五指山小型猪近交系白细胞抗原Ⅰ类3 基因的研究

 【目的】为探讨五指山小型猪（WZSP）近交系群体中SLAⅠ3 (SLA-3) 位点等位基因分布结构及其特性。【方法】利用4对引物，采用RT-PCR扩增了32头WZSP SLA-3基因部分外显子1、外显子2和大部分外显子3序列。根据家系和扩增结果，选择8头个体的PCR产物克隆测序。【结果】获得9个不同的核苷酸序列。与GenBank中所用SLA-3基因的核苷酸序列及其编码的氨基酸序列进行比较分析，确定这9个序列均为SLA-3位点上的新等位基因，但这些等位基因间核苷酸变异很少；氨基酸序列比较发现猪和人之间有很高的保守性。同时，构建了23个SLA-3的等位基因和1个HLA-A等位基因核苷酸序列的系统树。【结论】WZSP在SLA-3位点和其它猪品种有明显的差异，拥有其独特的遗传资源。从分子水平为WZSP SLA-3基因的分子分型及特异单倍体猪的培育和异种器官移植实验用动物的研究提供理论依据。     

八眉猪SLA DRA基因第2外显子多态性分析

为了解八眉猪SLA DRA基因第2外显子的多态性,采用PCR SSCP和克隆测序的方法对八眉猪SLA DRA基因第2外显子进行分型,并对不同等位基因进行核苷酸与氨基酸序列分析。结果显示,222头八眉猪中共检出2种等位基因（A和B）和3种基因型（AA,BB和AB）,其中A等位基因和AA基因型的频率最高,为优势基因和优势基因型。对不同SSCP带型的对应片段进行测序分析,发现该基因仅有一个核苷酸突变位点（c.3093 A→C）,为错义突变,使甲硫氨酸（Met）变为亮氨酸（Leu）,并且该氨基酸位于抗原结合位点上。群体遗传学分析发现,八眉猪遗传杂合度（He）为0.351 4,多态信息含量（PIC）为0.308 8,且经χ2适合性检验,八眉猪在此位点上没有偏离Hardy Weinberg平衡状态（P>0.05）。八眉猪SLA DRA基因第2外显子的多态性较低。     

猪SLA-DRB基因第二外显子多态性分析

对猪SLAⅡ-DRB1第二外显子的多态性进行了研究。对采自长春某猪场20头不同长白猪个体的血液样本进行PCR扩增后,利用直接测序分型法将得到的基因序列进行有效的等位基因分型。分析整理后共得到45种基因型,分布频率最高的等位基因型在19个个体中出现,还有多数等位基因只分布在一个个体中,且通过遗传多态性分析可以看出猪的DRB1基因是具有高度多态性的。     

海南地方猪POU1F1基因多态性与体质量的相关性

采用 PCR–SSCP、PCR–RFLP 技术,对海南五指山猪封闭群及其近交系、海南黑猪2个品系(临高猪、屯昌猪)的 POU1F1基因外显子4、外显子5、外显子6、内含子3的多态性进行研究.结果表明:猪 POU1F1基因外显子5、外显子6不存在多态性,内含子3、外显子4存在2个等位基因和3种基因型;在外显子4基因座上,五指山猪、临高猪、屯昌猪呈 Hardy–Weinberg 平衡状态,五指山猪近交系呈不平衡状态,4个猪种群的遗传多态性均处于中度多态(0.250.5);利用 SPSS 软件分析五指山猪 POUIF1基因内含子3和外显子4基因的多态性与其3个生长阶段体质量的相关性,发现引物 P1与 P4不同基因型个体体质量的差异均不显著     

版纳微型猪近交系AO血型基因外显子7 和外显子8遗传特征分析

猪的UDP-N-乙酰半乳糖胺转移酶(UDP-N-acetylgalactosamine transferase,UDP-Gal NAc)是负责转移一分子的N-乙酰-D-半乳糖胺基(NAc Ga1)到H底物上形成A抗原,从而决定A型血的转移酶,AO血型系统的A基因编码A转移酶。采用PCR技术和直接测序的方法对版纳微型猪近交系UDP-Gal NAc基因外显子7和外显子8进行多态性分析,均仅检测到1种基因型。通过序列比较发现,版纳微型猪近交系UDP-Gal NAc基因外显子7和外显子8与NCBI数据库中14个其他物种的ABO血型基因存在较高的同源性。与人相比,猪外显子7第92~97位缺失编码两个氨基酸的6个碱基。构建的基因进化树分析结果显示版纳微型猪近交系与牛、羊、鲸亲缘关系最近。     

