已制备变质香精香料中微生物种群分析

为了解已制备变质香精香料中的微生物种群,利用常用分离培养基从云南某烟厂提供的已变质香精香料浓缩液中进行微生物分离、纯化和培养,采用形态学和分子生物学相结合的方法对所分离微生物菌株进行鉴定。结果表明:所分离的5株细菌包括短杆菌属(Brevibacterium sp.)3株、葡萄球菌属(Staphylococcus sp.)和鞘氨醇杆菌属(Sphingobacterium sp.)各1株,短杆菌属(Brevibacterium sp.)为优势属,占总株数的60.0%;14株真菌包括镰刀菌属(Fusarium sp.)7株、曲霉属(Aspergillus sp.)和Sistotremataceae科各3株以及Rickenellaceae科1株,其中镰刀菌属为优势属,占总株数的50.0%。     

多氯联苯污染土壤好氧降解菌群的分离与鉴定

从浙江温岭和萧山长期受多氯联苯污染的土壤中,以联苯为唯一碳源和能源进行菌类的富集筛选共得到35株纯菌,其中革兰氏阴性菌占细菌总数的60%。对得到的35株菌株进行16SrRNA基因序列分析,结果显示温岭和萧山土壤中的优势菌属分别为寡养单胞菌(Stenotrophomonas sp.)和潘多拉菌属(Pandoraea sp.)。挑选的4株细菌棒状杆菌(Corynebacterium sp.)WL8、芽孢杆菌(Bacillus sp.)WL10、微杆菌属(Microbacterium sp.)XS4和柠檬酸杆菌(Citrobacter sp.)XS7均可在联苯存在情况下共代谢降解2,3,4,5-四氯代多氯联苯(PCB61),其中从温岭土壤中筛选到的Corynebacteriumsp.WL8对PCB61的5d去除率达到了50%。     

稻田固氮细菌分离物的PCR-DGGE及其序列同源性分析

采用PCR-DGGE法对从福建稻田取得的8个固氮细菌分离物进行分子鉴定,通过测序比对,发现它们与中慢生根瘤菌(Mesorhizobiumsp.)、鞘氨醇单胞菌(Sphingomonassp.)、根瘤菌(Rhizobiumsp.)、慢生根瘤菌(Bradyrhizobiumsp.)、克雷伯氏杆菌(Klebsiellasp.)、伯克霍德尔氏菌(Burkholderia cepacia)、假单胞菌(Pseud-omonassp.)、诺卡氏菌(Nocardioides)和红球菌(Rhodococcussp.)9个属的固氮细菌具有高度同源性。     

不同垫料组成对猪用发酵床细菌群落的影响

为了解垫料基质中细菌的群落结构多样性,应用PCR-DGGE技术对发酵床7种不同垫料(锯木屑、稻壳、酒糟、菌糠、醋糟、稻草、稻壳炭)的细菌群落结构进行了研究,根据DGGE指纹图谱,对它们的细菌群落多样性和优势条带进行了分析。结果表明,垫料样品的细菌多样性指数、丰富度均有所不同,酒糟垫料组细菌多样性指数最高,稻草垫料组细菌多样性指数最低。全锯木屑与50%稻壳相似性较高而聚为一类,与50%菌糠次之,与50%稻草的相似性最低。在垫料基质中检测到的菌群主要是节杆菌属(Arthrobacter sp.)、Amaricoccu sp.、马杜拉放线菌属(Actinomadura sp.)、芽孢杆菌属(Bacillales sp.)、梭菌属(Clostridium sp.)、肠杆菌属(Escherichia sp.)、细杆菌属(Microbacterium sp.)、假单胞菌属(Pseudomonas sp.)、红球菌属(Rhodococcus sp.)、葡萄球菌属(Staphylococcus sp.),以及一些未知的菌群。垫料组成是影响发酵床垫料微生物构成的重要因素,稻壳、菌糠作为垫料可部分替代锯木屑,而对发酵床垫料的微生物区系影响较小。     

