夷陵黄牛mtDNAD-loop区遗传多样性研究

【目的】为了探究夷陵黄牛的母系起源与遗传多样性。【方法】采用PCR扩增、测序及生物信息学方法。【结果】在27头夷陵黄牛mtDNA D-loop区共检测到54个变异位点,界定了13个mtDNA单倍型,单倍型多样度为0.7720,平均核苷酸多样度为0.0228,表明夷陵黄牛具有比较丰富的遗传多样性。构建的系统发育树显示夷陵黄牛具有普通牛和瘤牛两大母系起源。【结论】夷陵黄牛受瘤牛的影响大,属于中国南方黄牛,具有普通牛与瘤牛的种质特征。     

郏县红牛mtDNA D-loop区遗传多样性与母系起源研究

［目的］探究郏县红牛的mtDNA D-loop遗传多样性与母系起源。［方法］采用生物信息学方法。［结果］在46头郏县红牛mtDNA D-loop区全序列共检测到60个变异位点,定义20种mtDNA D-loop单倍型,平均单倍型多样度(Hd)为0.8530,平均核苷酸多样度(Pi)为0.0254,表明郏县红牛有丰富的母系遗传多样性。构建的IQ系统发育树表明郏县红牛具有瘤牛和普通牛两个母系支系。［结论］郏县红牛具有丰富的母系遗传多样性,有普通牛和瘤牛两个母系起源。     

蒙古牛线粒体DNA全基因组遗传多样性与起源研究

［目的］通过对蒙古牛线粒体DNA(mtDNA)的基因组进行测序,探究蒙古牛的mtDNA基因组遗传多样性与母系起源。［方法］采用DNA提取、三代测序及生物信息学方法。［结果］在36头蒙古牛mtDNA全基因组序列中,共检测到22种不同的单倍型,平均单倍型多样度(Hd)为0.970,平均核苷酸多样度(Pi)为0.00845,表明蒙古牛有丰富的母系遗传多样性。构建的IQ系统发育树发现,蒙古牛具有瘤牛和普通牛两个母系支系。［结论］蒙古牛有丰富的母系遗传多样性,拥有普通牛和瘤牛两个母系起源,以普通牛起源为主。     

湘西黄牛mtDNA D-loop区遗传多样性研究

[目的]为了探究湘西黄牛的遗传多样性与母系起源。[方法]采用PCR扩增、测序及生物信息学方法。[结果]在33头湘西黄牛mtDNA D-loop区共检测到55个变异位点,界定了15个mtDNA单倍型,单倍型多样度为0.8750,核苷酸多样度为0.0144,表明湘西黄牛的遗传多样性较低。构建的系统发育树表明湘西黄牛具有普通牛和瘤牛两大母系起源。[结论]湘西黄牛的遗传多样性较低,属于中国南方黄牛,有瘤牛和普通牛两个母系起源,受瘤牛的影响更大。     

隆林牛与郏县红牛线粒体DNA全基因组遗传多样性比较研究

摘　要：［目的］本研究旨在从基因组水平探究隆林牛和郏县红牛的线粒体DNA（mtDNA）全基因组遗传多样性与母系起源,并对2个黄牛品种的mtDNA全基因组遗传多样性进行比较分析。［方法］采用全基因组重测序及生物信息学方法。［结果］在15头隆林牛和28头郏县红牛mtDNA全基因组序列中,共检测到36种单倍型,其中郏县红牛有26种单倍型,隆林牛仅有8种单倍型,2个黄牛品种共享2种单倍型。郏县红牛和隆林牛的平均单倍型多样度（Hd）分别为1.000和0.943,平均核苷酸多样度（Pi）分别为0.0080和0.0053,表明其遗传多样性丰富。构建的系统发育树表明,隆林牛和郏县红牛具有瘤牛和普通牛两个母系支系。［结论］隆林牛以瘤牛起源为主,郏县红牛为普通牛与瘤牛的混合起源,这2个地方黄牛品种具有独特的母系遗传信息,表现出明显的母系遗传差异。     

