AFLP和RFLP标记检测水稻亲本遗传多样性比较研究

 利用AFLP和RFLP技术对 2 0个水稻品种 (系 )进行了遗传多样性分析。在AFLP分析中 ,用 6 4对引物组合进行了初筛 ,然后用其中适合水稻的 15对引物进行了详细研究 ,每对AFLP引物组合扩增出了 4 7～ 118条带 ,其中多态性带为 5～ 32条 ,15个引物组合共得到多态性条带 2 99条 ;在RFLP分析中 ,4 9个RFLP探针共检测出 10 7条多态性带。聚类分析表明 ,两种标记均能将 2 0个材料分成籼粳两大类群 ,但AFLP标记比RFLP标记更能反映品种间系谱亲缘和地理生态上的差异。两种标记检测出的遗传距离的趋势是一致的 ,但AFLP标记相对于RFLP而言提高了品种间的遗传距离的估计 ,降低了亚种间遗传距离的估计 ,因此 ,AFLP更适应于多样性的研究 ,RFLP更适应于籼粳分类及度量籼粳分化程度     

RFLP揭示的籼粳基因组多态性

采用28个RFLP籼粳特异性探针和6个SSR籼粳特异性标记对水稻不同品种进行了籼粳基因组多态性分析，结果表明，这些标记分布在水稻12条染色体上，能对水稻品种进行籼粳稻分子分类。由于水稻基因组序列图的完成和释放，使得这些籼粳特异性标记揭示的基因组多态性可以在基因组序列水平上进行分析和验证。本研究以RZ906探针和RM405为例分析了籼粳特异性其及序列分子生物学基础。     

我国部分香稻SSR指纹图谱的构建及遗传相似性分析

以太湖稻区和引自国内其它地区的39个香稻品种以及2个籼型恢复系对照品种为研究材料,利用SSR分子标记进行DNA指纹图谱构建和遗传多样性分析.从已公布的40对水稻SSR引物中筛选出13对核心引物,在这41个水稻品种中共检测到36个多态性片段.据此建立41个水稻品种的DNA指纹图谱,进行聚类分析,发现它们的遗传相似系数在0...     

水稻品种稻瘟病抗性和抗病基因同源序列多态性分析

 【目的】明晰水稻抗瘟性表型和抗病基因同源序列多态性之间的关系,了解广谱、持久抗瘟性的分子遗传基础。【方法】利用25个稻瘟病鉴别品种（系）和20个水稻品种（系）在人工接种条件下的对稻瘟病单孢菌株的抗性表型和抗病基因同源序列（resistance gene analogs,RGA）多态性进行聚类比较分析。【结果】以单孢菌株接种的抗性表型聚类,取相似系数0.450,可将45个品种（系）划分为A、B两大类;取相似系数0.618,A、B两大类又分别可分为ⅰ、ⅱ、ⅲ、ⅳ等4个亚类。以抗病基因同源序列多态性聚类,取遗传相似系数0.620,可将45个品种（系）划归Ⅰ,Ⅱ两类,这两类明显地趋向籼粳两亚种划分;取遗传相似系数0.783时,类群Ⅰ又可划分为ⅰ、ⅱ、ⅲ、ⅳ、ⅴ、ⅵ等6个亚类,类群Ⅱ又可划分为ⅰ、ⅱ、ⅲ、ⅳ、ⅴ、ⅵ、ⅶ等7个亚类。用抗感单孢稻瘟病菌表型聚类,倾向于抗谱相似的聚为一类;按RGA 相似性聚类,倾向于遗传背景相近的聚为一类。对于抗病频率低或是抗病频率高的品种两者类与类之间有较好的对应关系,但总体看来类与类之间没有明显的对应关系。【结论】在抗稻瘟病育种方面,对亲本材料进行单孢菌株抗性鉴定和抗病基因同源序列多态性分析,可以更准确地反映亲本抗性遗传背景,从而避免同一抗源反复使用,还可以丰富培育品种的抗性遗传基础和延长品种抗性。     

