猪传染性胃肠炎病毒S基因的克隆及其结构特征

参照GenBank中登录的TGEVS基因序列设计了3对特异引物，经RT-PCR扩增获得了TS株S基因的SⅠ、SⅡ和SⅢ3个片段，其大小分别约为1262、2368和1266bp。SⅠ、SⅡ和SⅢ片段经剪接后，可知TS株的S基因全长为4347nt，共编码1449个氨基酸。对TS株与其他毒株的S基因序列进行比较发现，TS株与Miller株、FS722／70株、TGEVH株、961933株、TFI株均在1124～1129位有5′-ATGATA-3′六个碱基，而在Purdue株、TH-98株、NEB72RT株和PRCV-HOL87株中缺失；TS株与Miller株、FS722／70株、TFI株、Purdue株、96-1933株、TGEVH株、TH-98株、NEB72-RT株和PRCV-HOL87株的核苷酸序列同源性分别为99．69／6、98．9％、98．0％、98．3％、95．7％、99．3％、97．7％、98．3％和97．5％。推导氨基酸序列的同源性分别为99．2％、98．4％、97．7％、97．8％、94．8％、98．6％、97．2％、97．7％和97．0％；TS株S蛋白的推导氨基酸序列较Purdue株、TH-98株和NEB72-RT株多出2个潜在的糖基化位点，共34个。与不同毒株比较后，推测在TGEV的S蛋白中第71位的Asp(D)与呼吸道嗜性有关，第219位的Ala(A)与肠道嗜性有关。     

猪水泡病病毒结构蛋白编码区核苷酸的序列测定与分析

以猪水泡病病毒(Swine vesicular disease virus，SVDV)HK’70为材料，用特异性引物扩增出P1区的2个重叠目的片段，连接于pMD18-T载体，转化JM109感受态细胞。经重组质粒的双酶切，PCR鉴定后测序。序列分析表明，HK’70P1区核苷酸组成中A含量较高，G C含量较低，且A-G、C-T转换率较高。P1序列同源性分析表明，SVDV HK’70与J1’73、H／3’76、SVDV(Seechurn等测株)、NET／1／92的核苷酸序列同源性分别为97．8％、98．1％、97．6％和89．3％；相应地，推导的氨基酸序列同源性分别为98．8％、98．7％、98．8％和96．5％。     

H9N2亚型禽流感病毒核蛋白基因的克隆及其序列特征

用RT—PCR技术扩增到H9N2亚型禽流感病毒分离株A／Chicken／Shanghai／F／98(简称F株)的核蛋白(NP)全基因。18个毒株NP基因核苷酸序列比较结果显示，以Q／HK／G1／97为代表的、并和同期香港发生的人流感事件有直接联系的毒株相互间同源率达98．3％一99．3％，而F株与它们的同源率为92．2％一92．8％。遗传进化分析结果表明，F株独成一组，可暂时划分到类C／Ko／323／96亚系。从目前已发表的H9N2毒株NP基因数据不能确定F株的来源。     

猪瘟野毒E2基因同源性比较

以人工感染发病猪的脾为材料提取总RNA，根据已报道的猪瘟病毒基因组序列，设计合成了2对引物，以总RNA为模板，利用反转录聚合酶链式反应（RT－PCR）、套组聚合酶链式反应（nPCR)及测序技术，对流行于我国甘肃省、陕西省、宁夏和广西自治区的5株野毒株的主要外膜糖蛋白E2基因的核苷酸序列进行了测定，用DNAstar软件比较分析了5株野毒之间及其与猪瘟兔化弱毒株（C－ST株）E2基因的核苷酸序列和推导的氨基酸序列的同源性。结果发现，5株野毒与C－ST株核苷酸序列的同源性为81．7％－83．1％，氨基酸同源性为87．3％－88．6％，表明它们之间存在较大的差异；但5株野毒之间核苷酸序列的同源性高达98．8％－99．3％，氨基酸同源性为96．6％－99．2％，表明它们之间的差异较小。     

H5N1亚型禽流感病毒新疆株NS基因的克隆和序列分析

根据已发表的H5N1禽流感病毒NS基因全序列设计了1对引物，对4株禽流感病毒新疆株的NS基因进行了RT—PCR扩增，并将其克隆到pMD18-T载体上，分别获得了全长为817、851、854、854bp的全基因序列。序列分析结果表明，新疆毒株间的核苷酸同源性为97．8％～98．9%，氨基酸同源性为96．5％～98．7％，与广东、香港和东南亚等不同地区的11个毒株比较，同源性为90．0％～99．4％；与来自野禽、猪等不同种类的11个流感毒株比较，同源性为81．4％～99．3％。系统进化树分析表明，新疆株独立分支。     

