一品红亚属杂草DNA条形码的筛选研究

为筛选可用于一品红亚属植物鉴定的DNA条形码序列,通过比较ITS、ITS2、trn H-psb A、rbc L、ndh F的种内和种间变异,进行Barcoding gap检验和鉴定成功率分析。结果表明:ITS、ITS2和trn H-psb A的种内种间变异数据显示明显好于rbc L、ndh F。在Barcoding gap检验和鉴定效率分析方面,trn H-psb A明显好于其他4个区域,但该区域也存在一些明显的缺点。而ITS2与ndh F的组合序列,明显好于其单条序列,有望成为一品红亚属植物DNA条形码序列。     

火蚁属部分种类DNA条码技术研究初探

选取火蚁属(Solenopsis)部分重要种类——红火蚁、黑火蚁、热带火蚁与巴西火蚁等22个种群为研究对象,以COI基因片段作为分子标记,扩增了部分种类的目标片段。结合GenBank上发表的火蚁属种类的序列信息,应用序列比对与构建系统树等生物系统学的研究方法,重建了火蚁属部分种类的系统发育关系。邻接系统发育树(Neighbor-Joining tree)分析结果表明,COI基因片段适合作为火蚁属种类鉴定的条码基因。     

明孢盘菌属分类进展及其重要的病原菌种类

明孢盘菌属(Neofabraea)中很多种类是重要的植物病原菌。该属真菌分类历史较为复杂,系统发育关系也长期存在较大的争议。本文对明孢盘菌属的分类学研究历史做了系统回顾,包括属的建立、物种组成及其命名更替和系统发育,概述了该属重要的植物病原菌种类地理分布和经济为害性,讨论了该属真菌物种的传统分类方法及分子研究方法,指出了存在的问题及今后的研究方向。     

北京市湿地入侵植物群落与本地植物群落的生物多样性比较

为明确外来入侵植物对本地湿地植物多样性的影响，在北京市湿地选择23个样地共245个样方进行物种多样性调查，并从不同植物性状数据库获取样方中所有植物的株高、叶长、叶宽、叶面积和比叶面积等10个功能性状数据，对比分析入侵群落与本地群落的物种多样性、系统发育多样性和功能多样性特征。结果显示，在北京市湿地共记录到26种外来入侵草本植物，隶属10科19属，其中，菊科外来入侵植物种类最多，有10种。除比叶面积、叶片碳含量和株高的系统发育信号显著外，其余7种植物功能性状的系统发育信号均不显著，表明大多数功能性状未表现出系统发育保守性。入侵群落所有物种的物种多样性指标Shannon-Wiener多样性指数、物种丰富度指数和Simpson优势度指数以及系统发育多样性指标谱系多样性和平均最近谱系发育距离均显著高于本地群落和入侵群落本地物种，而入侵群落本地物种的功能分散指数和Rao''Q二次熵指数均显著高于本地群落，表明外来物种入侵改变了湿地植物的生物多样性，且外来物种入侵后群落谱系多样性趋于发散，说明与本地植物亲缘关系越远的入侵物种越容易在湿地群落中建立种群，符合达尔文归化假说。     

干旱半干旱地区蓼科4属植物的系统发育关系研究

提取蓼科木蓼属（Atraphaxis）、沙拐枣属（Calligonum）、翅果蓼属（Parapteropyrum）和双翅果蓼属（Pteropy-rum）蓼科4属植物的总DNA,通过聚合酶链式反应（PCR）,扩增其叶绿体基因片段atpB-rbcL。atpB-rbcL基因间区长约900 bp,已被广泛应用于属间系统发育关系...     

