云南松针叶上的散斑壳

根据子囊盘的形态及其在基物中的位置和松针上线纹的特征，将四川二郎山云南松针上的散斑壳划分为针叶树散斑壳（Lophodermiumconigenumu）、松针散斑壳（L．pinastri）、印度散斑壳（L．indianum）和四川散班壳（L.sichuanense），其中以针叶树散斑壳出现最多。并对其形态特征和生态习性作了描述。     

陕西松树散斑壳分类初探

依据Minter关于松散斑壳(Lophodermium Chev.)的分类原则,将分布于陕西的华山松、油松、马尾松、湿地松和白皮松等松树上的散斑壳鉴定为9个种。其中中国新纪录种1种:L.molitors Minter;6个国内已知种:乔松散斑壳(L.pini—excelsae)、针叶散斑壳(L.conigenum(Brunaud)Hilitz)、光亮散斑壳(L.niens Darker)、南万散斑壳(L.australe Dearn)、大散斑壳(L.maximum B.Z.He)和白皮松散斑壳(L.pini—bungeanae Y.R.Lin);待定种2个。     

基于rDNA ITS1序列的甘肃省叶螨属Tetranychus和全爪螨属Panonychus种群的系统关系

【目的】明确甘肃省叶螨属和全爪螨属种群遗传多样性及系统发育关系.【方法】对采自甘肃省的不同地理种群及不同寄主的共27个叶螨种群的rDNA ITS1序列进行PCR扩增并测序,利用MEGA 6.0软件分析叶螨不同种群的序列差异情况,采用NJ法构建系统发育树并进行系统关系分析.【结果】共获得27条叶螨rDNA ITS1序列,长度范围在596～688 bp,A、T、C、G平均含量分别为32.5%、31.0%、18.6%,17.9%,A+T含量(63.5%)高于G+C(36.5%)含量,有明显的A/T偏好性.核苷酸多样性为0.128.共检测出9个单倍型.形态学鉴定的截形叶螨(T.truncatus)、二斑叶螨(T.urticae)、山楂叶螨(T.viennensis)、柑橘全爪螨(Pa.citri)4个种在系统发育树中各自成一个单系,朱砂叶螨(T.cinnabarinus)与二斑叶螨(T.urticae)聚合在一起,支持这两者为同一个种的观点.但神泽氏叶螨(T.kanzawai)的系统发生关系还存在争议.【结论】基于rDNA ITS1序列的系统发育分析明确支持5种形态学上鉴定的种的地位,rDNA ITS1对于叶螨种类分子水平的鉴定是一种有效的DNA分子标记,对于未能完全支持的种类需要进一步选取多重分子标记确立其系统地位.     

桑种质资源ITS序列与系统进化分析

目的分析桑ITS序列,为桑系统位置、进化关系、DNA指纹鉴别、育种亲本选择提供分子生物学依据。方法利用收集的73份桑资源,总DNA提取,PCR扩增,测序,并从GenBank下载桑科Moraceae,桑属MorusITS序列,软件分析ITS长度、变异位点、G+C含量、遗传分歧、同源性百分比差异、系统位置与进化关系。结果获得ITS完整序列,基本序列全长576bp,G+C含量59.55%。(ITS1:174bp,G+C含量61.49%,ITS2:302bp,G+C含量62.25%,5.8S:100bp,G+C含量48.00%)。序列比对表明,共166个变异位点,(ITS1:100,ITS2:66,5.8S:0),一些变异位点有明显的种性特征,可作为特异DNA指纹鉴别位点。最大遗传分歧4.0,山桑(M.bombycis)与其它栽培种遗传分歧0.9—1.4。基于ITS桑系统位置,在非洲硬木树(Milicia excelsa,MEU93585)与新西兰鹊肾树(Streblus glaber,DQ499105)之间,与非洲硬木树(MEU93585)亲缘关系最近。Mrbayes分析,新疆黑桑(M.nigra),北美默里桑(M.murrayana,FJ605515)最原始,进化顺序为新疆黑桑,北美默里桑→白桑(M.alba)→华桑(M.cathayana)→长穗桑(M.wittiorum)。结论ITS长度、G+C含量、变异位点均可作桑种质资源DNA特异指纹鉴别的依据,特别是碱基变异位点。桑属劳亚古陆(Laurasia)高纬度起源,由北向南迁移。桑属可由地理分布间接反映系统进化关系。     

