2个山西地方猪种IFNA基因组织表达谱分析

α干扰素(IFNA)是与免疫调节、抗病毒功能有关的细胞因子。为了研究IFNA基因在断奶仔猪不同系统组织的表达情况,笔者采用RT-PCR方法检测IFNA基因在晋汾白猪和新山西黑猪不同组织中的表达情况。结果显示,IFNA基因在晋汾白猪和新山西黑猪各个组织均表达。此外,使用SPSS19.0软件分析IFNA基因在2种猪的免疫系统(脾、支气管淋巴结,肺泡巨噬细胞、白细胞)中的表达差异,结果显示,晋汾白猪肺泡巨噬细胞与白细胞、脾,白细胞与脾间表达呈极显著差异(P<0.01);新山西黑猪脾及与肺泡巨噬细胞、白细胞、支气管淋巴结间表达无显著差异(P>0.05)。晋汾白猪和新山西黑猪白细胞表达差异极显著(P<0.01)。本研究通过IFNA基因在晋汾白猪和新山西黑猪不同组织的表达水平和特点,为下一步研究IFNA基因的抗病毒、免疫调节等功能提供了理论基础,也将为今后对猪的抗病育种提供参考和理论指导。     

两个山西地方猪种TLR2基因Bi-PASA遗传标记的多态性研究

为分析晋汾白猪和新山西黑猪TLR2基因第1 255位点编码区的变异信息,试验利用双向特定等位基因PCR扩增法(Bi-PASA)建立TLR2基因变异的遗传标记。结果表明:晋汾白猪和新山西黑猪分别检测到A、B一对等位基因和AA、AB、BB三种基因型,晋汾白猪的等位基因频率(A、B)分别为0.609 2和0.390 8,在TLR2基因第1 255位点不符合Hardy-Weinberg平衡状态(P0.01);新山西黑猪等位基因频率(A、B)分别为0.682 7和0.317 3, TLR2基因第1 255位点符合Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05);晋汾白猪和新山西黑猪的纯合度分别为0.747 1,0.480 8,香农指数分别为0.669 1,0.624 8;晋汾白猪和新山西黑猪在TLR2基因的多态位点的基因型分布差异极显著(P0.01)。说明成功建立晋汾白猪和新山西黑猪TLR2基因Bi-PASA遗传标记,可为进一步研究疾病抵抗力、建立抗病群体提供基础资料。     

IL1RN基因在晋汾白猪仔猪和新山西黑猪仔猪不同组织和细胞中的表达特征分析

白细胞介素1受体拮抗剂（interleukin 1 receptor antagonist,IL1RN）是一种重要的宿主免疫调节因子,是天然存在的IL-1拮抗剂。为了解IL1RN基因在断奶仔猪不同组织和细胞中表达的特征,利用Trizol法提取晋汾白猪仔猪和新山西黑猪仔猪的心脏、肝脏、脾脏、淋巴细胞、巨噬细胞等18种组织和细胞的总RNA,采用RT-PCR方法检测IL1RN基因在不同组织和细胞中的表达情况,应用SPSS 19.0软件分析IL1RN基因在晋汾白猪仔猪和新山西黑猪仔猪4种免疫组织和细胞（脾脏、淋巴结、巨噬细胞、白细胞）中的表达差异情况。结果显示：IL1RN基因在晋汾白猪仔猪和新山西黑猪仔猪的脂肪组织中均不表达,在其余各组织和细胞中均表达;IL1RN基因在晋汾白猪仔猪的巨噬细胞与淋巴结、脾脏、白细胞之间的表达差异极显著（P<0.01）,且在淋巴结与脾脏、白细胞之间的表达差异极显著（P<0.01）;IL1RN基因在新山西黑猪仔猪的脾脏、淋巴结、巨噬细胞、白细胞的表达两两之间均呈极显著差异（P<0.01）;IL1RN基因在2个猪种的脾脏、巨噬细胞、白细胞之间的表达呈极显著差异（P<0.01）,在淋巴结中的表达呈显著差异（P<0.05）。该研究结果为进一步揭示2个猪种的IL1RN基因在疾病抵抗方面的作用及相关机制提供了依据。     

大白猪SLA-DR基因的表达规律研究

研究采用半定量RT-PCR方法,对大白猪的SLA-DRA和SLA-DRB基因在1,90,180,270,360天的表达情况做了研究.结果表明:SLA-DRA、SLA-DRB基因在大白猪1,90,180,270,360天的心脏、肝脏、胃、脾脏、肾脏、肺脏、大肠、小肠、肌肉、子宫、卵巢共11个组织中均有表达,但SLA-DRB的表达量基本恒定而SLA-DRA表达量变化较大,两者都是在1天时表达量最低,90天时表达量最高,并且均是在免疫系统和消化系统持续高表达,比如脾脏、大肠和小肠等.     