中粳水稻品种资源遗传多样性Ⅲ. 不同时期育成品种SSR多样性的比较分析

利用 42个SSR标记对我国中粳水稻稻区不同时期育成的137份品种进行遗传多样性分析,33个标记具有多态性,在多态性位点共检测到107个等位基因,每个引物上的等位基因数为 2～7个,平均3.2个。供试品种Nei多样性指数平均值为0.290,变异范围为0.162～0.419。供试品种在籼粳分化程度上差异明显,TDj值平均为0.7787,变幅为0.3620～0.9445,多数品种的籼粳分化较为彻底,地方品种和早期育成品种存在粳型倾籼类型。利用SSR分子标记进行UPGMA聚类分析,可将130个典型粳型品种、3个籼稻对照品种和7个粳型倾籼型品种明显分开,与形态分类的结果相一致,130个粳稻品种可分为多个类群。Nei基因多样性指数He,TDj值、SSR多样性变化趋势表明,我国中粳水稻稻区不同时期育成的品种遗传多样性呈下降趋势,因此,水稻育种中应发掘新的种质资源,拓宽品种的遗传多样性。     

不同抗稻曲病水稻品种的RGA分析

利用抗病基因同源序列的原理对34份水稻品系进行遗传多样性分析。结果表明:引物XLRR for/XLRR rev和Pto-kin1/Pto-kin2扩增的RGA序列具有丰富的多态性。供试材料的抗性鉴定表明,34份参试材料对稻曲病的抗性表现出明显差异,病穗率范围为0%~35.4%,抗性从抗到高感。聚类分析结果表明,在遗传相似系数为0.73时,34个水稻品种可分为5类,但与水稻材料的抗感水平没有明显的对应关系。     

陕西省水稻种质资源的遗传多样性分析和指纹图谱构建

对陕西省40份大田推广品种及其亲本和100份省水稻区域试验材料进行遗传多样性分析。结果表明,从陕西省40份大田推广品种及其亲本共检测到160个等位基因,平均每个标记检测到6个等位基因,每个SSR位点的遗传多态性信息含量为0.29～0.97,平均为0.64。聚类分析表明,40份大田推广品种及其亲本的遗传相似系数为0.55～0.97。100份陕西省水稻区域试验材料中,72个晚熟水稻材料的遗传相似系数为0.43～0.91,平均为0.67。28个中早熟水稻材料的遗传相似系数为0.56～0.87。     

云南省水稻品种稻瘟病抗性差异与遗传多样性相关研究

在云南省选取6个试验点收集160个水稻品种,用24对SSR引物对其进行遗传多样性分析;同时选取云南省近7年(2000～2006年)的8个稻瘟病优势小种菌株对160个水稻品种进行人工混合接种,分析水稻不同品种的抗性差异。结果显示,云南省水稻品种具有丰富的遗传多样性,24个位点检测到324个等位基因,群体香农指数为0.347~1.719。160个品种在相似系数0.101～0.996之间存在显著的遗传变异。各试验点水稻品种遗传多样性分布不均匀,由高到低依次为:永德>元阳>石屏>保山>玉溪>石林。160个水稻品种的抗性差异明显,其中抗病品种31个、中抗品种38个、中感品种83个、感病品种8个。按试验点排列,抗病品种比例由高到低依次为:元阳>保山>石屏>永德>玉溪/石林。将160个水稻品种的遗传多样性指数与其稻瘟病抗性进行Pearson相关性检验。结果表明,水稻品种的稻瘟病病级与香农指数、多态位点百分率和期望杂合度呈极显著负相关。云南省水稻品种的群体遗传多样性水平越高,群体对稻瘟病的抗性水平越高。     

