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1.
试验旨在探究甘油二酯酰基转移酶(diacylglycerol acyltransferase 1,DGAT1)基因g.13504098 C>T位点、核受体辅抑制子1(nuclear receptor subfamily 6 group A member 1,NR6A1)基因g.11204707 A>C位点和α-甘露糖苷酶(alpha-mannosidase,MAN1A1)基因g.18795097 C>T位点的多态性与乌珠穆沁羊生长性状之间的关系,为高产乌珠穆沁羊分子选育提供新的遗传标记。运用Sequenom MassARRAY®SNP技术对乌珠穆沁羊DGAT1、NR6A1和MAN1A1基因的3个多态位点g.13504098 C>T、g.11204707 A>C和g.18795097 C>T进行检测,同时利用线性混合模型分析基因型与其4、6月龄生长性状的关联性。结果显示,在这3个位点中均检测到3种基因型,具体为:g.13504098 C>T位点的基因型为:CC、CT和TT,优势基因型为CC (0.49),优势等位基因为C (0.70);g.11204707 A>C位点的基因型为:AA、CA和CC,优势基因型为AA (0.54),优势等位基因为A (0.73);g.18795097 C>T位点的基因型为:CC、TC和TT,优势基因型为TC (0.51),优势等位基因为C (0.55)。卡方检验显示,g.13504098 C>T、g.11204707 A>C和g.18795097 C>T位点在乌珠穆沁羊群体中均处于哈代-温伯格(Hardy-Weinberg)平衡状态(P>0.05)。群体遗传学分析表明,这3个位点在乌珠穆沁羊种群中属于中度多态性(0.25<PIC<0.50)。关联分析结果显示,g.13504098 C>T位点与乌珠穆沁羊4、6月龄的体重、体高、胸围、管围及6月龄的胸宽均呈极显著相关(P<0.01);g.11204707 A>C位点与乌珠穆沁羊4、6月龄的体高、体斜长及4月龄的体重、6月龄的胸围均呈极显著相关(P<0.01),与6月龄的体重、管围均呈显著相关(P<0.05);g.18795097 C>T位点与乌珠穆沁羊4月龄的体高、6月龄的胸围均呈极显著相关(P<0.01),与4月龄的体重、胸围以及6月龄的胸宽均呈显著相关(P<0.05)。综上所述,DGAT1基因g.13504098 C>T、NR6A1基因g.11204707 A>C和MAN1A1基因g.18795097 C>T位点多态性与乌珠穆沁羊群体部分生长性状具有显著的关联性,可以作为乌珠穆沁羊遗传选育的候选分子标记。  相似文献   

2.
【目的】探究溶质载体家族8成员A1(solute carrier family 8 member A1,SLC8A1)基因多态性对长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质的影响,为今后改善蛋壳品质提供参考。【方法】根据GenBank数据库中鸡SLC8A1基因序列(登录号:NC_052534.1),使用Primer Premier 3.0软件设计引物进行PCR扩增,采用直接测序法筛选SLC8A1基因SNP位点,并利用SPSS 22.0软件检测SNP位点不同基因型蛋壳指标的差异。【结果】在SLC8A1基因外显子11上共发现3个新的SNPs:g.16085681 T>C、g.16085766 C>T和g.16085781 T>C,共存在3种单倍型:H1(TCT)、H2(CTC)、H3(TTC),以及6种双倍型:H1H1(TTCCTT)、H1H2(TCTCTC)、H1H3(TTTCTC)、H2H2(CCTTCC)、H2H3(CTTTCC)、H3H3(TTTTCC)。χ2检验结果显示,3个SNPs位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),均表现为中度多态。关联性分析结果显示,g.16085681 T>C位点TC基因型个体蛋壳强度显著高于TT基因型(P<0.05),g.16085681 T>C位点和单倍型H2(C16085681T16085766C16085781)对SLC8A1基因mRNA二级结构产生明显的影响;g.16085766 C>T位点CC基因型个体蛋形指数显著高于TT基因型(P<0.05);双倍型H1H1、H1H3个体蛋形指数显著高于H2H3,H2H3个体蛋壳强度和蛋壳厚度均显著高于H1H3,H1H2、H2H2个体蛋重均显著高于H3H3(P<0.05)。【结论】g.16085681 T>C位点可作为影响蛋壳强度的标记位点,g.16085766 C>T位点可作为影响蛋形指数的标记位点,双倍型H2H3可能是蛋壳强度和蛋壳厚度的有利双倍型。  相似文献   

