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相似文献
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1.
本实验采用PCR产物测序和序列比对软件鉴定关岭黄牛PPARα基因SNPs,统计软件SPSS 23.0分析SNPs与生长性状的相关性,探索PPARα基因与关岭黄牛生长性状的关系。结果显示,在关岭黄牛PPARα基因中检测到4个SNPs:位于第7外显子的g.116502086 G>C和g.116502113 T>C同义突变、位于3’端非编码序列的g.116508773 C>T和g.116509086 G>A突变,g.116502086 G>C和g.116508773 C>T为中度多态位点,g.116502113 T>C和g.116509086 G>A为低度多态位点,4个SNPs均处于Hardy-Weinberg平衡状态,且SNPs间不存在强连锁不平衡,共产生5种单倍型和15种双倍型,单倍型H1出现频率最高、H5最低,双倍型H1H2出现频率最高、H5H5最低;g.116502086 G>C和g.116502113 T>C位点对体重均有显著影响;g.116508773 C>T位点对体重、体高、体斜长有显著效应,等位基因C对增加体重...  相似文献   

2.
为研究水牛蛋白激酶AMP活化的催化亚基α2(protein kinase AMP-activated catalytic subunit alpha 2,PRKAA2)基因多态性,本试验以摩拉水牛和尼里-拉菲水牛基因组DNA为模板,扩增PRKAA2基因外显子4及内含子3部分序列,通过常规测序法检测其SNP并进行遗传多样性分析。结果发现,PRKAA2基因外显子4内存在1个SNP位点(c.462 G>A),PRKAA2基因内含子3部分序列存在3个SNPs位点(IVS3.557 T>C、IVS3.560 C>T和IVS3.565 G>A)。经遗传多样性分析表明,在c.462 G>A位点的野生纯合型和杂合型比突变纯合型更有优势,IVS3.557 T>C和IVS3.560 C>T位点的突变纯合型为非优势基因型,IVS3.565 G>A位点杂合型为优势基因型。IVS3.565 G>A位点在摩拉水牛群体中处于Hardy-Weinberg非平衡状态;c.462 G>A位点在尼里-拉菲水牛群体中处于Hardy-Weinberg非平衡状态。4个SNPs位点在摩拉水牛群体中均为中度多态;c.462 G>A、IVS3.557 T>C位点在尼里-拉菲水牛群体中为低度多态,IVS3.560 C>T、IVS3.565 G>A位点为中度多态。IVS3.557 T>C位点在两个水牛群体中杂合度较低。说明摩拉水牛IVS3.565 G>A位点和尼里-拉菲水牛c.462 G>A位点的基因型频率和基因频率遗传状态不平衡,尼里-拉菲水牛群体中IVS3.557 T>C位点遗传变异小,选择潜力不高。4个多态位点可以构建5种单倍型,其中T-C-G-G是摩拉水牛群体和尼里-拉菲水牛群体的优势单倍型。综上,本研究检测的摩拉水牛和尼里-拉菲水牛PRKAA2基因上4个SNPs位点可为水牛标记辅助选择育种提供参考。  相似文献   

3.
旨在探究雌激素受体(ESR)基因多态性与拜城油鸡产蛋性状、蛋品质及孵化性能的关系,为高生产性能种鸡的选育提供新的分子标记。试验以129只拜城油鸡为研究对象,利用DNA混池重测序技术筛选SNPs位点,采取Sequenom飞行时间质谱技术进行相关的位点分型,通过SPSS 26.0进行繁殖性能关联分析。结果显示:所筛选出的6个ESR基因SNPs位点分别为g.48747211 T>G、g.48777663 C>T、g.48817503 G>A、g.52521976 T>C、g.52529021 A>G和g.52541181 C>T,且均存在3种基因型,哈代-温伯格平衡检验表明6个SNPs位点均处在平衡状态,其中g.48747211 T>G、g.48777663 C>T、g.52521976 T>C和g.52541181 C>T位点多态信息含量均大于0.25,处于中度多态。关联性分析表明,ESR1基因g.48747211 T>G和g.48777663 C>T位点与拜城油鸡300日龄总产蛋量存在极显著相关性(P<0.01...  相似文献   