不同猪种ADIPOQ基因外显子2多态性及其与山西白猪体重和体尺性状的关联分析

本研究旨在检测猪脂联素（adiponectin,ADIPOQ）基因外显子2的多态性,并分析其对山西白猪体重和体尺性状的影响。采用PCR-SSCP技术检测了长白猪、大白猪、杜洛克猪、山西白猪、山西黑猪和马身猪6个猪种392个个体ADIPOQ基因外显子2的多态性,并采用GLM程序分析了ADIPOQ基因外显子2多态性与山西白猪体重和体尺性状的关联性。结果显示,在ADIPOQ基因外显子2的89 bp处检测到G→A错义突变,引起缬氨酸（Val）向异亮氨酸（Ile）的转变。ADIPOQ基因外显子2存在3种基因型：AA、AB、BB,2个等位基因：A和B。杜洛克猪中只有BB基因型,长白猪、大白猪、山西白猪和山西黑猪中BB基因型为优势基因型,马身猪中AA基因型频率最高。在引入品种长白猪、大白猪和杜洛克猪中B等位基因为优势等位基因,基因频率分别为0.96、0.96和1.00;在地方品种马身猪中A等位基因频率（0.52）略高于B等位基因（0.48）;在培育品种山西白猪和山西黑猪中B等位基因频率分别为0.76和0.78,介于引入猪种和地方品种之间。基因型频率分布在马身猪、山西白猪和山西黑猪之间无显著差异（P>0.05）,杜洛克猪与长白猪、大白猪间差异均不显著（P>0.05）,而长白猪和大白猪间差异显著（P<0.05）,任意一个引入品种与马身猪、山西白猪和山西黑猪之间的差异均达到极显著水平（P<0.01）。ADIPOQ基因外显子2多态性对断奶重有显著影响,其中BB基因型个体28日龄断奶重显著高于AA和AB基因型（P<0.05）,AA和AB基因型间无显著差异（P>0.05）,但对其他性状无显著影响,说明该位点只在个体发育早期阶段起作用。     

猪SLA-DRA基因外显子2多态性及其与仔猪腹泻的关联分析

为探索SLA-DRA基因作为猪抗病育种分子标记的可能性,本研究采用PCR-SSCP和克隆测序方法对大白、长白和杜洛克共216头猪的SLA-DRA基因外显子2进行了多态性研究,分析了该基因与仔猪腹泻的关联性。结果,在SLA-DRA外显子2上检出了3个等位基因和6种基因型;6种基因型(AA、AB、BB、AC、BC和CC)在大白猪和长白猪中都存在,而在杜洛克猪中只检出4种基因型(AA、BB、AB和BC)。杜洛克猪与大白猪和长白猪间基因型分布均差异极显著(P<0.01);3个品种的基因型分布均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。最小二乘法分析表明,品种和性别对仔猪腹泻影响不显著(P>0.05),基因型与仔猪腹泻显著相关(P<0.05);AA和BB基因型个体腹泻评分的最小二乘均值均显著高于AC和CC基因型个体(P<0.05)。本研究表明,SLA-DRA基因不同基因型对仔猪腹泻有着重要的影响,可作为猪抗病育种应用中的一个潜在遗传标记。     

