基于ISSR标记的江西野生寒兰居群遗传多样性研究

采用ISSR分子标记对江西省主要山脉12个野生寒兰居群共185个体进行遗传多样性和群体遗传结构研究。结果表明:12条ISSR引物共扩增出123个条带,其中多态性条带97个,多态性条带百分率(PPB)为78.9%。12个寒兰居群在物种水平上的遗传多样性较高,群体总观测等位基因数(N_a)为1.7967,有效等位基因数(N_e)为1.4461,N_ei’s基因多样性(H_e)为0.2649,Shannon’s信息多样性指数(I)为0.3995;在居群水平上遗传多样性较低,PPB平均值为43.97%,N_a平均值为1.4397,N_e平均值为1.2478,H_e平均值为0.1462,I平均值为0.2204;遗传分化系数(G_(ST))为0.4415,居群间基因流(N_m)为0.6325,表明居群内的遗传分化大于居群间的遗传分化;UPGMA聚类结果显示12个寒兰居群可聚为两支,第一支由资溪、武夷山大叶、武夷山小叶、崇义小叶、靖安、宜丰、井冈山、邵武大叶和邵武小叶9个居群组成;第二支由石城、安远和崇义大叶3个居群组成,聚类结果没有呈现出山脉分布的特点;Mantel检验结果表明遗传距离和地理距离之间无显著相关性(r=0.3791)。     

广西野生濒危植物掌叶木遗传多样性的ISSR与SRAP分析

采用ISSR和SRAP技术对中国野生濒危植物掌叶木[Handeliodendron bodinieri（Lévl.）Rehd.]的5个野生居群的95份材料进行分析,10条ISSR引物共扩增得到114个条带,其中多态性条带68个,多态性条带百分率（PPB）59.65%,掌叶木在物种水平上的Nei’s基因多样性（H）为0.1817,Shannon’s遗传多样性信息指数（I）为0.2792;观测等位基因数（Na）为1.5965,有效等位基因数（Ne）为1.2984,居群间基因间分化度（Gst）为35.17%。15组SRAP引物共扩增出292个条带,其中多态性条带269个,多态性条带百分比为92.12%,物种水平上,掌叶木的Nei’s基因多样性（H）为0.3171,Shannon’s遗传多样性信息指数（I）为0.4758;观测等位基因数（Na）为1.9212,有效等位基因数（Ne）为1.5380,居群间基因间分化度（Gst）为23.17%。结果显示两种标记均能检测到掌叶木具有较高的遗传多样性,掌叶木不同居群间存在一定的遗传分化和基因流动,但遗传分化主要存在于居群内。     

不同坡向映山红种群遗传多样性的ISSR研究

以黄狮寨3个不同坡向的杜鹃花居群为试材,采用10个ISSR分子标记,研究了坡向对杜鹃花遗传多样性的影响。结果表明:采用的ISSR标记共扩增出38个位点,其中多态性位点36个,多态性比率94.74%,各位点扩增条带为3~5个。"南坡居群"多态性位点、Nei′s基因多样性指数(h)、Shannon信息指数(I)均最高,最低的是"西坡居群"。南坡的地理环境和伴生物种对野生杜鹃花遗传多样性影响较大。黄狮寨杜鹃花居群总的遗传变异Ht为0.268 9,仅6.01%的遗传变异发生在居群间,发生在居群内的遗传变异高达93.99%。3个居群间遗传一致度最高的居群是"西坡居群"和"北坡居群";遗传距离最大的是"北坡居群"和"南坡居群"。为杜鹃花的生物保护、可持续开发利用等研究提供了参考依据。     

