基于ITS序列对辛夷及其混伪品种的鉴别

为准确鉴别中药材辛夷及其混伪品,应用ITS序列作为DNA条形码可用来区分辛夷及其混伪品的基源植物。选用了21条ITS序列,经比对后用MEGA 5.0计算种间的K2P距离并基于该距离建立了NJ系统进化树。结果表明种间最小的K2P距离(0.003)大于种内最大的K2P距离(0.002)。系统发育NJ树显示这几个物种可明显分开,辛夷玉兰与望春玉兰、黄山木兰的亲缘关系最近,其中二乔玉兰与荷花玉兰种内发生了变异,表明ITS序列可作为区分辛夷和其常见近缘种混伪品荷花玉兰、景宁玉兰等的参考DNA条形码。     

基于ITS2条形码序列鉴定中药材续断及其混伪品

【目的】利用ITS2序列对中药材续断及其混伪品进行DNA条形码鉴定,从而确保用药安全。【方法】对续断及其混伪品ITS2进行扩增并双向测序,经CodonCode Aligner V3.7.1拼接比对后,用MEGA 5.0计算种内种间K2P遗传距离,并构建NJ系统聚类树进行鉴定分析。【结果】续断药材ITS2序列比对后长度为218bp;种内K2P遗传距离分布于0~0.009 4,种间K2P遗传距离分布于0.033~0.188 2,NJ树显示续断药材及混伪品可明显区分,表现较好的单系性。【结论】ITS2序列作为DNA条形码能准确鉴别续断药材。     

易混伪品刺果甘草与甘草、苦参和黄芪原植物的ITS2序列鉴定

刺果甘草属于甘草属,根在市场上常作为甘草、苦参和黄芪的伪品。笔者用ITS2序列来区分它们的基源植物,根据其药材的来源笔者研究选用了12条（3属6种）ITS2序列,用MEGA4.0计算种间的K2P距离并基于该距离建立了NJ系统树,结果表明种间最小的K2P距离（0.028880）大于种内最大的KSP距离（\{0.008081\}）,构建的系统发育NJ树显示刺果甘草与苦参、黄芪和甘草可明显分开,其中甘草的不同来源的三种植物也聚为了一支。表明基于DNA 条形码的ITS2 序列可区分甘草、苦参、黄芪和其常见伪品刺果甘草。\=     

基于ITS序列对桔梗及其伪品的鉴别

用ITS序列作为DNA条形码对桔梗及其伪品的基源植物进行分子鉴定。研究通过测序和在NCBI中下载两种方法共获得了23条桔梗及其混伪品霞草和沙参的ITS序列,所得序列用Bio Edit查看和比对、MEGA6.0等软件进行遗传距离和构建系统发育树。最后获得桔梗及其伪品的ITS基因序列长度为560bp,基于K-2-P方法构建的NJ聚类树表明不同来源的桔梗样品能聚成一个单系,表明该序列可以作为DNA条形码很好地区分桔梗及其常见伪品。     

基于ITS2条形码的人参属物种鉴定研究

人参属植物种类繁多,多数具有重要的生物学及药用价值。采用植物DNA条形码候选序列之一的ITS2片段鉴定人参属药用植物。结果表明,ITS2基因区通用性强,序列在人参属物种间差异较大,属内变异位点为41个,保守位点189个,种内遗传距离为0~0.004,种间遗传距离为0.006~0.098,平均遗传距离为0.044。基于K2P模型构建的系统发育树(NJ树)显示,同一物种均聚为一类。因此,ITS2作为DNA条形码能够有效地区别人参属物种,为人参属药材及其伪混品的鉴定提供基础。     

基于ITS2的北沙参药材及其伪品的分子鉴定

利用内部转录间隔区2(ITS2)条形码来鉴定河北某药材市场北沙参的真伪品,探讨分子方法鉴定北沙参药材真伪品的可行性。提取12份北沙参样品的DNA,利用ITS2引物进行PCR扩增,对扩增产物进行双向测序,利用CodonCode Aligner软件进行序列拼接。从Genbank下载13条北沙参序列,利用MEGA 6.0分析比对25份序列,计算其种间、种内的Kimura双参数遗传距离(K2P距离)以及各序列的变异位点并进行聚类分析,利用RNA多重排列(locARNA)来预测北沙参及其伪品的二级结构。12份样品中10份为北沙参,1份是川明参,1份为祁木香。ITS2序列可以较好地区分北沙参及其伪品,可作为北沙参鉴定的有效方法而加以推广。北沙参的DNA条形码鉴定体系的建立,为DNA条形码技术在临床及市场监管领域的实践应用提供了理论基础。     

基于matK序列对白头翁及其伪品的鉴别

用mat K序列作为DNA条形码来区分白头翁及其伪品的基源植物,以期在分子水平建立白头翁及其伪品的鉴别方法。实验选用了16条mat K序列,所得序列用Bio Edit、MEGA6.0等软件进行分析。获得白头翁及其伪品的mat K基因序列长度为608 bp,与伪品种间遗传距离范围为0.008~0.527。基于mat K基因序列构建的NJ聚类树能明显地区分白头翁及其常见伪品。因此,应用mat K基因序列可有效地鉴别白头翁及其伪品。     

辽藁本及其混伪品DNA条形码鉴定研究

文章对比分析不同DNA条形码候选序列对辽藁本及其混伪品的鉴定能力。以辽藁本(Ligusticum jeholense Nakai et Kitag)、新疆藁本(Conioselinum vaginatium)及藁本混伪品白芷(Angelica dahurica)、石防风(Peucedanum terebinthaceum)、当归(Radix angelica sinensis)为鉴定材料,提取总DNA,利用4对候选序列(Nr ITS、ITS2、acc D和trn H-psb A)分别进行PCR扩增,产物进行双向测序。得到的序列采用Codon Code Aligner V2.06进行拼接,Clustal X2.1进行多序列比对,MEGA 5.0计算K-2-P距离,构建系统发育NJ树。结果表明,Nr ITS和ITS2序列能够鉴别辽藁本与新疆藁本及其他混伪品。     

基于ITS2序列的丹参及其混伪品分子鉴定研究

[目的]采用DNA条形码及特异性引物PCR技术对中药材丹参及其混伪品进行分子鉴定研究。[方法]以核基因ITS2序列作为DNA条形码,对研究材料进行PCR扩增并双向测序,将所得序列构建NJ系统发育树。利用Koetschan等建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构,同时采用自设引物进行特异性引物PCR鉴别研究。[结果]ITS2序列长度为470 bp左右;从系统聚类树图可以看出,丹参及其伪品分别聚在不同支,表现出单系性;比较二级结构发现,丹参与甘西鼠尾差异甚微,与牛蒡在螺旋茎环的数目、大小、位置以及螺旋臂由中心环伸出时的转角等方面具有明显区别;通过特异性引物PCR技术可将丹参及其伪品进行区分。[结论]DNA条形码技术和特异性引物PCR技术均能够有效地区别丹参及其混伪品,在中药材的鉴定中具有重要的应用前景。     

刺猬紫檀木材DNA条形码鉴定研究

该文以采自不同产地的刺猬紫檀木材为研究对象,提取并扩增核ITS2、叶绿体mat K基因及叶绿体基因间隔序列ndhF-rpl32,采用BLAST和NJ树法评价不同DNA条形码候选序列的鉴定能力。结果表明,ITS2序列具有最高的扩增和测序效率,ITS2序列的平均种间遗传距离也明显高于种内遗传距离。ITS2序列可以将刺猬紫檀木材与其他同属近缘紫檀属树种木材区分开来。