新疆十字花科短命植物系统发育关系及分化时间

利用核[WTBX]ITS、叶绿体trnL F（含trnL内含子和trnL trnF间隔区）[WTBZ]DNA序列,研究分布在新疆的十字花科短命植物的系统发育关系,探讨本区十字花科短命植物与非短命植物之间的系统关系,并利用分子钟原理,估算短命植物的分化时间。主要研究结果如下：短命植物不是单系群,而是聚为多个分支,镶嵌在非短命植物类群中;短命植物分支（属/种）分别与分类学上相近的非短命植物分类单位（近缘属/同属物种）具有很近的系统发育关系,说明短命植物并非单一起源,其分化和发育并未超越属种的演化关系。十字花科短命植物的亲缘关系：涩荠属、丝叶芥属、鸟头荠属、念珠芥属、四齿芥属、绵果荠属、棒果芥属和紫罗兰属亲缘关系较近;离子芥属、脱喙荠属和异果芥属具有较近的亲缘关系;舟果荠属、菘蓝属、厚翅荠属3个属的物种嵌合在一起,并与线果芥属的关系较近;四棱荠属和螺喙荠属系统发育关系很近;庭荠属、独行菜属、高河菜属的短命植物均与同属的物种聚在一起,高河菜属与四棱荠属、螺喙荠属的关系较近。计算表明,涩荠属短命植物的分化时间大致在14~6 Ma,即中新世中期至晚期,要早于第三纪末第四纪初的结论。短命植物在这个时间段的分化可能与期间青藏高原的不断隆起密切相关,青藏高原的隆起导致亚洲内陆气候的干旱化以及干旱、半干旱区逐渐形成,促进了短命植物在新疆的进化和发育。     

基于ITS和trnL-F序列鉴定边陲黄耆为独立的物种

乌拉特黄耆(Astragalus hoantchy Franch.)、边陲黄耆(A.dshimensis Gontsh.)和A.coluteocarpus Bioss.为形态上相似的3个近缘物种。为了明确它们之间的分子亲缘关系,探讨分子证据是否支持边陲黄耆为一个独立的物种,测定了这3个物种共33个样本的ITS和trn L-F序列。基于ITS+trn L-F联合序列,运用Mega 6.06软件计算了种内和种间的遗传距离,并利用Mega 6.06和Mr Bayes 3.2软件分别构建了最大似然(ML)树和贝叶斯(BI)树。结果显示:乌拉特黄耆、边陲黄耆和A.coluteocarpus Bioss.的种内平均遗传距离分别为0.000、0.001和0.003;乌拉特黄耆和边陲黄耆之间平均遗传距离为0.010,而这2个物种与A.coluteocarpus Bioss.之间的平均遗传距离分别为0.015和0.016;乌拉特黄耆和边陲黄耆种间的平均遗传距离远大于其物种内的遗传距离;ML树和BI树具有相似的拓扑结构,均分成了3个分支,其中每个物种的所有个体都聚集在一个单独的分支上且不存在种间交叉现象。本研究揭示了这3个近缘物种的分子亲缘关系,分子证据说明边陲黄耆应该是一个独立的种。     

秆野螟属(Ostrinia)系统进化与分类研究进展

秆野螟属(Ostrinia)昆虫全球分布20种,寄主广泛,在农业生产中具有重要的经济意义。由于该属地理分布广泛,形态特征复杂,寄主和生态区重叠严重,秆野螟属系统发育研究还存在很多问题尚未解决。本文综合中国秆野螟属分类概况,对目前应用于秆野螟属系统发育研究的各种性状,包括形态特征、性信息素(生殖隔离)以及分子水平的研究进展作了阐述,并针对秆野螟属研究内容的复杂性及其研究现状,提出了相关对策。     

trnH-psbA序列作为DNA条形码在苍耳属杂草鉴定中的应用

以trn H-psb A序列作为DNA条形码,对从国外截获的9种苍耳属杂草及1种国内苍耳进行物种鉴定研究。采用DNeasy Plant Mini Kit试剂盒进行总DNA的提取,应用通用引物对其trn H-psb A基因进行PCR扩增,测序得到10种苍耳属杂草的trn H-psb A序列,并利用MEGA 7.0软件进行比对分析构建系统进化树。结果显示:苍耳属杂草trn H-psb A基因序列共有543个位点,其中有53个变异位点,31个变异信息位点,22个单突变位点,30个碱基缺失;种间遗传距离为0~0.093,种内无遗传差异;进化树显示10个苍耳物种均处于独立分支,能够利用该条形码对苍耳属杂草进行区分鉴定。     

