基于16S rDNA高通量测序分析技术研究甘露寡糖对奶牛瘤胃菌群结构的影响

本试验旨在利用16S rDNA高通量测序分析技术研究甘露寡糖对奶牛瘤胃菌群结构的影响。选择泌乳阶段相近、胎次相同的泌乳早期奶牛4头,随机分为2组,对照组饲喂基础饲粮,试验组饲喂基础饲粮,同时添加60 g/头甘露寡糖,通过口腔灌注添加。采用2×2交叉试验设计,每期21 d,预试期14 d,采样期7 d。结果表明:1)与对照组相比,添加甘露寡糖极显著提高了瘤胃液乙酸的浓度(P0.01),乙酸/丙酸提高了8.47%(P0.05)。2)与对照组相比,门水平上,试验组蓝藻门相对丰度极显著降低(P 0.01),装甲菌门的相对丰度极显著提高(P 0.01);属水平上,试验组厌氧螺菌属的相对丰度显著提高(P 0.05),梭菌属的相对丰度显著降低(P0.05),锥形杆菌属的相对丰度极显著降低(P0.01),瘤胃球菌属、假丁酸弧菌属以及毛螺菌属的相对丰度分别增加24.34%、12.83%、31.80%(P0.05),普雷沃氏菌属的相对丰度降低4.66%(P0.05),未注释韦荣氏菌属的相对丰度提高143.11%(P 0.05),脱硫弧菌属的相对丰度提高4.88%(P0.05)。在本试验条件下,添加甘露寡糖降低了瘤胃细菌的多样性,对纤维素降解菌群、半纤维素降解菌群影响明显,显著提高了瘤胃液乙酸浓度,提高了瘤胃液pH,但差异不显著。     

沙蒿多糖组合制剂对滩羊羔羊瘤胃菌群多样性的影响

本试验旨在研究沙蒿多糖不同组合制剂对滩羊羔羊瘤胃菌群多样性的影响。选择健康、体重相近的断奶滩羊公羔60只,按体重随机分为4个组,每组15只羊。对照组饲喂基础饲粮,试验1组、试验2组和试验3组分别饲喂在基础饲粮中添加5.5 g/d沙蒿多糖+5.5 g/d包被丁酸钠、5.5 g/d沙蒿多糖+5.5 g/d丁酸甘油酯和5.5 g/d沙蒿多糖+1.1 g/d莫能菌素的试验饲粮。预试期为15 d,正试期为60 d。结果表明:1)与对照组相比,试验1组和试验2组滩羊瘤胃液乙酸、丁酸、总挥发性脂肪酸浓度和乙酸比例显著提高(P<0.05)。2)试验2组的Chao1指数显著高于对照组(P<0.05),试验2组的Shannon指数和Simpson指数有高于对照组的趋势(0.05≤P<0.10)。3)门水平上,与对照组相比,试验1组瘤胃液中软壁菌门的相对丰度显著升高(P<0.05),厚壁菌门和丝状杆菌门的相对丰度有升高的趋势(0.05≤P<0.10);试验2组瘤胃液中绿弯菌门的相对丰度显著升高(P<0.05),而疣微菌门的相对丰度有升高的趋势(0.05≤P<0.10);试验3组瘤胃液中蓝藻菌门和互养菌门的相对丰度显著升高(P<0.05)。4)属水平上,与对照组相比,试验1组瘤胃液中理研菌科RC9的相对丰度显著降低(P<0.05),解琥珀酸菌属和丹毒丝菌属的相对丰度显著升高(P<0.05);试验2组瘤胃液中Sharpea的相对丰度显著降低(P<0.05),假丁酸弧菌属的相对丰度显著升高(P<0.05);试验3组瘤胃液中理研菌科RC9和Sharpea的相对丰度显著降低(P<0.05),互营球菌属的相对丰度有增加的趋势(0.05≤P<0.10)。由此可见,饲粮添加沙蒿多糖组合制剂均可提高滩羊羔羊菌群多样性,改善瘤胃微生物区系,且以添加沙蒿多糖+包被丁酸钠的效果最好。     

