我国水稻主栽品种SSR多样性的比较分析

采用40个SSR标记,比较分析了151份20世纪50年代(78份）和近10年（73份）我国常规稻主栽品种的遗传差异,发现有39个标记具有多态性,多态性位点共检测到213个等位基因,每个位点2～11个,平均5.5个;平均Nei基因多样性指数(He)为0.649,范围在0.309（RM174）～0.869（RM418）。籼粳亚种间SSR多样性差异明显,籼稻平均等位基因数（Na）和Nei基因多样性指数（Na = 4.4,He = 0.458）均高于粳稻品种（Na = 4.0,He = 0.395）。比较了78份20世纪50年代与73份近10年水稻主栽品种的遗传多样性,籼、粳亚种表现出相近的变化趋势,即Nei多样性指数和等位基因数20世纪50年代主栽品种高于近10年的。虽然Nei基因多样性指数的变化并不显著（籼稻：z= 1.471,P=0.141;粳稻：z= 1.932,P=0.053）,但等位基因数目的变化达到显著水平（籼稻：z= 2.677,P=0.007;粳稻：z= 3.441,P=0.001）。分子方差分析(AMOVA)表明,遗传变异绝大部分存在于两时期内,尽管时期间平均贡献的遗传变异仅占1.9％,但仍然达到5％的显著水平;籼、粳亚种两时期间平均贡献的遗传变异高于整个分析样本,分别为5.0％和8.2％;籼、粳亚种不同位点的遗传分化程度也各不相同,籼稻和粳稻品种分别有13个（占33.3％）和11个（占28.2％）SSR位点的等位基因在两时期间差异显著,而其余位点的遗传变异则是因时期内品种间的差异引起的。研究表明近10年我国常规稻主栽品种丢失了一部分等位基因,水稻育种仍应加强更广泛的种质亲本的选择。     

我国常规稻主栽品种的遗传变异分析

 采用40个SSR标记,分析了329份我国近50年来常规稻主栽品种的遗传变异。结果显示,39个SSR标记具有多态性,在多态性位点共检测到223个等位基因,每个位点2～11个,平均57个;平均Nei基因多样性指数（He）为0632。籼粳亚种间的SSR变异差异明显,籼稻平均等位基因数（Na）和Nei基因多样性指数（Na = 54,He = 0440）均高于粳稻品种（Na = 44,He = 0397）。Nei遗传相似系数表明总体样本具有较小的遗传相似度（I = 0366）,而骨干亲本具有较高的遗传相似度（籼:I = 0590;粳:I = 0590）。这导致了籼粳亚种内较高的遗传一致性（籼:I = 0558;粳:I = 0600）。早、中、晚稻各类型遗传相似度差异明显,晚籼和早粳类型具有较高的遗传变异。籼粳稻品种尤其是粳稻的聚类结果显示出较强的季节型和地域特征。这些均提示育种家应选择更广泛的亲本源以拓宽选育品种的遗传基础。     

东南亚与南亚稻属AA基因组种间的遗传多样性差异

选用36对水稻微卫星（SSR）引物,对稻属428份东南亚及南亚AA组种进行遗传多样性分析。试验结果显示选取的SSR标记均具有多态性,多态性位点百分率（P）达100%。36个多态位点共扩增出311个等位基因,每个位点3～17个,平均8.6。Nei基因多样性指数（He）平均为0.650,变幅为0.337（RM455）～0.865（RM169）。东南亚稻属AA组的SSR多样性大于南亚,两地区又以普通野生稻的多样性指数（He）最大。种（类型）间遗传分化东南亚小于南亚,其中以尼瓦拉野生稻与亚洲栽培稻的遗传分化程度最大。特异等位基因的数量、涉及的位点数及频率均表明东南亚及南亚稻属AA组间具有较大的遗传差异,而某些特异位点（如RM161）等位基因所显示的较高频率,则表明该位点较高的鉴别效率。     

甘肃陇南地区小麦条锈菌群体遗传多样性分析

为了解甘肃陇南地区小麦条锈菌群体的遗传多样性,采用TP-M13-SSR荧光标记技术,对该地区8个种群202个小麦条锈菌分离株基因组DNA进行SSR标记分析。结果表明,甘肃陇南地区小麦条锈菌群体遗传多样性比较丰富。在物种水平上,观察等位基因数(Na)为1.88,有效等位基因数(Ne)为1.50,Nei’s基因多样性指数(H)为0.30,Shannon信息指数(I)为0.46,多态位点百分率(P)为87.5%;种群之间遗传多样性有显著差异。中梁种群、秦安种群的遗传多样性相对较高,武都种群、文县种群、齐寿种群和平南种群次之,礼县种群、西和种群遗传多样性相对较低。AMOVA分析结果表明,小麦条锈菌群体间和群体内都存在着一定的遗传分化,群体间的遗传变异占总变异的4.05%,群体内遗传变异占95.05%。     