秦川牛mtDNA全基因组遗传多样性与母系起源研究

[目的]从32头秦川牛全基因组中提取其mtDNA全基因组序列进行分析,以揭示秦川牛mtDNA基因组的遗传多样性与母系起源。[方法]采用mtDNA全基因组序列比对及生物信息学方法。[结果]在32头秦川牛mtDNA全基因组序列中,共检测到30种不同的单倍型,其平均单倍型多样度（Hd±SD）为0.996±0.009,其平均核苷酸多样度（π±SD）为0.0067±0.0010,表明秦川牛具有丰富的母系遗传多样性。构建的mtDNA全基因组系统发育树与单倍型网络图表明,32头秦川牛的mtDNA全基因组序列包括T2、T3、T4、I1共4个不同的支系,其中T2支系占21.88%,T3支系占40.625%,T4支系占9.375%,I1支系占28.125%。说明秦川牛具有普通牛和瘤牛两个支系,其中普通牛支系占71.88%,瘤牛支系占28.12%。[结论]秦川牛具有丰富的母系遗传多样性,有普通牛和瘤牛两个母系起源,但以普通牛起源为主。     

广西3个地方黄牛品种mtDNA D-loop区序列多态性及起源分析

【目的】探究广西3个地方黄牛品种线粒体DNA控制区（mtDNA D-loop区）序列的多态性及其母系起源,为广西地方黄牛品种的选育、系统分类和开发利用提供科学依据。【方法】利用PCR扩增、测序和生物信息学方法对广西3个地方黄牛品种（南丹黄牛、隆林黄牛和涠洲黄牛）mtDNA D-loop序列进行多态性分析与系统发育进化树构建。【结果】从广西3个地方黄牛品种127个个体mtDNA D-loop区序列中检测到27种单倍型,其核苷酸多态位点65个,多态位点占所测核苷酸总长（908~912 bp）的7.143%,其中有61个转换、3个颠换和1个转换/颠换共存。广西3个地方黄牛品种mtDNA D-loop区单倍型多样度（H）为0.339~0.795,核苷酸多样度（π）为 0.31%~2.54%,表明广西3个地方黄牛品种mtDNA D-loop区的遗传多样性存在较大差异,其中,南丹黄牛具有更丰富的遗传多样性,隆林黄牛次之,涠洲黄牛的遗传多样性较贫乏。聚类分析结果表明,广西3个地方黄牛品种具有普通牛和瘤牛2大母系起源,受瘤牛起源影响更明显。【结论】广西3个地方黄牛品种具有瘤牛和普通牛两大母系起源,但受瘤牛影响更明显。隆林黄牛与南丹黄牛为瘤牛和普通牛的混合母系起源,而涠洲黄牛为纯正的瘤牛母系起源,因此,应加强对广西地方黄牛品种资源,尤其是对涠洲黄牛品种资源的保护力度。     

吉安牛mtDNA D-loop区遗传多样性研究

[目的]探究吉安牛的遗传多样性与母系起源。[方法]采用PCR扩增、测序及生物信息学方法。[结果]在26头吉安牛mtDNA D-loop区共检测到52个变异位点,定义了7种mtDNA单倍型。构建的NJ系统发育树表明吉安牛具有瘤牛和普通牛两个母系起源。[结论]吉安牛具有丰富的遗传多样性,有瘤牛和普通牛两个母系起源,且受瘤牛的影响较大。     

岭南牛mtDNA D-loop区遗传多样性研究

[目的]通过测定岭南牛线粒体D-loop全序列来了解岭南牛的母系起源及遗传多样性。[方法]采用PCR扩增、测序及生物信息学方法。[结果]通过对30头岭南牛mtDNA D-loop序列分析,共发现62个变异位点和19种单倍型,核苷酸多样度(Pi)为0.0260,单倍型多样度(Hd)为0.8920,表明岭南牛遗传多样性丰富。构建的NJ系统进化树表明岭南牛有普通牛和瘤牛2种母系起源。[结论]岭南牛属于南方牛类型,受瘤牛的影响较大,具有瘤牛和普通牛的种质特征。     