4.
【目的】 研究骨形态发生蛋白受体Ⅱ(bone morphogenetic protein receptor Ⅱ, BMPRⅡ)基因多态性及其单倍型与藏羊产羔性状的相关性。【方法】 以433只藏羊母羊为研究对象, 采用改良多重高温连接酶检测反应技术(improved multiple ligase detection reaction, iMLDR)对BMPRⅡ基因9个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点在藏羊群体中的多态性进行检测, 使用Haploview 4.2软件分析其连锁不平衡性并构建单倍型, 应用基因关联分析探究BMPRⅡ基因多态性及单倍型与藏羊产羔性状的关联。【结果】 藏羊BMPRⅡ基因外显子12中存在6个SNPs, 分别为: g.90192 T>C、g.142532 C>T、g.142614 A>G、g.142751 T>C、g.143138 A>G和g.143189 G>A, 外显子3、9和13中各存在1个SNP, 分别为: g.143570 C>G、g.124843 A>C和g.145233 A>G, 这9个SNPs均为同义突变。9个SNPs中, 除g.90192 T>C外, 均存在3种基因型。多态信息含量分析显示, 群体在g.90192 T>C、g.142614 A>G和g.145233 A>G位点处于低度多态(PIC<0.25), 在g.124843 A>C、g.142532 C>T、g.142751 T>C、g.143138 A>G、g.143189 G>A和g.143570 C>G位点均处于中度多态(0.25<PIC<0.5)。χ2适合性检验结果显示, 所有突变位点均未偏离哈代-温伯格平衡状态。相关性分析显示, 不同位点不同基因型与藏羊产羔性状均无显著相关(P>0.05), 但g.142532 C>T位点CT基因型平均产羔数高于CC和TT基因型, g.142751 T>C位点CC基因型平均产羔数高于TT和TC基因型, g.143189 G>A位点GA基因型平均产羔数高于GG和AA基因型, g.143570 C>G位点CG基因型平均产羔数高于CC和GG基因型, g.145233 A>G位点GG基因型平均产羔数高于AA和AG基因型, 差异均不显著(P>0.05)。BMPRⅡ基因中除g.90192 T>C位点外的8个SNPs位点在藏羊群体中共形成14种单倍型(H1~H14), 单倍型与藏羊产羔数间均无显著相关(P>0.05)。【结论】 BMPRⅡ基因g.142532 C>T、g.142751 T>C、g.143189 G>A、g.143570 C>G和g.145233 A>G位点对藏羊产羔数有一定潜在的影响。  相似文献   

5.
本研究旨在分析柯乐猪桥粒斑蛋白(Desmoplakin,DSP)基因单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)与繁殖性状的相关性。选择86头柯乐猪母猪,利用DNA混合池结合Sanger测序筛选DSP基因SNP位点,并采用SPSS22.0软件中的一般线性模型(GLM)对DSP基因SNP位点与柯乐猪繁殖性状进行关联分析。结果表明,在柯乐猪DSP基因中共发现了9个SNP位点,在第14外显子发现3个SNP位点:g.4897767G>A、g.4897776C>T和g.4897824G>A,在第14内含子发现6个SNP位点:g.4897943G>T、g.4897954C>T、g.4897991T>C、g.4897997T>G、g.4897999C>G和g.4898004C>T。连锁不平衡分析发现g.4897767G>A、g.4897999C>G和g.4898004C>T位点之间、g.4897824G>A与g.4897999C>G、g.4898004C>T位点之间以及...  相似文献   

6.
实验旨在分析KPNA7基因多态位点在地方猪种中的遗传多样性及其与繁殖性状的相关性。选择90头健康经产松辽黑猪母猪,采用直接测序法检测KPNA7基因的SNP位点,SPSS 26.0软件分析KPNA7基因的SNP位点多态性与松辽黑猪母猪繁殖性状的相关性。在松辽黑猪KPNA7基因第9外显子和第4、8内含子共发现6个SNP位点,其中在KPNA7基因第4内含子的g.385302 T>C发现TT、TC、CC 3种基因型,g.385256G>A和g.385248G>A存在连锁突变,均检测到2种基因型:GG、GA;在第8内含子的g.372731A>G发现3种基因型:AA、AG、GG,g.372629C>T处检测到3种基因型:CC、CT、TT。KPNA7的突变位点均处于哈迪-温伯格平衡状态(P>0.05)。多态信息含量(PIC)计算显示,KPNA7的突变位点均为中度多态(0.25C.位点TT基因型个体的3周龄重、断奶重显著高于TC、CC基因型个体,TT、CC基因型个体的乳头数显著或极显著高于...  相似文献   