牛至精油和莫能菌素对荷斯坦犊牛瘤胃发酵参数和菌群结构的影响

本试验旨在研究牛至精油和莫能菌素对荷斯坦犊牛瘤胃发酵参数和菌群结构的影响。试验选用了80头新生荷斯坦犊牛,体重(41.31±2.23)kg,随机分为4组,每组20头。牛至精油组开食料中添加4.0 g/kg牛至精油,莫能菌素组开食料中添加3.6 g/kg莫能菌素,混合组开食料中添加4.0 g/kg牛至精油+3.6 g/kg莫能菌素,对照组开食料中不添加任何饲料添加剂。饲喂70 d后,从每组中选取体重相近的试验牛3头,采集12头犊牛的瘤胃液,检测瘤胃发酵参数,并运用高通量测序方法测定瘤胃菌群结构及多样性。结果表明:1)莫能菌素组和混合组的瘤胃液氨态氮含量显著低于对照组(P<0.05);莫能菌素组的瘤胃液丙酸比例显著高于对照组(P<0.05)。2)门水平上,牛至精油组、莫能菌素组、混合组的瘤胃液中变形菌门的相对丰度极显著低于对照组(P<0.01);莫能菌素组的瘤胃液中拟杆菌门的相对丰度有高于对照组的趋势(0.05≤P<0.10)。3)属水平上,牛至精油组、莫能菌素组和混合组的瘤胃液中普雷沃氏菌属的相对丰度有高于对照组的趋势(0.05≤P<0.10);牛至精油组的瘤胃液中丁酸弧菌属的相对丰度有低于对照组的趋势(0.05≤P<0.10);莫能菌素组的瘤胃液中奥尔森菌属的相对丰度显著低于对照组(P<0.05),瘤胃球菌属和丁酸弧菌属的相对丰度均有低于对照组的趋势(0.05≤P<0.10);混合组的瘤胃液中梭菌属的相对丰度有低于对照组的趋势(0.05≤P<0.10)。综上所述,饲粮中添加牛至精油可以调节瘤胃微生物的菌群结构,提高犊牛瘤胃中蛋白质降解菌的相对丰度,降低产丁酸菌属的相对丰度,同时可能避免或者缓冲莫能菌素对有益菌群的破坏。     

饲粮中添加沙葱粉或复合益生菌制剂对杜寒杂交羊瘤胃发酵参数和瘤胃液菌群多样性的影响

本试验旨在研究饲粮中添加沙葱粉或复合益生菌制剂对杜寒杂交羊瘤胃发酵参数和瘤胃液菌群多样性的影响。选取体重相近的杜寒杂交羊30只,随机分为3组,每组10只,各组饲喂饲粮如下:对照组,基础饲粮;沙葱组,基础饲粮+沙葱粉(沙葱粉添加量为饲粮干物质的0.46%);复合益生菌组,基础饲粮+复合益生菌制剂(复合益生菌制剂添加量为饲粮干物质的4.35%)。饲喂90 d后,随机从每组羊群中选取体重相近的试验羊4只,屠宰后采集瘤胃液,检测瘤胃发酵参数,并运用高通量测序方法检测瘤胃菌群多样性。结果表明:1)与对照组相比,复合益生菌组瘤胃液乙酸浓度显著提高(P0.05),沙葱组瘤胃液乙丙比下降(P0.05),复合益生菌组瘤胃液乙丙比则升高(P0.05)。2)复合益生菌组瘤胃液香农指数显著高于对照组(P0.05),而沙葱组瘤胃液香农指数虽高于对照组,但差异不显著(P 0.05)。3)在前10种菌门中,沙葱组各菌门相对丰度与对照组存在差异,但差异均不显著(P0.05);复合益生菌组拟杆菌门、疣微菌门和互养菌门的相对丰度显著高于对照组(P0.05),而变形菌门的相对丰度显著低于对照组(P0.05);在科水平上,沙葱组和复合益生菌组氨基酸球菌科的相对丰度均显著低于对照组(P0.05)。由此得出,饲粮中添加沙葱粉或复合益生菌制剂均可以改变瘤胃发酵类型,并可不同程度地丰富瘤胃液菌群多样性。     

