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1.
【目的】研究孕激素相关子宫内膜蛋白(progestogen associated endometrial protein, PAEP)基因多态性对柯乐猪繁殖性状的影响,以挖掘柯乐猪的高繁殖力基因,用于提升柯乐猪的繁殖力。【方法】以189头经产柯乐猪为试验动物,采用PCR产物测序和序列比对鉴定单核苷酸多态性(SNP)位点,利用SHEsis在线软件分析SNP位点的群体遗传特性,通过RNAfold、SOPMA、SWISS-MODEL和SWISS-PdbViewer程序对SNP位点进行生物信息学分析,利用SPSS 22.0软件分析PAEP基因SNP位点与柯乐猪繁殖性状的相关性。【结果】在柯乐猪PAEP基因中共鉴定到3个SNPs位点:外显子4的g.1884992 T>C位点,为错义突变,导致第135位缬氨酸(V)变成丙氨酸(A);内含子4的g.1885152 G>C和g.1887834 G>A位点。3个突变位点均检测到3种基因型;g.1884992 T>C位点属于低度多态(PIC<0.25),g.1885152 G>C、g.1887834 G>A位点属于...  相似文献   

2.
【目的】 研究骨形态发生蛋白受体Ⅱ(bone morphogenetic protein receptor Ⅱ, BMPRⅡ)基因多态性及其单倍型与藏羊产羔性状的相关性。【方法】 以433只藏羊母羊为研究对象, 采用改良多重高温连接酶检测反应技术(improved multiple ligase detection reaction, iMLDR)对BMPRⅡ基因9个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点在藏羊群体中的多态性进行检测, 使用Haploview 4.2软件分析其连锁不平衡性并构建单倍型, 应用基因关联分析探究BMPRⅡ基因多态性及单倍型与藏羊产羔性状的关联。【结果】 藏羊BMPRⅡ基因外显子12中存在6个SNPs, 分别为: g.90192 T>C、g.142532 C>T、g.142614 A>G、g.142751 T>C、g.143138 A>G和g.143189 G>A, 外显子3、9和13中各存在1个SNP, 分别为: g.143570 C>G、g.124843 A>C和g.145233 A>G, 这9个SNPs均为同义突变。9个SNPs中, 除g.90192 T>C外, 均存在3种基因型。多态信息含量分析显示, 群体在g.90192 T>C、g.142614 A>G和g.145233 A>G位点处于低度多态(PIC<0.25), 在g.124843 A>C、g.142532 C>T、g.142751 T>C、g.143138 A>G、g.143189 G>A和g.143570 C>G位点均处于中度多态(0.25<PIC<0.5)。χ2适合性检验结果显示, 所有突变位点均未偏离哈代-温伯格平衡状态。相关性分析显示, 不同位点不同基因型与藏羊产羔性状均无显著相关(P>0.05), 但g.142532 C>T位点CT基因型平均产羔数高于CC和TT基因型, g.142751 T>C位点CC基因型平均产羔数高于TT和TC基因型, g.143189 G>A位点GA基因型平均产羔数高于GG和AA基因型, g.143570 C>G位点CG基因型平均产羔数高于CC和GG基因型, g.145233 A>G位点GG基因型平均产羔数高于AA和AG基因型, 差异均不显著(P>0.05)。BMPRⅡ基因中除g.90192 T>C位点外的8个SNPs位点在藏羊群体中共形成14种单倍型(H1~H14), 单倍型与藏羊产羔数间均无显著相关(P>0.05)。【结论】 BMPRⅡ基因g.142532 C>T、g.142751 T>C、g.143189 G>A、g.143570 C>G和g.145233 A>G位点对藏羊产羔数有一定潜在的影响。  相似文献   

