5省裂叶荆芥18SrDNA全序列测定与系统发育分析

采用PCR法从5省栽培裂叶荆芥种子DNA中扩增18S rDNA全序列并测序,采用DNASTAR软件对5省裂叶荆芥进行遗传距离分析;采用ClustalX及MEGA软件进行系统发育分析,NJ法绘制系统发育树.研究结果表明,裂叶荆芥18S rDNA全序列长1807 bp,5省裂叶荆芥18S rDNA序列一致性达100％.河北裂叶荆芥18S rDNA序列GenBank登录号为JN802671.系统发育树显示,5省裂叶荆芥18S rDNA序列形成单系群.首次获得国内5省裂叶荆芥18S rDNA全序列,一致性及系统发育分析显示5省裂叶荆芥为同一个品种.     

亚洲玉米螟核糖体18S rRNA基因的序列分析及分子系统学研究

从鳞翅目亚洲玉米螟(Ostriniafunacalis(Guen6e))3龄幼虫提取基因组DNA.通过PCR扩增和测序,获得其核糖体小亚基18S rRNA基因(18S rDNA)的序列,利用ClustalW与六足总纲中22个目(纲)昆虫的18S rRNA基因序列进行多重联配.结果表明.昆虫18S rRNA有4段序列较为保守,其中第2区段最为保守.分别用全长序列和第2保守区段构建分子系统发育树,结果显示:保守区段构建的系统发育关系比较符合传统分类,所列各目(纲)中毛翅目与鳞翅目亲缘关系最近,昆虫纲中的衣鱼目、蜉蝣目、蜻蜓目与弹尾纲、双尾纲、原尾纲距离较近,属于比较古老的昆虫类群.     

肠艾美耳球虫河北株18S rDNA部分序列测定及系统发育分析

从河北某兔场单卵囊分离肠艾美耳球虫并接种无球虫兔进行增殖,CTAB法提取肠艾美耳球虫卵囊基因组DNA.利用艾美耳属球虫18S rDNA保守引物,PCR扩增肠艾美耳球虫18S rDNA片段,产物纯化后测序.测得的序列用DNAstar软件分析并与GenBank公布的11种兔球虫(EF694007-EF694017)的相应序列进行同源性分析,并绘制系统进化树.结果表明,扩增出的18S rDNA片段大小为1 521 bp.序列分析显示,肠艾美耳球虫河北株18S rDNA与GenBank公布的11种兔球虫相应序列同源性为92.6%～99.9%,肠艾美耳球虫河北株与国外肠艾美耳球虫(EF694012)18S rDNA相似性达99.9%.系统发育进化树显示,肠艾美耳球虫河北株与肠艾美耳球虫(EF694012)亲缘关系最近.     

压砂甜瓜白粉病病原菌18S rDNA序列分析

[目的]测定并分析压砂甜瓜白粉病病原菌的18S rDNA序列。[方法]从宁夏中部干旱带压砂甜瓜主栽品种＂玉金香＂发病植株上分离白粉病病原菌,采用Chelex-100法从其分生孢子中提取基因组DNA,PCR扩增18S rDNA序列,测序后进行Blast分析比对,并构建系统发育树。[结果]18S rDNA序列分析表明压砂甜瓜白粉病病原菌属单囊壳属（Podosphaera）。[结论]为生物防治压砂甜瓜白粉病和抗白粉病育种研究提供了参考。     

软枣猕猴桃内生真菌的分离纯化及分子鉴定

以软枣猕猴桃(Actinidia arguta)枝条为试验原料,采用内生真菌三步消毒法(乙醇-次氯酸钠-升汞)对样品进行表面消毒,从软枣猕猴桃枝条组织分离出一株内生真菌菌株,命名为Y1,对Y1进行核糖体18S rDNA克隆测定,获得长度为1 020 bp的18S rDNA序列,在NCBI数据库上进行同源性比对,构建18S rDNA系统发育树,并进行系统发育分析,鉴定该菌为子囊菌(Sac fungi)。     