青贮饲用油菜对育肥期山羊瘤胃发酵参数及微生物多样性的影响

本试验旨在研究青贮饲用油菜对山羊瘤胃发酵参数及微生物多样性的影响。将24只3月龄左右宜昌白山羊[平均体重(14.83±0.32) kg,公母各半]随机分为2组。试验组饲喂含有青贮饲用油菜的全混合饲粮,对照组饲喂含有青贮全株玉米的全混合饲粮,预试期7 d,正饲期90 d。试验结束时,每组屠宰6只羊,取瘤胃液测定pH、氨态氮、瘤胃液菌体蛋白质、挥发性脂肪酸等指标,并采用16S高通量测序方法分析瘤胃中菌群结构。结果表明,试验组与对照组山羊的平均日增重、干物质采食量和料重比无显著差异(P>0.05)。试验组与对照组间山羊瘤胃液pH值、氨态氮无显著差异(P>0.05);试验组山羊瘤胃液菌体蛋白含量和异丁酸含量显著高于对照组(P<0.05),其他挥发性脂肪酸含量差异不显著(P>0.05);瘤胃菌群结构分析结果表明,试验组和对照组相对丰度大于0.1%的菌门,分别有15和14个,两组中共有的菌门按照丰度排序依次是拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门、螺旋体门和Saccharibacteria,但各菌门丰度组间差异不显著(P>0.05)。属水平上,两个组山羊瘤胃液中普雷沃氏菌属的微生物含量均最多。试验组与对照组有显著差异的菌群Prevotella_1丰度从21.10%减少到16.66%,模糊分类群丰度从1.95%增加到3.19%(P<0.05)。综上所述,饲喂青贮饲用油菜能保持山羊瘤胃内环境及微生物菌群结构稳定,维持瘤胃正常发酵。     

甘露寡糖对围产期奶牛瘤胃微生物区系的影响

试验旨在研究饲粮中添加不同水平的甘露寡糖(MOS)对荷斯坦奶牛围产后期瘤胃微生物区系的影响。选取60头荷斯坦奶牛,随机分4组,每组15头。对照组饲喂基础饲粮,低、中、高剂量组分别在基础饲粮基础上添加5、10、15 g/(头·d)MOS。结果显示,随着MOS添加量的增加,奶牛产后21 d瘤胃液中微生物蛋白含量、总挥发性脂肪酸(TVFA)浓度以及乙酸、丙酸、丁酸和异丁酸浓度和乙丙比均线性上升(P<0.05)。厚壁菌门和蓝藻菌门相对丰度呈线性下降(P<0.01),而淋溶菌门相对丰度线性上升(P<0.05)。研究在20个样品中共检测到147个属,其中11个属与MOS添加量显著相关,主要来自厚壁菌门,且与瘤胃液中TVFA浓度和乙酸摩尔比例具有较强的相关性。研究表明,围产期奶牛日粮中添加一定量的MOS可能能通过调节瘤胃微生物菌群结构来提高纤维的瘤胃降解率,进而改善奶牛生产性能,最适添加量为15 g/(头·d)。     

围产期奶牛瘤胃发酵参数及细菌菌群的变化研究

本实验旨在研究围产期奶牛瘤胃微生物区系的反应。选择年龄、胎次、体况和预产期相近的干奶牛30头,产前21 d设为围产前期组,产后21 d设为围产后期组。选择14头奶牛分别在产前7 d和产后14 d采集瘤胃液,测定瘤胃发酵参数和微生物细菌菌群。结果表明：1)与围产前期相比,围产后期奶牛瘤胃液的pH和乙酸/丙酸降低(P<0.01),乙酸、丙酸、丁酸及总挥发性脂肪酸(TVFA)浓度均提高(P<0.01);2)门水平上,围产后期奶牛瘤胃液拟杆菌门、变形菌门、蓝藻门和放线菌门相对丰度高于围产前期(P<0.01或P<0.05),厚壁菌门、纤维杆菌门、Kiritimatiellaeota和软壁菌门相对丰度低于围产前期(P<0.01或P<0.05);属水平上,围产后期奶牛瘤胃液普雷沃氏菌属＿7、毛螺旋菌科NK3A20群、琥珀酸弧菌科UCG-001和Shuttleworthia相对丰度高于围产前期(P<0.01),瘤胃球菌科＿NK4A214群属、克里斯滕森菌R-7群属、理研菌科RC9肠道群属、产乙酸糖发酵菌、普雷沃氏菌科UCG-003属和丁酸弧菌属＿2相对丰度均低...     

