蜡状芽胞杆菌群三大类全基因组序列的同源性分析

全基因组比对一般采用全基因组范围内的序列比对,本文首次采用单基因在全基因组范围内进行基因排列比对,选取了蜡状芽胞杆菌群中的44个必须基因,在该群中3大类共5个(Bt.97-27,Bc.14579,Bc.10987,Bc.E33L和Ba.Ames Ancestor)全基因组进行横向比对,所有基因在各个基因组中的排列顺序完全一致,少有交叉,进一步证明:在蜡状芽胞杆菌群中,特别是在蜡状芽胞杆菌、苏云金芽胞杆菌和炭疽芽胞杆菌之间,存在相当大的基因相似性,这与前人的研究结果一致。这种相似性有利于将来用于在该群中所有菌株的全基因组测序装配中。     

杨树基因组中染色体基因丰度分化及EST序列对基因覆盖度的检测（英文）

高等植物基因组中,大部分序列为非表达序列,基因序列所占的比例很小,了解基因在基因组中的分布是研究基因组结构的一个重要方面。在美国能源部资助下,一个毛果杨无性系的基因组测序已经完成并对公众发布。杨树全基因组序列的完成,为我们了解林木基因组中基因的分布提供了一个特例。在本文中,我们利用泊松分析对杨树基因组中基因在各个染色体上的密度进行了检测,结果表明杨树基因组中各条染色体的基因含量存在显著差异。杨树全基因组测序项目揭示现代杨树基因组起源于一次古全基因组复制事件（称为杨柳科基因组复制）,所以杨树基因组不同染色体间存在很大的同源复制片段。但是我们的研究显示,杨树基因组中大多数高度同源的染色体上基因的密度与染色体间的同源性没有明显关系,这说明杨柳科全基因组复制事件后,各个高度同源染色体上的基因发生了流失,且基因流失的速率是不一样的。同时本文还对近九万条毛果杨EST序列进行了比对分析,结果显示这些EST序列覆盖的基因仅占杨树基因组中基因总数的16.8%左右。EST测序虽然是发现基因的一个重要手段,但小规模EST测序对基因的覆盖度很低,所以小规模EST测序的应用价值是有限的。     

高粱基因组遗传图谱构建的研究进展

高粱 (Sorghum bicolor L. Moench) 基因组分子遗传连锁图谱的构建始于20世纪90年代。覆盖高粱全基因组的高密度分子遗传连锁图谱已构建完成，正在进行高粱遗传图谱与物理图谱的整合，把遗传连锁群与相应的染色体对应起来, 并已初步确定了染色体着丝粒、长短臂、核仁组织者区域(NOR)等染色体重要结构在遗传连锁图上的位置。随着研究的深入，高粱全基因组完全测序和高粱功能基因组学的研究即将全面启动.     

茂原链霉菌DSM 40847全基因组测序及序列分析

茂原链霉菌（Streptomyces mobaraensis）是一种高GC含量的革兰氏阳性放线菌,它广泛用于生产转谷氨酰胺酶、博来霉素、莫能霉素等。目前,还没有相关研究报道茂原链霉菌的全基因组序列,这限制了基于功能基因挖掘和利用的定向育种以及分子遗传研究。本研究首次通过高通量测序技术对茂原链霉菌DSM40847进行全基因组测序,使用Velvet软件进行拼接得到266 contigs,整个基因组大小约7.5 Mb,GC含量为73.2%,序列已提交至美国国立生物技术信息中心（NCBI）的GenBank数据库。通过对基因组序列进行分析,成功鉴定转谷氨酰胺酶酶原激活相关蛋白基因,同时对该菌株的次级代谢产物合成基因簇进行了预测,相关研究结果将为茂原链霉菌的功能基因组学研究提供基础数据。     

