16S rRNA测序分析枯草芽胞杆菌喷鼻对猪鼻腔菌群影响的研究

为了探究枯草芽胞杆菌对哺乳仔猪鼻腔中微生物多样性及其功能的影响，选用1株来源于猪鼻腔的枯草芽胞杆菌NS15对哺乳期仔猪进行喷鼻试验，于喷鼻后第7天采集鼻腔拭子，随后利用16S rRNA基因高通量测序技术检测分析鼻腔拭子样本菌群结构并进行功能预测。结果显示：猪鼻腔的优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)。喷鼻后不影响优势菌门的组成，但是各菌门的丰度发生变化，如厚壁菌门和放线菌门的丰度增加，其中厚壁菌门中的乳杆菌属(Lactobacillus)和放线菌门中的罗氏菌属(Rothia)等有益菌属丰度增加；而变形菌门和拟杆菌门等有害菌门的丰度下降，包括变形菌门中的不动杆菌属(Acinetobacter)、嗜麦芽窄食单胞菌属(Stenotrophomonas)和鲍特菌属(Bordetella)以及拟杆菌门中的黄杆菌属(Flavobacterium)等有害菌属丰度下降。进一步Tax4Fun功能预测结果显示，喷鼻枯草芽胞杆菌NS15后，猪鼻腔中能量、氨基酸和脂类等代谢通路显著...     

腹泻仔猪与健康仔猪肠道微生物多样性比较

目的通过研究对比哺乳期腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群,探讨腹泻对哺乳期仔猪肠道微生物的影响。方法通过高通量16S rDNA测序技术对腹泻组仔猪（n=6）和健康组仔猪（n=3）粪便样本进行测序,比较两组仔猪肠道微生物群落的组成和结构。结果腹泻组仔猪和健康组仔猪粪便菌群差异显著（P<0.05）,腹泻组仔猪的肠道菌群多样性显著（P<0.05）低于健康组仔猪。与健康组仔猪相比,在门水平上,腹泻组仔猪的梭杆菌门和变形菌门的相对丰度显著（P<0.05）增加,而厚壁菌门的相对丰度显著（P<0.05）下降;在属水平上,腹泻组仔猪的梭杆菌属（Fusobacterium）、普雷沃菌属（Prevotella）、埃希菌属（Escherichia）、乳杆菌属（Lactobacillus）、厌氧弧菌属（Anaerovibrio）、拟普雷沃菌属（Alloprevotella）和Fusobacteriaceae_unclassified的相对丰度显著（P<0.05）增加,而大部分厚壁菌门菌属的相对丰度显著（P<0.05）降低。结论通过分析对比腹泻仔猪与健康仔猪肠道微生物多样性,为预防和治疗哺乳期仔猪腹泻提供了理论依据。     

腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群多样性的比较

本试验旨在探究腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群多样性及结构的差异。采集同等饲养条件下的8份腹泻和8份健康哺乳仔猪的粪便样本,利用16S rRNA高通量测序技术对健康仔猪和腹泻仔猪粪便菌群进行比较。结果表明:健康仔猪粪便菌群的多样性高于腹泻仔猪(P<0.05);与健康仔猪粪便菌群组成相比,腹泻仔猪变形菌门(Proteobacteria)的相对丰度增加(P<0.05),而拟杆菌门(Bacteroidetes)降低(P<0.05);在属的分类水平上,腹泻仔猪粪便中埃希氏-志贺菌属(Escherichia-Shigella)和乳杆菌属(Lactobacillus)的相对丰度高于健康仔猪(P<0.05),而拟杆菌属(Bacteroides)、Lachnoclostridium和瘤胃球菌属(Ruminococcus)低于健康仔猪(P<0.05)。综上表明,腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群的多样性和结构存在显著差异,埃希氏-志贺菌属的相对丰度显著增加可能是仔猪腹泻的重要原因之一。     