云南水稻地方品种资源的褐飞虱抗性与籼粳基因型的相关性分析

【目的】分析云南水稻地方品种资源的褐飞虱抗性与籼粳基因型的关系,为今后从云南水稻地方品种资源进行褐飞虱抗性材料的定向遗传改良提供依据。【方法】通过田间自然鉴定法及InDel分子标记技术分别对来自云南省10个地州(市)40个县(区)的176份水稻地方品种资源的褐飞虱抗性及籼粳类型进行鉴定,并分析其褐飞虱抗性级别与籼粳基因频率的相关性。【结果】云南水稻地方品种资源的籼粳分化明显,InDel分子指数法划分的7种籼粳类型在176份云南水稻地方品种资源中均有出现,其中典型籼稻28份、籼稻84份、偏籼5份、中间型6份、偏粳2份、粳稻26份、典型粳稻25份。通过田间自然鉴定初步从176份云南水稻地方品种资源中筛选出45份抗褐飞虱种质,其中安南谷(普洱市)和老来红(西双版纳州)对褐飞虱表现为抗,其他43份资源均表现为中抗;进一步的相关性分析表明云南水稻地方品种资源的褐飞虱抗性级别与籼型基因频率呈极显著负相关(r=-0.345,P0.01),45份抗褐飞虱的资源中除糯谷(临沧市,Fi=0.13)为粳稻外,其他资源均为籼型基因频率0.60的籼型稻(典型籼稻、籼稻和偏籼)资源。【结论】云南水稻地方品种的褐飞虱抗性级别与籼型基因频率呈极显著负相关,通过田间自然鉴定法筛选出对褐飞虱表现出抗性的45份资源中有2份(普洱市的安南谷和西双版纳州的老来红)表现为抗,可作为培育抗褐飞虱品种的亲本材料,以丰富云南的抗褐飞虱种质资源。     

水稻籼粳性特异分子标记的筛选与判别体系的建立

【目的】准确区分水稻的籼粳性在籼粳亚种杂种优势利用和进化研究等方面具有重要意义。根据在籼稻和粳稻中存在的核苷酸序列差异设计的分子标记,已被广泛应用于水稻籼粳性的判别中。但是已公布的这些籼粳性判别分子标记在遗传背景多样的实验材料中是否仍然表现出籼粳特异性尚未可知;此外,目前籼粳性的判别多是基于待测品系与 2 个对照品种的比较,无法反映待测品系与籼（粳）亚种群体的籼粳相似性。因此,需要筛选出一套能在多样性遗传材料中都表现出籼粳性特异的分子标记,并建立籼粳组群判别体系客观判别水稻的籼粳性。【方法】在能代表世界水稻遗传多样性的水稻多样性种质平台 2（RDP2）中,利用 7 万个 SNP分子标记的基因型,选取保留群体遗传多样性的 92 份水稻品种（系）,对已知的 51 对用于籼粳性判别的分子标记进行筛选;并根据籼粳特异性分子标记的聚类结果,选取 5 份籼稻和 5 份粳稻组成籼稻和粳稻判别组,利用籼性判别值量化水稻籼粳性。【结果】在 51 对分子标记中筛选到 24 对籼粳特异性强的分子标记（在籼 / 粳稻群中出现专一带型的频率均高于 69.5%）,它们均匀分布在水稻 12 条染色体上。根据籼粳特异分子标记的带型结果,92 份品种（系）可分为籼稻和粳稻 2 个组群,聚类结果与这些品种（系）已知的籼粳性完全吻合。根据聚类结果,构建了组群判别体系,随机选取 10 份品种（系）对其籼性判别值进行计算,其中 1 份偏籼品系、1 份偏粳品系、4 份籼稻品系、4 份粳稻品系,准确地实现了对其籼粳性的量化判别。【结论】筛选出一套可在 遗传背景丰富的材料中进行籼粳性鉴定的分子标记,并基于籼粳组群建立了一套籼粳判别体系,高效准确判别水稻的籼粳性。     

