GDF9基因12-bp InDel与陕北白绒山羊生长性状关联研究

生长分化因子9(growth differentiation factor 9,GDF9)也称FecG基因,是影响家畜繁殖力的常染色体主效候选基因,此基因在性腺轴相关组织及内脏组织器官中均有表达,且shRNA下调GDF9基因的表达可能对动物生长轴的调控造成影响,因此,推测GDF9基因对动物正常的生长发育也具有重要作用。为探讨GDF9基因作为山羊生长性状候选基因的可能性,寻找与山羊生长性状相关的分子标记,本研究以陕北白绒山羊(n=638)为研究对象,并结合已有报道利用DNA池检测GDF9基因的InDel位点,评估InDel位点与生长性状的相关性。本研究发现,在638只陕北白绒山羊GDF9基因3′调控区存在12-bp的插入缺失(InDel),群体共出现3种基因型(II,ID,DD),其中I和D等位基因频率分别为0.461和0.539,优势基因型为杂合型(ID)频率为0.874。关联性分析结果表明,该突变位点与陕北白绒山羊体高显著相关(P<0.01),同时显著影响十字部高性状(P<0.05)。其他性状虽然没有显著的相关性,但是其体重、体长等重要生长性状也表现相同的趋势。因此,GDF9基因可作为陕北白绒山羊生长性状选育的候选基因,为陕北白绒山羊选育工作提供理论依据。     

β-catenin基因26 bp插入/缺失对陕北白绒山羊生长性状的遗传效应分析

旨在研究β-连环蛋白(CTNNB1)基因上的多态性位点,并与陕北白绒山羊生长性状进行关联分析,寻找与生长性状相关的遗传标记,为山羊高生产力的标记辅助选择提供科学依据。以陕北白绒山羊(n=848)为研究对象,PCR大样本扩增检测β-catenin基因的插入/缺失(InDel)突变,并评估该位点与生长性状的相关性。结果发现,在848只陕北白绒山羊中β-catenin基因的第10内含子上存在一个26bp InDel的位点;该群体中共出现3种基因型,分别为II、ID和DD。关联性分析结果表明,该突变位点与陕北白绒山羊胸深显著相关(P<0.05),其中杂合型ID为优势基因型。因此,β-catenin基因可作为陕北白绒山羊生长性状选育的候选基因,为陕北白绒山羊选育工作提供理论依据。     

MyoG基因SNP检测及与藏羊体尺性状的关联性分析

利用PCR-SSCP及DNA测序技术,对632只河南县欧拉型藏羊、祁连县高原型藏羊和贵南县黑藏羊的MyoG基因exonⅠ多态性进行检测并分析多态位点与体尺性状的相关性。结果表明,MyoG基因exonⅠ109位存在A→C的碱基突变,存在CC、CA、AA3种基因型,该突变导致MyoG基因exonⅠ37号位谷氨酸(GAG)→丙氨酸(GCG)的错义突变;该位点在3个藏羊群体中均处于中度多态;最小二乘法分析表明,河南县欧拉羊群体中CC基因型个体的体重、体高和体长均显著高于AA基因型个体(P0.05),祁连县高原型藏羊群体中CC基因型个体的体重显著高于AA基因型个体(P0.05),贵南县黑藏羊群体中CC基因型个体的体长显著小于CA基因型和AA基因型个体(P0.05)。     

GHR基因9-bp InDel与陕北白绒山羊体重和生长性状的关联研究

生长激素受体(growth hormone receptor,GHR)是生长激素(GH)的特定跨膜受体,对动物正常的生长发育具有重要作用。该试验随机选择532只陕北白绒山羊,通过降落PCR (Touch down PCR)方法鉴定陕北白绒山羊GHR基因第一内含子存在的9bp插入缺失(InDel)情况并分析其与体重、生长性状的相关性。研究发现,陕北白绒山羊GHR基因共出现II、ID、DD 3种基因型;相关分析结果表明,在体重、髋宽、体高、荐高和胸深指标上,基因型ID或DD个体相比较II型个体更具显著性优势(P0.05),说明该位点等位基因D更有利于山羊的生长发育。研究表明GHR基因可作为陕北白绒山羊体重和生长性状的候选基因,为陕北白绒山羊产业快速高效发展提供科学理论依据。     