枸芪多糖对育肥猪肠道菌群多样性及组成的影响北大核心CSCD

本试验旨在研究枸芪多糖对育肥猪肠道菌群多样性及组成的影响。选用180头80日龄的健康育肥猪,随机分为2组,每组6个重复,每个重复15头猪。对照组饲喂基础饲粮,试验组在基础饲粮中添加1‰的枸芪多糖,试验期为3个月。采集育肥猪盲肠内容物,提取样本中细菌基因组DNA,进行16S rDNA基因高通量测序。结果显示:1)试验组肠道菌群的Ace指数、Chao指数和Shannon指数均显著高于对照组(P<0.05)。2)在门水平上2组的两大优势菌均为拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes),对照组梭杆菌门(Fusobacteria)及梭杆菌属(Fusobacterium)的相对丰度显著高于试验组(P<0.05),互养菌门(Synergistetes)及互养菌属(Synergistes)的相对丰度显著低于试验组(P<0.05)。3) 2组在属水平上的优势菌均为拟杆菌属(Bacteroides),试验组巨单胞菌属(Megamonas)和螺杆菌属(Helicobacter)的相对丰度显著低于对照组(P<0.05)。由此得出,饲粮中添加枸芪多糖可提高育肥猪肠道菌群的丰富度和多样性,通过促进有益菌厚壁菌门、互养菌门与抑制有害菌变形菌门、梭杆菌属和螺杆菌属的增殖优化肠道菌群平衡,建立更健康的肠道菌群结构。     

鼠李糖乳杆菌对早期断奶成华黑仔猪生长性能、免疫性能和肠道菌群的影响

本试验旨在研究饲粮添加鼠李糖乳杆菌对早期断奶成华黑仔猪生长性能、免疫性能和肠道菌群的影响。试验选用32头体重为(7.54±0.19) kg的28日龄断奶成华黑仔猪,随机分为2组,每组4个重复,每个重复4头仔猪。对照组饲喂基础饲粮;鼠李糖乳杆菌组在基础饲粮中添加5.56 mg/kg鼠李糖乳杆菌,使每千克饲粮活菌数达到2.78×10~9CFU。试验预试期7 d,正试期28 d。结果表明:1)与对照组相比,鼠李糖乳杆菌组断奶仔猪平均日增重和肉料比显著提高(P0.05)。2)与对照组相比,鼠李糖乳杆菌组断奶仔猪血清总蛋白、肿瘤坏死因子-α、白细胞介素-2、补体3和免疫球蛋白G含量、过氧化氢酶和超氧化物歧化酶活性以及总抗氧化能力显著提高(P 0.05)。3) 16S rDNA基因高通量测序显示,厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和变形菌门(Proteobacteria)为断奶仔猪盲肠内容物菌群中的优势菌门。在属水平上,鼠李糖乳杆菌组盲肠内容物乳杆菌属(Lactobacillus)和Alloprevotella的相对丰度较对照组分别提高了21.00倍和3.79倍,而盲肠内容物普雷沃氏菌属9(Prevotella_9)和埃希氏菌-志贺氏菌属(Escherichia-Shigella)的相对丰度较对照组分别降低了54.54%和70.62%。综上所述,饲粮添加鼠李糖乳杆菌能够提高早期断奶成华黑仔猪平均日增重和肉料比,提高血清抗氧化能力和机体免疫性能,提高盲肠内容物乳杆菌属和Alloprevotella相对丰度,降低盲肠内容物埃希氏菌-志贺氏菌属相对丰度,改善肠道菌群结构,促进肠道健康,从而提高其生长性能和免疫性能。     

宁乡猪不同生长阶段结肠微生物菌群特征分析

本研究以宁乡花猪为实验对象，旨在通过16S rDNA高通量测序技术探究5个不同生长阶段（30、70、150、200、250日龄）结肠微生物菌群的结构及特征差异，分析各个阶段微生物组成及多样性。结果显示：宁乡猪结肠微生物多样性只在30日龄与200日龄间差异显著，而微生物丰度30日龄与70～250日龄间差异显著、70～150日龄与200日龄间差异显著；通过菌群分类学分析发现，在不同生长阶段结肠微生物菌群分布于23个门（Phylum）、41个纲（Class）、85个目（Order）、141个科（Family）、294个属（Genus）；在门水平，厚壁菌门（Firmicutes）与拟杆菌门（Bacteroidota）为宁乡猪结肠微生物主要优势菌门，梭杆菌门（Fusobacteriota）与互养菌门（Synergistota）只存在于30日龄中；在属水平，乳酸杆菌属（Lactobacillus）、颤螺旋菌科（Oscillospiraceae＿UCG＿005）、普式菌属（Prevotella）、梭状芽孢杆菌属（Clostridium＿sensu＿stricto＿1）、链球菌属（Streptococ...     