不同猪种ADIPOQ基因外显子2多态性及其与山西白猪体重和体尺性状的关联分析

本研究旨在检测猪脂联素(adiponectin,ADIPOQ)基因外显子2的多态性,并分析其对山西白猪体重和体尺性状的影响。采用PCR-SSCP技术检测了长白猪、大白猪、杜洛克猪、山西白猪、山西黑猪和马身猪6个猪种392个个体ADIPOQ基因外显子2的多态性,并采用GLM程序分析了ADIPOQ基因外显子2多态性与山西白猪体重和体尺性状的关联性。结果显示,在ADIPOQ基因外显子2的89bp处检测到G→A错义突变,引起缬氨酸(Val)向异亮氨酸(Ile)的转变。ADIPOQ基因外显子2存在3种基因型:AA、AB、BB,2个等位基因:A和B。杜洛克猪中只有BB基因型,长白猪、大白猪、山西白猪和山西黑猪中BB基因型为优势基因型,马身猪中AA基因型频率最高。在引入品种长白猪、大白猪和杜洛克猪中B等位基因为优势等位基因,基因频率分别为0.96、0.96和1.00;在地方品种马身猪中A等位基因频率(0.52)略高于B等位基因(0.48);在培育品种山西白猪和山西黑猪中B等位基因频率分别为0.76和0.78,介于引入猪种和地方品种之间。基因型频率分布在马身猪、山西白猪和山西黑猪之间无显著差异(P0.05),杜洛克猪与长白猪、大白猪间差异均不显著(P0.05),而长白猪和大白猪间差异显著(P0.05),任意一个引入品种与马身猪、山西白猪和山西黑猪之间的差异均达到极显著水平(P0.01)。ADIPOQ基因外显子2多态性对断奶重有显著影响,其中BB基因型个体28日龄断奶重显著高于AA和AB基因型(P0.05),AA和AB基因型间无显著差异(P0.05),但对其他性状无显著影响,说明该位点只在个体发育早期阶段起作用。     

猪骨骼肌纤维类型和能量代谢相关基因的表达特性研究

【目的】研究马身猪、晋汾白猪和杜长大猪骨骼肌肌纤维类型和能量代谢相关基因的表达特性。【方法】选取6月龄马身猪、晋汾白猪和杜长大猪,屠宰后采集背最长肌和趾长伸肌,采用HE染色检测肌纤维的直径、密度和横截面积,通过实时荧光定量PCR分别检测Ⅰ型、Ⅱa型、Ⅱb型和Ⅱx型肌纤维的标记基因(MYH7、MYH2、MYH4和MYH1),线粒体活性相关基因(ATP5A1、PGC1-α和PPARβ),电子传递链活性相关基因(UQCRC2、SDHA、NDUFA9),以及糖酵解活性相关基因(LDHA、LDHB和GK)的表达量。【结果】马身猪背最长肌肌纤维直径和横截面积均显著低于晋汾白猪和杜长大猪,而密度显著高于晋汾白猪和杜长大猪(P<0.05);马身猪和晋汾白猪趾长伸肌肌纤维直径和横截面积均显著低于杜长大猪,而密度显著高于杜长大猪(P<0.05)。马身猪背最长肌MYH7基因的表达量最高,晋汾白猪最低;马身猪和晋汾白猪趾长伸肌MYH7基因的表达量显著高于杜长大猪(P<0.05)。马身猪背最长肌和趾长伸肌MYH2基因的表达量显著高于晋汾白猪和杜长大猪,晋汾白猪趾长伸肌MYH2基因的表达量显著高于杜长大猪(P<0.05)。马身猪背最长肌MYH4基因的表达量显著低于晋汾白猪和杜长大猪,马身猪和晋汾白猪趾长伸肌MYH4基因的表达量显著低于杜长大猪(P<0.05)。马身猪背最长肌中ATP5A1和PGC1-α基因的表达量均显著低于晋汾白猪和杜长大猪,晋汾白猪PGC1-α和PPARβ基因的表达量均显著低于杜长大猪(P<0.05);马身猪和晋汾白猪趾长伸肌中ATP5A1、PGC1-α和PPARβ基因的表达量均显著低于杜长大猪(P<0.05)。晋汾白猪背最长肌中UQCRC2、SDHA和NDUFA9基因的表达量均显著低于杜长大猪和马身猪(P<0.05);晋汾白猪和马身猪趾长伸肌中UQCRC2、SDHA和NDUFA9基因的表达量均显著低于杜长大猪,马身猪UQCRC2和SDHA基因的表达量均显著低于晋汾白猪(P<0.05)。晋汾白猪和马身猪背最长肌和趾长伸肌中LDHA、LDHB和GK基因的表达量均显著低于杜长大猪(P<0.05)。【结论】马身猪骨骼肌肌纤维直径和横截面积都较小,Ⅰ型和Ⅱa型肌纤维标记基因的表达量较高;杜长大猪骨骼肌Ⅱb型肌纤维标记基因的表达量较高,氧化磷酸化和糖酵解相关基因的表达量均较高。     

