DNA序列判别分类模型

[目的]结合生物学知识和数学方法构建DNA序列判别分类模型。[方法]根据氨基酸分子中侧链基的极性性质,从不同序列中氨基酸含量不同提炼出能从碱基含量和碱基排列情况两方面代表序列特征的氨基酸类别信息,用一个四维向量来表征,用马氏距离法和FISHER判别法对给定序列进行分类。[结果]该模型中,2种分类方法所得的样本回代率均达100%,分类一致率为90%。[结论]该模型算法简单,分类结果精度较高,优于仅基于碱基含量的判别分类模型。     

基于氨基酸分子中侧链基极性性质的DNA序列分类(英文)

从DNA序列片段个案中密码子分布密度角度出发,提取出DNA序列片段的特征,基于氨基酸分子中侧链基极性性质把氨基酸分成5大类,计算5大类出现的频率,这种考虑生物意义的特征提取方法不仅考虑碱基的含量,还在一定程度上考虑碱基的排列顺序,应用层次聚类分析方法和BP神经网络法对DNA序列片段进行分类。结果表明,2类算法分类结果精度较高,且一致性也较高。说明这种特征提取法比传统的单纯考虑碱基的特征提取法效果更优。     

一种鉴定菜用枸杞的新方法——nrDNA ITS测序法

[目的]拟从分子水平对菜用枸杞进行鉴定。[方法]利用nrDNA ITS(核糖体DNA基因内转录间隔区)碱基序列测定的方法对5份菜用枸杞资源进行碱基序列测定并分析序列差异。[结果]首次获得5种菜用枸杞nrDNA ITS区碱基序列,整个ITS序列长度变异范围为628~632 bp,平均为630 bp,共有79个变异位点,占12.5%,保守位点553,占87.5%。基于nrDNA ITS序列差异的品种聚结果与依据形态指标的是划分结果相符。[结论]nrDNA ITS区测序分析可作为分子水平鉴定菜用枸杞不同种质来源的又一途径。     

水稻EST中微卫星分析

[目的]分析水稻EST中微卫星序列。[方法]利用MISA(MIcroSAtellite)软件分析了微卫星在水稻EST中的分布频率与密度。[结果]在1 690 257条EST序列中,有907 071条序列含有微卫星,微卫星之间的距离约为0.51 kb。其中,六碱基重复丰度最大,占47.1%,而三碱基、单碱基、四碱基、二碱基和五碱基重复丰度分别为22.4%、18.5%、6.8%、3.1%和2.1%。表明三碱基重复丰度占到较高比例(22.4%),因此可从现有的ESTs数据中方便地获取有效的水稻微卫星标记。[结论]该研究结果可以为水稻种质资源鉴定和品种改良提供有用的基因信息资源。     

AccQ-Tag-HPLC法测定烟叶生长过程中游离氨基酸的变化

[目的]在AccQ-Tag分析包的基础上建立一种适合烟草中游离氨基酸测定的方法。[方法]采用WATERS公司的AccQ-Tag试剂包作为构建方法的基本条件,通过优化烟草中游离氨基酸的前处理和色谱条件,以6-氨基喹啉-N-羟基琥珀酰亚胺基甲酸酯（AQC）为衍生试剂与各氨基酸柱前定量衍生后,再用AccQ-TagTM柱梯度洗脱,建立了烟叶中游离氨基酸的AccQ-Tag-HPLC测试方法。[结果]用该方法测定烟叶杀青样品中的游离氨基酸,能够分离检测烟叶中的16种游离氨基酸,其回收率均在82.8%～105.3%,标准偏差均在2.5%以内,具有较好的重现性和回收率。烤烟杀青样中游离氨基酸以脯氨酸、天门冬氨酸、丝氨酸和丙氨酸含量较高。[结论]AccQ-Tag-HPLC法是一种实用的烟草中游离氨基酸的分析方法,适于烟叶中游离氨基酸从旺长期到成熟期的不同时段含量变化的测试。     

西瓜花叶病毒(WMV)外壳蛋白基因克隆及序列分析

[目的]研究新疆甜瓜主栽区西瓜花叶病毒(WMV)外壳蛋白的分类地位,以及与国内外分离株亲缘关系.[方法]田间采集具有西瓜花叶病毒症状的幼嫩叶片,利用改良的TRIZOL总RNA提取法获取RNA,进一步分离纯化、克隆及测序,将测序结果利用BLAST、DNAMAN 5.0、CLUSTAL X、MEGA 5.0 EXPASY、TM-HMM等软件进行碱基和氨基酸序列比对,以及疏水性平均值、脂肪系数、亲缘关系等分析.[结果]序列比对发现8个地区WMV病毒外壳蛋白核酸序列的5'端保守性较高,碱基和氨基酸序列相似性分别达到86.25;和93.01;,存在部分碱基和氨基酸突变,相似性较高.[结论]通过分子进化树可得出新疆8个分离物之间亲缘性关系较近,同源性较高,与国内外其它地区的亲缘性关系较远、同源性较低.     

