李属坏死环斑病毒（PNRSV）RT-LAMP检测方法的建立

针对李属坏死环斑病毒（PNRSV）外壳蛋白（CP）基因保守序列,设计了1套特异性识别CP基因中6个不同区段的环介导等温扩增（LAMP）引物。通过对反应条件的优化,建立了适用于PNRSV的RT-LAMP检测技术,对优化后的方法进行特异性、灵敏度评价。结果显示,此方法能够特异性的检测出PNRSV,对马铃薯X病毒（PVX）、马铃薯Y病毒（PVY）、黄瓜花叶病毒（CMV）、蚕豆萎蔫病毒（BBWV）的检测均为阴性,灵敏度高于RT-PCR 10倍。     

应用RT-PCR检测歇马杏李属坏死环斑病毒

利用作者已建立的PNRSV RT-PCR检测体系对辽宁省大连市地方特产歇马杏田间植株携带PNRSV的情况进行了调查,结果表明被检植株PNRSV的感染率达83.33%,但带毒程度不同。     

PNRSV RT-PCR检测体系的建立与应用

以指示植物GF305和田间果树为试材,建立并优化了特异性强、灵敏度高、成本低的李属坏死环斑病毒(PNRSV)RT-PCR检测体系,使用该优化体系对樱桃树、桃树和杏树中携带PNRSV的情况进行了调查。结果表明,被检材料的李属坏死环斑病毒(PNRSV)感染率均较高,但程度不同。     

首个核果类果树病毒RT-PCR检测试剂盒的研制与应用

以带毒(阳性)和非带毒(阴性)的GF305为试材,利用已建立的总RNA提取方法提取试材中的总RNA,根据3种病毒(ACLSV、PNRSV和PDV)外壳蛋白基因序列设计寡核苷酸引物,采用RT-PCR技术研制3种病毒检测试剂盒,以达到最优化检测.并应用该试剂盒对果园中存在的病毒进行检测.结果显示,该试剂盒检测病毒速度快(6～7h)、灵敏度高(较ELISA法高8 000倍)、专一性强、检测成本较低,是一种有推广价值的核果类果树病毒检测方法.该试剂盒已申报了国家发明专利,初步审查合格.     

Studies on Prunus Necrotic Ringspot Virus （PNRSV） Occurring on Lily

This study was to molecular identify Prunus necrotic ringspot virus （PNRSV） occurring on lily. Lily corms were randomly selected and grown in the greenhouse. The total RNAs were extracted from younger leaves, and partial amplification of the CP gene was performed by RT-PCR with primer pairs specific for PNRSV. An expected cDNA fragment of about 450 bp was amplified from lily, cloned into pGEM-T-easy vector, sequenced, and shared 84.5-99.1% homology with the 27 PNRSV isolates reported previously at the nucleotide level, indicating that lily is a new natural host of PNRSV.     

李属坏死环斑病毒扬州分离物CP基因的原核表达及抗血清制备

李属坏死环斑病毒(prunus necrotic ringspot virus, PNRSV)严重危害蔷薇科植物,在世界范围内普遍分布。为建立快速有效的PNRSV检测方法,依据PNRSV CP基因序列设计引物,并从桃叶片上扩增PNRSV-CP片段,将双酶切产物插入原核表达载体pET28a中,获得重组质粒pET28a-CP^PNRSV,转化大肠埃希菌Rosetta菌株,IPTG诱导重组蛋白表达。SDS-PAGE电泳检测显示,在分子量约25 ku处有蛋白质条带,符合预期大小。镍柱亲和纯化PNRSV CP蛋白,以其纯化蛋白质免疫健康新西兰白兔,制备多克隆抗血清。Western blot、ELISA、Dot blot检测结果显示,制备的抗血清能检测到PNRSV CP基因在感病植物叶片中表达,而在健康植株中未检测到;制备的抗血清滴度稀释至1∶64 000时,仍能与纯化蛋白质发生特异性反应。综上,制备的PNRSV抗血清特异性强、效价高,可用于PNRSV的快速检测。     

樱桃病毒PNRSV、CGRMV、PDV多重RT-PCR检测方法的建立与应用

采用多重RT-PCR方法,建立可同时检测李属坏死环斑病毒(Prunus necrotic ring spot virus,简称PNRSV)、李矮缩病毒(Prune dwarf virus,简称PDV)、樱桃绿环斑驳病毒(Cherry green ring mottle virus,简称CGRMV)的方法。根据GenBank中PNRSV、PDV、CGRMV的保守基因序列设计特异性引物,并对多重RT-PCR的退火温度、循环数、灵敏度、特异性、dNTPs浓度等因素进行优化,建立能同时检测3种樱桃病毒的多重RT-PCR方法。该方法能同时扩增出PNRSV(675 bp)、CGRMV(363 bp)、PDV(304 bp)特异片段,扩增产物大小与预期相符。测序结果表明,3种病毒的序列与相应参考序列相似性达90%以上。多重RT-PCR反应条件优化结果显示,在退火温度为58℃、35个循环条件下,效果均较为理想;dNTP的浓度对试验结果影响不大,最适的浓度为0.6 mmol/L;灵敏度分析结果显示,最低检测浓度为59.7 ng/μL。应用该方法对新疆石河子地区的樱桃样本进行检测,结果显示,该方法可以准确、快速、灵敏地同时检测单一或复合侵染的3种樱桃病毒。     

