四川白鹅不同肠段菌群多样性比较研究

试验利用Illimina MiSeq高通量测序对70日龄四川白鹅十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物进行微生物多样性分析。结果显示:①4个肠段微生物群落的α多样性(菌群丰度上)存在显著差异(P0.05);②4个肠段的菌群结构在6个菌门和13个菌属的相对丰度存在显著差异(P0.05);③盲肠微生物在7个菌属(脱硫弧菌属、拟杆菌属、拟杆菌属、相炭疽杆菌属、瘤胃球菌属、韦荣球菌属和Butycricimonas菌属)的相对丰度都显著高于其他3个肠段(P0.05),但是空肠的链球菌属和回肠的SMB53菌属的相对丰度均显著高于其他3个肠段(P0.05)。结果提示:鹅不同肠段的菌群组成存在显著差异,回肠和空肠微生物都参与粗纤维的消化,盲肠消化粗纤维的能力要强于其他3个肠段。     

饲粮纤维水平对金华猪生长性能、盲肠菌群结构和短链脂肪酸含量的影响

本试验旨在研究不同饲粮纤维水平对金华猪生长性能、盲肠菌群结构和短链脂肪酸(SCFA)含量的影响。试验选取45头平均体重为54.27 kg的健康金华猪,随机分为低纤维组(LF组)、中纤维组(MF组)和高纤维组(HF组),每组5个重复,每个重复3头猪。LF组饲喂基础饲粮,MF组和HF组分别在基础饲粮中添加7.5%和15.0%苜蓿粉;LF组、MF组和HF组饲粮中的纤维水平分别为3.86%、4.55%和5.92%。试验期60 d。试验结束后,每个重复选取1头接近平均体重的猪进行屠宰,取盲肠内容物用于提取微生物基因组DNA,采用实时荧光定量PCR对特定的微生物类群进行定量分析,同时采用高通量测序分析菌群结构,并测定SCFA含量。结果表明:1)金华猪体重随着饲粮纤维水平的升高呈现上升的趋势(P0.05),平均日增重显著升高(P0.05)。2)金华猪盲肠中的优势菌门是厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、软壁菌门(Tenericutes)和变形菌门(Proteobacteria),占90%以上,其中拟杆菌门相对丰度随饲粮纤维水平升高而显著升高(P0.05)。3)在属水平上,优势菌属分别是拟杆菌目S24-7菌属(Bacteroidales S24-7 group norank)、拟普雷沃氏菌属(Alloprevotella)、普雷沃氏菌科UCG-003菌属(Prevotellaceae UCG-003)、毛螺菌科XPB1014菌属(Lachnospiraceae XPB1014group)和瘤胃球菌科UCG-005菌属(Ruminococcaceae UCG-005)等。其中,拟杆菌目S24-7菌属和拟普雷沃氏菌属的相对丰度随着饲粮纤维水平的升高而升高(P0.05)。4)与LF组相比,HF组金华猪盲肠中乳酸杆菌、梭菌群Ⅰ以及丁酰辅酶A乙酸辅酶A转移酶基因丰度显著升高(P0.05),丁酸和总SCFA含量也显著升高(P0.05)。由此可见,适当提高饲粮纤维水平可提高金华猪盲肠中拟杆菌目S24-7菌属、拟普雷沃氏菌属相对丰度以及菌群发酵产丁酸关键酶丁酰辅酶A乙酸辅酶A转移酶基因丰度,从而提高盲肠中丁酸及总SCFA的含量,最终改善金华猪的平均日增重。     