草莓EST中SSR位点分析（摘要）

[目的]从现有的草莓ESTs数据中获取有效的微卫星标记。[方法]利用MISA（Microsatellite）软件分析简单重复序列（simple sequence repeats,SSRs）在草莓EST中的分布频率与密度,用CAP3软件进行冗余分析。[结果]在17565条EST序列中,共获得10129条SSR序列,SSRs之间的距离约为0.90kb。其中,六碱基重复丰度最大,占61.0%,而三碱基、单碱基、二碱基、四碱基和五碱基重复丰度分别为14.3%,13.1%,6.2%,4.3%和1.1%。在单碱基、二碱基、三碱基和四碱基重复模体中,丰度最大的分别是A/T,AG,AAG和AAAG,而CG在编码区内没有。在这6种类型的重复模体中,冗余与非冗余的草莓EST之间没有显著差异。[结论]从现有的草莓ESTs数据中可以方便地获取有效的微卫星标记。     

草莓EST中SSR位点分析

[目的]从现有的草莓EST数据中获取有效的微卫星标记。[方法]利用MISA（Microsate llite）软件分析简单重复序列（Simple se-quence repeat,SSR）在草莓EST中的分布频率与密度,用CAP3软件进行冗余分析。[结果]在17565条EST序列中,共获得10129条SSR序列,SSR之间的距离约为0.90kb。其中,六碱基重复丰度最大,占61.0%,而三碱基、单碱基、二碱基、四碱基和五碱基重复丰度分别为14.3%、13.1%、6.2%、4.3%和1.1%。在单碱基、二碱基、三碱基和四碱基重复模体中,丰度最大的分别是A/T、AG、AAG和AAAG,而CG在编码区内没有。在这6种类型的重复模体中,冗余与非冗余的草莓EST之间没有显著差异。[结论]从现有的草莓EST数据中可以方便地获取有效的微卫星标记。     

黄垂网不同发育时期肌动蛋白基因的序列分析

[目的]对黄垂网不同发育时期（幼孢囊和成熟孢囊时期）的肌动蛋白基因的序列进行测定、比对。[方法]基于肌动蛋白基因,利用分子生物学方法对黄垂网不同发育时期的DNA进行提取、测序。[结果]不同发育时期的序列同源性在99%以上,具有的氨基酸数量相同,都为19种,没有色氨酸。丝氨酸含量最高,组氨酸含量最低。[结论]除丙氨酸、苯丙氨酸、异亮氨酸和脯氨酸外,黄垂网在不同发育时期的氨基酸含量均相同。     

猪CSTB基因的克隆及多态性分析

[目的]利用RT-PCR方法克隆猪CSTB基因exon2序列,对所得序列进行多态性分析。[方法]以大白猪cDNA为模板,采用RT-PCR克隆方法,首次获得猪exon2序列,提交GenBank收录(GenBank登录号:DQ534493)。[结果]通过RT-PCR方法,克隆测序得到的猪CSTB基因exon2序列与人、鼠的CSTB基因exon2序列同源性分别为80.39%与72.55%。对所得猪exon2序列进行多态性分析,发现第26和78个碱基位置发生突变,分别为A→T和C→T,其中第26个碱基为错意突变,导致氨基酸的改变。[结论]CSTB基因exon2序列在猪、人和鼠上相对保守。     

不同灭菌方法对蟹味菇培养料中氨基酸含量的影响

[目的]筛选适合蟹味菇培养料的灭菌方法。[方法]分析3种灭菌方式(常压灭菌、普通高压灭菌、阶梯式高压菌灭)对蟹味菇培养料中氨基酸含量的影响。[结果]阶梯式高压灭菌培养料中氨基酸总含量最高(27.87%),而常压灭菌的氨基酸总含量最低(21.41%)。3种灭菌方式处理后的培养料中谷氨酸含量最高,天门冬氨酸和亮氨酸含量次高。[结论]阶梯式高压灭菌在工厂化规模化食用菌栽培中是一种比较好的灭菌方法。     

HPLC法测定荔枝花粉中氨基酸含量

[目的]通过研究荔枝花粉中的氨基酸含量,促进对荔枝花粉资源的开发利用和了解影响不同荔枝品种品质形成的因素。[方法]采用柱前衍生RP-HPLC测定4个荔枝品种(桂味、怀枝、黑叶、妃子笑)花粉的全谱游离氨基酸,以邻苯二甲醛(OPA)与9-芴基羰酰氯(FMOC-CI)作衍生剂,正缬氨酸为内标,利用二极管阵列(DAD)可变波长检测程序。[结果]各种氨基酸的保留时间(Rt)RSD为0.01%~3.02%,相对峰面积(Ax/AI)RSD为1.19%~7.82%,回收率为95.21%~114.24%。4种荔枝品种花粉的总游离氨基酸含量从大到小排序为(mg/100 mg):桂味26.88、淮枝21.46、黑叶20.92、妃子笑18.91。[结论]总游离氨基酸含量的不同会影响到荔枝品质,其中桂味总游离氨基酸含量最高,营养价值高,可在养蜂业和花粉营养品加工业中加以充分利用。     