工厂化和网箱养殖大黄鱼幼鱼消化道微生物群结构与功能分析

运用高通量测序方式,对两种模式养殖大黄鱼(Larimichthys crocea)幼鱼消化道菌群的结构与功能特征及其与环境菌群的相关性进行分析,结果发现:大黄鱼幼鱼消化道主要由变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)组成。工厂化养殖大黄鱼消化道优势菌属组成比较稳定,包括乳杆菌属(Lactobacillus)、芽孢杆菌属(Bacillus)等。优势菌属中,发光杆菌属(Photobacterium)、乳杆菌属、弧菌属(Vibrio)等18个物种为两种模式养殖大黄鱼消化道的共有优势菌属;而假单胞菌属(Pseudomonas)、气单胞菌属(Aeromonas)和Escherich-ia_Shigella为主要差异菌属(P0.05)。通过相关性分析得出,饵料中菌群对消化道菌群影响较大。并且,在菌群基因参与功能方面,两种模式下幼鱼消化道菌群基因参与的主要功能相似,但工厂化养殖幼鱼消化道菌群基因参与这些功能的基因丰度高于网箱养殖的,这可能是对幼鱼的生长代谢在环境胁迫中的一种补偿作用。研究结果将为大黄鱼幼鱼消化道功能菌群的筛选与菌群调控提供理论参考。     

饲粮中添加谷氨酰胺对安哥拉兔肠道微生物结构的影响

为探究谷氨酰胺对安哥拉兔肠道菌群结构和多样性的影响，本试验选取8月龄体重、产毛量相近的安哥拉兔12只，随机分为2组，每组6个重复，每个重复1只兔。对照组饲喂基础饲粮，谷氨酰胺组在基础饲粮中添加0.9%谷氨酰胺，饲喂1个剪毛周期后，采集各试验兔新鲜粪便样品，采用Illumina MiSeq测序平台进行肠道菌群16S RNA高通量测序分析。结果表明：与对照组相比，饲粮中添加0.9%谷氨酰胺后，安哥拉兔肠道菌的Chao指数、Shannon指数显著提高（P<0.05）。在门水平上，家兔肠道中优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、髌骨细菌门（Patescibacteria）和放线菌门（Actinobacteria）；与对照组相比，饲粮中添加谷氨酰胺能显著降低厚壁菌门的相对丰度（P<0.05）。在属水平上，家兔肠道内优势菌属为g＿norank＿f＿Muribaculaceae、瘤胃球菌属（Ruminococcus）和瘤胃球菌科NK4A214群（Ruminococcaceae＿NK4A214＿group）；与对照组相比，饲粮中添加谷氨酰胺显著...     

