基于ITS2条形码的人参属物种鉴定研究

人参属植物种类繁多,多数具有重要的生物学及药用价值。采用植物DNA条形码候选序列之一的ITS2片段鉴定人参属药用植物。结果表明,ITS2基因区通用性强,序列在人参属物种间差异较大,属内变异位点为41个,保守位点189个,种内遗传距离为0~0.004,种间遗传距离为0.006~0.098,平均遗传距离为0.044。基于K2P模型构建的系统发育树(NJ树)显示,同一物种均聚为一类。因此,ITS2作为DNA条形码能够有效地区别人参属物种,为人参属药材及其伪混品的鉴定提供基础。     

基于ITS序列的竹亚科植物分子鉴定研究

利用ITS序列对竹亚科13个属76个竹种进行DNA条形码分子鉴定.该研究提取慈竹属、刚竹属、箬竹属、唐竹属、矢竹属、大明竹属、赤竹属、巴山木竹属、倭竹属、短穗竹属、簕竹属、酸竹属及少穗竹属共13个属62个竹种DNA,对其内转录间隔区ITS序列进行PCR扩增和双向测序,所得序列与GenBank数据库下载的14条ITS序列共76个竹种序列用Clustal X软件比对,再利用MEGA6.06软件构建K2P距离法的NJ系统发育树.结果显示,种内遗传距离为0~3.907,平均遗传距离为0.370;种间遗传距离为0~4.394,平均遗传距离为2.287,种内遗传距离远小于种间遗传距离.ITS序列可用于竹类资源的物种鉴定研究.     

基于COI条形码的根口水母科Rhizostomatidae水母分子系统进化研究

为探讨DNA条形码基因COI序列在根口水母科Rhizostomatidae水母物种鉴定中的有效性,分析了根口水母科3属6种水母及口冠水母科1属1种共计265条线粒体COI基因同源序列,利用MEGA 3.0计算根口水母科种内与种间的遗传距离,并基于邻接法(Neibour-Joining,NJ)、最大似然法(Maximum Likelihood,ML)和贝叶斯法(Bayesian,BI)构建了其分子系统进化树。结果表明:4个属7种水母种类COI基因同源序列长度为482 bp,种间遗传距离为0.065~0.235,平均遗传距离为0.198,种内遗传距离为0~0.032,平均为0.006,其中种间平均遗传距离(0.198)显著大于种内平均遗传距离(0.006),种间遗传距离是种内遗传距离的33倍;根口水母科水母种间遗传距离均大于Hebert推荐区分物种的最小种间遗传距离(0.02);采用NJ法、ML法和BI法构建的分子系统树拓扑结构基本一致,同一物种不同个体间均能聚成独立的单系群,表明COI基因可作为根口水母科水母种类准确鉴定的有效条形码基因;系统进化树显示,海蜇属为单系群,系统进化分析结果与形态分类学的观点并不十分一致。研究表明,COI基因序列在根口水母科不同阶元间变异较大,适合于根口水母科水母种类鉴定及群体水平的分子标记。     

两面针与混伪品及近缘种DNA条形码鉴定研究

[目的]探讨DNA条形码技术对两面针真伪鉴定的可行性,为两面针种质资源的鉴定提供参考.[方法]对两面针及其常见混伪品和同属近缘种（10种31份样品）进行DNA提取、PCR扩增和双向测序,所得序列经CodonCodeAligner软件处理和人工校对,采用TaxonGap法比较rbcL、trnH-psbA和ITS2等3条序列的物种鉴定力大小;选择适用条形码在不同物种样品范围内进行分析,检查种内种间距离变化情况.[结果]ITS2和tmH-psbA两条序列对10个试验物种的鉴定效率均为100.0％,rbcL在实验物种范围内不存在最小种间遗传距离;ITS2序列在样品鉴定范围由12个物种33个数据扩大为33个物种132个数据时,鉴定成功率从100.0％下降至84.8％,种内变异大于种间变异的比例由71.4％上升至90.1％.[结论]ITS2和trn H-psbA序列可作为两面针真伪鉴定的标准条形码,实际应用中应注意确定物种鉴定样品数及种内充分取样.     

荨麻科植物DNA条形码的筛选

[目的]评价不同DNA条形码候选序列对荨麻科植物的鉴别能力,为荨麻科植物鉴定提供参考.[方法]使用ITS、matK、rbcL和psbA-trnH绪列的通用引物对荨麻科植物进行PCR扩增和测序,比较各序列的扩增效率、测序成功率,分析获得序列的碱基组成及变异,比较种间和种内变异的差异,并对条形码间距进行评估.[结果]psbA-trnh序列在荨麻科植物13个种30个样品中的扩增成功率最高(100.0%).psbA-trnH的有效序列获得率最高,为95.4%,ITS为92.3%,rbcL为90.1%,matK为零.ITS序列种间遗传距离范围为0~0.508,psbA-trnH序列为0~0.522,rbcL序列为0~0.532.ITS序列在种间、种内的差异变异及条形码间距较rbcL与psbA-trnH具有更明显的优势.ITS序列构建的系统发育树中不同物种形成单系分支的百分比最高,其次为psbA-trnH、rbcL序列.聚类结果表明,MP法的聚类效果最好,其次为UPGMA法、ML法,NJ法最不理想.[结论]荨麻科植物种间变异明显大于种内变异,DNA条形码适用于荨麻科植物种水平上的鉴定;3个候选序列中无任何一个序列可完全鉴别出不同种类的荨麻科植物,ITS、rbcL与psbA-trnH可作为鉴别荨麻科植物的DNA条形码序列组合.     