系统发育和植物功能性状对新疆木本植物开花物候变化的影响

为揭示系统发育和植物功能性状对新疆木本植物开花物候的影响,以新疆乌鲁木齐、伊宁和喀什三地典型植物园或公园的木本植物为研究对象,利用系统发育信号值和系统发育广义最小二乘模型（Phylogenetic Generalized Least Squares, PGLS）,探究开花物候分布特征、谱系保守性以及功能性状的贡献率。结果表明：（1）新疆木本植物开花期集中在3月31日至4月20日,持续时间为（13.03±0.38）d。乔木、肉质果、彩色花和风媒植物分别比灌木、非肉质果、非彩色花和虫媒植物的开花早。（2）亲缘关系越近的物种开花物候特征越相似,系统发育信号值Pagel’sλ为0.67～0.74。（3）果实类型、花色和传粉方式与开花物候最相关,解释度为17.4%～31.6%。本研究证明系统发育和植物功能性状均能影响新疆木本植物开花物候,研究结果对阐明干旱区生物多样性维持机制和虫植关系具有重要意义。     

长白山植物群落谱系结构及环境因子对其的影响

以往在长白山植物群落生态学的研究中极少考虑物种间的亲缘关系。由物种亲缘关系所度量的群落谱系结构可以反映进化与生态过程对群落结构的影响,因而可以从全新的角度来了解群落构建的成因。文中研究以长白山76块样地为基础,分析了群落的谱系结构以及环境因子对其所造成的影响,结果显示:各样地、各群落类型均表现出一定的谱系结构,表明长白山植物群落构建过程主要是受生态位机制的作用;海拔、林分郁闭度、坡度及土壤腐殖质厚度与谱系结构存在显著的相关性。进一步将群落谱系结构结合环境因子的分布状态进行分析可以推测,环境压力作为生境过滤的形式是高山苔原以及岳桦林群落构建的最主要驱动力;干扰与环境压力对低海拔阔叶林群落构建起到重要作用;环境压力的缺失使得竞争作用放大,这成为决定阔叶红松林群落结构的主要方面。     

Molecular analysis suggests that recent <Emphasis Type="Italic">Citrus tristeza virus</Emphasis> outbreaks in Italy were originated by at least two independent introductions

Citrus tristeza virus (CTV) is the causal agent of the most important virus disease of citrus. Numerous CTV isolates differing in biological and molecular characteristics have been reported worldwide. Recently, CTV was detected in Italy in several citrus crops from three separate areas: (1) Cassibile, province of Syracuse; (2) Massafra, province of Taranto; and (3) Belpasso, province of Catania. CTV isolates from Massafra and Cassibile were mild, whereas isolates from Belpasso induced severe symptoms. To study the genetic variation of CTV populations of these areas, 150 samples per area were examined by single strand conformation polymorphism (SSCP) and nucleotide sequence analysis of CTV gene p20. All isolates from the same area showed the same SSCP pattern whereas for each area a different SSCP pattern was obtained. The Massafra and the Cassibile isolates had a nucleotide identity higher than 99% with a mild isolate from Spain and about 92% with the Belpasso isolates, which were similar (identity higher than 99%) to severe isolates from California and Japan. These results suggest at least two independent introductions of CTV in Italy, probably by import of CTV-infected budwoods. Within each area, the virus population was homogeneous suggesting diffusion of CTV by aphid transmission. The GenBank accession numbers of the sequences reported in this paper are: AY262000, AY263360 and AY263361 corresponding to gene p20 of CTV isolates from Massafra, Cassibile and Belpasso (Italy), respectively.     

假高粱及其近似种rDNA ITS序列同源性分析

根据高粱属核糖体基因转录间隔区(ITS)序列设计通用引物S9/S3,分别扩增了假高粱及其几个近似种的ITS区段,并对PCR产物进行了序列测定和分析.扩增的序列长度为559～564bp.序列分析的结果表明S. halepense、 S. silk、 S. vulgare×S. sudanense、 S. vulgare、高粱S. bicolor等属于同一聚类组,亲缘关系比较近,同源性为97.9%～100%.S. nitidum和S. versicolor属于另一个聚类组,亲缘关系比较近,同源性为97.7%.S. halepense和S. nitidum、S. versicolor ITS区序列差异大,亲缘关系较远,同源性仅为90.3%.序列分析结果支持S. nitidum属于Parasorghum区组.     

