寒地李和杏遗传多样性SSR分析

以27份适宜北方生长的李、杏品种为试材,采用SSR分子标记技术对其进行遗传多样性分析,并运用UPGMA聚类分析法,分析了27份试材的亲缘关系,为寒地李、杏种质资源保存和品种选育提供分子生物学依据。结果表明:筛选的25对SSR多态性引物共扩增等位位点245个,其中多态性位点240个,多态性比率为97.96%。每对引物的等位基因数量为4~13,平均值为9.8。有效等位基因数平均值为2.740 5,Shannon′s信息指数平均值为1.052 0,多态性信息含量平均值为0.595 5,表明试材具有较高的遗传多样性。聚类分析结果表明,在遗传相似系数0.612处,27份试材可以分为李和杏两大类群。     

福建省梨地方品种的遗传多样性研究

利用叶绿体DNA非编码区序列acc D-psa I和17对SSR引物对原产于福建省的49个梨地方品种的遗传多样性进行分析,旨在为育种利用提供参考。获得49份福建地方品种的acc D-psa I序列,并检测到4个多态性位点,包含5个叶绿体单倍型(Hap1~Hap5),其中核苷酸多态性(Pi)为0.00139,单倍型多样性(Hd)为0.660。TCS网络图显示Hap5是最古老的单倍型,其仅在两个样品中检测到。17个SSR位点共检测到211个等位基因位点,有效等位基因数(A)为5~23个,平均值为12.41;观察杂合度(Ho)和期望杂合度(He)的平均值分别为0.5802和0.7549;17个SSR位点的Shannon’s信息指数(I)值为0.5830~2.7683,平均值为1.8661,表现出较高的遗传多样性。基于Nei和Li的遗传距离的邻接法(Neighbor-Joining,NJ)将49份样品聚为9个组,其中大部分聚类结果与单倍型类型表现的亲缘关系较为一致。叶绿体单倍型和SSR多态性位点信息证实福建地方品种具有较为丰富的遗传多样性。     

利用分子标记技术选择柚类核心种质资源

根据678个SSR和AFLP分子标记聚类结果,对110份柚类资源采用逐级压缩法选择核心种质,比较了样本数不同的8个核心样本群的多态性位点数、多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性指数和Shannon’s信息指数等参数,最终选择了25个样本组成的样本群作为核心种质。用简明统计软件(CS10.1)对初始种质和核心种质群体的观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性指数和Shannon’s信息指数分别作t测验,可看出核心种质保留了初始种质22.73%的样品,多态性位点和多态性位点百分率保留率均达到了94.87%,观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性指数、Shannon’s信息指数的保留率分别为97.80%、99.86%、100.72%、101.16%,可见核心种质能很好的代表初始种质。     

基于中国樱桃转录组的SSR分子标记开发与鉴定

对中国樱桃(Prunus pseudocerasus Lindl.)休眠芽转录组数据进行了SSR位点搜索和分析,发现了7 197个SSR位点,总的发生频率为15.62%。SSR重复类型以二核苷酸发生频率最高(58.65%),三核苷酸次之(34.72%)。利用8对多态性引物在24份樱桃种质中进行了引物有效性验证和遗传多样性分析,结果表明有效等位基因数最大值为2.92(Pp SSR2),最小值为1.09(Pp SSR8),平均值为1.73;香农多样性指数变化范围是0.202~1.290,平均值为0.755。观察杂合度和期望杂合度的变化范围分别是0.083~0.917和0.082~0.671;平均值分别为0.391和0.384。香农多样性指数、观察杂合度和期望杂合度3个多样性指数最大值均出现在位点Pp SSR2,最小值出现在位点Pp SSR8。基于SSR标记的24份樱桃种质的聚类结果与经典的形态学分类不完全一致,但聚类结果清晰地划分出5个不同组别,说明浙江省的中国樱桃种质资源遗传多样性丰富。两个龙泉地方品种与其他的浙江樱桃种质资源明显不同,它们与山樱和浙闽樱有着更紧密的遗传关系,该地方品种可以作为樱桃新品种选育的优良材料,有利于拓宽现有樱桃栽培品种的遗传背景。     

广西梨种质资源遗传多样性和群体结构分析

【目的】阐明广西地方梨种质的遗传多样性、亲缘关系及群体结构,加快梨种质的鉴定、评价和保护,促进地方优质梨种质资源的合理有效利用,助推品种改良和种质创新。【方法】利用筛选获得的15个SSR分子标记对71份广西地方梨种质和48份外地梨种质进行遗传多样性和群体结构分析。【结果】共检测出190个等位基因（Na）,平均等位基因数（Na）为12.667,平均有效等位基因数（Ne）为5.454,位点多态性信息指数（PIC）平均值为0.762,较好地揭示了梨的遗传多样性;观测杂合度（Ho）和期望杂合度（He）平均值分别为0.682和0.788,说明梨群体内存在近缘交配;香农指数（I）平均值为1.876,反映梨群体的遗传多样性丰富。广西地方种质的平均等位基因数为11.53,平均有效等位基因数为5.606,香农指数（I）为1.894,均高于外地种质,说明广西地方种质的遗传多样性更丰富。聚类分析显示大部分广西地方种质与外地种质的亲缘关系较远,隶属两个不同类群,但二者存在少量的相互交叉,少数的广西梨和外地梨聚为一类,有较近的亲缘关系。群体遗传结构分析也表明大部分广西梨和外地梨的遗传结构差异较大,并且2个居群的...     