10 个山茶岛屿天然居群的遗传多样性分析

 采用ISSR 分子标记对舟山群岛、长门岩岛、鹿儿岛、四国岛和五岛的10 个山茶（Camellia japonica）居群的遗传多样性和分化程度进行分析。20 条随机引物扩增出210 个可分析位点,多态性百分比（PPL）为90%。试验结果显示,山茶居群水平的Nei’s 基因多样性指数为0.2732,Shannon 信息多态性指数为0.4003,表明其具有较高的遗传多样性。鹿儿岛、四国岛和五岛的居群相对于舟山群岛和长门岩岛居群而言,遗传多样性水平更高。10 个居群间遗传分化系数Gst = 0.2028;地理距离与遗传距离之间具有显著相关性（r = 0.9081,P < 0.05）,表明岛屿地理隔离对山茶居群间的遗传分化具有重要影响。UPGMA 聚类显示了居群间的亲缘关系,同岛内居群间亲缘关系更近,长门岩岛居群与舟山群岛居群亲缘关系近于和鹿儿岛、四国岛以及五岛居群间的亲缘关系。     

地木耳遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术对7个居群的地木耳进行了遗传多样性研究。结果表明:8条ISSR引物共检测到41条清晰的谱带,其中,多态性条带40条;地木耳在物种水平上遗传多样性较高,其PPB为97.56%、He为0.411 4、I为0.598 1;在居群水平上遗传多样性相对较低,其PPB为43.90%、He为0.165 4、I为0.246 3;居群间遗传变异较高,其中,Gst为0.597 3,PHIst为0.613 4,(Hsp-Hpop)/Hsp为0.588 2;聚类分析发现,以遗传一致度0.72为标准,7个地木耳居群可分为4类。地木耳物种水平遗传多样性大于居群水平,居群间遗传变异大于居群内。     

珙桐遗传多样性的AFLP 分析

 采用7对AFLP引物对中国珍稀濒危植物珙桐（Davidia involucrata Baill.）的6个天然居群和2个人工居群的229份材料进行扩增,共检测到100 ~ 500 bp的位点506个,其中多态性位点488个,多态性位点百分率96.44%;各居群多态位点百分率为52.77% ~ 79.25%,平均为67.00%。在物种水平上,珙桐的Nei’s基因多样性H_s = 0.3429,Shannon’s遗传多样性信息指数I = 0.5107。而居群水平上,各居群的Nei’s基因多样性介于0.2229 ~ 0.3389,各居群的平均Nei’s基因多样性H_s = 0.2748,各居群Shannon’s遗传多样性信息指数（I）介于0.3219 ~ 0.4877,平均Shannon’s遗传多样性信息指数I = 0.3995。居群间基因间分化度（G_st）为21.60%,基因流N_m为1.8。说明珙桐的遗传多样性较高,这8个居群间存在一定的遗传分化和基因流动,但遗传分化主要存在于居群内。在珙桐与其变种光叶珙桐之间未找到差异标记。     

三叶悬钩子自然居群遗传多样性的ISSR 分析

 利用ISSR分子标记对云南特有植物三叶悬钩子（Rubus delavayi Fanch.）的12个居群共248个个体进行了遗传多样性分析。结果表明：16个ISSR引物共扩增到199个位点,其中185个是多态性位点,占92.96%。三叶悬钩子居群具有很高的遗传多样性水平,在物种水平上平均每个位点的多态位点百分率（PPB）为97.99%,有效等位基因数（A_e）为1.427,Nei’s遗传多样性（H）为0.267,Shannon’s多态信息指数（I）为0.417;在居群水平上PPB为62.10%,A_e为1.289,H为0.177,I为0.275。居群间基因分化系数G_st = 0.3351,与AMOVA分析的居群间遗传变异量占总量的33.03%相近,说明三叶悬钩子居群间存在一定程度的遗传分化。居群间遗传分化占总遗传变异的33.51%,居群内的遗传变异为66.49%,基因流（N_m）为0.9923。通过Mantel检测,居群间的遗传距离与地理距离不存在相关性。UMPGA聚类分析和二维主成分分析（PCA）结果一致。导致居群内高遗传变异水平原因主要是有限的基因流,而居群间较低的遗传多样性水平可能与生态破坏和生物入侵有关。     