7.
【目的】试验旨在分析山羊Z-DNA结合蛋白(Z-DNA binding protein 1,ZBP1)基因3′-端非翻译区(3′-UTR)、内含子1和外显子7区域中单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点与产羔性能之间的关联性,为高繁殖力山羊分子育种提供新的遗传标记。【方法】选取麻城黑山羊、黑头羊和波尔山羊作为研究样本,采集血样提取DNA,根据转录组数据所选SNP位点在山羊ZBP1基因序列中的位置信息设计引物,利用多重单碱基延伸SNP分型技术(SNaPshot)分析所选SNP位点的遗传多样性,采用一般线性模型(GLM)对ZBP1基因SNP位点与3个品种山羊的产羔性能进行关联分析。【结果】山羊ZBP1基因中存在12个潜在的SNPs位点,其中7个SNPs位点(g.9734 A>G、g.9772 T>C、g.352 C>T、g.955 C>T、g.1880 G>A、g.2566 T>C和g.7919 G>A)具有多态性,除g.9734 A>G在麻城黑山羊群体中仅有AA和GA 2种基因型外,其余...  相似文献   

8.
为研究转化生长因子-β(TGF-β)通路中激活素A受体2B(ACVR2B)、骨形态发生蛋白受体1A(BMPR1A)和骨形态发生蛋白受体1B(BMPR1B)基因多态性对母猪繁殖性能的影响,选用大白和长白母猪为试验对象,采用DNA混池测序对猪ACVR2B、BMPR1A和BMPR1B基因多态位点进行筛选,利用GenoPlexs~?基于多重PCR的靶向测序基因型分型技术对候选SNPs进行分型,并与经产母猪繁殖性能进行关联性分析。结果显示:ACVR2B基因筛到2个单碱基突变和1个缺失多态,分别为g.23259668T>C、 g.23260159(delG)和g.23260324C>T,命名为P1、P2和P3;BMPR1A基因g.87887024-87887026(delTGG)筛到1个缺失多态,命名为P4;BMPR1B基因筛到5个单碱基突变,g.124593852G>A、g.124561254G>C、 g.124561098C>T、g.124546851A>G和g.124542062T>C,分别命名为P5、P6、P7、P8和P9。关联结果显示:ACVR2...  相似文献   

9.
【目的】研究孕激素相关子宫内膜蛋白(progestogen associated endometrial protein, PAEP)基因多态性对柯乐猪繁殖性状的影响,以挖掘柯乐猪的高繁殖力基因,用于提升柯乐猪的繁殖力。【方法】以189头经产柯乐猪为试验动物,采用PCR产物测序和序列比对鉴定单核苷酸多态性(SNP)位点,利用SHEsis在线软件分析SNP位点的群体遗传特性,通过RNAfold、SOPMA、SWISS-MODEL和SWISS-PdbViewer程序对SNP位点进行生物信息学分析,利用SPSS 22.0软件分析PAEP基因SNP位点与柯乐猪繁殖性状的相关性。【结果】在柯乐猪PAEP基因中共鉴定到3个SNPs位点:外显子4的g.1884992 T>C位点,为错义突变,导致第135位缬氨酸(V)变成丙氨酸(A);内含子4的g.1885152 G>C和g.1887834 G>A位点。3个突变位点均检测到3种基因型;g.1884992 T>C位点属于低度多态(PIC<0.25),g.1885152 G>C、g.1887834 G>A位点属于...  相似文献   