蚯蚓肠道对重金属污染土壤微生物群落结构的影响

为研究重金属污染土壤经不同生态类型蚯蚓消化后蚓粪和消化前土壤的微生物群落结构差异,选取2种不同污染特征的重金属污染水稻土,分别接种表栖型赤子爱胜蚓Eisenia fetida和内栖型壮伟环毛蚓Amynthas robustus进行10d室内盆钵培养后采集新鲜蚓粪,通过变性梯度凝胶电泳技术和序列分析研究蚓粪和对照土壤的微生物种群特征。蚓粪微生物丰富度和Shannon指数均明显高于对照土壤(P0.05),微生物群落结构发生变化,但2种蚓粪间微生物多样性指数无显著差异,群落结构具有一定的相似性。对蚓粪处理的优势条带进行序列分析发现,主要的优势菌群有:香味菌属(Myroides sp.)、芽孢杆菌属(Bacillus sp.)、鞘氨醇杆菌属(Sphingobacterium sp.)、金黄杆菌属(Chryseobacteriumsp.)、假单胞杆菌属(Pseudomonas sp.)、丛毛单胞菌属(Comamonas sp.)、不动杆菌属(Acinetobacter sp.)以及不可培养细菌。蚯蚓取食重金属污染土壤消化后产生的蚓粪微生物群落结构发生变化,种群多样性更为丰富;不同生态类型蚯蚓间的蚓粪微生物群落有一定的相似性,其优势菌群大多为与金属迁移转化相关的菌群。     

重庆地区玉米叶内生细菌的分离及其与草地贪夜蛾肠道菌的比较

为进一步了解重庆地区玉米叶内生细菌的组成以及这些内生细菌与入侵重庆地区草地贪夜蛾肠道微生态的相互关系,以采集自巫山地区被草地贪夜蛾入侵的玉米地里的玉米嫩叶为材料,运用传统微生物培养方法尝试对其内生细菌进行初步的分离培养,并通过16S rDNA测序开展了优势菌的属水平鉴定.此次共分离获得了22个细菌分离株,经16S rDNA序列同源性分析,将它们归类到11个分类单元,分属克雷伯氏菌属(Klebsiella)、不动杆菌属(Acinetobacter)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)、芽孢杆菌属(Bacillus)、肠球菌属(Enterococcus)、微杆菌属(Microbacterium)、鞘氨醇杆菌属(Sphingobacterium)、金黄杆菌属(Chryseobacterium)、无色杆菌属(Achromobacter)和丛毛单胞菌属(Comamonas).与前期研究得到的该地区草地贪夜蛾肠道微生物菌群数据比较可以发现,玉米内生细菌中包括克雷伯氏菌属(Klebsiella)、不动杆菌属(Acinetobacter)、肠球菌属(Enterococcus)、鞘氨醇杆菌属(Sphingobacterium)和金黄杆菌属(Chryseobacterium)在内的5个属可以在草地贪夜蛾肠道中分离到,表明草地贪夜蛾肠道微生物多数可能源自其食物,但是草地贪夜蛾肠道微生物中常见的假单胞菌属(Pseudomonas)、肠杆菌属(Enterobacter)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus)、短波单胞菌属(Brevundimonas)和气单胞菌属(Aeromonas)并未在玉米嫩叶中分离到,说明它们可能是主要存在于草地贪夜蛾肠道中的微生物.该研究对草地贪夜蛾所取食的玉米叶中内生细菌的种类进行了初步分析,为后续研究玉米叶内生细菌和草地贪夜蛾肠道微生物的相互关系奠定了基础.     

三株鞘氨醇杆菌细胞鞘脂类组分的分析

[目的]对比分析三株鞘氨醇杆菌菌种的鞘脂类组分,检出对该属分类学鉴定有指示意义的鞘脂类组分.[方法]用有机溶剂法提取鞘氨醇杆菌细胞鞘脂类,并通过薄层层析对鞘脂类组分进行测定.[结果]菌株Sphingobacterium daejeonense,Sphingobacterium mizutaii,Sphingobacterium shayense均含有五种鞘脂类组分,分别为1-肌糖磷脂酰神经酰胺(CerPI-1)、2-肌糖磷脂酰神经酰胺(CerPI-2)、2-磷酸乙醇胺神经酰胺(CerPE-2)和两个未知鞘脂类.其中占优势组分为2-磷酸乙醇胺神经酰胺(CerPE-2).[结论]这一结果揭示3种类型鞘脂类组分(CerPI-2、CerPI-1、CerPE-2)是鞘氨醇杆菌属共有的特征,这三类鞘脂类组分可用于鞘氨醇杆菌属的分类学鉴定.     