内蒙古绒山羊KAP9.2基因遗传多态性及其与生长性状的关联分析

【目的】 探究内蒙古绒山羊KAP基因家族角蛋白相关蛋白9.2（KAP9.2）基因插入/缺失（insertion/deletion,InDel）突变及其与生长性状的关系,以期为内蒙古绒山羊分子育种提供理论基础。【方法】 选取606只雌性阿拉善型内蒙古绒山羊为研究对象,采集耳组织提取DNA并测定其体重及体高、体长和胸围等体尺数据,利用琼脂糖凝胶电泳方法与直接测序技术检测KAP9.2基因的InDel突变,检测遗传多样性指标,利用SPSS 23.0软件分析突变位点与生长性状的关联性。【结果】 在内蒙古绒山羊KAP9.2基因外显子区存在30 bp的InDel突变,产生II、ID和DD 3种基因型。多态信息含量（PIC）显示,该位点在育成羊群体中属于中度多态（0.25<PIC<0.50）,在成年羊群体中属于低度多态（PIC<0.25）,且均处于哈代-温伯格平衡状态（P>0.05）;在整个群体中,属于低度多态（PIC<0.25）,但偏离哈代-温伯格平衡状态（P<0.05）。关联分析结果表明,在育成羊群体中,此30 bp的InDel突变对体长和十字部高有显著影响（P<0.05）,对体高、胸深和胸宽有极显著影响（P<0.01）;在成年羊群体中,此突变对管围、胸深和胸宽有极显著影响（P<0.01）。进一步的分析发现,在育成羊和成年羊全部群体中,此突变对体长和十字部高有显著影响（P<0.05）,对体高、胸深和胸宽有极显著影响（P<0.01）。【结论】 KAP9.2基因InDel突变对阿拉善型内蒙古绒山羊多个生长性状有显著或极显著影响,可作为内蒙古绒山羊优良性状选育的分子标记。     

陕北白绒山羊H-FABP基因SNPs及其与生长、胴体性状的相关研究

利用PCR-SSCP技术分析了262头周岁陕北白绒山羊H-FABP基因外显子2的多态性及其与生长和胴体性状的关系,结果表明该座位存在1个突变位点(G→C),且该群体处于Hardy-Weinberg非平衡状态;H-FABP基因的AB与AA和BB基因型个体背膘厚差异显著,AA和BB型个体间的差异极显著;AB和BB型个体的胸围和管围差异显著(P＜0.05),AA和BB型个体的眼肌面积具有显著差异(P＜0.05),其他性状在不同基因型间均无显著差异;此外,在初生重、眼肌面积、背膘厚等6项指标上,均表现为AA＞AB＞BB,而在体高、胸围、管围3项指标上,均表现为AB＞AA＞BB.可以推断H-FABP基因可作为陕北白绒山羊生长及胴体性状的候选基因和绒山羊肉用性能的分子标记.     

绵羊FRZB基因InDel检测及其与生长性状的关联分析

本研究以卷曲相关同源蛋白(FRZB)基因作为候选基因,以同羊、小尾寒羊、兰州大尾羊和湖羊4个品种共计582只绵羊个体为试验材料,利用琼脂糖凝胶电泳结合DNA测序技术对FRZB基因的InDel进行筛查,旨在寻找与4个品种绵羊生长性状相关的InDel位点。结果表明,绵羊FRZB基因第1内含子上检测到一段14 bp的InDel突变;FRZB基因内含子区InDel突变位点在同羊、小尾寒羊、兰州大尾羊和湖羊群体中均存在II、ID、DD 3种基因型;关联分析表明,FRZB基因中检测到的InDel突变对同羊生长性状有显著影响(P0.05),其中II基因型的体长、背高、荐高、距骨宽度、尾长和尾宽在同羊群体中显著优于DD基因型,可以作为候选分子标记用于同羊分子标记辅助选择。这些结果提示,绵羊FRZB基因第1内含子上一个14 bp的插入突变可显著影响同羊生长性状,可以作为绵羊育种中生长性状的潜在分子标记。     

