辣椒种植对根际土壤微生物多样性的影响

利用Illumina Mi Seq 2500测序平台对2个辣椒自交系(SJ11–3、06g19–1–1–1)和1个地方品种(樟树港)种植前后根际土壤的微生物进行测序,并结合相关生物信息学分析土壤细菌16S r RNA基因V3+V4区域和真菌ITS1区域的丰富度、多样性指数以及微生物群落结构。结果表明:辣椒种植前后土壤均以变形菌门和酸杆菌门为优势细菌,子囊菌门、担子菌门和接合菌门为优势真菌;辣椒种植前后土壤中的细菌种类较真菌更加丰富,多样化程度更高;种植辣椒后土壤细菌、真菌的相对丰度及群落结构都发生了变化,土壤细菌Ace、Chao和Shannon指数都有所增加,增幅分别为25.26%~25.49%、24.51%~24.87%和8.28%~9.55%,而真菌的Shannon指数有不同程度降低,Simpson指数增大,增幅78.45%~275.69%;辣椒种植后土壤中细菌和真菌的操作分类单元(OTU)数和类型也有所改变,细菌OTU个数较种植前明显升高,增幅约28.73%,土壤中特有的OTU类型明显减少;真菌OTU个数变化及类型变化比细菌大,病原性真菌的相对丰度大幅增加。     

用高通量测序技术分析红皮云杉梢枯病前后叶围微生物多样性

采用Illumina Miseq高通量测序技术来探究红皮云杉(Picea koraiensis)梢枯病(Dothiorella gregaria)病叶与健康叶之间共生真菌和细菌群落结构的差异。结果表明：红皮云杉叶片感病前后细菌的OTU变化巨大，真菌的OTU变化也偏大。两组样品共有的细菌种类45个，占细菌总数的16.13%,真菌种类73个，占真菌总数的29.32%。两组样品中菌落结构基本相同，但相对丰度差异较大，在门水平下，细菌中变形菌门(Proteobacteria)在两组样品占据绝对优势，真菌中子囊菌门(Ascomycota)在两组样品占据绝对优势。在属水平下，克雷伯菌属(Klebsiella)是健康叶中的优势细菌，马赛菌属(Massilia)在病叶中占据绝对优势；亚隔孢壳属(Didymella)是健康叶及病叶中的优势真菌，在健康叶及病叶中优势真菌种类未有太大变化，小穴壳菌属(Dothiorella)及Naganishia属仅存在于病叶组。     

高通量测序法分析感杨树灰斑病前后叶围微生物多样性

采用高通量测序法,探究小黑杨(Populus simonii×P.nigra)灰斑病(Coryneum populinum Bres.)病叶与健康叶之间共生细菌和真菌群落结构的差异。结果表明:小黑杨叶片感病前后细菌与真菌的OTU变化巨大,2组样品共有的细菌种类有27个,仅占细菌总数的5.49%,共有真菌种类有22个,仅占真菌总数的0.71%。2组样品中菌落结构基本相同,但相对丰度差异较大,在门水平下,变形菌门(Proteobacteria)是优势细菌,子囊菌门(Ascomycota)是优势真菌。在属水平下,鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)是健康叶中的优势细菌,假单胞菌属(Pseudomonas)是病叶中的优势细菌;枝孢属(Cladosporium)是健康叶中的优势真菌,镰刀菌属(Fusarium)是病叶中的优势真菌,其次是棒盘孢属(Coryneum)。     

蓝莓根际土壤微生物群落结构及促生菌筛选

【目的】从促生微生物角度分析蓝莓根际土壤微生态结构,改良蓝莓种植土壤。【方法】利用高通量扩增子测序方法对北高丛蓝莓根际土壤微生物多样性进行分析。利用选择性培养基、比色法等实验方法分析蓝莓根际可培养细菌的促生特性。【结果】土壤样品中有10个细菌门和3个真菌门的相对丰度大于1%,13个细菌属和11个真菌属的相对丰度大于1%;Occallatibacter OTU6、Paraburkholderia OTU3以及Chujaibacter OTU945是细菌OTU相对丰度最高的序列,Pseudogymnoascus OTU1、Fusarium OTU7、Lentinus OTU2是真菌OTU相对丰度最高的序列。蓝莓根际土壤可培养细菌的促生效能分析结果表明,12株蓝莓根际可培养细菌为能够分泌生长素的促生菌,其中L7菌株产生的生长素最多;12株菌均能在解磷培养基上生长,且具有显著解磷圈,其中菌株L42的解磷能力最强;菌株L11和L17具有一定分解硅酸盐的能力;菌株拮抗实验结果表明,L17菌株与L21、L26、L37、L40及L42菌株之间不存在生长抑制作用,菌株L21与菌株L26、L40之间存在强...     

