一种高效的苹果褪绿叶斑病毒TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR检测方法

为建立一种检测苹果褪绿叶斑病毒(Apple chlorotic leaf spot virus,ACLSV)的Taq Man探针实时荧光定量RT-PCR方法,根据ACLSV外壳蛋白基因(coat protein,cp)保守序列设计了特异性引物和Taq Man探针,以构建的ACLSV-cp重组质粒为阳性标准品绘制标准曲线,并对该方法的特异性、灵敏性、重复性进行检验。结果显示,以ACLSV-cp重组质粒为标准品建立的标准曲线相关系数达0.999,扩增效率为103.7%;建立的Taq Man探针实时荧光定量RT-PCR方法特异性好,与苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus,ASGV)、苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus,ASPV)、苹果锈果类病毒(Apple scar skin viroid,ASSVd)均无交叉反应;灵敏度为100拷贝/μL,比常规RT-PCR高100倍;批内和批间变异系数均小于0.84%。表明Taq Man探针实时荧光定量RT-PCR方法具有特异性强、灵敏性高、重复性好的优点,适用于实际样品中ACLSV的快速准确检测。     

多堆柄锈菌潜育期侵染量实时荧光定量PCR检测体系的建立

为快速及时诊断并定量监测玉米内多堆柄锈菌Puccinia polysora潜育期的侵染量,根据多堆柄锈菌的ITS序列和玉米Actin2基因序列,分别设计多堆柄锈菌特异性引物PpoF/PpoR和Taq Man探针PpoP以及玉米特异性引物ZmF/ZmR和Taq Man探针ZmP,对引物和探针的特异性和灵敏度进行测定,并用这2对引物和探针建立多堆柄锈菌潜育期的实时荧光定量PCR检测体系,定量监测接种后玉米叶片中多堆柄锈菌DNA量随时间的变化。结果表明,多堆柄锈菌和玉米的特异性引物和探针对各自靶标片段均具有良好的特异性,灵敏度分别为10^-3ng/μL和10^-2ng/μL;在接种后24 h,利用所建实时荧光定量PCR检测体系即可在玉米叶片中检测到多堆柄锈菌,且潜育期内多堆柄锈菌的侵染量随时间呈指数增长。表明所建实时荧光定量PCR检测体系可用于多堆柄锈菌潜育期侵染量的定量检测和监测。     

基于Dickeya dadantii特有标志基因检测甘薯茎腐病菌

 甘薯细菌性茎腐病是由达旦提狄克氏菌(Dickeya dadantii)引起的一种检疫性病害,近年来在我国多地发生,严重威胁我国甘薯产业的发展。建立特异灵敏的检测D. dadantii的方法对于鉴定检疫病原菌、田间监测病原菌和防控病害有重要意义。本研究对Dickeya属菌株的全基因组序列进行比较基因组学分析,筛选到D. dadantii特有的标志基因,针对标志基因设计引物,其中针对编码登录号为WP_077245517未知蛋白基因的1对引物Dad1-F(5′-CATATCAACCAGACCAGCCGTT-3′)和Dad1-R(5′-CGGCCTGCTTTTAAACAACGTATTA-3′)能只从D. dadantii扩增到167 bp目的片段。由此建立了特异灵敏的常规PCR和实时荧光定量PCR检测D. dadantii的方法,为鉴定检疫甘薯茎腐病病原菌和田间监测病害提供了有效方法。     

基于Dickeya dadantii特有标志基因检测甘薯茎腐病菌

 甘薯细菌性茎腐病是由达旦提狄克氏菌(Dickeya dadantii)引起的一种检疫性病害,近年来在我国多地发生,严重威胁我国甘薯产业的发展。建立特异灵敏的检测D. dadantii的方法对于鉴定检疫病原菌、田间监测病原菌和防控病害有重要意义。本研究对Dickeya属菌株的全基因组序列进行比较基因组学分析,筛选到D. dadantii特有的标志基因,针对标志基因设计引物,其中针对编码登录号为WP_077245517未知蛋白基因的1对引物Dad1-F(5′-CATATCAACCAGACCAGCCGTT-3′)和Dad1-R(5′-CGGCCTGCTTTTAAACAACGTATTA-3′)能只从D. dadantii扩增到167 bp目的片段。由此建立了特异灵敏的常规PCR和实时荧光定量PCR检测D. dadantii的方法,为鉴定检疫甘薯茎腐病病原菌和田间监测病害提供了有效方法。     