不同纤维来源饲粮和细胞壁降解酶对猪肠道微生物菌群多样性的影响

本试验旨在利用末端限制性片段长度多态性技术研究不同纤维来源饲粮和细胞壁降解酶对猪肠道微生物菌群多样性及其组成结构的影响。试验选用8头平均体重为(35.0±2.5)kg的"杜×长×大"三元杂交生长猪,统一安装回肠末端T型瘘管,随机分为4组,每组2个重复。试验分4期,每期每组猪按4×4拉丁方设计饲喂小麦麸、小麦麸加酶、大豆皮和大豆皮加酶4种试验饲粮之一。每期预试期15 d,正试期6 d。试验结果表明:1)大豆皮饲粮组猪回肠食糜微生物的多样性显著高于小麦麸饲粮组(P0.05)。2)小麦麸饲粮组显著提高猪回肠食糜中普氏菌属(Prevotella)和乳酸杆菌属(Lactobacillus)的丰度(P0.05),而大豆皮饲粮组则显著提高猪回肠食糜中瘤胃球菌属(Ruminococcus)及粪便中拟杆菌属(Bacteroides)、毛螺菌属(Lachnospira)的丰度(P0.05)。3)添加细胞壁降解酶显著提高各饲粮组猪回肠食糜中Lachnospira、真细菌属(Eubacterium)及粪便中Lachnospira的丰度(P0.05),但也同时降低了回肠食糜中Lactobacillus、Prevotella及粪便中Lactobacillus、Bacteroides和克雷伯氏菌属(Klebsiella)的丰度(P0.05)。综上所述,纤维饲粮可显著提高猪肠道内非淀粉多糖降解菌的丰度,而细胞壁降解酶则可选择性改变肠道微生物菌群的多样性及其组成。     

枸芪多糖对育肥猪肠道菌群多样性及组成的影响北大核心CSCD

本试验旨在研究枸芪多糖对育肥猪肠道菌群多样性及组成的影响。选用180头80日龄的健康育肥猪,随机分为2组,每组6个重复,每个重复15头猪。对照组饲喂基础饲粮,试验组在基础饲粮中添加1‰的枸芪多糖,试验期为3个月。采集育肥猪盲肠内容物,提取样本中细菌基因组DNA,进行16S rDNA基因高通量测序。结果显示:1)试验组肠道菌群的Ace指数、Chao指数和Shannon指数均显著高于对照组(P<0.05)。2)在门水平上2组的两大优势菌均为拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes),对照组梭杆菌门(Fusobacteria)及梭杆菌属(Fusobacterium)的相对丰度显著高于试验组(P<0.05),互养菌门(Synergistetes)及互养菌属(Synergistes)的相对丰度显著低于试验组(P<0.05)。3) 2组在属水平上的优势菌均为拟杆菌属(Bacteroides),试验组巨单胞菌属(Megamonas)和螺杆菌属(Helicobacter)的相对丰度显著低于对照组(P<0.05)。由此得出,饲粮中添加枸芪多糖可提高育肥猪肠道菌群的丰富度和多样性,通过促进有益菌厚壁菌门、互养菌门与抑制有害菌变形菌门、梭杆菌属和螺杆菌属的增殖优化肠道菌群平衡,建立更健康的肠道菌群结构。     

酿酒酵母培养物替代抗生素对断奶仔猪生长性能、养分消化率及盲肠微生物区系的影响

本试验旨在研究酿酒酵母培养物替代抗生素对断奶仔猪生长性能、养分消化率以及盲肠微生物区系的影响。试验选用体重相近的28日龄断奶仔猪180头,随机分成3组,每组4个重复,每个重复15头仔猪。对照组饲喂基础饲粮,抗生素组在基础饲粮的基础上添加75 g/t金霉素+50 g/t吉他霉素+10 g/t维吉尼亚霉素,酿酒酵母培养物组在基础饲粮的基础上添加5 kg/t的酿酒酵母培养物。试验期38 d。结果显示:1)酿酒酵母培养物组断奶仔猪平均日增重显著高于对照组(P0.05),料重比显著低于对照组(P0.05),且与抗生素组相比没有显著性差异(P0.05)。2)酿酒酵母培养物组的粗蛋白质、粗脂肪和磷的表观消化率均显著高于对照组(P0.05),且与抗生素组相比没有显著性差异(P0.05)。3)与对照组相比,饲粮添加酿酒酵母培养物和抗生素对断奶仔猪盲肠微生物多样性均没有显著性影响(P0.05),但是均可以影响断奶仔猪盲肠微生物的菌群丰度。其中,对照组瘤胃球菌科UCG-005(Ruminococcaceae UCG-005)的相对丰度显著高于抗生素组和酿酒酵母培养物组(P0.05)。而与对照组相比,饲粮添加酿酒酵母培养物显著降低了螺旋体门(Spirochaeates)的相对丰度(P0.05),而饲粮添加酿酒酵母培养物和抗生素均显著降低了克里斯滕森菌科R-7群(Christensenellaceae R-7 group)、大肠埃希菌-志贺菌属(Escherichia-Shigella)和密螺旋体属2(Treponema 2)的相对丰度(P0.05),饲粮添加酿酒酵母培养物组有提高普雷沃氏菌属2(Prevotella 2)(P=0.064)、普雷沃氏菌属7(Prevotella 7)(P=0.058)以及普雷沃氏菌属9(Prevotella 9)(P=0.072)相对丰度的趋势。与抗生素组相比,饲粮添加酿酒酵母培养物有提高普雷沃氏菌属7相对丰度的趋势(P=0.072)。与抗生素组和对照组相比,酿酒酵母培养物组四大主菌门的总相对丰度显著提高(P0.05)。综上所述,饲粮添加酿酒酵母培养物能够提高断奶仔猪的生长性能,降低腹泻率,提高养分消化率,改善盲肠微生物的菌群丰度,降低肠道致病菌的丰度,达到与添加抗生素相似的饲喂效果。     