3.
实验旨在分析KPNA7基因多态位点在地方猪种中的遗传多样性及其与繁殖性状的相关性。选择90头健康经产松辽黑猪母猪,采用直接测序法检测KPNA7基因的SNP位点,SPSS 26.0软件分析KPNA7基因的SNP位点多态性与松辽黑猪母猪繁殖性状的相关性。在松辽黑猪KPNA7基因第9外显子和第4、8内含子共发现6个SNP位点,其中在KPNA7基因第4内含子的g.385302 T>C发现TT、TC、CC 3种基因型,g.385256G>A和g.385248G>A存在连锁突变,均检测到2种基因型:GG、GA;在第8内含子的g.372731A>G发现3种基因型:AA、AG、GG,g.372629C>T处检测到3种基因型:CC、CT、TT。KPNA7的突变位点均处于哈迪-温伯格平衡状态(P>0.05)。多态信息含量(PIC)计算显示,KPNA7的突变位点均为中度多态(0.25C.位点TT基因型个体的3周龄重、断奶重显著高于TC、CC基因型个体,TT、CC基因型个体的乳头数显著或极显著高于...  相似文献   

4.
旨在探究雌激素受体(ESR)基因多态性与拜城油鸡产蛋性状、蛋品质及孵化性能的关系,为高生产性能种鸡的选育提供新的分子标记。试验以129只拜城油鸡为研究对象,利用DNA混池重测序技术筛选SNPs位点,采取Sequenom飞行时间质谱技术进行相关的位点分型,通过SPSS 26.0进行繁殖性能关联分析。结果显示:所筛选出的6个ESR基因SNPs位点分别为g.48747211 T>G、g.48777663 C>T、g.48817503 G>A、g.52521976 T>C、g.52529021 A>G和g.52541181 C>T,且均存在3种基因型,哈代-温伯格平衡检验表明6个SNPs位点均处在平衡状态,其中g.48747211 T>G、g.48777663 C>T、g.52521976 T>C和g.52541181 C>T位点多态信息含量均大于0.25,处于中度多态。关联性分析表明,ESR1基因g.48747211 T>G和g.48777663 C>T位点与拜城油鸡300日龄总产蛋量存在极显著相关性(P<0.01...  相似文献   

5.
本实验采用PCR产物测序和序列比对软件鉴定关岭黄牛PPARα基因SNPs,统计软件SPSS 23.0分析SNPs与生长性状的相关性,探索PPARα基因与关岭黄牛生长性状的关系。结果显示,在关岭黄牛PPARα基因中检测到4个SNPs:位于第7外显子的g.116502086 G>C和g.116502113 T>C同义突变、位于3’端非编码序列的g.116508773 C>T和g.116509086 G>A突变,g.116502086 G>C和g.116508773 C>T为中度多态位点,g.116502113 T>C和g.116509086 G>A为低度多态位点,4个SNPs均处于Hardy-Weinberg平衡状态,且SNPs间不存在强连锁不平衡,共产生5种单倍型和15种双倍型,单倍型H1出现频率最高、H5最低,双倍型H1H2出现频率最高、H5H5最低;g.116502086 G>C和g.116502113 T>C位点对体重均有显著影响;g.116508773 C>T位点对体重、体高、体斜长有显著效应,等位基因C对增加体重...  相似文献   

6.
IP3R1是钙释放通道蛋白,通过调控细胞质内Ca^2+浓度进而发挥其生物学功能。为探讨IP3R1基因对三穗鸭蛋壳品质的遗传效应,采用实时荧光量PCR和PCR产物直接测序法检测54只三穗鸭IP3R1基因的组织表达谱和SNP多态位点。结果表明:IP3R1 mRNA在11个组织中均存在不同程度的表达,其表达顺序为肺>心脏>肌胃>胸肌>肝脏>胰腺>肾脏>腺胃>子宫>小肠>脾脏;首次在IP3R1基因内含子14检测到g.253779 T>C和g.253967 C>A 2个SNPs突变位点,内含子18发现g.257089G>A、g.257159C>G和g.257237T>G 3个SNPs突变位点,5个SNPs位点均为中度多态位点;卡方(χ^2)检验结果表明,除g.257089G>A位点外,其余4个SNPs位点的基因型分布均未偏离Hard-Weinberg平衡;关联分析结果表明,g.257159C>G位点对蛋重和蛋壳重分别具有极显著和显著影响,g.257237T>G位点对蛋形指数的影响达显著水平(P<0.05)。结果提示,g.257159C>G和g.257237T>G可作为鸭蛋壳品质选择的遗传标记。  相似文献   