利用RFLP标记水稻亲本遗传差异及其在杂种优势中的利用

本研究以 17个杂交水稻亲本、3个新株型株系和 2 4个光壳稻、爪哇稻品种为DNA样品来源 ,通过RFLP(限制性片段长度多态性 ,RestrictionFragmentLengthPolymorphism ,简称RFLP)标记技术 ,研究光壳稻和爪哇稻及其与温带粳稻之间的关系 ,探索RFLP标记水稻亲本遗传差异在杂交稻育种中利用的可能性。研究结果表明 :42个探针共产生 6 9个不同的限制性片段 ,其中 2 0个 (占 47.6 % )探针显示 47个 (占 6 8.1% )多态性片段 ,至少在 2个基因型间存在差异。每个具有多态性片段分别以 1和0记录存在与否。由RFLP数据计算的Nei’s遗传距离 ,创建聚类树状图。聚类分析结果表明 ,籼稻和粳稻容易被分开 ,温带粳稻又容易与光壳稻、爪哇稻分开 ,但光壳稻和爪哇稻混合聚在一起 ,光壳稻与温带粳稻之间的遗传距离要比爪哇稻与温带粳稻之间的遗传距离大。根据聚类图发现温带粳稻亚群内杂种优势较弱 ,亚群间即生态群间的杂种优势较强 ,群间即籼、粳亚种间杂种优势更强。利用光壳稻、爪哇稻选育不同生态群方向的恢复系和不育系 ,已配组育成了强优势的杂交稻组合     

利用RFLP标记水稻亲本遗传差异及其杂种优势中的利用

本研究以17个杂交水稻亲本、3个新株型株系和24个光壳稻、爪哇稻品种为DNA样品来源，通过RFLP（限制性片段长度多态性，Restriction Fragment Length Polymorphism,简称RFLP）标记技术，研究光壳稻和爪哇稻及其与温带粳稻之间的关系，探索RFLP标记水稻亲本遗传差异在杂交稻育种中利用的可能性。研究结果表明：42个探针共产生69个不同的限制性片段，其中20个（占47.6%）探针显示47个（占68.1%）多态性片段，至少在2个基因型间存在差异。每个具有多态性片段分别以1和0记录存在与否。由RFLP数据计算的Nei‘s遗传距离，创建聚类树状图。聚类分析结果表明，灿稻和粳稻容易被分开，温带粳稻又容易与光壳稻、爪哇稻分开，但光壳稻和爪哇稻混合聚在一起，光壳稻与温带粳稻之间的遗传距离要比爪哇稻与温带粳稻之间的遗传距离大。根据聚类图发现温带粳稻亚群内杂种优势较弱，亚群间即生态群间的杂种优势较强，群间即灿、粳亚种间杂种优势更强。利用光壳稻、爪哇稻选育不同生态群方向的恢复系和不育系，已配组育成了强优势的杂交稻组合。     

云南省部分稻种资源稻瘟病抗性评价及基因分析

 对366份地方品种进行了稻瘟病叶瘟鉴定及评价。结果表明,陆稻地方品种中高抗的品种最多,占36.7%;其次是籼稻地方品种,占6.3%;粳稻最少,仅占2.2%。对16个高抗稻瘟病的陆稻地方品种进行基因分析,发现9个品种对所测试菌株受2对基因控制,7个品种对所测试菌株受3对基因控制。这些陆稻地方品种是发掘和定位新的抗稻瘟病基因以及抗性育种的重要素材和抗源。     

利用微卫星分子标记法研究水稻亲缘关系

为探明水稻品种的亲缘关系,合理利用水稻品种资源,选用55对微卫星标记引物对23个水稻品种的亲缘关系进行了研究,采用UPGMA构建系统树图进行聚类分析和计算遗传距离.结果表明:引物的扩增产物带型清晰,结果稳定;23个品种分为4种类型,其中籼型8个,粳型6个,偏籼型5个,偏粳型4个;籼型品种之间和粳型品种之间的亲缘关系均较近,偏籼型品种之间和偏粳型品种之间的亲缘关系均较远.为了提高籼稻或粳稻品种和杂交种的优势,应注意采用偏籼或偏粳材料作为亲本之一.     