传统中药材麦冬的DNA条形码鉴定

该文分析了DNA条形码序列(ITS、psb A-trnH、matK、rbcL和trn L-F)对采自10个不同产区的麦冬进行PCR扩增及测序。结果表明,ITS序列变异位点为11 bp且较稳定。叶绿体序列的变异位点较低。本研究构建了ITS及联合叶绿体片段与ITS的系统发育树,4个叶绿体片段各自构建的系统发育树结果不理想,以ITS构建的系统发育树为主。广西桂林、贵州贵定与浙江余杭聚为一支;四川什都、四川珙县与广东肇庆聚为一支;云南麻栗坡与云南石林聚为一支;江西庐山与湖南桑植聚为另一分支,位于发育树基部;以上分支均得到G+C含量和遗传距离的支持,种内具有较近的亲缘关系。ITS序列具有稳定的变异位点和鉴定位点,能够准确的鉴定不同产地的麦冬,基于ITS构建的系统发育树能够较好的区分其亲缘关系。     

针叶树生散斑壳属部分种内及近似种间的RAPD分析

本文对针叶树上的散斑壳属(Lophoderm ium)的24个菌株进行了RAPD分析。通过聚类,得到针叶树上的散斑壳属各分离株之间的遗传距离为1.98-4.87,表明种内及近似种间的遗传变异较大,多样性丰富;根据遗传距离,将针叶树上的散斑壳属24个菌株分为A、B、C、D 4类。结果表明影响此类菌遗传多样性的因素有菌株形态学、寄主范围、寄生部位等,相比之下,前两者对此类菌的遗传变异影响较大。     

基于ITS的贵州省30个树种的DNA条形码研究

本文对贵州省19科26属30种林木树种植物ITS序列进行PCR扩增及测序,用MEGA 5. 0软件对序列进行比对分析序列信息,用最近距离法计算种内及种间遗传距离,通过邻接法构建系统发育树。结果表明,供试树种的DNA总长度为506～684 bp,其中平均G+C含量为64%,种内平均遗传距离为0. 013,种间平均遗传距离为0. 236;基于ITS序列构建的聚类树显示,对30种林木树种的鉴定成功率为83%,因此,推荐ITS序列作为林木树种DNA条形码的候选序列。     

不同种源辽东冷杉rDNA ITS序列及其亲缘关系

对6个种源辽东冷杉的r DNA ITS序列进行了扩增、纯化和测序,比较分析了各种源r DNA ITS序列的长度、碱基变异位点、(G+C)含量和遗传距离,构建了系统发生树。结果表明:辽东冷杉6个种源的r DNA ITS序列总长度均为1 355 bp,其中ITS1、ITS2和5.8S r DNA序列长度分别为1 162、71和162 bp,种源间无长度差异;r DNA ITS序列中只有8个碱基变异位点,均位于ITS1序列上,碱基变异类型为碱基转换或颠换;ITS1和ITS2序列中的(G+C)含量分别为60.24%~60.59%和58.60%,种源间(G+C)含量差异极小;种源间遗传距离平均值仅为0.002 3,其中清原种源和宽甸种源的遗传距离最小(0),其他种源间的遗传距离在0.000 7~0.003 7。上述结果均表明辽东冷杉种源间亲缘关系较近,遗传变异程度较低。系统发生树将地理距离相近的种源聚在一起,表明辽东冷杉6个种源遗传距离与地理距离有明显的相关性。     

基于ITS序列探讨南瓜属植物系统发育

基于ITS序列对南瓜属3个种(中国南瓜、美洲南瓜和黑籽南瓜)的系统发育进行了研究。结果表明,ITS1全长188～191bp,ITS2全长251～263bp;南瓜ITS1序列的变异位点数为33,占ITS1全序列的17.55%,ITS1序列的信息位点数为24,占ITS1全序列的12.77%;南瓜ITS2序列的变异位点数为45个,占ITS2全序列的17.93%,ITS2的信息位点数为31个,占ITS2全序列的12.35%;ITS1的G+C含量变化范围为51.60%～54.50%,ITS2的G+C含量变化范围为53.78%～56.98%;基于ITS1和ITS2分别构建的系统树可以看出,中国南瓜和美洲南瓜的亲缘关系较近,与黑籽南瓜的亲缘关系较远。     