7.
【目的】试验旨在分析山羊Z-DNA结合蛋白(Z-DNA binding protein 1,ZBP1)基因3′-端非翻译区(3′-UTR)、内含子1和外显子7区域中单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点与产羔性能之间的关联性,为高繁殖力山羊分子育种提供新的遗传标记。【方法】选取麻城黑山羊、黑头羊和波尔山羊作为研究样本,采集血样提取DNA,根据转录组数据所选SNP位点在山羊ZBP1基因序列中的位置信息设计引物,利用多重单碱基延伸SNP分型技术(SNaPshot)分析所选SNP位点的遗传多样性,采用一般线性模型(GLM)对ZBP1基因SNP位点与3个品种山羊的产羔性能进行关联分析。【结果】山羊ZBP1基因中存在12个潜在的SNPs位点,其中7个SNPs位点(g.9734 A>G、g.9772 T>C、g.352 C>T、g.955 C>T、g.1880 G>A、g.2566 T>C和g.7919 G>A)具有多态性,除g.9734 A>G在麻城黑山羊群体中仅有AA和GA 2种基因型外,其余...  相似文献   

8.
为了探究PRL基因多态性与鸡产蛋性能的相关性,试验以95只百宜黑鸡为研究对象,利用PCR扩增技术结合直接测序方法对鸡PRL基因SNP位点进行筛选.结果:在试验群体中找到4个SNPs,分别为g.6171 C>T、g.6232 C>G、g.6306 C>T、g.6440 T>C,且4个SNPs均处于第5外显子,g.6171 C>T和g.6232 C>G位点之间属于完全连锁平衡;χ2检验发现,该基因座的位点并不处于Hardy-Weinberg平衡状态;遗传参数分析发现,除了g.6306 C>T属于低度多态,其余位点均属于中度多态;关联分析表明,各SNP位点与产蛋性能之间不存在显著相关关系(P>0.05).  相似文献   

9.
为了探究钙离子转运ATP酶B2(ATP2B2)基因多态位点对长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质的影响,本实验采用PCR产物直接测序和序列比对软件鉴定ATP2B2基因SNP位点,SPSS 22.0软件单因素方差分析检测SNP位点不同基因型蛋壳指标的差异。结果发现,3个SNP位点位于第4外显子的非编码区(UTR)、第15外显子的蛋白质编码区(CDS)和第25外显子的蛋白质编码区(CDS),分别为g.4030584 A>G、g.4144313C>T和g.4193196G>A,共存在6种单倍型和10种双倍型。卡方(χ2)检验结果表明:3个SNP位点所产生的基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。关联性分析研究的结果显示:g.4030584 A>G、g.4144313C>T突变位点显著影响个体蛋壳强度;3个SNP位点联合产生的双倍型H2H4个体的蛋壳厚度显著高于H1H1、H1H2;H1H1个体的蛋壳强度显著高于H2H3、H2H5、H2H6。综上结果表明,g.4030584 A>G、g.4144313C>T突变可能是影响蛋壳强度的标记位点,...  相似文献   

10.
【目的】探究鸽促性腺激素抑制激素(gonadotropin-inhibitory hormone, GnIH)基因多态性,筛选影响母鸽产蛋性状的显著单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点,用于高产母鸽的早期选择。【方法】本试验以78对白羽王鸽为研究对象,根据前期克隆获得的鸽GnIH基因mRNA序列(GenBank登录号:MG589639.1)设计引物,通过PCR扩增和直接测序法检测GnIH基因SNP位点并分型,使用Haploview软件对GnIH基因SNP进行连锁不平衡分析,使用SPSS 22.0软件对GnIH基因多态性与白羽王鸽产蛋性状进行关联分析。【结果】白羽王鸽GnIH基因中共检出7个SNPs,分别位于外显子1(c.59 C>T、c.72 T>A)、外显子2(c.398 G>C)和3′-UTR(c.768 C>T、c.860 G>A、c.909 A>G、c.961 T>C),除c.59 C>T位点偏离Hardy-Weinberg平衡外(P<0.05),其余位点均处于Hard...  相似文献   