柑橘黄龙病病原菌的鉴定及16S rDNA序列分析

采用Nested-PCR技术检测顺昌果园红心柚树中柑橘黄龙病病原的携带情况,通过黄龙病病原菌16S rDNA测序和构建系统发育树比较不同类型柑橘黄龙病原菌之间的进化关系,采用特异引物扩增16S rDNA片段鉴别不同黄龙病病原菌,结合限制性内切酶酶切确定该红心柚园黄龙病病原的类型,并分析不同类型柑橘黄龙病病原16S rDNA序列差异性.结果表明:所取的12株红心柚树叶片样品中有7株树的叶片中检测出黄龙病病原,黄龙病病原的阳性检出率为58.33％,其中4个为显性性状,3个为隐性性状.柑橘黄龙病病原菌16SrDNA进化分析及限制性内切酶XbaI酶切结果表明,顺昌柑橘黄龙病病原菌属于亚洲型.不同类型柑橘黄龙病病原菌16S rDNA的序列差异性分析表明,亚洲种与非洲种的差异性为2.75％,非洲种与美洲种的差异性为3.90％,亚洲种与美洲种的差异性为3.44％.     

米氏凯伦藻18S rDNA和转录间隔区序列分析

对赤潮多发藻米氏凯伦藻(Karenia mikimotoi)核糖体18S rDNA及其转录间隔(ITS) 区序列PCR扩增并测序,获得18S rDNA和ITS基因序列长度分别为1 690 bp和654 bp.结合12种甲藻和1种硅藻作序列比较分析,分别在ITS1、ITS2序列寻找到适宜设计特异性引物探针区域,并用邻接法构建系统进化树,研究各藻种间亲缘关系.遗传距离分析结果显示米氏凯伦藻与短凯伦藻(Karena brevis)、微小卡罗藻(Karlodinium micrum )等分类学上较近的藻种18S rDNA序列相似度为97%～99%,远大于微小原甲藻(Prorocentrum minimum)、海洋原甲藻(P.micans)、塔玛亚历山大藻(Alexandrium tamarense)等在分类学上相距较远的藻种,各藻种间的ITS序列平均相似度明显低于18S rDNA序列.以18S rDNA与ITS序列构建的进化树拓扑结构相一致,18S rDNA序列相对保守,适合进行属以上关系的系统进化分析,而ITS序列变异较大,适合种属间鉴别分析,且ITS1和ITS2是变异很大的区域,适合种间的分子特异性鉴定,这为快速鉴别赤潮多发藻米氏凯伦藻提供了依据,进而为治理赤潮提供帮助.     

毒麦属6个种的rDNA ITS序列测定及分析

提取毒麦属6个种的样品DNA,分别采用PCR产物直接测序和克隆测序2种方法,对毒麦属6个种rDNA的ITS区(包括ITS-1,5.8 S rDNA和ITS-2)进行序列测定.结果表明,毒麦属植物ITS序列总长度约为647 bp,其中ITS-1,5.8 S rDNA和ITS-2分别有16、7和7个变异位点.采用NJ法建立的系统发育树与形态学分类基本相符.     

核rDNA ITS分子标记在兰科植物研究中的应用

在植物基因组中核rDNA是高度重复的串联序列,其中18S rDNA与5.8S、26S rDNA共同构成一个转录单位。ITS(基因内转录间隔区)分布在18S-5.8S-26S区域,该区域包括3个部分:ITS1和ITS2以及位于它们之间高度保守的5.8S rDNA外显子区。兰科(Or-chidaceae)是单子叶植物中的第一大科,进化程度较高。文中介绍了ITS序列的结构特点,重点对ITS序列在兰科植物近缘种亲缘关系鉴定、系统进化及分子系统地理学研究中的应用及前景进行了综述。     

黄姑鱼源溶藻弧菌的分离鉴定

2013年8月,罗源湾鸟屿海区网箱养殖黄姑鱼发生死亡事件。病鱼体表无明显异常,肝脏有点状出血,肾、脾略微重大,胃肿大明显,肠空。采用生理生化指标鉴定及16S rDNA系列同源性分析和系统发育树构建等方法,对从病鱼脾脏分离获得的优势菌株进行了鉴定。其生理生化指标符合溶藻弧菌特点,GenBank中同源序列比对结果显示,该菌与溶藻弧菌的16S rDNA序列同源性高达99.0%,系统进化树中与溶藻弧菌自然聚为一支。药敏实验结果表明:该菌对恩诺沙星等5种抗生素敏感。