基于16S rDNA测序分析柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响

为探究柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响,采集对照组和球虫感染组雏鸡盲肠内容物,提取DNA,16S rDNA测序分析鸡盲肠菌群丰度、多样性的变化,采用粪菌移植验证正常鸡肠道菌群对柔嫩艾美耳球虫感染的保护作用。16S rDNA测序结果显示,柔嫩艾美耳球虫感染后盲肠内菌群丰度、多样性显著降低。在门水平上,感染前,两组雏鸡盲肠的优势菌门均为厚壁菌、变形菌、放线菌;感染后厚壁菌门丰度下降,变形菌门、放线菌门的丰度上升,差异显著(P<0.05),感染组出现了拟杆菌门。在属水平上,与对照组相比,感染组鸡盲肠微生物菌群中乳杆菌属、埃希菌-志贺菌属、拟杆菌属、罗姆布茨菌属、棒状杆菌属、肠球菌属、变形杆菌属丰度增加但差异不显著(P>0.05),毛螺菌科未定属、瘤胃球菌属、梭菌UCG-014、瘤胃球菌科未定属丰度显著下降(P<0.05),GCA-900066575丰度降低但差异不显著(P>0.05)。粪菌移植结果显示,与生理盐水移植组相比,盲肠内容物移植组和粪便菌移植组能显著减轻柔嫩艾美耳球虫感染后鸡增重降低的影响,减轻盲肠损伤,卵囊产量显著下降(P<0.05)。盲肠内容物...     

宁都黄鸡粪便基因组DNA提取方法比较及盲肠微生物组成分析

要获得高质量的测序结果,一个重要的前提是提供高质量的DNA样品。该研究旨在比较4种样本预处理方法和目前国内通用的3种试剂盒对于盲肠内容物基因组DNA提取的质量,并通过扩增子测序结果分析宁都黄鸡盲肠菌群组成及其多样性,为进一步探索肠道微生物在宁都黄鸡生长中的作用,乃至未来禽微生态制剂的研发奠定基础。结果表明:QIAGEN、BioTeke或BIOMIGA公司试剂盒提取的基因组DNA用于扩增子测序,所得肠道微生物菌群Beta多样性分析结果无显著差异(P0.05),而Shannon指数和Simpson指数组间差异显著(P0.05),提示采用不同试剂盒可能对高通量测序分析结果产生影响。宁都黄鸡肠道微生物组成丰富,共检测到21个门、50个纲、80个目、134个科、268个属,相对丰度较高的菌群是拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、广古菌门(Euryarchaeota)和变形菌门(Proteobacteria),相对丰度较高的前3个属分别是甲烷杆菌属(Methanobrevibacter)、理研菌科RC9肠菌群(Rikenellaceae RC9 gut group)和拟杆菌属(Bacteroides)。宁都黄鸡盲肠菌群组成特征再次证明了宿主系统发生地位对肠道菌群结构起到的重要影响作用。     