基于TaqMan MGB探针的葡萄茎枯病菌实时荧光PCR检测方法

 葡萄茎枯病菌是我国进境植物检疫性有害生物。带菌植物材料是病害传播的重要载体,准确、灵敏、快速的检测方法是严格执行口岸检疫措施及研究病害防控措施的有力工具。根据葡萄茎枯病菌及其近似种的细胞骨架蛋白(Actin)基因序列差异,设计并合成1对引物和1条特异性TaqMan-MGB探针,建立了葡萄茎枯病菌的实时荧光PCR检测方法。通过对反应体系的优化,确定了葡萄茎枯病菌的实时荧光PCR最佳反应条件:引物终浓度为0.6 μmol·L^-1,探针终浓度为0.6 μmol·L^-1。灵敏度试验结果显示,最低检测限为总DNA含量20 pg(20 μL反应体系)。此方法快速灵敏,整个反应1 h即可完成,检测过程完全闭管,无需PCR产物后续处理,为快速检测葡萄茎枯病菌提供了重要参考。该方法用于口岸疑似菌株检测,可成功检测出葡萄茎枯病菌。本研究建立的基于TaqMan MGB探针的荧光定量PCR检测方法为葡萄茎枯病菌的早期快速检测监测提供了有力工具。     

冬生疫霉的实时荧光PCR检测方法

冬生疫霉(Phytophthora hibernalis)是我国检疫性病原菌。本研究根据冬生疫霉的ITS基因序列,设计了实时荧光PCR引物PH-F和PH-R及TaqMan-MGB探针PH-Pr,建立了冬生疫霉的实时荧光PCR检测方法,可检测到冬生疫霉DNA最低浓度为50 fg/μL,而冬生疫霉的近似种、近缘种和空白对照,无荧光信号增加。因此,利用该方法可以稳定、高效的检测出冬生疫霉。     

拟茎点霉属真菌检测技术研究进展

拟茎点霉属真菌是植物上重要的病原菌和内生菌,该属真菌已描述900多种,可引起多种病害,呈世界性分布。本文综述了拟茎点霉属检测技术的研究现状,并指出各种检测技术的优缺点及发展趋势。在此基础上,对DNA条形码技术的应用前景进行展望,为拟茎点霉进一步研究提供参考。     

桃褐腐病菌对多菌灵抗性的AS-PCR检测技术

由于杀菌剂的长期大量使用, 植物病原菌对杀菌剂抗性问题日趋突出, 严重影响病害防治的效果?褐腐病是一种在全世界范围内广泛发生和流行的重要果树病害?本文以桃褐腐病菌Monilinia fructicola为例, 基于已知的多菌灵抗性机理, 即靶标β微管蛋白基因TUB2的点突变E198A, 建立了一种桃褐腐病菌对多菌灵抗性的等位基因专化性PCR检测技术?结果表明, 碱基错配?内参引物?退火温度?dNTPs?Taq DNA聚合酶?专化性引物浓度及配比等因素均对检测效率有影响?经过对以上因素的优化, 并对优化后的检测技术进行专化性及灵敏度评价, 证实该检测技术能特异性地鉴别桃褐腐病菌M. fructicola对多菌灵抗性基因型E198A, 且检测灵敏度可达到4.342 pg/μL病菌DNA, 有望在实践中推广使用?     

基于TaqMan MGB探针的葡萄茎枯病菌实时荧光PCR检测方法

 葡萄茎枯病菌是我国进境植物检疫性有害生物。带菌植物材料是病害传播的重要载体,准确、灵敏、快速的检测方法是严格执行口岸检疫措施及研究病害防控措施的有力工具。根据葡萄茎枯病菌及其近似种的细胞骨架蛋白(Actin)基因序列差异,设计并合成1对引物和1条特异性TaqMan-MGB探针,建立了葡萄茎枯病菌的实时荧光PCR检测方法。通过对反应体系的优化,确定了葡萄茎枯病菌的实时荧光PCR最佳反应条件:引物终浓度为0.6 μmol·L^-1,探针终浓度为0.6 μmol·L^-1。灵敏度试验结果显示,最低检测限为总DNA含量20 pg(20 μL反应体系)。此方法快速灵敏,整个反应1 h即可完成,检测过程完全闭管,无需PCR产物后续处理,为快速检测葡萄茎枯病菌提供了重要参考。该方法用于口岸疑似菌株检测,可成功检测出葡萄茎枯病菌。本研究建立的基于TaqMan MGB探针的荧光定量PCR检测方法为葡萄茎枯病菌的早期快速检测监测提供了有力工具。     

实时荧光RT-PCR一步法检测番茄环斑病毒

 根据番茄环斑病毒(ToRSV)各株系RNA1聚合酶基因的保守序列,设计并合成1对引物和1条TaqMan荧光探针,建立了对ToRSV的实时荧光RT-PCR检测方法。该方法利用TaqMan荧光探针实时监测目的基因的扩增,实现RT-PCR扩增与探针检测同时进行,不需PCR后处理,消除了PCR产物的污染,不需电泳和EB染色,减少了检测步骤,节省了时间。这个方法具有"灵敏、准确、简便、快速"的特点适合于种传病害的快速诊断和口岸检验检疫运用。     