用RFLP技术检测水稻染色体片段的来源

利用已定位的28个RFLP标记为探针,测定了IR8及其亲本在9种限制性内切酶酶切条件下的RFLP表现,以此来判断IR8品种中这些标记所在的染色体片段来源。结果,有18个标记揭示了品种间的RFLP存在。根据RFLP图谱,IR8品种中9个标记的图谱相同于Peta,5个标记的图谱相同于低脚乌尖（DGWG）,这表明这些标记所在的染色体片段分别来自Peta和DGWG。另外3个标记显示了IR8特有的RFLP图谱,表明IR8中这些标记所在的染色体片段的DNA顺序已经发生了重组。在IR8不同个体的测定中,发现了一个不与RG365标记DNA杂交的个体,该个体可能是缺少RG365标记同源顺序的突变体。RG237标记的EcoRV酶切条件下,也揭示了个体间的RFLP存在。     

籼粳稻亚种间分子标记差异分析

[目的]为籼粳稻亚种的分子标记鉴定提供依据。[方法]以13份籼稻、5份粳稻为亲本,采取SDS法提取水稻叶片总DNA,进行扩增反应,利用321对SSR引物对亲本的多态性进行筛选,分析籼粳亚种之间的SSR标记差异。[结果]18个亲本中共筛选到168对引物具有明显的标记带和较好的多态性。SAR水稻血缘的412、407、421、992、950之间及长药野生稻血缘的84-15与84-23之间的多态性明显少于稳定亲本与栽培稻之间的多态性,也低于籼稻品种间和粳稻品种间的多态性。籼稻与粳稻之间的多态性频率最高,籼稻品种之间的多态性高于粳稻品种之间的多态性。供试材料籼粳稻之间存在31个SSR标记差异,SSR标记可较为准确地鉴定材料的亚种属性。[结论]籼粳亚种之间有明显的SSR标记差异。     

候选抗病基因在水稻品种多样性研究中的应用

 利用19个来源于水稻和大麦、具有抗病基因NBS-LRR结构特点的探针对24个水稻品种的Dra I酶切DNA片段进行候选抗病基因分析，用26个稻瘟病菌株对供试品种进行人工接种试验。结果表明：供试品种中共检测到127个候选基因位点，平均每个探针为6.7个。除齐头谷、八宝谷和紫糯外，籼稻品种的位点数均高于粳稻品种，而这些籼稻品种表现较为抗病。聚类分析将供试品种划分为籼粳差异明显的2个类群和分群结果与其系谱关系及抗性基本吻合的5个亚群，表明候选抗病基因标记可用于水稻品种的遗传关系、水稻病害控制和抗病育种方面研究。     

云南省稻瘟病菌群体遗传结构研究

 为指导稻瘟病预测、水稻品种的合理布局和轮换、抗性育种提供理论依据,本文采用pot2 rep PCR分子指纹技术对2010—2011年云南省五大稻区455份稻瘟病菌进行了遗传结构分析。结果表明,供试菌株扩增条带范围为2~17条,大小在0.4 ~19kb间,具有丰富的遗传多样性。在0.64遗传相似水平上稻瘟病菌遗传宗谱类型与菌株地理来源、主栽品种（系）具有相关性,而在0.70的遗传相似水平上,籼、粳稻上稻瘟病菌宗谱组成分化更加明显。揭示了云南省稻瘟病菌具有丰富的遗传多样性,病菌群体结构与水稻品种、地理分布间的关系。     

安徽省主要育成水稻品种及其系谱分析

４０多年来,我省育成水稻品种的系谱组成中几个骨干亲本的血缘主要来自早籼广、陆矮４号、矮脚南特,中籼ＩＲ２６、ＩＲ２９、密阳２３,晚粳农垦５８等,占全部育成品种（不包括地方品种）的７０％。未来的育种策略,除以现有育成品种为基础外,还必须进一步开发和引进国内外优质稻种资源,拓宽遗传背景,不断丰富我省水稻育成品种的遗传基础,提高品种的增产潜力和适应能力。     

2001～2005年江苏省水稻区试品种(系)抗病性鉴定和评价

2001~2005年,对江苏省水稻区试和预试品种(系)808份进行稻瘟病、白叶枯病和纹枯病抗性鉴定。鉴定结果表明:在被测的各种水稻类型中,籼稻品种(系)对稻瘟病的抗性比粳稻好;在粳稻类品种(系)中杂交粳稻对稻瘟病的抗性又略比常规粳稻好;粳稻品种(系)对白叶枯病的抗性比籼稻好;常规稻对白叶枯病的抗性明显比杂交稻好;大部分被测水稻品种(系)对纹枯病的抗性较差。