11.
随着社会经济发展与人民生活水平的不断提升,猪肉品质越来越受消费者重视。肌内脂肪(IMF)含量性状是影响猪肉品质的一个关键性指标。本研究发现猪EEPD1基因在肌内脂肪高低组硒都黑猪个体背最长肌组织中差异表达,并进一步利用混合DNA样本池PCR测序法在硒都黑猪群体中筛选鉴定出猪EEPD1基因g.123857C>G、g.123907 A>G、g.124024 A>G、g.124050G>A、g.124222 A>G等5个SNP变异位点。经关联分析后发现这5个SNP位点均显著影响IMF性状。其中g.123907 A>G、g.124024 A>G和g.124050 G>A3个位点紧密连锁,所组成的单倍型也与IMF性状显著相关。生物信息学分析还发现,这5个SNP位点虽然不显著影响EEPD1蛋白结构,但是会导致其mRNA二级结构及稳定性发生变化,推测它们主要通过影响EEPD1蛋白翻译效率进而影响IMF性状。综上,本研究新发现了5个猪肉质性状的分子育种标记,为实现猪肉质性状的快速改良充实基础。  相似文献   

12.
本研究旨在探究绵羊Clock基因g.70873128G>A、g.70875941C>T和g.70885750G>T位点多态性与绵羊产羔数之间的关系,以期为绵羊高繁殖力分子育种提供新的遗传标记。利用Sequenom MassARRAY?SNP技术对常年发情绵羊品种(小尾寒羊、湖羊和策勒黑羊)和季节性发情绵羊品种(滩羊、苏尼特羊和草原型藏羊)Clock基因3个多态位点多态性进行检测,并与小尾寒羊产羔数进行关联分析。分型结果表明:g.70873128G>A位点存在AA、AG和GG 3种基因型,g.70875941C>T位点存在TT、TC和CC 3种基因型,g.70885750G>T位点存在GG、GT和TT 3种基因型。群体遗传学分析表明:3个位点基因型频率和等位基因频率在2种发情模式绵羊品种间均达到差异极显著水平。g.70873128G>A位点在滩羊和草原型藏羊中表现为中度多态(0.25T位点和g.70885750G>T位点在策勒黑羊和滩羊中表现为中度多态(0.25相似文献   

13.
为研究水牛蛋白激酶AMP活化的催化亚基α2(protein kinase AMP-activated catalytic subunit alpha 2,PRKAA2)基因多态性,本试验以摩拉水牛和尼里-拉菲水牛基因组DNA为模板,扩增PRKAA2基因外显子4及内含子3部分序列,通过常规测序法检测其SNP并进行遗传多样性分析。结果发现,PRKAA2基因外显子4内存在1个SNP位点(c.462 G>A),PRKAA2基因内含子3部分序列存在3个SNPs位点(IVS3.557 T>C、IVS3.560 C>T和IVS3.565 G>A)。经遗传多样性分析表明,在c.462 G>A位点的野生纯合型和杂合型比突变纯合型更有优势,IVS3.557 T>C和IVS3.560 C>T位点的突变纯合型为非优势基因型,IVS3.565 G>A位点杂合型为优势基因型。IVS3.565 G>A位点在摩拉水牛群体中处于Hardy-Weinberg非平衡状态;c.462 G>A位点在尼里-拉菲水牛群体中处于Hardy-Weinberg非平衡状态。4个SNPs位点在摩拉水牛群体中均为中度多态;c.462 G>A、IVS3.557 T>C位点在尼里-拉菲水牛群体中为低度多态,IVS3.560 C>T、IVS3.565 G>A位点为中度多态。IVS3.557 T>C位点在两个水牛群体中杂合度较低。说明摩拉水牛IVS3.565 G>A位点和尼里-拉菲水牛c.462 G>A位点的基因型频率和基因频率遗传状态不平衡,尼里-拉菲水牛群体中IVS3.557 T>C位点遗传变异小,选择潜力不高。4个多态位点可以构建5种单倍型,其中T-C-G-G是摩拉水牛群体和尼里-拉菲水牛群体的优势单倍型。综上,本研究检测的摩拉水牛和尼里-拉菲水牛PRKAA2基因上4个SNPs位点可为水牛标记辅助选择育种提供参考。  相似文献   