基于ITS和trnL-F序列的青藏高原棘豆属植物分子系统学研究

【目的】探讨青藏高原棘豆属植物的系统学关系,为该属植物的研究提供分子系统学方面的资料。【方法】以青藏高原16种棘豆属植物27个地理种群标本为试材,提取其总DNA后,分别对ITS序列和trnL-F序列进行PCR扩增、纯化及测序,并对所测序列进行同源性比对,用Kimura 2-parameter距离模型计算各序列间的进化距离,以乌拉特黄耆(Astragalus hoantchy)和多枝黄耆(A.polycladus)为外类群,利用MEGA软件构建基于ITS序列和trnL-F序列的青藏高原棘豆属植物的系统发育进化树。【结果】ITS序列对位后长度为710bp,有58个简约信息位点,G+C平均含量为54.3%,该序列的平均进化距离为0.016,但进化距离总体较小。trnL-F序列对位后长度为867bp,有94个简约信息位点,G+C平均含量为33.7%,该序列的平均进化距离为0.018,总体进化距离较ITS序列大。ITS序列较叶绿体trnL-F序列含有较多的系统发育信息。在基于2个序列构建的系统发育树中,大花棘豆亚属除少数居群外均形成单系分支,说明以心皮有无隔膜来划分棘豆属属下分类系统可以较好地获得分子系统学的支持;但在其他亚属及组水平上,并不构成单系。【结论】棘豆属各类群间系统发育信息含量明显较低,说明棘豆属物种分化发生较晚,尤其是在青藏高原这样一个始于第三纪造山运动的年轻区域,其棘豆属物种的新近起源和形态的快速分化还难以在遗传水平上固定下来。     

小球藻鉴定基因的筛选及高产油微藻的分子鉴定

[目的]选择合适的小球藻种属鉴定基因,对高产油微藻进行分子鉴定。[方法]从分子鉴定常用的4条基因[核基因组rDNA的18S rRNA gene、内转录间隔区（ITS）、内转录间隔区2（ITS-2）和叶绿体rbcL基因]中筛选出最为适用的小球藻鉴定基因,并对从自然水体中分离筛选出的5株油脂含量在30%以上的小球藻（Chlorellasp.）进行了分类鉴定。[结果]ITS序列变异程度高,片段长度短,序列长度在种间变异较大,而在小球藻种内高度保守,且种间距离（0.439 6±0.135 9）远大于种内距离（0.045 7±0.084 3）,适用于小球藻属内种的鉴定。应用ITS序列分别将5株高产油藻鉴定为1株C.vulgaris、2株C.sorokiniana藻和2株Chlorella sp.。[结论]为建立藻类的鉴定基因库提供了参考。     

Intergenic spacer 1 (IGS1) polymorphism map: A marker for the initial classification of cultivated Lentinula edodes strains in China

China is currently the world's leading producer of Lentinula edodes and owns many cultivated strains of this species. This study was performed in order to investigate intergenic spacer 1 (IGS1) polymorphism and classification among 49 popular cultivated strains. The great majority of the 49 strains possessed two different IGS1 sequences, with distinct lengths and homologies. Based on the length and homology of the IGS1 sequences of the 49 strains, the strains were classified into two groups: A and B. Group A was subdivided into six subgroups. Forty-seven strains were homozygous or heterozygous among these six subgroups in group A, Cr01 was heterozygous between A and B, and Guangxiang 9 was homozygous in group B. An IGS1 polymorphism map of each cultivated L. edodes strain is reported for the first time and could be used as a marker for the initial classification and management of cultivated L. edodes strains in China.     

马尾松针上的散斑壳

根据子囊盘的形态及其在基质中的位置和松针上的线纹特征,将四川西部马尾松(pinus、marssoniana)针叶上的散斑壳鉴定为Lophodermiumn、conigenum.)L.indianum和L.Pinastri等3个种,其中L.indiantum为国内新记录种。L.conigenum出现濒率高,它的单个子囊孢子的分离物划分成5个培养类型;健康绿色针草上也能分离出。     

海南粗榧内生真菌多样性分析

以海南五指山自然保护区海南粗榧为研究对象,从423个表面消毒的组织块中,分离获得416个内生真菌菌株。通过形态学观察和ITS-rDNA 序列分析对分离得到的真菌进行鉴定,分别归入12个属,10属为半知菌,2属为子囊菌。结果表明,在海南粗榧不同组织中,刺盘孢属（Colletotrichum）、拟茎点霉（Phomopsis）均为优势类群,其中,刺盘孢属在叶中最多,拟茎点霉属在树干皮、根皮中最多。此外,镰孢霉属（Fusarium）为树干皮的优势类群,球二孢属（Lasiodiplodia）为根皮的优势类群,双胞束梗霉属（Didymostilbe）为叶的优势类群;Shannon-Wiener多样性指数（H忆）为0.97~1.83,不同组织之间的相似性系数（CS）为0.63~1.00曰分离得到的菌株中,WZS7165、WZS7240及WZS7277与已报道基因序列的相似性分别只有97%、92豫、88豫,具有进一步研究的价值,以确定其是否为微生物新种资源。     

