应用正交设计优化江南牡丹RAPD-PCR反应体系

以牡丹品种"云芳"基因组DNA为模板,采用正交实验设计L25(55)对影响牡丹RAPD-PCR反应的5因素(模板DNA、引物、Mg2+、dNTPs、Taq酶)在5个水平上进行优化试验。结果表明:最佳的RAPD-PCR的反应体系为:20μL体系中含有25 ng的模板DNA,0.2μmol/L的引物,Mg2+1.0 mmol/L,1×buffer反应缓冲液,DNTPs各为0.2 mmol/L,1.0 U的TaqDNA聚合酶。     

东部白松SRAP反应体系的建立和优化

以东部白松针叶DNA为模板,采取正交实验设计L16(45)对SRAP-PCR反应体系的5个因素(Taq酶,Mg2+,dNTPs,模板DNA,引物)在4个水平上进行优化试验。结果表明:确定东部白松SRAP-PCR最佳反应体系(20μL):Taq酶0.5 U,Mg2+1.5 mmol/L,dNTPs 0.15mmol/L,模板DNA 50 ng,引物0.1μmol/L。     

番茄SRAP-PCR反应体系建立与优化

利用正交实验设计L16(45)对番茄SRAP-PCR反应体系的5个因素(Mg2+、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶和模板DNA)在4个水平上进行优化试验研究。结果表明:各因素水平变化对反应体系影响的大小依次为:Mg2+dNTPs引物Taq DNA聚合酶模板DNA;建立的番茄SRAP-PCR最佳体系(25μL)为:Mg2+2.5mmol/L、Taq DNA聚合酶0.5U、dNTPs0.25mmol/L、引物0.4μmol/L、模板DNA 80ng。     

小干松SRAP-PCR反应体系的建立

以小干松针叶基因组DNA为模板,采用L16(45)正交实验设计,对SRAP-PCR反应体系中的Taq酶、Mg2+、dNTPs、模板DNA和引物5个因素在4个水平上进行优化.结果表明:小干松SRAP-PCR 20 μL反应体系最佳组合为:Taq酶0.5U,Mg2+浓度2.5mmol/L,dNTPs浓度0.15 mmol/L,模板DNA含量60 ng,引物0.2μmol/L.使用12对SRAP引物,采用优化后的体系进行SRAP-PCR反应,表明优化的体系很好地满足了小干松基因组DNA进行SRAP的扩增要求.     

茶花品种ISSR指纹图谱反应体系建立与优化

以30个茶花品种为试材,采用5因素4水平正交实验以及单因素优化试验方法,研究Mg2+浓度、dNTP浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶浓度和模板DNA浓度对ISSR-PCR指纹图谱条带清晰度的影响,以进行茶花品种ISSR-PCR反应体系优化及引物筛选。结果表明:茶花品种ISSR-PCR最适扩增条件为25μL反应体系中,Mg2+3.0mmol/L、dNTPs 0.2mmol/L、引物0.3mmol/L、Taq DNA聚合酶0.5U、模板DNA 80ng以及52.1℃退火温度;试验从100个ISSR引物中筛选出12个适用引物;并对12个ISSR引物的多态性和稳定性进行了检验。     

利用正交设计优化番茄SRAP-PCR反应体系

以番茄耐低温材料抗寒0号和不耐低温番青的F2为材料,利用正交试验设计对SRAP-PCR反应体系中的5因素(模板DNA、引物浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度、Taq DNA聚合酶)在4个水平上进行正交优化试验.结果表明:各因素水平变化对反应体系影响的大小依次为:引物＞Taq DNA聚合酶＞dNTPs＞模板DNA＞Mg2+.建立番茄耐低温SRAP-PCR的20 μL最佳反应体系为:模板DNA为15 ng、引物浓度0.75 μmol·L-1、Mg2+浓度2.0 mmol·L-1、dNTPs浓度0.125 mmol·L-1、Taq DNA聚合酶1.0 U.     

链格孢属小孢子种ISSR和RAPD-PCR最佳反应体系的建立

以13个链格孢属小孢子种菌株为试材,采用正交实验设计的方法,研究Mg2+、dNTPs、Taq DNA聚合酶和引物4个因素在4个水平上对链格孢属小孢子种的ISSR和RAPD反应体系的影响。结果表明:链格孢属小孢子种ISSR和RAPD的最佳反应体系为25μL的ISSR-PCR反应体系中,10×PCR Buffer 2.50μL,Mg2+浓度为2.50mmol/L,dNTPs浓度为0.10mmol/L,引物浓度为0.30μmol/L,Taq DNA聚合酶用量为1.25U;在RAPD-PCR反应体系中,10×PCR Buffer 2.50μL,Mg2+浓度为2.00mmol/L,dNTPs浓度为0.15mmol/L,引物浓度为0.60μmol/L,Taq DNA聚合酶用量为1.25U;在此基础上,对最佳反应体系的退火温度进行了筛选确定;在确定退火温度后,采用最佳反应体系,用ISSR引物UBC808和RAPD引物OPE07进行稳定性和通用性验证,结果表明该优化反应体系具有较好的稳定性和通用性。     

正交试验设计在建立杜鹃花RAPD-PCR反应体系中的应用

利用正交试验对影响RAPD-PCR反应体系的各种因素进行研究,从而建立适合杜鹃花RAPD反应的最佳反应体系,最终选择杜鹃基因组RAPD-PCR的最佳扩增反应体系,即模板DNA 80ng、随机引物0.5μmol/L、dNTPs 1.1mmol/L、MgCl2 2.5mmol/L,1.2μmol/LTag-DNA聚合酶,buffer 2μL,总反应体系20μL.试验设计的6个因子、5个水平中,Mg2 、dNTPs和引物的浓度是主要因子,其中Mg2 的浓度对试验的影响最大,dNTPs和引物浓度在较低的水平就可满足需要,高浓度并没有显著提高试验效果.     

玫瑰SCoT-PCR反应体系优化及引物筛选

以玫瑰为试材,采用L16(45)正交设计和单因素试验2种方法,研究模板DNA、Mg2+、dNTPs、引物和Taq酶5个因素对玫瑰SCoT-PCR反应体系的影响,建立最优化的反应体系并筛选合适引物。结果表明:模板DNA浓度为1.50ng/μL,Mg2+浓度为2.00mmol/L,dNTPs浓度为0.35mmol/L,引物浓度为0.70μmol/L,Taq酶用量为0.50U时,可建立玫瑰SCoT-PCR最佳反应体系,并筛选出20条扩增条带清晰、多态性丰富的SCoT引物。反应体系的优化及引物的筛选,为日后利用SCoT分子标记技术对玫瑰进行相关研究提供理论依据和技术支持。     

云南松ISSR-PCR反应体系建立及优化

为建立和优化云南松ISSR-PCR反应体系,运用正交实验分析了模板DNA、TagDNA聚合酶、引物、Mg~(2+)和dNTPs 5个因子对云南松ISSR-PCR反应的影响。结果表明:云南松ISSR-PCR 25μL反应体系中5个因子最佳水平为:DNA模板为3.6 ng、TagDNA聚合酶为2.0 U、引物浓度为0.8 mmol/L、dNTPs浓度为0.20 mmol/L、Mg~(2+)浓度为2.0 mmol/L。