3.
试验旨在探讨PRKAA2基因在摩拉水牛群体中的遗传多态性及其与生长性状的关联性,进而得到显著相关的遗传标记,为摩拉水牛的分子标记辅助选择提供理论依据。利用DNA测序法等技术进行候选基因PRKAA2外显子4及部分内含子3单核苷酸多态性(SNPs)检测,并采用生物信息学方法结合统计软件分析PRKAA2基因与摩拉水牛生长性状的关联性。结果显示,摩拉水牛PRKAA2基因中共检测到4个SNPs位点:c.462 G>A、IVS3.557 T>C、IVS3.560 C>T和IVS3.565 G>A,均包含3种基因型,且符合Hardy-Weinberg平衡。4个SNPs位点在水牛群体中均为中度多态,可以构建3种单倍型,T-C-G-G为优势单倍型,其中IVS3.560 C>T与c.462 G>A位点之间存在完全连锁不平衡,关联分析结果显示,单倍型H2与摩拉水牛体斜长和腰角宽呈显著相关(P<0.05)。c.462 G>A位点与摩拉水牛体高、十字部高、尻长、坐骨端宽和腰角宽呈显著相关,其中GG和AA基因型个体的体高和十字部高均显著高于GA基因型个体,GG基因型个体的尻长显著高于GA和AA基因型个体,AA基因型个体的坐骨端宽和腰角宽显著高于GA基因型个体(P<0.05);IVS3.557 T>C位点与摩拉水牛的生长性状指标未达到显著相关(P>0.05);IVS3.560 C>T位点与摩拉水牛体高、十字部高和尻长呈显著相关,其中CC和TT基因型个体的体高和十字部高均显著高于CT基因型个体,CC基因型个体的尻长显著高于CT基因型个体(P<0.05);IVS3.565 G>A位点与体斜长呈显著相关,其中GG和GA基因型个体的体斜长显著高于AA基因型个体(P<0.05)。综上,PRKAA2基因的c.462 G>A、IVS3.560 C>T和IVS3.565 G>A位点对摩拉水牛部分生长性状均有显著影响,可作为摩拉水牛品种早期选育的候选基因和分子辅助标记。  相似文献   

4.
为探究绵羊Cry1基因g.175355119T>C、g.175357583C>T位点与Cry2基因g.74126865C>T位点多态性与绵羊产羔数之间的关系,本实验利用全基因组重测序结合Sequenom MassARRAY?SNP技术对常年发情绵羊品种(小尾寒羊、湖羊和策勒黑羊)和季节性发情绵羊品种(滩羊、苏尼特羊和草原型藏羊)Cry1基因与Cry2基因共3个多态位点多态性进行检测,并与小尾寒羊产羔数进行关联分析。结果表明:Cry1基因g.175355119T>C位点存在CC、CT和TT 3种基因型,g.175357583C>T位点存在TT、TC和CC 3种基因型;Cry2基因g.74126865C>T位点存在CC、CT和TT 3种基因型。群体遗传学分析表明,Cry1基因g.175355119T>C位点与Cry2基因g.74126865C>T位点的基因型频率和等位基因频率在2种发情模式绵羊品种间的差异均达到极显著水平。在6个绵羊品种中,Cry1基因g.175355119T>C位点与g.175357583C>T位点均表现为中度多态(0.25T位点均表现为低度多态(PIC<0.25)。卡方适合性检验表明,Cry1基因g.175355119T>C位点在6个绵羊品种中均处于哈代温伯格平衡状态(P>0.05),g.175357583C>T位点在苏尼特羊中处于哈代温伯格不平衡状态(P<0.05),Cry2基因g.74126865C>T位点在滩羊和草原型藏羊中处于哈代温伯格不平衡状态(P<0.05)。关联分析表明,3个多态位点与小尾寒羊第1、第2以及第3胎产羔数均无显著关联(P>0.05)。综上,Cry1基因g.175355119T>C、g.175357583C>T位点与Cry2基因g.74126865C>T位点均不适用于小尾寒羊产羔数选育。  相似文献   