向日葵黑茎病菌TaqMan-MGB探针实时荧光快速检测方法

 向日葵黑茎病菌是我国进境检疫性有害生物名录中的一种检疫性真菌。根据向日葵黑茎病菌及其近似种的ITS序列差异,设计并合成特异性引物和探针,建立了向日葵黑茎病菌的实时荧光PCR检测方法。特异性试验结果表明,该检测方法能特异性检测向日葵黑茎病菌;灵敏度试验结果表明,最低检测限量为20 μL反应体系中总DNA含量0.1 pg;实时荧光PCR优化反应条件为引物终浓度0.6 μmol·L^-1,探针终浓度0.3 μmol·L^-1。实际样品检测结果表明,该方法可用于疑似携带向日葵黑茎病菌样品的检测与初筛。此方法快速、灵敏,整个反应过程约1 h,检测过程完全闭管,无需PCR后续处理,为早期快速检测向日葵黑茎病菌提供了重要参考。     

喜树丛枝植原体的分子鉴定及TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法的建立

 为确定在云南文山地区喜树上发生的疑似丛枝病的病原种类及快速检测喜树丛枝病,本研究利用植原体16S rDNA基因通用引物P1/P7和R16F2n/R16R2对感病喜树总DNA进行常规PCR和巢式PCR扩增、克隆和测序,通过系统进化分析,明确了喜树丛枝植原体属于16SrXXXII组。然后根据喜树丛枝病植原体16S rDNA基因保守区域设计并合成特异性引物和TaqMan探针,制备了喜树丛枝病植原体标准质粒,确定了最优引物浓度和最佳探针浓度,制作的标准曲线有极好的线性关系,决定系数(R²)达到0.999,建立的实时荧光定量PCR检测方法能够特异性地检测喜树丛枝植原体。本研究首次明确了喜树丛枝植原体的分类地位,优化和建立了喜树丛枝植原体TaqMan探针qPCR检测方法,为快速检测喜树丛枝病植原体提供参考。     

兰花褐斑病菌实时荧光PCR检测

兰花褐斑病菌(Acidovorax avenaesubsp.cattleyae)是兰花上一种重要进境检疫性有害生物,可通过植株和种子远距离传播,其传染性强,对兰花危害性大。根据核糖体ITS序列设计了TaqMan-MGB探针并建立了实时荧光PCR检测方法。该方法能够特异性检测兰花褐斑病菌,所有供试的目标菌株检测结果均为阳性,而其它28个对照菌株(含同属内其它种及avenae种下其它亚种)均为阴性。利用该方法从发病兰花植株总DNA中检测到该病菌。本方法灵敏度高,检测极限达9×10-9μg DNA,操作方便快速,结果可靠,适合于口岸兰花的进出境检疫及兰花种苗健康质量控制。     

云南、广西三七黑斑病病原链格孢菌的鉴定

正黑斑病是三七栽培生产中常见的一大病害,叶片受害产生近圆形或不规则水浸状病斑,常导致成株落叶、幼苗生长点及茎秆顶端腐烂枯死。其病原一般认为是链格孢属真菌人参链格Alternaria panax Whetzel~([1,2]),也有相关研究证明黑斑病病原为细链格孢Alternaria tenuis Nees~([3]),后定名为链格孢Alternaria alternata Keissl~([4])。本研究利用ITS序列和histone 3部分编码序列的PCR鉴定,结合形态学鉴定,分析三七主产区黑斑病菌的组成和分布情况及几种病原菌的致病力差异,以期为三七黑斑病防治提供理论依据。     

球孢白僵菌BB-T02生物学特性及对两种检疫性粉蚧的侵染活性

南洋臀纹粉蚧和石蒜绵粉蚧是近年我国新记录的两种检疫性有害生物,目前分别在福建省的番荔枝果园和多肉植物种植基地发生为害严重。为明确球孢白僵菌BB-T02对这2种检疫性粉蚧的生防潜力,本研究在该菌株生物学特性的基础上,测定该菌株对两种检疫性粉蚧的致病力和胞外酶活性。结果表明,球孢白僵菌BB-T02培养最适的温度为28℃、光周期8L:16D、碳源为麦芽糖、氮源为蛋白胨,在此条件下培养10 d菌落直径和产孢量分别可达5.60 cm和4.22×10⁸孢子/cm²。菌株BB-T02侵染南洋臀纹粉蚧和石蒜绵粉蚧10 d后的LC₅₀分别为5.00×10⁵孢子/mL和2.17×10⁵孢子/mL,1.00×10⁸孢子/mL处理的累计致死率分别为85.39%和88.76%、LT₅₀分别为5.78 d和5.19 d。菌株BB-T02蛋白酶活性的变化幅度较大,在第5 d达峰值22.68 U/mL;几丁质酶和脂肪酶活性的变化幅度相对平稳,均在第6 d分别达到峰值13.19 U/mL和9.77 U/mL。综上,球孢白僵菌BB-T02生长速度快、产孢量高,对南洋臀纹粉蚧和石蒜绵粉蚧的侵染活性强,可用于这两种检疫性粉蚧的生物防治。     