IGF-1基因内含子4多态性与南江黄羊生长性状的关系

为寻找与南江黄羊生长性状相关的分子标记,试验以羊的类胰岛素生长因子-1作为控制南江黄羊生长性状的主基因的候选基因,以405只南江黄羊为试验材料,利用PCR-SSCP方法和DNA序列分析技术检测了内含子4的多态性.结果表明:内舍子4上有1个G→C颠换多态,与生长性状关联分析结果表明,该多态位点与初生重和周岁体重有关系(P＜0.05),CC基因型初生重显著高于GG基因型和CG基因型(P＜0.05);CC基因型个体的周岁体重显著高于CG基因型(P＜0.05);且基因型对周岁体长和周岁体高的影响接近显著(P=0.068 5和P=0.060 6),在这两个体尺性状上,都表现为CC＞GG＞CG.初步认定CC基因型是初生重和周岁体重有利基因型.     

生长抑素基因第1外显子多态性与湘西黄牛体尺性状的关联分析

为探讨湘西黄牛分子遗传特征和寻找生长性状相关的分子标记,本试验采用PCR-SSCP方法检测湘西黄牛生长抑素(somatostatin,SST)基因第1外显子126 bp处g.934G>A位点的多态性,并进行了多态性与生长性状的关联分析。结果表明,湘西黄牛在g.934G>A位点有G和A两个等位基因,G等位基因占优势,检测到GG、AG和AA 3种基因型,呈中度多态,达到Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。湘西黄牛GG基因型个体的体高和体长显著大于AA基因型个体(P<0.05);GG和AG基因型个体的胸围和体重极显著大于AA基因型个体(P<0.01)。G等位基因对湘西黄牛的体高、体长、胸围和体重4个性状均为正效应。本试验结果提示,SST基因g.934G>A位点可能为湘西黄牛生长性状的分子遗传标记位点。     

黄牛LYST基因InDel检测及其与生长性状的关联分析

以LYST基因作为候选基因,基于GeneBank提供的序列,以鲁西牛、南阳牛、秦川牛、郏县红牛4个品种共计602个个体为试验材料,利用DNA池测序结合聚丙烯酰胺凝胶电泳对LYST基因的插入缺失(InDel)进行探索验证,并对不同个体进行基因分型,再结合体尺数据分析不同基因型与生长性状的关系。结果表明:(1)黄牛LYST基因的第44内含子上检测到一段InDel,片段长度为22bp;(2)LYST基因内含子区P2InDel突变位点在郏县红牛、秦川牛、鲁西牛群体中均存在II、ID、DD共3种基因型,而在南阳牛群体中仅存在野生纯合基因型DD和杂合子ID两种基因型,无II基因型存在;(3)LYST基因第28号内含子区InDel位点多态性与郏县红牛的体高、胸围、体重、重高比及体躯指数之间存在显著相关性,可以作为候选分子标记用于郏县红牛分子标记辅助选择。结论:本研究在LYST基因第28内含子发现一个能显著影响郏县红牛生长性状的22bp插入突变,该突变可作为郏县红牛生长性状的潜在分子标记。     