高通量测序解析微生物肥料对红壤有机农田 土壤微生物群落的影响

高通量测序技术可用于精确分析土壤微生物群落,从微生物群落结构和多样性的角度阐释微生物肥料对有机农田根区土壤微生物群落的影响。在红壤有机农田轮作种植条件下,施用微生物肥料后利用Illumina MiSeq高通量测序技术结合相关生物信息学分析土壤细菌和真菌的多样性指数及群落结构。结果表明,从6个有机农田根区土壤样本中获得7 729个细菌分类操作单元(operational taxonomic units,简称OTU)和3 271个真菌OTU,细菌和真菌文库测序覆盖率均在99%以上。微生物肥料会显著降低土壤细菌和真菌种群多样性,且可在一定程度上降低细菌群落丰富度,显著降低真菌群落丰富度;并减少根区土壤特有细菌和真菌物种数量。放线菌门、变形菌门和酸杆菌门是优势细菌,子囊菌门是优势真菌;微生物肥料会提高放线菌门、变形菌门、厚壁菌门和担子菌门的相对丰度,分别比对照组提高29. 46%、9. 17%、129. 33%、165. 73%;但会降低酸杆菌门、绿弯菌门、子囊菌门、接合菌门的相对丰度,分别比对照组降低30. 14%、33. 50%、17. 27%、86. 33%。因此,施用微生物肥料可改变红壤有机农田根区土壤细菌和真菌的丰富度和多样性,有助于控制作物病害发生。     

炭化苹果枝对苹果根区土壤细菌和真菌多样性的影响

【目的】根区土壤微生物是影响根系环境的重要因素,炭化苹果枝是废弃果树枝条低氧高温热解产物,研究施用炭化苹果枝对苹果根区土壤细菌和真菌的群落结构及其多样性的影响,为炭化苹果枝的合理应用以及改善果园土壤生物学性状提供理论依据。【方法】在春季,将长势一致的2年生‘富士’苹果幼树(砧木为平邑甜茶)移栽到含有不同质量比(0—4%)炭化苹果枝的盆栽土壤中,于移栽120 d后采集土样,提取基因组DNA,通过PCR扩增建立文库,利用Miseq平台Illumina第二代高通量测序技术并结合相关生物信息学分析土壤细菌16S r RNA基因V3+V4区域和真菌ITS1区域的丰富度和多样性指数以及群落结构。【结果】从15个苹果根区土壤样本中获得16 656个细菌分类操作单元(OTU)和435个真菌OTU,其中,变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和酸杆菌门(Acidobacteria)是优势细菌,其相对丰度共占70.68%—72.80%;担子菌门(Basidiomycota)、子囊菌门(Ascomycota)和接合菌门(Zygomycota)是优势真菌,其相对丰度共占68.00%—75.14%。群落物种丰富度指数(Chao指数和Ace指数)分析显示,1%炭化苹果枝增加了细菌的群落丰富度,其Chao指数提高了15.42%,Ace指数提高3.89%;0.5%炭化苹果枝增加了真菌的群落丰富度,其Chao指数提高了2.80%,Ace指数提高了3.61%。群落多样性指数(Shannon指数和Simpson指数)分析表明,0.5%—4%炭化苹果枝降低了土壤细菌的多样性,增加了土壤真菌的多样性;其中,细菌群落多样性Shannon指数在炭化苹果枝用量为1%时最低,真菌Shannon指数在炭化苹果枝用量为0.5%时最高。1%、2%和4%的炭化苹果枝均不同程度地降低了根区土壤变形菌门、酸杆菌门和担子菌门的相对丰度,提高了拟杆菌门和接合菌门的相对丰度;真菌担子菌门中的锈革孔菌科(Hymenochaetaceae)的相对丰度最大(数值在31.99%—46.74%),施用1%、2%和4%的炭化苹果枝可使其降低。0.5%—4%的炭化苹果枝能增加不同处理所独有的细菌OTU数目,改变细菌类群组成,其中独有的细菌OTU数目是共有OTU数目的 1—3倍,但对真菌类群组成没有明显影响。【结论】施用0.5%—4%(w/w)炭化苹果枝明显改变苹果根区土壤细菌和真菌的丰富度和多样性,增加各用量下所特有的细菌物种,其中1%的炭化苹果枝明显提高根区土壤细菌的丰富度。     