黄瓜绿斑驳花叶病毒山东南瓜分离物外壳蛋白基因序列分析

通过RT-PCR扩增得到了黄瓜绿斑驳花叶病毒（Cucumber Green Mottle Mosaic Virus,CGMMV）山东泰安南瓜分离物（CGMMV-TANG）的外壳蛋白基因,经过序列分析,该分离物外壳蛋白（CP）基因全长486个核苷酸,由161个氨基酸组成。对CP基因核苷酸序列进行同源性比较和构建系统进化树,并结合寄主来源及地域来源进行分析,结果表明该病毒的不同分离物在分组上与地域有一定的关系。     

基于抗原表位烟草环斑病毒单克隆抗体的制备

基于多种生物信息学软件综合预测烟草环斑病毒(TRSV)外壳蛋白抗原表位所在的结构域,明确了该外壳蛋白抗原表位可能位于C端319～328、384～388、420～430、480～487、495～511位氨基酸残基附近。通过RT-PCR扩增出了目的片段,构建了TRSV外壳蛋白原核表达载体,表达的TRSV外壳蛋白外源融合蛋白具免疫活性。采用杂交瘤细胞技术,利用外源融合蛋白制备了单克隆抗体,制备的抗血清可与TRSV外壳蛋白基因原核表达产物发生免疫反应。检验结果表明,制备的抗血清具较好的特异性,可应用于TRSV的检疫检验。     

冬种马铃薯卷叶病田间调查及RT-PCR检测技术研究

对惠州市冬种马铃薯卷叶病发病情况进行调查研究,建立了马铃薯卷叶病毒(PLRV)RT-PCR检测技术。结果表明,马铃薯卷叶病发病率为3.0%～29.7%。比较LiCl、异硫氰酸胍和试剂盒3种方法提取马铃薯卷叶病毒总RNA,以异硫氰酸胍和试剂盒提取效果较好,LiCl次之;根据卷叶病毒外壳蛋白基因序列设计引物,从感染马铃薯卷叶病毒的马铃薯叶片中提取出病毒RNA,合成cDNA并运用RT-PCR技术进行体外扩增,得到一条长度约336bp的特异PCR扩增产物,与理论设计的外壳蛋白基因大小一致,而健康叶片RNA扩增未得到任何产物。应用RT-PCR技术对马铃薯试管苗和种薯进行了卷叶病毒检测。     

侵染百合的李属坏死环斑病毒病（PNRSV）的研究

 【目的】在分子水平上鉴定百合上发生的李属坏死环斑病毒（Prunus necrotic ringspot virus,PNRSV）【方法】对待测百合种球随机抽样，在温室内种植并观察，长出叶片后，用RNA Extraction Kit (Sangon, China)从幼嫩的叶组织中提取核酸，将反转录出的cDNA用 PNRSV的特异性引物进行PCR扩增，电泳PCR产物得到了450bp的目的片段。低熔点胶回收并克隆至pGEM-T-easy载体测序后进行序列比对分析。【结果】 从百合中所扩增的450bpcDNA的核苷酸序列与27个早期已报道的PNRSV分离物的CP 基因的同源性为84.5%～99.1%。【结论】百合是PNRSV的一新寄主。     

