百宜黑鸡PRL基因多态性与产蛋性能关联分析

为了探究PRL基因多态性与鸡产蛋性能的相关性,试验以95只百宜黑鸡为研究对象,利用PCR扩增技术结合直接测序方法对鸡PRL基因SNP位点进行筛选.结果:在试验群体中找到4个SNPs,分别为g.6171 C>T、g.6232 C>G、g.6306 C>T、g.6440 T>C,且4个SNPs均处于第5外显子,g.6171 C>T和g.6232 C>G位点之间属于完全连锁平衡;χ2检验发现,该基因座的位点并不处于Hardy-Weinberg平衡状态;遗传参数分析发现,除了g.6306 C>T属于低度多态,其余位点均属于中度多态;关联分析表明,各SNP位点与产蛋性能之间不存在显著相关关系(P>0.05).     

藏羊BMPRⅡ基因多态性及其单倍型与产羔性状相关分析

【目的】 研究骨形态发生蛋白受体Ⅱ(bone morphogenetic protein receptor Ⅱ, BMPRⅡ)基因多态性及其单倍型与藏羊产羔性状的相关性。【方法】 以433只藏羊母羊为研究对象, 采用改良多重高温连接酶检测反应技术(improved multiple ligase detection reaction, iMLDR)对BMPRⅡ基因9个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点在藏羊群体中的多态性进行检测, 使用Haploview 4.2软件分析其连锁不平衡性并构建单倍型, 应用基因关联分析探究BMPRⅡ基因多态性及单倍型与藏羊产羔性状的关联。【结果】 藏羊BMPRⅡ基因外显子12中存在6个SNPs, 分别为: g.90192 T>C、g.142532 C>T、g.142614 A>G、g.142751 T>C、g.143138 A>G和g.143189 G>A, 外显子3、9和13中各存在1个SNP, 分别为: g.143570 C>G、g.124843 A>C和g.145233 A>G, 这9个SNPs均为同义突变。9个SNPs中, 除g.90192 T>C外, 均存在3种基因型。多态信息含量分析显示, 群体在g.90192 T>C、g.142614 A>G和g.145233 A>G位点处于低度多态(PIC<0.25), 在g.124843 A>C、g.142532 C>T、g.142751 T>C、g.143138 A>G、g.143189 G>A和g.143570 C>G位点均处于中度多态(0.25<PIC<0.5)。χ²适合性检验结果显示, 所有突变位点均未偏离哈代-温伯格平衡状态。相关性分析显示, 不同位点不同基因型与藏羊产羔性状均无显著相关(P>0.05), 但g.142532 C>T位点CT基因型平均产羔数高于CC和TT基因型, g.142751 T>C位点CC基因型平均产羔数高于TT和TC基因型, g.143189 G>A位点GA基因型平均产羔数高于GG和AA基因型, g.143570 C>G位点CG基因型平均产羔数高于CC和GG基因型, g.145233 A>G位点GG基因型平均产羔数高于AA和AG基因型, 差异均不显著(P>0.05)。BMPRⅡ基因中除g.90192 T>C位点外的8个SNPs位点在藏羊群体中共形成14种单倍型(H1~H14), 单倍型与藏羊产羔数间均无显著相关(P>0.05)。【结论】 BMPRⅡ基因g.142532 C>T、g.142751 T>C、g.143189 G>A、g.143570 C>G和g.145233 A>G位点对藏羊产羔数有一定潜在的影响。     

PPARα基因SNPs对关岭黄牛生长性状的影响

本实验采用PCR产物测序和序列比对软件鉴定关岭黄牛PPARα基因SNPs，统计软件SPSS 23.0分析SNPs与生长性状的相关性，探索PPARα基因与关岭黄牛生长性状的关系。结果显示，在关岭黄牛PPARα基因中检测到4个SNPs：位于第7外显子的g.116502086 G>C和g.116502113 T>C同义突变、位于3’端非编码序列的g.116508773 C>T和g.116509086 G>A突变，g.116502086 G>C和g.116508773 C>T为中度多态位点，g.116502113 T>C和g.116509086 G>A为低度多态位点，4个SNPs均处于Hardy-Weinberg平衡状态，且SNPs间不存在强连锁不平衡，共产生5种单倍型和15种双倍型，单倍型H1出现频率最高、H5最低，双倍型H1H2出现频率最高、H5H5最低；g.116502086 G>C和g.116502113 T>C位点对体重均有显著影响；g.116508773 C>T位点对体重、体高、体斜长有显著效应，等位基因C对增加体重...     