SSR荧光标记毛细管电泳分析24个广西常规香稻品种的遗传多样性

分析香稻品种的遗传多样性和理清香稻品种之间的亲缘关系,可为选育优质香稻品种提供参考。为分析广西审定的24个常规香稻品种的遗传多样性,明确其遗传差异,本研究利用SSR荧光标记毛细管电泳技术对24个广西常规香稻品种进行遗传多样性分析。结果表明,48对SSR引物共检测出170个等位基因位点;遗传多样性参数中观测等位基因数（Na）变化幅度为1～9,平均为3.54;有效等位基因数（Ne）的变化幅度为1～4.5534,平均为2.0736,其中有效等位基因数最高是RM21,其次是RM481、RM493和RM258,说明这4对引物有较高的检测效率;Shannon’s指数（I）的变化幅度为0～1.7942,平均为0.7726;多态信息含量（PIC）值的变化幅度为0～0.7541,平均为0.3732,属于中度多态位点,说明24个广西常规香稻品种具有一定的遗传变异。24个品种遗传相似系数范围为0.3299～0.9600,其中‘三香628’与‘农香32’遗传相似系数最小,说明这2个品种遗传基础差异最大,亲缘关系最远,‘万香696’与‘广粮香2号’遗传相似性系数最大,说明这2个品种遗传基础差异较小,亲缘关系接近...     

用SSR标记划分云南糯玉米地方品种资源遗传类群的研究

利用SSR标记对37个云南糯玉米地方品种遗传多样性和遗传关系进行研究,和5个国内主要自交系进行优势群的划分。结果表明:从国内外所用的63对核心引物中筛选出PIC值高、稳定的20对玉米核心SSR引物扩增出225个等位基因,平均多态信息量PIC值为0.87、标记索引系数MI值9.91、Shannon多样性指数I为0.54;37个云南糯玉米地方品种可划分为5大类群13个小类群;少数的云南糯玉米种质资源与常见的5大杂种优势群的遗传距离较近,而大多数资源则较远,可形成多个单独的类群,云南糯玉米地方种质资源具有广泛的遗传基础;来自不同地区或来自同一地区不同云南糯玉米资源与5大优势群之间的遗传相似度均有很大差异。     

山西省大豆地方品种与选育品种农艺性状及SSR标记遗传多样性比较分析

以山西省地方品种和选育品种为材料，对其质量性状、数量性状及SSB标记进行了遗传多样性分析。旨在探明地方品种与选育品种之间遗传多样性的差异，为山西省大豆品种资源的研究与利用提供理论依据。结果表明，184份选育品种和180份地方品种在8个质量性状、5个数量性状上都存在较广泛的遗传多样性。选育品种与地方品种相比，遗传多样性较低。在质量性状方面，选育品种的籽粒颜色、生长习性变异性呈下降趋势，而脐色和茸毛色都表现出增加的趋势；在数量性状方面，除粗蛋白低于选育品种外，地方品种的变异程度高于选育品种。对两类品种各13份材料进行SSR分析，结果表明，45个SSR位点基本可以将地方品种和选育品种分开，表明地方品种和选育品种在分子水平上也发生了一定的分化，但地方品种的遗传多样性要高于选育品种。表型和分子检测结果都表明，山西大豆品种的选育在一定程度上降低了遗传多样性。     

利用SSR分子标记分析云南陆稻品种遗传多样性

 利用24对SSR引物对云南131个陆稻品种进行遗传多样性分析。共检测到195个等位基因。每个位点的等位基因数平均为8.125个,范围在5(RM55)～13(RM218、RM241)之间;平均表观杂合度为0.0014,平均期望杂合度为0.6545;平均Shannon Weaver指数(I)为1.381;Nei基因多样性指数(H)平均为0.6543,变幅为0.2073(RM235)～0.8689(RM218)。不同地区间陆稻种质资源遗传多样性比较分析表明,滇西南和滇南地区存在丰富的遗传变异,是云南陆稻品种遗传多样性的分布中心。藏缅语族和孟 高棉语族所种植的陆稻品种遗传多样性最丰富。AMOVA分析表明陆稻的遗传变异主要存在于地区内品种间(82%),只有3%遗传变异存在于地区间,品种内的遗传变异占15%。聚类分析显示Nei遗传相似系数为0.22时,云南陆稻品种分为籼粳两个类群,主坐标分析与UPGMA聚类结果基本吻合,并将类群Ⅳ的4个偏籼品种从粳稻类群中重新划归到籼稻类群中,校正了UPGMA聚类的误差,但是不能区分地理组。     