5.
【目的】探究黔北麻羊黑素皮质素受体-4(melanocortin receptor-4,MC4R)基因多态性及其与生长性状的关联性,为黔北麻羊的选种选育提供理论依据。【方法】选取196只6月龄黔北麻羊,利用DNA混合池结合Sanger测序筛选MC4R基因单核苷酸多态性(SNP)位点,并采用SPSS 22.0软件中的一般线性模型(GLM)对MC4R基因SNP位点与黔北麻羊生长性状进行关联分析。【结果】在黔北麻羊MC4R基因中发现4个SNPs位点:g.59345469 C>A和g.59346773 T>C位点分别位于5'-和3'-端非编码区(UTR);g.59345871 A>C位点突变导致第37位天冬氨酸(Asp)变为丙氨酸(Ala),引起RNA二级结构及蛋白质二级结构、三级结构发生明显改变;g.59346263 A>G位点突变导致第168位异亮氨酸(Ile)变为缬氨酸(Val),对RNA二级结构和蛋白质二级结构有明显影响。关联分析结果显示,g.59345469 C>A位点对黔北麻羊体重、胸围和管围均有显著影响(P<0.05);g.59345871 A>C位点对黔北麻羊体重、体高、管围和胸围均有显著影响(P<0.05);g.59346263 A>G位点对黔北麻羊体高、体重和胸围均有显著影响(P<0.05);g.59346773 T>C位点对黔北麻羊体重和胸围均有显著影响(P<0.05)。4个SNPs位点联合共检测到9种单倍型和21种双倍型,其联合对黔北麻羊体重、体高、胸围和管围均产生显著遗传效应(P<0.05),纯合双倍型H5H5(AAAAGGCC)个体的生长性状优于其他双倍型。【结论】黔北麻羊MC4R基因存在4个SNPs位点,与黔北麻羊体重和胸围均存在显著关联,可作为黔北麻羊体重和胸围的遗传标记用于分子育种。  相似文献   

6.
【目的】 本研究旨在探索梅花鹿甲硫氨酸亚砜还原酶B3(methionine sulfoxide reductase B3,MSRB3)基因多态性及其与茸重性状的关联性。【方法】 选取高、低产茸量的梅花鹿各8只,应用DNA直接测序法检测基因变异位点。采用MassARRAY® SNP分型技术对314头24月龄梅花鹿MSRB3基因进行基因分型,并结合梅花鹿茸重性状数据进行了关联分析和单倍型分析。【结果】 在梅花鹿MSRB3基因中共发现6个SNPs位点,其中2个SNPs位点位于外显子区域,且突变均未引起氨基酸改变,属于同义突变,其余4个SNPs位点均存在于内含子区域。分型结果显示4个样本未分型成功,其余310个样本进行后续分析。各位点观测杂合度和期望杂合度基本一致,g.44455582 T>C、g.44455759 C>T、g.44414424 T>C、g.44350306 T>C及g.44340836 G>A等5个位点的杂合度较高,均属于中度多态(0.25<PIC<0.5),g.44340734 G>C位点杂合度较低,属于低度多态(PIC<0.25)。卡方检验结果表明,g.44455759 C>T位点偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05),其他5个位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。对6个SNPs位点的不同基因型与梅花鹿茸重的关联分析结果表明,g.44455582 T>C位点的TT基因型个体茸重极显著高于CC和TC基因型(P<0.01)。单倍型分析结果显示,g.44340734 G>C和g.44350306 T>C、g.44455582 T>C和g.44455759 C>T位点存在强连锁,各产生3种单倍型,在Block 2区块中单倍型TC茸重显著高于单倍型CT (P<0.05)。【结论】 MSRB3基因与梅花鹿茸重性状密切相关,g.44455582 T>C位点和单倍型TC可作为筛选高产梅花鹿的分子标记。  相似文献   