拜城油鸡FSHR基因多态性及其与生产性能的关联分析

【目的】探究促卵泡激素受体(follicle stimulating hormone receptor,FSHR)基因多态性与拜城油鸡产蛋性状、蛋品质及孵化性能的关系,为选育高生产性能的种鸡提供新的分子标记。【方法】以129只拜城油鸡为研究对象,利用DNA混池重测序技术筛选SNPs位点,采取Sequenom飞行时间质谱技术进行相关位点分型,通过SPSS 26.0软件的一般线性模型进行FSHR基因多态性与拜城油鸡生产性能的关联分析。【结果】FSHR基因外显子1上存在2个SNPs位点:SNP1(g.7640519 C＞A)、SNP2(g.7640639 T＞C);外显子4和5上分别存在1个SNP位点:SNP3(g.7692270 C＞T)、SNP4(g.7698478 A＞G);外显子10上存在3个SNPs位点:SNP5(g.7716725 G＞C)、SNP6(g.7715900 A＞G)、SNP7(g.7716470 T＞C),除SNP6外,检出率均在90%以上。SNP1位点仅检测到2个基因型:CC和CA,CC为优势基因型;SNP2、SNP3和SNP7位点均存在3种基因型:TT、TC和CC;SNP4位点存在3种基因型:AA、AG和GG;SNP5位点存在3种基因型:CC、CG和GG。相关分析结果表明,SNP2位点CC基因型个体开产日龄极显著高于TT基因型(P＜0.01),显著高于CT基因型(P＜0.05);TT基因型个体蛋重显著高于CT基因型(P＜0.05),入孵蛋死胚率显著高于CC基因型(P＜0.05)。SNP3位点TT基因型个体蛋壳厚度显著高于CC基因型(P＜0.05)。SNP5位点CG基因型个体300日龄总产蛋量极显著高于CC和GG基因型(P＜0.01),300日龄平均蛋重和开产蛋重均显著高于GG基因型(P＜0.05),开产体重显著高于CC基因型(P＜0.05);GG基因型个体蛋壳厚度显著低于CC和CG基因型(P＜0.05)。SNP7位点TT基因型个体开产蛋重和个体蛋重均显著高于CC和CT基因型(P＜0.05),蛋白高度和蛋黄重均显著高于CT基因型(P＜0.05),哈氏单位值极显著高于CC和CT基因型(P＜0.01)。【结论】FSHR基因SNP5(g.7716725 G＞C)位点CG基因型可作为影响拜城油鸡产蛋性能的标记基因型,SNP7(g.7716470 T＞C)位点TT基因型可作为影响拜城油鸡蛋品质的优势基因型。     

IP3R1基因表达、变异对蛋鸭蛋壳品质的影响

IP3R1是钙释放通道蛋白,通过调控细胞质内Ca^2+浓度进而发挥其生物学功能。为探讨IP3R1基因对三穗鸭蛋壳品质的遗传效应,采用实时荧光量PCR和PCR产物直接测序法检测54只三穗鸭IP3R1基因的组织表达谱和SNP多态位点。结果表明:IP3R1 mRNA在11个组织中均存在不同程度的表达,其表达顺序为肺>心脏>肌胃>胸肌>肝脏>胰腺>肾脏>腺胃>子宫>小肠>脾脏;首次在IP3R1基因内含子14检测到g.253779 T>C和g.253967 C>A 2个SNPs突变位点,内含子18发现g.257089G>A、g.257159C>G和g.257237T>G 3个SNPs突变位点,5个SNPs位点均为中度多态位点;卡方(χ^2)检验结果表明,除g.257089G>A位点外,其余4个SNPs位点的基因型分布均未偏离Hard-Weinberg平衡;关联分析结果表明,g.257159C>G位点对蛋重和蛋壳重分别具有极显著和显著影响,g.257237T>G位点对蛋形指数的影响达显著水平(P<0.05)。结果提示,g.257159C>G和g.257237T>G可作为鸭蛋壳品质选择的遗传标记。     