湘南脐橙柑橘黄龙病的PCR检测及内生细菌的分离

为确保湘南脐橙产业发展安全,严格防控柑橘黄龙病,从湘南地区几个脐橙种植园采集柑橘黄龙病疑似病株样品和健康植株样品,利用文献报道的柑橘黄龙病PCR检测常用引物对样品进行分子检测,并从病株组织中分离内生细菌进行分析鉴定。结果表明:在柑橘黄龙病的常规PCR检测中,湘南脐橙总核酸对P400引物的灵敏度最高,是湘南地区脐橙中柑橘黄龙病害常规PCR检测的最佳引物,其次为P535引物,而OI和16S这2对引物的灵敏度较低;对脐橙中柑橘黄龙病病株组织内生细菌的分离鉴定发现,柑橘中可培养内生细菌主要归类为7个属,分别为短杆菌属(Curtobacterium)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、异常球菌属(Deinococcus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、甲基杆菌属(Methylobacterium)、微杆菌属(Microbacterium)、芽孢杆菌属(Bacillus);其中,LB和1/10LB培养基中的优势菌属为短杆菌属、鞘氨醇单胞菌属和芽孢杆菌属;而脐橙树叶汁培养基中的优势菌属为短杆菌属、鞘氨醇单胞菌属和微杆菌属。     

酵素菌肥料、饲料生产及使用技术讲座 第三讲 酵素菌的生物学特性

<正> 如前所述,酵素菌中细菌有芽孢杆菌属(Bacillus sp.)、黄杆菌属(Flavbacterium sp.)、乳杆菌属(Lactobacillus sp.)和乳酸球菌(Pediococcus sp.)中的一些种,它们的生物学特性是: 芽孢杆菌属细菌细胞杆状,大小为0.3～2.2微米×1.2～7.0微米,有些很大,端正或周生鞭毛,运动或不运动。革兰氏阳性。好氧或兼性厌氧,可产生芽孢。该菌呈单个、成对或短链状排列,芽孢能耐热和抗热。 枯草芽孢杆菌营严格的好氧生活,在厌氧培养中不生     

人工养殖对虾肠道内可培养细菌数量及组成分析

为深入了解人工养殖条件下养殖对虾肠道内菌群结构和携带病毒情况,应用常规细菌分离、培养与纯化,细菌16S rD NA序列分析的方法分析了我国山东、江苏、韩国不同养殖场的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)和中国明对虾(Fenneorpenaeus chinensis)肠道内可培养细菌的总数、优势菌组成和数量,并用巢式聚合酶链式反应(Nested polymerase chain reaction,Nested PCR)方法检测对虾携带病毒情况。结果显示各批次凡纳滨对虾和中国明对虾样品肠道内的可培养细菌总数在105~109cfu/g之间,并对分离出的优势菌进行属(种)鉴定,结果表明这些优势菌分别属于乳球菌属(Lactococcus sp.)、弧菌属(Vibrio sp.)、芽孢杆菌属(Bacillus sp.)、发光杆菌属(Photobacterium sp.)、希瓦氏菌属(Shewanella sp.)、节杆菌属(Arthrobacter sp.)、微小杆菌属(Microbacterium sp.)。凡纳滨对虾和中国明对虾均有样品检测为WSSV阳性,6批次WSSV阳性对虾样品中均检测到弧菌属细菌,占可培养细菌比例为33%~93.58%。2批次WSSV阳性对虾样品中检测到希瓦氏菌属细菌,占可培养细菌比例为21.67%~34.21%。4批次WSSV阳性对虾样品中检测到发光杆菌属细菌,占可培养细菌比例为21.03%~66.83%。     

腈水合酶产生菌的分离筛选和酶反应条件的优化

从化工废水处理厂的活性污泥中分离和筛选到一株腈水合酶产生菌HUST-1。经初步鉴定,菌株HUST-1属于红球菌属(Rhodococcus sp.)。对菌株(Rhodococcus sp.)HUST-1所产腈水合酶的反应条件进行研究,结果表明,该菌株的最优酶反应条件:丙烯腈加入量为5%,反应温度为28℃,pH值为7.0,反应时间为15min。在最优酶反应条件下,菌株(Rhodococcus sp.)HUST-1的最高比酶活可达119U·mg-1,比优化前提高24.5%。     