赤芍黄柏制剂对致病性大肠杆菌人工感染雏鸡的肠道菌群多样性的影响

为了解不同浓度赤芍黄柏制剂对致病性大肠杆菌（Escherichia coli）感染的雏鸡肠道菌群多样性的影响,本研究对240只15日龄健康雏鸡随机编号后分为空白对照组（CON）、感染组（BC）、低剂量治疗组（TL）和高剂量治疗组（TH）4个组,除对照组外,其余各组（BC、TL、TH）均使用致病性大肠杆菌进行感染,感染0.5 d后,分别用不同浓度的赤芍黄柏制剂对TL组（4 mL·L^-1灭菌水）和TH组（12 mL·L^-1灭菌水）进行饮水治疗,治疗5 d后统计各组发病率及死亡率,采用高通量测序技术检测雏鸡十二指肠肠道菌群多样性。结果显示,与感染组相比,TH组显著降低了雏鸡的发病率和死亡率（P<0.05）。菌群分析显示,赤芍黄柏制剂处理改变了雏鸡肠道菌群多样性组成,提高了乳杆菌属的丰度。CON组优势菌群以厚壁菌门、肠球菌属为主;BC组肠道优势菌群主要为厚壁菌门、变形菌门、肠球菌属、大肠杆菌属及葡萄球菌属;TL组优势菌群以厚壁菌门、乳杆菌属、肠球菌属及葡萄球菌属为主;TH组优势菌群以厚壁菌门、乳杆菌属为主。热图分析显示,乳杆菌属与发病率和死亡率呈负相关,大肠杆菌属与发病率和死亡率呈正相关（P<0.05）。综上,大肠杆菌感染及赤芍黄柏制剂治疗改变了雏鸡肠道菌群多样性及组成,而这种肠道菌群的变化可能对雏鸡腹泻发病及抗病力产生重要影响。     

葛根多糖对猫肠道菌群的影响

为探究葛根多糖（PPL-1）对猫肠道菌群的影响,本试验选取8只体重为2.5～3.7 kg的家猫,按体重随机分为2组,包括对照组（W）和试验组（E）,每组4只（两只公猫,两只母猫）,试验组猫连续口服30 d葛根多糖后,收集粪便,通过IlluminaMiseq高通量测序技术对肠道菌群的多样性进行分析。结果显示：葛根多糖能够显著提高变形杆菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、罕见小球菌属（Subdoligranulum）、双歧杆菌属（Bifidobacterium）的相对丰度;显著降低厚壁菌门（Firmicutes）、放线菌门（Actinobacteria）的相对丰度。结果表明,葛根多糖能显著提高猫肠道菌群多样性,并改善肠道菌群结构,对机体产生有益影响。     

被膜态与浮游态植物乳杆菌LR-39对比格犬血清免疫指标及肠道菌群结构的影响

本试验旨在比较被膜态与浮游态植物乳杆菌LR-39对比格犬血清免疫指标及肠道菌群结构的影响。制备被膜态与浮游态植物乳杆菌LR-39,采用平板计数法比较不同生物状态的植物乳杆菌LR-39经酸、胆盐环境处理后的存活率。选取15只3.5月龄比格犬,随机分为被膜组、浮游组及对照组3个组,每组5只。被膜组、浮游组每日早上采食犬粮后分别灌饲被膜态与浮游态植物乳杆菌LR-39菌液1 mL (1×10~9CFU/mL),对照组灌饲等体积磷酸盐缓冲液(PBS),连续灌饲28 d。检测血清免疫球蛋白G(IgG)、分泌型免疫球蛋白A(sIgA)、白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)含量,并对肠道菌群进行16S rDNA高通量测序分析。结果表明:1)经酸性和胆盐环境处理后,被膜态植物乳杆菌LR-39存活率显著或极显著高于浮游态植物乳杆菌LR-39(P0.05或P0.01)。2)与对照组相比,被膜组血清IgG和sIgA含量极显著提高(P0.01);与浮游组相比,被膜组血清sIgA含量极显著提高(P0.01),血清IL-6含量有降低趋势(0.05≤P0.10);与对照组相比,浮游组血清IgG、sIgA、IL-6、TNF-α含量无显著差异(P0.05)。3)α多样性分析显示,与对照组相比,被膜组和浮游组Observed species指数、Chao指数、Ace指数均升高,被膜组Shannon指数升高,Simpson指数下降;浮游组Shannon指数下降,Simpson指数升高。主坐标分析(PCoA)结果显示,3组样本间有明显聚类现象。4)在门水平上,与对照组相比,被膜组肠道厚壁菌门(Firmicutes)相对丰度升高,肠道拟杆菌门(Bacteroidetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)相对丰度降低;浮游组肠道Bacteroidetes、Fusobacteria相对丰度升高,Firmicutes、Actinobacteria相对丰度降低。5)在属水平上,与对照组相比,被膜组肠道双歧杆菌属(Bifidobacterium)、乳杆菌属(Lactobacillus)、Allobaculum、消化链球菌属(Peptostreptococcus)相对丰度升高;浮游组肠道Lactobacillus、Peptostreptococcus、梭杆菌属(Fusobacterium)、普雷沃菌属(Prevotella)、萨特氏菌属(Sutterella)相对丰度升高。6)LEfSe分析表明,被膜组优势菌属是Lactobacillus,浮游组优势菌属是Fusobacterium,对照组优势菌属包括柯林斯氏菌属(Collinsella)、链型杆菌属(Catenibacterium)、真杆菌属(Eubacterium)。7) Spearman相关性分析显示,血清IgG、sIgA、IL-6、TNF-α含量与肠道富集菌群相对丰度无显著相关性(P0.05)。由此可见,被膜态与浮游态植物乳杆菌LR-39对犬肠道菌群结构影响不同,被膜态植物乳杆菌LR-39具有更强的耐酸及胆盐能力,可有效调整肠道菌群结构并能提高机体免疫水平。     

