坦布苏病毒鸡源分离株全基因组及遗传变异分析

为了解引起鸡产蛋骤降的坦布苏病毒全基因组分子特征,本试验运用RT-PCR技术克隆测定了2株坦布苏病毒鸡源分离株全基因组序列,其基因组为10 990nt,包含1个10 278nt的开放阅读框架,与GenBank数据库中登录的坦布苏病毒参考株一致,与2010年以来的坦布苏病毒毒株核苷酸及推导氨基酸同源性均在98%以上,与2010年前的坦布苏病毒核苷酸和氨基酸序列同源性仅分别为88%和96%左右。基于坦布苏病毒全基因组序列的分子系统进化分析,发现2株鸡源坦布苏病毒与2010年以来分离的各种禽源坦布苏病毒株均处于同一大的进化分支,且相互间的遗传距离均小于2%。以上研究结果表明,坦布苏病毒鸡源分离株与其他禽源病毒分离株的基因组差异不明显,各分离株亲缘关系非常近。     

水禽细小病毒结构蛋白基因的克隆与分析

为了了解水禽细小病毒分子进化规律,试验采用PCR方法扩增5株水禽细小病毒的结构基因。结果表明:结构基因长度为2 199 bp,编码732个氨基酸。鹅细小病毒VP1蛋白氨基酸序列的同源性为95.1%~100%,番鸭细小病毒之间的同源性为96.9%~99.3%,鹅细小病毒与番鸭细小病毒之间的同源性为85.1%~88.3%;鹅细小病毒VP2蛋白氨基酸序列的同源性为95.2%~100%,番鸭细小病毒之间的同源性为96.6%~99.3%,鹅细小病毒与番鸭细小病毒之间的同源性为85.5%~88.1%;鹅细小病毒VP3蛋白氨基酸序列的同源性为95.0%~100%,番鸭细小病毒之间的同源性为96.8%~99.4%,鹅细小病毒与番鸭细小病毒之间的同源性为88.4%~91.0%。说明鹅细小病毒和番鸭细小病毒均属于不同的进化分支,没有发生重组现象。番鸭细小病毒的2个毒株均存在8个糖基化位点,而鹅细小病毒ZJ毒株为6个糖基化位点,G3与LJY毒株分别缺失582~584 NTT和703~705 NRT。     

基因重组型番鸭细小病毒FJM3的全基因组特征

从1例未免疫雏番鸭细小病毒活疫苗与鹅细小病毒活疫苗的临床病死雏番鸭脏器中成功分离到1株番鸭细小病毒(FJM3株)。为明确其基因组特征,运用PCR方法,扩增出番鸭细小病毒FJM3株全基因组。结果表明,FJM3株基因组全长为5017nt,其基因组结构和经典番鸭细小病毒参考毒株一致。序列比对结果表明,FJM3株全基因组序列与GenBank中登录的经典MDPV参考株(FM株)核苷酸序列同源性为94.0%,与番鸭源GPV参考株(Y株)核苷酸序列同源性为85.6%。全基因组遗传进化分析表明,FJM3株处于MDPV遗传进化分支;VP1基因遗传分析表明,FJM3株处于经典MDPV遗传进化分支;VP3遗传进化表明,FJM3株处于GPV遗传进化分支。对FJM3株和参考株(FM株、Y株和SYG61v)进行遗传重组分析表明,该毒株于存在2处MDPV与GPV的基因重组现象。     

江苏省盐城市3株白羽肉鸭源鹅细小病毒的分离鉴定及其VP3基因遗传进化分析

为分离鉴定导致2017年江苏省盐城市樱桃谷鸭出现短喙、长舌、生长抑制以及死淘率迅速增加的病原,研究其基因遗传进化特点,探讨临床解决方案,用PCR方法,对这一地区3家养鸭场的发病鸭进行检测;对鹅细小病毒阳性样品进行病毒分离,并对其VP3基因进行扩增测序和遗传进化分析。结果显示:从发病鸭中分离到3株可引起鸭短喙与矮小综合征的病毒,分别命名为YC1、SQ1、SQ2;3株病毒VP3基因与我国樱桃谷鸭发生的鸭源鹅细小病毒核苷酸同源性在99%以上,与番鸭中分离的短喙与矮小综合征病毒核苷酸同源性为95%～99%,与经典小鹅瘟核苷酸同源性也在95%以上。结果表明,这3家养鸭场暴发的短喙与矮小综合征均由新型鹅细小病毒感染所导致。该毒株与欧洲分离株的亲缘关系更近,提示这3株病毒可能通过引种传入我国,或者由欧洲分离株进化而来。     