温岭高峰牛线粒体DNA全基因组遗传多样性分析

[目的]通过测定温岭高峰牛线粒体DNA全基因组序列以分析温岭高峰牛的母系起源及遗传多样性。[方法]采用DNA提取、测序及生物信息学方法。[结果]通过对19头温岭高峰牛线粒体DNA全基因组序列分析,共发现263个变异位点,定义9种单倍型,单倍型多样度(Hd±SD)为0.778±0.096,核苷酸多样度(Pi±SD)为0.0017±0.0014,表明温岭高峰牛的遗传多样性较低。构建的NJ系统发育树和单倍型进化网络图表明温岭高峰牛有普通牛和瘤牛2种母系起源。[结论]温岭高峰牛线粒体DNA基因组的遗传多样性较低,有瘤牛和普通牛两个母系起源,但主要受瘤牛的影响。     

夏南牛与13个黄牛群体mtDNA及微卫星DNA遗传多样性比较研究

采用mtDNA和微卫星DNA两种标记方法,对夏南牛与13个黄牛群体的179个个体进行遗传多样性和群体间的亲缘关系及母系起源分析。通过测定14个黄牛群体179条mtDNA D-loop区序列,共发现124个变异位点和60种单倍型,表明14个黄牛群体具有丰富的遗传多样性。夏南牛群体mtDNA D-loop区序列共发现49个变异位点和7种单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.732±0.017,其单倍型多样度较中国地方牛种低,中国黄牛具有更丰富的遗传多样性。通过测定9个具有高度多态性的微卫星座位的等位基因数(Na)、平均杂合度(H)和多态信息含量(PIC),表明9个微卫星位点在60个夏南牛个体中共发现47个等位基因,平均每个位点的有效等位基因数为1.229~6.584。总群体的PIC和H分别为0.608~0.798和0.695~0.837,夏南牛的PIC和H分别为0.692和0.715,夏南牛的遗传多样性较中国黄牛低,中国黄牛群体的遗传多样性高于外来牛种,这一结果和群体间mtDNA D-loop区研究结果一致。构建的NJ系统进化树显示14个黄牛群体主要起源于普通牛和瘤牛,夏南牛受瘤牛的影响更大,具有瘤牛和普通牛的种质特征。本研究为夏南牛遗传资源的保护、合理利用和选育改良提供了理论依据。     

甘孜藏牛mtDNA 基因组遗传多样性分析

［目的］探究甘孜藏牛的mtDNA基因组遗传多样性与母系起源。［方法］采用mtDNA全基因组序列比对及生物信息学方法。［结果］结果显示：在28头甘孜藏牛mtDNA 基因组中,共检测到1232个变异位点,确定了22种单倍型,其单倍型多样度（Hd）为0.98820±0.00010,核苷酸多样度（Pi）为0.02420±0.00003,表明甘孜藏牛具有丰富的母系遗传多样性。系统发育树和网络分布图表明,28头甘孜藏牛mtDNA基因组包括4种母系支系,分别为普通牛的T2、T3与T4支系,还有牦牛支系,其中T2支系占7.14%,T3支系占64.29%,T4支系占3.57%,牦牛支系占25 %。［结论］甘孜藏牛具有较丰富的母系遗传多样性,为普通牛母系起源,但与牦牛有杂交。     