10.
本试验采用PCR产物直接测序法和PCR-RFLP技术对新西兰兔287个个体的BMPR-IB基因进行了多态性研究。结果表明:在BMPR-IB基因外显子1上检测到3个SNPs位点,分别为c.88 C>T、c.96 T>C和c.117 G>A。其中c.117 G>A位点GG基因型为优势等位基因型(0.5784),G等位基因为优势等位基因(0.7648)。多态性指标分析表明,c.117 G>A位点在新西兰兔中的杂合度(He)为0.3598,有效等位基因数(Ne)为1.5619,多态信息含量(PIC)为0.2950,表现为中度多态(0.25相似文献   

11.
本试验采用PCR产物直接测序法和PCR-RFLP技术对新西兰兔287个个体的BMPR-IB基因进行了多态性研究。结果表明:在BMPR-IB基因外显子1上检测到3个SNPs位点,分别为c.88 C>T、c.96 T>C和c.117 G>A。其中c.117 G>A位点GG基因型为优势等位基因型(0.5784),G等位基因为优势等位基因(0.7648)。多态性指标分析表明,c.117 G>A位点在新西兰兔中的杂合度(He)为0.3598,有效等位基因数(Ne)为1.5619,多态信息含量(PIC)为0.2950,表现为中度多态(0.25相似文献   

12.
为了探讨中国荷斯坦奶牛隐性乳房炎相关基因NOD2c.4500、CXCR1+777、SPP1-1301、 TLR4+2021、CXCR2+777、 BRCA1c.46126单核苷酸多态性(SNPs)位点与体细胞评分的关联性,试验利用PCR-SSCP及Sanger测序技术对135头中国荷斯坦奶牛的6个SNPs位点进行基因分型,分析SNPs位点与中国荷斯坦奶牛体细胞评分的相关性,并运用多座位外显方差分析法(MPVA)对不同多基因聚合与奶牛体细胞数的相关性进行研究。结果表明:在6个SNPs位点上均检测到碱基突变,在NOD2c.4500 C>A、CXCR1+777 G>C、SPP1-1301 G>A、TLR4+2021 C>T位点上均检测到3种基因型,其中优势基因型分别为CA、CC、AA、CC,优势等位基因分别为A、G、A、C。在CXCR2+777 G>C、BRCA1c.46126 G>T位点上均检测到2种基因型,其中优势基因型均为GG,优势等位基因均为G。SPP1-1301 G>A、TLR4+2021 C>T位点均处于低度多态(PIC<0....  相似文献   

13.
 控制马香槟毛色的CH(Champagne gene)基因家族包含4个候选基因(SLC36A1、SLC36A2、SLC36A3、SPARC),研究发现SLC36A1基因外显子2的突变是造成马香槟毛色的关键位点。为揭示中国马SLC36A1基因遗传多态性,本研究以玉树马和德保矮马共74个样本为研究对象,以马DNA池为模板扩增SLC36A1基因的10个外显子及部分内含子序列并进行测序分析。共发现马SLC36A1基因5个SNPs,分别位于内含子3(g.26699953 A>G, g.26699851 G>C, g.26699850 G>C),外显子4(g.26699562 G>A)及外显子6(g.26697018 C>T)。利用PCR RFLP方法对74个家马样本进行基因分型,发现外显子6的SNP有基因型CC、CT;外显子4的SNP有基因型GG、GA;内含子3的g.26699850 G>C突变有基因型GG、GC;内含子3的另外2个SNPs(g.26699953 A>G, g.26699851 G>C)通过测序,发现有AA、AG、GG与GG、GC、CC基因型。所有5个马SNPs均为野生型占主要优势。由此界定了马SLC36A1基因有9种单倍型(H1 H9),其中H5是最主要的单倍型。德保矮马遗传多样度为0.4190,比玉树马(0.2228)高,表明德保矮马香槟毛色遗传多态性比玉树马更丰富。玉树马与德保矮马的平均单倍型多样度为0.3160,表明其香槟毛色遗传多态性相对较低。  相似文献   