16S rRNA测序揭示猪日增重与肠道微生物的关系

为了探讨杜洛克公猪肠道微生物菌群与日增重的关系,根据91头杜洛克公猪平均日增重的高低,选择极端高低组各10头分为低组(LADG)和高组(HADG),收集粪便,利用16S rRNA测序分析LADG和HADG 2组猪的粪便微生物多样性和组成,并对其功能进行预测。结果:2组的alpha多样性差异不显著(P0.05);杜洛克猪的2个优势菌门是厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes),优势菌属是普氏菌属(Prevotella)和乳酸菌属(Lactobacillus);LADG组中螺旋体门(Spirochaetes)、软壁菌门(Tenericutes)、WPS-2和疣微菌门(Verrucomicrobi)4个菌群的丰度要显著高于HADG组(P0.05),HADG组中的巨球型菌(Megasphaere)、粪杆菌属(Faecalibacterium)和韦荣氏菌(unclassified_f_Veilionellacece)3个菌群的丰度显著高于LADG组;HADG组中的微生物在疾病代谢通路,如嘌呤代谢和核黄素代谢高度富集,LADG组微生物在分泌系统等通路高度富集。试验结果提示:HADG组可能有较高的代谢水平,LADG组的分泌系统可能更发达。本研究丰富了杜洛克猪的早期选种的理论依据,并为理解早期宿主与微生物的相互作用提供了帮助。     

代乳粉对沂蒙黑山羊羔羊早期生长性能及其瘤胃微生物区系的影响

本试验旨在研究哺喂代乳粉对沂蒙黑山羊羔羊早期生长性能及其瘤胃微生物区系的影响。采用单因子试验设计,选用沂蒙黑山双胎羔羊36只,分为2组,每组18只羔羊。对照组(B组)羔羊哺喂母乳,试验组(R组)于10日龄开始哺喂代乳粉,试验期为75 d,在10、15、25、45和75日龄时随机称取3头羔羊空腹活体重,且屠宰后收集瘤胃内容物样品,采用IIIumina测序技术分析瘤胃细菌组成。结果表明:R组羔羊体重在15日龄时低于B组,且差异极显著(P<0.01),到75日龄时显著高于B组(P<0.05)。另外,R组15日龄时Alpha和Beta多样性与B组相比有显著差异(P<0.05)。在门水平上,R组厚壁菌门(Firmicutes)相对丰度在25、45、75日龄时低于B组,其中25日龄时差异显著(P<0.05),与此相反,拟杆菌门(Bacteroides)相对丰度在25、45、75日龄时均显著高于B组(P<0.05),变形菌门(Proteobacteria)相对丰度在25、45、75日龄时显著低于B组(P<0.05)。在属水平上,R组普雷沃菌属(Prevotella)为优势菌属,15日龄时相对丰度高于B组(P>0.05),且在75日龄时显著高于B组(P<0.05);拟杆菌属(Bacteroides)、拟普雷沃菌属(Alloprevotella)相对丰度在25日龄时高于B组(P>0.05),而大肠埃希菌-志贺菌属(Escherichla-shigella)相对丰度在15~25日龄呈下降趋势,到25日龄时低于B组(P>0.05)。综上,早期哺喂代乳粉影响羔羊体增重,而45日龄后获得与哺喂母乳羔羊一样的增重效果;25日龄后哺喂代乳粉羔羊瘤胃微生物区系的变化明显,其中拟杆菌门成为优势菌群,并且普雷沃菌属等有益菌相对丰度逐步增加,从而改善羔羊瘤胃微生物区系结构,有助于促进羔羊的生长。     

采用Illumina MiSeq测序技术分析断奶幼兔盲肠微生物群落的多样性

本试验旨在采用Illumina MiSeq测序技术分析断奶幼兔盲肠微生物群落的多样性。选取30窝同日出生、胎次相同和平均窝重相近的健康新生仔兔,于14日龄开始补饲,断奶当日(30日龄)从30窝仔兔中选取48只体重相近的健康幼兔作为试验兔,饲喂不添加抗生素的基础饲粮。分别于断奶当日及断奶后1、2和3周随机选取6只健康幼兔屠宰,无菌采集盲肠内容物,从中选取3个样本提取微生物基因组总DNA,采用Illumina MiSeq测序技术检测其中的微生物群落多样性。结果显示:1)健康幼兔盲肠微生物群落α多样性指数指标(ACE值、Chao1值、Shannnon值)随日龄的增长有升高的趋势(P0.10)。2)不同日龄健康幼兔盲肠微生物各菌门的相对丰度差异不显著(P0.05),且均主要由厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门和疣微菌门组成;在科水平上,厚壁菌门主要由瘤胃球菌科和毛螺旋菌科组成,拟杆菌门主要由拟杆菌科和紫单胞菌科组成;在属水平上,拟杆菌属、Barnesiella、Akkermansia、普雷沃氏菌属和4种未知菌属为优势菌属;拟杆菌属和Parabacteroides在断奶当天的相对丰度较高,且与其他日龄组差异显著(P0.05)。3)健康幼兔盲肠中均存在乳杆菌属,且相对丰度在各日龄组间差异不显著(P0.05)。由此得出,断奶时健康幼兔盲肠微生物区系已基本建立,相对丰度最大的优势菌属为拟杆菌属,但断奶后随着日龄的增长,微生物组成趋于复杂。     