五指山猪3个近交家系内微卫星等位基因的遗传变化

 【目的】探索五指山猪近交3个不同家系F14-F18等位基因的遗传学规律,为大型动物近交系培育提供依据。【方法】利用14对微卫星DNA引物,以五指山小型猪（Wuzhishan Miniature pig,WZSP）F13-F18世代的3个近交家系为研究对象,通过估算基因杂合度（H）、多态信息含量（PIC）和等位基因数（N）等参数,检测近交3个家系微卫星等位基因的纯合度,以及随近交代数的推进每个星座上等位基因的变化规律。【结果】WZSP近交系Ⅰ系F14-F16的14个微卫星座平均每个位点等位基因数为2个、平均杂合度为0.40、多态信息含量为0.26;Ⅱ系F15-F18的平均等位基因数为1.92,平均杂合度分别为0.32,多态信息含量为0.25;Ⅲ系F14-F17的平均等位基因数为2.17,平均杂合度为0.44,平均多态信息含量为0.32。【结论】随近交代数的推进,每个星座上等位基因数越来越少,基因的纯合度越来越高,但WZSP近交系微卫星等位基因的纯合度有一定的限度,与近交鼠有所不同;在近交系3个家系各个世代中有少数几个基因座,如Sw874和Sw936等一直处于高度杂合状态,这可能与WZSP近交家系的种质特异性有关,推测与这些基因座处于同一连锁群的某些功能基因在维持极高近交水平下WZSP的基本生存能力中起着关键作用。3个近交群体间的分化系数在0.07以上,已各自成为独立家系;3个家系的近交程度不完全一致,基因的纯合度亦不同,Ⅱ系最高、14个微卫星座中7个纯合,其次为Ⅰ系和Ⅲ系。     

Cloning and SNP analysis of JAK2 14th exon

[目的]克隆广西巴马小型猪非受体型酪氨酸蛋白激酶(JAK2)基因外显子14并进行SNP位点分析,为探讨广西巴马小型猪JAK2基因多态性与有关临床疾病治疗奠定基础.[方法]参照GenBank已发表的猪JAK2基因编码序列设计引物,克隆出猪JAK2基因外显子14,经测序鉴定后,利用PCR-SSCP技术对其进行SNP位点分析.[结果]PCR扩增获得的巴马小型猪JAK2基因外显子14序列为205 bp,与猪的同源性为100.0％,与人类的同源性为94.2％;猪和人类在JAK2基因外显子14序列中有6个位点不同;PCR-SSCP分析[结果]表明,JAK2基因外显子14不存在多态性.[结论]广西巴马小型猪JAK2基因外显子14不存在多态性,其基因纯合度高,是进行育种研究和医学试验的理想实验动物模型.     

广西巴马小型猪JAK2基因外显子14克隆及SNP位点分析

【目的】克隆广西巴马小型猪非受体型酪氨酸蛋白激酶（JAK2）基因外显子14并进行SNP位点分析,为探讨广西巴马小型猪JAK2基因多态性与有关临床疾病治疗奠定基础。【方法】参照GenBank已发表的猪JAK2基因编码序列设计引物,克隆出猪JAK2基因外显子14,经测序鉴定后,利用PCR-SSCP技术对其进行SNP位点分析。【结果】PCR扩增获得的巴马小型猪JAK2基因外显子14序列为205 bp,与猪的同源性为100.0%,与人类的同源性为94.2%;猪和人类在JAK2基因外显子14序列中有6个位点不同;PCR-SSCP分析结果表明,JAK2基因外显子14不存在多态性。【结论】广西巴马小型猪JAK2基因外显子14不存在多态性,其基因纯合度高,是进行育种研究和医学试验的理想实验动物模型。     

广西巴马小型猪SLA-DQB基因外显子2的多态性研究

为探讨广西巴马小型猪SLA-DQB基因外显子2的多态性,以其耳组织为试验材料,经PCR扩增获得广西巴马小型猪SLA-DQB外显子2片段,片段大小为273 bp,含有1个RsaI酶切位点和5个HaeIII酶切位点,基因型分别为27bp/246 bp和84 bp/83 bp/7 bp/16 bp/29 bp/54 bp。采用PCR-RFLP对30头广西巴马小型猪SLA-DQB基因外显子2的PCR扩增产物进行多态性分析,发现广西巴马小型猪封闭群内S,LA-DQB基因外显子2无多态性位点;而克隆测序及同源性比较分析表明,广西巴马小型猪SLA-DQB基因外显子2序列与普通猪（Sus Scrofa）、人类（Homo sapiens）的同源性分别为94.1%、79.1%。     

