瓜实蝇性别决定基因tra——2的克隆及表达分析

本研究对瓜实蝇Bactrocera cucurbitae Coqillet的性别决定基因tra- 2的eDNA序列进行了克隆和分析。根据转录组数据库及序列同源性分析，分别克隆并获得瓜实蝇雌雄成虫tra- 2的基因片段，利用生物信息软件对所得序列进行分析;采用qPCR技术，研究该基因在瓜实蝇不同发育阶段的表达情况。研究结果表明，瓜实蝇ra-2基因的eDNA序列共1 450 bp,无性别特异性，含753 bp的开放阅读框，共编码250个氨基酸。 该基因在瓜实蝇不同发育阶段均有不同的表达量，瓜实蝇tra-2基因具有母体遗传表达特性，在胚胎期的表达量较高，雌成虫表达量显著高于雄成虫。     

基于COI基因的橡胶树六点始叶螨遗传多样性分析

六点始叶螨是橡胶树上的重要害螨之一,具有分布范围广、危害重等特点。为了研究其遗传多样性和遗传分化,本研究利用线粒体COI（mitochondrial cytochrome oxidase subunit I）基因序列对采自海南、云南、越南河内等地区橡胶树上的11个不同地理种群的165头样本进行了种群的遗传多样性分析。获得的六点始叶螨线粒体COI基因片段长度均为658 bp,分析发现可变位点30个,其中简约信息点15个,单变异位点15个,单倍型15种;种群间F_ST值为0.34698,Nm值为0.47,G_ST值为0.19660,表明11个种群的六点始叶螨存在一定的遗传分化。     

瓜实蝇气味结合蛋白基因的克隆及表达谱分析

在气味识别过程中,气味结合蛋白(OBPs)对昆虫的行为反应有重要作用。通过转录组库和NCBI筛选获得瓜实蝇[Bactrocera cucurbitae(Coquillett)]OBPs基因序列,进而通过RT-PCR、克隆等方法获取c DNA全长序列,命名为BcucOBP19。结果表明:BcucOBP19基因开放阅读框全长471 bp,编码157个氨基酸,分子量17.5 ku,等电点5.14,具有昆虫OBPs典型的6个保守半胱氨酸位点。BcucOBP19在瓜实蝇各部位均有表达,以15日龄的雌虫触角中表达量最高,在头、腹、翅和前足中表达量较低,且没有显著性差异。     

基于COI基因解析我国茶网蝽种群遗传多样性和遗传结构

茶网蝽(Stephanitis chinensis)是我国西南茶区的重要害虫，近年有入侵成灾事件发生。为解析茶网蝽的生态适应机制和成灾规律，测定了茶网蝽12个种群共240头成虫COI基因序列，利用Dna SP 6.12.03、Arlequin3.5.2.2、MEGA 7.0.26等软件进行了遗传分化程度、基因流(N_m)以及分子变异情况的分析。结果显示，茶网蝽12个地理种群的240条COI基因序列共包含75个变异位点和38个单倍型，其中仅Hap13是共享单倍型。茶网蝽总群体的单倍型多样性指数(H_d)为0.827 79，地理种群的H_d在0.00～0.85，总群体的遗传分化固定系数(F_ST)为0.864 26,N_m为0.039 87，表明我国茶网蝽群体遗传分化程度较高，基因交流较小。重庆城口、重庆巫溪、湖北恩施、湖北十堰、陕西汉中等5个种群相互之间遗传分化程度较低，基因交流频繁(F_ST<0.06,N_m>4.50)，其他种群对之间...     

甘肃陇南地区小麦条锈菌群体遗传多样性分析

为了解甘肃陇南地区小麦条锈菌群体的遗传多样性,采用TP-M13-SSR荧光标记技术,对该地区8个种群202个小麦条锈菌分离株基因组DNA进行SSR标记分析。结果表明,甘肃陇南地区小麦条锈菌群体遗传多样性比较丰富。在物种水平上,观察等位基因数(Na)为1.88,有效等位基因数(Ne)为1.50,Nei’s基因多样性指数(H)为0.30,Shannon信息指数(I)为0.46,多态位点百分率(P)为87.5%;种群之间遗传多样性有显著差异。中梁种群、秦安种群的遗传多样性相对较高,武都种群、文县种群、齐寿种群和平南种群次之,礼县种群、西和种群遗传多样性相对较低。AMOVA分析结果表明,小麦条锈菌群体间和群体内都存在着一定的遗传分化,群体间的遗传变异占总变异的4.05%,群体内遗传变异占95.05%。     