一株地黄茎部致病菌的鉴定及防治药剂筛选

 在河南省温县地黄(Rehmannia glutinosa)种植园采集茎部感病的地黄植株,从感病部位分离、纯化出4株病原菌。通过对分离菌的形态学观察、致病性检测及ITS、EF1-α、TUB、CAL、HIS多基因核酸序列分析,鉴定其中1株分离菌为扁桃腐皮壳菌(Diaporthe amygdali),为地黄茎部病害的新型致病菌。生物学特性研究表明,最适宜该致病菌生长的为PDA培养基;菌丝生长的最佳温度为25 ℃、最适pH值为6、对光照不敏感;最适碳氮源分别是麦芽糖和蛋白胨。药剂抑菌活性筛选结果表明,选用的10种杀菌剂对D. amygdali生长都有一定的抑制作用,其中500 g·L^-1氟啶胺悬浮剂活性最高,EC₅₀为0.092 5 mg·L^-1。上述结果为D. amygdali引起的地黄茎部病害防治提供了科学依据。     

基于Ypt1靶标的大豆疫霉环介导等温扩增技术的研究

大豆疫霉侵染大豆引起的根腐病是大豆生产上的毁灭性病害之一。本研究以Ypt1基因作为靶标,利用环介导等温扩增(LAMP)技术,设计了特异性检测体系,整个过程仅需60 min,即可通过肉眼直接目测检测结果。反应后经浊度仪验证浊度变化、琼脂糖凝胶进行电泳验证和在扩增前加入染料HNB(羟基蔡酚蓝)作为反应指示剂验证扩增结果。特异性检测中,111个大豆疫霉菌株均能产生浊度曲线和扩增到梯形状的条带,同时HNB显色观察到天蓝色的阳性反应,而其它疫霉、腐霉和真菌供试菌株中均没有观察到这些现象;在灵敏度检测中,PsYpt1-LAMP技术最低检测限达到100 pg·μL~(-1),比普通PCR技术的最低检测限高出10倍;在田间应用方面,PsYpt1-LAMP检测技术明显提高了检测效率。本研究建立的LAMP检测体系可用于口岸和田间对大豆疫霉的快速检测。     

土壤中芸薹根肿菌qPCR检测与风险预警体系的建立与应用

 建立了土壤中芸薹根肿菌荧光定量PCR(qPCR)快速检测及风险预警体系。确定了芸薹根肿菌qPCR检测的特异性引物PbF/PbR,对根肿菌质粒DNA的检测灵敏度为1.612×10^-6 ng·μL^-1,比普通PCR高出1 000倍;对土壤和基质中芸薹根肿菌孢子的最低检测下限均为10 个·g^-1,而土壤和基质带菌的发病阈值分别为100和1 000 个·g^-1,高于该浓度时根肿病发生风险大。本研究建立的芸薹根肿菌qPCR技术体系检测下限远低于发病阈值,可以快速、准确、定量地检测出采自四川绵阳、湖北恩施、江苏无锡、山东青岛、辽宁沈阳、山西运城、内蒙古巴彦淖尔和宁夏固原等8个地区的27份田间土壤中芸薹根肿菌的数量,实现对十字花科根肿病的监测预警,为制定产前病害防控方案提供依据。     

以Ypt1基因序列为靶标的辣椒疫病菌快速分子检测

PCR primers were designed based on the sequence of Ras-related protein gene (Ypt1) of P. capsici. According to the multiple sequence alignment, Ypt1 has the sufficiently polymorphic intron region for the development of P. capsici-specific primers (PcYpt1F/PcYpt1R). One primer pair was developed which can amplify one P. capsici-specific fragment of 156 bp. Using the primer pair, the P. capsici infected plants and soils were detected. Additionally, Ypt1 has an appropriate region for the development of Phytophthora genus-specific primers (Ypt1F/Ypt1R), which can amplify a fragment of about 540 bp from 14 different Phytophthora specices and a fragment of about 350 bp in Pythium species, with no amplification from fungal species. By PCR optimization using P. capsici genomic DNA, the detection sensitivities of 10 pg and 10 fg DNA were achieved in standard PCR (PcYpt1F/PcYpt1R) and nested PCR (Ypt1F/Ypt1R and PcYpt1F/PcYpt1R), respectively. The developed primers were proved to be efficient in detection of Phytophthora pathogens from diseased plant tissues and residues in soils.