绵羊BMP2、BMP4和BMP7基因多态性与产羔数的关联分析

为探究BMP2、BMP4、BMP7基因多态性与绵羊产羔数之间的关联性,筛选与绵羊产羔数相关的分子标记,本研究利用飞行质谱技术对5个群体(杜泊羊、滩寒杂交羊、杂一代、杂二代和横交一代)768只绵羊BMP2基因g.48462350C>T位点和BMP4基因g.63454744T>G位点以及BMP7基因g.58171856C>G位点进行检测,并与产羔数进行关联分析。结果表明：BMP2基因g.48462350C>T位点检测出CC、CT、TT3种基因型,在5个绵羊群体中均为中度多态(0.25G位点检测出TT、TG、GG3种基因型,在5个绵羊群体均表现为低度多态(PIC<0.25);BMP7基因g.58171856C>G位点检测出CC、CG、GG 3种基因型,在5个绵羊群体均为低度多态(PIC<0.25)。BMP2基因g.48462350C>T位点在杜泊羊群体中不处于哈代-温伯格平衡状态(P<0.05),在其他群体中均处于哈代-温伯格平衡状态(P>0.05);BMP...     

柯乐猪DSP基因SNP鉴定及其与繁殖性状的关联分析

本研究旨在分析柯乐猪桥粒斑蛋白（Desmoplakin,DSP）基因单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism,SNP）与繁殖性状的相关性。选择86头柯乐猪母猪，利用DNA混合池结合Sanger测序筛选DSP基因SNP位点，并采用SPSS22.0软件中的一般线性模型（GLM）对DSP基因SNP位点与柯乐猪繁殖性状进行关联分析。结果表明，在柯乐猪DSP基因中共发现了9个SNP位点，在第14外显子发现3个SNP位点：g.4897767G>A、g.4897776C>T和g.4897824G>A，在第14内含子发现6个SNP位点：g.4897943G>T、g.4897954C>T、g.4897991T>C、g.4897997T>G、g.4897999C>G和g.4898004C>T。连锁不平衡分析发现g.4897767G>A、g.4897999C>G和g.4898004C>T位点之间、g.4897824G>A与g.4897999C>G、g.4898004C>T位点之间以及...     

鸭TRPV6和SLC4A4基因SNPs对蛋壳品质的影响

试验旨在探究三穗鸭TRPV6基因和SLC4A4基因SNPs突变对蛋壳品质的影响,筛选出与蛋壳品质相关的分子标记。利用PCR扩增和直接测序法相结合的方法检测鸭TRPV6基因和SLC4A4基因的SNPs,并与蛋壳品质进行关联分析。结果显示：在TRPV6基因第2内含子发现的g.81465153 C>G和g.81465176A>G突变分别对蛋壳重和蛋重有显著影响,在第3外显子发现同义突变g.81465450 T>C;3个SNPs联合产生5种单倍型和7种双倍型,位点联合对蛋壳重有显著影响。在SLC4A4基因第24外显子发现同义突变位点g.15125097 C>T,在内含子25发现g.15132523 G>A突变对蛋形指数有极显著影响,在内含子26发现g.15135079G>A突变;3个SNPs联合产生4种单倍型和7种双倍型,位点联合对蛋壳重有极显著影响。2个基因聚合后6个SNPs联合产生8种单倍型和7种双倍型,位点联合对蛋壳重和蛋重均有显著影响。表明TRPV6基因和SLC4A4基因新发现的3个SNPs联合和2个基因的6个SNPs联合均对蛋重和蛋壳重有显著效应,...     