陕北白绒山羊H-FABP基因内含子3的遗传多态性分析

利用PCR-SSCP技术分析了253头周岁陕北白绒山羊H-FABP基因内含子3的多态性及其与生长和胴体性状的关系。结果表明:该座位存在1个突变位点(G→C),且该群体处于Hardy-Weinberg非平衡状态;H-FABP基因的AA型和AB型之间在陕北白绒山羊的胸围和体高上差异显著(P<0.05),其他性状在不同基因型间均无显著差异(P>0.05);此外,在体斜长和背膘厚上表现AB>AA,在其他性状上均表现AA>AB。可以推断H-FABP基因可作为陕北白绒山羊生长及胴体性状的候选基因和绒山羊肉用性能的分子标记。     

内蒙古绒山羊KAP6.2基因多态性与生长性状和绒细度性状的关联分析

为探讨角蛋白关联蛋白6.2(keratin-associated protein 6.2, KAP6.2)基因遗传多态性与内蒙古绒山羊生长性状和绒细度性状的相关性,以期为内蒙古绒山羊遗传育种改良提供理论依据,本研究采集598只雌性内蒙古绒山羊耳组织,提取基因组DNA并进行PCR扩增,检测KAP6.2基因的插入/缺失(Insertion/Deletion, InDel)突变,分析突变位点与生长性状和绒细度性状的相关性。结果显示,在育成羊中,该突变位点与胸围和十字部显著相关(P<0.05),与体长、胸宽和胸深极显著相关(P<0.01);在成年羊中,该突变位点与胸宽显著相关(P<0.05),与胸围、十字部高和胸深极显著相关(P<0.01);在育成羊和成年羊全部群体中,该突变位点与体长、胸围、十字部高、胸深和胸宽极显著相关(P<0.01),与绒细度显著相关(P<0.05)。上述结果提示,KAP6.2基因外显子区24 bp InDel突变位点与内蒙古绒山羊部分生长性状显著或极显著相关,与绒细度显著相关,可作为内蒙古绒山羊部分生长性状和绒细度性状选育的遗传标记,...     

ASB12基因SNPs位点多态性与延边黄牛生长性状关联分析

为研究延边黄牛细胞因子信号转导相关(ASB12)基因多态性与延边黄牛体尺性状的相关性,以203头同等饲养条件下延边黄牛阉牛为研究对象,采用PCR-RFLP技术检测ASB12基因的SNPs位点,并将其与延边黄牛体尺性状进行关联分析。结果:ASB12基因存在2个突变位点,分别为T709C突变,导致氨基酸Leu→Pro的错义突变;C1039T突变,导致氨基酸Pro→Leu的错义突变。χ~2检验显示,2个突变位点在所检测延边黄牛群体中处于Hard-Weinberg平衡状态(P0.05)。关联分析显示,延边黄牛ASB12基因2个突变位点的不同基因型与体高、体斜长差异显著(P0.05)。将2个突变位点合并基因型分析结果表明,组合AACG基因型个体在体高和体斜长显著高于组合BBGG型个体(P0.05)。初步认为ASB12基因对延边黄牛生长性状的有显著影响,其中组合AACG可能是影响延边黄牛生长性状的最佳基因型组合。     

肌联蛋白基因SNPs位点多态性与延边黄牛生长性状间的关联分析

为了研究延边黄牛肌联蛋白(Titin,TTN)基因的多态性对延边黄牛生长性状的影响,选取208头健康的32月龄延边黄牛,利用PCRRFLP和PCR-SSCP方法进行TTN基因遗传变异检测。结果表明:延边黄牛TTN基因存在2个突变位点,分别为A47751G突变,导致氨基酸Ile→Val的错义突变,C73301A同义突变;χ2检验显示,2个突变位点在所检测延边黄牛群体中处于Hard-Weinberg平衡状态(P005);关联分析显示,延边黄牛TTN基因2个突变位点的不同基因型与体高、体斜长、胸围和尻长上差异显著(P005)。将2个突变位点合并基因型分析结果表明,组合AACC基因型个体在体高和体斜长显著高于AATT型个体(P005),初步认为TTN基因对延边黄牛生长性状的有显著影响,其中组合AACC可能是影响延边黄牛生长性状的最佳基因型组合。     