一株热带芽孢杆菌的分离鉴定及促生作用研究

为了筛选高效植物根际促生菌株,分析菌株促生应用潜力,为微生物肥料的研发提供宝贵的菌种资源。采集了海南省乐东黎族自治县的根际土壤,采用稀释涂布法分离筛选促生菌株,研究其产吲哚乙酸(IAA)、铁载体、蛋白酶、溶磷的能力,通过16S rRNA 基因系统发育分析和全基因组特征对新分离菌株进行物种鉴定。分离得到一株产多种促生活性物质的菌株S03,基于16S rRNA 基因和系统发育树分析结果表明,新分离菌株S03 与NR157736 热带芽孢杆菌(Bacillus tropicus)1A01406 亲缘关系最近,结合全基因测序结果,确定菌株S03 为 Bacillustropicus。Bacillus tropicus S03 基因组全长5.42 Mb,碱基对G+C 含量为36.02%,共编码5666 个基因。通过GO 数据库对比分析,S03 具备促生物质(IAA、铁载体等)合成相关的基因。Bacillus tropicus S03 的促生潜力良好,IAA产量为45.73 mg·L-1,溶解无机磷能力为82.30 mg·L-1,同时还具备产蛋白酶和铁载体的能力,Bacillus tropicusS03 菌液可以显著促进小油菜的生长,提高产量和品质。Bacillus tropicus S03 可以溶解无机磷,并产生IAA、铁载体、蛋白酶等促生物质,具有良好的促生应用潜力。     

粘细菌纤维堆囊菌的基因组学研究现状

纤维堆囊菌（S.cellulosum）属于粘细菌中的堆囊菌属,它们能产生丰富的次级代谢产物,而且是目前基因组最大的原核生物,现已测序的S.cellulosum So ce56和So 0157-2分别拥有13.03 Mb和14.78 Mb的环状染色体。本文阐述了这两株纤维堆囊菌在序列的组装验证和基因组的分析注释等方面的完成情况,以及人们在测序的基础上,对其展开的结构基因组学、比较基因组学和功能基因组学的研究。通过介绍这两株已测序纤维堆囊菌的基因组学研究现状,我们总结了从纤维堆囊菌的全基因组序列中挖掘遗传信息的方法,为发现纤维堆囊菌中新的功能基因提供一些参考。     

绿头鸭线粒体基因组全序列分析及河鸭类系统发育关系

参照近源物种线粒体基因组序列设计引物15对,用PCR产物直接测序法测得绿头鸭线粒体基因组全序列,初步分析其基因组特点和各基因的定位。结果显示：绿头鸭线粒体基因组全长16606bp,共有13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个非编码控制区(D-loop),其组成和排列顺序与已知雁形目鸟类相似。基于GenBank已有D-loop区序列,用N-J法构建河鸭类系统进化树。结果表明：河鸭类分为3个进化枝。其中,家鸭、绿头鸭及斑嘴鸭构成一枝 ,初步推断我国家鸭起源于绿头鸭和斑嘴鸭,或是绿头鸭和斑嘴鸭的杂交后代。     

YAC克隆——复杂基因组分析技术（综述）

ＹＡＣ克隆技术是复杂基因组研究中不可缺少的工具，有关基因组研究的许多技术都是以ＹＡＣ为基础发展起来的，包括基因组大尺度物理图谱绘制，ＹＡＣ重叠群构建及全基因组测序，基因图位克隆策略，ＹＡＣ大分子转基因技术等，这些技术在人类，动物，植物等基因组研究中已广泛应用，取得了令人瞩目的成就，本文就这些研究技术及进展作一综述。     

我校参与并出色完成微生物基因组测序项目

20 0 1年 1 0月 3 0日 ,上海、北京、广西等科学家在国家人类基因组南方研究中心宣布 ,经过联合攻关 ,最近完成了三种重要的人类和植物病原微生物——钩端螺旋体、表皮葡萄球菌和黄单胞菌的全基因组测序 ,取得了国际领先的科研成果。我校校长唐纪良博士和分子遗传研究所何勇强博士到达上海并参加了为此而举行的新闻发布会。据了解 ,在此次基因科研中 ,广西大学主持承担了其中的“野油菜黄单胞菌全基因组序列测定与突变体库的构建”项目并出色完成了任务。据介绍 ,在承担了国际人类基因组测序计划任务的同时 ,我国还启动了微生物基因组测序计…     

基于Illumina测序技术挖掘Bt杀虫基因资源

苏云金芽孢杆菌作为应用最为广泛的生物农药,已经成为化学合成农药必要的补充或替代品,其杀虫蛋白基因已成功的应用到转基因抗虫作物中。本文基于海南五指山和吊罗山热带原始雨林区土壤样品筛选分离的Bt菌株资源,利用第二代测序技术Illumina对分离的特异Bt菌株的杀虫基因进行全面分析,鉴定出新型Bt杀虫蛋白基因25个,其中包括5个新型的营养期杀虫蛋白基因（vip）和3个新型cyt基因。本研究表明第二代DNA测序技术可以高效用于挖掘Bt杀虫基因资源,而获得的新型杀虫蛋白基因将进一步丰富我国能够应用的杀虫基因种类。     