ACVR2B、BMPR1A和BMPR1B基因多态性与母猪繁殖性能的相关分析

为研究转化生长因子-β(TGF-β)通路中激活素A受体2B(ACVR2B)、骨形态发生蛋白受体1A(BMPR1A)和骨形态发生蛋白受体1B(BMPR1B)基因多态性对母猪繁殖性能的影响，选用大白和长白母猪为试验对象，采用DNA混池测序对猪ACVR2B、BMPR1A和BMPR1B基因多态位点进行筛选，利用GenoPlexs~?基于多重PCR的靶向测序基因型分型技术对候选SNPs进行分型，并与经产母猪繁殖性能进行关联性分析。结果显示：ACVR2B基因筛到2个单碱基突变和1个缺失多态，分别为g.23259668T>C、 g.23260159(delG)和g.23260324C>T,命名为P1、P2和P3;BMPR1A基因g.87887024-87887026(delTGG)筛到1个缺失多态，命名为P4;BMPR1B基因筛到5个单碱基突变，g.124593852G>A、g.124561254G>C、 g.124561098C>T、g.124546851A>G和g.124542062T>C,分别命名为P5、P6、P7、P8和P9。关联结果显示：ACVR2...     

雷州黑鸭TGF-β1基因遗传多态性及其与产蛋性能的相关性分析

转化生长因子β1(transforming growth factor beta1,TGF-β1)基因是本课题组前期在高产和低产雷州黑鸭群体中通过转录组学测序分析筛选出的可能对雷州黑鸭繁殖性能有重要调控作用的候选基因。为进一步探究TGF-β1基因的遗传多态性，分析其产蛋性能的相关的遗传分子标记，本试验采用PCR扩增技术和直接测序法，检测100只雷州黑鸭群体中的TGF-β1基因的SNP位点，使用SPSS 26.0软件分析TGF-β1基因的遗传多态性位点基因型与雷州黑鸭产蛋性能的相关性。结果显示，在TGF-β1基因的第6个内含子中发现3个SNPs位点与雷州黑鸭的开产蛋重显著相关，分别为I6-2188 C>T、I6-2220 T>C和I6-2235 A>C;I6-2188 C>T位点与开产日龄显著相关；使用Haploview软件对SNPs位点进行连锁分析发现，H1H1单倍型的开产蛋重显著高于H2H2单倍型。综上所述，TGF-β1基因的3个SNPs位点可作为雷州黑鸭繁殖性能的遗传标记。     

鲁中肉羊SMAD1和ESR2基因多态性与产羔数关联分析

为探究SMAD1、ESR2基因多态性与鲁中肉羊产羔数之间的关系,采用Sequenom MassARRAY誖SNP技术检测鲁中肉羊SMAD1、ESR2基因单核苷酸多态性,并与产羔数进行关联分析。结果表明:SMAD1基因g.12485895A>G存在AA、AG和GG基因型,基因型频率分别为0.05、0.45和0.50;ESR2基因g.73324006C>T存在CC和CT基因型,基因型频率分别为0.98和0.02。g.12485895A>G位点在鲁中肉羊表现为中度多态(0.25T位点为低度多态(PIC<0.25);卡方适合性检验表明,g.12485895A>G位点在鲁中肉羊处于哈代温伯格不平衡状态(P<0.05),g. 73324006C>T位点处于哈代温伯格平衡状态(P>0.05)。g.12485895A>G位点多态性与鲁中肉羊产羔数没有显著关联(P>0.05), g.73324006C>T位点多态性与鲁中肉羊产羔数显著关联(P<0.05)。综上可知,SMAD1基因g.12485895A>G位点和鲁中肉羊产羔数性状没有显著关联(P>0.05),ESR2基因g.73324006C>T位点对鲁中肉羊产羔数性状选育具有一定的指导意义。     