山羊KAP9.2基因多态性研究

KAP基因家族角蛋白相关蛋白9.2(KAP 9.2)是超高硫角蛋白相关蛋白基因家族中的一员,可能在连接中间微丝角蛋白中起重要作用.研究通过DNA测序和PCR-RFLP技术对KAP9.2基因进行了研究.结果表明:KAP9.2基因在286位存在T/C突变,该突变位点能够被Pst Ⅰ识别并切割,在785个内蒙古白绒山羊、212个陕北白绒山羊及239个奶山羊个体中均出现TT、TC、CC三种基因型,其频率分别为0.047,0.519,0.434;0.180,0.592,0.228;0.431,0.544,0.025 1.T和C的等位基因频率分别为0.307,0.476,0.703和0.693,0.524,0.297.X2检验表明3个山羊品种在KAP9.2位点上均处于HardyWeinberg不平衡状态(P＜0.05),T和C等位基因的频率在绒山羊和奶山羊中差异显著(P＜0.05),C等位基因为绒山羊的优势基因,揭示该等位基因可能与绒性状有关.     

鸡VIPR受体基因多态性与鸡冠性状的关联分析

为探究鸡血管活性肠肽受体基因(VIPR1和VIPR2)多态性与鸡冠性状的关系,采用PCR-SSCP和测序验证技术检测了优质肉鸡F系287只种鸡的SNPs,并进行了关联性分析。结果表明:VIPR1基因发现2个突变位点,分别为g.73352CT突变,g.68818TC突变;VIPR2基因发现1个突变,为g.36127AG突变。χ~2检验发现,3个突变位点并不处于Hardy-Weinberg平衡状态;遗传参数分析发现,g.73352CT属于高度多态,其余位点均属于中度多态。关联性分析表明:3个突变位点各基因型个体间生长激素(GH)和睾酮激素(TEST)含量无显著差异(P0.05)。VIPR1基因g.73352CT突变位点,TT基因型个体冠高、冠面积和肉垂面积显著大于CC基因型个体(P0.05),g.68818TC位点各基因型个体间冠高、冠面积、肉垂面积差异显著(P0.05),VIP2基因g.36127AG位点GG基因型个体冠高、冠面积和肉垂面积显著大于AA和AG基因型个体(P0.05)。由此可见,VIPR1和VIPR2可能是影响鸡冠性状的主效基因或与控制该性状的主效基因连锁,能够作为候选基因用于鸡冠的分子标记辅助选择。     

MC4R和PROP1基因多态性及合并基因型与中国美利奴羊生长性状的关联分析

为了探讨MC4R和PROPI基因作为绵羊生长性状候选基因的可能性,寻找与绵羊生长性状相关的分子标记.本研究采用PCR-SSCP方法检测中国美利奴羊和德国美利奴羊MC4R和PROP1基因的多态性,分析了多态位点不同基因型及合并基因型与中国美利奴羊生长性状的关联性.结果表明:MC4R基因MC4R-3位点存在G894C突变,MC4R-4位点3′侧翼区存在A1223G、G1229A和T1307G 3个突变位点;PROP1基因在外显子3上存在A2660G突变,导致Thr181Ala改变.关联分析表明,在中国美利奴羊群体中,MC4R-4位点不同基因型个体体斜长和腰角宽差异显著(P＜o.05),优良基因型为BB; PROP1基因不同基因型个体尻宽和胸围差异显著(P＜o.05),优良基因型为BB; PROPl-MC4R-4优良基因型聚合体BB-BB个体体斜长高于其它合并基因型个体(P＜o.05).结果提示绵羊MC4R和PROP1基因单核苷酸多态性及合并基因型对中国美利奴羊生长性状有一定的影响,可以作为进行绵羊生长性状分子标记辅助选择的候选基因.     