应用近等基因系初步定位粳稻孕穗期的耐冷基因

 在昆明低温冷害条件下对十和田×(十和田5/昆明小白谷BC4F5)的BC5F2群体进行了耐冷性状的遗传研究。结果显示，穗期耐冷性受贡献率较大的基因控制。用平均分布于12条染色体的164个SSR标记对十和田、昆明小白谷、近等基因系池（NILP）进行筛选，在第5染色体长臂末端有2个SSR标记的扩增产物在十和田与昆明小白谷、NILP间有多态性。用这2个多态性标记对群体进行分子标记定位，单向方差分析表明RM31与耐冷基因连锁。再在RM31附近合成12个SSR标记在轮回亲本（RP）、近等基因系（NIL）间进行多态性筛选，只有RM7452有多态性, 单向方差分析表明该标记与耐冷基因连锁。耐冷基因与RM7452、RM31的遗传距离分别为4.8 cM和8.0 cM，主穗结实率能解释表型变异的10.50%；实粒数能解释表型变异的5.10%。暂将这个耐冷基因定名为Ctb(t)。     

利用微卫星标记比较云南元阳哈尼梯田两个不同时期种植的水稻地方品种的遗传多样性

 为了揭示云南元阳哈尼梯田两个不同时期种植的水稻地方品种的遗传多样性,以元阳哈尼梯田过去种植（20世纪70年代收集于元阳县,现保存于种质库）的72个和当前种植的76个品种为材料,采用48个SSR分子标记进行多态性、遗传相似性和聚类分析。平均每个标记检测到的等位基因数、有效等位基因数、位点多态信息含量和基因型多样性指标在过去与当前的品种间,差异均未达显著水平。共有24个SSR标记的52个等位基因位点在过去与当前种植的品种中存在差异,其中,有18个SSR标记的32个等位基因位点在当前的品种中未检测到,同样,有16个SSR标记的20个等位基因位点在过去的品种中未检测到。基于48个SSR分子标记的平均遗传相似性系数,当前种植的品种为03340,过去为03313,过去与当前的品种分别在遗传相似性系数0203和0174处分为籼、粳两个亚种群。表明元阳哈尼梯田水稻地方品种经过30多年的自然与人工选择,虽有部分等位基因位点发生了变异,但仍保留了原有的遗传多样性;元阳哈尼梯田水稻地方品种存在明显的籼、粳分化。元阳哈尼梯田及其水稻地方品种是研究稻作籼粳演化的理想基地和材料。     

Genetic Diversity of Rice Landraces from Lowland and Upland Accessions of China

Genetic diversity of rice landraces from lowland and upland accessions of China was investigated using 66 polymorphic simple sequence repeat (SSR) markers.The total number of alleles detected from all 324 tested accessions was 555 with an average allele number (Na) of 8.409 per locus,the average effective number of alleles (Ne) of 3.574 and the average Shannon’s information index (I) of 1.378.The genetic diversity was higher for the indica landraces compared to the japonica landraces,and the upland landraces were more genetically diverse than the lowland landraces.The SSR markers,RM72,RM232,RM219,RM241,RM224 and RM3 showed the highest rates of polymorphism and these SSR markers were suitable to assess the genetic diversity of rice germplasm resources.A dendrogram of 324 accessions of lowland and upland landraces showed that all rice accessions were mainly subdivided into two groups,japonica and indica,with some being intermediate.The distribution of lowland and upland landraces among the japonica and indica rice groups was distinct,with obvious differentiation between the lowland and upland landraces in japonica rice,but no such clear distinction in indica rice.     

SSR Analysis on Diversity of AA Genome Oryza Species in the Southeast and South Asia

To investigate genetic diversities among the AA genome Oryza species in the Southeast and South Asia, a total of 428 accessions of the AA genome Oryza species were genotyped using 36 simple sequence repeats (SSR) markers distributed throughout the rice genome. All of the 36 SSR markers generated polymorphic bands, revealing 100% polymorphism. The number of alleles per locus ranged from 3 to 17 with the mean of 8.6. The Nei’s genetic diversity index (He) ranged from 0.337 at RM455 to 0.865 at RM169 with an a...     