7.
旨在克隆湖羊PLAG1基因5'调控区序列,明确PLAG1基因5'调控区多态性与湖羊早期体重的关系,寻找用于湖羊生长性状辅助选择的分子标记。本研究利用5'RACE技术鉴定PLAG1基因转录起始位点,以456只断奶湖羊为对象,利用测序法筛选PLAG1 5'调控区SNP位点,使用SPSS 18.0软件分析不同基因型对湖羊初生体重和断奶体重的影响。结果表明,PLAG1基因转录起始位点均位于g.30535位点,测序发现,PLAG1基因5'调控序列存在15个SNPs位点,在湖羊群体中均有3种基因型,均处于Hardy-Weinberg平衡状态。关联分析发现,g.28888A>T位点AA型、g.28901G>T位点GG型、g.30802C>T位点CC型、g.30825A>G位点AA型的初生体重均显著大于相应的杂合基因型(P<0.05),g.30737T>C位点CC型断奶体重显著小于TC型(P<0.05)。连锁分析发现,g.28888A>T、g.28901G>T、g.28913T>A、g.29717G>C、g.29724A>C、g.29725G>A、g.29768T>C、g.29771A>G、g.30141T>A、g.30144A>G、g.30691C>A、g.30694A>T、g.30737T>C、g.30802C>T、g.30825A>G,15个位点连锁且有18种单倍型。将样本量较多的5种单倍型与湖羊早期体重进行关联分析发现,AAGGTAGGAAGGTTAATTAACCAATCCCAA单倍型初生体重显著大于ATGTTAGCACGATCAGTAAGCAATTCCTAG单倍型(P<0.05),断奶体重显著大于AAGGAAGGAAGGTTAATTAACCAACCCCAA单倍型(P<0.05)。上述结果表明,湖羊群体中PLAG1基因5'调控区存在15个连锁的SNPs位点,其中g.28888A>T、g.28901G>T、g.30802C>T、g.30825A>G位点与初生体重显著相关(P<0.05),g.30737T>C位点与断奶体重显著相关(P<0.05),AAGGTAGGAAGGTTAATTAACCAATCCCAA单倍型与初生体重和断奶体重显著相关(P<0.05),说明PLAG1基因可作为湖羊生长性状选择的候选遗传标记。  相似文献   

8.
为探究溶质载体家族4成员9(solute carrier family 4 member 9,SLC4A9)基因的表达量及其多态性对鸭蛋壳品质的遗传效应,试验采用实时荧光定量PCR法检测SLC4A9基因在三穗鸭不同组织中的表达水平,采用PCR产物直接测序法筛查三穗鸭SLC4A9基因的SNP位点,并分析SNP位点对三穗鸭蛋壳品质的遗传效应。结果显示,SLC4A9基因mRNA在三穗鸭10个组织中均有不同程度表达,其中在心脏和胰腺中为高度特异性表达,肾脏中为中度表达,其他为低度表达。试验共检测到10个SNPs位点,其中3个位于外显子上(g.6803 C>T、g.7065 C>T和g.7089 C>G),且均为错义突变,7个位于内含子上(g.7162 C>G、g.11044 G>A、g.11090 T>C、g.11234 C>T、g.11261 C>T、g.11349 C>T和g.11403 G>A),其中g.6803 C>T位点突变导致丙氨酸(GCG)变为缬氨酸(GTG);g.7065 C>T位点突变导致丙氨酸(GCC)变为缬氨酸(GTC);g.7089 C>G位点突变导致丙氨酸(GCA)变为甘氨酸(GGA)。χ2检验结果显示,g.6803 C>T、g.11090 T>C和g.11349 C>T突变位点的基因型分布均偏离了Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05),其余位点的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。关联分析结果表明,g.11349 C>T位点的CC和CT基因型蛋壳强度显著高于TT基因型(P<0.05)。综上,SLC4A9基因的10个SNPs位点均对三穗鸭的蛋壳品质产生影响,其中g.11349 C>T位点达到了显著水平,可为蛋鸭蛋壳品质的改善及遗传标记提供参考依据。  相似文献   