14.
 马毛色是品种鉴定和个体识别的重要依据。马 KIT 基因位于3号染色体,KIT 基因突变影响马毛色及毛色的分布。对德保矮马和哈萨克马69个个体的 KIT 基因21个外显子及部分内含子直接测序,共发现了5个SNPs,其中1个位于5'-UTR区(g.91214T>G),1个位于内含子20 (g.171356C>G),另外3个分别位于外显子15、20和21(g.164297C>T;g.170189C>T;g.171471G>A,p.Ala960Thr)。用PCR-RFLP方法对69个个体进行分型,发现外显子15有3种基因型TT、CT、CC;外显子20有3种基因型TT、CT、CC;外显子21有2种基因型GG与GA,且均为野生型占优势。德保矮马 KIT 基因多态性比哈萨克马更丰富。  相似文献   

15.
为了探究PRL基因多态性与鸡产蛋性能的相关性,试验以95只百宜黑鸡为研究对象,利用PCR扩增技术结合直接测序方法对鸡PRL基因SNP位点进行筛选.结果:在试验群体中找到4个SNPs,分别为g.6171 C>T、g.6232 C>G、g.6306 C>T、g.6440 T>C,且4个SNPs均处于第5外显子,g.6171 C>T和g.6232 C>G位点之间属于完全连锁平衡;χ2检验发现,该基因座的位点并不处于Hardy-Weinberg平衡状态;遗传参数分析发现,除了g.6306 C>T属于低度多态,其余位点均属于中度多态;关联分析表明,各SNP位点与产蛋性能之间不存在显著相关关系(P>0.05).  相似文献   

16.
旨在探究DCT基因启动子区甲基化水平和SNP突变对山羊毛色的影响,为探索DCT基因调控山羊毛色变化的机理提供理论依据。本研究以山羊为试验动物,对DCT基因启动子区进行CpG岛预测,设计引物对预测的2个CpG岛富集区域进行亚硫酸氢盐甲基化测序,使用甲基化水平分析软件BISMA统计甲基化位点,比较唐山奶山羊(白色)和南江黄羊(黑色品系)两种不同毛色山羊群体DCT基因启动子区甲基化水平差异。克隆DCT基因核心启动子区,筛选不同毛色山羊群体的SNPs,使用JASPAR和Nsite预测SNPs位点突变前后转录因子的改变,并检测比较突变前后DCT基因启动子活性变化。结果,成功克隆了山羊DCT基因启动子区甲基化序列及核心启动子区(g.-1045~-318)。在g.-348~-150区域和g.+222~+502区域分别发现6个和23个甲基化位点,其中g.+312、g.+352和g.+400位点与g.+389和g.+404位点白色山羊甲基化水平分别显著和极显著高于黑色山羊(P<0.05和P<0.01),并且g.+222~+502区域白色山羊甲基化平均水平极显著高于黑色山羊(P<0.01)。在DCT基因核心启动子区的g.-804T> G、g.-705C> T和g.-679G> A,3个SNPs位点的基因型构成在白色山羊和3个有色山羊群体中存在差异,g.-804T> G突变导致该区域的SOX10转录因子结合位点缺失,DCT基因启动子活性显著下降(P<0.05)。结果显示,白色山羊DCT基因g.+222~+502区域的高甲基化水平,g.-804、g.-714和g.-679 3个位点的突变,尤其是g.-804T> G造成SOX10转录因子结合位点的缺失,突变的G型DCT基因启动子活性显著降低。因此,DCT基因启动子区SNP突变和高甲基化水平可能抑制了基因的表达从而形成山羊白色被毛。  相似文献   

17.
该研究旨在探究鲁中肉羊HIRA基因g.71833755 T>C和g.71874104 G>A两个位点多态性及其与产羔数之间的关系,以期为鲁中肉羊高繁殖力分子育种提供新的遗传标记。利用全基因组重测序结合Sequenom MassARRAY~? SNP技术对鲁中肉羊HIRA基因2个多态位点进行检测,并与其产羔数进行关联分析。结果表明:鲁中肉羊HIRA基因g.71833755 T>C位点存在TT、TC和CC三种基因型,g.71874104 G>A位点存在AA、AG和GG三种基因型。g.71833755 T>C位点在鲁中肉羊中表现为低度多态(PIC<0.25),该位点在鲁中肉羊中处于哈代温伯格不平衡状态(P<0.05);g.71874104G>A位点在鲁中肉羊中表现为中度多态(0.250.05)。HIRA基因g.71874104 G>A位点多态性与鲁中肉羊第2胎、第3胎产羔数显著关联(P<0.05),杂合型AG个体各胎产羔数均高于野生型GG和突变纯合型AA个体;g.71833755 T>C位点多态性与鲁中肉羊第2胎产羔数显著关联(P<0.05),杂合型TC个体第2胎产羔数均高于野生型TT(P>0.05)和突变纯合型CC个体(P <0.05)。综上,g.71833755 T>C位点的C等位基因和g.71874104 G>A位点的A等位基因可能是提高绵羊产羔数的潜在有效的DNA标记。  相似文献   

