多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性指数和Shannon’s信息指数等参数,最终选择了25个样本组成的样本群作为核心种质。用简明统计软件(CS10.1)对初始种质和核心种质群体的观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性指数和Shannon’s信息指数分别作t测验,可看出核心种质保留了初始种质22.73%的样品,多态性位点和多态性位点百分率保留率均达到了94.87%,观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性指数、Shannon’s信息指数的保留率分别为97.80%、99.86%、100.72%、101.16%,可见核心种质能很好的代表初始种质。     

砧用南瓜种质资源形态学性状与SSR标记分析

搜集了设施黄瓜嫁接栽培中常用的47 份砧用南瓜种质资源,利用63 个形态标记和40 对南瓜SSR 标记,对其进行遗传多样性及亲缘关系鉴定。结果表明,砧用南瓜的8 个质量性状（嫩瓜皮色、瓜形、主蔓色、瓜面斑纹、叶面白斑、叶形、嫩瓜斑纹和嫩瓜斑纹色）和23 个数量性状的多样性指数大于1.00;SSR 标记共检测到167 个等位变异,平均每个SSR 位点的等位基因数为4.18 个,变幅2 ~ 8 个,平均多样性指数为0.62,变化范围0.16 ~ 1.18。非加权算术平均法（UPGMA）聚类分析表明,砧用南瓜63 个形态学性状将47 份种质划分为4 个类群,大部分品种集中于一个类群中;40 对多态性SSR 标记将所有种质划分为3 个类群,大部分品种的分子标记与形态学标记的聚类结果相似。已搜集的47 份砧用南瓜种质资源遗传多样性并不丰富,亲缘关系较近;SSR 标记CMTm11 具有极高的多态性,可用于砧用南瓜种质分子标记辅助选择;嫩瓜皮色等8 个质量性状和大部分数量性状都可以作为形态标记辅助种质资源评价及新品种选育。     

湖南省草莓灰霉病菌遗传多样性研究

为探明湖南省草莓灰霉病菌群体遗传结构、分化及变异规律,采用荧光标记技术对湖南省9个地理菌群的180株草莓灰霉病菌基因组DNA进行SSR分析。结果表明:9对SSR引物共检测到56个观察等位基因(Na),平均值为6.22;有效等位基因(Ne)为1.27~4.89,平均值为3.44;不同位点的基因多样性指数(H)为0.21~0.80,平均值为0.65;不同位点Shannon’s信息指数(I)为0.37~1.83,平均值为1.34。供试180株样品9个SSR多态性位点上多态性信息量PIC变化范围为0.13~0.91,不同位点PIC差异大,这一规律与I和H基本一致。不同SSR位点总的遗传多样性(Ht)为0.21~0.77,平均值为0.65;群内遗传多样性(Hs)为0.19~0.50,平均值为0.40;遗传分化系数(Gst)为0.10~0.46,平均值为0.37;基因流(Nm)为0.58~4.47,平均值为1.16。不同地理菌群平均观察等位基因(Na)、有效等位基因数目(Ne)分别为2.93和2.07,Shannon’s信息指数(I)平均为0.67,基因多样性指数(H)平均为0.40,平均多态性位点数(NP)、多态位点百分率(P)分别为6.78和75%。依据不同地理菌群之间的遗传距离(0.2797~1.9225),将供试湖南省9个地理菌群分为4大类:第Ⅰ大类主要由长沙、邵阳、岳阳、衡阳、张家界、湘潭种群组成;第Ⅱ大类主要由郴州种群组成;第Ⅲ大类主要由株洲种群组成;第Ⅳ大类由常德种群组成。总之,湖南省各地草莓灰霉病菌群体遗传多样性丰富,但地理群体间差异小,病菌遗传变异主要来自群体内部,不同地区间存在病菌的移动。     

樱桃种质SCoT分子标记与叶片表型性状关联分析

利用本研究中建立的樱桃SCoT标记分析体系,进行适宜引物筛选,进而对12个樱桃品种进行SCoT分子标记、叶片表型性状遗传多样性及两者关联分析。结果显示:从102条SCoT标记引物中筛选出46条适宜樱桃遗传分析的标记引物,筛选率达45.1%;参试的18条SCoT引物共获得等位位点数77个,其中多态性位点65个,多态性比率84.4%;12个樱桃品种的表型叶片性状变异系数为11.49%~36.93%,叶片性状与SCoT标记聚类分析结果基本一致;Pearson’s相关分析表明,共有54个标记位点与12个性状呈显著或极显著相关;多元线性逐步回归分析获得了8个与叶片性状极显著相关的特异标记位点,解释了叶片性状47.8%~100.0%的变化;对8个关联标记进行序列比对分析,有5个标记能在樱桃基因组中找到同源序列,相似性均达75%以上,并能明确其染色体位置,其中4个标记能够在NCBI中比对到具有功能注释的同源序列,另3个标记未比对到同源序列。     

基于SSR标记的板栗地方品种遗传多样性与关联分析

采用SSR标记对山东等10个省份95个板栗地方品种的遗传多样性、群体结构进行分析,并进行板栗18个农艺性状与SSR标记关联分析。结果表明：（1）17对SSR引物在95个板栗品种中检测出44个等位位点,平均为2.6个,Shannon’s指数（I）和多态性信息含量（PIC）平均值分别为0.67和0.352,遗传多样性较为丰富;（2）山东群体和江苏群体的多态性位点比率（P）最高,均达到94.12%,观察等位基因数（Na）分别为2.53和2.18,亦高于其他群体;（3）根据Evanno等统计模型,92个板栗品种被划分为3个亚群,分别包含25、40和27个品种,且均有着复杂的地理起源,另有3个品种没有明确的类群归属;（4）利用GLM和MLM模型进行关联分析,并经过假阳性检验,发现叶柄长度和淀粉含量分别与标记CsCAT 5和CsCAT 22显著关联,关联系数分别为0.4027和0.1869。     

利用SSR研究不同国家桃育成品种的遗传多样性

利用34对SSR分子标记对来自不同国家的56份桃育成品种进行遗传多样性分析。筛选的13对SSR引物共检测出226个等位基因,其中多态性等位基因为222个。桃群体的平均Nei’s基因多样度为0.224,Shannon遗传多样性表型指数为0.367,说明桃总群体遗传变异较低;基因分化系数为0.081,与AMOVA分析结果8.13%相近,说明2者遗传变异以群体内遗传变异为主;基因流值为5.657,则说明不同国家间桃育成品种交流比较频繁。根据Nei’s基因多样度和Shannon遗传多样性表型指数2指标所得,欧美品种群遗传变异最高,其次为中国,最后为日本。UP-GMA聚类分析结果表明,品种间的遗传距离与系谱关系基本吻合。