蚯蚓粪有机肥对土壤微生物群落的影响

将蚯蚓粪有机肥以0.0、4.5、9.0、13.5、18.0 g/kg施加到土壤中进行培养,并种植野菜红枸杞,待收获后采集根区土壤,利用高通量测序技术研究添加了不同量蚯蚓粪有机肥的土壤中细菌和真菌多样性以及群落结构.结果表明,土壤细菌的OTU(运算的分类单位)数目随着蚯蚓粪有机肥的添加而增加,添加蚯蚓粪有机肥提高了真菌OTU数,但添加量和提高幅度没有明显趋势.同时,蚯蚓粪有机肥提高了土壤中细菌和真菌的多样性,提高幅度较高的处理分别为E20、E10.此外,从主成分分析可以看出,蚯蚓粪有机肥的施加改变了土壤真菌和细菌的群落结构.从门水平看,细菌主要菌群的丰度没有发生显著的变化,而真菌优势菌群的变化具有明显的规律;从属的水平来看,蚯蚓粪有机肥提高了土壤主要细菌菌群中芽孢杆菌(Bacillus)的相对丰度,真菌主要菌群轮枝菌(除了E10处理外)随着蚯蚓粪有机肥添加的增加呈现先上升后下降的趋势.综上所述,添加蚯蚓有机肥能够增加土壤微生物特有物种数目,并提高益生菌丰度,对农田土壤的安全利用产生了积极影响.     

高速公路边坡植被修复对土壤微生物群落的影响

以千黄高速淳安段为例,利用高通量测序技术比较了地表裸露区域和植被修复区域土壤微生物群落多样性差异.结果表明:(1)植被修复显著提高了土壤有机质含量;(2)地表裸露区域土壤细菌OTU数目和Shannon指数显著低于植被修复区域,两区域之间土壤细菌群落结构无显著性差异;(3)地表裸露区域土壤真菌OTU数目显著高于植被修复区域,但是Shannon指数显著低于植被修复区域,两区域之间土壤真菌群落结构具有显著性差异;(4)CCA分析结果显示土壤有机质含量是影响土壤真菌群落结构的主要因素.综合分析表明:植被修复过程中可能会增加土壤有机质含量,进而影响土壤微生物群落结构.     

不同海拔下海南凤仙花可培养根际真菌和细菌群落的季节性变化

为揭示不同海拔梯度下海南凤仙花可培养根际真菌与细菌群落的动态变化,笔者在不同季节采集了高海拔(1 000 m)、中海拔(400 m)、低海拔(190 m)3个梯度的海南凤仙花根际土壤,采用形态结合分子检测技术检测分离培养到的真菌和细菌,并进一步分析微生物群落组成和动态变化规律。结果表明,在3种海拔梯度的生境中,真菌OTU数量、多样性指数、丰富度指数在干季高于湿季;而细菌的OTU数量、多样性指数、丰富度指数则表现为湿季高于干季。根际真菌群落中木霉属、篮状霉属、青霉属、曲霉属等优势种,在高海拔旱季出现的频度最高;而根际细菌群落中芽孢杆菌属、伯克霍尔德氏菌属、类芽孢杆菌属等优势种,在低海拔的湿季出现频度最高。海南凤仙花根际微生物群落的主要驱动因子是干湿季,其次是海拔。海南凤仙花生长的石灰岩地区,根际真菌与细菌对季节与海拔梯度的响应呈相反趋势。     

γ射线辐照对食用菌基质中微生物的影响（英文）

以食用菌基质中微生物为研究对象,研究γ射线辐照处理对基质中微生物数量及群落的影响。结果表明:基质中菌落总数和霉菌数经过γ射线辐照后显著减少;γ射线辐照对基质中细菌种水平OTU和属水平OTU相对丰度影响较大;种水平上,EscherichiaShigella、Uncultured bacterium(Lactococcus)、Uncultured organism 3条细菌OTU的丰度在辐照后明显上升,其余细菌OTU明显降低;属水平上,辐照对Escherichia-Shigella影响较小;而从门水平上来看辐照对菌群影响不大,Proteobacteria和Firmicutes两个门的细菌始终是优势菌群。γ射线辐照对基质中真菌的菌群结构影响较小,属水平上,Fusatium、Unclassified、Candida、Aspergillus在辐照前后始终是优势菌群;门水平上,Ascomycota是主要优势菌。     