大肠杆菌F18ac菌毛F亚单位基因的克隆与序列分析

根据已经发表的F18ab菌毛F亚单位(FedF／ab)的基因(fedF／ab),设计一对引物,利用PCR技术从表达F18ac菌毛的大肠杆菌2134P株、8199株、8813株中分别扩增到一段序列,并克隆至pGEM—T载体,获得重组质粒T8813F、T8199F、T2134PF。琼脂糖凝胶电泳、序列测定及分析表明,该3个序列大小均为903bp,与fedF／ab大小一致且具有较高的同源性(99．4％),推导的FedF／ac氨基酸序列与FedF／ab同源性为98．3％。数据表明该实验所克隆的序列均为F18ac菌毛F亚单位(FedF／ac)的基因(fedF／ac)。     

禽传染性支气管炎病毒SAIBk株全基因组的分段克隆、测序及分析

根据GenBank上公布的IBV基因组序列，经多重比较后设计19对引物，用RT-PCR方法对禽传染性支气管炎病毒致肾病变型分离株SAIBk株的全基因组进行了分段扩增、克隆和序列测定。测序结果表明：SAIBk株基因组序列全长27520 bp，A＋T的含量占61．74％，具有典型的冠状病毒基因组结构。基因组内碱基的插入和缺失主要分布在3 220-3470位、20560-20810位、25310-25600位和27150—27220位。与GenBank上公布的5株IBV基因组序列Beaudette、Mass41、Ca199、BJ、KQ6的同源率分别为87．2％、87．6％、87．2％、85．6％和87．5％。SAIBk株基因组不同区域的同源性分析结果表明，3＇UTR和5＇UTR是基因组中最为保守的区域，同源率在90．9％～97．7％，而S1基因是基因组中变异最大的区域，同源率在74．8％～83．2％。系统进化分析结果表明SAIBk株与国内分离株S14、LX4、BJ的亲缘关系较近。     

堆型艾美球虫广东株3—1E基因的克隆与序列分析

根据GenBank中登录的堆型艾美球虫3—1E基因序列，设计了3条引物，以广东株堆型艾美球虫裂殖子总RNA为模板，利用反转录一聚合酶链反应(RT—PCR)扩增获得了3—1E基因部分片段，将这一片段克隆至pGEM—TEasy载体中，经PCR、限制性内切酶分析和克隆片段的序列测定、比较，证实了克隆片段的可靠性。序列比较发现，所克隆的基因片段与Eimeria acervulina美国株(US)、E.acervulina QH株3—1E cDNA的核苷酸同源性分别为99．0％和99．2％，推导氨基酸的同源性分别为98．2％和97．6％。     

番鸭呼肠孤病毒ZJ99株σC蛋白基因的克隆与序列分析

参考已发表的番鸭呼肠孤病毒(mDRV)的S4序列设计了S4对扩增σC蛋白基N的引物，对mDRV ZJ99株的RNA抽提物进行RT—PCR扩增，获得了特异性的扩增片段。将PCR产物克隆测序，序列经同源性比较，发现mDRV ZJ99株σC蛋白基N序列与福建MW9710株对应基N的同源性为99．5％，与法国89026株对应基因的同源性为94．2％，与法国89330株对应基因的同源性为95．0％；相应的氨基酸序列同源性分别为98．9％、94．1％、93．7％。基于σC基因及其推导氨基酸序列的蛋白质结构及物理化学性质预测结果，与国外学者对mDRV σC蛋白的报道相似。     

鸡新城疫云南分离株HN基因序列测定和分析

用RT—PCR法对分离自云南省的2株鸡新城疫病毒(编号YN—C1、YN—C2)进行HN基因的扩增和克隆．并对其进行核苷酸序列测定和分析。结果表明：2毒株HN基因开放性阅读框架(ORF)均为l716nt；二者之间的核苷酸同源性为95．3％，氨基酸同源性为95．8％；YN—C1毒株与参考毒株GD／1／98／Go核苷酸、氨基酸同源性均最高，分别为97．9％和97．6％；YN—C2毒株与参考毒株JS／5／01／Go核苷酸同源性最高为98．5％，而与参考毒株JS／3／98／Go氨基酸同源性最高为98．1%。