14.
贵德黑裘皮羊是青藏高原藏羊群体中的一种特殊的地方品种资源,以生产黑紫羔皮而闻名。同其他藏羊一样,贵德黑裘皮羊胎产仔数多为单羔,极少见两羔及多羔。为提高其繁殖性能,本研究对其群体繁殖性能相关基因位点进行了研究。实验选取BMPR1B、GDF9、BMP15、ESR1、GnRHR、FSHR、LHR和PRLR等基因中的22个高繁殖力相关基因位点,采用多重单碱基延伸SNP分型技术(SNaPshot)对348只贵德黑裘皮羊群体中以上8个基因的22个SNP位点的多态性进行了检测分析。检测结果发现在该群体中存在以下突变位点:BMPR1B的FecB(g.746A>G)、GDF9的G1(g.260 G>A)、ESR1外显子1的c.106A>T、FSHR外显子10的c.904T>G、LHR外显子11的c.1020C>A和c.1425T>A、PRLR外显子10位点的g.304A>G和g.585C>G,以及BMP15外显子1的c.28-30del缺失,共8个SNP和1个缺失突变,且每个位点的最小等位基因频率分别为0.003、0.014、0.342、0.103、0.2...  相似文献   

15.
为了探究脂肪量和肥胖相关(fat mass and obesity associated,FTO)基因多态性及其对鸡屠体性状和生长性状的影响,试验采用DNA测序检测鸡FTO基因编码区的单核苷酸多态性(SNP),并采用一般线性模型中的LSD法分析FTO基因多态性对和盈黑鸡屠体性状和生长性状的影响。结果表明:在FTO基因第5外显子和第7外显子上各检测到一个SNP位点,分别为g.57337C>A和g.64757T>G突变。g.57337C>A突变形成AA、AB和BB 3种基因型,g.64757T>G突变形成TT、TG和GG 3种基因型。g.57337C>A位点对和盈黑鸡屠体重、宰前活重、头重、胸肌重、腿肌重上、肝脏重、心脏重7个屠体性状有显著或极显著影响(P<0.05或P<0.01),对8,10,16周龄体重影响显著(P<0.05)。g.64757T>G位点对和盈黑鸡宰前活重、全净膛重、半净膛重、屠体重和翅重5个屠体性状有显著影响(P<0.05),对16周龄体重影响显著(P<0.05)。说明FTO基因g.57337C>A...  相似文献   

16.
【目的】分析肝素结合型表皮生长因子样生长因子(heparin-binding EGF-like growth factor, HBEGF)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点在松辽黑猪中的遗传多样性及其与繁殖性状的相关性。【方法】选择90头健康经产松辽黑猪母猪,采用Sanger直接测序法检测HBEGF基因的SNP位点,利用SPSS 26.0软件分析HBEGF基因SNP位点与松辽黑猪繁殖性状(总产仔数、产活仔数、初生重、3周龄重、断奶重、断奶仔猪数和乳头数)的相关性。【结果】在松辽黑猪HBEGF基因第5外显子及第2、3、4、5内含子上共发现22个SNPs位点,其中有8个SNPs位点与繁殖性状存在显著关联。g.142114384 A>G和g.142104389_142104388ins A>G位点存在AA、AG和GG 3种基因型;g.142114375 C>A位点存在CC、CA和AA 3种基因型;g.142111433 C>T位点存在CC和CT 2种基因型;g.142106003 G>A和g.1421...  相似文献   

17.
肉质性状是猪重要经济性状之一,而PVALB基因是肉质性状的候选基因。本研究通过Sanger测序检测硒都黑猪中PVALB基因内SNP位点,并与肉质性状进行关联分析。结果表明,在PVALB基因第1外显子前后200 bp检测到5个SNP位点,其中g.10953632 A>C与肌内脂肪(IMF)含量和大理石纹评分显著相关,g.10953695G>A和g.10953713C>A2个位点相互连锁,且与IMF、肉色评分和大理石纹评分3个肉质性状指标均呈显著相关。本研究结果为猪肉品质的遗传改良提供了新的分子标记。  相似文献   