槐山羊PFOXic基因多态性与间性性状关联分析

间性是一种多发于山羊群体的先天性繁殖障碍疾病。为了解槐山羊间性性状发生机制,叉头转录因子2(FOXL2)启动子反向互补(PFOXic)基因的遗传多态性及其与间性性状的关系,本试验进行了间性槐山羊Y染色体易位分析、无角间性综合征(PIS)区缺失检测、PFOXic基因单核苷酸多态性(SNP)分析和PFOXic基因型与间性性状的关联分析。结果显示,间性槐山羊染色体构成不含Y染色体,且PIS区均纯合缺失;在PFOXic基因中共检测到4个SNP:g.129749119 T>C、g.129749087 C>T、g.129748782 T>C和g.129747880 T>C,其中g.129749087 C>T为错义突变。SNP突变位点分析结果显示,g.129749119 T>C、g.129748782 T>C和g.129747880 T>C突变为中度多态,g.129749087 C>T突变为低度多态,4个SNP均处于Hardy-Weinberg平衡(P> 0.05)。SNP和基因型与间性性状关联分析结果显示,g.129749119 T>...     

鸽GnIH基因多态性及其与产蛋性状的关联分析

【目的】探究鸽促性腺激素抑制激素(gonadotropin-inhibitory hormone, GnIH)基因多态性,筛选影响母鸽产蛋性状的显著单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点,用于高产母鸽的早期选择。【方法】本试验以78对白羽王鸽为研究对象,根据前期克隆获得的鸽GnIH基因mRNA序列(GenBank登录号：MG589639.1)设计引物,通过PCR扩增和直接测序法检测GnIH基因SNP位点并分型,使用Haploview软件对GnIH基因SNP进行连锁不平衡分析,使用SPSS 22.0软件对GnIH基因多态性与白羽王鸽产蛋性状进行关联分析。【结果】白羽王鸽GnIH基因中共检出7个SNPs,分别位于外显子1(c.59 C>T、c.72 T>A)、外显子2(c.398 G>C)和3′-UTR(c.768 C>T、c.860 G>A、c.909 A>G、c.961 T>C),除c.59 C>T位点偏离Hardy-Weinberg平衡外(P<0.05),其余位点均处于Hard...     

绵羊Tacr3基因多态性与产羔数的关联分析

本研究旨在探究绵羊速激肽受体3(tachykinin receptor 3,Tacr3)基因g.21484478A>C、g.21560640C>T和g.21560688T>C位点多态性与绵羊产羔数之间的关系,为绵羊高繁殖力分子育种提供新的遗传标记。利用全基因组重测序结合Sequenom MassARRAY?SNP技术对常年发情绵羊品种(小尾寒羊、湖羊和策勒黑羊)和季节性发情绵羊品种(滩羊、苏尼特羊和草原型藏羊)Tacr3基因3个多态位点进行检测,并与小尾寒羊产羔数进行关联分析。结果表明,3个位点均存在3种基因型,其中g.21484478A>C位点存在AA、CC和CA基因型,g.21560640C>T位点存在TT、CC和TC基因型,g.21560688T>C位点存在TT、CC和CT基因型,3个多态位点基因型频率和等位基因频率在两种发情模式绵羊品种间均达到差异极显著水平(P<0.01)。群体遗传学分析表明,g.21484478A>C位点在滩羊和策勒黑羊中均表现为中度多态(0.25T位点在6个绵羊品种中均表现为中度多态;g.21560688T>C位点在小尾寒羊、苏尼特羊、湖羊和草原型藏羊中均表现为低度多态。卡方适合性检验表明,g.21560640C>T位点在6个绵羊品种中均处于哈代-温伯格平衡状态(P>0.05);g.21484478A>C位点在草原型藏羊中处于哈代-温伯格不平衡状态(P<0.05);g.21560688T>C位点在滩羊、策勒黑羊中处于哈代-温伯格不平衡状态(P<0.05)。关联分析表明,3个多态位点与小尾寒羊第一、二、三胎产羔数均无显著关联(P>0.05)。推测Tacr3基因3个多态位点均不适用于小尾寒羊产羔数选育。     