基于DNA条形码和SRAP的太子参种质遗传多样性分析

应用DNA条形码和SRAP分子标记技术,开展15份太子参种质资源遗传差异分析。太子参DNA条形码显示：ITS1序列的突变位点占比最多为2.16%,rbcL6序列的突变位点占比最少为1.23%;psbA-trnH序列缺失位点占比最多为4.88%;ITS1序列的GC含量最高,达55.52%;psbA-trnH序列的GC含量最低,仅为24.71%。太子参SRAP标记筛选出9对引物,扩增出215个位点,其中42个为多态性位点,多态性位点百分率（PPL）为19.53%;从扩增位点总数看,多态性条带丰富、清晰,既有共同位点又有特异性位点;7个居群Nei’s遗传多样性指数（H）范围为0.3466~0.4985,Shannon信息指数（I）范围为0.5301~0.6917,显示出较高的遗传多样性水平,太子参种群基因多样性（H_t）为0.4004,其中种群内基因多样性（H_s）和遗传分化系数（G_st）分别为0.0901、0.3103,分别占H_t的77.50%、22.50%。种源间G_st为0.7506,即有75.06%的遗传变异存在于种源间,24.94%的遗传变异存在于种源内,表明太子参种源间遗传变异大于种源内遗传变异,存在较低程度的遗传分化。太子参种源的平均基因流（N_m）为0.1929,表明太子参各种源之间的基因交流顺利。15份太子参种质间的K2P遗传距离范围为0.0005~0.0056,而遗传相似系数在0.3913~0.8695之间,遗传相似系数在0.5900时,可将15份种质分为3个类群,其中杂交种质为独立类型。15份不同种质太子参DNA条形码和SRAP分子标记的遗传距离、遗传相似系数及聚类分析结果相近,以这2种方法相结合,能更准确有效鉴定太子参种质,这对太子参种质资源的利用及杂交新品种的选育具有重要意义。     

基于MSAP技术的中国野生大豆群体遗传多样性分析

为探究中国不同纬度的野生大豆天然种群的遗传多样性及其遗传结构,本研究利用MSAP技术分析研究27°～46°N的7个野生大豆种群的DNA甲基化多态性。结果表明:(1)223份材料、8对MSAP引物共扩增到1 617个位点,对所有位点的甲基化模式分析表明,Ⅳ型甲基化模式(位点缺失或者全甲基化)占比最多,为53.55%,Ⅱ型(半甲基化)和Ⅲ型(内侧甲基化)甲基化模式占比较少,分别为11.75%和13.25%。(2)基于非甲基化位点的Shannon指数在巴彦种群最低(I=0.279 6),在安化种群最高(I=0.313 0),遗传多样性呈现随纬度降低而逐渐升高的渐变趋势;而基于甲基化敏感位点的Shannon指数在巴彦种群最低(I=0.585 1),在桐柏种群中最高(I=0.603 0),其表观遗传多样性随纬度渐变呈现不规则波动。(3)基于非甲基化位点和甲基化敏感位点的遗传结构分析显示,在遗传上,同属于一个种群的材料能够聚类到一组,不同种群间出现了明显的遗传分化,而在表观遗传上,除了巴彦、衡山、安化的材料能各自聚类到一组以外,其余4个种群的材料交织在一起。(4)基于甲基化敏感位点的表观遗传距离和基于非甲基化位点的遗传距离相关性分析显示,二者在6个种群相关性显著,说明表观变异在多数情况下依赖于遗传变异,但也会在某些情况表现出一定的独立性。     