167份西瓜种质材料的遗传多样性分析

以来自世界各地的167份西瓜种质资源为材料,利用形态学标记和SSR标记,结合多样性分析、聚类分析和主坐标分析等方法,对其遗传多样性进行了系统全面的研究。结果表明,29个表型性状Shannon多样性指数的变化范围是0.54~2.03,平均值为1.50,其中质量性状平均值为1.16,数量性状为1.71;18个数量性状的变异系数变化范围为16.43%~90.73%,平均值为34.12%。不同地区西瓜种质遗传多样性比较结果显示,非洲地区的种质遗传多样性丰富,亚洲、北美洲次之,南美洲和欧洲的遗传多样性相对较低。同时,利用22对SSR标记对西瓜种质进行了遗传多样性分析,平均每对引物扩增4.86个等位基因,平均有效等位基因数(Ne)是2.20,平均Shannon多样性指数(I)为0.94,平均观测杂合度(Ho)为0.27,平均期望杂合度(He)为0.52,平均多态性信息含量(PIC)为0.45。进一步分别利用表型标记和SSR标记对167份西瓜种质材料进行分类,结果显示SSR标记的稳定性强,能够很好的对种质材料进行分类。     

基于SSR标记的清凉峰地区三叶海棠遗传多样性研究

【目的】评价清凉峰地区三叶海棠的遗传多样性水平,为其保护提供理论依据。【方法】利用10对SSR引物,对清凉峰地区的36份三叶海棠样品进行了遗传多样性分析,并从中随机抽取6,9,12,15,18,27,34株大小不同的样本,组成7个群体进行遗传多样性特征比较。【结果】(1)10对引物在36份样品中的多态性等位基因数(Na)平均值为7.1(5.0~10.0),有效等位基因数(Ne)平均值为3.954(1.527～5.786),平均观察杂合度(Ho)为0.781(0.194～1.000),平均期望杂合度(He)为0.699(0.345～0.827),香农多样性指数(I)平均值为1.458(0.662～1.918);(2)采用UPGMA法构建的系统树中,很明显地将36份供试样品划分为两组,与用贝叶斯聚类方法得到的结果一致,对三叶海棠所有样品进行的主成分分析进一步证实了以上结果;(3)群体样本量≥15株时,样本量就不会对群体内遗传多样性水平、遗传一致度及群体内等位基因数目产生明显的影响。【结论】清凉峰地区三叶海棠的遗传多样性水平较高,其群体明显分化为2个基因源,三叶海棠群体遗传多样性研究和种质收集保存中的适宜样本量为≥15株,研究供试样品可以反映清凉峰地区三叶海棠遗传多样性的总体水平。     

大别山三种杜鹃花资源遗传多样性和遗传结构分析

大别山独特的地理环境为杜鹃花资源提供了独特的生境地,是中国杜鹃花资源重要的多样性分布中心。该研究以大别山黄杜鹃、云锦杜鹃、满山红3个种群为试验材料,采用9个SSR标记对其进行扩增,以期探究种群遗传多样性和遗传结构的特征。结果表明:9个标记位点共扩增出45个等位基因,每个位点的等位基因数为3~7;3个种群中Shannon信息指数平均值为0.87~0.91;平均观察杂合度和期望杂合度为0.523~0.651和0.517~0.536;总近交系数Fit和种群内近交系数Fis平均值分别为0.075 9和-0.173 3,即3个种群内均存在近交现象;9个位点的平均基因流为0.927 0;在聚类分析中,黄杜鹃和云锦杜鹃亲缘关系最近,与满山红最远。该研究为杜鹃花属植物的进化研究奠定了基础。     