青海省门源白牦牛mtDNA D-loop区遗传多样性及母系起源

为从分子水平上探究青海省门源白牦牛的母系遗传多样性及遗传背景,本研究对31头门源白牦牛线粒体DNA(mtDNA)D-loop区序列进行测定和比对分析,确定其多态位点和单倍型数目,计算核苷酸多样度、单倍型多样度及平均核苷酸差异数大小,并构建系统发育树。结果表明,门源白牦牛mtDNA D-loop区序列长度为892～896bp,排除5处插入/缺失后共发现38处多态位点,包括24处单一变异位点和14处简约信息位点;依据序列间核苷酸变异共确定了13种单倍型,单倍型多样度为0.901±0.030,核苷酸多样度为0.006±0.004,平均核苷酸差异数为5.17,提示门源白牦牛具有较丰富的母系遗传多样性。以普通牛为外群,邻接法(NJ法)构建的系统发育树结果显示,13种单倍型分为明显的2个分支,表明门源白牦牛有2个母系起源。综上所述,本研究结果表明门源白牦牛具有较丰富的母系遗传多样性,由2个母系遗传分支组成,具有2个母系起源。     

西藏牛Y染色体USP9Y基因与mtDNA D-loop区遗传多态性研究

本研究旨在探究西藏牛的Y染色体与mtDNA D-loop区的遗传多态性和起源。采用PCR扩增和限制性内切酶酶切的方法测定30头西藏牛Y染色体USP9Y基因的多态性;采用PCR扩增和测序技术测定30头西藏牛的mtDNAD-loop区序列,利用生物信息学的方法对西藏牛44条D-loop序列(其中14条从Gen Bank下载)进行遗传多态性分析。对30头西藏牛USP9Y基因的PCR产物进行电泳,共检测到471 bp和552 bp 2个片段,且552 bp片段不能被限制性内切酶Ssp I切开,说明西藏牛具有普通牛Y1和Y2 2种单倍型组,其频率分别为0.067和0.933。通过对44条西藏牛mtDNA D-loop全序列进行比对,发现本研究测定的30条西藏牛mtDNA D-loop全序列中,有8条为牦牛序列,说明西藏牛群体中有牦牛的基因渗入。对36条西藏牛mtDNA D-loop全序列进行分析,共检测到62个变异位点,界定了21个mtDNA单倍型,单倍型多样度为0.956 0,核苷酸多样度为0.006 4,表明西藏牛具有丰富的母系遗传多态性。系统发育树显示,西藏牛具有普通牛和瘤牛混合母系起源,且普通牛的单倍型在西藏牛群体中占绝对优势(95.24%)。西藏牛具有丰富的母系遗传多态性,由2个普通牛父系单倍型组构成,应归于普通牛一类,且群体中存在牦牛和瘤牛的基因渗入现象。     

中国水牛mtDNA D-loop区遗传多样性与母系起源

[目的]检测中国水牛21个群体232条线粒体DNA D-loop 915 bp全序列的遗传多样性及系统进化关系.[方法]PCR扩增、测序和生物信息学方法.[结果]发现232条序列中共有87种单倍型,其核苷酸多态位点88个,其中有79个转换,6个颠换,3个颠换与转换共存.中国水牛mtDNA D-loop区核苷酸多样度(π值) 为0.01403±0.00178, 单倍型多样度(H)为0.8460±0.0240,表明中国水牛mtDNA 遗传多样性丰富.根据单倍型构建了中国水牛的NJ分子系统树,发现中国水牛变异类型主要为两个大支系A和B,表明中国水牛有两个主要母系起源.进一步分析发现支系B具有较大的差异,可以细分为两个亚支B1 和B2.[结论]中国水牛mtDNA 遗传多样性丰富,有2个母系起源.     