山羊STEAP1基因和EIF2B4基因多态性与繁殖性能的关联分析

为探究候选基因STEAP1和EIF2B4与山羊繁殖性能的关联性，本实验利用MassARRAY?技术对STEAP1和EIF2B4基因的4个候选多态性位点（SNPs）进行分型，探究其在云上黑山羊（n=544）、济宁青山羊（n=133）和辽宁绒山羊（n=91）3个群体中的遗传学特征，并分析其与山羊繁殖性能（包括产羔数、初生窝重和断奶窝重）的关联性。结果表明，STEAP1 g.45853158 C>T和EIF2B4 g.72016288 T>G在不同品种山羊（济宁青山羊和辽宁绒山羊）中的基因型分布存在极显著差异；而STEAP1 g.45857345 C>T和g.45857371T>A基因型分布在山羊不同群体中差异不显著；在云上黑山羊高产群体和低产群体中，所有候选位点的基因型频率和基因频率均无显著差异；所有基因候选位点均与产羔数、初生窝重和断奶窝重无显著关联；STEAP1基因的位点g.45853158 C>T在不同繁殖性能群体中差异显著，生物信息学分析表明，突变造成STEAP1编码蛋白二级空间结构发生变化，可作为云上黑山羊繁殖性能的分子标记，但不适合进行窝选；STE...     

山羊ZBP1基因多态性及与产羔性能的关联分析

【目的】试验旨在分析山羊Z-DNA结合蛋白(Z-DNA binding protein 1,ZBP1)基因3′-端非翻译区(3′-UTR)、内含子1和外显子7区域中单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点与产羔性能之间的关联性,为高繁殖力山羊分子育种提供新的遗传标记。【方法】选取麻城黑山羊、黑头羊和波尔山羊作为研究样本,采集血样提取DNA,根据转录组数据所选SNP位点在山羊ZBP1基因序列中的位置信息设计引物,利用多重单碱基延伸SNP分型技术(SNaPshot)分析所选SNP位点的遗传多样性,采用一般线性模型(GLM)对ZBP1基因SNP位点与3个品种山羊的产羔性能进行关联分析。【结果】山羊ZBP1基因中存在12个潜在的SNPs位点,其中7个SNPs位点(g.9734 A>G、g.9772 T>C、g.352 C>T、g.955 C>T、g.1880 G>A、g.2566 T>C和g.7919 G>A)具有多态性,除g.9734 A>G在麻城黑山羊群体中仅有AA和GA 2种基因型外,其余...     

松辽黑猪KPNA7基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

实验旨在分析KPNA7基因多态位点在地方猪种中的遗传多样性及其与繁殖性状的相关性。选择90头健康经产松辽黑猪母猪，采用直接测序法检测KPNA7基因的SNP位点，SPSS 26.0软件分析KPNA7基因的SNP位点多态性与松辽黑猪母猪繁殖性状的相关性。在松辽黑猪KPNA7基因第9外显子和第4、8内含子共发现6个SNP位点，其中在KPNA7基因第4内含子的g.385302 T>C发现TT、TC、CC 3种基因型，g.385256G>A和g.385248G>A存在连锁突变，均检测到2种基因型：GG、GA；在第8内含子的g.372731A>G发现3种基因型：AA、AG、GG,g.372629C>T处检测到3种基因型：CC、CT、TT。KPNA7的突变位点均处于哈迪-温伯格平衡状态(P>0.05)。多态信息含量(PIC)计算显示，KPNA7的突变位点均为中度多态(0.25C.位点TT基因型个体的3周龄重、断奶重显著高于TC、CC基因型个体，TT、CC基因型个体的乳头数显著或极显著高于...     