不同诱捕处理在苦瓜地上对瓜实蝇和桔小实蝇的诱捕效果研究

研究引诱剂的5种不同诱捕处理在苦瓜地上对瓜实蝇和桔小实蝇的诱捕效果.结果发现,好粘主要诱捕桔小实蝇雄虫,稳得主要诱捕瓜实蝇雄虫,2种诱剂均可同时引诱小量其它实蝇；在用量1 g的条件下,引诱剂的5种不同诱捕处理中瓶内喷涂对2种实蝇的诱捕效果均明显好于瓶外喷涂,且好粘与稳得对2种实蝇雄虫的诱捕效果随着瓶内水量的增加先增强后逐渐减弱,加水50 mL时达最大值.研究还探讨了好粘与稳得2种引诱剂对苦瓜地外围瓜实蝇和桔小实蝇雄虫的诱捕效果,结果好粘与稳得2种引诱剂在寄主植物外围不同位点上均可诱捕瓜实蝇和桔小实蝇雄虫,且某一位点上虫量发生越大其诱捕量越大.     

长沙地区实蝇监测研究

于5月至11月,采用2种诱捕器4种性诱剂对长沙地区的实蝇进行了监测,结果表明:(1)Me、Cue和蛋白诱饵性诱剂对多种实蝇具有诱集作用,其中Me性诱剂的专化性最强,诱集橘小实蝇共86头;Cue性诱剂分别诱集具条实蝇174头,瓜实蝇111头;蛋白诱饵诱集能力介于Me和Cue两种性诱剂之间,分别诱集具条实蝇17头,瓜实蝇7头,橘小实蝇12头;(2)Me和Cue性诱剂对橘小实蝇和瓜实蝇的种群发生动态、地理分布具有很好的监测效果;(3)本地区监测点未诱集到地中海实蝇。     

利用EST-SSR分析江北茶区茶树资源的遗传多样性和遗传结构

利用25对EST-SSR引物对江北茶区的45份茶树初级核心种质的遗传多样性、遗传结构和亲缘关系进行了分析。25对引物共检测到83个等位位点,平均每对引物可检测到等位位点3.3个,可鉴定的基因型为6个。引物的PIC值平均为0.61,扩增位点的观测杂合度高于期望杂合度。45份供试种质中可观测的等位位点平均为4.2个,有效等位位点为2.8个。等位位点观测杂合度平均为0.73,基因多样性指数为0.61,Shannon信息指数为1.11。江北茶区主要省份间茶树种质的遗传分化程度较低(Gst=0.2),而基因流(Nm=3.9)较高。AMOVA分析显示,95.97%的变异发生于居群内。45份供试种质间的遗传相似系数在0.32~0.89之间,聚类分析表明供试资源在亲缘关系上未表现出明显的地区分化。湖北、安徽和陕西三个主要省份茶树种质间的遗传距离平均为0.048,其中陕西资源在亲缘关系上略远于湖北和安徽。     

吉林省龙井原位保护区野生大豆遗传多样性分析

利用GPS对吉林省龙井原位保护区野生大豆定点采种,种群L(取样距离设计为50 m)覆盖整个龙井原位保护区。按天然地理分布人为分成A、B、C 3个小种群;同时,在小种群B中取小种群B’(包括32份材料,取样距离设计为18m)。聚类结果表明,90份材料主要划分为两大类群,其它材料亲缘关系较远。龙井原位保护区的野生大豆呈斑块分布,而且小种群间的遗传多样性与地理位置有一定的相关性。25个SSR位点的Simpson指数分布范围是0.3072～0.8393,平均值为0.6788;Shannon-weaver指数分布范围是0.5856～1.9348,平均值为1.3663,表明龙井原位保护区的野生大豆具有较高的遗传多样性。3个小种群的Simpson和Shannon-weaver指数趋势一致,均为A相似文献   

野生大豆遗传多样性研究Ⅰ4个天然居群等位酶水平的分析

本文采用水平淀粉凝胶电泳技术对分布于北京、山东和大连４个野生大豆天然居群共计１２０个体进行了等位酶水平遗传多样性分析。７个酶系统１３个等位酶位点的检测表明，该地区野生大豆天然居群遗传变异水平较高，多态位点比率Ｐ＝６９．２０，等位基因平均数Ａ＝１．７７，平均期望杂合度Ｈｅ＝０．１３３，居群间有较明显的遗传分化，基因分化系数Ｇｓｔ＝０．３９１，即有３９．１％的遗传变异存在于居群间。本文结果表明该地区遗     

盐胁迫下大麻SSR标记的分布特征分析

为探究盐胁迫对大麻遗传育种改良的影响,试验对盐胁迫条件下大麻转录组测序数据进行了SSR位点标记的挖掘,并对大麻转录组数据中SSR位点标记、SSR位点信息和序列分布特征等进行了分析.结果表明:共检测出84483条Unigene序列,序列总长87.31 Mb.筛选出27861个SSR位点,SSR标记的检出率为33.10％,...     