18.
旨在探究脂肪酸结合蛋白(FABP3)基因在黔北麻羊中的遗传多态性,进一步揭示FABP3基因与黔北麻羊生长性状间的关联性,为今后运用分子标记辅助育种方法提高黔北麻羊的生长性状提供理论依据。本研究以120只6月龄黔北麻羊为试验对象,采用PCR产物直接测序技术检测FABP3基因全部外显子区的遗传多态性,并与体重、体高、体斜长、胸围、管围等生长性状进行关联性分析。结果:在黔北麻羊FABP3基因第5外显子和3′非翻译区筛选出2个SNPs位点,分别为g.13665051C>T和g.13664737G>A,其中g.13665051C>T位点为同义突变,产生3种基因型:CC、CT和TT,g.13664737G>A位点产生3种基因型:GG、AG和AA,卡方(χ2)检验结果显示,这2个SNPs位点处于中度多态且在黔北麻羊群体中均未偏离Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。关联分析显示,g.13665051C>T位点中CT基因型个体的体高、体斜长、胸宽和管围显著高于CC和TT基因型个体(P<0.05);CT基因型个体的胸深、胸围显著高于TT基因型个体(P<0.05),g.13664737G>A位点中不同基因型的生长性状指标均未达到差异显著(P>0.05)。因此,推测黔北麻羊FABP3基因外显子5的g.13665051C>T突变位点可能是影响个体生长性状的重要位点。  相似文献   

19.
为研究骨形态发生蛋白受体1B(BMPR1B)遗传变异对大白母猪生长和繁殖性能的影响,本研究利用DNA混池测序,确定BMPR1B基因的SNPs,采用GenoPlexs?基因分型技术对316头大白母猪群进行基因分型,并与其体重达100 kg时的生长性能(日增重、背膘厚、体重日龄、眼肌面积和眼肌厚)、母系指数、父系指数、出生乳头数和妊娠期进行关联分析。结果表明:本研究共筛查到5个SNPs,分别为g.124593852G>A、g.124561254G>C、g.124561098C>T、g.124546851A>G和g.124542062T>C,其中g.124561254G>C与g.124561098C>T发生同义突变后改变了BMPR1B基因mRNA二级结构;g.124561254G>C与g.124561098C>T为强连锁遗传;BMPR1B基因g.124593852G>A与大白母猪父系指数和出生乳头数显著相关;g.124561254G>C与出生乳头数和校正100 kg背膘厚显著相关,与校正100 kg体重日...  相似文献   

20.
【目的】分析肝素结合型表皮生长因子样生长因子(heparin-binding EGF-like growth factor, HBEGF)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点在松辽黑猪中的遗传多样性及其与繁殖性状的相关性。【方法】选择90头健康经产松辽黑猪母猪,采用Sanger直接测序法检测HBEGF基因的SNP位点,利用SPSS 26.0软件分析HBEGF基因SNP位点与松辽黑猪繁殖性状(总产仔数、产活仔数、初生重、3周龄重、断奶重、断奶仔猪数和乳头数)的相关性。【结果】在松辽黑猪HBEGF基因第5外显子及第2、3、4、5内含子上共发现22个SNPs位点,其中有8个SNPs位点与繁殖性状存在显著关联。g.142114384 A>G和g.142104389_142104388ins A>G位点存在AA、AG和GG 3种基因型;g.142114375 C>A位点存在CC、CA和AA 3种基因型;g.142111433 C>T位点存在CC和CT 2种基因型;g.142106003 G>A和g.1421...  相似文献   

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