种番鸭副黏病毒的生物学特性研究

从广东某番鸭种鸭场全场有明显呼吸道症状和产蛋下降,而无其他典型鸭副黏病毒病症状的种番鸭群中分离到1株副黏病毒(命名为DP0690)。经过鉴定,该分离株具有血凝性,可被新城疫病毒(NDV)标准阳性血清所抑制,不能被禽流感病毒(AIVH5与H9亚型)阳性血清和减蛋综合征病毒(EDSV)标准阳性血清抑制;RT-PCR检测为NDV阳性;对F基因进行部分测序和分析表明F基因的裂解位点序列为112R-R-Q-R-R-F117;动物回归实验表明:该分离毒株对5日龄SPF雏鸡和雏番鸭能100%致死;对开产母鸭能复制出相同的病例,表明该病毒属强毒力毒株。     

雏番鸭基因IX型禽1型副黏病毒分离鉴定及F基因序列分析

自发病死亡雏番鸭中分离到一株(XBT14株)基因Ⅸ型禽1型副黏病毒,该病毒可引起雏鸭明显神经症状及急性死亡,致死率达44.4%;病毒融合(F)蛋白裂解位点处具有强毒株特有的多碱性氨基酸序列(112RRQRR↓F117),与Gen Bank数据库中已发布的基因IX型毒株核苷酸序列同源性高达99.7%~99.9%,与基因VII型毒株核苷酸序列同源性为85.5%~86.6%。该分离株与近来报道的GD09-2等基因IX型毒株处于同一进化分支。以上结果表明对水禽致死性的禽1型副黏病毒呈现基因型多样性,水禽禽1型副黏病毒病的防控日益严峻。     

一株鸭源H_9亚型禽流感病毒的分离鉴定及HA基因序列分析

本研究从发生产蛋下降疫情的山东某种鸭场采集病料,分离得到一株病毒。经血凝(HA)试验、血凝抑制(HI)试验、测序分析,鉴定该毒株为H_9亚型禽流感病毒。对分离株HA基因进行测序及序列分析,结果显示该分离株HA基因的裂解位点为333PARSSR↓GLF339,符合低致病性AIV的特征;与参考毒株的HA基因组序列进行比较发现,核苷酸的同源性为93.7%~99.3%,推导的氨基酸的同源性为96.4%~98.6%,与Shandong/YT5/2010(H_9N_2)株同源性最高。     

鸭巴泰病毒抗体间接ELISA检测方法的建立及部分地区的初步流行病学调查

为建立检测新发现的鸭巴泰病毒(BATV)感染的血清学方法及初步了解相关地域BATV的流行情况,本研究以浓缩纯化的BATV ZJ-01株作为包被抗原,通过优化反应条件,建立了BATV抗体的间接ELISA检测方法。结果表明,该方法仅与BATV阳性血清发生特异性反应,而对禽流感病毒等8种常见鸭病毒阳性血清无交叉反应,表明其特异性强;经敏感性试验测定,阳性血清1∶320倍稀释时检测仍为阳性,显示其敏感性高。批内重复试验变异系数低于5%,批间重复试验变异系数低于10%,证明其重复性良好。经30份血清样品的比对检测结果显示,该方法与中和试验符合率为100%。应用该方法对采自闽浙赣三省发生产蛋下降种(蛋)鸭群、生长不良肉鸭群共493份血清样品分别检测,结果总阳性率高达29.41%。本研究为BATV的流行病学调查提供了一种特异、敏感、快速的血清学检测方法。     

鸭坦布苏病毒江苏XZ株的分离和鉴定

从江苏徐州地区分离到的以引起樱桃谷鸭产蛋下降和死亡为特征的1株病毒,命名为XZ株。对该病毒进行电镜观察、血凝试验、ELD₅₀测定、RT-PCR扩增特异性目的基因、序列比对分析和动物回归试验。结果显示,分离毒株能致死鸭胚和鸡胚,电镜下观察到球形病毒粒子,不具有血凝性,对病料和接毒鸭胚尿囊液进行RT-PCR,均可扩增出基因片段,其核苷酸序列与坦布苏病毒奉贤株的相似性最高,为98.7%,与其他坦布苏病毒的毒株也具较高同源性,为86%~98%。用鸭胚分离毒株接种健康产蛋鸭,能复制出同样的疾病。结果表明分离病毒为鸭黄病毒属的坦布苏病毒。     