复合植物提取物对奶牛瘤胃细菌菌群的影响

[目的] 研究饲粮中添加蒲公英、益母草、金银花和连翘4种植物的乙醇提取物对泌乳期荷斯坦奶牛瘤胃细菌菌群的影响。[方法] 采用完全随机试验设计,将24头泌乳期荷斯坦奶牛随机分为对照组和试验组,每组12头。对照组饲喂基础饲粮,试验组饲喂基础饲粮+0.3%/（头·d）复合植物提取物。试验期共75 d,预试期15 d,正试期60 d。于试验正式期第60天通过口腔采集奶牛瘤胃液,提取瘤胃液样品总DNA,利用16S rDNA序列分析技术研究饲粮中添加复合植物提取物对奶牛瘤胃细菌菌群的影响。[结果] 对照组与试验组的瘤胃微生物在OTU水平上可相互分离。试验组奶牛瘤胃细菌的α多样性指数与对照组差异不显著（P>0.05）。添加复合植物提取物改变奶牛瘤胃中17个细菌菌门相对丰度,但试验组与对照组差异不显著（P>0.05）;在门水平上,2组的拟杆菌门（Bacteroidetes）和厚壁菌门（Firmicutes）在总菌群中占比最高;在属水平上,试验组瘤胃细菌相对丰度与对照组差异不显著（P>0.05）,2组优势菌属均为普雷沃菌属1（Prevotella 1）。通过LEFse分析发现,与对照组相比,试验组奶牛瘤胃中的拟杆菌目（Bacteroidales）相对丰度显著（P<0.05）降低,而双歧杆菌科（Bifidobacteriaceae）的相对丰度显著（P<0.05）增加。[结论] 在泌乳期奶牛饲粮中添加0.3%的蒲公英、益母草、金银花和连翘复合提取物具有调节瘤胃菌群的作用。     

高剂量白酒糟对山羊瘤胃发酵、菌群结构及炎性基因的影响

旨在研究饲喂高剂量(65%,75%)白酒糟对3月龄山羊瘤胃发酵、菌群结构及炎性基因的影响，试验选择15只日龄、体质量相近的健康本地山羊，随机分为对照组、65%白酒糟组和75%白酒糟组，5只/组。对照组饲喂基础饲粮，试验组分别饲喂添加65%,75%的白酒糟日粮，正试期90 d。采用气质联用法、ELISA法依次检测参试山羊瘤胃液VFA、组胺和LPS浓度，用Illumina Miseq PE300高通量测序平台进行瘤胃液16S rDNA测序，qRT-PCR法测定瘤胃组织中p65、COX2、VCAM1的表达量。结果表明：1)65%和75%白酒糟组山羊瘤胃液pH和总VFA显著低于对照组(P<0.05),75%白酒糟组山羊瘤胃液乙酸、丁酸及乙酸/丙酸比值显著低于对照组(P<0.05),75%白酒糟组山羊瘤胃液组胺和LPS浓度显著上升(P<0.01)。2)65%和75%白酒糟组山羊瘤胃微生物中的优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidota),且占总门类的90%以上，丰度最高的科、属为普雷沃菌，且普雷沃菌丰度会随着白酒糟饲喂量的增多呈上升趋势。3)6...     

海带粉对饲喂高精料饲粮奶牛瘤胃发酵参数和菌群结构的影响

本试验旨在探究海带粉作为饲料原料对饲喂高精料饲粮奶牛瘤胃发酵参数及菌群结构的影响。试验选用体重为(605±36)kg的健康泌乳中后期荷斯坦奶牛15头,随机分为3组,每组5头。采用随机试验设计,3组奶牛分别饲喂45%低精料饲粮、55%高精料饲粮和55%高精料+5%海带粉饲粮。试验期为35d,于试验末对晨饲前奶牛经口腔采集瘤胃液,测定其pH,氨态氮、微生物蛋白、挥发性脂肪酸浓度和菌群结构。结果显示:1)相比55%高精料饲粮,在55%高精料饲粮中添加5%海带粉后,瘤胃中pH显著升高(P<0.05),氨态氮和微生物蛋白的浓度显著降低(P<0.05),总挥发性脂肪酸的浓度以及挥发性脂肪酸中丁酸、异丁酸和异戊酸的比例显著增加(P<0.05)。2)在55%高精料饲粮中添加5%海带粉降低了样本独有的操作分类单元(OUT)数量,但对瘤胃细菌α多样性的影响不显著(P>0.05)。在门水平上,与44%低精料饲粮相比,55%高精料饲粮显著增加了瘤胃中放线菌门的相对丰度(P<0.05),显著降低了瘤胃中SR1_Absconditabacteria的相对丰度(P<0.05);而在55%高精料饲粮中添加5%海带粉后,瘤胃中拟杆菌门的相对丰度显著降低(P<0.05),瘤胃中厚壁菌门的相对丰度显著增加(P<0.05),同时进一步显著增加了瘤胃中放线菌门的相对丰度(P<0.05)。在属水平上,相对于45%低精料饲粮,55%高精料饲粮显著增加了瘤胃中瘤胃球菌属2(Ruminococcus_2)和毛螺菌科NK3A20类群(Lachnospiraceae_NK3A20_group)的相对丰度(P<0.05),显著降低了瘤胃中普雷沃氏菌属1(Prevotella_1)和普雷沃氏菌科UCG-003(Prevotellaceae_UCG-003)的相对丰度(P<0.05);在55%高精料饲粮中添加5%海带粉后,进一步显著降低了瘤胃中Prevotella_1的相对丰度(P<0.05),并显著增加了瘤胃中Ruminococcus_2的相对丰度(P<0.05)。综上可见,在55%高精料饲粮中添加5%的海带粉可以改善饲喂高精料饲粮奶牛的瘤胃发酵环境,调整瘤胃菌群结构,对瘤胃细菌多样性的影响较小。     