烤烟烘烤中细菌群落结构的多样性分析

为了研究烤烟烘烤过程中细菌群落结构的多样性,以云烟87为材料,采用Miseq高通量测序技术,分析了不同烤房烘烤过程中细菌群落的结构及其变化.结果表明,A,B,C 3个烤房的OTU(Operational Taxonomic Units)大部分都是共有,B烤房独有OTU较少,C烤房独有OTU较多.通过分析各样本中细菌群落组成的相似性和差异性发现,芽孢杆菌(Bacillus)为3个烤房的优势菌群.部分细菌在烘烤前后期物种群落结构差异较大,如马赛菌属(Massilia)、根瘤菌属(Rhizobium)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)等.进一步主成分分析显示,烘烤前期和后期样本有比较明显的不同,细菌组成差异较大.该结果为进一步针对性地利用这些优势细菌以提高烘烤烟叶质量奠定了基础.     

大花杓兰根际土壤真菌及兰科菌根真菌多样性分析

【目的】从分子水平上对兰科杓兰属大花杓兰根际土壤真菌群落组成及潜在兰科菌根真菌进行初步研究。【方法】采用克隆文库技术对大花杓兰根际土壤真菌的ITS片段进行PCR扩增、克隆测序及BLAST分析。【结果】共获得96个真菌克隆,其中44个克隆鉴定为未知真菌,52个真菌克隆基于97%的序列相似性被划分为24个操作分类单元(Operational Taxonomic Unit, OTU),属于5门6纲11目16科15属。被孢霉属Mortierella为大花杓兰根际土壤的主要真菌类群。综合兰科植物菌根真菌的研究报道,对24个OUTs进一步分析,发现4个OTUs为潜在的兰科菌根真菌,分别属于角担菌科Ceratobasidiaceae的丝核菌属Rhizoctonia(OTU1)和角担菌属Ceratobasidium(OTU2)及胶膜菌科Tulasnellaceae(OTU3和OTU4)。【结论】根际土壤真菌及潜在兰科菌根真菌类群的构成及多样性研究,对从土壤中分离筛选有效的大花杓兰菌根真菌及其野生种群的迁地保育均具有重要意义。     

黔中地区马尾松杜鹃群落杜鹃根围真菌多样性

选取黔中地区的贵阳市乌当区百宜乡(WD)、花溪区孟关(MG)和贵州省黔南龙里县龙架山森林公园(LL)3个地区的马尾松-杜鹃群落为研究对象,采集杜鹃根围土壤进行高通量测序,分析物种多样性,并通过数量生态学原理分析植物群落物种α多样性及土壤养分对真菌群落的影响.结果表明:从杜鹃的根围土壤中获得有效序列505 444条,隶属于9门23纲84目169科296属真菌(3 435 OTU),其中LL有真菌9门19纲53目90科127属(495 OTU)、 WD有8门21纲78目150科246属(1 076 OTU)、 MG有6门17纲55目99科129属(522 OTU).菌群α多样性分析显示, Chao1,ACE,Shannon指数均表现为WD大于MG和LL.菌群群落结构受生境植物多样性、土壤养分的综合作用,土壤有机质、 pH值以及速效磷、速效氮、全氮含量较大程度解释了真菌对土壤养分变化的响应.     

巨杉健康和感病叶片表面微生物组成和多样性比较

为分析巨杉(Sequoiadendron giganteum)健康叶片和感病叶片表面微生物的组成和多样性异同,以我国引种的巨杉叶片表面微生物类群为研究对象,采用高通量测序对细菌16S rRNA和真菌ITS片段测序,通过OTU数量、多样性指数、鉴定类群等方法,分析叶片表面细菌和真菌组成和多样性的异同.结果表明,健康叶片表面的细菌多样性比感病叶片高,但肠杆菌属(Enterobacter)、金黄杆菌属(Chryseobacterium)和短小杆菌属(Curtobacterium)菌群的含量在感病叶片中占所有细菌群落的比例比健康叶片高;真菌类群在健康叶片表面的多样性比感病叶片丰富,其中葡萄孢属(Botrytis)的卡罗来纳葡萄孢(B.caroliniana)占感病叶片表面真菌总数量的49.60%,远远多于健康叶片所占比例16.10%.健康叶片比感病叶片表面维持了较高的细菌和真菌类群多样性,卡罗来纳葡萄孢真菌在感病叶片表面所占比例远远大于健康叶片,可能与植株感病有关,此结果可为巨杉致病菌的防治提供依据.     