养殖黑斑蛙肠道微生物结构与功能分析

利用高通量测序方法对养殖黑斑蛙(Rana nigromaculata Howell)前肠、中肠和后肠微生物结构和功能进行分析。结果表明:黑斑蛙肠道核心菌群为拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)。拟杆菌属(Bacteroides)、不动杆菌属(Acinetobacter)、支原菌属(Mycoplasma)和叶杆菌属(Phyllobacterium)是优势菌属。肠道中存在不动杆菌属(Acinetobacter)、气单胞菌属(Aermonas)、黄杆菌属(Flavobacterium)等潜在致病菌和芽胞杆菌(Bacillus)、乳酸杆菌(Lactobacillus)等潜在益生菌。比较发现,前肠和中肠微生物丰度和多样性均显著高于后肠,且在门和属水平菌群结构差异明显;前肠和中肠微生物功能相似,与脂代谢、氨基酸代谢、外源物质降解和代谢等代谢关联微生物丰度较高,而后肠中与碳水化合物代谢、多糖合成和代谢、辅因子和维他命代谢等关联微生物丰度较高,并且后肠中与信号转导、环境适应、免疫、膜转运、基因信息处理等关联微生物丰度高于前肠和中肠。     

运用454焦磷酸测序技术对断奶前后仔猪肠道菌群的分析

本研究旨在运用454焦磷酸测序技术分析断奶前后仔猪肠道菌群的变化。随机选取胎次和出生时间相近的、体重差异不显著的健康"杜×长×大"外三元新生仔猪12头用于试验。整个试验期间由母猪按常规哺乳直到断奶(25日龄),母猪饲粮不含有抗生素,仔猪于12日龄开始饲喂教槽料。于25日龄(断奶前)和32日龄(断奶后)分别随机挑选3头仔猪进行心脏放血屠宰,无菌采集盲肠内容物,运用454焦磷酸测序技术分析断奶前后仔猪盲肠内容物中菌群结构的变化。结果表明:与断奶前仔猪相比,断奶后仔猪腹泻率显著增加(P<0.05);肠道中菌群多样性增加;肠道中拟杆菌门(Bacteroidetes)含量变化不显著(P>0.05),厚壁菌门(Firmicutes)含量显著增加了63.95%(P<0.05),梭杆菌门(Fusobacteria)和变形菌门(Proteobacteria)含量分别显著减少了100.00%和70.54%(P<0.05)。对厚壁菌门含量进行深入分析发现,在纲的水平,与断奶前仔猪相比,断奶后仔猪肠道中梭菌纲(Clostridia)和芽孢杆菌纲(Bacilli)含量有减少的趋势(P>0.05),而Negativicutes纲、Erysipelotrichia纲和未知厚壁菌纲含量有增加的趋势(P>0.05)。从门到属的水平,断奶前后仔猪肠道菌群相对丰度不同,有些菌是断奶前仔猪肠道特有的,如嗜胆菌属(Bilophila)、具核梭杆菌属(Fusobacterium nucleatum)、黄杆菌属(Flavobacteriaceae)等,有些菌是断奶后仔猪肠道特有的,如费克蓝姆菌属(Facklamia)、八叠球菌属(Sarcina)等。由此可见,断奶后仔猪肠道菌群多样性和菌群结构发生了改变。     