中国山荆子和楸子种质资源遗传多样性和遗传结构的荧光SSR分析

采用荧光SSR分子标记对来源于中国9个省的苹果属山荆子8个种群和楸子9个种群共288份种质的遗传多样性和种群遗传结构进行了研究。结果显示:19对SSR引物对288份种质共扩增出416个多态性等位基因,平均每个位点等位基因21.895个,多态性位点百分率(PPB)为100%。山荆子和楸子共计17个种群总体的遗传多样性较高,有效等位基因数(N_e)为9.284,平均期望杂合度(H_e)为0.862,Shannon’s多样性指数(I)为2.432;种群水平上,楸子的遗传多样性水平(H_e=0.870,I=2.412,N_e=9.019)高于山荆子(H_e=0.848,I=2.350,N_e=8.652)。分子方差分析(AMOVA)表明,遗传变异主要来自种群内(95%)。种群间的遗传分化系数(F_(st))为0.278,基因流(N_m)为5.031,表明楸子和山荆子均为异交的混交类群,各个种群在过去的某个时间都可能相互发生过基因交流,抵制了由于基因漂变而导致的种群间遗传分化。通过NJ聚类和Structure分组划分类群,种群间遗传距离和类群归属与地理位置不完全相关。     

基于SSR分子标记的油梨种质遗传多样性分析

用23对SSR多态性引物对收集的54份油梨种质材料进行PCR扩增,利用Popgene 1.32计算遗传多样性参数,采用NTSYSpc 2.1计算种质间的遗传相似系数,并进行UPGMA聚类分析和主成分分析。结果表明,23对SSR引物共扩增出多态性位点119个,每对引物扩增的多态位点在2~10个之间,平均为5.17个,多态性位点百分比(PPL)为100%;多态性信息量(PIC)、有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样性指数(H)、Shannon’s信息指数(I)分别为0.33、1.3219、0.2059、0.3356。54份油梨种质资源的遗传相似系数在0.59~0.97之间,在0.71处可划分为4大类群,Fuerte单独归为第Ⅰ类,Hass、Bacon为第Ⅱ类,第Ⅲ类的种质包括Y1-10、Y3-1、Y6-5、Y10-1,余下47份归为第Ⅳ类,占参试材料的87.04%,主成分分析结果与聚类分析结果基本一致。     

紫色叶用莴苣遗传多样性及亲缘关系的TRAP分析

利用TRAP标记对47份紫色叶用莴苣种质进行亲缘关系及遗传多样性分析。20对引物组合共扩增出多态性条带430条,多态性比率(PPB)为67.08%。47份紫色叶用莴苣材料的遗传相似系数在0.7063~0.9828之间,Nei’s基因多样性指数(He)和Shannon’s信息指数(I)分别为0.2553和0.3976,遗传多样性水平较低。聚类分析结果表明,47份紫色叶用莴苣材料分为2大类群,第Ⅱ类群又分为5个亚类,叶片形态相似的种质基本上聚在一起,亲缘关系较近。     

中国樱桃14个自然居群遗传多样性和遗传结构的SSR评价

以中国樱桃14个自然居群280个个体为材料,采用SSR分子标记技术分析其遗传多样性和遗传结构。结果显示：11对SSR引物共检测到80个等位基因,各引物扩增条带在4 ~ 13条之间。基因多样性指数（h）为0.5431 ~ 0.7151,Shannon’s信息指数（I）为0.9057 ~ 1.4684。分子方差分析（AMOVA）表明,遗传变异主要来自居群内（70.00%）,Mantel检验显示总群体的遗传距离和地理距离显著相关（r = 0.472,P = 0.011)。因此,中国樱桃在居群水平（PPL = 100%,h = 0.643,I = 1.207）和物种水平（PPL = 100%,h = 0.743,I = 1.591）上均具有较高的遗传多样性。     

不同产地中国李资源遗传多样性SSR分析

利用均匀分布在8个染色体连锁群上的16对SSR引物对来自3类产区的24份中国李品种的遗传多样性进行分析,结果表明：各引物的多态信息含量（PIC）在0.547 ~ 0.783间变化,其中引物CPSCT005最低,引物CPSCT022最高。不同引物间有效等位基因数（Ne）、Nei’s基因多样性（H）和Shannon’s指数（I）分析均存在显著差异,且均为引物CPSCT039最高,引物CPSCT031最低。3类产区所有引物分析表明,Nei’s基因多样性（H）、Shannon’s指数（I）和有效等位基因数（Ne）的关系是：南方品种和北方品种相差不大,均大于国外品种,且南方品种与国外品种先聚到一类。16对SSR引物总共扩出条带86条,其中多态性条带81条,多态性比率为94.19%,平均每对引物扩增位点5.38个。品种聚类分析表明,在遗传距离0.35处,24份中国李材料可分为2大类,大部分北方品种聚为一类,南方品种和国外品种聚为一类,从分子水平支持了以前提出的国外品种起源于中国的说法。     

牡丹89 个不同种源品种遗传多样性和亲缘关系分析

 利用ISSR分子标记技术,从121条ISSR备选引物中筛选出条带清晰、多态性好的19条引物对89个牡丹品种的遗传多样性进行了分析。通过优化PCR试验条件,共获得188条带,其中177条表现出多态性,多态位点的百分率为94.1%。通过计算机软件分析,供试牡丹品种平均有效等位基因数为1.514,平均Nei’s基因多样性指数为0.3085,平均Shannon’s信息指数为0.4713;各品种间的相似系数介于0.3294 ~ 0.7744之间,平均为0.5722。利用UPGMA法作图,供试的89个品种可聚为2个类群,很好地将不同来源的品种区分开来。     