不同产地太子参芜菁花叶病毒CP基因的分离与序列差异性分析

通过对不同产地的8份太子参病叶样品进行芜菁花叶病毒(Turnip mosaic virus,Tu MV)外壳蛋白(coat protein,CP)基因的RT-PCR检测,从其中7份样品中扩增得到特异性目的条带,对所获得的13个克隆子序列进行下一步的序列分析。结果显示:所得CP基因序列均为775 bp,存在36个核苷酸多态性位点,总变异数为37个,部分点突变仅在某产地发现,可能存在重组;各地分离物之间的遗传分化程度高,遗传漂变可能是造成遗传分化的主要原因;在系统进化树分析结果中,太子参Tu MV CP序列均聚类在World B组,并呈现一定的地域特异性。本研究为建立更有效的太子参Tu MV检测方法和针对性制定病毒病防控策略奠定重要基础。     

基于mtDNA COI的假眼小绿叶蝉系统发育研究

克隆测定了12个茶树假眼小绿叶蝉Empoasca vitis（Göthe）种群84个样本和5个叶蝉近缘种外群62个虫体的线粒体DNA COI基因序列片段,利用生物信息学软件分析其序列同源性、遗传结构及系统进化关系。发现我国茶树假眼小绿叶蝉种群间的遗传距离为0.5%~1.2%,远小于昆虫物种2%的界限,未呈现明显遗传分化,ML分子系统树也显示其种群个体呈平行分布。假眼小绿叶蝉与几种外群叶蝉的遗传距离在14.8%~24.5%之间,依次为葡萄小绿叶蝉<葡萄二星叶蝉<桃一点斑叶蝉,说明它与葡萄小绿叶蝉亲缘关系最近,与系统进化树的聚类结果一致。本研究首次通过mtCOI基因序列分析,揭示了假眼小绿叶蝉遗传结构及它与近缘种叶蝉的系统进化关系,为解释它在茶园的起源及适应机制提供了基础。     

东亚和北美裸大麦(青稞)籽粒硬度基因HINA的分子进化分析

随着现代经济社会的发展,裸大麦(青稞)的多元化加工也成为裸大麦(青稞)口粮外的另一类发展趋势,籽粒硬度是决定裸大麦加工用途的一个重要品质性状,HINA基因编码的HINA蛋白是影响籽粒硬度性状的一个重要蛋白。本研究通过对108份来自北美和东亚(中国青藏高原)6个地区裸大麦(青稞)HINA基因进行重测序,结果在群体序列中发现58个多态性位点(包括30个SNP和28个Indel),可以将群体序列分成13种单倍型。其中单倍型1(Hap1)和单倍型4(Hap4)是分布范围最为广泛的2种单倍型。各地区的单倍型多样性指数范围为0.000~0.833,总群体单倍型多样性指数为0.575,各地区核苷酸多样性系数范围为0.000~0.010,总群体的核苷酸多样性系数为0.007,6个地区群体的基因序列配对分化系数(Fst)范围为-0.08~0.16,分子方差分析显示东亚和北美群体的基因遗传变异主要是由群体内的变异为主(总群体中91.16%的基因变异来源于群体内,8.84%的变异来源于群体间)。群体结构分析将所有材料的HINA基因序列分成2个亚群群体。材料的地理来源与亚群分类相关性较低。利用中性检测及错配分析对选择压力与群体HINA基因遗传分化的关系进行考察,发现中性检验值在东亚(中国青藏高原)、北美和总群体中均为负值,同时群体错配曲线为多峰曲线,说明群体在HINA基因位点上是稳定群体,这些结果为了解HINA基因在裸大麦(青稞)遗传特征上的作用提供了理论依据。     