中国野生白灵菇遗传多样性的SCoT 分析

 对来自新疆裕民、托里、青河等3个县的63株野生白灵菇（Pleurotus eryngii var. tuoliensis）的遗传多样性进行了SCoT分析。9条SCoT引物共产生147条带,多态性条带比率为92.52%,平均多态性条带数为15.11。总样本的Nei’s基因多样性指数为0.261,Nei’s遗传一致度0.612 ~ 0.932,平均为0.772,这表明中国野生白灵菇具有丰富的遗传多样性。聚类分析和主坐标分析结果高度相似,几乎将供试样本完全按地理分布划分为3大类群,表明野生白灵菇的遗传多样性与地理分布密切相关。遗传距离分析表明,3个居群中,裕民居群与托里居群的亲缘关系最近,遗传距离为0.086;托里居群与青河居群的亲缘关系最远,遗传距离为0.156。相关性分析表明,遗传距离与直线地理距离和经向地理距离均不存在相关性,而与纬向地理距离存在明显的正相关关系。     

杧果野生居群遗传多样性ISSR分析

采用ISSR标记技术对海南、云南、广西3省的12个杧果野生居群共265个个体的遗传多样性水平及居群遗传结构进行研究。9个引物共检测到102个位点,其中89个位点为多态位点,占87.25%。POPGENE分析结果表明:杧果具有丰富的遗传变异(在物种水平上,He=0.2541,H0=0.3940;在居群水平上,PPL=66.81,He=0.1968,H0=0.3099)。Nei’s遗传多样性分析和AMOVA分析表明,各居群间产生了一定程度的遗传分化(GST=0.2337,FST=0.2192),可能是由于生境破坏和基因流的障碍(Nm=0.8905)引起。UPGMA聚类分析表明,广西的3个居群(那坡、邕宁、平南)优先与云南的文山居群聚为一支;而云南的永德和版纳居群各自聚为一支。     

江西省龙牙百合种质资源遗传多样性研究

利用14个ISSR引物对江西省4个主要产地的100个龙牙百合（Lilium brownii var. viridulum Baker）个体进行了遗传多样性研究,共扩增出213条清晰谱带,其中多样性谱带165条。ISSR分析结果显示：（1）龙牙百合的遗传多样性水平较高,其居群平均水平为PPF = 31.69%,Ne = 1.198,I = 0.168,Hpop = 0.113;物种水平为PPF = 77.46%,Ne = 1.438,I = 0.392,Hpop = 0.260;（2）不同产地的种质间出现明显的遗传分化（AMOVA：FST = 0.632, P < 0.001）;（3）聚类分析和主成分分析表明,来自同一产地的个体聚在一起,丰城市罗山居群（LS）与其他居群间的分化最大,藤田居群（TT）与苏溪居群（SX）的关系最近。     

滇西北地区5种羊肚菌遗传多样性的ISSR分析

以滇西北地区11个羊肚茵居群56个羊肚菌样品为研究材料,应用ISSR分子标记方法,进行了遗传多样性与亲缘关系分析。结果表明,11个多态性ISSR引物对全部试验样品进行PCR扩增,共获得88条稳定的条带,其中多态性条带70务（占79．55％）。应用软件POPGENE32分析得出11个羊肚菌居群间遗传距离的变化范围在0．1715～0．4853之间,相似系数的变化范围在0．6155～0．8424之间。遗传分化分析表明,61．35％的变异存在于居群间,38．65％的变异存在于居群内。对56个羊肚菌样品进行分子系统聚类分析（UPGMA）将资源分为三大组,对11个羊肚菌居群进行亲缘关系聚类分析将居群分为两大类群,聚类结果与地理距离有明显的相关性。     