基于SSR 标记的四川野生中国樱桃遗传多样性和居群遗传结构分析

 采用SSR 分子标记技术对四川野生中国樱桃5 个居群共133 株的遗传多样性水平及居群的 遗传结构进行了研究。结果显示：10 对SSR 引物共检测到78 个等位基因,平均每位点等位基因7.8 个。 Nei’s 基因多样性指数（H）为0.6112 ~ 0.6689,Shannon’s 信息指数（I）为1.1984 ~ 1.3786。基于分子方 差分析（AMOVA）,92.53%的变异来自居群内,7.47%的遗传变异来自于居群间。居群间遗传距离（GD < 0.2416）、遗传一致度（GI > 0.7854）、遗传分化指数（Fst = 0.0844）以及较强的基因流（Nm = 2.7125）均 表明居群间的遗传分化水平较低,居群内存在显著近交现象（Fis = 0.3986）,且居群在大多数位点上偏离 Hardy-Weinberg 平衡。基于上述结果,分析讨论了居群较高遗传多样性和居群间较低遗传分化形成的可能 原因,并提出野生中国樱桃的保护利用策略。     

三叶悬钩子自然居群遗传多样性的ISSR 分析

 利用ISSR分子标记对云南特有植物三叶悬钩子（Rubus delavayi Fanch.）的12个居群共248个个体进行了遗传多样性分析。结果表明：16个ISSR引物共扩增到199个位点,其中185个是多态性位点,占92.96%。三叶悬钩子居群具有很高的遗传多样性水平,在物种水平上平均每个位点的多态位点百分率（PPB）为97.99%,有效等位基因数（A_e）为1.427,Nei’s遗传多样性（H）为0.267,Shannon’s多态信息指数（I）为0.417;在居群水平上PPB为62.10%,A_e为1.289,H为0.177,I为0.275。居群间基因分化系数G_st = 0.3351,与AMOVA分析的居群间遗传变异量占总量的33.03%相近,说明三叶悬钩子居群间存在一定程度的遗传分化。居群间遗传分化占总遗传变异的33.51%,居群内的遗传变异为66.49%,基因流（N_m）为0.9923。通过Mantel检测,居群间的遗传距离与地理距离不存在相关性。UMPGA聚类分析和二维主成分分析（PCA）结果一致。导致居群内高遗传变异水平原因主要是有限的基因流,而居群间较低的遗传多样性水平可能与生态破坏和生物入侵有关。     

中国部分古银杏资源遗传多样性的AFLP分析及核心种质的构建

利用AFLP技术,对来源于全国20个省(区)的180份银杏古树种质进行遗传多样性分析,在此基础上,利用逐步聚类的方法构建核心种质。结果表明,8对AFLP引物组合共扩增出1 646条谱带,多态条带百分率(PPB)为100%;平均观测等位基因数(Na)、平均有效等位基因数(Ne)、平均Nei’s基因多样度(H)和平均Shannon’s信息指数(I)分别为2.0000、1.2575、0.1662和0.2746;各种质间的遗传相似系数在0.6904~0.9115之间,平均值为0.7919。建立的银杏古树核心种质保留了原始种质的35%的样品。t检验结果表明,所构建的核心种质遗传多样性指数与原始种质差异不显著,能够最大程度的代表原始种质资源。     

利用SRAP和EST-SSR分析香椿资源的遗传多样性

利用SRAP和EST-SSR标记技术对中国9省10个香椿居群的遗传多样性和亲缘关系进行了分析,试图为香椿种质资源的保护和开发利用奠定基础。结果表明,33对SRAP标记共扩增出167个多态性位点,平均每对引物产生5.06个多态性位点;45对EST-SSR引物共检测到221个多态性位点,平均每对引物检测到4.9个多态位点;所选香椿居群的等位基因数和期望杂合度（EST-SSR,Na = 2.3506,He = 0.4632）及Shannon’s信息指数（SRAP,I = 0.6140;EST-SSR,I = 0.6752）较高,表明中国香椿资源具有较高的遗传多样性;居群间的遗传分化系数（SRAP,Gst = 0.3124;EST-SSR,Fst = 0.2462）表明所研究的香椿资源分化程度较高;聚类结果显示,10个香椿居群可分成3类,其中衡水、泰安和太和居群为一类,成都、昆明、武汉和汝阳居群为一类,德州和泉州居群聚为一类,南京居群的结果因两类引物略有不同;香椿居群间的遗传距离与实际的地理距离相关性不显著。