枸芪多糖对育肥猪肠道菌群多样性及组成的影响北大核心CSCD

本试验旨在研究枸芪多糖对育肥猪肠道菌群多样性及组成的影响。选用180头80日龄的健康育肥猪,随机分为2组,每组6个重复,每个重复15头猪。对照组饲喂基础饲粮,试验组在基础饲粮中添加1‰的枸芪多糖,试验期为3个月。采集育肥猪盲肠内容物,提取样本中细菌基因组DNA,进行16S rDNA基因高通量测序。结果显示:1)试验组肠道菌群的Ace指数、Chao指数和Shannon指数均显著高于对照组(P<0.05)。2)在门水平上2组的两大优势菌均为拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes),对照组梭杆菌门(Fusobacteria)及梭杆菌属(Fusobacterium)的相对丰度显著高于试验组(P<0.05),互养菌门(Synergistetes)及互养菌属(Synergistes)的相对丰度显著低于试验组(P<0.05)。3) 2组在属水平上的优势菌均为拟杆菌属(Bacteroides),试验组巨单胞菌属(Megamonas)和螺杆菌属(Helicobacter)的相对丰度显著低于对照组(P<0.05)。由此得出,饲粮中添加枸芪多糖可提高育肥猪肠道菌群的丰富度和多样性,通过促进有益菌厚壁菌门、互养菌门与抑制有害菌变形菌门、梭杆菌属和螺杆菌属的增殖优化肠道菌群平衡,建立更健康的肠道菌群结构。     

复方中草药添加剂对生茸期梅花鹿瘤胃发酵及菌群结构的影响

试验旨在研究复方中草药添加剂对生茸期梅花鹿瘤胃发酵及菌群结构的影响。选取12头梅花鹿，随机分为2组，对照组饲喂基础饲粮，试验组饲喂基础饲粮+10 g/（头·d）复方中草药添加剂，预试期7 d，正式饲喂49 d。结果表明：(1)试验组瘤胃pH显著高于对照组（P<0.05），而丙酸浓度显著低于对照组（P<0.05）。(2)试验组Chao1和Ace指数显著低于对照组（P<0.05）。(3)在门水平上，试验组厚壁菌门和广古菌门的相对丰度显著高于对照组（P<0.05），而未分类细菌和放线菌门的相对丰度显著低于对照组（P<0.05）；在属水平上，试验组克里斯滕森菌科＿R-7菌属、醋酸菌属、瘤胃球菌属和瘤胃球菌科＿NK4A214菌属的相对丰度显著高于对照组（P<0.05）。综上所述，添加10 g/（头·d）的复方中草药添加剂能够提高生茸期梅花鹿瘤胃p H，降低瘤胃菌群丰富度并改变菌群结构。     

应用高通量测序技术分析青海牦牛引进山东后瘤胃菌群的变化

试验旨在探讨不同的饲养环境及日粮结构对牦牛瘤胃菌群结构的影响,应用高通量测序技术分析了青海牦牛引进山东后的瘤胃菌群变化情况。结果表明,青海牦牛瘤胃液可见物种(Observed species)及Chao1指数(Chao1 index)与引进牦牛瘤胃液相比差异极显著(P0.01),ACE指数差异显著(P0.05);青海牦牛菌群丰度显著高于引进牦牛,说明青海牦牛引进山东后瘤胃菌群丰度发生了显著变化,而引进前后牦牛瘤胃液香浓指数(Shannon index)以及辛普森指数(Simpson index)差异不显著(P0.05),说明青海牦牛引进山东后瘤胃菌群多样性未显著改变。测序数据表明,牦牛瘤胃液中丰度较高的菌群依次是拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门、疣微菌门、互养菌门、软壁菌门、纤维杆菌门;青海牦牛引进山东后菌群结构比例变化显著的门是浮霉菌门和装甲菌门(P0.05),变化显著的属是颤杆菌克属和帕匹杆菌属(P0.05)。数据分析得出,拟杆菌和理研菌科在青海牦牛瘤胃液中起重要作用,而普雷沃氏菌科、琥珀酸弧菌科和产气单胞菌在引进山东牦牛瘤胃液中起主要的作用,推测饲养环境及日粮结构的改变导致了瘤胃菌群及其相关功能的改变。本研究为地域和日粮结构的变化对牦牛瘤胃菌群结构的影响提供了理论依据。     