山谷型藏羊公羊瘤胃和粪便微生物多样性研究

为了研究青藏高原山谷型藏羊公羊胃肠道微生物组成结构,试验采集了10只放牧+补饲饲养方式下的周岁山谷型藏羊公羊的瘤胃和直肠内容物(指粪便),分别提取其基因组DNA,采用16S rDNA V3～V4扩增子高通量测序技术分析了瘤胃和粪便样品微生物门和属水平组成结构、标志微生物、α和β多样性及微生物功能。结果表明：山谷型藏羊瘤胃和粪便样品共得到5 383个分类操作单元(operational taxanomic units, OTUs),其中2 144个OTUs为瘤胃样品所特有,1 860个OTUs为粪便样品特有,1 379个为二者共有。瘤胃微生物优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和浮霉菌门(Planctomycetes),相对丰度分别为53.2%、34.9%和3.1%;优势菌属为理研菌科＿RC9＿肠道菌群(Rikenellaceae＿RC9＿gut＿group)和普式菌属＿1(Prevotella＿1),相对丰度分别为13.5%和12.0%。粪便微生物优势菌门为拟杆菌门、厚壁菌门和疣微菌门(Verrucomicrobia),相对丰度分别为47....     

饲料中添加植物乳杆菌对细鳞鲑生长及肠道菌群多样性的影响

本试验旨在研究饲料中添加植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)对细鳞鲑生长及肠道菌群多样性的影响。以基础饲料为对照组,在基础饲料中添加1×106CFU/g植物乳杆菌为试验组,每组3个重复,每个重复25尾平均体重5～8 g的细鳞鲑,在室内养殖56 d后,取中后肠段内容物及其黏膜,提取微生物DNA,采用高通量测序技术检测肠道菌群多样性。结果显示:与对照组相比,饲料中添加植物乳杆菌可显著增加细鳞鲑的特定生长率(P0.05)。α多样性分析显示试验组肠道菌群多样性(Shannon指数、Simpson指数)和丰富度(Ace指数、Chao指数)均较对照组显著降低(P0.05)。β多样性分析发现试验组和对照组肠道菌群分群明显。在门水平上,试验组肠道菌群中厚壁菌门(Firmicutes)的丰度达96.03%,而对照组主要由几个丰度较大的菌门组成,分别为厚壁菌门(23. 79%)、蓝细菌门(Cyanobacteria)(23. 30%)、拟杆菌门(Bacteroidetes)(8.95%)、螺旋菌门(Spirochaetae)(6.67%)和放线菌门(Actinobacteria)(5.35%)。在属水平上,试验组肠道菌群中丰度大于1%的菌属仅有3个,为乳杆菌属(Lactobacillus)(58.94%)、微小杆菌属(Exiguobacterium)(26.00%)和肠球菌属(Enterococcus)(10.62%),总丰度达95.66%,而对照组丰度大于1%的菌属达11个,但总丰度仅为58.24%,主要有未命名_蓝细菌门(unclassified_Cyanobacteria)(23.30%)、劳尔氏菌属(Ralstonia)(11.70%)、短螺旋体属(Brevinema)(6.67%)和普氏菌属(Prevotella)(3.90%)。综上,饲料中添加植物乳杆菌能促进细鳞鲑的生长,提高其肠道中乳酸菌的比例,抑制其他菌群的生长,降低肠道菌群的多样性。     