22个高繁殖力SNP位点在贵德黑裘皮羊群体中的分布特征

贵德黑裘皮羊是青藏高原藏羊群体中的一种特殊的地方品种资源，以生产黑紫羔皮而闻名。同其他藏羊一样，贵德黑裘皮羊胎产仔数多为单羔，极少见两羔及多羔。为提高其繁殖性能，本研究对其群体繁殖性能相关基因位点进行了研究。实验选取BMPR1B、GDF9、BMP15、ESR1、GnRHR、FSHR、LHR和PRLR等基因中的22个高繁殖力相关基因位点，采用多重单碱基延伸SNP分型技术（SNaPshot）对348只贵德黑裘皮羊群体中以上8个基因的22个SNP位点的多态性进行了检测分析。检测结果发现在该群体中存在以下突变位点：BMPR1B的FecB(g.746A>G)、GDF9的G1(g.260 G>A)、ESR1外显子1的c.106A>T、FSHR外显子10的c.904T>G、LHR外显子11的c.1020C>A和c.1425T>A、PRLR外显子10位点的g.304A>G和g.585C>G，以及BMP15外显子1的c.28-30del缺失，共8个SNP和1个缺失突变，且每个位点的最小等位基因频率分别为0.003、0.014、0.342、0.103、0.2...     

奶牛隐性乳房炎抗性相关基因多态性与体细胞评分关联分析

为了探讨中国荷斯坦奶牛隐性乳房炎相关基因NOD2c.4500、CXCR1+777、SPP1-1301、 TLR4+2021、CXCR2+777、 BRCA1c.46126单核苷酸多态性(SNPs)位点与体细胞评分的关联性，试验利用PCR-SSCP及Sanger测序技术对135头中国荷斯坦奶牛的6个SNPs位点进行基因分型，分析SNPs位点与中国荷斯坦奶牛体细胞评分的相关性，并运用多座位外显方差分析法(MPVA)对不同多基因聚合与奶牛体细胞数的相关性进行研究。结果表明：在6个SNPs位点上均检测到碱基突变，在NOD2c.4500 C>A、CXCR1+777 G>C、SPP1-1301 G>A、TLR4+2021 C>T位点上均检测到3种基因型，其中优势基因型分别为CA、CC、AA、CC,优势等位基因分别为A、G、A、C。在CXCR2+777 G>C、BRCA1c.46126 G>T位点上均检测到2种基因型，其中优势基因型均为GG,优势等位基因均为G。SPP1-1301 G>A、TLR4+2021 C>T位点均处于低度多态(PIC<0....     

摩拉水牛和尼里-拉菲水牛PRKAA2基因SNPs检测及遗传多样性分析

为研究水牛蛋白激酶AMP活化的催化亚基α2（protein kinase AMP-activated catalytic subunit alpha 2,PRKAA2）基因多态性,本试验以摩拉水牛和尼里-拉菲水牛基因组DNA为模板,扩增PRKAA2基因外显子4及内含子3部分序列,通过常规测序法检测其SNP并进行遗传多样性分析。结果发现,PRKAA2基因外显子4内存在1个SNP位点（c.462 G>A）,PRKAA2基因内含子3部分序列存在3个SNPs位点（IVS3.557 T>C、IVS3.560 C>T和IVS3.565 G>A）。经遗传多样性分析表明,在c.462 G>A位点的野生纯合型和杂合型比突变纯合型更有优势,IVS3.557 T>C和IVS3.560 C>T位点的突变纯合型为非优势基因型,IVS3.565 G>A位点杂合型为优势基因型。IVS3.565 G>A位点在摩拉水牛群体中处于Hardy-Weinberg非平衡状态;c.462 G>A位点在尼里-拉菲水牛群体中处于Hardy-Weinberg非平衡状态。4个SNPs位点在摩拉水牛群体中均为中度多态;c.462 G>A、IVS3.557 T>C位点在尼里-拉菲水牛群体中为低度多态,IVS3.560 C>T、IVS3.565 G>A位点为中度多态。IVS3.557 T>C位点在两个水牛群体中杂合度较低。说明摩拉水牛IVS3.565 G>A位点和尼里-拉菲水牛c.462 G>A位点的基因型频率和基因频率遗传状态不平衡,尼里-拉菲水牛群体中IVS3.557 T>C位点遗传变异小,选择潜力不高。4个多态位点可以构建5种单倍型,其中T-C-G-G是摩拉水牛群体和尼里-拉菲水牛群体的优势单倍型。综上,本研究检测的摩拉水牛和尼里-拉菲水牛PRKAA2基因上4个SNPs位点可为水牛标记辅助选择育种提供参考。