中草药添加剂对后备母猪生长性能、发情率、血清指标和肠道微生物的影响

本试验旨在研究中草药添加剂对后备母猪生长性能、发情率、血清指标和肠道微生物的影响。试验选取体况相近的185日龄后备母猪60头,随机分为对照组和中草药组(基础饲粮+0.1%中草药添加剂),均为单栏饲养,每组30个重复,进行为期40 d的试验。试验期间记录每头猪的体重、背膘厚及发情状况。预饲5 d,饲喂基础饲粮,于分组饲喂第28～30天采集粪样,测定表观消化率和微生物菌群结构;于分组饲喂第31天采集血清,测定血清生化指标和游离氨基酸含量。结果表明:1)与对照组相比,中草药添加剂显著提高了后备母猪的发情率,粗脂肪、粗灰分、粗蛋白质和总能的表观消化率,以及血清中葡萄糖、赖氨酸、蛋氨酸和甘氨酸的含量(P0.05)。2)与对照组相比,中草药添加剂显著提高了粪球菌属2(Coprococcus 2)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、拟杆菌属(Bacteroides)和普雷沃氏菌科UCG-004(Prevotellaceae UCG-004)等有益菌的相对丰度(P0.05),显著降低了普雷沃菌属2(Prevotella 2)和反刍真杆菌群([Eubacterium] ruminantium group)等有害菌的相对丰度(P0.05)。综上,中草药添加剂通过调节肠道菌群结构和代谢生成有利于后备母猪健康的活性物质,提高后备母猪的发情率,促进其对营养物质的消化吸收,对机体产生有利影响。     

基于MiSeq高通量测序方法研究酵母壁多糖对断奶仔猪盲肠菌群结构的影响

本试验旨在探讨饲粮中添加酵母壁多糖对断奶仔猪盲肠菌群结构的影响。采用单因素试验设计,选取180头遗传背景相同、胎次相近、体重接近的21日龄断奶仔猪,随机分为4个处理,每个处理5个重复,每个重复9头猪。4个处理分别饲喂0%酵母壁多糖饲粮(对照组)、0.15%酵母壁多糖饲粮(0.15%组)、0.30%酵母壁多糖饲粮(0.30%组)和0.45%酵母壁多糖饲粮(0.45%组)。试验期为21 d。取盲肠内容物提取细菌DNA,PCR扩增获得16S r RNA基因V4标签片段,进行Mi Seq高通量测序。结果表明:当酵母壁多糖添加量达一定程度时,仔猪盲肠菌群多样性会发生改变;在不考虑群落中每个物种丰度的前提下,0.30%酵母壁多糖组仔猪盲肠菌群最丰富;仔猪盲肠优势菌群为拟杆菌门、厚壁菌门、螺旋体门和变形菌门;与对照组相比,添加0.30%酵母壁多糖能降低仔猪肠道拟杆菌门含量(P0.05),添加0.30%或0.45%酵母壁多糖能显著增加盲肠厚壁菌门含量(P0.05),添加0.45%酵母壁多糖还能提高仔猪盲肠软壁菌门含量(P0.05);酵母壁多糖具有降低盲肠变形菌门含量的趋势(P=0.066);普氏菌属为仔猪盲肠优势菌属,酵母壁多糖能显著提高仔猪盲肠厌氧弧菌属、瘤胃杆菌属、粪球菌属和考拉杆菌属的含量(P0.05),显著降低链球菌属的含量(P0.05)。由此可知,当酵母壁多糖添加量达到一定水平时,短期添加可提高断奶仔猪盲肠厚壁菌门以及瘤胃杆菌属和粪球菌属等优势菌群的含量。     