转基因抗虫棉对茎部内生细菌多样性的影响

比较转Bt基因抗虫棉与其母本茎部内生细菌多样性,为评估转基因棉花生物安全性提供基础数据.采用平板培养方法对转基因棉花(中棉30,TC)与其母本(中棉16,CC)茎部内生细菌进行分离与计数,用细菌的通用引物扩增细菌的16SrDNA片段,进行RFLP分析.采用培养方法分离与计数所得的棉花茎部内生菌数量为105 cfu/g;...     

一种检测转Bt基因抗虫棉新棉33B和GK-12的PCR方法

测定了转基因抗虫棉新棉33B和GK-12的Bt基因表达盒的序列,发现它们在Bt基因和Bt基因与终止子连接区的序列存在差异,而在启动子与Bt基因连接区的序列完全一致。基于这种结构上的差异,设计3条特异性引物MG-P1、MG-P2和MG-P3,建立了检测这两个转基因抗虫棉的双重PCR方法。采用建立的方法,检测了40个转基因棉花样品,其中,只含有新棉33B的Bt基因结构的样品数为32个;只含有GK-12的Bt基因结构的样品数为6个;同时含有两者结构的样品数为2个。     

高通量测序技术在微生物分子生态学研究中的应用

微生物在众多的自然和人工生态系统中发挥着核心的作用,但能够被培养分离的微生物在大部分生态系统中只占极少一部分,极大地限制了人们对微生物组成、功能及其潜在应用的认识。分子生物学方法,尤其是高通量测序技术应用到微生物生态学研究中,为认识微生物多样性、群落结构组成及其生态功能提供了有利手段。高通量测序作为一种新兴的免培养分子生物学技术,具备检测快速、准确、信息全面丰富等特点。随着高通量测序技术的不断升级换代,测序通量、读长和准确度的不断提升以及成本的大幅下降,该技术在过去十几年间被迅速应用于土壤、水体和肠道等微生物区系的研究中。本文简述了基于高通量测序技术的PCR产物测序技术和宏基因组学测序技术的原理、发展历程、数据分析方法与应用,以及宏基因组学测序技术在病毒学领域的应用,以期为微生物分子生态学研究提供参考。     

苏云金芽孢杆菌营养期杀虫蛋白VIP3研究进展

营养期杀虫蛋白（vegetative insectcidal protein,VIP）是由苏云金芽孢杆菌（Bacillus thuringiensis,Bt）在营养生长指数中期至稳定期期间分泌产生的一类新型杀虫因子,分为VIP1、VIP2和VIP3三种,以VIP3的研究最为深入。VIP3A对鳞翅目害虫具广谱杀虫活性,可作用于敏感昆虫中肠上皮细胞刷状缘膜囊致离子通道的形成,杀虫活性达纳克级水平。利用Bt ICPs不同启动子与vip3基因重组可提高VIP3蛋白的表达量和稳定性。转vip3基因植物也已有构建成功的报道。本文从VIP3的类型和杀虫活性、作用机理、vip3基因的定位和分离、vip3基因重组和转vip3基因植物等方面详细介绍了VIP3近十年来的研究进展。     

转基因植物释放Bt毒素的土壤环境行为与生物学效应

Bt(Bacillus thuringiensis)杀虫晶体蛋白基因是植物抗虫基因工程中应用最广泛的基因,随着大批转Bt基因作物的商品化,Bt毒素对土壤生态系统的影响已引起了人们的高度关注。本文对转基因植物释放Bt毒素的土壤环境行为与生物效应进行了综述,包括Bt毒素蛋白进入土壤的途径、在土壤中的运动、与土壤颗粒的结合与存留及其对土壤生物和土壤酶的影响。     

国际转基因作物的安全性争论——几个事件的剖析

摘要：国际转基因作物安全性争论的实质并不纯粹是科学问题,而是经济和贸易问题。对安全性争论的几个典型事件从科学角度作了分析。