凝结芽孢杆菌对产蛋后期蛋鸡生产性能、肠道免疫因子及肠道菌群的影响

试验旨在研究产蛋后期蛋鸡饲粮中添加凝结芽孢杆菌对其生产性能、肠道免疫因子和肠道菌群的影响。选取840只63周龄海兰褐蛋鸡,分为2组,每组10个重复,每个重复42只。对照组饲喂基础饲粮,试验组在基础饲粮中添加0.05%凝结芽孢杆菌粉,试验期45 d。结果表明：与对照组相比,试验组料蛋比、破蛋率均有所降低,但差异不显著;试验组蛋鸡的蛋形指数及蛋壳厚度均无显著差异;试验组IFN-γ、IL-8和TNF-α基因表达量显著降低;门水平上,对照组拟杆菌门丰度高于试验组(P<0.05),厚壁菌门丰度低于试验组(P<0.05);属水平上,试验组拟杆菌属丰度低于对照组(P<0.05),栖粪杆菌属丰度高于试验组(P<0.05);普雷沃氏菌、脱硫弧菌属、另枝菌属指标均无显著差异。本试验条件下,饲粮中添加0.05%凝结芽孢杆菌对产蛋后期蛋鸡的生产性能改善作用不显著,但可以通过降低促炎因子的表达来改善机体炎症反应,同时降低致病菌的相对丰度,调节肠道菌群平衡。     

复合菌颗粒料对犊牛瘤胃发酵参数及菌群结构的影响

为研究复合菌颗粒料对犊牛瘤胃发酵参数及菌群结构的影响,试验选择出生后健康且体重相近的20头安格斯犊牛随机分为2组,每组10个重复,每个重复1头牛。对照组饲喂颗粒料不添加任何复合菌,试验组添加1%复合菌颗粒料（酵母菌、枯草芽孢杆菌、植物乳杆菌,活菌数为3×108 cfu/g）。试验期共100 d,其中预饲期10 d,正试期90 d。试验结束后抽取犊牛瘤胃液并测定相关指标。结果表明：试验组微生物蛋白（MCP）含量和Simposon指数显著高于对照组（P ＜ 0.05）|试验组Shannon指数和Chao指数极显著高于对照组（P ＜ 0.01）|试验组Sobs指数、Ace指数显著高于对照组（P ＜ 0.05）。门水平上,2组的优势菌门主要是拟杆菌门（Bacteroidota）和厚壁菌门（Firmicutes）。而属水平上2组的优势菌属为Prevotella,两组第二优势菌属不同：对照组为理研菌科_RC9肠道群（Rikenellaceae_RC9_gut_group）,试验组为未分类_f_Muribaculaceae（norank_f_Muribaculaceae）。由此可见,复合菌颗粒料对犊牛瘤胃中MCP的含量有显著影响,并且乙酸、丙酸、丁酸、异戊酸以及总挥发性脂肪酸有增长的趋势,还可以增加犊牛瘤胃菌群丰富度,同时试验组拟杆菌门相对丰度较对照组提高8.68个百分点,普雷沃菌属、普雷沃氏菌科_UCG-003群以及普雷沃氏菌科_UCG-001群等的相对丰度也有所提高。 [关键词] 复合菌颗粒料|安格斯犊牛|瘤胃发酵参数|菌群结构     

日粮中添加茉莉花渣对山羊营养物质表观消化率、瘤胃发酵及瘤胃菌群的影响

试验旨在探究日粮中添加茉莉花渣对山羊营养物质表观消化率、瘤胃发酵及瘤胃菌群的影响。选择健康无病、体重相近、4月龄的去势努比亚公羊24只，随机分为2组，每组12个重复，每个重复1只羊，对照组羊饲喂基础日粮，试验组在基础日粮中添加100 g/kg茉莉花渣，制成全价颗粒饲料。预试期7 d，正式试验期45 d。结果显示，与对照组相比，试验组山羊的粗蛋白表观消化率极显著降低（P<0.01），酸性洗涤纤维的表观消化率极显著提高（P<0.01）。微生物测序结果表明，对照组和试验组在门水平上的优势菌门均为厚壁菌门和拟杆菌门；试验组解琥珀酸菌属、普雷沃氏菌属＿UCG＿001和克里斯藤森菌科＿R＿7群相对丰度显著高于对照组（P<0.05），而未分类的拟杆菌科相对丰度显著低于对照组（P<0.05）。研究表明，日粮中添加茉莉花渣提高了纤维降解菌的相对丰度，改善了山羊对纤维物质的消化。     

