芫花ISSR-PCR扩增反应体系的优化

以芫花(Daphne genkwa)DNA为模版,利用单因素试验,分析DNA模版、Mg2+、dNTP、TaqDNA聚合酶和引物对ISSR-PCR反应的影响,适合芫花的ISSR-PCR的反应体系:20μl反应体系中含2.5mmol/L Mg2+,0.2mmol/L dNTPs,1.0u TaqDNA聚合酶,0.8μmol/L引物,40ng模板DNA。     

正交设计优化莲藕ISSR-PCR反应体系研究

利用正交实验设计的方法,对莲藕ISSR-PCR反应的四因素(TaqDNA聚合酶浓度、dNTP浓度、引物浓度、Mg2+浓度)三水平进行优化分析,并在此基础上对模板DNA浓度、PCR反应过程中的退火温度进行梯度检测。结果表明:20μL的ISSR-PCR反应体系中各因素的最佳浓度为:10×PCRbuffer 2.0μL、dNTP150μmol/L、引物1.2μmol/L、Mg2+2.0 mmol/L和TaqDNA聚合酶4 U,最佳模板DNA浓度为40～60 ng,引物U826的最佳退火温度为48.7℃。     

茶花品种ISSR指纹图谱反应体系建立与优化

以30个茶花品种为试材,采用5因素4水平正交实验以及单因素优化试验方法,研究Mg2+浓度、dNTP浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶浓度和模板DNA浓度对ISSR-PCR指纹图谱条带清晰度的影响,以进行茶花品种ISSR-PCR反应体系优化及引物筛选。结果表明:茶花品种ISSR-PCR最适扩增条件为25μL反应体系中,Mg2+3.0mmol/L、dNTPs 0.2mmol/L、引物0.3mmol/L、Taq DNA聚合酶0.5U、模板DNA 80ng以及52.1℃退火温度;试验从100个ISSR引物中筛选出12个适用引物;并对12个ISSR引物的多态性和稳定性进行了检验。     

正交设计优化果梅ISSR反应体系

以果梅(PrunusmumeSieb.etZucc.)品种鸳鸯梅为试材,采用改良的CTAB法提取果梅嫩叶DNA,利用正交设计L16(45)探讨Mg2+、dNTPs、引物、TaqDNA聚合酶及模板DNA用量对果梅ISSR-PCR反应的影响,正交试验的结果采用直观分析和方差分析相结合。建立了果梅的ISSR-PCR优化反应体系,在20μL反应体系中含2μL10×Buffer,2.5mmol·L-1Mg2+,0.2mmol·L-1dNTPs,0.32μmol·L-1引物,20~80ng模板DNA,0.75UTaqDNA聚合酶。在此基础上探讨了引物UBC840的最适退火温度、最佳循环次数及延伸时间,引物UBC840的最适退火温度为50.6℃。应用该优化反应体系,用2个不同引物对19份果梅资源DNA进行ISSR-PCR扩增,结果显示优化的反应体系具有较高的稳定性。     

锥栗自然居群ISSR-PCR分析技术的建立

提取野生锥栗的基因组DNA作为ISSR-PCR模板,对反应体系中的模板用量、Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度和TaqDNA聚合酶用量5个主要影响因素进行梯度试验,并对扩增程序中的退火温度与循环次数进行了探讨,初步确立了适合野生锥栗的ISSR-PCR分析技术体系,即25μL反应体系中,模板DNA40或50ng、Mg2+2.25mmol.L-1、dNTPs0.2mmol.L-1、引物0.2μmol.L-1、TaqDNA聚合酶1.0U;PCR扩增程序为:94℃预变性3min;然后94℃变性45s,(Tm+2～4℃)退火45s,72℃延伸2min,共32个循环;最后72℃充分延伸5min;1.5%琼脂糖凝胶电泳分离扩增产物。     

鸭梨Hc ISSR-PCR反应体系的优化

应用正交设计的方法对影响鸭梨Hc ISSR-PCR反应的4个因素(模板DNA、引物、dNTPs、TaqDNA聚合酶)进行5个水平的优化试验,以DPS 7.55软件分析。结果表明:鸭梨HcISSR-PCR的最佳反应体系(20μL)为:模板DNA 60 ng、引物浓度0.4μmol/L、dNTPs浓度0.1mmol/L、TaqDNA聚合酶2 U。     

番茄SRAP-PCR反应体系建立与优化

利用正交实验设计L16(45)对番茄SRAP-PCR反应体系的5个因素(Mg2+、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶和模板DNA)在4个水平上进行优化试验研究。结果表明:各因素水平变化对反应体系影响的大小依次为:Mg2+dNTPs引物Taq DNA聚合酶模板DNA;建立的番茄SRAP-PCR最佳体系(25μL)为:Mg2+2.5mmol/L、Taq DNA聚合酶0.5U、dNTPs0.25mmol/L、引物0.4μmol/L、模板DNA 80ng。     