西藏多地区土壤可培养细菌的分离鉴定及多样性分析

【目的】了解西藏多地区土壤可培养细菌的多样性。【方法】采用梯度稀释涂布分离法分离土壤细菌,根据形态特征、生理生化试验去除冗余,对细菌进行16S r DNA序列系统发育分析,鉴定其种属,研究其亲缘关系及多样性。【结果】经形态特征、生理生化试验以及16S r DNA序列测定,38株细菌菌株归属于四个类群,厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria),拟杆菌门(Bacteroidetes),变形菌门(Proteobacteria),12个科,13个属,包含链霉菌属(Streptomyces)11株,芽孢杆菌属(Bacillus)10株,节杆菌属(Arthrobacter)3株、类香味菌属(Myroides)3株、葡萄球菌属(Staphylococcus)1株、新鞘氨醇菌属(Novosphingobium)1株、红球菌属(Rhodococcus)2株、诺卡氏菌属(Nocardia)1株、拟无枝菌酸菌属(Amycolatopsis)2株、氨基杆菌属(Aminobacter)1株、原小单孢菌属(Promicromonospora)1株、威廉姆斯氏菌属(Williamsia)1株,分支杆菌属(Mycobacterium)1株。【结论】西藏地区土壤中细菌多样性丰富,优势菌为链霉菌属和芽孢杆菌属。根据多样性指数分析,同一地区,3000~4000 m海拔的土壤细菌多样性低于4000~5000m海拔地区,3000~4000 m海拔地区土壤细菌分布较均匀。林芝地区土壤细菌多样性丰富,山南地区土壤细菌多样性最少。     

薄荷内生细菌的多样性及组成分析

为了调查薄荷内生细菌种类多样性,应用高通量测序技术测定薄荷内生细菌的16S rDNA\|V4变异区序列,采用Qiime和Mothur等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元（OTUs）数量,分析物种的丰度、分布和α多样性,以及物种丰富度的差异。研究获得用于分析的有效序列和OTU数为60 034/226;稀疏曲线表明测序深度充分,OTU的数量接近于饱和。薄荷（样品名BH）的Chao 1指数为226.0,Shannon多样性指数为2538。薄荷内生细菌分布于以下10个属：食酸菌属（Acidovorax,65.34%）、鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas,17.32%）、土地杆菌属（Pedobacter,5.88%）、甲基杆菌属（Methylobacterium,4.33%）、Luteolibacter属（1.94%）、土壤杆菌属（Agrobacterium,153%）、鞘氨醇杆菌属（Sphingobacterium,1.30%）、金黄杆菌属（Chryseobacterium,0.92%）、黄杆菌属（Flavobacterium,0.78%）、Dyadobacter属（0.67%）;薄荷内生细菌优势菌属为食酸菌属（Acidovorax,65.34%）和鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas,17.32%）。Illumina MiSeq高通量测序技术为植物内生细菌的研究提供了更加准确、科学的数据资源。     

盐碱胁迫对大豆根际细菌群落多样性的影响

以野生大豆(Glycine soja)和栽培大豆(Glycine max,吉农18号)为研究对象,通过盆栽试验,以浇灌盐碱液(A)及覆盖盐碱土(B)2种方式分别设置4个不同盐碱浓度的处理,利用变性凝胶电泳技术(DGGE)分析大豆根际细菌的多样性。结果表明:盐碱胁迫下野生大豆和栽培大豆根际中16Sr DNA V3区片段达31条,DGGE指纹图谱中可见,野生大豆和栽培大豆在2种盐碱胁迫处理方式下各有不同的特征条带。适当的盐碱浓度处理能增加野生大豆和栽培大豆根际细菌的丰富度,且覆盖盐碱土处理的野生大豆表现较强的抗逆性。通过对DGGE部分条带的克隆测序与NCBI基因库比对得出部分相对耐盐碱的菌株,如野生大豆中的Altererythrobacter sp.(交替赤杆菌属)、Rhizobium sp.(根瘤菌属)、Psychrobacillus psychrodurans(嗜冷芽孢杆菌属)等和栽培大豆中的Sphingobium sp.(鞘氨醇菌属)、Olivibacter soli(橄榄形菌属)、Uncultured Sphingomonadaceae bacterium(不可培鞘脂单胞菌)、Sphingomonas sp.(鞘氨醇单孢菌属)等。     

褐飞虱肠道细菌多样性分析

通过构建稻褐飞虱肠道细菌16S rRNA文库的方法,分析了褐飞虱肠道内细菌的种类与多样性.通过对16S rRNA序列分析,从褐飞虱室内种群肠道中鉴定了13种细菌,这些细菌分属于沃尔巴克氏菌(Wolbachia)、短波单胞菌属(Brevundimonas sp.)、定氮螺旋菌属(Azospirillum sp.)、苍白杆菌属(Ochrobactrum sp.)、草螺菌属(Herbaspiril-lum sp.)、丛毛单胞菌属(Comamonas sp.)、不动杆菌属(Acinetobacter sp.)、窄食单胞菌属(Stenotrophomonas sp.)、白色杆菌(Leucobater sp.)、Cardinium及暂定类群TM7.其中以不动杆菌、窄食单胞菌、苍白杆菌属与TM7最为常见.     