酵母发酵饲料对瘤胃菌群数量及多样性的影响

本试验研究日粮中添加酵母发酵饲料对蒙古绵羊瘤胃菌群数量及多样性的影响。选用10只安装永久性瘤胃瘘管且体重约40 kg的14月龄蒙古羯羊,分为对照组和试验组,每组各5只。对照组饲喂基础日粮,试验组饲喂基础日粮+酵母发酵饲料(13.37%)。预试期15 d,正试期5 d。于正试期晨饲后0、3、6、9、12 h依次采集瘤胃液,每天采集一个时间点,共采集5次。实时荧光定量PCR(探针法)检测9种瘤胃菌群的数量,并用16S rRNA高通量测序技术分析菌群多样性。结果表明:试验组溶纤维丁酸弧菌、黄色瘤胃球菌、产琥珀酸丝状杆菌、埃氏巨球型菌、牛链球菌和栖瘤胃普雷沃氏菌数量均高于对照组(P<0.05),反刍兽甲烷短杆菌数量低于对照组(P<0.05),嗜淀粉瘤胃杆菌和白色瘤胃球菌在两组间差异不显著;试验组中菌群多样性低于对照组(P<0.05),拟杆菌门、纤维杆菌门、密螺旋体门含量升高,厚壁菌门含量降低(P>0.05);理研菌科_RC9菌属含量升高,克里斯滕森菌属_R-7含量降低(P<0.05)。综上,酵母发酵饲料能够影响瘤胃菌群数量,改善瘤胃菌群结构,降低瘤胃菌群的多样性。     

单宁和裂壶藻粉对滩羊生长性能及瘤胃菌群多样性的影响北大核心CSCD

本试验旨在探究饲粮中添加单宁和裂壶藻粉对滩羊生长性能及瘤胃菌群多样性的影响。选取体重[(25.53±3.18)kg]相近的5月龄健康滩羊公羔48只,随机均分为4组,每组12个重复,对照组饲喂基础饲粮,试验Ⅰ组饲喂基础饲粮+0.4%单宁,试验Ⅱ组饲喂基础饲粮+2.0%裂壶藻粉,试验Ⅲ组饲喂基础饲粮+0.4%单宁+2.0%裂壶藻粉。试验期共105 d,其中预试期15 d,正试期90 d。结果表明:1)与对照组相比,试验Ⅰ组羊只的总增重显著增加(P<0.05)。2)各试验组的操作分类单元数目均低于对照组,表现为对照组>试验Ⅰ组>试验Ⅱ组>试验Ⅲ组。3)与对照组相比,试验Ⅲ组Sobs指数、Ace指数和Chao1指数均出现显著下降(P<0.05),与试验Ⅰ组相比,试验Ⅲ组Ace指数和Chao1指数也出现了显著下降(P<0.05)。4)在门水平上,对照组、试验Ⅰ组和试验Ⅱ组的优势菌门均为拟杆菌门和厚壁菌门,试验Ⅲ组的优势菌门为拟杆菌门、厚壁菌门和变形菌门。与对照组相比,各试验组脱硫菌门、Patescibacteria的相对丰度出现显著变化(P<0.05),浮霉菌门的相对丰度出现极显著变化(P<0.01)。5)在属水平上,普雷沃氏菌属和理研菌科_RC9_肠道群为优势菌属。与对照组相比,各试验组未排位拟杆菌目_BS11_肠道群、理研菌科_RC9_肠道群、未排位拟杆菌目_RF16_群、norank_Muribaculaceae和韦荣氏球菌科_UCG-001的相对丰度出现显著变化(P<0.05),脱硫弧菌属的相对丰度出现极显著变化(P<0.01)。6)与试验Ⅰ组相比,试验Ⅱ组的滩羊瘤胃菌群的氨基酸代谢功能通路相对丰度显著降低(P<0.05)。综上所述,饲粮中添加单宁和裂壶藻粉均会影响滩羊生长性能及瘤胃微生物菌群结构,促进部分有益菌的增殖,并改善代谢功能;并且,以单独添加0.4%单宁的效果最好,同时添加0.4%单宁和2.0%裂壶藻粉效果次之,单独添加2.0%裂壶藻粉效果不明显。     