藏绵羊基因OLA-DQA2第2外显子多态性分析

 【目的】针对藏绵羊腐蹄病所带来的死亡现象,选择与该病相关的基因OLA-DQA2为研究对象,分析群体中该基因的遗传多态性及变异特征,为进一步寻求抗病分子育种提供依据。【方法】采用PCR-SSCP检测216只表型正常和患病藏绵羊OLA-DQA2基因第2外显子的多态性,克隆、测序群体内变异产生的各等位基因序列,构建系统发育树以明确藏绵羊OLA-DQA2基因等位基因之间的遗传关系。【结果】藏绵羊DQA2基因第2外显子中表现了15个基因型。发现藏绵羊群体中OLA-DQA2基因第2外显子有8个新等位基因,分别命名为OLA-DQA2*H、*I、*J、*K、*L、*M、*N和*O,使绵羊基因库中该座位的等位基因数量从23个增加到31个。序列分析中发现71个核苷酸多态位点,这些多态位点主要由点突变形成,其中转换39个(占54.9%),颠换23个(占32.4%)。【结论】藏绵羊DQA2基因第2外显子具有丰富的遗传多态性,群体中可能蕴藏着更多的抗性遗传资源。     

哈萨克马的DRA与DQA基因的SSCP检测及序列分析

【目的】了解哈萨克马ELA-DRA*exon2、ELA-DQA*exon2的等位基因分布及其特性,为马的抗病育种提供理论基础。【方法】采用聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)方法检测哈萨克马ELA-DRA*exon2、ELA-DQA*exon2的等位基因分布,并对不同等位基因的核苷酸与氨基酸序列进行分析。【结果】在47匹哈萨克马中,ELA-DRA* exon2有3个等位基因,其中两种等位基因在纯合子中被检出,另外一种等位基因在杂合子中被检出;ELA-DQA* exon2有7个等位基因,且都以纯合子被检出,通过核苷酸序列比对发现其中5个为新等位基因。【结论】ELA-DRA*exon2、ELA-DQA*exon2的各每位基因序列分析结果表明,发生非同义替换的多态位点均主要分布在抗原结合位点对应的编码序列中。     

北京荷斯坦母牛BoLA-DRB3基因外显子2的克隆与序列分析

采用PCR技术扩增出北京荷斯坦母牛BoLA-DRB3基因的外显子2的267 bp大小的片段,将该片段克隆到pGEM-T Easy质粒中,重组质粒用PCR和酶切分析进行阳性克隆鉴定,然后测定核苷酸序列,并推导其氨基酸序列.北京荷斯坦牛、蒙古牛、人类、瑞典红白花牛、蒙古绵羊、西班牙山羊之间DRB3基因外显子2的核苷酸序列同源性为80.9%～95.5%,氨基酸序列同源性为75.3%～91.0%.     

藏绵羊DQA1基因多态性分析

 【目的】研究藏绵羊DQA1基因多态性,确定其等位基因数、核苷酸多态位点、氨基酸多态位点及各等位基因间的遗传关系,同时分析其进化意义。【方法】采用PCR-SSCP方法检测了900只藏绵羊DQA1基因第2外显子多态性;克隆、测序群体内变异产生的各等位基因序列,并分析序列数据。【结果】发现了17个DQA1的等位基因,包括缺失的1种基因,其中5个为发现的新等位基因。16个单倍型序列中发现56个核苷酸多态位点,27个氨基酸多态位点。【结论】藏绵羊DQA1基因第2外显子具有丰富的多态性,群体中可能蕴藏着更多的遗传资源;藏绵羊DQA1基因最初可能是由2个等位基因突变分化成两大类等位基因的;藏绵羊DQA1基因第2外显子序列与牛的DQA1基因第2外显子序列具有较高的同源性,预示绵羊和牛的DQA1基因最早可能来源于它们分歧以前的共同祖先原始序列;DQA1基因在与其相关的特定抗原刺激下发生的免疫应答反应在绵羊和牛上具有相似性;新等位基因C的139位发现了1个新的核苷酸突变位点（A/G）,属同义突变;5个新发现的DQA1等位基因遗传关系较近,可能由同一等位基因突变产生。     

‘河西绒山羊’MHC-DQB2基因第3外显子多态性及其与流产性状的关联分析

采用PCR-SSCP方法检测431只‘河西绒山羊’MHC-DQB2基因第3外显子的多态性,测序并分析群体内突变产生的等位基因.结果表明:MHC-DQB2基因第3外显子有15个基因型、8个等位基因、35个变异位点;χ2适合性检验结果表明,该群体处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);该位点多态信息含量为0.838 5,杂合度为0.317 9,有效等位基因数为6.899 8;等位基因平均遗传距离为0.048 8;经NJ树分析发现,各等位基因为同源序列;经流产数据统计发现,基因型CF中无流产个体,且在其198位插入1个碱基C.说明‘河西绒山羊’MHC-DQB2基因第3外显子具有丰富的遗传多态性;牛和羊的MHC-DQB2外显子3最初是由2个等位基因突变分化而来,而同物种的绵羊与山羊在该位点有很高的同源性;基因型CF可能与流产性状有关.