中国黄牛mtDNA 16S rRNA基因遗传多样性与系统进化分析

采用PCR和DNA测序技术和生物信息学方法,测定分析了10个中国黄牛品种(群体)和2个外来牛品种共131个体的mtDNA 16SrRNA基因全序列的遗传变异,并分析了品种(群体)间的亲缘关系以及母系起源。结果表明,在12个群体131条16SrRNA基因序列中,共发现了78个变异位点,形成了40种单倍型,揭示了中国黄牛群体具有丰富的遗传多样性。总群体的平均单倍型多样性指数(Hd)为0.857±0.024,平均核苷酸多样性指数(Pi)为0.00582,Kimura双参数品种间遗传距离范围为0.001~0.009,10个中国黄牛品种(群体)核苷酸多样度高于2个外来牛品种。基于Kimura-2-parameter距离采用NJ法构建了10个中国黄牛品种(群体)分子系统树,111个体聚为2簇,即分别与瘤牛和普通牛聚在一起,说明中国黄牛存在两个母系起源,主要起源于瘤牛和普通牛。其中草原红牛和蒙古牛起源于普通牛,恩施牛主要起源于瘤牛,但是对于亲缘关系复杂的中原地区黄牛而言,瘤牛和普通牛对它们的影响力大小因品种而异。这些结果为我国黄牛的种质资源保护、杂交育种和品种改良奠定了分子遗传学基础。     

西藏牛和日喀则驼峰牛Y-SNPs遗传多样性及父系起源研究

[目的]分析西藏牛和日喀则驼峰牛的Y染色体遗传多样性及父系起源。[方法]采用PCR扩增、测序及生物信息学方法。[结果]通过对13头西藏牛Y-SNPs分析,发现西藏牛包含普通牛Y1、Y2及瘤牛Y3三种单倍型组,其频率分别为0.077、0.846和0.077;对8头日喀则驼峰牛Y-SNPs的分析表明,日喀则驼峰牛具有普通牛Y2和瘤牛Y3两种单倍型组,其频率分别为0.125和0.875。西藏牛和日喀则驼峰牛的单倍型多样度分别为0.2949±0.1558和0.2500±0.1802,表明西藏牛和日喀则驼峰牛具有较低的父系遗传多样性。[结论]西藏牛主要为普通牛Y2起源,日喀则驼峰牛主要为瘤牛Y3起源,且其遗传多样性较低。     

隆林黄牛Y-SNPs遗传多样性与起源研究

[目的]为从分子水平探究隆林黄牛的遗传多样性及父系起源。[方法]利用PCR测序及生物信息方法,对20头隆林黄牛公牛的2个Y-SNPs标记(UTY-19和ZFY-10)进行多态性检测。[结果]结果显示,20头隆林黄牛中有14头为Y3单倍型组(70%),有6头牛为Y2单倍型组(30%),Y染色体单倍型多样度为0.4421±0.0875,表明隆林牛具有丰富的Y染色体遗传多样性。[结论]隆林黄牛具有瘤牛和普通牛2个父系起源,以瘤牛父系起源为主。     

金川牦牛和中国西门塔尔牛肉品质差异研究

[目的]为从分子水平探究隆林黄牛的遗传多样性及父系起源。[方法]利用PCR测序及生物信息方法,对20头隆林黄牛公牛的2个Y-SNPs标记(UTY-19和ZFY-10)进行多态性检测。[结果]结果显示,20头隆林黄牛中有14头为Y3单倍型组(70%),有6头牛为Y2单倍型组(30%),Y染色体单倍型多样度为0.4421±0.0875,表明隆林牛具有丰富的Y染色体遗传多样性。[结论]隆林黄牛具有瘤牛和普通牛2个父系起源,以瘤牛父系起源为主。     

日本和牛Y染色体USP9Y基因多态性与父系起源研究

【目的】为了分析日本和牛Y染色体USP9Y基因遗传多态性与父系起源。【方法】利用PCR扩增与限制性酶酶切方法。【结果】对8头日本和牛纯种及19头和秦F1代杂种牛进行Y染色体USP9Y基因多态性及父系起源研究,结果表明:日本和牛与其杂种牛都具有USP9Y基因多态性,USP9Y基因的PCR产物均显示471bp和552bp两种带型,其中552bp带型不能被SspI酶酶切,则这2种带型对应Y1和Y2两种普通牛单倍型组,表明日本和牛含有Y1和Y2两个父系支系,有2个普通牛父系起源。日本和牛和杂种牛单倍型多样度分别为0.5714±0.0945和0.1988±0.1121,提示日本和牛具有较高的父系遗传多样性。【结论】日本和牛具有较高的父系遗传多样性及2个普通牛父系起源。