不同精粗比饲粮条件下奶牛瘤胃细菌菌群结构变化的研究北大核心CSCD

本研究旨在揭示不同精粗比饲粮条件下奶牛瘤胃细菌菌群结构的变化。选择24头健康、体重相近、胎次相同、产后3周左右的中国荷斯坦奶牛,随机分为2组(每组12头),分别饲喂高精粗比饲粮(60∶40,HC组)和低精粗比饲粮(40∶60,LC组),试验期为45 d。运用16S rDNA高通量测序技术对奶牛瘤胃细菌菌群结构变化进行分析。结果表明:1)HC组奶牛瘤胃液丙酸比例极显著高于LC组(P<0.01),乙酸/丙酸极显著低于LC组(P<0.01)。2)HC组奶牛瘤胃细菌操作分类单元数量极显著低于LC组(P<0.01)。3)LC组的Ace指数、Chao1指数显著高于HC组(P<0.05),Shannon指数、Simpson指数极显著高于HC组(P<0.01)。4)LC组奶牛瘤胃中拟杆菌门、厚壁菌门、纤维杆菌门、疣微菌门、SR1、软壁菌门、TM7、黏胶球形菌门、迷踪菌门丰度极显著高于HC组(P<0.01),HC组奶牛瘤胃中变形菌门、螺旋菌门丰度极显著高于LC组(P<0.01)。5)LC组奶牛瘤胃中纤维杆菌属、瘤胃球菌属、琥珀酸菌属、甲烷短杆菌属、BF311丰度极显著高于HC组(P<0.01),丁酸弧菌属丰度显著高于HC组(P<0.05);HC组奶牛瘤胃中密螺旋菌属、粪球菌属、Shuttleworthia丰度极显著高于LC组(P<0.01),vadinCA11丰度显著高于LC组(P<0.05)。由此可见,饲粮精粗比显著影响了奶牛瘤胃中细菌总数和多样性。高精粗比饲粮条件下,瘤胃中纤维降解菌的生长受到抑制,促进了瘤胃中产酸菌的增殖,从而改变了瘤胃发酵模式。     

以16S rDNA高通量测序法研究果寡糖对奶牛瘤胃菌群结构及多样性的影响

试验通过16S rDNA高通量测序技术研究果寡糖对奶牛瘤胃菌群结构及多样性的影响。采用2×2交叉设计,选用4头泌乳阶段相近、胎次相同的中国荷斯坦泌乳奶牛为试验动物,随机分为2组(试验组和对照组),对照组饲喂基础日粮,试验组在基础日粮中添加果寡糖60g/(d·头),每期21d,预饲期14d,正试期7d,交叉试验过渡期14d。分别于饲喂前(0h)和饲喂后2、4、6、9、12h通过口腔导管采集瘤胃液,每期连续采集3d(第16、17、18天),利用16S rDNA高通量测序技术测定瘤胃液中菌群结构及其多样性。结果显示,从Alpha多样性指数(Simpson、Shannon)、丰富度指数(Chao、Ace)及Beta diversity热图可知,果寡糖具有降低奶牛瘤胃中细菌多样性的趋势。从门水平上分析,试验组及对照组中奶牛瘤胃中拟杆菌门、厚壁菌门和变形细菌门占总细菌的95%以上,果寡糖显著降低了奶牛瘤胃未注释细菌门的丰度(P0.05),互养菌门丰度有增加的趋势(P=0.075)。从属水平上分析,果寡糖显著提高了奶牛瘤胃假单胞菌属丰度(P0.05),极显著提高了拟杆菌属丰度(P0.01),而脱盐杆菌属丰度显著降低(P0.05)。与对照组相比,添加果寡糖的试验组奶牛瘤胃中瘤胃球菌属、丁酸弧菌属、琥珀酸菌属、未注释毛螺菌属丰度分别增加80.0%、7.5%、127.9%和20.0%,但差异均不显著(P0.05)。综上所述,本试验条件下,果寡糖的添加对奶牛瘤胃细菌菌群多样性及结构存在一定的影响,果寡糖显著提高了奶牛瘤胃中不发酵糖类的假单胞菌属的丰度,使碳水化合物为发酵源的瘤胃拟杆菌丰度极显著增加,对瘤胃纤维降解菌丰度的增加具有促进作用。