重庆地区3个地方品种哺乳仔猪和断奶仔猪结肠菌群比较研究北大核心CSCD

本研究旨在通过监测重庆地区特色动物品种合川黑猪、盆周山地猪和荣昌猪断奶前后的结肠菌群结构,比较分析不同猪种断奶前后的结肠菌群组成特点,探讨断奶前后2个阶段以及不同品种对仔猪肠道菌群的影响。试验样品采集于2018年4月,每个猪种随机选取5头哺乳仔猪(21~25日龄,35日龄断奶)和5头断奶仔猪(30~40日龄),无菌采集每头猪的结肠内容物,提取总DNA,利用细菌通用引物对16S rRNA的V3~V4区进行扩增,通过Illumina Hiseq测序平台对扩增产物进行高通量测序,对优化后的测序序列进行统计分析。结果表明:3个地方猪种哺乳仔猪和断奶仔猪的结肠内容物菌群主要由厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)组成。beta多样性分析发现,哺乳仔猪和断奶仔猪的结肠菌群明显分成了2簇,而3个猪种间的结肠菌群未出现明显组内聚类。在门水平上,梭杆菌门(Fusobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)和疣微菌门(Verrucomicrobia)在哺乳仔猪结肠内容物中的相对丰度均显著高于断奶仔猪(P<0.05),而不同品种间各菌门相对丰度没有显著差异(P>0.05)。在属水平上,拟杆菌属(Bacteroides)、梭杆菌属(Fusobacterium)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、红螺菌属(Rhodospirillum)和Bradymonadales 5个主要细菌属在哺乳仔猪结肠内容物中的相对丰度显著高于断奶仔猪(P<0.05),而普氏菌属(Prevotella)、Intestinibacter和溶杆菌属(Solobacterium)等8个主要细菌属在断奶仔猪结肠内容物中的相对丰度显著高于哺乳仔猪(P<0.05);不同品种间仔猪结肠内容物中的真细菌属(Eubacterium)、红螺菌属(Rhodospirillum)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)和琥珀酸弧菌属(Succinivibrio)的相对丰度存在显著差异(P<0.05)。以上结果表明,断奶前后2个生长阶段对仔猪结肠菌群的影响较不同品种更为明显。     

皖南黑猪不同生长阶段血清免疫指标及肠道菌群的特征分析

旨在探究皖南黑猪不同生长阶段粪便菌群和血清免疫指标的纵向变化规律及其相关性。采集27头皖南黑猪哺乳期(20 d)、保育期(60 d)和育肥期(120 d)3个不同生长阶段的粪便及血清样本，通过16S rRNA高通量测序方法及血清检测技术，对皖南黑猪生长发育过程中肠道微生物与免疫指标的演替规律及关联性进行了分析。结果表明，肠道微生物物种丰度分析显示，在门水平上共检测到22个核心菌门，其中厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)是皖南黑猪的主要优势菌门；在属水平上检测到51个核心菌属，其中哺乳期的优势菌属为乳酸菌属(Lactobacillus)、志贺菌属(Shigella)和粪杆菌属(Faecalibacterium)。保育期和育肥期均以乳酸杆菌属(Lactobacillus)、颤螺菌属(Oscillospira)和密螺旋体属(Treponema)为优势菌属；Alpha多样性分析显示，皖南黑猪肠道菌群的多样性随日龄增长呈逐渐增高的趋势，在保育期达到峰值，育肥期逐渐趋向稳定。Beta多样性分析显示，皖南黑猪保育期及育肥期肠道菌群组成相似聚在一起，而与哺乳期肠道...     

高通量测序技术分析蓝狐肠道菌群多样性

本试验旨在研究蓝狐肠道菌群组成及其多样性。选取8只健康育成期(5～6月龄)雄性舍饲蓝狐,采集新鲜粪便后采用高通量测序技术对蓝狐肠道菌群组成及多样性进行分析。结果显示:从8只健康蓝狐粪便中共获得569 930条有效序列、操作分类单元(OTU)范围为468～574,分布于16个门的209个属。在门水平上以厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Baeteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)为主,其中厚壁菌门所占比例最高,为62.97%,其余依次为22.05%、8.89%、5.15%、0.88%。在属水平上以链球菌属(Streptococcus)所占比例最高,为11.75%,其次为乳杆菌属(Lactobacillus)(9.86%)、普雷沃菌属(Prevotella)(9.28%)、巨型球菌属(Megasphaera)(8.21%)、柯林斯菌属(Collinsella)(7.27%)、Blautia(7.08%)、拟杆菌属(Bacteroides)(5.64%)。通过高通量测序技术发现蓝狐具有复杂的肠道菌群结构,且个体间存在较大差异。     