IGF-1和IGFBP-3在5个地方猪种血液中含量及其与猪肉质性状相关性分析

为研究胰岛素样生长因子-1(IGF-1)和胰岛素样生长因子结合蛋白-3(IGFBP-3)在血液中的含量及其与胴体和肉质表型指标的相关性,采用ELISA技术检测了丫杈猪、乌金猪、成华猪、雅南猪和藏猪血液中IGF-1和IGFBP-3的含量,同时测定了肌纤维直径和眼肌面积。结果显示:藏猪肌纤维直径最小,且显著低于丫杈猪、乌金猪、成华猪和雅南猪(P<0.05);丫杈猪和乌金猪的眼肌面积极显著高于藏猪(P<0.01),显著高于成华猪(P<0.05);血液中丫杈猪的IGF-1含量极显著地低于乌金猪、雅南猪和藏猪(P<0.01),乌金猪、成华猪和雅南猪的IGF-1含量极显著地低于藏猪(P<0.01);丫杈猪的IGFBP-3含量极显著地高于雅南猪和藏猪(P<0.01),乌金猪的IGFBP-3在血液中的含量显著地高于雅南猪和藏猪(P<0.05);相关性分析显示,肌纤维直径与IGF-1呈显著负相关(r=-0.51,P<0.05),眼肌面积与IGFBP-3呈显著正相关(r=0.57,P<0.05)。结果表明:可以通过调控IGF-1和IGFBP-3含量来调控猪的胴体品质和肉质。     

巴克夏猪与6个地方猪种杂交效果研究

为了研究巴克夏猪与地方猪种的杂交效果,试验将巴克夏猪分别与6个地方猪种(成华猪、雅南猪、青峪猪、内江猪、丫杈猪和乌金猪)杂交,测定了360头杂交猪的肥育性能和180头杂交猪的胴体性能、肉质常规理化性能、滋味物质和挥发性风味物质。结果表明:巴克夏猪×丫杈猪的料重比和瘦肉率均极显著优于巴克夏猪×成华猪和巴克夏猪×青峪猪(P0.01),眼肌面积显著高于巴克夏猪×成华猪(P0.05)、极显著高于巴克夏猪×青峪猪(P0.01);巴克夏猪×雅南猪的肉色评分极显著低于巴克夏猪×丫杈猪、巴克夏猪×乌金猪和巴克夏猪×成华猪(P0.01),硬脂酸含量显著高于巴克夏猪×丫杈猪和巴克夏猪×乌金猪(P0.05)。说明巴克夏猪×成华猪和巴克夏猪×青峪猪杂交后代的胴体性能较差,巴克夏猪×雅南猪杂交的肉质风味较差,巴克夏猪×丫杈猪杂交综合性能最好。     

重庆地区3个地方品种哺乳仔猪和断奶仔猪结肠菌群比较研究北大核心CSCD

本研究旨在通过监测重庆地区特色动物品种合川黑猪、盆周山地猪和荣昌猪断奶前后的结肠菌群结构,比较分析不同猪种断奶前后的结肠菌群组成特点,探讨断奶前后2个阶段以及不同品种对仔猪肠道菌群的影响。试验样品采集于2018年4月,每个猪种随机选取5头哺乳仔猪(21~25日龄,35日龄断奶)和5头断奶仔猪(30~40日龄),无菌采集每头猪的结肠内容物,提取总DNA,利用细菌通用引物对16S rRNA的V3~V4区进行扩增,通过Illumina Hiseq测序平台对扩增产物进行高通量测序,对优化后的测序序列进行统计分析。结果表明:3个地方猪种哺乳仔猪和断奶仔猪的结肠内容物菌群主要由厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)组成。beta多样性分析发现,哺乳仔猪和断奶仔猪的结肠菌群明显分成了2簇,而3个猪种间的结肠菌群未出现明显组内聚类。在门水平上,梭杆菌门(Fusobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)和疣微菌门(Verrucomicrobia)在哺乳仔猪结肠内容物中的相对丰度均显著高于断奶仔猪(P<0.05),而不同品种间各菌门相对丰度没有显著差异(P>0.05)。在属水平上,拟杆菌属(Bacteroides)、梭杆菌属(Fusobacterium)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、红螺菌属(Rhodospirillum)和Bradymonadales 5个主要细菌属在哺乳仔猪结肠内容物中的相对丰度显著高于断奶仔猪(P<0.05),而普氏菌属(Prevotella)、Intestinibacter和溶杆菌属(Solobacterium)等8个主要细菌属在断奶仔猪结肠内容物中的相对丰度显著高于哺乳仔猪(P<0.05);不同品种间仔猪结肠内容物中的真细菌属(Eubacterium)、红螺菌属(Rhodospirillum)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)和琥珀酸弧菌属(Succinivibrio)的相对丰度存在显著差异(P<0.05)。以上结果表明,断奶前后2个生长阶段对仔猪结肠菌群的影响较不同品种更为明显。     