绵羊PRND基因多态性及其与生长性能的关联分析

目的:研究绵羊PRND基因多态性及其对生长性能的遗传效应,旨在寻找改良绵羊生长性能的分子标记。方法:本研究采用DNA测序的方法检测了兰州大尾羊(n=120)、小尾寒羊(n=190)、滩羊(n=1 020)3个群体共1 330个个体在绵羊PRND基因中的遗传变异,并分析了绵羊PRND基因多态性与生长性能的关联性。结果:绵羊PRND基因存在多态性。其中,兰州大尾羊未检测到DD型,II基因型频率高于ID型,等位基因I频率高于等位基因D,SNP处于低度多态(PIC0.25);小尾寒羊、滩羊均检测到DD、ID、II三种基因型,II基因型频率均高于DD、 ID型,等位基因I频率高于D,SNP均处于低度多态(PIC0.25);关联分析表明,兰州大尾羊ID型个体的各种生长性能均高于II型个体。其中,兰州大尾羊ID型个体的胸围普遍高于小尾寒羊和滩羊,体斜长差异显著(P0.05)。小尾寒羊管围差异显著(P0.05)。滩羊生长性能差异均不显著(P0.05)。结论:PRND基因在兰州大尾羊、小尾寒羊、滩羊中都存在多态性,对绵羊生长性能有显著影响。     

苏姜猪ESR基因和FSHβ基因多态性及其对部分生长性状的影响

研究157头苏姜3世代猪ESR和FSHβ基因型分布,并对基因型与6月龄体高、体长、胸围和体重作了相关分析。结果表明:两位点在苏姜猪中存在多态性;ESR基因BB基因型猪的体高、体长、胸围和体重显著(P<0.05)低于AA基因型的个体,体高、胸围、体重达到极显著水平;FSHβ基因BB基因型个体的体长显著(P<0.05)低于AA型的个体。合并基因型BBBB个体的体高和胸围显著(P<0.05)低于AAAB、AABB、ABAB和ABBB基因型个体,而体重则显著(P<0.05)低于其他合并基因型的,部分基因型之间达到极显著水平(P<0.01)。结果提示,两基因有利于产仔数的BB型体尺性状较小,生长速度较慢。苏姜猪选育时应进行ESR和FSHβ基因的分子标记辅助选择,可避免B等位基因的流失。     

TXNRD1基因多态性与乌珠穆沁绵羊生长性状的关联分析

本研究旨在探讨TXNRD1多态性与乌珠穆沁绵羊生长性状之间的关联性,以期找到与乌珠穆沁绵羊生长有关的分子标记。采用DNA混池测序技术筛选TXNRD1基因外显子突变位点,并采用质谱分型技术检测343头乌珠穆沁绵羊群体突变位点的基因型,并对其单个SNP及多个SNPs位点之间的组合基因型与生长性状之间进行关联分析。结果发现:在该基因第1外显子处发现1个C→T的错义突变(RS10);在第10外显子发现1个A→C同义突变(RS17);在第12外显子处发现1个T→C同义突变(RS18)。χ~2适合性检验表明,3个位点均处于HardyWeinberg平衡状态(P0.05)。连锁不平衡和单倍型分析表明:RS10-RS17,RS10-RS18两个位点之间可能存在强连锁,RS17-RS18之间弱连锁。CAT是优势单倍型,其频率为0.356。关联分析发现,每个位点的3种基因型的个体在4月龄体重和胸围上均有显著差异(P0.05)。RS10位点3种基因型的个体在6月龄体重、体高、胸围及胸宽上差异显著(P0.05),RS17位点3种基因型的个体在6月龄体高上差异显著(P0.05),RS18位点上3种基因型的个体在6月龄体重、体高、体斜长和胸围上有显著性差异(P0.05)。组合基因型关联分析发现,不同多态位点之间的组合基因型在乌珠穆沁绵羊不同生长性状之间差异显著(P0.05)。综上所述,可以将TXNRD1基因的多态性位点作为分子标记,在乌珠穆沁绵羊的选育中进行探索和尝试。