佳米驴β-防御素aBD-1 组织表达

为检测aBD-1mRNA在佳米驴体内可能的表达器官，根据已知aBD-1cDNA的全长序列设计一对预计扩增产物为266bp的引物，以佳米驴舌背表面、食管、胃、十二指肠、空肠、回肠、盲肠、结肠、直肠、气管、胰腺、膀胱、子宫、心脏、肝脏、肺脏、肾脏、脾脏、淋巴结、卵巢组织中提取的总RNA为模板，采用反转录PCR（RT—PCR）技术检测佳米驴的上述器官内aBD-1mRNA的表达情况，同时以β-肌动蛋白（β-actin）基因作为内参。结果显示：aBD-1mRNA在佳米驴的舌、盲肠和结肠内有强的表达，在食管、胃、十二指肠、空肠、回肠、直肠、气管内有比较强的表达，在膀胱和子宫内有弱的表达，而在心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、胰腺、淋巴结、卵巢等实质性器官组织内无表达。     

佳米驴β-防御素aBD-1组织表达

为检测aBD-1mRNA在佳米驴体内可能的表达器官,根据已知aBD-1cDNA的全长序列设计一对预计扩增产物为266bp的引物,以佳米驴舌背表面、食管、胃、十二指肠、空肠、回肠、盲肠、结肠、直肠、气管、胰腺、膀胱、子宫、心脏、肝脏、肺脏、肾脏、脾脏、淋巴结、卵巢组织中提取的总RNA为模板,采用反转录PCR（RT—PCR）技术检测佳米驴的上述器官内aBD-1mRNA的表达情况,同时以β-肌动蛋白（β-actin）基因作为内参。结果显示：aBD-1mRNA在佳米驴的舌、盲肠和结肠内有强的表达,在食管、胃、十二指肠、空肠、回肠、直肠、气管内有比较强的表达,在膀胱和子宫内有弱的表达,而在心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、胰腺、淋巴结、卵巢等实质性器官组织内无表达。     

猪催乳素受体基因第8内含子多态性及其对产仔性能的影响

采用PCR-SSCP技术检测了大白猪、长白猪、杜洛克猪、马身猪、山西黑猪和山西白猪等6个品种364头个体催乳素受体基因(prolactin,PRLR)第8内含子的多态性,并分析了多态位点对猪头胎产仔性能的影响。结果表明,猪PRLR基因第8内含子存在多态性,共检测到A、B、C 3个等位基因和AA、AB、AC、BB、BC和CC 6种基因型。在杜洛克猪、长白猪、山西黑猪和山西白猪群体中,A等位基因的频率最高,分别为0.8276、0.5439、0.5345和0.7669;而在大白猪和马身猪群体中,B等位基因的频率最高,分别为0.6894和0.7000;仅在大白猪、山西黑猪和山西白猪中检测到C等位基因,且频率较低,在0.0379~0.1385之间。PRLR基因型对母猪头胎产仔数有显著影响(P<0.05),对产活仔数的影响未达显著水平。AC基因型母猪的头胎产仔数和产活仔数显著高于BC基因型个体,而与AA、AB和BB基因型个体差异不显著。含有A等位基因的母猪的产仔性能优于不带有A等位基因的个体,表明A等位基因是有利于母猪产仔性能提高的等位基因,可应用于标记辅助选择来提高母猪的繁殖性能。     

猪骨形态发生蛋白-6基因多态性及其与产仔性能的关联性分析

试验旨在研究猪骨形态发生蛋白-6（bone morphogenetic protein 6, BMP-6）基因多态性及其与产仔性能的关联。采用PCR-SSCP技术检测了野猪、民猪、长白猪、北京黑猪、法系大白猪5个猪种268个个体BMP-6基因的多态性,并分析了BMP-6基因多态性与法系大白猪产仔性能的关联性。结果表明,猪BMP-6基因CDS区1104位存在1个G→A的同义突变,产生AA、AB、BB 3种基因型,其中在野猪和民猪中,A等位基因频率高;在长白猪、北京黑猪和法系大白猪中,B等位基因频率高。不同基因型对法系大白猪产仔数和产活仔数的影响差异显著（P<0.05）,初步认为BMP-6基因多态性与产仔性能显著关联。     