鸡粪好氧堆肥中温期效应细菌及放线菌的筛选及属别鉴定

文章对鸡粪好氧堆肥中温期细菌、放线菌的组成及作用进行了探索。结果表明,细菌具有群体数量优势;整体分解有机物的效果也是细菌强于放线菌;经筛选鉴定效应菌株分别为芽孢杆菌属(Bacillus sp.)、假单胞菌属(Pseudomonas sp.)、变形菌属(Proteus sp.)、葡萄球菌属(Staphylococcus sp.)、克雷伯氏菌属(Klebsiella sp.)、螺孢菌属(Spirillospora sp.)、链霉菌属(Streptomyces sp.)和指孢囊菌属(Dactylosporangium sp.),其中假单胞菌属、克雷伯氏菌属、芽孢杆菌属、链霉菌属和指孢囊菌属对淀粉多糖类有机质具有分解能力,芽孢杆菌属、假单胞菌属、变形菌属、葡萄球菌属、螺孢菌属、链霉菌属和指孢囊菌属对蛋白类有机物具有分解作用,芽孢菌属、葡萄球菌属、克雷伯氏菌属、螺孢菌属和指孢囊菌属对脂肪类有机物具有分解能力。     

几株城市污水优势降解细菌的初步鉴定

通过革兰氏等染色、个体及菌苔形态特征观察、生理生化反应等研究方法,对6株分离自城市污水的优势高效降解细菌,即9、X-18、M-28、M-6、X-39和X-58进行了分类鉴定.结果表明:它们分别隶属于色杆菌属(Chromobacterium sp.)、假单细胞菌属(Pseudomonas sp.)、短杆菌属(Brevibacterium sp.)、节杆菌属(Arthobacter sp.)、棒杆菌属(Corynebacterium sp.)、棒杆菌属(Corynebacterium sp.).     

基于宏基因组学的茅台酒酒曲细菌的多样性分析

为了解茅台酒酒曲微生物的菌群组成结构,为其制曲工艺的稳定及质量评估提供理论依据,利用宏基因组学方法分别提取2011—2013年的茅台酒酒曲微生物总基因组 DNA,经 PCR 扩增16S rDNA V4区构建文库并测序,进行茅台酒酒曲细菌群落多样性的研究。结果表明：茅台酒酒曲微生物群落构成较稳定,主要分布于γ-变形菌纲（50％以上）和芽孢杆菌纲（30％以上）,分属于魏斯氏菌属、片球菌属、明串球菌属、糖多孢菌属、欧文氏菌属、真丝菌属、短状杆菌属、鞘氨醇杆菌属、醋酸杆菌属、糖单孢菌属、盐单胞菌属和德库菌属;各年茅台酒酒曲细菌群落结构差异不大。     

土壤中DDT的微生物修复研究

[目的]为了解土壤中有机氯类农药DDT降解过程中土壤微生物所起的作用。[方法]采取从土壤中分离培养土著微生物的办法,筛选出耐受DDT的菌株,进行强化培养。在提供共代谢底物的条件下,研究它们与白腐真菌对土壤中DDT的降解效果。[结果]在DDT的微生物降解过程中,加入有机质作为共代谢底物,可以使它们的降解效果大幅提高,而从土壤中筛选出的鞘氨醇杆菌属细菌(Sphingobacterium sp.)DB02,即使不加入有机质作为共代谢底物,对DDT仍有较好的降解效果。[结论]与从土壤中分离出的土著微生物相比,白腐真菌对土壤中的DDT有更加显著的降解效果。     

苯胺降解菌Rhodococcus sp. E2的分离与苯胺氧化酶基因簇的初步鉴定

从江苏省南通市某农药厂的活性污泥中分离出一株苯胺降解菌株E2,根据表型特征、生理生化特性和16S rDNA序列分析,将其鉴定为红球菌属(Rhodococcus sp.)的细菌。菌株E2降解苯胺的最适温度为30℃、最适pH为7.0,降解苯胺的最高浓度为800 mg·L-1。该菌能降解苯胺、邻甲基苯胺、对甲基苯胺和2,5-二氯苯胺,与已报道的苯胺降解菌的底物谱显著不同。通过扩增高度保守的片段和染色体步移,获得了菌株E2中负责苯胺降解的基因簇,该基因簇在基因组成、排布及同源性方面和已报道的基因簇有较大差异,是研究苯胺降解分子机理的较好材料。