Genetic structure of Buxus sinica var. parvifolia, a rare and endangered plant

Buxus sinica var. parvifolia, a rare and endangered tree species in some semitropics alpine areas of China, plays an important role in the maintenance of the landscape and ecosystem. In this study, RAPD and ISSR markers were used to investigate the genetic diversity and structure of five natural populations and one tamed population of B. sinica var. parvifolia. 21 RAPD primers amplified 209 bands with 167 (79.90%) polymorphic and 21 ISSR primers amplified 518 bands with 467 (90.15%) polymorphic. The genetic diversity, estimated by Shannon’ index, was 0.4343 (by RAPDs) and 0.3661 (by ISSRs). Both RAPD and ISSR analyses revealed a high level of genetic diversity in natural populations of B. sinica var. parvifolia. Furthermore, analysis of molecular variance (AMOVA) was used to apportion the variation within and between populations. The proportion of variation attributable to within-population differences was very high (69.2% by RAPDs; 84.51% by ISSRs). Moderate differentiation was detected among populations using RAPDs (30.80%), while only a small amount of variation (15.49%) was detected among populations using ISSRs. We suggest that the present genetic structure is due to high levels of environmental variability and gene flow, which still need further study to confirm. Conservation measures are suggested, including in situ and ex situ strategies, based on the observed population genetic information.     

利用ISSR分子标记对39份莲藕种质资源的遗传多样性分析

采用ISSR分子标记技术对39份莲藕品种进行遗传多样性分析。结果表明:8个ISSR引物共扩增出89条带,其中有55条多态带,平均每个引物扩增的多态性带数为6.88条,多态性比率平均为61.8%;通过遗传相似系数和聚类分析,能将39份莲藕品种完全区分开;说明ISSR标记技术能较好地从分子水平揭示出莲藕品种的遗传多样性。     

石榴种质资源遗传多样性及亲缘关系的ISSR分析

利用ISSR标记技术对47个石榴品种遗传关系进行了分析。筛选出多态性高的6条ISSR引物,共扩增出120条DNA条带,其中多态性带109条,多态性百分率为90.83%,有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样(H)、Shan-non信息指数(I)分别为1.294 5±0.309 4、0.189 7±0.161 8、0.309 1±0.219 8,遗传距离(Dg)变异为0.075 0～0.400 0,表明石榴品种间存在比较丰富的遗传多样性。利用UPGMA法构建分子树状图,将47个石榴品种分为5个类群。同时检测到15条特异性条带,可用于供试石榴中的11个品种鉴定的参考性标记。     

云锦杜鹃自然居群遗传多样性的ISSR分析

 利用ISSR技术对浙江省境内的5个云锦杜鹃自然居群的遗传多样性进行分析。12个引物共检测到170个位点, 其中多态位点150个, 多态位点百分率P (% ) 为88.24%。物种水平的Shannon信息指数( I) 为0.4317, Nei指数( h) 为0.2848, 表明物种水平的遗传多样性很高; 而居群水平的遗传多样性较低, P%平均为48123%, I平均为0.2682, h平均为0.1818。AMOVA分子差异分析显示40.03%的变异存在于居群间, 59.97%的变异存在于居群内, 居群间的遗传分化明显。居群间的基因流较低, 为0.8824。居群隔离、自交衰退可能是导致云锦杜鹃居群间遗传分化的主要原因。5个居群间的平均遗传距离为0.1755。聚类显示, 括苍山居群和天台山居群组成一组, 凤阳山居群和百山祖居群组成另一组, 干坑居群单独成一组。     

豆瓣菜种质资源遗传多样性的RAPD和ISSR分析

以8个豆瓣菜的品种为试材，用筛选出的79个RAPD引物和34个ISSR引物对这8个品种的基因组DNA进行扩增，分别扩增出361条和179条谱带，每个引物扩增出的带在3～10条之间，平均每个引物扩增出约5条带。根据所得的条带进行聚类分析，两种标记产生的聚类图存在一些差异，但它们都可以较好地将8个品种按亲缘关系的远近划分为3个不同的类群。Mantel测试得出相关系数r=0．58155，表明RAPD和ISSR两种分子标记技术的相关度很低。