猪骨形态发生蛋白-6基因多态性及其与产仔性能的关联性分析

试验旨在研究猪骨形态发生蛋白-6（bone morphogenetic protein 6, BMP-6）基因多态性及其与产仔性能的关联。采用PCR-SSCP技术检测了野猪、民猪、长白猪、北京黑猪、法系大白猪5个猪种268个个体BMP-6基因的多态性,并分析了BMP-6基因多态性与法系大白猪产仔性能的关联性。结果表明,猪BMP-6基因CDS区1104位存在1个G→A的同义突变,产生AA、AB、BB 3种基因型,其中在野猪和民猪中,A等位基因频率高;在长白猪、北京黑猪和法系大白猪中,B等位基因频率高。不同基因型对法系大白猪产仔数和产活仔数的影响差异显著（P<0.05）,初步认为BMP-6基因多态性与产仔性能显著关联。     

NLRC5基因在SPF大白猪不同器官中的表达与分布

为了研究NLRC5基因在SPF大白猪不同组织中的表达和分布,试验以稀释的标准重组质粒为模板绘制标准曲线,建立实时荧光定量PCR方法,检测SPF大白猪肺脏、颌下淋巴结、腹股沟淋巴结、脾脏、空肠、胃、小肠、直肠、肾脏、心脏、回肠、肝脏、结肠、盲肠、扁桃体、肠系膜淋巴结等16种器官中NLRC5基因mRNA的表达差异和分布,并用Western-blot方法检测16种器官中NLRC5基因编码蛋白表达差异和分布。结果表明:NLRC5基因在SPF大白猪16种器官中均能表达,mRNA和蛋白表达水平大体一致,其中在淋巴结、脾脏和扁桃体等免疫器官中的表达量均较高,在胃和肠道等具有黏膜免疫功能的器官中表达量次之,在心脏和肝脏等非免疫器官中的表达量相对较低。说明试验获得了SPF大白猪不同器官中NLRC5基因的天然表达量,并且在免疫器官和具有黏膜器官中有较高的表达。     

SIRT3基因多态性与猪肉质性状的关联分析

为了探索SIRT3基因多态性与猪肉质性状的关联性,通过引物设计、PCR扩增、测序以及酶切分型,对SIRT3基因的突变位点进行检测和分析,确定了SIRT3基因的三种基因型,并将SIRT3基因的三种基因型与湘村黑猪、大围子猪的肉质性状进行了关联分析。结果表明:在猪SIRT3基因的第五外显子上存在一处A/G突变位点,形成AA、AG和GG三种基因型。进行猪SIRT3基因多态性分析可知,GG基因型频率和等位基因频率在两猪种中占有绝对优势,且在湘村黑猪中并未检测出AA基因型突变个体;进行猪SIRT3基因突变位点遗传多样性分析可知,湘村黑猪的多态信息含量(PIC)小于0.25,为低度多态,大围子猪的PIC含量在0.25～0.50之间,为中度多态。进行基因多态性与猪肉质性状的关联分析,在大围子猪24小时滴水损失、失水率和肌内脂肪含量三个性状中,AA基因型与AG、GG基因型相比差异显著(P0.05);而湘村黑猪仅有肌肉色值中的亮度值(L~*值)在各基因型之间存在显著性差异(P0.05),其余性状之间并不存在差异显著性(P0.05)。由此得出,SIRT3基因突变基因型可以提高猪肉品质,SIRT3基因可作为影响猪肉质性状的候选基因进行深入研究分析。     