番茄嫁接植株根系内生细菌和真菌群落的组成特征

【目的】探究嫁接对番茄植株根系内生微生物多样性及群落结构特征的影响,为番茄生产上筛选和开发利用有益微生物提供理论依据。【方法】以番茄普通品种新组合1号和宝砧1号为砧木,以桃太郎为接穗进行嫁接,利用Illumina MiSeq高通量测序平台,测定分析各品种自根植株(新砧、宝砧和桃太郎处理)及其嫁接组合植株(桃太郎/新砧和桃太郎/宝砧处理)根系内生微生物的多样性和群落组成结构。【结果】桃太郎/新砧和桃太郎/宝砧处理根系内生细菌的Shannon指数分别为3.58和3.55,均显著大于相应的桃太郎处理根系(P0.05,下同),而桃太郎/新砧、桃太郎/宝砧、新砧、宝砧和桃太郎处理根系间内生真菌的Shannon指数无显著差异(P0.05);桃太郎/新砧和桃太郎/宝砧处理根系内生细菌的Heip指数分别为0.14和0.11,均显著大于桃太郎处理根系,明显大于相应的新砧和宝砧处理根系,而桃太郎/新砧、桃太郎/宝砧、新砧、宝砧和桃太郎处理根系间内生真菌的Heip指数无显著差异,表明嫁接可改变番茄植株根系的内生微生物多样性,尤其可提高根系内生细菌的多样性,改善其均匀度。在门分类水平,桃太郎/新砧和桃太郎/宝砧处理根系内生细菌放线菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)在其细菌组成结构中的占比(分别为20.74%和18.36%及16.60%和8.71%)均高于其相应的新砧、宝砧和桃太郎处理根系,内生真菌子囊菌门(Ascomycota)在其真菌组成结构中的占比分别比桃太郎处理降低6.57和11.97个百分点;在属分类水平,桃太郎/新砧和桃太郎/宝砧处理根系内生细菌的假单胞菌属(Pseudomonas)在其细菌组成结构中的占比分别为19.37%和12.22%,分别低于其相应的新砧、宝砧和桃太郎处理根系,同时,嫁接除改变番茄植株根系共有优势内生细菌和真菌属群落结构的占比外,还可富集鞘氨醇杆菌属(Sphingobacterium)、Allorhizobium-Neorhizobium-Pararhizobium-Rhizobium和纤维弧菌属(Cellvibrio)等具有解磷、固氮等促生功能的有益内生菌属;番茄嫁接植株拥有更丰富的微生物可操作分类单元(OTU)和特有OTU数量。【结论】番茄嫁接植株根系具有较其砧木和接穗实生自根植株根系更丰富的内生细菌多样性和更均匀的群落结构;在门和属分类水平,番茄嫁接植株根系的内生细菌和真菌数量增加,病原微生物数量减少,并富集具有解磷和固氮等促生功能的有益内生菌属,拥有更丰富的微生物OTU和特有OTU,是番茄嫁接植株抗性得以增强的重要原因之一。     

太子参根际土壤微生物多样性及其与土壤主要理化因子的相关性

[目的]探究不同区域栽培太子参产生连作效应的潜在原因.[方法]采用高通量测序对柘荣县5个样地的太子参根际土壤进行微生物群落结构及多样性分析.[结果]土壤真菌的有效序列共744 331条,聚类后获得1314个真菌分类单元;获得细菌1032029条有效序列,聚类后获得10310个细菌分类单元.5个样地的共有OTU数明显多于...     