一株鸡源猪葡萄球菌的分离与鉴定

为进一步研究引起蛋鸡产蛋下降的病原菌的致病机理,本研究从患有输卵管炎的蛋鸡输卵管中分离到一株革兰氏阳性球菌,通过培养形态观察和生化试验进行初步鉴定,并采用PCR扩增其16S rRNA基因序列进行测序,与GenBank中登录的已知序列进行比对分析,结果显示该菌与猪葡萄球菌(Staphylococcus hyicus)在进化关系上的距离最近,同源性达到99.5％以上,表明该分离株为S.hyicus.并通过小鼠毒力试验和蛋鸡回归试验对该分离株的致病力研究,表明该菌对小鼠无致病性,但可以引起生殖系统病变,导致产蛋能力下降.     

番鸭细小病毒安徽分离株结构蛋白基因的克隆及序列分析

为研究番鸭细小病毒(MDPV)安徽分离株的遗传变异特征,通过PCR扩增获得了MDPV结构蛋白(VP)基因全长序列AH-MDPV-VP,并将该序列与GenBank中登录的12条MDPV和鹅细小病毒(GPV)VP基因序列进行比对。结果显示,AH-MDPV-VP基因全长2 199bp,包括完整的VP1、VP2和VP3蛋白编码区。MDPV与GPV的VP基因部分序列一致,但具有明显的差异。进化分析显示,MDPV安徽分离株与基因重组型MDPV上海分离株SAAS-SHNH为同一分支,亲缘关系较近。同源性分析显示二者核苷酸序列同源性最高,为99.9%,且AH-MDPV-VP与GPV毒株SHFX1201的序列同源性也有89.5%。此外安徽分离株与其他MDPV的VP1、VP2和VP3基因同源性有逐步下降的趋势,而与GPV则相反呈上升趋势。进一步显示MDPV安徽分离株与基因重组型MDPV上海分离株SAAS-SHNH相似,可能为MDPV和GPV基因重组型水禽细小病毒。     

应用宏基因组学鉴定国内第一株鸭2型腺病毒

为分离鉴定广东某养鸭场疑似"肝坏死"病例的病原,本研究将采集的病料样品感染番鸭胚及番鸭胚成纤维细胞(MDEF)进行病原分离,提取出现细胞病变培养物的核酸,采用宏基因组学方法,以随机引物反转录并合成双链DNA进行PCR扩增,扩增产物进行分子克隆和测序分析。结果显示:F6代分离的病毒滴度为log10~(5.0)TCID_(50)/m L,能够导致9日龄~11日龄番鸭胚死亡及MDEF产生明显细胞病变。50个随机克隆经Gen Bank检索有28个为鸭2型腺病毒(DAd V-2)同源序列,核苷酸同源性为92%~99%。28个同源序列形成8个毗连序列群,共计15 107 bp,覆盖DAd V-2基因组全长的34.54%,分离株与Gen Bank中唯一的DAd V-2 GR分离株亲缘关系最近,其部分hexon基因编码的氨基酸同源性为83.3%。参照测定序列设计的引物能够特异性扩增病毒基因。本研究首次应用宏基因组学分离获得国内首株DAd V-2,也是迄今除了法国以外国内首次报道的DAd V-2分离株。     

鹅源黄病毒的分离和初步鉴定

本试验从广东地区临床表现为体温升高、采食量减少、拉稀粪、站立不稳、运动障碍的幼龄病鹅群,无菌采集病料,进行病原的分离传代。研究结果表明,该病毒对番鸭胚的半数致死量(ELD₅₀)为10^-2.68/0.2 mL,在pH 7.2的条件下不能凝集鸭、鸡、鹅、鸽的红细胞,人工感染15日龄健康幼鹅能复制出与自然病例相同的临床症状和病变。用BYD病毒E基因片段的特异性引物,对试验获得毒株进行RT-PCR扩增和序列分析,证明获得的序列与GenBank中收录的发现于中国引起鸭产蛋下降综合征的新型黄病毒-BYD病毒(登录号为JF312912)和中国江苏发现的鹅黄病毒JS804株(登录号为JF895923)的同源性最高(有2个碱基的差异),均达到了99%以上,对试验获得的毒株暂定为鹅源BYD病毒广东株1(简称为BYD-GD1)。     