猪FNDC5基因生物信息学分析及表达研究

本试验旨在扩增抗纤维连接蛋白Ⅲ型结构域蛋白5(Fibronectin Type Ⅲ Domain Containing Protein 5,FNDC 5)基因的编码序列(Coding Sequence,CDS),通过生物信息学软件分析FNDC5的特性,并分析该基因在晋汾白猪不同组织中的表达情况。选取1日龄晋汾白猪,以背最长肌cDNA为模板克隆FDNC5基因的CDS序列,利用生物信息学方法分析FNDC5的结构和功能,采用qRT-PCR检测FDNC5基因在晋汾白猪不同组织中的表达水平。结果表明,猪FDNC5基因的CDS序列有843bp,共编码280个氨基酸。生物信息学预测,FNDC5为亲水性蛋白,二级结构中α螺旋、β转角、延伸链和无规则卷曲分别占31.79%、4.64%、20.36%和43.21%。qRT-PCR结果显示,FDNC5基因在肌肉、肝脏和心脏中高表达,在其他组织中的表达量较少。本研究结果为进一步探讨猪FDNC5基因的功能提供了参考依据。     

6个猪种FUT1基因的多态性分析

α(1,2)岩藻糖转移酶基因1(α-1,2-Fucosyltransferase gene,FUT1)是可以调节大肠杆菌F18侵染猪小肠、并引起仔猪水肿和腹泻的一个抗性基因。采用PCR-SSCP方法,检测了FUT1基因在大白猪、长白猪、杜洛克、马身猪、山西黑猪、晋汾白猪6个猪种中的多态性。结果表明:在大白猪、长白猪和杜洛克这3个引进品种中,存在A、B、C 3种单倍型,A单倍型的平均分布频率为0.58;而在地方品种马身猪及其培育品种山西黑猪和晋汾白猪中只发现了单倍型A。经测序比对发现B单倍型第5位碱基发生了C→A的转换,第145个碱基处发生了T→C的突变;而单倍型C的第372位碱基A发生缺失。大白和杜洛克2个种群Hardy-Weinberg不平衡,FUT1基因在国外引进猪种大白、长白、杜洛克种群多态性丰富。     

不同日龄大白猪视黄酸β基因的表达研究

研究采用RT-PCR方法对大白猪的RARβ基因在1日龄、90日龄、180日龄、270日龄和360日龄的心脏、肝脏、胃、脾脏、肾脏、肺脏、大肠、小肠、肌肉、子宫、卵巢共11个组织中的表达情况进行了研究.结果表明:RARβ mRNA在大白猪的心脏、肾脏、大肠、子宫和卵巢中持续表达,其中大肠、子宫和卵巢持续高表达;在1日龄和360日龄所检的11个组织中均表达该基因,且表达量较高.     

MC4R基因遗传变异与猪生长性状的相关性分析

为了揭示猪生长性状分子辅助选择标记在不同群体中的遗传效应,本研究采用PCR-RFLP技术,在杜洛克猪、大白猪、长白猪和豫南黑猪群体中对生长性状相关候选基因MC4R的遗传多样性进行检测,并分析其与猪平均日增重、平均日采食量和料重比的相关性。本研究结果显示:MC4R的D298N变异位点在4个猪群中均存在多态性,其中G等位基因为优势等位基因;性状关联分析结果显示,在杜洛克猪群体中,GG基因型个体的平均日增重显著高于AA基因型(P0.05)、料重比显著低于AA基因型(P0.05);在长白猪群体和大白猪群体中GG基因型个体的平均日增重具有高于AA、AG基因型的趋势,料重比有低于AA、AG基因型,但均未达到显著水平(P0.05)。     

松辽黑猪和长白猪催乳素受体基因第10外显子多态性与繁殖性状的关联分析

试验旨在探讨催乳素受体(prolactin receptor,PRLR)基因遗传多态性及其与松辽黑猪、长白猪繁殖性状的关联性。采用PCR-RFLP方法对松辽黑猪和长白猪PRLR基因第10外显子进行了多态性检测,并运用最小二乘法分析各基因型对母猪繁殖性能的遗传效应。结果表明,两个猪种中都存在A、B 2个等位基因和AA、AB、BB 3种基因型,松辽黑猪和长白猪等位基因A的频率分别0.551和0.578,A为优势基因。两个猪种的AA基因型个体的断奶仔猪数、乳头数都显著高于其他两个基因型(P＜0.05),初产松辽黑猪AA基因型个体的TNB、NBA显著高于其他基因型(P＜0.05),对其他繁殖性状影响不显著,但呈现出AA＞AB＞BB的趋势。