不同种植年限及覆膜栽培防风根际土壤微生物多样性研究

为探究防风生长发育及栽培方式对其根际微生物群落结构的影响，采用Illumina高通量测序技术对非根际土壤(CK)、1年生(F1)、2年生(F2)和覆膜栽培1年(FM)的防风根际土壤中细菌16SrRNA和真菌18S序列进行测序分析。研究发现各处理的微生物总数、菌群丰富度和复杂程度表现为1年生组>非根际土壤组，1年生组>2年生组、覆膜组。覆膜栽培后微生物α多样性以及小囊菌科和丛赤壳科真菌丰度整体下降，假球壳科真菌丰度急剧增加。各处理土壤样品中微生物的群落组成虽存在差异，但其优势菌门相对稳定，细菌丰度最大的2个门始终是放线菌门和变形菌门，真菌丰度最大的门为子囊菌门和担子菌门。Venn分析和UPGMA聚类分析显示，F2处理中独有细菌的OTU数少于F1处理，独有真菌的OTU数则多于F1处理，F2和FM处理在菌落结构组成上较为相近。Spearman相关性分析发现，土壤全钾、硝态氮和铵态氮含量是驱动根际微生物群落的主要因子，但其与各优势菌群的相关性不显著。利用PICRUSt2进行菌群功能预测发现，2年生组较其余组菌群功能差异最大。综上可知，生长年限和覆膜均会影响防风土壤细菌群落结构和生态...     

滇池沉积物中好氧氨氧化细菌群落多样性研究

从滇池沉积物中提取好氧氨氧化细菌(aerobic ammonium-oxidizing bacteria,AOB)的DNA,通过构建硝化作用氨单加氧酶基因(amo A)文库并划分操作分类单元(OTU)的方法,揭示好氧氨氧化细菌群落结构多样性。获得了80个amo A基因克隆,利用Mothur软件将相似度不小于97%的序列归为1个OTU,共得到22个OTUs,其中OTU1、OTU2、OTU3单元最大,分别包含了27、12、9条序列。对22个OTUs的代表序列进行系统发育分析表明,其序列都属于变形杆菌的β-亚纲,分布于亚硝化螺菌属、亚硝化弧菌属、亚硝化单胞菌属、亚硝化叶菌属4个属;优势种群为Nitrosomonas europaea的近缘种,尚未被描述过。     

DNA提取前处理方法对太岁里层样品中 细菌种群结构的影响

为了评价不同DNA提取前处理方法对太岁里层样品中细菌种群结构的影响,并解析优势结构,对太岁里层重复取样,在提取细菌DNA前,分别施以水浸提(SI1)、浸提后热溶解(SI2)、直接热溶解(SI3) 3种不同前处理,同时与微孔滤膜过滤相结合,在高通量测序后以操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)为基础深度分析细菌种群结构。结果表明,SI1、SI2和SI3的Shannon指数分别为2.96、3.10和3.08,OTU数目分别为891、964和1 095个,共有OTU 313个,其序列之和占总序列的96.02%。细菌种群在各分类水平上的数目互有差别,SI1最少,优势种群高度集中于假单胞菌属(Pseudomonas)和不动杆菌属(Acinetobacter),所占比例之和超过60%。其中,假单胞菌属独占42.30%～56.35%,较之前研究结果变化最大。OTU的分布和丰度在不同取样位置间不均衡。3种前处理方法测得的细菌结构近似,但以SI3测得的假单胞菌属中丰度最高OTU,在总序列中所占比例最高,为41.14%。     

基于MiSeq技术的枯草期放牧蒙古羊瘤胃细菌多样性分析

为了阐明枯草季节牧草对放牧蒙古羊瘤胃生理功能的影响,明确放牧蒙古羊瘤胃消化的限制性因素,随机选取终年放牧的6只蒙古羊,在枯草期通过口腔采取蒙古羊瘤胃液,利用MiSeq高通量测序技术分析了瘤胃细菌种群的结构和多样性。结果表明,共得到了2 774个操作分类单元(Operational taxonomic unit,OTU),平均每个样品OTU为462.30。放牧蒙古羊瘤胃细菌共有13个门、24个纲、30个目、59个科、85个属被鉴定。在门水平上,厚壁菌门(Firmicutes,58.59%)、拟杆菌门(Bacteroidetes,18.18%)为放牧蒙古羊瘤胃中的优势细菌种群;在科水平上,主要包括瘤胃菌科(Ruminococcaceae,15.43%)、毛螺菌科(Lachnospiraceae,14.86%)和克里斯蒂娜科(Christensenellaceae,11.90%);在属水平上,普雷沃氏菌属(Prevotella,2.89%)和Candidatus saccharimonas(2.89%)是放牧蒙古羊瘤胃中的优势种群。说明冬春季枯草期放牧蒙古羊瘤胃细菌表现出典型的纤维消化菌群特征,因此,为瘤胃菌科和毛螺菌科提供营养,能够有效改善蒙古羊瘤胃的发酵功能,提高其对牧草的消化率。