3种甜樱桃病毒PNRSV、PDV及LChV-2的多重RT-PCR检测方法的建立与应用

【目的】建立可同时检测李属坏死环斑病毒（Prunus necrotic ringspot virus,PNRSV）、李矮缩病毒（Prune dwarf virus,PDV）、樱桃小果病毒2（Little cherry virus-2,LChV-2）的多重RT-PCR检测方法。【方法】以复合感染3种病毒的甜樱桃病株叶片为材料,采用CTAB法提取样本总RNA,选用随机六聚体引物对植物样本总RNA进行反转录,所得cDNA作为多重RT-PCR的扩增模板。根据GenBank中PNRSV、PDV、LChV-2基因组序列共设计6对特异引物,分别通过单一RT-PCR和多重RT-PCR筛选出可用于同时检测3种甜樱桃病毒的引物组合。对多重RT-PCR的退火温度及循环数进行优化,以筛选出各引物组合的最适扩增条件。分别以单一感染PNRSV、PDV、LChV-2、复合感染3种病毒、单一感染樱桃病毒A（Cherry virus A,CVA）及甜樱桃无毒苗为样本,对多重RT-PCR引物的特异性进行分析。选取复合感染3种病毒的甜樱桃总RNA的反转录产物为初始模板,按照梯度稀释法依次将模板稀释为2、22、23、24、25倍,在相同PCR反应体系及反应条件下分别对各引物组合的灵敏度进行分析。多重RT-PCR的扩增条带经凝胶回收试剂盒回收纯化后连接至pMD18-T vector,克隆测序,以验证多重RT-PCR检测的准确性。并应用该方法对山东泰安地区甜樱桃生产园中间隔栽培的中国樱桃进行检测。【结果】筛选到2个可以应用的引物组合,组合1“PNRSV-S1/A1、PDV-S2/A2、LChV2-S1/A1”可分别特异性地扩增733、467、337 bp的片段。组合2“PNRSV-S1/A1、PDV-S3/A3、LChV2-S1/A1”可分别扩增得到733、265、337 bp的片段。扩增产物大小与预期相符。多重RT-PCR反应条件优化结果显示,在退火温度52℃、35个循环条件下,2个引物组合的检测效果均较为理想。特异性分析结果显示,2个引物组合均能特异性检测其各自的靶病毒。灵敏度分析结果显示,2个引物组合在cDNA的23×稀释液中仍能特异性扩增,但扩增条带的强度稍有差异,其对植物总RNA的反转录产物的最低检测浓度为107.9 ng•μL-1。克隆测序及序列分析表明,2个引物组合对各自靶病毒的检测结果可靠。应用该方法对9个中国樱桃样本进行检测,结果显示,测试样品均至少感染了2种病毒,其中5个样品复合感染了3种病毒,2个样品同时感染PDV和LChV-2,2个样品同时感染PNRSV和LChV-2。【结论】应用建立的多重RT-PCR检测方法可稳定、准确、灵敏的同时检测单一或复合侵染的3种甜樱桃病毒。     

改良RNA提取法及樱桃PDV和PNRSV的RT-PCR检测

介绍了一种从木本植物组织中获得高质量RNA的快速、简单和高效的核酸提取方法。该方法是基于核酸的二氧化硅捕获,避免了使用苯酚、氯仿等有机溶剂。利用该方法从樱桃组织中提取的总RNA用RT-PCR技术检测PDV,PNRSV均获得成功。从感病植株的一年生枝的叶片、韧皮部及芽组织中扩增出了预期的目的片段,即172和449bp,而健康组织中无此扩增带。该法提取的总RNA用于RT-PCR技术检测,其敏感性至少与商业出售的QiagenRNeasy提取试剂盒相当,但简单经济。     

内蒙古绒山羊Homeobox基因片段的克隆与序列分析

根据已公布的Hom eobox基因氨基酸序列保守区设计简并引物,利用PCR技术从内蒙古绒山羊血液基因组DNA中扩增Hom eobox基因家族成员。目的基因片段纯化后连接到pGEM-T载体上,经鉴定得到重组质粒。将110个重组质粒进行测序,测序结果通过与GenBank中序列比对分析,确定86条序列为Hom eobox基因,得到14个Hom eobox基因家族成员:Hoxa4,Hoxa5,Hoxa6,Hoxa7,Hoxb1,Hoxb2,Hoxb3,Hoxb6,Hoxb7,Hoxc6,Hoxd1,Hoxd3,Gbx1,Gbx2。每个基因片段由117个核苷酸组成,编码39个氨基酸。氨基酸序列非常保守,和其他物种的同源性非常高。     

新疆加工番茄上番茄花叶病毒的分子鉴定

从表现花叶、畸形的加工番茄病株上获得分离物xj124,用1 对ToMV CP 基因引物进行 RT-PCR ,扩增得到了689 bp 的特异性核苷酸片段.将PCR产物插入到克隆载体pMD1 8-T中再转化到大肠杆菌TOP10.经限制酶酶切鉴定,重组克隆中含有与PCR 产物大小相同的689 bp 的插入片段.cDNA全序列分析表明,所扩增出的689 bp ToMV CP基因,含1个480 bp开放阅读框架( ORF),编码160氨基酸组成的蛋白,所克隆的基因包含完整的ToMV CP基因.所测得的xj124分离物与国内外已报道的部分ToMV CP基因序列比较,核苷酸同源性高达84.4;～99.8;,氨基酸同源性高达98.7;～100;.因此将该分离物鉴定为番茄病毒病花叶病毒.     

甘薯羽状斑驳病毒RT-PCR检测

根据已报道的甘薯羽状斑驳病毒（SPFMV）外壳蛋白（CP）基因的核苷酸序列设计并合成特异性引物,建立SPFMV的RT-PCR检测程序。特异性和重复性实验结果表明,该方法能够检测SPFMV,具有很好的特异性和重复性。并对PCR产物进行测序鉴定,结果与报道的序列同源性为88.3%和98.6%,证实所扩增的片段是病毒基因的部分片段。