小球藻鉴定基因的筛选及几株高产油微藻的分子鉴定

[目的]选择合适的小球藻种属鉴定基因,对高产油微藻进行分子鉴定。[方法]从分子鉴定常用的4条基因核基因组rDNA的18SrRNAgene、内转录间隔区（ITS）、内转录间隔区2（ITS2）和叶绿体rbcL基因中筛选出最为适用的小球藻鉴定基因,并对从自然水体中分离筛选出的5株油脂含量在30%以上的小球藻（Chlorellasp.）进行了分类鉴定。[结果]ITS序列变异程度高,片段长度短,序列长度在种间变异较大,而在小球藻种内高度保守,且种间距离（0.4396±0.1359）远大于种内距离（0.0457±0.0843）,适用于小球藻属内种的鉴定。应用ITS序列分别将5株高产油藻鉴定为1株C.vulgaris、2株C.sorokiniana藻和2株Chlorellasp.。[结论]为建立藻类的鉴定基因库提供了参考。     

两个相思树种根瘤菌代表菌株HJ06和JJ06的16S rDNA序列分析

为了开发利用我国人工林豆科树种根瘤菌的种质资源,该研究对华南地区两个人工林豆科树种厚荚相思和卷荚相思的根瘤菌两个代表菌株HJ06和JJ06进行了16S rDNA全序列测定,将此全序列与根瘤菌各已知种及相关种的16S rDNA全序列进行了比较及聚类分析,得到系统发育树状图.在系统发育树状图中,HJ06位于Rhizobium分支中并与根瘤菌属各个种的相似性达95%以上;JJ06位于Mesorhizobium分支中并与中慢生根瘤菌属各个种的相似性达97% 以上.表明它们分别为不同的根瘤菌种,证明了从国外引种于中国华南的相思树种其根瘤菌具有多样性和复杂性．      

小头飞虱属2个近缘种的ITS分析

为了更准确地鉴别飞虱科近缘种类,采用DNA测序的方法获得小头飞虱属2个近缘种类的ITS1部分序列,并对其进行了分子鉴定。结果表明,黄小头飞虱和四刺小头飞虱ITS1序列平均长度分别为802bp和1 044bp,可初步区分二者;二者遗传距离在种内为0.005～0.035,种间为2.725～2.833,差异显著;系统发育重建显示2个近缘种类各自聚为1支,二者互为姐妹群。研究结果初步证实,通过对ITS1序列信息、遗传距离和系统发育分析等研究,可以准确鉴定飞虱科的近缘种类,进而解决形态学分类时而无法准确鉴定等问题。     

不同蝉花菌株的分子鉴定及产透明质酸比较

为准确鉴定收集的4株蝉花(Cordyceps cicadae)并比较其产透明质酸能力,利用内转录间隔区(ITS)序列及随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对蝉花菌株CC1502、CC1504、CC1601和CC1602进行分子水平鉴定分析。结果表明:ITS序列不能区分4个蝉花菌株;随机引物AP-A20、AP-D18和AP-H18能够对4个菌株进行差异性扩增,获得RAPD多态性条带。聚类分析结果表明,菌株CC1504与其他3个菌株的遗传相似性最低,而菌株CC1601和CC1602的遗传相似性最高。液体发酵结果显示,菌株CC1502和CC1504能够产生透明质酸,葡萄糖和蛋白胨分别为最佳碳源和氮源。蝉花菌株CC1502产透明质酸的能力最强,产量可达2.45mg·mL~(-1),具有良好的开发潜力。     

动物微生态制剂菌种的分离与鉴定--猪肠源乳杆菌的分离与鉴定

本次试验的菌种是从宁夏平罗县边远农村半自然状态生长的健康肉猪的小肠、大肠弄口盲肠中分离获得的，共分离出64株菌株．通过对这64株菌株的菌落形态观察和革兰氏染色镜检．筛选出14株进行了乳杆菌属的生理生化鉴定，初步确定这14株杆菌属于乳杆菌属（Lactobacillus）．再通过糖醇类发酵产酸鉴定，确定4株为植物乳杆菌（L．plantayum），3株为短乳杆菌（L．brevis），2株为小鼠乳杆菌（L．murinus），3株为类布氏乳杆菌（L．parabuchneri），1株为丘状乳杆菌（L．collinoides），1株为玉米乳杆菌（L．zeae）．各项鉴定结果均符合乳杆菌属和相应种的鉴定标准．