新型鹅星状病毒的分离鉴定与全基因序列分析

为了解近年鹅星状病毒的流行情况,通过鹅胚接种、鹅胚半数致死量测定(ELD_(50))、RT-PCR检测和基因组序列测定等方法,从2019年山东某养鹅场雏鹅疑似星状病毒引起鹅内脏痛风病的病料中分离出1株新型鹅星状病毒,命名为AstV/Goose/SD776/2019。该分离株能引起鹅胚典型的临床症状,病毒无血凝活性,ELD_(50)为10~(-4.0)/0.2 mL,动物回归试验中死亡的雏鹅可以复制出与临床自然感染相似的病变。用RT-PCR对分离株全基因组序列分析结果显示,分离株的3个ORF和与新型鹅星状病毒毒株(JSHA、SD01、SDPY、GD)的核苷酸和氨基酸同源性较高(99.2%以上);与能导致雏鹅肠炎的鹅星状病毒(FLX)及其他种属禽源星状病毒同源性相对较低,遗传进化分析结果显示,分离株在进化树上与4株新型鹅星状病毒的亲缘关系接近,表明分离毒株为新型鹅星状病毒。     

红毛鸭胚源鹅细小病毒江西株的分离鉴定与NS基因的分析

自死亡的红毛鸭胚中分离获得1株病毒株(命名为JX-JA-2017株),经胶体金试纸条检测呈鹅细小病毒(GPV)阳性,经中和试验测定可被GPV阳性血清特异性中和,表明该毒株为GPV。对其进行非结构基因(NS)特征分析发现,其NS基因与GenBank登入的13株鹅细小病毒核苷酸序列同源性为94%～99.6%,氨基酸同源性为94.8%～99.5%;经分子进化分析发现,该株病毒与亚洲型GPV分离株共处于一个进化分支。以上结果揭示,红毛鸭胚存在GPV感染,且其JX-JA-2017株病毒与经典的GPV具有共同的遗传起源,丰富了GPV的流行病学与分子生态学内涵,为加强我国鹅细小病毒病的防控提供科学依据。     

雏鸭坦布苏病毒分离鉴定及全基因序列分析

山东潍坊地区某鸭场养殖的21日龄樱桃谷鸭突然发病,病鸭主要表现翅腿瘫痪等神经症状,排黄绿色或黄白色稀粪,病死率5%左右。为了确定发病鸭群感染病原的种类,首先采集病死鸭肝脏,处理后接种9日龄~11日龄SPF鸡胚进行病原分离。其次,对分离的病原RT-PCR扩增和序列测定,MEGA5绘制系统发育进化树,DNA Star软件分析核苷酸同源性。结果表明,通过SPF鸡胚分离到一株坦布苏病毒(TMUV),命名为TMUV-SDWF。该病毒株基因组全长为10 990nt,编码1个含3 426个氨基酸的多聚蛋白。系统发育进化树分析显示,TMUV-SDAG毒株属于Ⅰa分支。核苷酸同源性分析表明,TMUV-SDSG与GenBank上公布的16株不同TMUV分离株核苷酸同源性高达97.0%~99.8%。成功分离鉴定一株鸭坦布苏病毒并对其进行了遗传进化分析,为鸭坦布苏病毒弱毒或灭活疫苗的筛选制备及该病毒分子流行病学的研究奠定了基础。     