9.
本研究旨在探索延边黄牛肌球蛋白重链3(MYH3)和肌球蛋白重链8(MYH8)基因多态性及其与生长性状的关联性,应用DNA直接测序法和高分辨率熔解曲线分型技术对120头24月龄延边黄牛MYH3、MYH8基因的遗传变异进行分析,并结合延边黄牛生长性状数据进行了关联分析。结果显示,在MYH3基因的29602748位点检测到一处T>G突变,包含2个等位基因:T和G,存在3种基因型:TG、TT和GG;在MYH8基因的29406042位点检测到一处C>T突变,包含2个等位基因:C和T,存在3种基因型:CT、CC和TT。关联分析显示,MYH3基因29602748位点T>G突变显著影响24月龄延边黄牛十字部高和腰角宽,表现为GG基因型十字部高显著高于TT基因型(P<0.05),腰角宽显著高于TT和TG基因型(P<0.05)。MYH8基因29406042位点C>T突变显著影响24月龄延边黄牛体重和胸围,表现为CT和TT基因型体重显著高于CC基因型(P<0.05);TT基因型胸围显著高于CC基因型(P<0.05)。本研究结果表明,MYH3、MYH8基因多态性与延边黄牛的部分生长性状相关,可作为现代肉牛育种中分子标记辅助选择的候选基因。  相似文献   

10.
本实验旨在探究绵羊MKRN3基因g.275981C>T与g.276999C>T位点多态性与绵羊产羔数之间的关系,以期为绵羊高繁殖力分子育种提供新的遗传标记。利用全基因组重测序结合Sequenom MassARRAY~?SNP技术对常年发情绵羊品种(小尾寒羊、策勒黑羊和湖羊)和季节性发情绵羊品种(滩羊、苏尼特羊和草原型藏羊)MKRN3基因2个多态位点多态性进行检测,并与小尾寒羊产羔数进行关联分析。结果表明:MKRN3基因g.275981C>T位点与g.276999C>T位点均存在3种基因型;g.276999C>T位点基因型频率和等位基因频率在2种发情模式绵羊品种间差异均达到极显著水平(P<0.01);g.275981C>T位点在6个绵羊品种中均表现为低度多态(PIC<0.25),g.276999C>T位点在6个绵羊品种中均表现为中度多态(0.25T位点在苏尼特羊和策勒黑羊中均处于哈代温伯格平衡状态(P>0.05),g.276999C>T位点在6个绵羊品种中均处于哈代温伯格平衡状态;关联分析表明,g.275981C>T和g.276999C>T位点不同基因型与小尾寒羊第1、2、3胎产羔数均无显著关联。可见,MKRN3基因2个多态位点均不适合用于小尾寒羊产羔数选育。  相似文献   

11.
【目的】试验旨在分析山羊Z-DNA结合蛋白(Z-DNA binding protein 1,ZBP1)基因3′-端非翻译区(3′-UTR)、内含子1和外显子7区域中单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点与产羔性能之间的关联性,为高繁殖力山羊分子育种提供新的遗传标记。【方法】选取麻城黑山羊、黑头羊和波尔山羊作为研究样本,采集血样提取DNA,根据转录组数据所选SNP位点在山羊ZBP1基因序列中的位置信息设计引物,利用多重单碱基延伸SNP分型技术(SNaPshot)分析所选SNP位点的遗传多样性,采用一般线性模型(GLM)对ZBP1基因SNP位点与3个品种山羊的产羔性能进行关联分析。【结果】山羊ZBP1基因中存在12个潜在的SNPs位点,其中7个SNPs位点(g.9734 A>G、g.9772 T>C、g.352 C>T、g.955 C>T、g.1880 G>A、g.2566 T>C和g.7919 G>A)具有多态性,除g.9734 A>G在麻城黑山羊群体中仅有AA和GA 2种基因型外,其余...  相似文献   