Identification and characterization of Colletotrichum species associated with anthracnose disease of banana

Banana (Musa spp.) is one of the five most abundantly produced fruits in the world and is widely planted in tropical and subtropical areas. Banana anthracnose is one of the main diseases during the growth and postharvest storage period of banana, seriously affecting quality and production. In this study, 24 samples of banana anthracnose were collected near the cities Nanning, Qinzhou, Baise, and Chongzuo in Guangxi Province, China. Based on colony features, conidial and appressorial morphology, and sequence analysis of several genomic regions (internal transcribed spacer [ITS] region, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase [GAPDH], actin [ACT], β-tubulin [TUB2], chitin synthase [CHS-1], calmodulin [CAL], and the intergenic region of apn2 and MAT1-2-1 [ApMAT]), the 32 Colletotrichum isolates obtained were identified as five species: C. fructicola (41%), C. cliviicola (28%), C. siamense (16%), C. karstii (9%), and C. musae (6%). A conidial suspension (10⁶ spores/ml) was used to inoculate banana seedlings for pathogenicity tests by applying 20 μl to wound sites. Lesions caused by C. musae developed most rapidly while those of C. karstii took the longest time to develop. This is the first report of C. siamense, and C. karstii associated with banana anthracnose in China, and the first report of C. fructicola and C. cliviicola associated with banana anthracnose worldwide.     

紫花苜蓿丛枝病植原体的分子检测及鉴定

 利用植原体16S rRNA基因通用引物对云南昆明发生的苜蓿丛枝病感病植株总DNA进行巢式PCR扩增,得到1.2kb的特异片段,从分子水平证实了苜蓿丛枝病的病原是植原体。从PCR产物的RFLP酶切图谱可看出,该植原体株系的酶切图谱与马里兰翠菊黄化植原体(AY1)相同。对扩增片段进行克隆及序列测定后,利用最小进化法做Bootstrap验证的系统进化树,表明苜蓿丛枝病植原体为Candidatus Phytoplasma asteris成员之一,与植原体16SrI-B亚组成员关系密切。     

基于Histone H3、EF-1α和β-tubulin基因部分序列的芒果畸形病菌鉴定与系统发育研究

<正>芒果畸形病是芒果生产中重要的病害之一,主要表现为花畸形和芽畸形,受害果园常因畸形花絮无法挂果而造成减产,我国攀西地区的部分果园株发病率高达100%,给当地的芒果产业带来严重经济损失。该病自1891年首次在印度发现后,陆续在世界芒果产区发生危害~([1])。引起芒果畸形病的病原菌有Fusarium mangiferae、F.mexicanum、     

螨类核酸分子系统学研究概况

本文从研究对象、方法、内容等方面概述了近年来螨类,尤其是粉螨科、叶螨科等种类核酸分子系统学研究进展情况。     

辣椒轻斑驳病毒凤城分离物的鉴定、全基因测序及系统进化分析

辣椒轻斑驳病毒Pepper mild mottle virus(PMMoV)属于烟草花叶病毒属,是辣椒上重要的病原病毒之一,近年来PMMoV对辽宁部分辣椒产区造成严重危害。本文采用DAS-ELISA检测以及RT-PCR的方法首次从辽宁省凤城市蔬菜产区辣椒病叶中检测出PMMoV,暂命名为PMMoV-FC。设计3对特异性引物对其进行扩增并测序后得到该病毒分离物全基因序列。将PMMoV-FC的全基因序列与已报道的国内外9个PMMoV分离物进行同源性分析,结果表明,其同源性介于94.3%~99.7%之间。基于全基因序列的系统发育进化分析表明,PMMoV-FC与国内分离物、日本分离物以及美洲分离物亲缘关系密切,而与韩国和西班牙分离物亲缘关系稍远。鉴于该病毒在辣椒上造成的严重危害,对于PMMoV-FC在辽宁地区的发生以及防治仍需进行更为详细的研究。     

湖北省棉花主产区烟粉虱生物型分布及系统发育分析

［目的］ 明确武汉、荆州、孝感、随州、武穴5个棉花主产区烟粉虱生物型组成。［方法］ 通过以线粒体细胞色素氧化酶I（mitochondrial cytochrome oxidase I, mtCOI）为基础的PCR RFLP和基因测序的方法,鉴定湖北5个棉花主产区烟粉虱地理种群的生物型组成,并分析5个地理种群与其他省种群的系统发育关系。［结果］ Q型烟粉虱为湖北省棉花主产区的优势种群,而武汉温室种群则均为B型烟粉虱,土著生物型ZHJ1型在大田中略有分布;系统发育分析表明,湖北省棉花主产区B型和Q型烟粉虱种群均与中国其他多个省的烟粉虱种群亲缘关系较近。［结论］ 本文研究结果可以为湖北省5个棉花主产区烟粉虱的有效防治提供参考。