鹅细小病毒HN株的分离鉴定及全基因组序列分析

为研究鹅细小病毒(GPV)基因遗传变异特征,采集海南某养鹅场疑似鹅细小病毒感染的病料,将其处理后接种番鸭胚成功分离到一株病毒,经PCR鉴定为鹅细小病毒,命名为HN株,并获得了其全基因组序列,将该序列与GenBank数据库中登录的16条鹅和番鸭细小病毒基因序列进行了比对分析。结果显示,该株病毒基因组全长为5 106bp,由ITR、NS、VP构成,其中ITR为444bp,NS1为1 844bp,VP1为2 199bp;HN株与SHFX1201株的NS1基因和VP1同源性最高,分别达到99.8%和99.7%,与番鸭细小病毒株FM的NS1基因同源性最低,为82.7%;与90-0215株VP1同源性最低,为80.1%。HN株的遗传进化树可以看出,GPV可以分成明显的2个基因亚群,HN株与鹅细小病毒匈牙利株(B)、欧洲疫苗株(VG32/1)和台湾株(82-0321V、82-0321、06-0329)均处在第I亚群,且与安徽分离株Y株以及SHFX1201株同源性最接近,番鸭源匈牙利株FM单独处于第Ⅱ亚群。本研究丰富了GPV的数据资料,为研究GPV分类地位以及遗传进化关系提供了依据,同时也为研究GPV流行趋势和疫苗的开发奠定了基础。     

番鸭细小病毒国内分离株主要结构蛋白基因的克隆和序列分析

根据国外已发表的番鸭细小病毒(MDPV)FM株基因组核苷酸序列设计1对引物,应用PCR技术扩增MDPV FS株的VP2-VP3蛋白基因片段。将扩增后的VP2-VP3结构蛋白基因克隆到T载体上,MDPV FS株基因大小为1764bp,编码528个氨基酸,对插入片段进行序列测定。结果表明,我国分离的MDPV FS株基因序列与国外发表序列的同源性为98.6%,与已发表的YZ株同源性为99.5%,可见番鸭细小病毒结构蛋白基因较保守。     

江西省猪细环病毒1型和2型流行情况调查及全基因组克隆与序列分析

目前在我省许多地区猪群中是否存在TTSuV感染尚未见相关报道,为更好的了解猪细环病毒1型和2型在猪群中进化情况以及进一步研究其遗传变异,根据NCBI已发表的猪细环病毒两种基因型全基因组序列,在序列保守区域用设计特异性引物,采用聚合酶链反应(PCR)进行该病毒的检测及全基因的扩增。通过将扩增产物胶回收后进行T-A克隆,然后进行序列测定和同源性与系统进化分析。本试验检测出猪群TTSuV1型和TTSuV2型在猪群中的感染情况,全基因测序得到的序列确定为TTSuV1和TTSuV2全基因序列。对测得序列进行同源性分析与遗传进化分析,分析结果表明,分离株(JX TTSuV)与国内外不同地域TTSuV全基因组序列之间差异较大,同源性为67.8%~97.2%;进化分析表明,JX TTSuV与其他株TTSuV参考株亲缘关系远近各不相同,与日本分离株(AB076001)和巴西分离株(AY823991)亲缘关系较近。     

广东地区8株鹅源基因Ⅻ型新城疫病毒F蛋白基因遗传进化分析

为了解当前广东地区鹅群新城疫病毒(NDV)遗传进化情况,本研究从广东养殖病死鹅组织样品中分离鉴定获得8株NDV,对分离株的F蛋白基因进行核苷酸及氨基酸序列分析。8株分离病毒之间F蛋白基因同源性较高,为96.3%-99.9%,但与当前国内NDV优势流行株及疫苗株同源性均较低。遗传进化分析结果显示所有新分离株均属于Ⅻ型NDVⅫb亚型分支,而当前国内NDV的优势流行株及常用疫苗株均属于Ⅶd亚型分支。氨基酸序列分析结果显示,本研究分离株F蛋白裂解位点氨基酸序列均为~(112)K/RRQKR/F~(117),符合强毒株分子特征;与基因Ⅶ型代表株NDV/ZJ1相比,新分离株F蛋白B细胞中和抗原表位均出现D~(170)N变异;而与2010年～2011年报道的广东Ⅻb亚型分离株相比,新分离株F蛋白疏水区、七肽重复序列等区域均出现氨基酸的变异。综上所述,本研究分离鉴定的8株鹅源NDV的F基因均属于Ⅻb亚型,与Ⅶd亚型流行株及常用疫苗株F基因同源性较低,且其多个氨基酸关键位点存在变异。本研究在国内首次从病死鹅体内分离到基因Ⅻ型NDV,为进一步了解基因Ⅻ型NDV在广东地区水禽中的流行、病原进化以及疫苗株更新提供参考。