12.
【目的】探究促卵泡激素受体(follicle stimulating hormone receptor,FSHR)基因多态性与拜城油鸡产蛋性状、蛋品质及孵化性能的关系,为选育高生产性能的种鸡提供新的分子标记。【方法】以129只拜城油鸡为研究对象,利用DNA混池重测序技术筛选SNPs位点,采取Sequenom飞行时间质谱技术进行相关位点分型,通过SPSS 26.0软件的一般线性模型进行FSHR基因多态性与拜城油鸡生产性能的关联分析。【结果】FSHR基因外显子1上存在2个SNPs位点:SNP1(g.7640519 C>A)、SNP2(g.7640639 T>C);外显子4和5上分别存在1个SNP位点:SNP3(g.7692270 C>T)、SNP4(g.7698478 A>G);外显子10上存在3个SNPs位点:SNP5(g.7716725 G>C)、SNP6(g.7715900 A>G)、SNP7(g.7716470 T>C),除SNP6外,检出率均在90%以上。SNP1位点仅检测到2个基因型:CC和CA,CC为优势基因型;SNP2、SNP3和SNP7位点均存在3种基因型:TT、TC和CC;SNP4位点存在3种基因型:AA、AG和GG;SNP5位点存在3种基因型:CC、CG和GG。相关分析结果表明,SNP2位点CC基因型个体开产日龄极显著高于TT基因型(P<0.01),显著高于CT基因型(P<0.05);TT基因型个体蛋重显著高于CT基因型(P<0.05),入孵蛋死胚率显著高于CC基因型(P<0.05)。SNP3位点TT基因型个体蛋壳厚度显著高于CC基因型(P<0.05)。SNP5位点CG基因型个体300日龄总产蛋量极显著高于CC和GG基因型(P<0.01),300日龄平均蛋重和开产蛋重均显著高于GG基因型(P<0.05),开产体重显著高于CC基因型(P<0.05);GG基因型个体蛋壳厚度显著低于CC和CG基因型(P<0.05)。SNP7位点TT基因型个体开产蛋重和个体蛋重均显著高于CC和CT基因型(P<0.05),蛋白高度和蛋黄重均显著高于CT基因型(P<0.05),哈氏单位值极显著高于CC和CT基因型(P<0.01)。【结论】FSHR基因SNP5(g.7716725 G>C)位点CG基因型可作为影响拜城油鸡产蛋性能的标记基因型,SNP7(g.7716470 T>C)位点TT基因型可作为影响拜城油鸡蛋品质的优势基因型。  相似文献   

13.
为了探讨不同品种绵羊肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)表达水平及其与生长性状(体重、体高、体长、胸围和管围)的关联性,试验采用实时荧光定量 PCR方法比较阿勒泰羊、吐鲁番黑羊、也木勒白羊、哈萨克羊、巴什拜羊不同月龄(初生及1、2、3、4、5月龄)肌肉和脂肪MSTN mRNA的表达水平,运用SPSS 19.0软件分析与其生长性状的相关性.在肌肉中:初生时,阿勒泰羊、哈萨克羊、巴什拜羊MSTN基因mRNA表达水平均明显低于其他各月龄;也木勒白羊3月龄MSTN基因mRNA水平均显著低于其他各月龄(P<0.05);阿勒泰羊、吐鲁番黑羊MSTN基因mRNA在4月龄表达水平最高;哈萨克羊MSTN基因mRNA初生时表达水平最低,5月龄表达水平最高.在脂肪中:也木勒白羊MSTN基因mRNA表达水平初生时显著低于其他各月龄(P<0.05);阿勒泰羊、也木勒白羊、巴什拜羊MSTN基因mRNA 5月龄表达水平最高,巴什拜羊MSTN基因mRNA 5月龄显著高于其他各月龄(P<0.05);哈萨克羊MSTN基因mRNA 2月龄表达水平最高,显著高于5月龄(P<0.05).相关性分析结果发现,MSTN基因mRNA表达水平与生长性状多呈负相关关系.阿勒泰羊在肌肉和脂肪中MSTN基因mRNA表达水平与其生长性状均呈负相关关系;吐鲁番黑羊MSTN基因mRNA在肌肉中的表达水平与体高、体长呈负相关,其余均呈正相关;也木勒白羊MSTN基因mRNA在肌肉中的表达水平与胸围、管围呈正相关,在脂肪中表达水平与体长呈正相关,其余均呈负相关;哈萨克羊在肌肉和脂肪中除与体长呈正相关外,其余均呈负相关;巴什拜羊在肌肉中MSTN基因mRNA表达水平与体长、管围呈正相关,其余均呈负相关.MSTN基因mRNA在不同月龄不同品种间的表达水平存在差异性,无固定表达模式;且与生长性状多呈负相关关系,与部分体尺性状呈正相关关系.MSTN基因mRNA表达水平可能与生长性状和骨骼生长有直接关系.  相似文献   

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