18.
文章旨在探究绵羊DUSP6基因g.125589716G>A、g.125587728C>T、g.125589714C>T、g.125589006G>A四个位点多态性及其与产羔数之间的关系,以期找到与绵羊高繁殖力相关的分子标记。利用全基因组重测序结合Sequenom MassARRAY誖SNP技术对多羔绵羊品种(小尾寒羊、湖羊、策勒黑羊)和单羔绵羊品种(滩羊、苏尼特羊、萨福克羊、草原型藏羊)DUSP6基因上述4个多态位点进行检测,并与小尾寒羊产羔数进行关联分析。结果表明:绵羊g.125589716G>A位点在多羔绵羊品种中存在AA、GA、GG三种基因型,在单羔绵羊品种中存在GA、GG两种基因型;g.125587728C>T、g.125589714C>T位点在单、多羔绵羊品种中均存在CC、CT、TT三种基因型;g.125589006G>A位点在单、多羔绵羊群体中均只存在GA、GG两种基因型。绵羊DUSP6基因g.125589716G>A位点基因型频率在单、多羔绵羊品种之间差异显著(P<0.05),等位基因频率在单、多羔绵羊品种间差异极显著(P<0.01);g.125587728C>T、g.125589714C>T位点基因型频率和等位基因频率在单、多羔绵羊品种间差异均达极显著水平(P<0.01);g.125589006G>A位点基因型频率和等位基因频率在单、多羔绵羊品种间差异不显著(P>0.05)。关联分析表明,DUSP6基因各SNPs多态性与小尾寒羊不同胎次产羔数之间无显著关联(P>0.05)。综上说明,绵羊DUSP6基因g.125589716G>A、g.125587728C>T、g.125589714C>T以及g.125589006G>A等4个位点的多态性与小尾寒羊各胎次产羔数之间均无显著关联(P>0.05),不适用于小尾寒羊多羔性状选育。  相似文献   

19.
间性是一种多发于山羊群体的先天性繁殖障碍疾病。为了解槐山羊间性性状发生机制,叉头转录因子2(FOXL2)启动子反向互补(PFOXic)基因的遗传多态性及其与间性性状的关系,本试验进行了间性槐山羊Y染色体易位分析、无角间性综合征(PIS)区缺失检测、PFOXic基因单核苷酸多态性(SNP)分析和PFOXic基因型与间性性状的关联分析。结果显示,间性槐山羊染色体构成不含Y染色体,且PIS区均纯合缺失;在PFOXic基因中共检测到4个SNP:g.129749119 T>C、g.129749087 C>T、g.129748782 T>C和g.129747880 T>C,其中g.129749087 C>T为错义突变。SNP突变位点分析结果显示,g.129749119 T>C、g.129748782 T>C和g.129747880 T>C突变为中度多态,g.129749087 C>T突变为低度多态,4个SNP均处于Hardy-Weinberg平衡(P> 0.05)。SNP和基因型与间性性状关联分析结果显示,g.129749119 T>...  相似文献   

20.
作者所在团队前期通过奶牛乳腺上皮组织转录组测序及荷斯坦公牛全基因组重测序研究发现RPL23A和ACACB基因是奶牛乳蛋白和乳脂性状的候选功能基因,本研究旨在探究这两个基因是否对奶牛产奶性状具有显著遗传效应。以北京地区7个牧场的1059头中国荷斯坦母牛为试验群体,采集尾根静脉血并提取基因组DNA,通过飞行时间质谱方法检测SNP位点基因型,利用SAS9.4软件的MIXED过程进行关联分析。结果表明,RPL23A基因的SNP位点g.20146771C>T与第1泌乳期5个产奶性状达到显著或极显著关联(P=0.0001~0.0416),其优势等位基因为T;ACACB基因的g.63878254T>C位点与第1泌乳期产奶量、乳脂量和乳蛋白量呈极显著关联(P<0.01),其优势等位基因为C;g.63962768G>A位点与第1泌乳期产奶量、乳脂量、乳脂率和乳蛋白率关联显著或极显著(P=0.0001~0.0391),其优势等位基因为A。综上,RPL23A基因主要影响中国荷斯坦牛产奶量和乳蛋白,ACACB基因对产奶量和乳脂具有显著遗传效应,3个SNP位点可考虑作为遗传标记用于标记辅助选择培育奶牛高乳蛋白乳脂新品系和选育提高。  相似文献   

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