基于ITS2条形码序列鉴定中药材续断及其混伪品

【目的】利用ITS2序列对中药材续断及其混伪品进行DNA条形码鉴定,从而确保用药安全。【方法】对续断及其混伪品ITS2进行扩增并双向测序,经CodonCode Aligner V3.7.1拼接比对后,用MEGA 5.0计算种内种间K2P遗传距离,并构建NJ系统聚类树进行鉴定分析。【结果】续断药材ITS2序列比对后长度为218bp;种内K2P遗传距离分布于0~0.009 4,种间K2P遗传距离分布于0.033~0.188 2,NJ树显示续断药材及混伪品可明显区分,表现较好的单系性。【结论】ITS2序列作为DNA条形码能准确鉴别续断药材。     

基于ITS序列对辛夷及其混伪品种的鉴别

为准确鉴别中药材辛夷及其混伪品,应用ITS序列作为DNA条形码可用来区分辛夷及其混伪品的基源植物。选用了21条ITS序列,经比对后用MEGA 5.0计算种间的K2P距离并基于该距离建立了NJ系统进化树。结果表明种间最小的K2P距离(0.003)大于种内最大的K2P距离(0.002)。系统发育NJ树显示这几个物种可明显分开,辛夷玉兰与望春玉兰、黄山木兰的亲缘关系最近,其中二乔玉兰与荷花玉兰种内发生了变异,表明ITS序列可作为区分辛夷和其常见近缘种混伪品荷花玉兰、景宁玉兰等的参考DNA条形码。     

基于ITS序列对辛夷及其混伪品种的鉴别

为准确鉴别中药材辛夷及其混伪品,应用ITS序列作为DNA条形码可用来区分辛夷及其混伪品的基源植物。选用了21条ITS序列,经比对后用MEGA 5.0计算种间的K2P距离并基于该距离建立了NJ系统进化树。结果表明种间最小的K2P距离(0.003)大于种内最大的K2P距离(0.002)。系统发育NJ树显示这几个物种可明显分开,辛夷玉兰与望春玉兰、黄山木兰的亲缘关系最近,其中二乔玉兰与荷花玉兰种内发生了变异,表明ITS序列可作为区分辛夷和其常见近缘种混伪品荷花玉兰、景宁玉兰等的参考DNA条形码。     

龙胆属6种药用植物的ITS2序列分析

本试验采用ITS2序列进行龙胆属6种药用植物的亲缘关系分析。通过测定粗糙龙胆(Gentiana scabra)、三花龙胆(G.triflora)和条叶龙胆(G.manshurica)的ITS2序列,同时从Gen Bank下载包括滇龙胆(G.rigescens)、秦艽(G.macrophylla)和麻花艽(G.straminea)3种药用植物在内的27个样本ITS2序列,采用Clustal X、Gene Doc和MEGA 5.0软件比较分析龙胆属6种药用植物的ITS2序列特征,进而用MP、ML和NJ法分别构建了龙胆属植物的分子进化树。结果显示,龙胆属6种药用植物(包括粗糙龙胆、三花龙胆、条叶龙胆、滇龙胆、秦艽和麻花艽)的ITS2序列共有187个保守位点和39个变异位点,粗糙龙胆、三花龙胆、条叶龙胆、滇龙胆的ITS2序列GC含量较高,分别为60.2%、60.6%、60.6%和60.0%;而秦艽和麻花艽的GC含量较低,分别为58.2%和56.3%。龙胆属6种药用植物中粗糙龙胆、三花龙胆和条叶龙胆3个物种间遗传距离较近,尤其是粗糙龙胆和条叶龙胆之间仅为0.005;滇龙胆和麻花艽间的遗传距离最远(0.117)。亲缘关系分析显示,龙胆草组物种(粗糙龙胆、三花龙胆和条叶龙胆)和秦艽组物种(秦艽、麻花艽)表现出更近的亲缘关系;滇龙胆和其他5种药用植物(粗糙龙胆、三花龙胆、条叶龙胆、滇龙胆、秦艽和麻花艽)间的亲缘关系则较远。ITS2序列可以作为进行龙胆属6种药用植物亲缘关系分析的依据。     

刺猬紫檀木材DNA条形码鉴定研究

该文以采自不同产地的刺猬紫檀木材为研究对象,提取并扩增核ITS2、叶绿体mat K基因及叶绿体基因间隔序列ndhF-rpl32,采用BLAST和NJ树法评价不同DNA条形码候选序列的鉴定能力。结果表明,ITS2序列具有最高的扩增和测序效率,ITS2序列的平均种间遗传距离也明显高于种内遗传距离。ITS2序列可以将刺猬紫檀木材与其他同属近缘紫檀属树种木材区分开来。