布朗族当前种植稻作地方品种的SSR位点多样性分析

 调查收集了80份布朗族当前仍在种植的稻作地方品种,利用分布于水稻12条染色体上的72对SSR引物,进行了遗传多样性分析。共检测出271个等位基因,平均每对引物3.764个;197个有效等位基因,平均每对引物2.739个;多态性信息含量变幅为0.163~0.827,平均为0.582;稀有等位基因数20个。云南省内3个不同地区布朗族种植的地方品种遗传多样性有差异,表现为勐海县>双江县>墨江县。地方品种的遗传相似系数变幅为0.111~0.875,平均为0.411;在相似系数0.266处可以将供试品种分为籼粳两大类,但不能再将布朗族同一集居区的地方品种完全聚成同一亚类,暗示着布朗族不同集居区的条件对地方品种进化的影响还比较有限。最后还就布朗族对地方品种多样性的贡献及可能的原因等进行了讨论分析,对如何防止地方品种收集中同名异种和同种异名问题发生提出了建议。     

海南普通野生稻自然居群间遗传多样性的微卫星分析

采用48个SSR标记分析了海南11个普通野生稻自然居群的遗传多样性。结果显示海南普通野生稻自然居群具有较丰富的遗传变异（Na=8.3,He=0.716）。居群内多数等位基因（77.6％）频率较低,其中,70个等位基因仅出现在1个居群中。62.9％的等位基因显著偏离哈迪 温伯格平衡,多数居群及等位基因实际杂合度大于期望杂合度,表明居群内自交率低、杂合体过剩。居群间遗传变异差异明显,在11个自然居群中,崖城居群遗传多样性最低（Na=1.7,He=0348）,和庆、椰林B两居群遗传变异最为丰富（和庆：Na=4.0,He=0.577;椰林B： Na=4.0,He=0.531）。Mantel测验表明,居群间Nei遗传距离与地理距离呈极显著相关（r=0.386,P=0004）。东、西海岸居群间遗传分化显著但较小（Fst=0.048,P=0024）,而居群间遗传分化则较大（Fst=0.335,P < 0.001）。11个自然居群间基因流非常有限（Nm=0.404）,表明居群间隔离程度较大。基于居群等位基因数目、基因多样性指数以及基因频率特点,认为海南11个自然居群中和庆和椰林B居群应是优先保护对象。     

太湖流域粳稻地方品种的微卫星分析

 采用45对SSR引物对224份太湖流域粳稻地方品种进行遗传多样性分析,共检测到162个等位变异,每个位点等位基因数的变幅为2～7,平均为3.6。各位点Nei基因多样性指数变异较大,为0.009（RM169）～0.663（RM444）,平均为0.197。青稻、黄稻、红稻和白稻各传统生态型均具较低的遗传多样性。分子方差分析表明,SSR遗传变异绝大部分存在于传统生态型内。青稻与红稻间、青稻与白稻、红稻与白稻、红稻与黄稻间遗传分化显著。太湖流域粳稻地方品种SSR多样性较低,稀有类型等位基因较多。这对科学制定太湖粳稻地方资源的保护和利用策略具有指导意义。     

Genetic diversity and association mapping for salinity tolerance in Bangladeshi rice landraces

Breeding for salinity tolerance using Bangladeshi rice landraces and understand genetic diversity has been limited by the complex and polygenic nature of salt tolerance in rice genotypes. A genetic diversity and association mapping analysis was conducted using 96 germplasm accessions with variable response to salt stress at the seedling stage. These included86 landraces and 10 indica varieties and lines including Nona Bokra, from southern Bangladesh. A total of 220 alleles were detected at 58 Simple Sequence Repeat(SSR) marker loci randomly distributed on all 12 rice chromosomes and 8 Sequence Tagged Site(STS) markers developed for genes SKC1, DST, and SalT. The average gene diversity was 0.5075 and polymorphism information content value was 0.4426, respectively. Cluster analysis revealed that 68 and 21 accessions were clustered into 2 distinct groups, possibly corresponding to indica and japonica groups, respectively and the remaining 7 landraces were classified as an admixed group. In addition to Wn11463, the STS marker for SKC1, RM22418 on Chr. 8 was significantly associated with salinity tolerance, at the location of a QTL detected in previous studies. Our findings of favorable alleles associated with salinity tolerance in Bangladeshi rice landraces, as well as the development of STS markers for salt tolerance genes, will be helpful in future efforts to breed salinity tolerance in rice.     

河南省同名小麦地方品种SSR遗传多样性分析

为了给河南省小麦地方品种的开发利用提供依据,利用SSR标记对白和尚头、白麦、白芒糙、出山豹等15组名称相同的小麦地方品种共计155份材料进行了组间和组内遗传多样性分析。结果发现,同名品种组内,15组材料的等位变异变化范围为47~79个,平均遗传相似系数变化范围为0.66~0.93,多态性信息含量分布范围为0.856~0.936;同名品种组间,155份材料共产生143个等位变异,遗传相似系数分布范围为0.75~1.00,平均遗传相似系数为0.90,多态性信息含量为0.981。分别对同名品种组内和组间进行聚类分析,结果发现,同名品种组内3组共7份材料遗传相似系数为1.00,而同名品种组间未出现遗传相似系数为1.00的材料。由此可见,河南省小麦地方品种具有丰富的遗传多样性,同名小麦地方品种间存在同名同质和同名异质的现象。