不同贮存方法对沅江荻芦嫩茎总氨基酸含量的影响

[目的]建立沅江荻芦嫩茎总氨基酸含量测定方法,研究4种荻芦的贮存方法对荻芦嫩茎总氨基酸含量的影响。[方法]采用茚三酮比色法测定荻芦中总氨基酸的含量,筛选以谷氨酸为标准溶液的最佳工作条件,在401 nm处测定各样品吸光度。[结果]新鲜荻芦中总氨基酸含量占22.0%,各贮存方式下的总氨基酸含量为4.9%~21.2%。平均回收率为99.3%~99.6%,RSD为0.06%~0.52%。[结论]通过比对4种贮存方式下的总氨基酸含量,减压贮存是最有利于减少营养成分氨基酸的贮存方式。该方法简便有效,污染少,可行性好。     

不同品种榧树种仁氨基酸组成分析及营养评价

[目的]明确不同品种榧树种仁的氨基酸组分和营养品质。[方法]以6个主栽榧树品种为研究对象,分析种仁不同种类氨基酸组分的含量并进行营养评价。[结果]榧树种仁含有17种常见氨基酸,包含人体必需的7种氨基酸,不同品种的总氨基酸及氨基酸组分含量不同。各品种种仁氨基酸含量从高到低依次为东榧2号、丁山榧、东榧3号、龙凤细榧、东榧1号、朱岩榧;氨基酸组分中天冬氨酸和谷氨酸的含量最高,变异系数较低,人体必需氨基酸(E)与氨基酸(T)的比值为0.39,人体必需氨基酸与非必需氨基酸比值(E/N)为0.64,符合WHO/FAO推荐必需氨基酸组成比例标准;人体必需氨基酸(E)、儿童必需氨基酸(CE)、味觉类氨基酸含量与总氨基酸含量间存在显著正相关关系。[结论]总氨基酸含量可作为氨基酸组分特征的代表性指标对不同品种榧树种仁的营养品质进行评价。     

辽宁绒山羊Cytb基因的克隆和序列测定

[目的]分析测定辽宁绒山羊Cytb基因序列,为我国山羊品种系统分类的进一步研究提供有益的探索。[方法]根据GenBank发表的山羊的m tDNA的核酸序列,结合软件设计一对引物,对辽宁绒山羊Cytb基因进行了克隆测序。[结果]序列长度为1 140 bp,A、T、G、C 4种核苷酸的平均含量分别为31.8%、26.8%、13.2%、28.3%,其中,A+T含量(58.6%)明显高于G+C含量(41.5%)。[结论]在系统发育研究中,Cytb基因是一个十分有效的标记。     

五指山小型猪生长激素释放激素受体基因的cDNA克隆及序列分析

[目的]克隆五指山小型猪生长激素释放激素（GHRH）受体基因的cDNA,并对其进行序列分析。[方法]以五指山小型猪耳组织提取的基因纽RNA为模板,根据已报道的猪GHRHRcDNA序列设计3对引物,用RT—PCR方法进行cDNA扩增。PCR产物经回收纯化后,与pMD18-T连接并转化大肠杆菌DH5a,转化产物经PCR和双酶切鉴定后筛选出阳性克隆,阳性克隆经LB液体培养基培养鉴定后测序。[结果]成功获得了五指山小型猪GHRH受体基因的cDNA,该片段长1577bp,编码423个氨基酸。BLAST分析结果表明,该片段与猪GHRH受体基因仅有23个碱基的差异,同源性为98％;而两者GHRH受体基因均由423个氨基酸组成,序列同源性为96％。[结论]该研究为进一步揭示五指山小型猪的矮小机理提供了理论依据。     

苦荞中查尔酮合成酶全长基因的克隆及序列分析(英文)

[目的]该研究旨在克隆苦荞中查尔酮合成酶全长基因。[方法]选用乌克兰伊琳娜苦荞为试验材料,以从叶片中提取的RNA为模板,应用RACE技术结合CODEHOP引物设计方法克隆苦荞中查尔酮合成酶cDNA序列,通过电子合并获得其全长。设计基因全长特异性引物,以DNA为模板进行PCR扩增出基因序列。应用Clustalxl.81和MEGA4软件进行序列分析和进化树的建立;核酸和蛋白质序列同源性分析应用NCBI的Blastn和Blastp完成。[结果]生物信息学分析表明,该基因全长1906bp,具有一个463bp的内含子序列,编码区长度为1188bp,编码395个氨基酸。Blastn序列比对发现该试验所获得的CHS基因序列与相近物种Rheum palmatum(登录号:DQ205352.1)的CHS基因同源性达86%。[结论]该研究为阐明苦荞生物类黄酮合成的分子基础,探索提高苦荞生物类黄酮含量的有效途径奠定基础。