杜鹃属ISSR-PCR反应体系优化

为了优化杜鹃属ISSR-PCR反应体系,以“毛叶杜鹃”叶片为试验材料,应用正交试验与单因素试验相结合,对PCR反应体系的因素Mg2+、Taq DNA聚合酶、引物及DNA模板进行优化组合,确定杜鹃属植物ISSR-PCR的20μL最优反应体系为:Mg2+1.5mmol/L、Taq DNA聚合酶1U、模板DNA 20ng、引物0.9μmol/L、d NTPs 0.2mmol/L。     

国兰ISSR-PCR反应体系的建立与优化

采用正交设计与单因素结合法,对国兰ISSR-PCR反应体系中的4个因素(dNTPs、引物浓度、Mg2+、Taq DNA聚合酶)进行优化试验,结果用DPS软件进行分析.结果表明:各因素对PCR结果均有显著影响,其中Taq DNA聚合酶对反应的影响最大;筛选出了各反应因素的最佳水平,建立国兰ISSR-PCR的最佳反应体系(25μL)为:dNTPs 0.2mmol/L、引物1.0 μmol/L、Mg2+2.5 mmol/L、Taq DNA聚合酶1U.     

应用正交设计优化江南牡丹RAPD-PCR反应体系

以牡丹品种"云芳"基因组DNA为模板,采用正交实验设计L25(55)对影响牡丹RAPD-PCR反应的5因素(模板DNA、引物、Mg2+、dNTPs、Taq酶)在5个水平上进行优化试验。结果表明:最佳的RAPD-PCR的反应体系为:20μL体系中含有25 ng的模板DNA,0.2μmol/L的引物,Mg2+1.0 mmol/L,1×buffer反应缓冲液,DNTPs各为0.2 mmol/L,1.0 U的TaqDNA聚合酶。     

正交设计优化大白菜ISSR-PCR反应体系

以大白菜为试材,采用新型植物基因组DNA提取试剂盒提取大白菜基因组DNA,采用正交实验设计方法,对dNTPs、Mg2+、Taq DNA聚合酶、引物、及模板DNA五因素四水平进行优化,筛选并建立了适合大白菜的ISSR-PCR反应体系。结果表明:25μL的反应体系中含有1.5mmol/L Mg2+、200μmol/L dNTP、0.5UTaq DNA聚合酶、0.7μmol/L引物、30ng模板DNA。在此基础上探讨了最佳循环次数,应用该优化反应体系,用3个不同循环数对资源DNA进行ISSR-PCR扩增,结果显示优化的反应体系适宜的循环次数是30。     

茄子ISSR-PCR反应体系优化及验证

以茄子为试验材料,采用改良CTAB法提取茄子嫩叶总DNA,结合单因素设计和正交设计L9(34)的优点,探讨Mg2+、dNTP、引物及TaqDNA聚合酶等因素对茄子ISSR-PCR反应体系的影响,利用16份广西茄子主要栽培品种对最优处理组合进行验证。结果表明,在25μL反应体系中,含2.5μL10×buffer、2.0～3.0mmol·L-1Mg2+、0.32～0.36mmol·L-1dNTP、0.4μmol·L-1引物、50ng模板DNA、0.6UTaqDNA聚合酶等成分,可以获得比较稳定、清晰和丰富的条带。     

铁线莲属植物ISSR分子标记体系优化及指纹图谱的构建

为进一步利用ISSR分子标记进行铁线莲遗传多样性分析、种质资源鉴定、遗传图谱构建等研究,本试验以卷萼铁线莲DNA为模板,采取L9(34)正交试验设计,对影响扩增反应的模板DNA含量、目标引物浓度、Master Mix、循环数4个主要因素进行优化,从而得出适宜于铁线莲的ISSR-PCR反应体系.并利用筛选出的12条多态性高的引物构建了16种野生铁线莲的指纹图谱.结果 表明,在25 μL反应体系中,各因素的最佳配比为模板DNA用量40 ng,引物浓度6μmol/L,Master Mix用量14 μL,循环数40个.并且利用最优体系构建了16种野生铁线莲的遗传指纹图谱.该体系的建立为ISSR技术在铁线莲遗传多样性研究、遗传指纹图谱构建、分子标记辅助育种等研究提供了理论基础.指纹图谱的构建可以有效的对16种野生铁线莲进行区分和鉴定.     

平菇ISSR-PCR反应体系影响因素研究

为提高ISSR分析结果的可靠性和可重复性,以平菇黑丰268为材料对反应体系进行优化,建立平菇ISSR-PCR反应体系.实验结果表明,平菇ISSR-PCR最优体系为体积20 μL,其中Mg<'2+>浓度为1.2 mmol·L-1,模板浓度为50 ng,引物浓度为0.6μmol·L-1,dNTPs浓度为200μmol·L-1,Taq酶浓度为1.2 U·20-1·μL-1,1×PCR Buffer.     

西瓜ISSR-PCR体系的正交优化研究

采用正交试验设计的方法,建立了西瓜ISSR分析的优化反应体系,即20μL反应体系中含有1×buffer,dNTP200μmol/L、Primer1.0μmol/L、MgCl21.5mmol/L、Taq酶1U和模板DNA40ng。适宜的扩增程序为94℃5min,94℃30s,53℃45s,72℃90s,35个循环;72℃5min,4℃保存。