虎纹蛙肠道微生物结构与功能分析

利用高通量测序方法对虎纹蛙前肠、中肠和后肠微生物结构和功能进行分析。结果表明,虎纹蛙(Rana rugulosa)肠道核心菌群是厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)。Romboutsia属、鲸杆菌属(Cetobacterium)、叶杆菌属(Phyllobacterium)是绝对优势菌属。肠道中存在弧菌(Vibro)、邻单胞菌(Plesiomonas)、气单胞菌(Aeromonas)、爱德华氏菌(Edwardsiella)不动杆菌属(Acinetobacter)、黄杆菌属(Flavobacterium)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)、伊丽莎白菌(Elizabethkingia)等常见的条件致病菌和芽孢杆菌(Bacillus)、乳酸杆菌(Lactobacillus)和双歧杆菌(Bifidobacterium)等潜在益生菌。比较发现,前肠和中肠微生物丰度和多样性显著高于后肠,且在门和属水平菌群结构差异明显;前肠和中肠微生物功能相似,与能量代谢、维生素代谢、氨基酸代谢、脂代谢、外源物质降解和代谢关联微生物丰度较高,而后肠中与核酸代谢、碳水化合物代谢关联微生物丰度较高。前肠和中肠中与信号转导、神经系统、内分泌系统、转运和分解等关联微生物丰度较高,后肠中与信号分子互作、细胞过程与信号、增殖与修复、免疫系统、翻译、转录、酶家族、环境适应、膜转运等关联微生物丰度较高。本研究解析了虎纹蛙肠道菌群结构和功能,为虎纹蛙健康养殖提供理论基础。     

3～6月龄伊犁马肠道微生物群落多样性的研究

本试验旨在研究3~6月龄伊犁马肠道微生物群落的多样性,揭示断奶前马驹肠道菌群演替的规律,从微生物学角度为此阶段马驹生长发育及肠道健康研究提供理论依据。试验选取平均体重为(89.75±8.81)kg、出生日期相同的3月龄伊犁马5匹,进行为期90 d的饲养试验。分别在试验的第0天(即试验开始的前1天)、第30天、第60天、第90天采集马驹粪便样品,从每份样品中提取微生物基因组总DNA,采用Illumina HiSeq测序技术检测样品微生物群落多样性。结果显示:1)对5匹马驹的20份粪样进行测序,共获得有效序列数157 665条,获得平均操作分类单元(OTUs)1 117个。2)马驹粪便中微生物群落α多样性指数(ACE、Chao1、Shannon和Simpson指数)随着马驹月龄的增加呈波动性变化,但各时间点之间均无显著性变化(P0.05)。3)在门水平上,马驹粪便中10大优势菌分别为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形菌门(Proteobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、螺旋体菌门(Spirochaetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)、无壁菌门(Tenericutes)、放线菌门(Actinobacteria)、TM7、广古菌门(Euryarchaeota),其中以厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门及疣微菌门的丰度较高;在科水平上,马驹粪便中10大优势菌分别为芽孢杆菌科(Bacillaceae)、莫拉氏菌科(Moraxellaceae)、动球菌科(Planococcaceae)、肉杆菌科(Carnobacteriaceae)、BS11、RFP12、乳杆菌科(Lactobacillaceae)、瘤胃球菌科(Ruminococcaceae)、毛螺旋菌科(Lachnospiraceae)、紫单胞菌科(Porphyromonadaceae);在属水平上,马驹粪便中10大优势菌分别为不动杆菌属(Acinetobacter)、德库菌属(Desemzia)、乳杆菌属(Lactobacillus)、Ureibacillus、Paludibacter、芽孢杆菌属(Bacillus)、埃希式杆菌属(Escherichia)、肉食杆菌属(Carnobacterium)、密螺旋体属(Treponema)、艰难杆菌属(Mogibacterium)。由此得出,采用Illumina HiSeq测序技术能够准确地对3~6月龄伊犁马肠道微生物群落进行分类研究;厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、疣微菌门是3~6月龄伊犁马肠道内的优势菌门。