日粮纤维水平对鹅盲肠细菌多样性的影响

旨在探讨不同纤维水平日粮对卡洛斯鹅盲肠细菌多样性的影响。选用35日龄健康卡洛斯公鹅90只,随机分成5%纤维水平组(L组)和8%纤维水平组(H组),每组3个重复,每个重复15只鹅,试验期为42d。试验结束后,采用高通量测序方法对鹅盲肠黏膜细菌进行分析。结果表明,H组检测出的细菌属于17门类的199个属,L组检测出的细菌属于19门类的226个属;H组和L组细菌多样性无显著差异(P0.05);H组Verrucomicrobia、Deferribacteres菌门和Desulfovibrio、Prevotella、Helicobacter、Mucispirillum、Akkermansia菌属相对丰度显著高于L组(P0.05),L组Synergistetes、Euryarchaeota菌门和Bacteroides、Methanobrevibacter菌属相对丰度显著高于H组(P0.05)。结果提示,5%和8%日粮纤维水平对鹅盲肠细菌多样性无显著影响,但可显著影响Desulfovibrio、Prevotella、Helicobacter、Mucispirillum、Akkermansia、Bacteroides、Methanobrevibacter菌属的相对丰度。     

宏基因组学揭示二氟沙星对牦牛瘤胃微生态及CAZy谱影响

反刍动物瘤胃微生物结构和功能关系到生态系统正常的物质循环、能量流动。为了探讨抗生素对瘤胃微生态的影响,揭示抗生素对反刍动物瘤胃微生物影响的规律,以牦牛为研究对象,进行二氟沙星(DIF)处理,采集瘤胃液,提取DNA,采用宏基因组学方法分析DIF对瘤胃微生物组成及碳水化合物酶类(CAZy)的影响。结果显示,拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形菌门(Proteobacteria)等相对丰度下降,而厚壁菌门(Firmicutes)、广古菌门(Euryarchaeota)等增加。普雷沃菌属(Prevotella)、拟杆菌属(Bacteroides)等相对丰度下降,而金黄杆菌属(Chryseobacterium)、链球菌属(Streptococcus)等增加;CAZy酶类中,CBM17、CBM25等丰度上调(P0.01或P0.05);GH53、CE8、CE13、CBM21、CBM26及对接蛋白(dockerin)等下调(P0.01或P0.05)。结论:DIF影响瘤胃微生物结构,并不同程度改变各优势门、属的相对丰度,抑制部分有益菌的作用;改变CAZy酶中部分家族基因丰度,影响瘤胃微生物对淀粉及果胶的降解作用,降低瘤胃微生物降解植物纤维素的效率。     

不同背膘厚猪肠道微生物多样性差异的比较

在军牧1号白猪中挑选背膘厚差异极显著(P0.01)的高背膘(HBF)组和低背膘(LBF)组公猪各5头,对粪便微生物进行16S rRNA高通量测序。结果显示,2组间微生物群落结构存在33.00%的差异;HBF组厚壁菌门和梭菌纲的相对丰度高于LBF组,拟杆菌门和拟杆菌纲的相对丰度低于LBF组,但差异均不显著(P0.05);HBF组纤维杆菌门、消化球菌属、萨特菌属、考拉杆菌属、多尔菌属和纤维杆菌属序列量显著高于LBF组(P0.05);HBF组优势属为布雷德菌属、梭菌属和考拉杆菌属。结果表明,高背膘猪的粪便厚壁菌门比例增加,而拟杆菌门比例下降,布雷德菌属、梭菌属和考拉杆菌属为高背膘猪的关键群属。     