基于ISSR分子标记的海南凤仙花种群遗传多样性

运用ISSR分子标记技术,分析海南岛石灰岩地区海南凤仙花自然种群的遗传结构,比较3个海拔梯度对种群遗传结构的影响。结果显示,13个ISSR引物的扩增结果显示其多态性位点百分率为97.7%。AMOVA分析表明:海南凤仙花自然种群的变异主要来自种群内(92%),而种群间变异较少(8%);中海拔种群的遗传多样性最为丰富;而高海拔种群的遗传多样性则较低;种群的遗传距离和地理距离表现出显著的高度相关性。说明海拔是影响种群基因流的重要因素,高海拔种群可以向中低海拔种群进行传播花粉和种子等基因流动,而中低海拔种群向高海拔种群进行类似的基因流动则较为困难,海南凤仙花数量较少的主要原因可能来自于其生境的限制。因此在以后的保护工作中要特别注重其生境的保护,避免人为因素的破坏。     

瓜实蝇对不同果香香精的趋向行为研究

本研究选取与瓜实蝇偏好寄主植物果实以及对其具有强引诱作用的非寄主果实相关的果香香精8种,研究了瓜实蝇对这些香精的趋向行为。结果表明,瓜实蝇对不同果香香精表现出不同的趋向行为。室内室外的初筛结果均表明瓜实蝇偏好榴莲香精和南瓜香精,且两种香精诱集的瓜实蝇雌雄虫数量并无显著差异。通过Y型嗅觉仪行为测定发现瓜实蝇最偏嗜10% (w/V)的榴莲香精和南瓜香精。基于本研究的结果,建议选择10%的榴莲香精和南瓜香精溶液用于瓜实蝇的监测和诱杀防治。     

基于nSSR和cpDNA序列的城步峒茶群体遗传多样性和结构研究

采用简单重复序列标记(nSSR)与叶绿体DNA序列(cpDNA)分析技术,对城步峒茶群体进行了遗传多样性、遗传结构和遗传分化等研究。结果表明,15对nSSR引物在参试81份资源中共获得142个等位位点,平均每对引物9.47个,城步峒茶群体的观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和Nei期望杂合度(Nei)分别为0.49、0.62和0.62,具有较高的遗传多样性。Structure分析将79份峒茶资源分成3个类群,但各类群的遗传背景较为复杂,没有明显的群体结构。F检验表明,城步峒茶群体的近交系数F_IS为正值(F_IS=0.177 5),群体间的遗传分化系数F_ST较小(F_ST=0.034 5),分化程度较低,基因流Nm较高(Nm=7.01)。3对cpDNA引物分别获得了473 bp(rbcL)、704 bp(matK)和320 bp(psbH-trnA)的片段序列,变异位点占总位点的比例分别为0.42%、0.71%和1.25%。将3个序列依次拼接,共产生了9个单倍型,单倍型数由多到少的居群依次为TXZ(6)、DZC(4)、DPS(4)、TYS(3)、HJZ(2),群体的单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.732和0.001 39。9个单倍型中,单倍型H1和H5处于进化网络图的中心节点上,并且包含资源数量最多,属于比较原始的单倍型。同时,nSSR和cpDNA的AMOVA分析结果基本一致,居群内的变异百分比分别达到96.69%和80.54%,城步峒茶的遗传变异主要存在于居群内。     

基于SSR分子标记的龙井群体种的遗传多样性及遗传分化研究

利用48对SSR引物对来自龙井群体种的5个不同居群的91份材料进行了遗传多样性和遗传分化研究。结果表明,龙井群体有较高的遗传多样性水平,多态信息含量PIC在0.0567~0.7476之间,平均为0.4382,其中有16个位点属于高度多态位点,30个位点属于中度多态位点。哈迪-温伯格法则（Hardy-Weinberg）平衡检验结果表明,33.3%的位点符合Hardy-Weinberg平衡,66.7%的SSR位点不符合Hardy-Weinberg平衡。AMOVA分析表明,不同群体之间所贡献的变异百分比为3.45%,个体间的变异百分比为94.98%。龙井群体的遗传分化程度较低,个体间遗传分化系数FIT为0.0502,群体之间的遗传分化系数FST仅为0.0345。