工厂兔、散养兔和野兔盲肠菌群多样性及菌群结构分析

论文旨在分析工厂兔、散养兔和野兔的盲肠菌群多样性及菌群结构。收集工厂兔、散养兔和野兔各6只并采集盲肠内容物,提取盲肠内容物基因组DNA并对16SrDNA的V4-V5区进行HiSeq测序。结果表明:(1)工厂兔盲肠细菌种类数、盲肠菌群丰富度、盲肠菌群多样性指数均显著(P0.05)高于散养兔和野兔。(2)工厂兔、散养兔和野兔盲肠菌群结构相互之间差异显著(P0.05)。(3)工厂兔、散养兔和野兔盲肠菌群的主要菌门为厚壁菌门(工厂兔为71.54%,散养兔为65.37%,野兔为63.25%)、拟杆菌门(工厂兔为23.78%,散养兔为30.8%,野兔为21.21%),野兔的特殊优势菌门为螺旋体门(12.36%)。工厂兔、散养兔和野兔盲肠菌群的主要菌科均含瘤胃菌科(工厂兔为39.26%,散养兔为33.33%,野兔为29.16%)、毛螺菌科(工厂兔为23.04%,散养兔为28.47%,野兔为21.54%),散养兔的特殊优势菌科为理研菌科(19.75%),野兔的特殊优势菌科为螺旋体科(12.36%)。在属水平上,工厂兔、散养兔和野兔盲肠菌群丰度最高的分别为拟杆菌属(9.45%)、理研菌科-RC9-gut-group(17.68%)、Sphaerochaeta(12.36%)。综上,工厂兔、散养兔和野兔盲肠菌群结构差异显著(P0.05),但主要菌门均为厚壁菌门和拟杆菌门;工厂兔盲肠菌群多样性高于散养兔和野兔。     

饲粮中添加复合植物精油对58周龄海兰褐壳蛋鸡生产性能、蛋品质和肠道菌群结构的影响

本试验旨在探讨饲粮中添加复合植物精油(八角茴香精油和百里香精油)对58周龄海兰褐壳蛋鸡生产性能、蛋品质和肠道菌群结构的影响。选用产蛋率和体重相近的58周龄海兰褐壳蛋鸡360只,随机分为对照组和试验组2个组,每组6个重复,每个重复30只鸡。对照组饲喂基础饲粮,试验组饲喂基础饲粮+150 mg/kg复合植物精油。试验期49 d。结果表明:1)与对照组相比,试验组蛋鸡的产蛋率显著升高(P0.05),料蛋比和破蛋率显著降低(P0.05),平均日采食量和死淘率无显著差异(P0.05)。2)与对照组相比,试验组蛋鸡的蛋黄色泽、蛋白重量显著升高(P0.05),其他蛋品质指标差异无显著差异(P0.05)。3)与对照组相比,试验组的Shannon指数显著降低(P0.05),Chao1指数、ACE指数和Simpson指数无显著差异(P0.05)。4)在门水平上,2组盲肠菌群主要为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)。与对照组相比,试验组拟杆菌门的相对丰度显著升高(P0.05),厚壁菌门和梭杆菌门的相对丰度显著降低(P0.05)。5)在属水平上,与对照组相比,试验组的拟杆菌属(Bacteroides)和unidentified_Ruminococcaceae的相对丰度显著升高(P0.05),梭形杆菌属(Fusobacterium)、瘤胃球菌科_UCG-005属(Ruminococcaceae_UCG-005)、厌氧球菌属(Anaerotruncus)的相对丰度显著降低(P0.05),瘤胃球菌科_UCG-014属(Ruminococcaceae_UCG-014)和克里斯滕森菌科_R-7族群(Christensenellaceae_R-7_group)的相对丰度有降低趋势(P=0. 060)。由此可见,在本试验条件下,饲粮中添加150 mg/kg复合植物精油能够改善58周龄海兰褐蛋鸡的生产性能,加深蛋黄颜色,提高盲肠拟杆菌门的相对丰度,降低盲肠厚壁菌门和梭杆菌门的相对丰度,改善盲肠肠道菌群结构。